주 문

청구인의 심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구인은 2008.2.14. 취득한 〇〇도 〇〇군 〇〇읍 〇〇리 574-5토지 외 8필지 및 그 지상건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2015.4.28. 주식회사 〇〇중공업(이하 “양수법인”이라 한다)에 양도하고, 2015.6.29. 양도가액을 1,000,000,000원 으로 하여 2015년 귀속 양도소득세 130,386,070원 신고·납부하였다.

 나. 〇〇지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.8.24.부터 2016.10.8.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점부동산을 4,500,000,000원에 양도한 후, 3,500,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구인이 최대주주로 있는 주식회사 〇〇〇(이하 “특수관계법인”라고 한다)로 지급받은 것으로 보아, 2016.12.8. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 1,318,231,930원을 경정·고지하였다.

 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구인 주장

  특수관계법인이 약정에 따라 양수법인으로부터 지급받은 쟁점금액은 쟁점부동산양도대가가 아닌 보상금에 해당함에도 이를 양도소득으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

  (1) 쟁점부동산의 기준시가는 아래 <표1>과 같이 942백만원으로 나타나는바, 기준시가에 비추어 보아도 쟁점부동산의 양도가액은 10억원으로 봄이 타당하고, 과세관청의 주장과 같이 45억원으로 본다면 양수법인은 4.5배 이상을 들여 매입하는 결과를 초래하므로 정상적인 거래관행에서 발생할 수 없는 거래이다.

<표1> 쟁점부동산의 공시지가 및 실거래가 비교

(단위 : ㎡, 원)

  (2) 청구인은 특소관계법인의 최대주주이며 실질적인 경영자로 특수관계법인이 조선소를 준공함에 따라 임직원들의 숙소해결을 위해 인접토지인 쟁점부동산을 매입하게 되었고, 특수관계법인은 도크 준공과정에서 쟁점부동산에 막대한 조성비를 투자하였으나 세계 경기 침체에 따라 막대한 손실만을 발생시킨 후 경매가 진행되기에 이르렀으며, 이에 따라 특수관계법인은 토지조성비를, 청구인은 쟁점부동산 보유 의미를 상실하게 되는 상황이 발생하여 유력한 낙찰 예정자인 양수법인과 쟁점부동산을 양도하는 조건으로 특수관계법인의 토지조성비를 회수하는 약정을 체결하게 되었다.

  양수법인도 조선소의 정상적 운영을 위해 쟁점부동산을 취득해야 하는 상황이었고, 이에 따라 매매계약서 제10조에서 경매물건을 취득하는 시점까지 소유권이전을 할 수 없고 경매물건을 적법하게 취득하지 못하는 경우 쟁점부동산 매매계약은 효력이 상실한다는 특약사항을 명시하게 된 것이며, 과세관청의 의견대로 쟁점부동산 양도금액이 45억원이었다면 이러한 특약사항은 기재의 필요성이 없었을 것이다.

  (3) 쟁점부동산 양도가액이 45억원이었다면 청구인은 양도대금 중 50% 수준에 불과한 25억원(부동산 매매대금 10억원 + 보상금 약정서상 계약금 15억원)만을 수령하고 소유권을 이전하도록 약정이 체결되어 있는바, 이는 정상적인 거래로 볼 수 없다.

  (4) 특수관계법인은 부동산매매계약 체결과 함께 보상금 수령에 대한 약정을 체결할 것을 미리 알고 특수관계법인 운영과정에서 관계회사로부터 차입한 차입금 48억원을 반제할 목적으로 2015.4.21. (주)〇〇에 ‘채권 양도·양수계약서’를 체결하였는바, 쟁점금액이 쟁점부동산 양도가액의 일부였다면 부동산 소유자인 청구인의 승인 없이 채권 양도·양수계약서를 체결한 것이고, 보상금 수령금액이 다른 채권자들에게 이전할 수 밖에 없는 특수관계법인을 보상금 수령인으로 명시하여 그 양도대금이 청구인에게 귀속될 수 없도록 하였다는 것은 논리적으로 맞지 아니하다.

  (5) 처분청은 특수관계법인 소유 부동산 및 조선소 시설이 경락으로 인하여 매각이 완료되어 쟁점금액은 양도소득이라는 의견이나, 양수법인은 경락대금 잔금을 지급하기 전에 조선소 도크에 대한 이용권을 확실히 보장받기를 원하였고, 이에 따라 쟁점부동산의 소유권뿐만 아니라 특수관계법인의 도크시설까지 보상금 지급약정을 통해 해결하기 위하여 약정서를 체결하고 특수관계법인은 쟁점금액을 보상금으로 지급받은 것임에도 이를 양도소득으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

  청구인은 쟁점부동산을 45억원에 양도하면서 양도소득세 절세목적으로 양도대금 중 35억원을 특수관계법인을 통하여 지급받은 것이므로 이 건 과세처분 타당하다.

  (1) 청구인은 공시지가를 기준으로 거래금액이 타당하지 아니한다는 주장이나, 보통 공시지가는 실거래가의 70~80%로 형성되고, 매수자가 반드시 매입하여야 하는 사실을 알고 있는 매도자라면 높은 금액을 요구하는 것은 당연하며, 청구주장에서도 조선소 운영을 위해 양수법인은 쟁점부동산을 반드시 취득해야 함을 알고 있었으므로 가격결정권은 매도자인 청구인이 갖고 있는 상황에서 공시지가를 기준으로 거래금액을 10억원으로 결정하였다는 것은 설득력이 없다.

  위 <표1>의 공시지가와 실거래가액의 비교를 보면, 조선소 연접필지(〇〇도 〇〇군 〇〇읍 〇〇리 574-16,17)를 제외하고는 대부분 공시지가가 낮은 임야나 도로임을 알 수 있음에도, 양수법인이 조선소 운영을 위해 반드시 취득하여야 할 연접토지가 공시지가보다 더 낮은 실거래가로 신고되어 있는 것으로 나타나 정상적인 신고내용으로 볼 수 없다.

  양수법인은 조선소 운영목적으로 연접토지를 취득하이 위하여 쟁점 부동산 전체를 취득한 것이고, 특수관계법인의 부지조성으로 땅값의 상승이 있었다 하더라도 이는 토지소유자인 청구인의 몫이지 특수관계법인의 몫이 아니며, 양도소득세의 부담을 낮추려는 양도자의 입장에서 특수관계법인의 영업외수익으로 처리하더라도 결손금으로 인해 법인세 부담이 없어 공시지가를 기준으로 안분(10억원, 35억원)한 것으로 판단된다.

  (2) 청구인은 특수관계법인이 기 투자한 토지조성비를 회수할 수 없게 되는 것을 방지하기 위하여 특약사항에 기재하였다고 하나, 매수법인의 문답내용에 의하더라도 거래당사자간 경매물건의 소유권 점유를 전제로 청구인 소유토지를 취득한다는 것을 약속한 내용이며, 양수법인 입장에서도 조선업 운영을 위해서는 경매 및 매매취득은 당연히 함께 이루어져야 하기 때문에 특약사항에 명시한 것으로 인지했음을 알 수 있다.

  (3) 청구인은 양도가액이 45억원이라면 대금의 일부만 받고 소유권을 이전한 것이므로 정상적이지 않다고 주장하나, 거래당사자간 사전에 합의가 이루어진 경우 잔금청산은 소유권이전등기일 이전 또는 이후에 이루어질 수 있으므로 잔금청산 이전에 소유권이전등기가 이루어졌다고 하여 정상적이지 않다고 할 수 없다.

  총 거래대금 45억원 중 2013년 선급금을 특수관계법인이 수령하였는바, 양수법인 입장에서 필수토지를 취득하면서 선급금을 청구인이 아닌 특수관계법인에게 지급한 것은 청구인의 자인 고〇〇의 주도하에 거래가 전반적으로 이루어졌고, 45억원의 구분 계산·근거가 전혀 없는 사실 등에 비추어 매매대금 총액(45억원)을 결정한 후 사전계획에 따라 개인과 법인으로 구분하여 송금받은 것으로 봄이 타당하다.

  이는 조사청이 확보한 아래의 계약내용을 담은 자료를 보면 매매대금 45억원에 대한 세부담 절감을 위해 여러 계약서를 작성해 보는 등 상당한 고민을 했었음을 알 수 있고, 청구인은 여러 가지 방법을 두고 고민한 결과, 결국 10억원과 35억원을 구분하여, 10억원에 대한 양도소득세만을 부담하게 된 것이다.

  (4) 특수관계법인에게 채권을 양도한 것은 차입금 반제목적이라고 주장하나, 이는 사실여부가 확인되지 않는 주장으로 특수관계법인이 동 금액을 토지조성보상금으로 수령하였다면 주 채권자인 〇〇중앙회에 귀속되어야 당연할 것인데 부동산매매계약서 체결직전 특수관계법인과 (주)〇〇과 ‘채권양도양수계약서’를 체결하여 보상금 채권을 (주)〇〇에 양도한 것으로, 이를 인지한 ○○중앙회가 두 법인가 채권 양수·도 행위를 사해행위로 보아 소송을 제기하여 진행 중에 있다.

  (5) 쟁점금액과 관련된 보상금 지급약정서는 매수자의 필요성에 따라 체결된 것이라고 주장하나, 양수법인은 조선소 운영을 위해 경매를 통하여 특수관계법인의 모든 토지 및 시설 등을 확보함과 동시에 청구인 소유토지를 취득하면 되는 것으로, 그 대금을 토지대금과 토지조성보상금으로 구분해야 할 이유가 없었고, 이는 청구인의 세부담을 절감하기 위한 약정서이므로 갑의 입장이었던 청구인이 요구하여 작성된 약정서임을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  특수관계법인이 수령한 쟁점금액을 청구인 소유의 부동산 양도소득으로 보아 과세한 처분의 당부

 나. 관계 법령

  (1) 소득세법

제92조 【양도소득과세표준의 계산】① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

 나. 지상권

 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

제96조 【양도가액】① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

② 삭제 <2016.12.20>

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 「법인세법」 제52조에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 조사청에서 2016.8.24.부터 2016.10.8.까지 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 실지조사 후 작성한 조사보고서의 주요내용은 아래와 같다.

   (가) 청구인은 토지양도대금으로 10억원을 , 특수관계법인은 청구인 소유토지의 조성비용보상금으로 35억원을 각 양수법인으로부터 수령하였는바, 양수법인은 쟁점부동산을 취득한 대가로 총 45억원을 지급한 것으로 확인되며, 구체적인 수령내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점부동산 관련 거래대금 수령내역

(단위 : 백만원)

   (나) 2015.4.28. 양수법인은 청구인과 거래대금 10억원의 매매계약서를 작성하고, 특수관계법인과는 쟁점금액(35억원)의 ‘토지조성보상약정서’를 체결한바, 동 약정서의 내용은 청구인 소유토지인 〇〇도 〇〇군 〇〇읍 〇〇리 574-16, 17 2개 필지 위의 토지조성공사를 한 특수관계법인에 조성비용에 대한 보상금으로 3,490백만원과 청구인과의 부동산매매계약 컨설팅 수수료로 10백만원을 지급한다는 내용이다.

   (다) 특수관계법인의 발주로 2008년부터 시작한 〇〇기업(주)의 Dry Dock 건설공사와 관련하여 특수관계법인은 동 건설공사비용을 건설중인 자산으로 계상하였고, 2009년 6월 이 건설중인 자산은 구축물, 기계장치, 건물 등으로 대체되었다가 2015년 4월 특수관계법인 소유의 모든 토지 및 조선소 설비가 일괄경매로 매각됨에 따라 유형자산처분손실 27,751백만원을 장부에 반영한 것으로 확인된다.

   (라) 청구인 소유 2개 필지 위에 특수관계법인 소유의 Dry Dock 외 부지공사 및 구축물 등의 가액은 이미 경매가액에 포함되어, 동 조성비용(자산)은 정산완료 되었기에, 양수법인이 지급한 45억원은 청구인 소유 토지의 양도대금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

  (2) 청구인과 양수법인이 2015.4.28. 체결한 쟁점부동산 매매계약서의 주요내용은 아래와 같다.

  (3) 특수관계법인이 양수법인과 2015.4.28. 작성한 “토지매수 및 토지 기 조성권리 보상 약정서”의 주요내용은 아래와 같다.

  (4) 양수법인의 재경부 이사인 고〇〇이 2016.9.27. 작성한 문답서의 주요내용은 아래와 같다.

  (5) 특수관계법인이 쟁점금액 중 계약금 등 기 지급금을 제외한 채권액을 차입금 반제 목적으로 관계회사인 (주)〇〇에게 양도하였으나, 이를 인지한 특수관계법인의 주채권자인 〇〇중앙회가 (주)〇〇을 상대로 사해행위 취소소송을 제기하여 승소(광주지방법원 2017.5.11.선고 2016가합52564 판결)하였는바, 주요내용은 아래 <표5>와 같고, 특수관계법인이 쟁점부동산 지상에 지상권 등 별도의 권리를 설정한 사실은 없는 것으로 확인된다.

<표5> 광주지방법원 판결서(2017.5.11. 선고 2016가합52564 판결)중 일부

  (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점금액은 양수법인이 특수관계법인에게 지급한 토지조성비에 대한 보상금이므로 이를 양도소득으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 특수관계법인이 쟁점부동산 지상에 지상권 등의 권리를 설정한 사실이 없는 점, 양수법인의 재경부 이사가 조선소의 전체 인수대금을 감안하여 배후부지 매매가격을 결정한 것으로 나타나는 반명 쟁점금액 안분과 관련한 산정방법을 제시하지 못하고 있는 점, 특수관계법인이 청구인 소유토지 위에 조성한 Dry Dock 등 구축물 등의 가액은 특소관계법인의 공장재단 및 부지 경매시 감정가액에 이미 포함된 것으로 나타나는 점, 특수관계법인 스스로 Dry Dock 건설공사와 관련한 공사비용을 건설중인 자산으로 계상하였고, 2009년 6월 이 건설중인 자산은 구축물, 기계장치, 건물 등에서 대체되었다가 2015년 4월 특수관계법인 소유의 모든 토지 및 조선소 설비가 일괄경매로 매각됨에 따라 유형자산 처분손실로 장부에 반영한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 쟁점금액은 쟁점부동산의 양도로 발생한 것으로 보이므로 이를 양도소득이 아닌 보상금으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2017. 7. 6.