[주 문]

OOO세무서장이 2016.9.7. 및 2016.9.19. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2011년 제1기 OOO원, 2011년 제2기 OOO원, 2012년 제1기 OOO원, 2012년 제2기 OOO원, 2013년 제1기 OOO원, 2013년 제2기 OOO원, 2014년 제1기 OOO원, 2014년 제2기 OOO원, 2015년 제1기 OOO원, 2015년 제2기 OOO원), 법인세 합계 OOO원(2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원) 및 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원(2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)의 부과처분은 가설재 선수 임대료 중 미사용분 환불액 및 가공매출액이 있는지 여부를 청구법인이 제출한 자료에 의하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 철강, 철근 도매업을 영위하는 청구법인에 대하여 2016.5.24.부터 2016.8.22.까지 법인통합조사를 실시하여, ① 외형노출을 꺼리는 개인 및 소규모 사업자들에게 철강 등을 무자료로 공급하고 매출대금은 현금 또는 청구법인의 각자대표이사인 OOO 명의의 개인계좌(OOO, 이하 “차명계좌”라 한다)로 입금 받아 수입금액을 누락한 금액 OOO원(이하 “매출누락금액”이라 한다), ② 무자료 매출에 대한 수입금액을 누락하여 부가가치율이 저조하게 되자 이를 숨기기 위해 가공세금계산서를 발급하여 매출을 위장한 금액 OOO원(이하 “가공매출금액”이라 한다)을 적출한 후 처분청에 이를 통보하는 한편, 2016.9.7. 청구법인에게 2011년～2015년 귀속 OOO원을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “쟁점통지”라 한다)를 하였다.

나. 처분청은 조사청의 통보내용에 따라 아래 〈표1〉과 같이 2016.9.7. 청구법인에게 2011년 제1기～2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2011～2015사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였고, 2016.9.19. 위 소득처분에 대한 2011년～2015년 귀속 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원을 청구법인에게 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 조사청은 2016.10.4. 청구법인에 대하여 소득종류를 ‘상여’, 소득귀속자를 ‘OOO’으로 하여 2011년～2015년 귀속 합계 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다. 처분청은 이러한 소득금액변동통지가 있기 전인 2016.9.8. 위 소득금액변동통지와 관련된 근로소득세 합계 OOO원의 부과처분을 하였는바(2016.9.19. 교부송달됨), 이는 명백히 위법하다.

  설령, 처분청의 의견대로 소득금액변동통지서가 2016.9.7. 청구법인에게 송달되었다 하더라도, 다음날인 2016.9.8. 청구법인에 대하여 근로소득세를 과세한 것은 위법하다. 왜냐하면 「소득세법 시행령」제134조는 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당․상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다고 규정하여, 원천징수의무자인 법인은 ‘소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지’ 소득금액변동통지에 따라 근로소득세를 원천징수하여 납부하면 되는 것으로 규정하고 있기 때문이다. 이에 대하여 처분청은 ‘일반적으로 계속법인인 경우 법인에 소득금액 변동통지가 이루어지면 수령일의 다음달 10일까지 원천징수 신고납부기한이지만 청구법인의 경우 조세포탈의 우려가 있으므로 수시부과 사유에 해당한다고 판단되어 「소득세법」제82조에 의거 수시부과 결정을 한 것’으로 밝히고 있으나, 「소득세법」제82조에 규정된 수시부과 결정은 본래의 납세의무자에 대하여 적용되는 것이지 원천징수의무자에게 적용될 수는 없는 것이다. 이러한 사실은 「소득세법 시행령」제192조 제1항 단서에서 ‘당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 상여처분을 받은 거주자에게 소득금액변동통지를 송달하도록’ 규정하고 있는 점에 비추어 보더라고 분명하다 할 것이다. 이와 관련하여 처분청은 ‘청구법인의 경우 조세포탈의 우려가 있었던 것’으로 주장하고 있으나, 이 건 소득금액변동통지에 따른 본래의 납세의무자는 청구법인이 아니라 소득의 귀속자인 ‘OOO’이고, 청구법인은 단지 이를 원천징수하여 납부할 의무가 있는 원천징수의무자에 불과하기 때문에, 원천징수의무자에 불과한 청구법인이 OOO에 대한 상여처분과 관련된 근로소득세를 포탈한다는 것은 있을 수 없는 일이다.

 (2) 처분청은 이 건 처분의 전제가 되는 매출누락액은 ① 차명계좌적출액 OOO원, ② 이중장부 적출액 OOO원(=철근OOO원 + 가설재 OOO원)이 각 산정된 것으로 주장하고 있는바, 이를 입증할 책임은 처분청에 있으며, 이와 관련하여 처분청이 이중장부적출을 통해 산정한 매출누락액 OOO원의 구체적 산정내역이나 경위에 대하여 밝히면, 청구법인이 그 위법성에 대하여 구체적으로 주장하겠으나, 우선 처분청이 차명계좌적출을 통해 적출하였다는 매출누락액 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)의 산정은 아래와 같은 문제점이 있다.

  (가) 처분청은 OOO 명의의 계좌에 현금입금된 것에 대하여 청구법인이 “임대보증금”으로 소명한 것 등을 포함하여 대부분을 매출누락으로 확정하였다. 그러나, 이는 가설재 임대사업에 대한 이해부족에서 비롯된 사실의 오인으로 이해를 돕고자 가설재 임대 사업의 진행개요를 설명하면, ① 가설재에 대한 임대차계약 체결 : 계약체결과 동시에 임차료를 현금으로 선결제, ② 임대차계약 체결된 가설재의 인도 및 사용, ③ 가설재에 대한 임대차기간의 종료 : 선결제된 임차료 중 잔액을 환불 과정으로 이루어진다.

  위와 같이 가설재 임대는 임차료를 현금으로 선결제 받은 후(현금으로 선결제 받은 임차료를 업계에서는 통상 ‘임대보증금’이라 부름), 임대차기간이 종료되면 선결제 받은 현금에서 임대차기간에 상당하는 임차료를 공제한 후 그 잔액을 임차인에게 반환한다. 때문에 청구법인으로서는 이와 같이 선결제 받은 현금 중 상당액을 별도의 표시 없이 청구법인 또는 OOO 명의의 차명계좌에 입금할 수밖에 없었다. 이러한 이유로 청구법인은 “차명계좌적출”에 기재된 바와 같이 OOO 명의의 계좌에 현금으로 입금된 것에 대하여는 “임대보증금”으로 소명한 것이다.

  청구법인이 현금으로 선결제 받은 임차료 중 연도별로 환불한 금액은 아래 〈표2〉와 같고, 그 구체적 명단을 제출하였음에도 처분청이 차명계좌에 현금으로 입금된 금원 대부분을 매출누락액으로 추단하여 과세한 것은 잘못이라 할 것이다.

  (나) 또한, 처분청은 입금명의인에 대한 세금계산서 발행내역이 확인되지 않는 금액 전부를 매출누락액으로 추정하였으나, 실제 매입자와 입금명의인이 다를 개연성은 충분히 있을 수 있고, 그렇기 때문에 청구법인은 OOO 명의의 계좌에 입금된 것 중 상당액을 “장부기재”로 소명하였음에도 위 입금명의자가 장부상 명의자와 일치하지 않는다 하여 위 입금액 전부를 매출누락액으로 본 것은 잘못이다.

 (3) 세무조사과정에서 청구법인이 주장한 가공매출액은 합계 OOO원이었으나, 처분청은 이 중OOO원만을 가공매출로 인정하고 나머지 OOO원은 청구주장을 배척하였다.

  즉, 처분청은 청구법인이 거래상대방으로부터 받은 ‘가공매입확인서’나 거래대금의 전부 또는 일부를 반환하였음이 확인되는 ‘영수증’을 제출한 거래에 대하여는 원칙적으로 모두 가공매출을 인정하였음에도, 유독 아래에 기재된 거래에 대하여는 가공매출을 부인한 잘못이 있다.

  (가) 청구법인은 OOO 등에 아래와 같은 내용의 세금계산서를 교부하고 매출로 신고한 사실이 있다.

  청구법인은 이와 관련하여 다른 가공매출 건과 동일하게 ‘가공매입확인서’를 거래상대방으로부터 교부받아 처분청에 제시하였으나, 처분청은 다른 거래와 달리 위 OOO건에 대하여 가공매출을 부인하였으며, 그 이유는 위 OOO건의 거래를 가공매출로 인정하는 경우 ‘2011년 제1기 및 제2기의 매출누락액보다 가공매출액이 더 많아지게 되므로 곤란하다’는 것이다.

  하지만, 가공매출인지 여부는 실제로 가공매출이 이루어졌느냐를 가지고 판단하여야 함에도 확인된 매출누락액보다 많다는 이유로 가공매출을 부인할 수는 없으며, 처분청은 청구법인이 주장한 2011년도의 가공매출액 중 OOO와의 거래금액 OOO원만을 가공매출로 인정하고, 나머지 가공매출 주장에 대해서는 위와 같은 이유로 배척한 잘못이 있다.

  (나) 청구법인은 OOO 등에게 아래와 같은 내용의 세금계산서를 교부하여 매출로 신고한 바 있다.

  청구법인은 이와 관련하여 다른 가공매출 건과 동일하게 ‘가공매입확인서’를 거래상대방으로부터 교부받아 처분청에 제시하였으나, 처분청은 가공매입확인서의 확인자가 OOO 등의 법인이 아니라 OOO 개인으로 되어 있음을 이유로 가공매입확인서에 기재된 OOO원(OOO원 중 청구법인이 가공매출액이라 주장하는 금액)에 대한 청구법인의 가공매출을 부인하였으나, 청구법인으로부터 OOO 등의 명의로 실제 가설재를 임대받고 대금을 지급한 자는 OOO이고, 이러한 이유로 청구법인으로부터 가공매출에 해당하는 금원을 반환받아 간 자도 OOO이었다. 이러한 사실은 청구법인이 작성하여 보관하고 있는 OOO에 대한 장부에 기재되어 있음에도 처분청은 가공매입확인서에 기재된 내용의 사실여부에 대한 확인 없이 막연히 청구법인의 주장을 배척한 잘못이 있다.

  따라서, 청구법인이 OOO 등에 발행한 세금계산서에 기재된 공급가액 합계 OOO원(=OOO원OOO원, 이하 “쟁점②금액”이라 한다)을 가공매출로 인정하여야 한다.

  (다) 청구법인은 OOO에 아래와 같은 내용의 세금계산서를 교부하여 매출로 신고한 사실이 있다.

  이 건 세무조사가 있은 후 추가 가공매출이 있는지를 확인하여 위 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)도 가공세금계산서임이 확인되었고, 쟁점세금계산서 발행 경위에 대하여 OOO의 담당자(OOO)에게 문의하니 ‘본인들은 필요 없음에도 청구법인에서 세금계산서를 발급하여 주겠다고 하여 서로 필요에 의하여 허락했다’는 답변을 하였으며, 이에 청구법인은 2016.9.20. 공문으로 쟁점세금계산서와 관련된 이의를 제기하였고, 이에 OOO은 쟁점세금계산서에 상당하는 또 다른 세금계산서를 청구법인에게 발행함으로써 쟁점세금계산서에 대한 문제를 해결하는 방안을 임의로 선택하여 2016.9.20. 및 2016.9.21. 아래와 같은 내용의 매출세금계산서를 청구법인에게 임의로 발행하였다.

  하지만, 청구법인은 OOO이 임의로 발행한 위 세금계산서에 기재된 철근을 공급받은 사실도 없고, 대금을 지급한 사실도 없으며, 이러한 점들에 비추어OOO 역시 쟁점세금계산서가 실제 철근의 공급 없이 이루어진 사실에 대하여 스스로 인정하고 있는 것이므로 쟁점세금계산서에 기재된 공급가액 OOO원(이하 “쟁점③금액”이라 한다) 역시 가공매출로 인정하여야 한다.

  또한, 청구법인이 매출로 신고한 금액이 가공매출로 확정되는 경우 거래상대방으로서는 매입세액공제부인, 손금(필요경비)불산입, 상여처분 등의 세무상 경제적 불이익을 입게 됨은 물론이고 조세포탈 또는 허위세금계산서 수수의 범죄사실로 형사처벌을 받게 될 수 있음에도 거래상대방이 ‘가공거래가 아님에도 가공거래를 시인하는 내용’의 가공매입확인서를 허위로 작성하여 청구법인에게 교부하여 준다는 것은 쉽게 상정하기 어렵다고 할 것이다. 때문에 처분청이 가공매입확인서가 사실과 다르게 작성된 것으로 볼 만한 어떠한 근거도 제시하지 않은 채 막연히 이를 사실과 다른 것으로 단정하는 것은 타당하지 아니하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2016.10.4. 소득금액변동통지를 받았다고 주장하나, 조사청은 2016.9.5. 청구법인에 대한 세무조사결과통지서와 함께 소득금액변동통지를 등기로 발송하였고, 등기번호를 조회한 바에 따르면 청구법인이 소득금액변동통지를 2016.9.7. 수령한 것으로 나타난다. 다만, 소득금액변동통지서상 기재된 통지일 2016.10.4.은 당초 고지 예정일을 기재한 것으로, 일반적으로 법인은 소득금액변동통지를 받은 날의 다음달 10일까지 원천징수신고․납부를 하여야 하나, 처분청은 청구법인이 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 경우에 해당한다고 보아 2016.9.17. 근로소득세를 수시부과하였고, 이러한 사실은 청구법인에게도 유선으로 설명하였다.

  따라서, 청구법인이 소득금액변동통지를 2016.9.7. 수령하였고, 그 후 처분청은 청구법인에게 수시부과사유가 있다고 보아 2016.9.17. 소득금액변동통지와 관련한 근로소득세 OOO원을 부과한 것이므로 조사청이 청구법인에게 한 소득금액변동통지 및 처분청의 근로소득세 부과처분은 잘못이 없다 할 것이다.

 (2) 조사청의 매출누락액 산정은 수동장부 등에 기재된 내역과 신고된 내역의 비교, 청구법인의 소명내역 등을 다음 〈표3〉․〈표4〉와 같은 과정을 거쳐 종합적으로 검토하여 산정한 것이고, 청구법인과 청구법인의 공동대표인 OOO이 이를 최종적으로 인정하여 확인서 등을 제출하였던 바 매출누락액의 산정 근거가 없다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

  또한, 쟁점①금액은 임대보증금 또는 “장부”에 기재한 금액이라고 주장하며 매출누락액에서 제외하여야 한다고 주장하나,

  입금인과 관련한 계약서 등의 관련 증빙이 전혀 없고(계좌거래상 입금인에게 반환된 사실이 확인된 금액 OOO원은 매출누락금액에서 이미 제외함), 조사청이 예치한 장부에는 위 금액이 적시되지 아니하여 기 적출된 금액이 아니므로 청구법인의 매출누락 금액으로 산정함이 타당하다.

 (3) 청구법인은 가공매출금액이 과소산정된 바 조사당시 가공매출로 인정하지 않은 쟁점②금액과 추가 가공매출로 확인된 쟁점③금액을 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다고 주장하나,

  조사청은 청구법인의 가공매출금액 산정시 단순히 거래처로부터 받은 “가공매입확인서”만을 가지고 가공매출을 산정한 것이 아니라, “가공매입확인서”의 신뢰성 여부, 가공세금계산서 발행에 대응하는 현금매출 존재의 여부를 면밀히 확인하였고, 가공세금계산서 발행 당시의 경위(언제, 누구와, 어떻게, 어떠한 방법으로 가공의 세금계산서를 발행하였는지 등)를 상세히 질문․답변한 전말서 등의 작성을 통하여 종합적으로 검토하여 최종적으로 가공매출금액을 확정한 후 관련기관에 고발 및 과세자료 통보 등을 하였다.

  따라서, 조사청이 조사당시 가공매출액으로 인정하지 않은 쟁점②금액은 청구법인이 가공매입확인서 외엔 어떠한 증빙도 제출하지 않았고, 가공매입확인서 또한 거래상대방이 아닌 신원을 알 수 없는 제3자가 작성하는 등 불명확하며, 청구법인 또한 전말서 작성시 쟁점②금액에 대한 언급이 없었던 점 등으로 볼 때 쟁점②금액과 관련한 거래가 가공거래라고 인정할 만한 근거는 없다.

  또한, 청구법인은 쟁점③금액이 조사기간 이후 가공세금계산서 발행금액으로 확인되었다고 주장하나, 이는 청구법인의 일방적 주장으로 이를 뒷받침할 객관적 증빙은 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 소득금액변동통지 전에 근로소득세가 먼저 과세되었다는 청구주장의 당부

 ② 쟁점①금액은 가설재 임대료의 반환액으로 매출누락에 해당하지 아니하다는 청구주장의 당부

 ③ 쟁점②․③금액이 가공매출이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사․결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

 (2) 법인세법 제67조【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

제69조【수시부과 결정】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 그 사업연도 중에 대통령령으로 정하는 사유(이하 이 조에서 “수시부과사유”라 한다)로 법인세를 포탈(逋脫)할 우려가 있다고 인정되는 경우에는 수시로 그 법인에 대한 법인세를 부과(이하 “수시부과”라 한다)할 수 있다. 이 경우에도 각 사업연도의 소득에 대하여 제60조에 따른 신고를 하여야 한다.

② 제1항은 그 사업연도 개시일부터 수시부과사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 하여 적용한다. 다만, 직전 사업연도에 대한 제60조에 따른 과세표준 등의 신고기한 이전에 수시부과사유가 발생한 경우(직전 사업연도에 대한 과세표준신고를 한 경우는 제외한다)에는 직전 사업연도 개시일부터 수시부과사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 한다.

③ 제1항에 따른 수시부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 법인세법 시행령 제108조【수시부과결정】①법 제69조 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 신고를 하지 아니하고 본점등을 이전한 경우

2. 사업부진 기타의 사유로 인하여 휴업 또는 폐업상태에 있는 경우

3. 기타 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 경우

 (4) 소득세법 시행령 제134조 【추가신고납부】① 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 「법인세법」에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당․상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 제192조 제1항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(「법인세법」에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다.

제192조【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제25조 제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구법인은 1998.10.30. OOO에서 철근 판매와 가설재 임대 등을 주업으로 하여 설립된 법인으로, 조사청은 청구법인의 2011∼2015사업연도에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 아래 〈표5〉와 같이 매출누락, 가공매출, 매입누락 등을 한 사실을 확인하고 처분청에 이를 과세자료로 통보하였다.

  (나) 조사청은 2016.9.5. 청구법인에게 ‘조사결과 및 범칙회부사실통보’ 및 ‘소득금액변동’을 등기우편으로 발송하였고, 2016.9.7. 청구법인이 이를 수령하였다는 ‘내부 우편물 대장’ 및 ‘우편물 수령증’을 제출하였다.

  (다) 처분청은 청구법인에게 수시부과사유가 있다고 보아 위 과세자료에 따라 2016.9.8. 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였고, 2016.9.19. 상여처분에 대한 근로소득세 OOO건 OOO원을 청구법인 사업장에서 OOO(본인)에게 교부송달하였다.

  (라) 청구법인의 공동대표인 OOO과 OOO은 2016.8.22. 청구법인이 2011년 제1기부터 2015년 제2기까지 세금계산서 등을 발급하지 않고 OOO원(공급가액)을 무자료로 매출하였고, 실거래 없는 가공세금계산서 OOO원을 발행하였음을 확인한다는 내용의 확인서를 작성하였다.

  (마) 청구법인의 각자대표이사인 OOO이 2016.8.19. 조사청에서 작성한 전말서에 따르면, “본인이 청구법인의 실질적인 책임자이고, 청구법인의 수동장부에서 확인되는 2011년～2015년 신고누락액 OOO은 신고누락이 맞으며 이 거래들은 주로 십장이나 개인건축주들과의 거래로 현금 혹은 개인계좌로 받아 신고를 하지 아니하였으며, 이들이 세금계산서 발행을 원하지 아니하여 OOO 외 OOO개 업체에게 같은 기간 동안OOO원의 가공세금계산서를 발행하였고, 이는 OOO 대표이사 모르게 본인이 한 행위이다”는 내용이 기재되어 있으나, 청구법인이 가공세금계산서 발행 업체라 주장하는 OOO 등은 전말서에 나타나지 아니한다.

(바) 청구법인은 쟁점①금액을 거래처에 환불하였다고 주장하며 2011년부터 2015년까지 환불한 거래처 명단을 제출하였다.

  (사) 청구법인이 제출한 가설재임대차 계약서에 따르면, 대금결제방식은 원칙적으로 선현금 거래이고, 사용료는 1일 단가로 산정하는 것으로 기재되어 있으며, 계약서의 형식은 각 거래처별로 동일한 것으로 확인된다.

  (아) OOO 등은 “청구법인으로부터 철근을 매입한 사실이 없음에도 세금계산서를 발행받고 법인계좌로 대금을 입금한 후 현금으로 돌려받은 사실이 있음을 확인한다”는 내용의 ‘가공매입확인서’를 제출하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 소득금액변동통지서상 통지일은 2016.10.4.이고, 관련 근로소득세는 2016.9.8.에 과세되었으므로 소득금액변동통지 전에 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 적법한 절차를 위반한 처분이라고 주장하나,

  처분청이 제출한 소득금액변동통지에 대한 우편물 송달 관련 자료들에 따르면 조사청이 2016.9.5. 소득금액변동통지를 등기우편으로 발송한 후 청구법인이 2016.9.7. 이를 수령하였으며, 그 후 처분청은 청구법인에게 수시부과사유가 있다고 보아 2016.9.8. 소득금액변동통지와 관련한 근로소득세 OOO원의 납세고지서를 발행하여 2016.9.19. 청구법인의 사업장 소재지에서 소득의 귀속자인 OOO에게 직접 교부송달한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 소득금액변동통지의 송달 과정 및 관련 근로소득세 부과와 관련된 절차가 위법하다고 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점①금액을 환불하였다는 사업자와 청구법인이 가설재 임대계약을 체결한 사실을 입증할 객관적인 증빙이 없고, 청구법인이 이들에게 쟁점①금액을 환불하였다는 객관적 증빙 또한 제출된 바 없으므로 청구주장을 인정하기 어렵다는 의견이나,

  청구법인이 제출한 가설재임대차계약서의 주요 내용으로 보아 가설재 임대차계약 체결과 동시에 임대료를 현금으로 선결제 받고, 임차인의 사용이 완료되면 선결제된 임대료 중 미사용분에 대한 환불과정을 거친다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구법인이 수령한 선수 임대료 중 미사용분을 환불한 것이라 주장하며 2011년부터 2015년까지의 환불금액 및 환불자 명단을 구체적으로 기재하여 제출하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점②․③금액이 가공거래임을 입증할 증빙이 가공매입확인서 외엔 없고, 청구법인이 세무조사 당시 작성한 전말서에 쟁점②․③금액에 대한 언급이 없었던 점 등을 종합할 때 이를 가공매출액으로 인정하기 어렵다는 의견이나,

  처분청은 세무조사 당시 청구법인이 제출한 가공거래 내역에 대하여 가공거래와 실거래의 구분 기준이 명확하지 아니하였고 과세 근거자료가 부족한 점, 청구법인은 세무조사 당시 가공거래라 주장하였던 매출세금계산서 외에 가공매출세금계산서를 추가로 제출하고 있는 점, 통상 매입자들은 매출자보다 더 큰 불이익을 받게 됨에도 이를 감수하고 가공거래임을 시인하는 확인서를 작성하여 제출한 점 등에 비추어 쟁점②․③금액이 가공매출액이라는 청구주장에 신빙성이 있어 보이므로, 청구법인이 제출한 가공매출처 및 가공거래금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.