OOO세무서장이 2016.7.15. 청구법인에게 한 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 부가가치세 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 실제 매입하여 생산에 사용한 OOO의 금액과 제품을 공급하고 발행한 세금계산서상 공급가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 등을 매입하여 이를 가공․공급하는 법인이다.

나. 처분청은 2016.3.30.∼2016.6.28. 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하여, 자료상으로 확정된 주식회사 OOO(이하 “쟁점매입법인”이라 한다)으로부터 OOO를 매입(이하 “쟁점매입거래”라 한다)하고 교부받은 2012년 제2기∼2013년 제1기 세금계산서 21매(공급가액이 OOO원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보았고, 청구법인이 주식회사 OOO(이하 “쟁점매출법인”이라 한다)에게 2012년 제2기∼2013년 제1기 기간 발급한 매출세금계산서(공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 발급한 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2016.7.15. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 부가가치세 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.10. 이의신청을 거쳐 2017.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  <쟁점①에 대하여>

 (1) 청구법인은 종전의 원자재 구매가격보다 50-60% 낮은 가격으로 공급할수 있다는 쟁점매입법인의 실사주 OOO의 제안을 받고, 샘플에 대한 2-3회 시험을 통해 제품생산이 가능하겠다는 판단에 따라 쟁점매입거래를 하였다.

  쟁점매입법인은 법인소재지에 공장, 창고, 사무실 및 계근대를 보유하는 실제 사업을 영위한 업체로서 청구법인은 2012.5.8., 2012.5.21. 2회에 걸쳐 쟁점매입법인에 샘플제작비용 OOO원을 지급하였다.

 (2) 청구법인은 쟁점매입법인과 2012.8.9. ‘물품 공급계약’체결하였고, ‘OOO 공급 1-2일전에 사전통보하고, 원료입고 시에 현금결제하는 조건’으로 2012.8.17.～2013.3.25. 23회에 걸쳐 OOO이 청구인의 공장에 입고하고, 중량 확인 후 대표이사 OOO가 현금․수표로 즉시 결제하였다.

 (3) 청구법인은 대표이사(OOO)의 지인이나 거래처로부터 차입한 현금․수표로 물품대금을 지급하였으나, 회계상 가수금을 계상한 후 물품대금을 지급한 것으로 처리해야하나 이를 누락하여 부득이 계좌거래내역을 맞추기 위해 청구법인이 쟁점거래법인에 금액을 지급하고 즉시 회수받아 정리하였을 뿐 실물거래 없이 세금계산서만 주고받은 것이 아니다.

  또한, 이렇게 회수된 자금은 차입금 상환과 손해배상금 및 선수금 지급에 사용하였으며, 처분청의 금융조사에도 회수받은 자금 중 2012.10.19.부터 2013.2.19.까지 자금을 빌려준 OOO외 8명에게 OOO원을 상환한 사실을 확인할 수 있다.

 (4) 청구법인은 쟁점거래법인과 실사주 OOO에게 총 OOO원을 지급하고 이중 OOO원을 회수하여 차액 OOO원을 샘플대금과 부가가치세로 쟁점거래법인에게 지급하였다.

  따라서, OOO원을 지급하고 부가가치세 OOO원을 뺀 OOO원을 회수하여 전형적인 금융조작을 통한 가공거래라는 처분청의 주장은 사실과 다르다.

 (5) 작업일지 등을 통해 청구법인이 실제 OOO로 제품을 생산하였음을 확인할 수 있으며, 이 제품을 OOO 개발용으로 사용하기도 하고, OOO 등에 판매하였다.

 <쟁점②에 대하여>

 (1) 작업일지와 제품판매내역으로 실제 OOO를 매입하여 생산하였음이 확인되며, 작업일지도 2012년 작성된 서류를 이면지로 활용하여 이를 사후에 허위로 작성하지 않았다.

 (2) 또한, OOO지검 OOO지청의 불기소결정서에도 청구법인이 실제 OOO를 매입하여 제품을 생산한 것으로 확인하고 있으므로, 실제 OOO를 매입한 대금은 손금으로 인정되어야 한다.

 <쟁점③에 대하여>

 (1) OOO(이하 “OOO”이라 한다)는 OOO를 개발하기 위해 실제 청구법인으로부터 OOO는 2012.9.26., 2012.10.18. 2회에 걸쳐 OOO원, OOO는 2012.9.10., 2012.9.27. 2회에 걸쳐 OOO원에 복합소재를 매입하였다.

 (2) 청구법인은 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 구매계약서를 체결하여 OOO 등으로부터 OOO원단을 수입하여 실제 판매하였으므로 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 것이라는 처분청의 입장은 부당하다.

 (3) 다만, OOO에 발급한 세금계산서는 사실과 다른 것임을 인정하나 이는 쟁점매입거래의 OOO와는 무관하다.

<쟁점④에 대하여>

 OOO은 청구법인으로부터 매입한 복합소재를 사용하여 제품을 제작한 결과 프로펠러 인장강도가 620Mpa 이하로 기준치에 미달하는 등 문제가 발생하여 자체 제품 제작비, 설비비, 인건비 등에 대한 손실로 OOO원의 손해배상금을 요구하였으며,

  OOO과 청구법인은 2012.11.24. ‘제품 불량에 대한 변상 합의서’를 작성하고, 합의서에 따라 청구법인은 쟁점매입법인으로부터 회수한 자금으로 2012.11.27. OOO에 OOO원을, OOO에 OOO원을, 2013.2.20. OOO에 OOO원을, OOO에 OOO원을 손해배상금으로 지급하였으므로 이를 손금으로 인정받아야 한다.

나. 처분청 의견

<쟁점①, ②에 대하여>

 (1) 청구법인은 외부감사대상으로 경리를 책임지는 경리이사가 있는 중소기업임을 감안할 때 회계처리 누락으로 OOO원의 매입대금을 중복지급하고 다시 회수하였다는 주장은 납득하기 어렵다.

 또한, 당초 조사과정에서는 돌려받은 금액에 대해 쟁점매입법인 실사주 OOO에게서 차입하였다고 주장하였다가 이의신청 중에 중복지급한 매입대금을 돌려받은 것이라고 청구주장을 변경한 점으로 보아 가공거래를 정상거래로 거짓 진술하고 있음이 명백하다.

 (2) 청구법인이 현금 OOO원을 청구법인의 대표이사 및 거래처로부터 차입한 자금으로 지급하였다고 진술할 뿐, 자금출처 등 구체적 증빙이 없고 반환받은 금액으로 OOO 외 8명에게 OOO원을 차입금을 변제하였다고 주장하나 이들이 쟁점매입거래와 관련이 있는지도 불분명하고 쟁점금액을 소명하기에는 변제금액이 매우 적은 것으로 볼 때 청구법인의 주장은 부당하다.

 (3) 쟁점매입법인의 대표이사에 대한 심문에서 “실제 거래한 것이 아니다”라고 진술한 점과 청구법인이 OOO원 상당의 원재료를 8개월 동안 매입하여 포신을 시험제작하는데 투입하였다가 불량으로 전부 폐기처분하였다는 주장도 납득하기 어렵고 쟁점매입처에게 피해보상을 청구한 사실도 없는 점으로 볼 때 실물거래 없이 세금계산서를 수취한 것으로 판단된다.

 <쟁점③에 대하여>

 청구법인이 쟁점매출법인에게 발급한 매출세금계산서 합계 OOO원에 대한 금융거래조사 결과, 청구법인이 쟁점매입법인에 지급한 자금이 쟁점매출법인의 계좌에 입금된 후, 다시 청구법인에게 반환된 사실이 금융거래 조사내역에 의거 확인되어,

  거래사실이 없음에도 청구법인이 쟁점매출세금계산서를 발급하여 청구법인이 쟁점매입처로부터 가공세금계산서 수취에 대한 부가가치율을 맞추기 위한 것으로 판단된다.

<쟁점④에 대하여>

 청구법인의 금융거래조사 내용에는 청구법인이 손해배상금이라고 주장하는 금액은 2012.11.27. 및 2013.2.20. 청구법인계좌에서 쟁점매입처 계좌를 거쳐 OOO 및 OOO 계좌로 입금된 후 다음날에 다시 인출되어 청구법인의 계좌로 반환된 사실이 있어 손해배상금으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 청구법인이 쟁점매입법인으로부터 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 것인지 여부

 ② 청구법인이 OOO를 실제 매입하여 제품을 생산하였는지 여부

 ③ 청구법인이 OOO제품을 매출하고 발급한 세금계산서가 사실과 다른 것인지 여부

 ④ 청구법인이 실제 손해배상금을 지급하였는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법

제9조 [재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

 3. 공급가액과 부가가치세액

 4. 작성 연월일

 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 (2) 법인세법

제19조 [손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 법인세법 시행령

제19조 [손비의 범위] 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

 1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

 22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점매입법인이 OOO에 소재한 공장건물의 소유권을 2011.8.17. 이전 받았으며, 이는 건물등기부와 건축물대장을 통해 확인된다.

 (2) 쟁점①과 관련한 사실관계를 살펴본다.

  (가) 청구법인이 쟁점매입법인에 샘플대금 및 선수금으로 지급하였다고 주장하는 수표가 2012.5.8., 2012.5.22. 각 OOO원씩 쟁점매입법인 계좌에 입금된 것이 확인된다.

  (나) 청구법인과 쟁점매입법인이 2012.8.9. 체결한 물품공급계약서는 아래 <표1>과 같다.

   <표1> 청구법인과 쟁점매입법인 사이의 물품공급계약서

  (다) 쟁점매입법인이 2012.8.17.～2012.12.21. 청구법인에 OOO를 판매하고 작성한 계량증명서는 아래 <표2>와 같이 총 14매로 총 거래량은 106,420kg이며 담당자확인을 위한 서명이나 날인은 없다.

   <표2> 쟁점매입법인 작성 계량증명서 내역

 거래당시 쟁점거래법인이 청구법인에 위의 계량증명서를 발급하지 않고 구두확인만 하였으나 청구법인이 조사과정에서 쟁점거래법인의 서고에서 찾아 제출한 것으로 청구법인은 주장한다.

  (라) 아래 <표3>은 청구법인이 쟁점거래법인으로부터 발급받은 세금계산서의 내역과 처분청이 대금을 반환받았다고 인정한 금액의 금융 거래내역 등을 정리한 것으로, 청구법인이 쟁점거래법인으로부터 부가가치세액을 뺀 공급가액 약 OOO원을 반환 받은 것으로 나타난다.

   <표3> 처분청이 산정한 쟁점거래법인으로부터 반환받은 대금 내역

  (마) 청구법인이 매입대금으로 입금한 쟁점매입법인의 금융계좌에서 인출된 자기앞수표에 대한 금융거래 조사내용을 보면 아래 <표4>와 같이 대부분 청구법인의 대표이사 OOO가 인출된 수표에 이서한 후 청구법인 또는 청구법인의 대표이사 개인계좌로 반환받은 사실이 자기앞수표 사본 및 금융거래내역에 의거 확인된다.

   <표4> 금융거래 조사내역(2012.8.24. 세금계산서 OOO원 사례)

  (바) 청구법인의 대표이사가 쟁점매입대금을 지불하기 위하여 차입한 금액을 상환하는 과정에서 일부 금융거래로 나타나는 것이라고 주장하는 금액은 아래 <표5>와 같으며, 전부 쟁점매입법인의 계좌OOO에서 송금되었다.

   <표5> 청구법인이 주장하는 매입대금지급용 차입금상환에 대한 일부 금융거래 내역

  (사) 쟁점매입법인은 실물거래 없이 가공세금계산서를 수수한 혐의로 검찰에 고발되어 있으며, 쟁점매입법인의 대표이사에 대한 조세범칙혐의 심문내용은 아래 <표6>과 같으며 청구법인과의 쟁점거래에 대해 실제 거래하지 않은 것으로 진술한 사실이 확인된다.

   <표6> 쟁점매입법인 대표의 심문조서

  (아) 아래 <표7>은 청구법인이 쟁점매입법인으로부터 반환받은 금액으로 청구법인이 주장하는 금액이며, 이중 쟁점④와 관련한 손해배상금을 지급하고 반환받은 것으로 처분청이 인정하는 금액(OOO원)이 포함되어 있다.

   <표7> 청구법인이 주장하는 쟁점매입법인으로부터 반환받은 금액

  (자) OOO검찰청 OOO지청의 2017.2.20. 청구법인에 대한 이 건 세금계산서 수취의 「조세범처벌법」위반혐의에 대한 불기소 결정서에는 아래 <표8>과 같이 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취하는 거래를 하였을 가능성이 있으나 이를 입증할 증거가 부족하고 실제 매입거래를 하였을 개연성도 있다고 보았다.

   <표8> OOO지검 OOO지청의 불기소결정서 내용(1)

 (3) 쟁점②와 관련한 사실관계를 살펴본다.

  (가) 청구법인이 실제 OOO를 매입하여 2012년부터 2013년까지 OOO제품을 생산한 것을 증명하는 작업일지를 살펴보면, 필기내용이나 결제서명 등이 실제 작업결과를 반영하는 것으로 보이며, 특별한 사후 작성의 흔적은 보이지 않고, 2012년 작성된 서류를 이면지로 작성하였다.

  (나) OOO검찰청 OOO지청의 2017.2.20. 청구법인에 대한 불기소 결정서의 내용에는 아래 <표9>와 같이 실제 청구법인이 OOO로 작업을 한 것으로 판단하는 내용이 있다.

   <표9> OOO지검 OOO지청의 불기소결정서(2)

  (4) 쟁점③과 관련된 사실관계를 살펴본다.

  (가) 아래 <표10>는 처분청이 사실과 다른 것으로 본 청구법인이 발급한 세금계산서의 공급가액을 정리한 것이다.

   <표10> 청구법인의 매출 중 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 본 금액

  (나) OOO검찰청 OOO지청의 2017.2.20. 청구법인에 대한 불기소 결정서에는 아래 <표11>과 같이 실제 OOO 등과 OOO제품을 거래하였을 가능성이 있으며 이를 부인할 증거가 없다고 판단하고 있다.

   <표11> OOO지검 OOO지청의 불기소결정서(3)

   (다) 청구법인이 OOO에 매출한 제품에 대하여, OOO관련 제품을 판매할 때 청구법인이 작성한 출고전표, 거래내역서 및 화물운송내역을 정리하면 아래 <표12>와 같다.

   <표12> 청구법인이 작성한 OOO으로 매출한 제품의 출고전표 등 내역

  (라) 청구법인이 OOO에 OOO를 판매하고 발급한 세금계산서가 사실과 다른 것인지와 관련한 사실관계를 보면 다음과 같다.

   1) 청구법인은 OOO으로부터 OOO제품을 수입하여 OOO에 판매하는 구매계약서를 2012.12.17. 체결하였으며 그 주요내용은 아래 <표13>과 같다.

   <표13> 청구법인과 OOO 사이 체결한 구매계약서

   2) 청구법인이 OOO제품을 판매하고 OOO로부터 대금을 지급받은 내역은 아래 <표14>와 같으며, 선수금으로 OOO원(금융확인 OOO원), 거래대금으로 OOO원, 총 OOO원(금융확인 OOO원)을 지급받은 것으로 보인다.

   <표14> 청구법인이 OOO로부터 지급받은 대금

   3) 청구법인은 OOO과 거래를 입증하는 수입신고필증과 송장을 제출하였으며, 아래 <표15>와 같이 수입한 제품의 금액이 총 OOO로 환율(OOO)을 고려하면 세금계산서 공급가액 OOO원과 비슷한 금액이 된다.

   <표15> 청구법인이 OOO에 납품할 제품에 대한 송장 및 수입신고필증과 세금계산서 내역

  (마) 청구법인이 OOO에 OOO를 판매하고 발급한 세금계산서가 사실과 다른 것인지와 관련한 사실관계를 정리하면 다음과 같다.

   1) 청구법인은 OOO으로부터 OOO제품을 수입하여 OOO에 판매하는 구매계약서를 2012.12.17. 체결하였으며 그 주요내용은 아래 <표16>과 같다.

   <표16> 청구법인과 OOO 사이에 체결한 구매계약서

   2) 청구법인이 OOO제품을 판매하고 OOO으로부터 대금을 지급받은 내역은 아래 <표17>과 같으며, 선수금으로 OOO원, 거래대금으로 OOO원, 총 OOO원을 지급받은 것으로 보인다.

   <표17> 청구법인이 OOO으로부터 지급받은 대금내역

   3) 청구법인은 OOO과 거래를 입증하는 수입신고필증과 송장을 제출하였으며, 아래 <표18>과 같이 수입제품이 총 OOO로 환율을 고려하면 약 OOO원으로 세금계산서 공급가액 OOO원에 크게 못미치는 금액이 된다.

   <표18> 청구법인이 OOO에 납품하기 위해 수입한 제품의 송장 및 수입신고필증 내용과 세금계산서

 (5) 쟁점④와 관련한 사실관계를 살펴본다.

  (가) OOO는 2011.7.1. 지식경제부에 OOO를 정부과제사업으로 선정하기 위한 광역경제권 연계협력사업 사업계획(신청)서를 제출하였다.

  (나) OOO과 청구법인이 OOO 손해배상과 관련한 2012.11.24. 체결한 합의서의 내용은 아래 <표19>와 같으며, 620MPa를 기준치로 하여 이를 만족하지 못하는 인장강도에 대하여 손해배상금 OOO원을 청구법인이 OOO에 지급하기로 하였다.

   <표19> OOO과 청구법인간 제품불량에 대한 변상 합의서

  (다) 2014.3.24. OOO에서 수행한 OOO에 청구법인이 납품한 OOO의 인장강도시험의 결과는 아래 <표20>과 같이 최소 702MPa를 넘기는 것으로 나타난다.

   <표20> 인장강도 시험결과

  (라) 손해배상과 관련한 금융거래를 살펴보면, 아래 <표21>과 같이 쟁점매입법인에서 OOO에 손해배상금을 지급하면 다음날 청구법인에 그 금액을 입금하는 방식으로 처리하였다.

   <표21> 손해배상관련 금융거래

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 쟁점①과 관련하여, 청구법인은 쟁점매입법인 명의의 계좌에서 OOO 외 8인에게 송금된 총 OOO원을 물품대금을 지급하기 위하여 대표이사인 OOO의 지인 등으로부터 차입한 금액 중 일부를 상환한 것이라고 주장하나, 현금을 차입하여 물품대금을 지급하고 사후에 금융증빙을 맞추기 위해 송금한 후 부가가치세액만 빼고 반환 받는 것이 경험칙상 정상적이라고 인정하기는 어렵고 동 금액이 쟁점매입법인의 OOO계좌에서 송금된 것이라 청구법인의 상환금으로 보기도 힘들며 관련 금전대차계약서 등의 추가 증빙이 없고 쟁점매입세금계산서의 총 공급대가 OOO원에도 크게 부족하므로 청구법인의 주장을 인정하기는 어려운 점, 청구법인도 처분청과 금액의 차이만 있을 뿐 쟁점매입법인에게 물품대금의 명목으로 송금하고 곧이어 부가가치세액을 뺀 금액을 반환받은 사실은 인정하고 있으며 이는 금융조회를 통하여 확인되었고 이는 전형적인 자료상의 거래행위와 일치하는 점, 청구법인이 실제 회수한 금액이라고 주장하는 OOO원에는 OOO으로부터 다시 회수한 손해배상금 OOO원이 포함되어 있어 그 주장을 신뢰하기는 곤란한 점, 청구법인이 제출한 계량증명서는 조사 당시가 아니라 나중에 제출되었고 담당자의 날인과 서명이 없으며 거래관행상 계량증명서를 청구법인에게는 교부하지 않고 쟁점매입법인이 보관하고 있다는 것을 이해하기 어려운 점 등을 고려하면,

   청구법인이 세금계산서를 받지 않고 현금거래를 통해 제3자로부터 OOO를 매입하거나 실제 그러하지 않았음에도 증빙을 갖추기 위한 목적으로 쟁점매입법인으로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 것으로 보는 것이 합리적이므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아 처분청이 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (나) 쟁점②와 관련하여, 청구법인이 제출한 작업일지가 수기로 직접 작성되었고 그 필체 등을 고려하면 조작한 것으로는 보기 어려우며 2012년에 작성된 서류를 이면지로 활용하여 실제 OOO를 가공하여 제품을 생산한 것으로 보이는 점, 처분청이 OOO원을 가공매입으로 하면서 OOO원만 가공매출로 보아 전자가 지나치게 많아 그 중 일부는 실제 매입한 것으로 보이는 점 등을 고려하면 청구법인이 제3자 등으로부터 OOO의 일부를 실제 매입한 것으로 보이나,

   사실과 다른 것으로 인정되는 쟁점매입세금계산서의 공급가액과 금융조회로 확인되는 지급액을 실제 매입금액으로 하기는 어려운 만큼, 청구법인의 손금에 해당하는 OOO의 실제 매입금액을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

  (다) 쟁점③과 관련하여, 청구법인이 OOO에게 제품을 공급할 때 작성한 출고전표, 거래내역서 및 화물운송영수증 등이 있는 점, 청구법인이 원재료를 수입한 송장과 수입신고필증 및 관련 금융거래내역이 확인되는 점 등을 고려하면 청구법인이 쟁점매출법인에게 제품을 공급한 것으로 보이나,

   청구법인이 OOO에게 공급한 제품에 대한 금융증빙 등 대금지급내역을 확인할 수 없어 세금계산서상의 공급가액을 실제 매출액으로 인정하기 어려우며, OOO에게 매출하기 위하여 수입한 제품의 총 대금이 OOO 정도라 동 공급가액인 OOO원에 크게 부족하여 일부 사실과 다른 세금계산서의 발급이 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하면 쟁점매출세금계산서와 관련한 제품이 실제로 공급되었는지를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (라) 쟁점④와 관련하여, 2012.11.24. 작성된 변상합의서에는 프로펠러 인장강도가 620MPa가 되지 못하면 청구법인이 OOO에게 보상금을 지급하도록 약정하였으나 2014.3.24. OOO이 시험한 결과 최저 702MPa로 나타나므로 지급할 이유가 없는 점, 청구법인이 2012.11.27. OOO원, 2013.2.20. OOO원의 손해배상금을 지급하고 OOO으로부터 2012.11.28. OOO원, 2013.2.21. OOO원을 돌려받아 실제는 지출하지 않은 셈인 점 등을 고려하면 쟁점손해배상금을 손금으로 보지 않고 처분청이 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.