주 문

OOO이 2016.7.11. 청구법인에게 한 OOO원의 부과처분 중 지급명세서제출불성실가산세는 이를 취소하고,

 2012사업연도 법인세의 부과처분은 청구법인이 2012.7.4. OOO에게 양도한 주식회사 OOO의 주식 OOO주에 대하여 「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 다목 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 따라 평가한 위 주식의 가액을 시가로 해서 「법인세법」제52조의 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,

 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.1.25. 개업하여 OOO에서 자동차부품 제조업을 영위하는 법인이다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.2.2.부터2016.4.20.까지 청구법인에 대하여 2011～2014사업연도 법인세통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2012.7.9. 퇴직한 전 공동대표이사였던 OOO에게 2012.7.10.부터 2014.11.30.까지 경영자문료 명목으로 지급한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 실제 용역을 제공받지 않고 지급한 것으로 보아 손금불산입(기타소득으로 소득처분)하고, 2012.7.4. 청구법인이 소유한 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 비상장주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 특수관계자인 OOO(대표이사 OOO의 아들)에게 OOO원(1주당 OOO원)에 양도한 것에 대하여, OOO이 같은 날 특수관계 없는 OOO에게 양도한 OOO의 주식 OOO주의 1주당 양도가액 OOO원을 1주당 시가로 보아 쟁점주식의 대가와 시가의 차이 OOO원을 익금산입(기타소득으로 소득처분)하는 등 청구법인이 아래 <표1>과 같이 과세표준을 누락한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2016.7.11. 청구법인에게 OOO원(청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점금액에 관한 지급명세서가 사실과 다르다는 이유로 2012～2014사업연도 법인세에 지급명세서제출불성실가산세 OOO원을 가산함)을 각 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점금액은 OOO으로부터 경영자문을 받고 지급한 급여에 해당한다.

  (가) 청구법인의 창업주이자 대표이사인 OOO은 OOO에서 부장으로 근무하던 OOO을 영입하여 2004.7.19. 공동대표이사로 취임시킨 후, OOO은 전문경영인으로서 청구법인의 모든 업무를 직접 관리․감독하게 하고, OOO은 청구법인의 회장으로서 매주 1～2회 출근하여 외부영업, 입찰 단가결정, 설비투자결정 등 전반적인 경영에 관여하면서 주요사항에 대해서는 OOO로부터 구두로 보고를 받는 체계로 청구법인을 운영하였다.

  (나) 그러던 중 OOO은 관여하고 있는 사업체(개인사업체 5개, 법인사업체 5개)가 많고 나이가 OOO세에 이르는 등 업무에 부담을 느껴 2012.7.4. 청구법인의 주식 전부를 양도하고 경영권을 OOO에게 넘기면서 퇴사하였는데, 그 당시 OOO은 창업주가 아닌 관리자 경력 밖에 없었기 때문에 고도의 경영적 판단과 수시로 발생하는 투자 의사결정 등에 관하여 창업주인 OOO으로부터 경영노하우를 전수받을 필요가 있어 2012.7.10. OOO과 2012.7.10.부터 2014.11.30.까지 퇴직 전과 유사하게 경영자문을 하는 조건으로 월 OOO원의 급여를 지급하기로 하는 고문위촉계약을 체결하였고, OOO은 이에 따라 퇴직 전과 마찬가지로 매주 1～2일 가량 잠시 출근하여 전반적인 경영에 대한 자문을 계속하였다.

  (다) 처분청은 고문위촉계약서 외에 근무사실을 입증할 만한 객관적인 증빙이 없다는 이유 등으로 쟁점금액을 부인하였으나, 창업주인 OOO이 OOO을 공동대표이사로 영입한 2004년도 이후부터 청구법인의 문서상 최종 결재권자는 OOO이었고, OOO은 직접 결재는 하지 않지만 OOO과 구두로 업무협의를 하면서 중요한 입찰서류 등에 간단한 메모를 하는 방식으로 사업에 관여하였으며, OOO은 퇴사한 이후에도 같은 방식을 OOO 대표이사에게 경영자문을 한 사실이 내부문서 메모 등에 의해 확인되고, 조사청의 세무조사 당시 OOO 및 청구법인의 경리과 직원 등은 일관되게 OOO이 경영자문을 하는 동안 퇴직하기 전과 같이 매주 1～2회 가량 잠시 출근하여 OOO 대표이사와 만났고, 대표이사의 출․퇴근 기록은 보고하지 않으며, 모든 내부결재는 OOO이 퇴직하기 전부터 OOO 대표이사만 하였다고 진술하는 등 OOO의 근무사실을 부인한 적이 없음에도, OOO이 퇴사하기 전까지 지급된 월급여 OOO원에 대해서는 손금으로 인정하면서 퇴사 이후 경영자문대가로 지급된 쟁점금액을 손금으로 인정하지 않는 것은 부당하다.

 (2) 지급명세서제출불성실가산세 부과처분은 부당하다.

  (가) 청구법인은 OOO으로부터 경영자문용역에 대한 대가로 쟁점금액을 지급하였고, 이에 대한 지급명세서를 신고기한 내에 제출하였다.

  (나) 처분청은 쟁점금액이 용역을 제공받지 않고 지급한 금액이므로 지급명세서 제출대상이 아님에도 이를 제출하였다 하여 지급명세서제출불성실가산세를 부과하였으나, 처분청의 의견과 같이 지급명세서 제출대상에 해당되지 않는다면 이에 대한 지급명세서제출불성실가산세를 부과할 수 없다 할 것이다.

 (3) 쟁점주식의 양도가액은 「법인세법」상 시가에 해당한다.

  (가) 청구법인이 2012.7.4. 쟁점주식(OOO주)을 1주당 OOO원에 OOO에게 양도할 당시 OOO은 특수관계가 없는 OOO(OOO의 아들)에게 OOO의 주식 OOO주를 1주당 OOO원에, 특수관계가 없는 OOO에게 OOO의 주식 OOO주를 1주당 OOO원에 매도하였는데, 처분청은 쟁점주식의 1주당 시가를 OOO원으로 보아야 한다는 의견이나, 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 의한 OOO의 1주당 평가액은 OOO원으로 쟁점주식의 양도가액은 상증법상 시가(70%～130%)의 범위에 있다 할 것이고, 또한, OOO이 취득한 OOO의 주식은 OOO이 명의신탁한 것이므로 이를 시가로 삼을 수 없으므로 OOO이 OOO에게 매각한 1주당 OOO원을 시가로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인이 OOO으로부터 경영자문을 받은 사실이 객관적인 증빙에 의해 확인되지 않으므로 쟁점금액을 손금으로 인정할 수 없다.

  (가) 납세의무자가 신고한 손금이 그 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당히 증명된 경우에는 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점을 납세의무자가 증명해야 하는 것(대법원 2014.8.20. 선고 2012두23341 판결)인바, 경영에 대한 사안별 자문용역 제공내역, 용역대가의 산출근거, 용역제공시간, 경영성과에 직․간접적인 공헌내용 등 자문용역의 개별적이고 구체적인 실체를 확인할 수 있는 근거를 통해 이를 입증해야 할 것이나, 청구법인은 경영자문 용역의 존재 여부와 관련이 없는 OOO의 퇴직 전․후와 동일하게 성과계약이 없었고, 내부서류에 결재를 하지 않았다는 점, 출퇴근 횟수가 비슷한 점, 월급여액의 변경이 없다는 점 등만을 근거로 경영자문을 받았다고 주장할 뿐 구체적인 자문용역의 실체에 대해서는 전혀 입증하지 못하고 있다.

  (나) ① 청구법인과 OOO이 작성한 고문위촉계약서는 자문의 범위가 ‘경영 전반에 대한 업무, 고객사 영업활동 및 기타 필요한 업무’로, 경영자문 범위가 지극히 일반적․추상적 내용에 불과한 점, ② 상근하는 직책도 아닌 단지 경영자문 역할에 불과함에도 재직 시와 동일한 금액을 지급하였고, 지급된 금액이 3년간 총 OOO원을 넘어 통상적으로 용인되는 수준을 벗어난 것으로 보이는 점, ③ 청구법인은 2012사업연도부터 특별히 경영자문을 받아야 할 새로운 사업이 발생되지 않은 것으로 보이는 점, ④ 청구법인의 현 대표이사인 OOO은 자동차부품 회사의 원청회사 격인 OOO에서 부장으로 근무했던 자로 2004.7.19. 영입될 당시부터 공동대표이사로 취임하여 현재까지 경영을 담당하고 있어 관련 전문성을 갖추고 있는 점, ⑤ OOO 대표이사 및 청구법인의 직원OOO 등은 세무조사기간 동안 OOO이 제공한 자문용역 관련 근거서류가 없다고 진술한 점, ⑥ 청구법인이 제출한 내부서류의 결재란에는 현 대표이사인 OOO의 결재 사실만 확인되고, 이에 부기된 메모(“OK”, “OO식으로 입찰요망” 등)는 부기한 주체나 시기가 불분명하고, 서로 다른 필체가 여러 번 보이며, 자문으로 보기 어려운 단순 지시이행으로 보이는 것도 부기되어 있는 등 조사시작 후 임의로 작성되었을 개연성이 높은 점, ⑦ 청구법인에는 OOO이 업무를 보는 별도의 공간도 없으며, 출퇴근 기록도 없는 점, ⑧ 경영자문을 받은 2013사업연도의 당기순이익OOO은 전년도에 비하여 차이가 없고, 2014사업연도에는 오히려 크게 감소OOO하며, 자문 종료 이후에 다시 크게 증가OOO하여 경영자문에 따른 직접적인 이익이 발생하였다고 볼 수 없는 점 등을 종합적으로 고려하면, 청구법인이 매월 OOO원의 경영자문료를 OOO에게 지급할 이유가 없고, 단지 퇴직 임원에 대한 처우의 형식으로 지급된 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

 (2) 청구법인은 OOO으로부터 용역을 제공받지 않았음에도 비용으로 인정받고자 사실과 다른 지급명세서를 제출한 것이므로 이에 대하여 지급명세서불성가산세를 부과한 처분은 정당하다.

 (3) OOO과 OOO 사이의 매매가액을 쟁점주식의 시가로 본 처분은 정당하다.

  (가) 「법인세법」상 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하는 것이고, 비상주식의 경우에도 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 매매사례가액이 있으면 그 가격을 시가로 볼 수 있는 것인바, 청구법인은 OOO과 OOO 사이의 매매가액(1주당 OOO원)을 시가로 보아야 한다고 주장하나, OOO이 오랜 기간 청구법인의 대표이사로 재직했던 사정과 청구법인의 현 대표이사인 OOO과 친분관계 등을 고려할 때 이들의 주식거래는 불특정 다수인 간 통상적인 주식거래로 볼 수 없고, 오히려 쟁점주식거래를 예정하고 매매사례가액으로 사용할 목적으로 같은 날에 이루어진 것으로 보이는 반면, OOO과 OOO 사이의 매매가액은 특별한 사정이 없는 한 특수관계가 없는 자들 간의 객관적인 교환가격으로 볼 수 있다 할 것이므로 동 매매가액(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 매매사례가액으로 적용한 처분은 정당하다.

  (나) 청구법인은 OOO이 OOO으로부터 취득한 OOO의 주식이 OOO이 명의신탁한 것이기 때문에 쟁점주식의 매매사례가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 명의신탁 사유가 불분명하고 세무조사가 종결된 다음 날인 2016.7.8. 명의신탁에 대한 증여세를 기한 후 신고한 점을 고려할 때 청구주장은 신빙성이 없고, 또한, 청구법인은 처분청의 세무조사 당시 쟁점주식을 특수관계자인 OOO에게 시가(1주당 OOO원) 보다 저가(1주당 OOO원)에 양도한 사실이 있다고 확인하였으며, 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인해 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 청구법인이 작성한 확인서의 증거가치는 쉽게 부인될 수 없다고 할 것(대법원 2002. 12.6. 선고 2001두2560 판결)이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 청구법인이 종전 대표이사에게 지급한 쟁점금액은 경영자문에 대한 대가라는 청구주장의 당부

 ② 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점금액에 대하여 지급명세서를 제출한 것이 사실과 다른 것이라는 이유로 지급명세서제출불성실가산세를 부과한 처분의 당부

 ③ 청구법인이 특수관계자에게 쟁점주식을 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별 지>

다. 사실관계 및 판단

 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면, OOO은 2004.7.19. OOO과 함께 공동대표이사로 취임한 것으로, 2012.7.9. 단독으로 대표이사로 취임한 것으로 확인되고, 처분청이 제출한 OOO과 OOO의 주요사업이력 내역은 아래 <표2>, <표3>과 같으며, 청구법인의 각 사업연도 법인세 신고내역은 아래 <표4>와 같다.

  (나) 청구법인의 2012사업연도 주식등변동상황명세서에 나타난 주주지분 변동현황은 아래 <표5>와 같다.

  (다) 청구법인은 2012.7.10. OOO과 아래와 같이 고문위촉 계약을 체결하였다.

  (라) 조사청의 세무공무원은 2016.2.15. 및 2016.2.18. 청구법인의 경리팀 직원 OOO를 상대로 문답서를 작성하였고, 그 내용을 보면 OOO은 퇴직 이전에도 의사결정이 있는 경우에만 출근하여 경리팀 사무실(당시는 회의실)에서 업무를 보았는데, 출근기록을 남기지는 않았고, 퇴직 이후에도 OOO 대표이사를 만나러 한 번씩 청구법인을 들렀으며, OOO의 퇴직 전․후 업무관련 의사결정서류, 업무를 집행한 근거서류는 없다고 진술한 것으로 나타난다.

  (마) 청구법인은 2012～2014사업연도 중 OOO으로부터 아래 <표6>과 같이 자문을 받았고, 그 증빙으로 2010～2014년도에 작성된 내부문서인 ‘구매 원단위 집계보고’를 제출하고 있는데, 그 내부문서의 최종결재자는 OOO 대표이사인 것에는 다툼이 없고, 일부 여백에 OOO이 단가, 입찰 등에 관하여 메모한 것이라고 주장한다.

  (바) 청구법인의 임직원 14명은 OOO이 퇴직한 이후에도 2014.12.31.까지 퇴직 전과 같이 청구법인에 매주 1～2회 출근하여 OOO 대표이사와 업무협의를 한 사실이 있다는 연명서(2016.10.21. 작성)를 제출하였다.

  (사) 청구법인의 대표이사 OOO, OOO 및 청구법인의 대리인 OOO은 2017.3.30. 조세심판관회의에 참석하여 자동차부품제작 업계에서는 연간 OOO원의 고문료는 적정수준이고, OOO로부터도 퇴직 후 매월 OOO원을 경영자문료로 수령하였으며, 청구법인의 2012사업연도 당기순이익이 줄어든 이유는 OOO에게 퇴직금 OOO원을 지급한 것이 주된 원인이라고 진술하였다.

  (아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO이 퇴직한 직후부터 2014.11.30.까지 OOO 대표이사에게 경영 전반에 대한 자문을 제공하고 그 대가로 쟁점금액을 받은 것이라고 주장하나, ① 청구법인이 OOO의 경영자문근거로 제시한 내부문서인 ‘구매원단위 집계보고’를 보면, 그 여백에 OOO이 작성한 것이라고 주장하는 메모가 있기는 하나 그것만으로 입찰 단가결정에 자문용역을 제공한 것으로 단정하기 어려운 점, ② OOO이 <표6>의 2013년도 대형프레스 신규투자결정, 2014년도 OOO 공장매입결정 등에 있어 자문용역을 제공하였다고 하나 이를 입증할 증빙을 심리일 현재까지 제출하지 못하는 점, ③ 2012～2014년도 임금 인상률 검토는 2004년부터 공동대표이사로 재직한 OOO이 통상적으로 수행할 수 있는 범위 내의 업무로 보이는 점, ④ 청구법인은 현 대표이사인 OOO이 2004.7.19.부터 청구법인의 공동대표이사로서 모든 업무를 직접 관리․감독하였고, OOO은 주요 투자의사결정을 하였다고 일관되게 주장하고 있는바, OOO은 2012.7.9. OOO이 퇴직하기 전까지 주요 투자의사결정 과정에 참여하였을 것이므로 OOO으로부터 퇴직 전과 동일한 급여를 지급하면서 까지 경영자문을 받을 뚜렷한 이유가 있다고 보기 어려운 점, ⑤ OOO이 퇴직 후에도 매주 1～2회 청구법인을 방문하여 OOO 대표이사와 만났다는 사실만으로 OOO이 OOO에게 중요한 의사결정에 관하여 경영자문을 하였을 것이라고 단정하기 어려운 점, ⑥ 청구법인은 심리일 현재까지 경영에 대한 사안별 자문용역 제공내역, 경영성과의 직․간접적인 공헌내용 등 자문용역의 개별적이고 구체적인 실체를 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 못하는 점, ⑦ OOO은 청구법인으로부터 OOO원 상당의 고액의 퇴직금을 지급받았고, 청구법인의 관계회사인 OOO로부터도 매월 OOO원을 고문료로 받고 있다고 진술하고 있을 뿐만 아니라, 대표이사직을 물러나 부담하는 위험이 전혀 없는 OOO이 대표이사인 OOO의 월급여와 동일한 수준인 매월 OOO원을 경영자문료로 받는 것은 사회통념상 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 OOO으로부터 경영자문용역을 제공받고 쟁점금액을 지급한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

 (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인은 2012.7.10.부터 2014.11.30.까지 OOO에게 지급한 쟁점금액에 대하여 근로소득으로 지급명세서를 각 신고기한 내에 제출하였다.

  (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

   1) 처분청은 청구법인이 제출한 지급명세서에 대하여 「법인세법」 제76조 제7항을 적용하여 지급명세서제출불성실가산세를 부과할 수 있다는 의견이다.

   2)「법인세법」제76조 제7항에서 “납세지 관할 세무서장은 제120조, 제120조의 2 또는 「소득세법」제164조, 제164조의 2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 그 제출기한까지 제출하지 아니하였거나 같은 조에 따라 제출된 지급명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다”고 규정하고 있고, 「소득세법」제164조 제1항에서 “제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장 등에게 제출하여야 한다”라고 규정하고 있는바, 동 규정의 문리해석상 지급명세서를 제출하여야 할 의무가 있는 자가 지급명세서를 제출하지 않거나 그 제출한 지급명세서가 그 기재내용이 사실과 다른 경우에는 지급명세서 관련 가산세를 부과할 수 있는 것이고, 지급명세서 제출의무가 없는 자에게는 지급명세서 관련 가산세를 부과할 수 없다고 해석된다 하겠다.

   3) 이 건의 경우, 처분청은 OOO에게 지급한 쟁점금액을 업무와 관련 없는 것으로 보아 손금을 부인하였는바, 청구법인은 쟁점금액에 대하여 「법인세법」 제76조 제7항의 지급명세서를 제출하여야 할 의무가 있는 내국법인에 해당하지 아니하여 지급명세서제출불성실가산세를 부과할 수 없다 할 것(조심 2015중4831, 2016.1.7. 같은 뜻임)이므로, 처분청이 이 건 지급명세서제출불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) OOO의 2012사업연도 주식등변동상황명세서에 나타난 주주지분 변동현황은 아래 <표7>와 같다.

  (나) 청구법인이 제출한 주식양수도계약서에 의하면 아래와 같이 OOO의 주식거래내역이 나타나고, 청구법인은 OOO과 OOO 사이의 매매가액(1주당 OOO원)이 「법인세법」상 시가라는 주장이고, 처분청은 OOO과 OOO 사이의 매매가액이 「법인세법」상 시가라는 의견이다.

  (다) 청구법인은 OOO이 OOO으로부터 취득한 OOO의 주식은 OOO이 명의신탁한 것이고, 그 매매일 현재 OOO은 청구법인의 지배주주이고 OOO은 청구법인의 임원에 해당하므로 OOO과 OOO은 특수관계에 있어 동 거래가액은 시가로 볼 수 없다고 주장하며, OOO이 2016.6.21. 작성한 주식취득경위서, OOO이 2016.7.8. 신고한 증여세 신고서[증여재산가액을 OOO원(OOO주 × OOO원)으로 신고] 및 OOO의 예금계좌 거래실적 사본(2012.7.4. OOO원을 OOO 계좌로 이체한 것으로 나타난다)을 제출하는 한편, 쟁점주식 양도 당시 상증법상 OOO의 1주당 평가액은 OOO원이라고 주장하며 비상장주식평가조서를 제출하였다.

  (라) 처분청이 제출한 청구법인이 2016.4.15. 세무조사 당시 작성한 확인서를 보면, 청구법인은 쟁점주식을 특수관계자인 OOO에게 시가(1주당 OOO원) 보다 저가(1주당 OOO원)에 양도한 사실을 확인하고 있고, 시가 산정기준은 OOO과 OOO 사이의 매매가액이라고 기재되어 있다.

  (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

   1) 처분청은 OOO이 2012.7.4. OOO에게 양도한 OOO의 주식 OOO주 1주당 가액 OOO원을 쟁점주식의 1주당 시가로 볼 수 있다는 의견이나, OOO은 OOO으로부터 취득한 OOO의 주식이 OOO의 부탁으로 명의수탁한 것이라고 확인하고 있고, OOO이 그 취득자금 OOO원을 지급한 사실이 금융거래증빙에 의해 확인되고 있는 점, OOO과 OOO은 청구법인 및 OOO의 주주이자 임원이었던 점, OOO이 취득한 OOO의 주식수가 발행주식총수의 1%에 불과한 점 등에 비추어 위 매매가액(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 시가로 보기는 어렵다 하겠다.

  2) 또한, 청구법인은 OOO이 2012.7.4. OOO에게 양도한 OOO의 주식 OOO주 1주당 가액 OOO원을 쟁점주식의 1주당 시가로 볼 수 있다고 주장하나, OOO은 OOO의 아들이고, 앞서 살펴본바와 같이 OOO과 OOO 간의 관계를 고려할 때, 동 매매가액(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 시가로 보기도 어렵다 하겠다.

   3) 그렇다면, 「법인세법」제52조 제2항, 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호 및 상증법 제63조에 따라 보충적 방법으로 평가한 OOO의 주식가액을 쟁점주식의 시가로 하여 「법인세법」제52조의 규정을 적용하는 것이 타당하다 하겠다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

 (1) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정되기 전의 것)

제27조[업무와 관련 없는 비용의 손금불산입] 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득 관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2.제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하“부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율,이자율,임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제76조[가산세]⑦납세지 관할 세무서장은 제120조, 제120조의2 또는 소득세법 제164조, 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 그 제출기한까지 제출하지 아니하였거나 같은 조에 따라 제출된 지급명세서가 대통령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

 (2) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부개정 되기전의 것) 제88조[부당행위계산의 유형 등] ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우.(단서 생략)

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수 관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.(단서생략)

③ 제1항 제1호제3호제6호제7호 및 제9호(제1항 제1호제3호제6호 미 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상한 경우에 한하여 적용한다.

   제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단 재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1.사업자

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.(각 호 생략)

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주가상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

②법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

2.「상속세 및 증여세법」제37조 제39조 제39조의2 제39조의3 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」제63조제2항제1호 및 같은 법 시행령 제57조제1항 제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.(단서 생략)

제120조(가산세의 적용) ⑥법 제76조 제7항 전단에서 “대통령령으로 정하는 불분명한 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.제출된 지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소, 성명, 고유번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호)나 사업자등록번호, 소득의 종류, 소득귀속연도 또는 지급액을 적지 아니하였거나 잘못 적어 지급사실을 확인할 수 없는 경우

2.제출된 지급명세서 및 이자 배당소득 지급명세서에 유가증권표준코드를 적지 아니하였거나 잘못 적어 유가증권의 발행자를 확인할 수 없는 경우

3.내국법인인 금융회사 등으로부터제출된 이자배당소득 지급명세서에 해당 금융회사 등이 과세구분을 적지 아니하였거나 잘못적은 경우

4 「소득세법 시행령」제203조의2제1항에 따른 이연퇴직소득세를 적지 아니하였거나 잘못 적은 경우

⑦ 제6항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 불분명한 경우로 보지 아니한다.

1. 지급일 현재 사업자등록증의 발급을 받은 자 또는 고유번호를 부여받은 자에게 지급한 경우

2. 제1호 외의 지급으로서 지급 후에 그 지급받은 자가 소재불명으로 확인된 경우

 (3) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 일부개정되기 전의 것)

제164조(지급명세서의 제출)①제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받은 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

1. 이자소득

2. 배당소득

3. 원천징수대상 사업소득

4. 근로소득 또는 퇴직소득

5. 연금소득

6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료는 제외한다)

7. 대통령령으로 정하는 봉사료

8. 대통령령으로 정하는 장기저축성보험의 보험차익

(4) 상속세 및 증여세법(2011.12.31. 법률 제11130호로 일부개정된 것) 제63조[유가증권 등의 평가] ①유가증권 등의 평가는 다음 각호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(5) 상속세 및 증여세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23591호로 일부개정된 것) 제54조[비상장주식의 평가]①법 제63조 제1항 제1호다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의 2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하“순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하“순손익가치환원율”이라 한다)

②제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 「법인세법 시행령」제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.l

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 구정에 의한 순자산가치에 의한다.

1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴․폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

4.「소득세법 시행령」제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식 등