주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.10.10. 개업하여 계육을 수입하여 체인점 및 지사 등에 공급하는 영업을 하고 있으며, 2011사업연도에 청구법인이 (주)ㅇㅇ트레이딩(이하 “청구외 법인”이라 한다)으로부터 착오로 발행된 매입계산서 150,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 중복신고하여 과다하게 매입신고한 사실이 있다.

나. 청구외 법인의 관할세무서 ㅇㅇ세무서장은 2012.6.20. 2011년 귀속 계산서합계표 제출 일람표에 따라 청구법인이 쟁점금액을 과다하게 매입신고한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 과세자료에 따라 2012.12.21. 청구법인에게 “법인세 해명자료 제출 안내와 과세예고 통지”(이하 “해명자료 안내문”이라 한다)를 하였으며, 2013.5.2. 법인세 23,952,963원을 경정하고 쟁점금액을 상여로 소득처분하여 2013.5.9. 청구법인에게 2011년 과세연도 150,000,000원을 소득금액 변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인의 매입과다 발생사유 및 수정신고 예정

 청구법인은 계육수입을 대행하는 청구외법인과 2009년초부터 거래를 시작하였고, 청구법인이 계육을 수입대행하는 청구외 법인에게 물품대금을 통장으로 결제하면 청구외 법인은 전체 물품대금의 일정액을 수입대행수수료로 청구하는 방식으로 거래를 하여왔다.

 2011년은 법인설립 후 제7기가 되는 사업연도이고 청구법인의 체입사업이 확장되는 시기로 체인사업에 신경을 쓰면서 내부적인 거래처 관리가 소홀하였고 관리직 사원의 이직이 빈번하였다.

 청구법인의 이AA 이사는 2012년 11월 입사한 경리담당자에게 인수인계 및 거래처 미수금 등을 정리하여 보고할 것을 지시하였고 이 과정에서 청구외 법인으로부터의 매입계산서 중복으로 쟁점금액의 매입과다 사실을 발견하게 되었다.

 청구법인의 이AA 이사는 세무사사무실 측과 상의하였고 세무사사무실 측으로부터 청구법인의 대표이사가 청구법인의 법인통장에 150,000,000원을 입금하고 그에 따른 법인세 수정신고 할 것을 권고받았으며, 이를 대표이사에게 보고하여 2012.11.28. 법인통장에 쟁점금액을 입금하였으나 계육대금의 은행결제가 급하여 부득이 12월 초에 수정신고를 할 예정이었다.

나. 소명내용

 처분청은 2012.12.21. 팩스로 송달한 2011년 제2기 예정 매입 계산서의 차이발생에 대한 해명자료 안내문을 발송 하였는데 해명기간을 2012.12.26.까지 단 5일간 만을 주어 해명기간이 너무나 촉박하였기에 청구법인은 일부만 소명자료를 제출하였다.

 처분청은 2013.1.10. 과세예고 통지를 하였고 2013.5.1. 2011사업연도 법인세 23,536,930원을 과세하였으며 2013.5.9. 쟁점금액에 대한 상여처분 후 소득금액변동통지를 하였고 청구법인은 2013.6.10. 상여처분 한 갑종근로소득세 37,019,844원을 수정신고하였다.

다. 처분의 부당성

 청구법인은 2012.12.21. 팩스로 송달받은 해명자료 안내문을 수령받기 전 청구법인의 이AA 이사가 쟁점금액의 차이를 발견하였고 이를 청구법인의 대표이사에게 보고하여 쟁점금액을 2012.11.28. 법인통장으로 입금하였으며 월말 수입대금의 은행결제를 해결한 뒤 2012년 12월초에 수정신고할 예정이었다.

 쟁점금액이 사외유출되지 아니하였음이 객관적으로 확인되고, 2012.12.21. 처분청이 청구법인에게 해명자료 안내문을 발송하기 전인 2012.11.28. 청구법인의 대표이사가 쟁점금액을 법인통장에 입금하였음에도 쟁점금액을 대표자 상여처분한 것은 부당한 처분이라 하겠다.

 청구법인은 해명자료 제출안내문을 받고도 무지로 인하여 객관적인 소명자료를 제출하지 못한 점은 있으나 처분청에 쟁점금액을 회수하고 입금한 법인통장을 제출하며 충분한 설명을 하였음에도 처분청은 쟁점금액을 상여처분하여 소득금액변동통지를 한 것은 처분청이 사실관계를 오인한 데서 비롯된 부당한 처분이다.

3. 처분청 의견

 청구법인이 해명자료 안내문을 통보 받기 전인 2012.11.28. 쟁점금액을 전액 회수하여 법인통장에 입금한 사실이 금융증빙 등에 의해 확인되므로 부당하게 사외유출된 금액을 회수하려는 노력이 있는 것으로 보아 쟁점금액을 사내유보로 처분해야 한다는 주장에 대하여 살펴보면,

 법인이 처분청으로부터 해명자료 안내문을 받은 후 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 동 금액을 익금산입하여 신고하는 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제106조 제4항 단서규정에 따라 사내유보로 처분할 수 없다고 규정하고 있으므로,

 청구법인이 ｢국세기본법｣ 제45조의 수정신고기한 내에 수정신고를 하지 않은 상황에서 해명자료 안내문을 통지 받기 전에 부당하게 사외유출된 금액 상당액을 회수하였다는 사실만으로는 사내유보처분을 할 수 없으며, 청구법인의 장부상 적정 계상여부, 현금회수 여부, 조세회피 목적 등을 종합적으로 검토하여 판단할 사항이나(서면2팀-90, 2006.1.11.),

 청구법인은 2012.11.28. 동 법인 계좌로 쟁점금액이 입금된 계좌사본과 대체전표만을 제출하였을 뿐, 구체적으로 청구법인의 대표자 명의 통장에서 입금된 금원에 대한 출처, 청구법인의 가지급금 및 가수금 계정별 원장 등 장부제출을 하지 않았으며,

 ㅇㅇ세무서장이 2012년 3～4월경 청구법인의 거래처인 청구외 법인에 2011년 귀속 계산서합계표 제출일람표에 대한 과세자료 해명 안내문을 송달하여 과세자료를 처리하는 과정에서 청구법인이 거래처인 청구외 법인을을 통하여 쟁점금액을 과다하게 매입원가 계상한 사실을 알고 있었을 개연성이 매우 높으므로, 청구법인이 거래처에 대한 과세자료 해명 과정에서 쟁점금액에 대한 매입원가 과다 계상한 사실을 알고 대표자로부터 이를 회수하였다면, 이는 대표자 상여처분에 따른 종합소득세를 회피하고자 쟁점금액을 회수한 것에 불과하다 할 것이다.

 따라서 청구법인의 청구내용에 대하여 살펴본 바, 처분청이 쟁점금액에 대하여 상여로 소득처분한 후 소득금액변동통지서를 발송한 이 건 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 과세자료 해명 안내문을 받기 전에 부당유출금액을 회수는 하였으나 수정신고를 하지 않아 쟁점금액의 회수를 부인하고 한 상여처분의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제45조 【수정신고】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31>

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

  2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

  3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

  ② 削除 <1994.12.22>

  ③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1>

 2) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

  ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2013.6.7>

  1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

  1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

  가. 「소득세법」 제81조제3항제4호

  나. 「법인세법」 제76조제9항제4호

  다. 「부가가치세법」 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항

  2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

  3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

 3) 법인세 제67조【소득처분】

  제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.<개정 2010.12.30.>

 4) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. <개정 2009.2.4, 2012.2.2, 2013.2.15>

  (중략)

  ④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2005.2.19, 2010.2.18, 2013.2.15>

  1. 세무조사의 통지를 받은 경우(2010.2.18. 신설)

  2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우(2010.2.18. 신설)

  3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우(2010.2.18. 신설)

  4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우(2010.2.18. 신설, 2013.2.15. 개정)

  5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우(2010.2.18. 신설)

  6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우(2010.2.18. 신설)

다. 사실관계

 1) 청구인과 처분청은 쟁점금액에 대한 2011사업연도 법인세 경정․고지에 대하여는 다툼이 없다.

 2) 청구외 법인의 관할세무서장이 2012.6.20. 쟁점금액에 대한 과세자료를 처분청에 통보한 것이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

 3) 처분청은 청구법인에게 보낼 해명자료 안내문의 결재를 2012.12.20. 신청하였고, 2012.12.21. 결재를 받았음이 국세통합시스템에 의하여 확인되며 청구법인은 이를 2012.12.21. 팩스로 전송받았음이 팩스전송일자에 의하여 확인된다.

 4) 처분청은 청구법인이 쟁점금액을 원가과대 계상한 것으로 보아 2012.12.28. 과세예고 통지하였고, 2013.5.2. 법인세 23,952,963원을 경정․고지하였으며, 2013.5.9. 쟁점금액을 상여로 소득처분하고, 2011년 과세연도 소득금액 변동통지를 하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

 5) 청구법인은 2012년 12월 쟁점금액에 대한 법인세 수정신고를 할 예정이였다고 주장하였으나, 해명자료 안내문 통지를 받기 전까지 수정신고한 사실이 없음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

 6) 청구법인의 ㅇㅇ은행 계좌(1005-***-***900)에 대표이사 명의로 아래와 같이 입금한 사실이 확인된다.

 7) 청구법인의 대표이사는 쟁점금액의 회수와 관련하여 자금출처를 심리과정 중에 추가로 제출하였다.

 8) 청구법인의 대표이사는 2012.11.28. ㅇㅇ증권에서 2억원을 인출하기 위하여 증권위탁계좌에서 매각한 주식명세를 아래와 같이 제출하였다.

 9) 쟁점금액의 청구법인 계좌입금과 관련하여 청구법인의 회계처리는 2012.11.28. 대표이사 가수금 발생으로 처리되었다.

 10) 청구법인의 대표이사는 쟁점금액 상환과 관련하여 아래의 확인서를 제출하였다.

 11) 청구외 법인에 근무하던 함명호 이사는 과세자료를 통보한 ㅇㅇ세무서에 해명하는 과정에서 쟁점금액과 관련한 것을 청구법인 측에 연락한 사실이 없음을 확인하였다.

 12) 청구법인의 이AA 이사는 2012년 11월 쟁점금액과 관련하여 보고받은 경위를 아래와 같이 확인하였다.

 13) 청구법인의 경리담당자 최CC는 2012.11.1. 입사하였음이 청구법인의 재직증명서에 및 근로소득원천징수영수증에 의하여 확인되며 전무이사 이AA과 같은 내용의 확인서를 작성하여 제출하였다.

 14) 청구법인은 쟁점금액의 매입계산서가 중복된 이유를 아래와 같이 제출하였다.

 15) ｢법인세법 시행령｣ 제106조(소득처분) 제4항 제4호의 “납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 행명안내 통지를 받은 경우”를 경정이 있는 것을 미리알고 사외로 유출된 금액을 익금산입하는 경우로 개정된 것은 2010.10.2. 이며 적용일자는 2010.10.2.이 속하는 사업연도부터이다.

 이러한 개정은 법인세법 기본통칙 67-106…14 【수정신고에 따른 소득처분】제2항 제1호에 2009.11.10. 신설되었다가 법률의 명확화를 위하여 통칙사항을 법령화한 것이다.

 * 법인세법 기본통칙 67-106…14 【수정신고에 따른 소득처분】

 ① 법인세 과세표준을 수정신고하는 경우 익금에 산입한 금액은 그 실질내용에 따라 영 제106조의 규정에 의하여 처분한다. (2009.11.10. 항번개정)

 ② 영 제106조 제4항 단서에서 “경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하여 사외유출금액에 대한 경정이 있을 것을 인지한 경우를 포함한다.

 1. 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

 2. 세무공무원이 과세자료ㆍ민원 등의 처리를 위해 현지 출장ㆍ확인업무에 착수한 경우

라. 판 단

 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 바탕으로 청구법인의 주장에 대해 살펴보면,

 청구법인이 ｢국세기본법｣ 제45조의 수정신고기한 내에 수정신고를 하지 않은 상황에서 해명자료 안내문을 통지 받기 전에 부당하게 사외유출된 금액 상당액을 회수하였다는 사실만으로는 사내유보처분을 할 수 없다는 점(서면2팀-90, 2006.1.11. 같은뜻),

 부당하게 사외유출된 금액을 사내유보로 소득처분하기 위해서는「국세기본법」제45조의 수정신고 기한내에 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하여야 하나, 청구법인은 쟁점금액을 해명자료 안내문을 받기 전에 회수하였어도 수정신고는 하지 못하였다는 점(조심2010중3257, 2010.12.15. 같은뜻)을 종합해 볼 때 청구법인의 주장은 받아들여 질 수 없다고 판단된다.

 따라서, 처분청이 쟁점금액을 상여처분한 당초 처분은 달리 잘못이 없어 보인다.

5. 결 론

이aaaa 건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.