주 문

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6. 28. 원고에 대하여 한 증여세경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 2005. 6. 28. 부친인 AAA으로부터 별지1 목록 제1 내지 5항 기재 각 토

지를 증여받고, 2006. 12. 28. 같은 목록 제6 내지 9항 기재 각 토지를 증여받았다(이

하 위 제1 내지 9항 기재 토지를 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다).

나. 원고는 이 사건 각 토지를 증여받은 직후 피고에게 원고가 영농자녀로서 자경농

민인 부친으로부터 이 사건 각 토지를 증여받았음을 이유로 구 조세감면규제법(1998.

12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조 제1항, 같은 법 시행령

(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항, 제

2항, 조세특례제한법 부칙(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제15조 제2항에

기하여 증여세 면제신청을 하였다.

다. 피고는 원고의 이 사건 각 토지 취득행위가 위 나.항 기재 각 규정에 의한 증여세

감면대상이 아니라고 판단하여, 2008. 12. 2. 원고에 대하여 증여세 0000원을

부과(이하 ‘이 사건 증여세 부과처분’이라 한다)하였다. 이에 따라 원고는 2009. 6. 22.

피고에게 증여세 본세 000원 및 가산금 88,249,430원을 납부하였다.

라. 그 후 원고는 2013. 5. 10. 이 사건 증여세 부과처분이 당연무효임을 전제로 이미

납부한 위 다.항 기재 증여세에 관하여 부당이득반환청구소송을 제기하였는데, 1심 법

원은 2013. 9. 17. 이 사건 증여세 부과처분에 증여세 면제요건의 판단 기준시점을 잘

못 해석한 중대한 위법이 있다고 인정하면서도 그 위법이 명백하다고 할 수는 없다고

보아 원고의 청구를 기각하였다(00지방법원 2013가합00000). 한편, 위 소송의 2심 법

원 역시 2014. 4. 10. 1심 법원과 유사한 취지로 원고의 항소를 기각하였고(서울고등법

원 2013나0000000), 2014. 7. 10. 대법원에서 그대로 확정되었다(대법원 2014다000000,

이하 각 심급을 통틀어 ‘이 사건 민사판결’이라 한다).

마. 원고는 위 라.항 기재 판결에서 이 사건 증여세 부과처분의 위법성이 인정된 점을

들어 2016. 6. 3. 피고에게 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청

구를 하였으나, 피고는 2016. 6. 28. 후발적 경정청구의 제척기간이 이미 도과되었음을

이유로 위 청구를 각하하는 취지의 경정청구 처리결과 통지(이하 ‘이 사건 통지’라 한

다)를 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2016. 7. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판

원은 2016. 10. 12. 피고가 들었던 것과 같은 이유로 위 청구를 각하하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제3, 5호증의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 증여세 부과처분은 피고가 구 조세감면규제법 등 관계 법령을 잘못 해석함에

따라 이루어진 위법한 처분이므로, 피고는 직권 발동을 촉구하는 의미에 불과한 원고의

후발적 경정청구가 제척기간을 도과하였는지 여부와 상관없이 국세기본법 제51조에 따

라 원고의 경정청구를 받아들여 잘못 납부된 증여세를 원고에게 환급할 의무가 있다.

3. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고 주장의 요지

이 사건 민사판결은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 규정하는 후발적 경정

청구의 사유로서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된

거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을

때’에 해당하지 않는다. 설령 여기에 해당한다 하더라도 경정청구의 제척기간이 이미

도과되어 피고는 위 경정청구에 대하여 세액을 경정하거나 거부처분 등을 할 의무가

없으므로, 이 사건 통지는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없다. 따라서

이 사건 소는 어느 모로 보나 부적법하다.

나. 판단

(1) 후발적 경정청구 사유의 존부

후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 ‘거래 또는

행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초 신고·

결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등

에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존

부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없

게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 참조).

갑 제1호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 민사판결은 이 사건 각

토지에 관한 증여세 면제요건에 대하여 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문개정된 구

조세특례제한법 시행 당시 자경농민이 소유하던 농지를 2006. 12. 31.까지 영농자녀에

게 증여하되, 수증자의 영농자녀 요건의 구비 여부는 구 조세감면규제법 시행령 제57

조 제1항, 제2항에 따라 농지의 실제 증여일을 기준으로 판단하여야 한다고 전제한 다

음, 원고가 이 사건 각 토지의 증여일을 기준으로 소급하여 2년간 계속해서 영농에 종

사하였으므로 증여세 면제요건을 갖추었다고 인정하면서, 그에 반하여 이루어진 이 사

건 증여세 부과처분은 위법하다고 판시하였다(다만 그 하자가 명백하다고 할 수 없다

는 이유로 당연무효로 보지는 않았다).

위 인정사실에 의하면, 이 사건 민사판결이 이 사건 증여세 부과처분의 효력 자체

를 무효로 선언하지는 아니하였으나, 그 위법성을 인정·확인함으로써 이 사건 증여세

부과처분이 더는 정당하게 유지될 수 없는 근거를 제공하였다고 볼 수 있으므로(후발

적 경정청구의 제척기간 도과 등으로 인하여 결과적으로 이 사건 증여세 부과처분의

효력을 소멸시키지 못하게 되는 사정은 별개의 문제이다), 원고에게는 일응 국세기본법

제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구권이 발생하였다고 봄이 상당하다.

따라서 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.

(2) 제척기간의 도과 및 대상적격의 존부

구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45

조의2 제2항은 각 호에서 들고 있는 후발적 경정청구사유에 대하여 ‘과세표준신고서를

법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음

각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에

도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할

수 있다’고 규정하고 있다. 한편, 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적

법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부 처분을 할 의무가

없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거

부처분으로 볼 수 없다(대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44830 판결 등 참조).

그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 민사판결이 확정된 2014. 7. 10.부터 약

1년 11개월이 지난 뒤에서야 비로소 피고에게 후발적 경정청구를 하였는바, 위 경정청

구의 제척기간은 이미 도과되었다고 할 것이므로(피고의 잘못으로 이 사건 증여세 부

과처분이 이루어졌다고 하여 위와 같은 제척기간의 적용이 당연히 배제된다거나, 그러

한 취지를 담고 있는 국민권익위원회의 권고의견에 법원이 구속된다고 볼 수 없다),

피고가 원고의 경정청구를 거절하는 취지에서 이 사건 통지를 하였더라도 이를 항고소

송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.

따라서 이 사건 소는 대상적격을 흠결하여 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안

전 항변은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.