주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 6. 10. 원고에게 한 2013년 귀속 양도소득세 267,869,100원 부과처분 중

264,150,910원을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 11. 17.경 청주시 옥산면 a리 460-3 전 1,563㎡, 같은 리 435

전 1,348㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 같은 리 577-8 과수원 41㎡(이하 ‘이 사건 토

지’와 통틀어 ‘이 사건 토지 등’이라 한다)를 각 취득하였고, 2011. 9. 30. 주식회사

aa(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 이 사건 토지 등에 관한 매매계약을

체결하였다. 이후 이 사건 토지 등에 관하여 2012. 12. 20. 매매를 원인으로 하여

2013. 1. 31. 소외 회사 앞으로 소유권이전등기가 경료되었다.

나. 원고는 2013. 2. 27. 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되

기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항이 정하는 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정

을 적용하여 피고에게 이 사건 토지 등에 대한 양도소득세 신고를 하였다.

다. 그러나 피고는 원고가 이 사건 토지 등을 직접 경작한 것으로 볼 수 없고 이

사건 토지가 2009년경부터 잡종지로 사용된 것으로 확인되는 등 이 사건 토지 등의

양도일인 소유권이전등기일 당시에 농지가 아닌 것으로 보인다는 이유로 원고의 양도

소득세 감면을 부인하고, 2015. 6. 10. 원고에게 이 사건 토지 등에 대한 양도소득세

267,869,100원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다[이 중 이 사건 토지에 대한 양도소득

세에 해당하는 264,150,910원(가산세 포함) 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다].

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 9. 14. 조세심판원장에게 심판청구를 하

였으나, 위 청구는 2016. 6. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 3, 7, 9호증의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의

것, 이하 같다) 제66조 제5항 단서 제1호는 양도소득세 감면 대상 농지 여부와 관련하

여 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에

는 매매계약일 현재 농지인지 여부를 기준으로 하도록 규정하고 있다. 원고는 이 사건

토지에 관한 매매계약을 체결한 후 매매계약에서 정한 바에 따라 이 사건 토지의 지목

변경 등을 위하여 노력하였고, 그런 사정으로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가

2013. 1. 31.에야 이루어진 것이므로, 이 사건 토지 역시 위 규정 내용에 따라 매매계

약일을 기준으로 농지인지 여부를 따져야 한다.

그런데 이 사건 토지는 매매계약일인 2011. 9. 30. 당시 농지였고, 원고는 그

당시까지 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였다.

그럼에도 피고는 이와 다른 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처

분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

구 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항은 양도소득세 감면 대상 농지의 판정

은 양도일 현재의 농지를 기준으로 하는 것이나(본문), 다만 양도일 이전에 매매계약조

건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재 농지인지

여부를 기준으로 한다고 규정하고 있는데(단서 제1호), 위 규정의 단서 제1호가 매매계

약일 현재 농지인지 여부를 기준으로 양도소득세 감면 여부를 판단하도록 한 취지는 8

년 이상 자경한 농지를 매매하였으나 매매계약조건에 따라 매수인이 양도일 이전에 형

질변경이나 건축착공 등을 함으로써 양도일 현재 농지로 판정받지 못하여 양도소득세

를 감면받지 못하는 경우를 구제하기 위한 것이라 할 것이다. 그리고 소득세법 제98조

는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한

경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한

다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호는 ‘대금을 청산한 날이 분

명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는

명의개서일’을 양도시기로 보도록 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 을 제2 내지 4, 11호증(가지번호 포함, 이하 같다)의

각 기재 및 영상과 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 토지는 2008년경까지는 주변

의 농지들과 유사한 농지로서의 모습을 보이고 있으나, 2009년경부터는 희미한 고랑의

흔적만이 보일 뿐 농지가 아닌 평탄화된 대지로서의 모습을 띄고 있고, 그 위에 각종

자재물들이 적치되어 있으며, 이러한 모습은 2011년이나 2012년의 항공사진에서도 마

찬가지로 보여 짐을 알 수 있다. 이러한 점에 비추어 보면, 오히려 이 사건 토지는 원

고에 의하여 2009년경에 그 형상 등이 변경된 후 그러한 형상 등이 지속되었던 것으

로 보일 뿐이고, 이 사건 토지에 관한 원고와 소외 회사의 매매계약 체결 이후에 매수

자인 소외 회사에 의하거나 혹은 그 요청에 의하여 이 사건 토지에 형질변경이나 건축

착공 등이 이루어졌다고 인정하기는 어려우므로, 원고가 그 대금을 청산한 날이 언제

인지에 관하여 분명하지 않은 이 사건에 있어서 이 사건 토지가 양도소득세 감면 대상

농지인지 여부는 이 사건 토지에 관한 이전등기접수일인 2013. 1. 31.을 양도일로 보아

이를 기준으로 판단하여야 한다고 봄이 상당하다. 그런데 이 사건 토지가 위 양도일

당시에 농지로서의 형상을 가지지 아니하고 있었음은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을

제3, 4, 11호증의 각 기재 및 영상, 증인 (갑)의 일부 서면증언에 의하여 인정되므

로, 결국 이 사건 토지는 구 조세특례제한법이 정하는 감면 대상 농지에 해당한다고

할 수 없다. 그리고 설령 원고 주장과 같이 이 사건 토지에 관한 매매계약 체결일을

기준으로 한다고 보더라도 이 사건 토지가 그 당시 농지로서 원고에 의하여 자경되고

있었다는 점에 부합하는 듯한 갑 제12호증의 기재와 증인 갑, 을의 각

서면증언은 을 제2, 4, 11호증의 각 기재 및 영상과 감정인 (정)의 감정 결과에 비

추어 믿지 아니하고 갑 제4 내지 11, 13 내지 16, 18호증의 각 기재 및 영상만으로 이

를 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 피고의 이 사건 처분은 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 사실이

있는지 여부에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 적법하고, 원고의 주장은 이유 없

다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.