1. 처분개요

 가. 청구법인은 OOO에서 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립․운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 정부가 OOO 출연하여 설립된 비영리법인이고, 2012년 제1기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 청구법인이 연구개발을 수행한 결과로 얻어진 특허권 등을 활용하고자 하는 기업과 계약을 체결하고 이에 대한 대가로 받은 기술료수익을 부가가치세 면세대상으로 보아 계산서를 발행하고 부가가치세 신고시 면세로 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 사후검증을 실시한 결과, 2015.9.30. 청구법인의 기술료수익이 부가가치세 면세 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 처분청에게 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2015.11.9. 청구법인에게 2012년 제1기부터 2014년 제2기까지 부가가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 OOO과 같이 OOO 기술료수익에 관련된 국가연구개발사업을 수행하면서 수취한 세금계산서 및 신용카드매출전표 관련 매입세액 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)이 부가가치세 과세사업과 관련된 공제대상 매입이라며 2016.2.1. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점매입세액을 과세사업 관련 매입세액으로 볼 수 없다며 2016.4.5. 청구법인에게 경정청구거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2016.4.29. 조사청에 이의신청을 하였고, 조사청은 2016.6.9. 쟁점매입세액이 기술료수익에 대응하여 직접 공제가능한 매입세액에 해당되는지 여부, 연구개발사업을 수행하는 과정에서 실지 귀속을 구분할 수 없는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액인지 여부를 확인하여 안분계산하여야 하는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 취지로 결정하였고, 처분청은 재조사를 실시한 결과, 쟁점매입세액은 비과세 사업(정부출연료수익)과 과세 사업(기술료수익)으로 구분되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로 「부가가치세법」 제40조 규정에 따라 안분계산하여야 하는 것으로 판단하였으며, 이에 따라 2016.7.7. OOO 같이 쟁점매입세액 중 안분계산한 매입세액 합계 OOO원을 공제대상 매입세액으로 하여 OOO 부가가치세 합계 OOO원을 환급결정하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 국가로부터 지원받은 출연금으로 운영되는 비영리법인의 고유목적사업이 부가가치세 과세대상에 해당하는 경우라 하더라도 그 과세사업과 직접 관련되어 그 귀속이 분명한 매입세액은 그 재원에 관계없이 전액 공제되는 것(심사부가99-6, 1999.3.26. 참고)이고, 쟁점매입세액은 기술료 실시계약된 특허권 등이 발생한 개별연구과제 수행과정에서 발생된 매입세액(처분청도 확인한 사실임)이므로, 모두 과세사업과 직접 관련되어 그 귀속이 분명한 매입세액으로서 공제대상으로 봄이 타당하다. 그럼에도 불구하고, 처분청은 해당 과제수행에 투입된 재원이 정부출연금이라는 사유로 정부출연금 수익과 기술료 수익에 공통된 매입세액이라는 의견인 바, 이는 법령을 오인한 잘못된 해석이다.

  조사청의 질의에 대한 국세청장의 과세기준자문 회신에서도 기술료 수익과 관련된 매입세액은 공제대상 매입세액이라고 회신한 바 있고, 조사청도 이의신청 심의 단계에서 쟁점매입세액 중 일부만을 샘플로 확인한 결과 기술료 관련 매입세액임을 인정한 바 있으며, 다만, 이의신청 심의 단계에서 확인하지 못한 나머지 매입세액을 확인하여 기술료 관련 매입세액인지, 또는 공통매입세액이 포함되어있는지 여부를 재조사하라는 취지로 결정을 한 것인데, 처분청은 그 결정취지를 오인한 것이다.

나. 처분청 의견

 쟁점매입세액은 연구단계에서 정부 출연금으로 지출하면서 발생하였고, 이후 국가의 기술 연구과제활동의 결과물을 민간인과 실시계약 하면서 기술료 수익의 매출세액이 발생하므로, 1단계 정부출연금 수익(비과세 사업) 발생, 2단계 기술료 수익(과세 사업)으로 공통적으로 발생하고 있다. 따라서, 쟁점매입세액은 과세 사업과 비과세 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로 봄이 타당하고, 비과세사업인 정부출연금 수입과 과세 사업의 공급가액 비율로 안분하는 것(OOO)이므로, 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점매입세액을 과세 사업(기술료 수익)과 비과세 사업(정부출연 연구수익)에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 부가가치세법

제38조【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 (2) 부가가치세법 시행령

제81조【공통매입세액 안분 계산】 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업 등에 관련된 매입세액=공통매입세액×(면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

 (3) 부가가치세 시행규칙

제54조【공통매입세액 안분 계산】 ① 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업등(이하 "면세사업등"이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다.

 (4) 과학기술기본법

제11조의4 【기술료의 징수 및 사용】 ① 연구개발성과 소유기관의 장(제11조의3 제2항에 따라 전문기관 등에 위탁한 경우에는 위탁받은 기관의 장)은 연구개발성과를 실시(연구개발성과를 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수출하려는 것을 말한다. 이하 같다)하려는 자와 실시권의 내용, 기술료 및 기술료 납부방법 등에 관하여 계약을 체결하는 때에는 기술료를 징수하여야 한다. 다만, 연구개발성과 소유기관이 소유하고 있는 성과를 직접 실시하려는 경우에는 전문기관의 장이 기술료를 징수할 수 있다.

② 연구개발성과 소유기관의 장 또는 전문기관 등의 장은 연구개발성과를 실시하려는 자의 신청이 있는 때에는 그 타당성을 검토한 후 중앙행정기관의 장의 승인을 받아 제1항에 따른 기술료를 감면하거나 징수기간을 연장할 수 있다.

③ 연구개발성과 소유기관의 장은 제1항에 따라 징수한 기술료를 다른 법률에 특별한 규정이 없으면 다음 각 호의 용도에 사용하여야 한다.

1. 참여연구원이나 기술확산에 기여한 직원 등에 대한 보상금

2. 연구개발재투자

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 분야

④ 그 밖에 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 기술료의 징수 및 사용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 조사청은 청구법인에 대한 사후검증 당시 기술료가 발생한 특허권 등의 연구개발에 투입된 매입세액이 공제받을 매입세액인지 여부에 대하여 OOO 과세기준자문을 신청하였고, 회신내용은 아래와 같다.

 (2) 청구법인은OOO 기술료수익에 관련된 국가연구개발사업을 수행하면서 수취한 세금계산서 및 신용카드매출전표 관련 쟁점매입세액이 부가가치세 과세사업과 관련된 공제대상 매입이라며 2016.2.1. 처분청에 경정청구를 하였고, 엑셀파일로 제출한 내역을 살펴보면 신용카드 매출전표 사용금액 관련 환급신청세액 OOO원, 세금계산서 관련 환급신청세액 OOO원으로 건수와 자료가 방대하다.

 (3) 청구법인은 조사청의 경정청구거부처분에 대하여 이의신청을 하였고, 그 결과 재조사를 실시하였으며, 현장확인 복명서의 주요 내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인의 수익은 OOO과 같이 연구사업수익과 연구외수익으로 구분되고, 연구사업수익은 대부분 정부출연금이며, 「과학기술기본법」제11조의4에 의하여 부수적으로 기술료 수입이 발생하고 있다.

  (나) 경정청구와 관련된 기술료가 발생한 실시계약서는 OOO로서 관리번호별로 기술료 실시계약명과 연구과제명이 관리되고 있어, 기술료 및 연구개발 수익비율이 산출되고 있고, 연구개발사업의 수익은 정부출연금으로 면세(비과세) 대상에 해당하며, 정부의 연구과제를 관리하기 위하여 예실대비표(예산항목 및 집행액)를 사용하여 관리하고 있고, 관련 예산집행액의 세금계산서 및 신용카드 매출전표 상 부가가치세 매입세액을 공제하는 것으로 되어있다.

  (다) 청구법인은 정부출연기관으로서 국가 기술연구개발사업을 위해 중앙행정기관의 출연금으로 연구개발을 수행하고, 그 결과 유형적 성과와 무형적 성과를 획득하고 있으며, 연구개발비용은 직접비(직접재료비, 직접인건비)와 간접비로 구분되고, 정부출연 수익에 따라 발생하는 매입세액으로서 공제신청한 OOO원의 부가가치세 매입세액 내역은 OOO와 같다.

  (라) 청구법인의 수익과 매입세액 내역과 같이 정부출연금 수익에 의하여 매입세액이 발생하고, 이후 부수적으로 기술료수익이 발생하고 있어, 「부가가치세법 시행령」제81조의 안분계산 대상에 해당한다.

  (마) 청구법인이 매입세액 공제를 주장하는 기술료 발생 연구과제는 OOO이며 그 연구과제 수익내역 및 기술료 수익내역을 제출하고 있고, 관리번호별 기술료 수입 및 정부출연 연구수익에 의하여 불공제 비율 및 공제비율을 산출하여, 연구과제별, 과세기별로 산출한 공제대상 매입세액 합계 OOO원을 공제하는 것으로 되어 있다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매입세액은 과세 사업과 비과세 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로 봄이 타당하고, 비과세사업인 정부출연금 수입과 과세 사업의 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다는 의견이나, 처분청의 재조사 결과 기술료가 발생한 실시계약서는 OOO로서 OOO에 대한 연구과제와 관련되었다는 사실과 청구법인이 관리번호별로 기술료 실시계약명과 연구과제명을 관리하고 있고, 정부의 연구과제를 관리하기 위하여 예실대비표(예산항목 및 집행액)를 사용 예산집행액을 관리하고 있으며, 기술료 발생과 관련된 OOO 세부 연구과제와 관련된 예산집행액의 세금계산서 및 신용카드 매출전표 상 부가가치세 매입세액만을 공제 신청한 사실이 확인되어, 쟁점매입세액이 모두 기술료가 발생한 OOO 세부 연구과제와 직접 관련되어 발생한 것으로 과세사업과 직접 관련되어 그 귀속이 분명한 매입세액으로 봄이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.