1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO를 이용하여 휴대전화 관련 부품․소재 제조업을 영위하는 중소기업으로서 2012년 9월부터 2013년 11월까지 기간 동안 비자금 조성 목적으로 청구법인의 OOO가 운영하던 외주가공업체 OOO와 OOO(이하 OOO와 OOO을 합하여 “쟁점거래처”라 한다)로부터 실제 공급받은 금액보다 많은 금액을 기재한 세금계산서를 수취하는 방법으로 합계 OOO원(이하 “쟁점과다지급액”이라 한다)의 가공세금계산서를 수취하여 해당 과세기간 법인세 및 부가가치세를 신고납부였다가 2014.10.24. 쟁점과다지급액을 익금산입하는 한편, 매입세액 공제액에서 제외하는 등 법인세와 부가가치세를 수정신고․납부하면서 쟁점거래처에 지급한 쟁점과다지급액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 반환받지 못하였다 하여 지급수수료로 손금에 산입(기타사외유출)하는 한편, 쟁점금액이 OOO의 사업소득에 해당된다 하여 2012년(2013.3.10. 신고납부) 및 2013년(2014.3.10. 신고납부) 귀속분 소득세 및 지방소득세를 원천징수하여 납부하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.7.21.∼2016.10.14. 기간 동안 청구법인에 대해 법인세통합조사를 실시하여 청구법인이 2013.7.1. OOO에 지급한 OOO원(이하 “쟁점기부금”이라 한다)을 지정기부금으로 보아 이 중 한도액 OOO원을 2013사업연도 소득금액 계산상 손금에 계상한 데 대해 조사청은 쟁점기부금이 비지정기부금에 해당되는 것으로 보아 지정기부금 한도액 OOO원을 손금불산입하였고, 쟁점금액은 자료상 행위를 중개해 주는 대가로서 사업과 무관한 비용이라 하여 손금불산입하는 한편, 쟁점금액 등을 대표자 상여로 소득처분하는 등 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2016.11.17. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원을 각 경정․고지하는 한편, 쟁점금액 등 OOO을 대표자 상여로 소득금액변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) ｢법인세법 시행령｣ 제36조 제1항 제1호 마목에서 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 ｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인을 지정기부금단체로 규정하면서 후단 괄호에서 “그 소속 단체를 포함한다”라고 규정하고 있는바, 특정 종단이 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서 지정기부금단체에 해당되는 경우 그 종단에 등록된 개인사찰도 소속 단체로서 비지정기부금 단체로 보아야 할 것인데, OOO는 지정기부금단체인 OOO에 2012.8.30. OO등록을 하여 OO등록증을 교부받았으므로 지정기부금단체로 보아야 할 것인 점, 특정 종단에 등록되어 있는 개인소유의 전국의 수많은 사찰들 중 소유주와 종교업무를 총괄하는 스님이 다른 경우도 다수 있으나, 동 사찰들에 대한 기부금은 지정기부금으로 인정받고 있는 점, 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점기부금 중 당시 OOO가 제주도지사에 신청한 보조금이 교부되는 경우 OOO원을 반환받기로 하였으나, 보조금 지원 여부가 불투명하게 되자 OOO의 재정상태 및 청구법인 대표자와의 오랜 인연 등으로 전액을 기부하게 된 것으로 그 지급사실 및 기부금으로 계상한 사실이 청구법인 지점 장부로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점기부금을 비지정기부금으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

  (2) ｢법인세법 시행령｣ 제106조에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 처분하되, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보며, 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 소득처분하도록 규정되어 있는바, 사업상 필요에 의해 조성한 비자금인 쟁점과다지급액 중 쟁점금액은 2012년 및 2013년 중 OOO에게 지급하여 2013.3.10. 및 2014.3.10. OOO의 사업소득으로 원천징수하여 납부한 점, OOO는 쟁점금액을 지급받은 사실이 확인되는 사과문을 제시한 점 등에 비추어 쟁점금액은 청구법인 OOO에게 귀속된 것으로 보아야 할 것이므로 OOO의 상여로 소득처분하는 것은 별론으로 하더라도 대표자 상여로 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  (1) ｢법인세법 시행령｣ 제36조 제1항 제1호 마목에서 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 ｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인을 지정기부금 단체로 본다고 규정하고 있는바, OOO는 주무관청인 제주특별자치도지사로부터 허가를 받은 사실이 없고, OOO 소속으로 발급된 OO등록증에 의하면 OOO 주지는 ‘OOO’으로 기재되어 있으나 OOO 소재지의 토지 및 건물 등기부등본에 의하면 소유자는 OOO 대표자인 OOO 개인 소유로 되어 있으며, OOO의 소속 승려도 아니어서 OOO는 지정기부금 단체로 볼 수 없는 점, 조사당시 청구법인이 제출한 전산프로그램의 전표에 쟁점기부금이 계상되어 있지 않은 점 등에 비추어 쟁점기부금을 비지정기부금으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

  (2) 청구법인은 쟁점금액은 OOO의 상여로 소득금액변동통지하여야 한다고 주장하나, 실제 쟁점금액이 OOO에게 귀속되었는지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못한 점, 쟁점금액은 자료상 행위에 대한 대가성으로 OOO의 사업소득 원천징수 대상이 아님에도 지급수수료로 계상하여 부당하게 손금에 산입한 점, 청구법인이 제시한 인천지방법원 부천지원 판결서(2015.4.24. 선고 2015고단85)에 의하면 청구법인은 OOO의 요구로 OOO원을 지급하였고, OOO가 청구법인 대표자 등에게 추가 요구한 금전은 그 지급을 거절하여 실제 지급되지 않은 것으로 되어 있는바, 청구법인이 지급한 OOO원의 경우 청구법인 대표이사가 부담하였어야 할 금액이고, 나머지 OOO에게 지급한 금액이 확인되지 않으므로 쟁점금액을 청구법인 대표자 상여로 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점기부금이 ｢법인세법｣상 지정기부금에 해당되는지 여부

  ② 쟁점금액 등을 대표자 상여로 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련 법령

  (1) 법인세법

 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ ｢조세특례제한법｣ 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제24조【기부금의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 제67조【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 (2) 법인세법 시행령

 제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체 등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

  마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 ｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

  나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

  다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 ｢소득세법｣ 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

  라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

  (1) 조사청의 청구법인에 대한 세무조사 종결 보고서에 의하면 OOO은 1994년 6월 플라스틱 용착 임가공업체인 OOO로 개업한 후 2012년 1월 청구법인으로 법인전환하였고, OOO 임가공 수주로 매출이 급증하였다가 2014년 임가공용역의 OOO 이전으로 매출이 급감한 것으로 되어 있다.

  (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 OOO의 설립경위 및 쟁점기부금 지급경위는 다음과 같다.

    1) OOO은 1991.9.27. 문화체육관광부의 허가를 받아 설립되었고, ｢법인세법 시행령｣ 제36조 제1항 제1호 마목규정에 따른 지정기부금 단체에 해당된다는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

    2) OOO는 2009.12.30. OOO세무서장으로부터 고유번호증OOO을 교부받았고, 대표자는 OOO, 소재지는 제주특별자치도 OOO로 기재되어 있다.

    3) OOO에서 2012.8.30. 발급한 OO등록증에 의하면 OOO의 창건주는 OOO로, 주지는 OOO으로 등록연월일은 2010.12.29.로 각 기재되어 있다.

    4) OOO에서 2012.8.9. 발급한 임명장에 의하면 2012.8.9. OOO을 OOO으로 임명한 사실이 나타난다.

    5) OOO은 2014.5.26. OOO의 탈종을 신문에 공고한 사실이 나타난다.

    6) OOO가 발급한 기부금 영수증에 의하면 2013.7.1. 대웅전 건립 목적으로 청구법인이 OOO원을 기부한 것으로 되어 있고, 청구법인은 동 지급사실이 나타나는 지점의 계정별원장을 제시하였으며, 조사청에서 2016.10.11. 청구법인 대표이사 OOO으로부터 징구한 확인서에 의하면 청구법인은 2013.7.1. 쟁점기부금을 OOO에 대여해 주었으나(추후 제주특별자치도 OOO에 지급예정인 예산 OOO원을 상환받기로 약속함), OOO 자금사정이 어려워 상환을 받지 못해 쟁점기부금을 지정기부금으로 처리하여 법인세를 신고하였다는 내용이다.

    7) OOO가 소재한 제주특별자치도 OOO 토지 및 건물등기부등본에 의하면 소유자는 OOO로 되어 있다.

    8) 처분청은 OOO이 2016.9.6. 제주특별자치도지사로부터 회신받은 ‘비영리법인 설립 등 현황자료 송부’ 공문(문화정책과-2303)을 제시하였는바, OOO의 대표자는 OOO로서 비영리법인 설립 허가 여부에 대해 “해당 사항 없음”으로 기재되어 있다.

    9) 조사청 조사담당자는 2017.4.18. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 2017.4.10. 조사청이 OOO에게 재단등록 사찰 현황조회를 의뢰하여 2017.4.12. 회신받은 공문을 근거로 OOO는 동 재단에 소속된 단체로 볼 수 없다는 의견을 제시하였는바, 동 재단이 조사청에 회신한 공문의 주요내용은 다음과 같다.

    10) 청구법인은 재단법인 OOO 총무원장 직인이 날인된 2017.5.19.자 ‘사실확인서’(OOO는 2010.12.29. OOO하고 OOO이 주지로 임명된 사실은 있었으나, OOO은 2014.5.14. 종단으로부터 제적되었으며, OOO 사찰도 2014.5.14. 본 종단에서 자동 삭제되어 현재는 OOO과는 관계가 없음을 확인한다는 내용)를 추가로 제출하면서 당초 제시하였던 OOO의 OO등록증(증서 제1-2292호), OOO 주지 임명장(증서 제12-060호), 탈종공고문(제주불교신문) 등을 종합해 보면 OOO는 2010.10.29.부터 2014.5.14.까지 재단법인 OOO에 등록된 사찰로서 소속 단체였다고 주장하고 있다.

   (나) 조사청이 제시한 청구법인이 OOO 소재지인 제주특별자치도 OOO상 사업자등록 내역은 다음과 같다.

   (다) 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 ｢법인세법 시행령｣ 개정시 지정기부금의 범위에 대해 규정하고 있는 제36조 제1항 제1호 마목을 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 ｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인으로 규정하면서 후단 괄호에 그 소속 단체를 포함한다는 문구를 포함하였는바, 기획재정부에서 발간한 ‘2008 간추린 개정세법’상 동 규정의 개정이유에 대해 “종교단체에 대한 등록제도가 없는 현실을 감안하여 보완”한 것으로 기재되어 있다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO에 쟁점기부금을 지급하였는지가 불분명하고, 설령 청구법인이 쟁점기부금을 OOO에 지급하였다 하더라도 OOO는 지정기부금 단체에 해당되지 않으므로 쟁점기부금을 비지정기부금으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 조사청에서 2016.10.11. 청구법인 OOO으로부터 징구한 확인서에 의하면 청구법인은 2013.7.1. 쟁점기부금을 OOO에 당초 대여해 주었다가 OOO 자금사정이 어려워 상환을 받지 못해 쟁점기부금을 지정기부금으로 처리하여 법인세를 신고하였다는 내용으로 청구법인이 제시한 지점의 계정별원장에 쟁점기부금을 지급한 사실이 나타나는 점, ｢법인세법 시행령｣(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제36조 제1항 제1호 마목 괄호에서 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 ｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인의 소속 단체를 지정기부금단체로 규정하고 있는바, OOO이 ｢법인세법 시행령｣ 제36조 제1항 제1호 마목 규정에 따른 지정기부금단체에 해당된다는 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는 점, OOO는 2010.12.29. 동재단법인에 OO등록하였다가 2014.5.14. 동 재단법인에서 탈퇴한 사실이 동 OOO등록증, 사실확인서에 나타나며, 같은 날 동 OOO을 임명하였다가 2014.5.14. 제적한 사실이 동 재단법인에서 발급한 OOO 임명장에 나타나는 등 OOO는 2010.12.29.부터 2014.5.14.까지 ｢법인세법 시행령｣ 제36조 제1항 제1호 마목 규정에 따라 지정기부금단체인 OOO의 소속 단체에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점기부금을 비지정기부금에 해당되는 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인이 쟁점거래처로부터 가공세금계산서를 수취하여 쟁점과다지급액을 지급한 내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점금액이 OOO에게 귀속되었다며 청구법인이 소명한 내역은 아래 <표2>와 같다.

   (나) 청구법인은 쟁점금액을 대표자 상여로 소득금액변동통지한 처분은 부당하다고 주장하며, 쟁점금액이 OOO에게 귀속되었다는 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다.

    1) OOO가 2015.6.2. 작성하여 날인한 것으로 되어 있고, 인천구치소 OOO가 입회하여 OOO의 날인 사실을 확인한 ‘사과문’(인천광역시 OOO이 2015.5.29. 발급한 인감증명서 첨부)을 제시하였는바, 주요내용은 다음과 같다.

    2) OOO가 보증금 OOO원의 입금하였음을 확인하는 내용의 입금표를 제시하였다.

    3) OOO가 청구법인 대표이사 OOO을 상대로 OOO원을 갈취한 혐의로 기소되어 인천지방법원 부천지원으로부터 2015.4.24. 징역 1년 6개월을 선고(2015고단85 판결)받았는바, 동 판결서의 주요내용은 다음과 같다.

   (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO가 2015.6.2. 작성하여 날인하고, 인천구치소 OOO가 입회하여 OOO의 날인 사실을 확인해 준 ‘사과문’을 근거로 쟁점금액이 OOO에게 귀속되었다고 주장하는바, 이 중 인천지방법원 부천지원이 2015.4.24. 선고한 2015고단85 판결서에 의하면 OOO는 가공거래를 통하여 세금을 누락하여 만든 비자금에 대한 약점을 갖고 있던 청구법인 대표이사 OOO을 협박하여 본인이 실제 운영하던 OOO 주식회사의 가공 매입 형태로 부가가치세를 포함한 OOO원을 지급받은 사실이 나타나는 점, 보증금 OOO원을 지급한 사실이 관련 입금표로 확인되는 점, 이 외에 청구법인은 쟁점금액 전액이 OOO에게 귀속되었다고 소명하였으나, 그 사실을 입증할 만한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점금액 중 OOO에게 귀속된 사실이 나타나는 OOO원을 대표이사 상여처분에서 제외하는 것으로 하여 소득금액변동통지금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.