주 문

OOO세무서장이 2016.11.18. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 환급세액 추징시 가산한 이자상당액을 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용하여 세액을 경정한다.

이 유

 1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.1.15. 개업하여 OOO을 영위하는 법인으로 2011사업연도에 「조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 시행령」 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업의 규모기준 요건을 초과하여 2014사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용대상이 되었으나, 2012.1.1. 시행된 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호 소정의 ‘관계기업 기준’ 요건으로 인하여 2012년 관계기업과 합산한 매출액이 OOO원을 초과하게 되었고, 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다는 관련 예규에 따라 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제에 대해 중소기업이 아닌 일반기업의 공제율을 적용하여 2012사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2013사업연도에는 규모기준 및 관계기업 기준 요건을 충족하여 중소기업에 해당하는 것으로 판단하고, 2014년 3월 2013사업연도에 발생한 결손금에 대하여 2012사업연도 법인세 OOO원을 결손금 소급공제 따른 환급신청을 하여 이를 환급받았다.

다. 청구법인은 2016.7.15. 조특법 시행령 제2조 제2항 단서의 규정이 이미 중소기업 유예기간을 적용받던 기업의 유예기간까지 실효시키는 규정은 아니라는 대법원의 판례를 근거로 2012사업연도에 신청한 연구․인력개발비 세액공제에 대해 중소기업의 공제율을 적용하여 과다납부한 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2016.11.18. 이를 인정하여 2012사업연도 법인세 OOO원을 환급하는 한편, 결손금 소급공제로 환급한 2013사업연도 법인세 OOO원을 추징하면서 1일 1만분의 3의 율로 계산한 이자상당액 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.16. 심판청구를 제기하였다.

 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  [주위적 청구]

  (1) 청구법인은 2016년 7월 종전의 해석과 달리 중소기업 유예중인 기업까지 새로 도입된 관계기업 제도에 의해 적용받고 있던 유예기간을 실효시키는 것은 아니라고 판결(대전지방법원 2015.1.14. 선고 2014구합3176 판결, 서울행정법원 2015.12.4. 선고 2015구합55318 판결)을 근거로 2012사업연도에 일반기업의 공제율을 적용한 연구․인력개발비 세액공제를 중소기업의 공제율을 적용하는 것으로 경정청구하였고, 처분청은 2016년 11월 이를 인정하여 2012사업연도 법인세를 환급하는 한편, 2013사업연도 과다 환급받은 세액에 대해 1일 1만분의 3의 율로 계산한 이자상당액을 합산하여 추징하였다.

  그러나, 상기 이자상당액은 기간 등을 고려하여 「국세기본법」의 납부불성실 가산세와 유사하게 계산되고 있기 때문에 이자상당액과 「국세기본법」상 가산세를 서로 구별되는 개념으로 보기 어렵고, 판례(서울행정법원 2010.6.16. 선고 2009구합28872 판결)에서도 결손금 소급공제를 과다하게 받은 정당한 사유가 있는 경우 가산세와 같은 취지로 이자상당액을 부과하는 것이 부당하다고 판결하였는바, 청구법인이 2013사업연도 법인세액을 과다하게 환급받은 사유가 과세관청의 해석 변경 등에 기인한 것일 뿐, 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 있는 귀책사유가 없으므로 환급세액 추징시 이자상당액을 가산하는 것은 부당하다.

  [예비적 청구]

  청구법인은 종전의 예규 및 심판례에서 이미 유예기간을 적용받고 있는 법인에 대해서도 관계기업 기준을 적용함에 따라 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 경우 유예기간의 적용이 실효되는 것으로 일관되게 해석하고 있음을 신뢰하여 2012사업연도에 중소기업 유예기간 적용을 배제하고 법인세를 신고하였고, 2013사업연도에는 중소기업청이 발간한 책자(2012년 중소기업 범위 해설)에 따라 계산한 관계기업 합산 매출액이 OOO원을 초과하지 아니하여 중소기업으로 회귀한 것으로 판단하여 결손금 소급공제를 적용하였으나, 당초 처분청의 해석과 상반된 내용의 새로운 대법원 판결이 나옴에 따라 2012사업연도 법인세에 대해 경정청구를 하여 세액이 경정되었고, 이에 따라 결과적으로 2013사업연도에 환급세액을 추징당하였는바, 법인세액을 과다하게 환급받은 것에 대한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 「법인세법」제110조 제5항 제2호 단서에 따라 국세환급가산금의 이자율을 적용하여 이자상당액을 계산하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

[주위적 청구]

  「법인세법」제72조 제5항에서 규정하고 있는 이자상당액과 「국세기본법」의 납부불성실가산세 계산 구조가 유사하다고 하더라도 각각의 법에서 다른 용어로 정의하고 있는 이유는 각 법이 추구하고자 하는 목적에 차이가 있기 때문이고, 「법인세법」제72조 제5항에서 규정하고 있는 이자상당액은 과다환급세액에 대한 사용대가를 징수한다는 의미가 큰 반면, 「국세기본법」의 납부불성실가산세는 납부의무 위반에 대한 행정상 제재로써의 의미가 크다고 할 것이다.

  결손금 소급공제와 관련하여 과다하게 환급받은 세액을 징수할 경우 이자상당액을 가산함에 있어 「법인세법」제72조 제5항은 납세자의 귀책사유를 불문하고 있고, 「법인세법 시행령」제110조 제5항에서도 납세자에게 정당한 사유가 있는 경우 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다고 할 뿐 이자상당액을 면제한다는 규정은 어디에도 없으므로 환급세액 추징시 이자상당액을 가산한 당초 처분은 정당하다.

  청구법인이 인용한 판례(서울행정법원 2010.6.16. 선고 2009구합28872 판결)에서 납세자에게 귀책사유가 없는 경우에는 「법인세법」제72조 제5항을 적용하여 이자상당액을 부과하는 것은 부당하다고 판시하여 「국세기본법」제48조 제1항 가산세 감면규정을 준용하는 것으로 보이나, 설령 그렇다고 하여도 동 판례의 경우에는 처분청이 경정처분함에 있어 세액을 잘못 계산한 후 재경정함에 따라 결손금이 감소하게 된 사유로 처분청에 귀책사유가 있고, 납세자에게는 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우라 할 것이나, 이 건 처분의 경우는 경정에 대한 처분청의 귀책사유가 없고, 청구법인에게 정당한 사유로 볼 만한 특별한 사정도 없으므로 과다환급세액에 대한 이자상당액을 가산하여 처분한 것은 정당하다.

  [예비적 청구]

  청구법인은 2012사업연도 및 2013사업연도 모두 관계기업과 합산한 매출액이 OOO원을 초과하여 신고 당시 예규 등에 의하면 중소기업 유예기간의 적용도 받지 못하는 상황이었음에도 불구하고, 청구법인은 2013사업연도 관계기업과의 합산매출액을 자의적으로 해석하여 결손금소급공제를 적용하였으며, 이후 수정신고 등을 통해 이를 수정한 사실도 없어 성실하게 신고납부한 사업자라고 볼 수 없다.

  따라서, 신고 당시 예규 및 심판례에 비추어 중소기업이 아니므로 결손금 소급공제를 적용받을 수 없음에도 불구하고 임의로 소급공제를 신청하였으나, 새로운 대법원 판례가 나옴에 따라 중소기업 유예기간을 계속 적용받는 것으로 보아 비로소 중소기업 지위가 인정되고 이로써 결손금 소급공제가 정당한 것으로 인정된 것인바, 종전의 유권해석에 따라 성실하게 신고납부하였던 경우와 달리 청구법인에게는 이자상당액을 감면할만한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없으므로 1일 1만분의 3의 율에 해당하는 이자상당액을 가산하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

 3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

[주위적 청구] 결손금 소급공제로 법인세를 과다하게 환급받은 것에 대한 귀책사유가 없으므로 환급세액 추징시 이자상당액을 가산할 수 없다는 청구주장의 당부

 [예비적 청구] 환급세액 추징시 국세환급가산금의 이율로 계산한 이자상당액을 가산하여야 한다는 청주주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 경정청구서 등에 의해 확인되는 현황은 다음과 같다.

   (가) 중소기업 유예기간 적용 : 청구법인은 2011사업연도 상시근로자수가 300명 이상, 매출액이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제1호(업종별 규모기준)에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 같은 령 제2조 제2항 본문에 따라 2011사업연도와 그 다음 3개 사업연도인 2014사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받게 되었다.

   (나) 「중소기업기본법(이하 “중기법”이라 한다) 시행령」과 조특법 시행령의 개정 경과 : 2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 중기법 시행령은 중소기업의 범위를 정하는 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 다목을 추가하여 “관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시근로자수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것”을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 다목의 개정규정은 2011.1.1.부터 시행한다고 규정하였다.

   이후, 조특법 시행령이 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단에서 “실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것”을 규정하면서, 후단에서 이 경우 “중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 ‘중기법 시행령 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는’은 ‘조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다”고 규정하여, 결국 관계기업에 속하는 기업의 경우 중기법 시행령 제7조의2에 따라 산정한 상시근로자수등이 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이 아닐 것을 중소기업의 요건으로 규정하였고, 위 시행령 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단 및 후단의 개정규정은 2012.1.1.부터 시행한다고 규정하였다.

   (다) 관계기업 기준 초과 : 2012사업연도 OOO는 청구법인을 33% 소유하는 최다출자자로 청구법인과 OOO는 관계기업에 해당하고, 중기법 시행령 제7조의2에 따라 산정한 매출액이 OOO원을 초과하여 관계기업 기준을 초과하게 되었다.

   (라) 2012사업연도 법인세 신고 : 청구법인은 2012사업연도 법인세를 신고하면서 “관계기업 기준을 적용함에 따라 조특법 시행령 제3조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 경우 그 사유가 발생한 날로부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다”는 당시 유권해석에 따라, 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 3)에서 정한 일반기업의 공제율(4.19%)을 적용하여 법인세를 신고하였다.

<청구법인이 제출한 유권해석>

   (마) 2013사업연도 결손금 소급공제 : 청구법인은 2013사업연도 중 30% 이상 소유한 최다출자자가 OOO로 변경되었고, 관계기업에 따른 상시근로자수 등의 합산은 간접 소유의 경우 해당 기업을 기준으로 상하 2단계까지만 적용한다는 중소기업청의 해석(2012년 중소기업범위해설)에 따라 그 합산 매출액을 OOO원으로 계산하였으며, 상시근로자수가 300명 이하로 중소기업에 해당하는 것으로 판단하여 2013사업연도에 발생한 결손금에 대하여 2012사업연도 법인세 OOO원을 결손금 소급공제 따른 환급신청을 하여 이를 환급받았다.

   (바) 2012사업연도 법인세에 대한 경정청구 : 청구법인은 2016.7.15. 조특법 시행령 제2조 제2항의 규정이 이미 중소기업 유예기간을 적용받던 기업의 유예기간까지 실효시키는 규정이 아니라는 판례를 근거로 2012사업연도 연구․인력개발비 세액공제에 대해 중소기업의 공제율(25%)을 적용하여 과다납부한 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.

   (사) 처분청의 이 건 과세처분 : 처분청은 2016.11.18. 청구법인이 2012사업연도 및 2013사업연도에 중소기업 유예기간 중에 있는 기업으로 판단하여 2012사업연도 법인세를 경정하는 한편, 결손금 소급공제로 환급한 2013사업연도 법인세를 추징하면서 1일 1만분의 3의 율로 계산한 이자상당액을 가산하여 2013사업연도 법인세를 경정․고지하였다.

  (2) 청구법인의 2013년 결손금 소급공제 신청과 관련하여 청구법인 및 처분청이 제시한 내용은 다음과 같다.

   (가) 청구법인은 2013사업연도 중소기업청이 배포한 자료(2012년 중소기업 범위해설)를 신뢰하여 관계기업에 따른 상시근로자수 등의 합산은 간접 소유의 경우 2단계까지만 적용하는 것으로 판단하였고, 그 결과 중소기업에 해당하여 결손금 소급공제를 적용하였으며, 처분청이 이에 대해 2차례(2014.11.6. 2016.2.17.) 걸쳐 소명서를 요청하여 위와 같이 소명하자 처분청이 이에 대해 공식적인 이견을 제시하지 않았다며, 당시 처분청에 제출하였던 소명자료를 제출하였다.

 처분청에 제출한 소명자료에는 관계기업을 상하 2단계까지 적용하여 <표1>과 같이 관계기업 기준에 적합한 것으로 소명한 것으로 나타난다.

   또한, 당시 다수의 유권해석에도 불구하고 중소기업 유예기간의 적용여부에 대한 견해의 대립이 존재하였고, 결손금 소급공제는 경정청구 자체가 불가능(법인세법 기본통칙 72-110-2)하여 청구법인이 중소기업으로 소급공제 환급을 신청한 것은 불가피한 선택이었으며, 결과적으로 그 판단이 정당하다는 것은 이후 나온 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 등)로 입증되었다고 소명하였다.

   (나) 처분청은 청구법인이 2013사업연도에도 합산한 매출액(청구법인이 합산한 위 법인외에도 OOO를 51.46%의 지분율로 보유하고 있는 OOO의 매출액도 합산함)이 OOO원을 초과하여, 신고 당시 유권해석에 의하면 중소기업 유예기간의 적용도 받지 못하는 상황이었음에도 자의적으로 소급공제를 받았으므로, 과다환급의 정당한 사유가 없다는 의견이다.

  (3) 「법인세법 시행령」 제110조 제5항의 개정사항과 관련하여, 기획재정부에서 발간한 ‘2011년 간추린 개정세법’ 내용은 아래 <표2>와 같다.

  <표2> 결손금 소급공제에 의한 환급세액 추징시 이자상당액 경감(「법인세법 시행령」 제110조 제5항)

  (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 주위적 청구에 대하여 살피건대, 「법인세법」 제72조 제5항에 따른 환급세액 추징시 가산하는 이자상당액의 계산방법이 납부불성실 가산세의 계산방법과 유사하다고 하더라도, 이는 가산세 규정이 아닌 환급에 관한 규정으로 「국세기본법」 제3조 제1항에 의하여 「법인세법」에서 달리 규정을 두고 있는 경우에는 이를 따르는 것이 타당하고, 2012.2.2. 법령 제23589호로 개정된 「법인세법 시행령」 제110조 제5항 제2호 단서 규정에서 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은 정당한 사유가 있는 때에는 이자상당액을 가산하지 아니하는 것이 아닌, 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다고 명시하고 있으므로 「국세기본법」 제48조 제1항의 가산세 감면 규정을 근거하여 과다환급세액 추징시 이자상당액을 가산할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (5) 다음으로, 예비적 청구에 대하여 살피건대, 「법인세법」 제72조 제5항 제2호에서 “결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우” 납세지 관할 세무서장은 환급세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」제110조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 징수하는 법인세액에 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율을 곱하여 계산한 금액을 말하며, 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용하는 것으로 규정하고 있는바,

  처분청은 중소기업 유예기간의 실효여부에 대하여 종전의 해석과 달리 판단한 대법원의 판결에 따라 청구법인이 2012사업연도 및 2013사업연도에 중소기업 유예기간 중에 있는 기업인 것으로 보아 2012사업연도 법인세액을 경정하였을 뿐만 아니라, 2013사업연도의 결손금 소급공제를 신청할 수 있음을 인정하였고, 이에 따라 「법인세법」 제72조 제5항 제3호가 아닌 제2호에 의하여 환급세액을 추징하고 있는 점, 청구법인이 2013사업연도에 법인세액을 과다하게 환급받은 것은 2012사업연도 법인세 신고시 중소기업이 아닌 일반기업의 연구․인력개발비 세액공제율을 적용하여 결손금 소급공제에 따른 환급신청을 한 데 기인한 것으로, 청구법인이 2012사업연도에 과세관청 등의 중소기업 유예기간 실효여부에 대한 해석을 신뢰하여 이에 따라 법인세를 신고한 것에 대한 청구법인의 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 청구법인이 이와 같은 해석에도 불구하고 중소기업 유예기간 중에 있는 것으로 보아 법인세를 신고납부하기를 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 법인세액을 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있다고 봄이 타당해 보이므로 처분청이 2013사업연도 환급세액을 추징하면서 1일 1만분의 3의 율로 계산한 이자상당액을 가산하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

[결손금 소급공제]

 (1) 법인세법 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조 제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다.

 ② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다.

 ③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다.

 ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

  1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우

  2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우

  3. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우

  ⑥ 결손금의 소급 공제에 따른 환급세액의 계산에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】⑤ 법 제72조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  1. 법 제72조 제5항에 따른 환급세액

  2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 법 제72조 제5항에 따라 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다.

  (3) 국세기본법 제3조【세법 등과의 관계】① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절․제3절․제4절 제26조(「조세특례제한법」 제99조의5에 따른 납부의무 소멸특례만 해당한다) 및 제5절, 제4장 제2절(「조세특례제한법」 제104조의7 제4항에 따른 제2차 납세의무만 해당한다), 제5장 제1절·제2절 제45조의2․제2절 제45조의3(「법인세법」 제62조에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다)․제3절(「조세특례제한법」 제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세만 해당한다), 제6장 제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.

  제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

  (4) 국세기본법 시행령 제43조의3【국세환급가산금】② 법 제52조에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말한다.

 [중소기업 유예기간]

(1) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, (중략), 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

  ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

  부칙 제1조【시행일】이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

  (2) 중소기업 기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제2조【정의】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  3. “관계회사”란 개인 또는「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다.

  제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

   가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

   나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. (이하 생략)

   다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업

   라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

   가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

   나. (생 략)

   다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시 근로자 수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것(2009.3.27. 신설)

   부칙 제1조【시행일】이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

   1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일

  (3) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

  제3조【중소기업의 범위】① 「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

   가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

   나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

   다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

   라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

   가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

   나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

    1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

    2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

   다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

  제3조의2【지배 또는 종속의 관계】① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

  1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

   가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

   나. 가목에 해당하는 개인의 친족

  2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  제7조의4【관계기업의 상시근로자수등의 산정】① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.