1. 처분개요

가.과세원인 및 처분 경위

 (1)최초 소지(素地) 임대 및 쟁점토지 개발

 OOO의 사주인 청구인 OOO은 1975년부터 보유한 경기도 OOO 일대에 임야 및 전․답 1,582,801㎡ 중 1,221,867㎡(OOO 7,084㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 위에 OOO”이라 한다)가 OOO을 건설할 수 있도록 1985.7.9. OOO과 임대차계약을 체결하여 토지사용승낙을 하였고, OOO은 1986.4.12. 골프장사업계획의 인가를 거쳐, 1986.6.15. OOO 공사에 착공하여 1987.10.21. OOO(18홀, 이하 “쟁점골프장”이라 한다)을 개장하고 현재까지 운영하여 오고 있다.

 OOO은 사주일가가 69%의 지분을 보유하고 있고, 나머지 지분 31%는 사주일가가 100%의 지분을 보유하고 있는 OOO”이라 한다)가 보유하고 있어, 사실상 사주일가가 지분 100%를 보유하고 있는 법인으로, OOO이 대표이사이다.

(2) 개발 전 지목으로 감정평가하여 쟁점토지 현물출자

 사주일가는 2008.12.24. 쟁점토지를 아래 표와 같이 현물출자하여 OOO"이라 한다)를 설립하였으며, 현물출자를 위하여 OOO에서 감정평가를 수행하였으며, 감정평가시점(2008.11.12.)의 지목(체육용지 등) 및 용도가 아닌 1986년 골프장부지 조성 전 지목(임야, 전답)으로 감정평가하여 현물출자 당시 쟁점토지의 개별공시지가인 OOO원보다도 낮은 OOO원으로 감정가액을 산정하였고, 1주당 액면가액 @OOO원으로 97,038,441주의 주식을 발행하였다.

(3) 계열사의 금융기관으로부터의 차입 과정에서 감정평가 수행

 OOO”이라 한다)의 분양사업 실패로 OOO 전체가 자금부족에 시달리던 상황이었고, OOO은 재무구조 악화로 OOO 등에서 차입을 하였으며, OOO의 채무상환을 위해 OOO이 보유한 OOO이 보유한 OOO 등을 2010.12.23. OOO의 감정평가(이하 “1차 감정평가”라 한다)를 받아 2010.12.30. OOO 원을 차입(리파이낸싱)하여 OOO 등에 대여한 후, OOO의 차입금 등을 상환하도록 하였다.

(4) OOO에 매각

 사주일가는 OOO 주식을 매각하여 부실 계열사에 대한 증자 재원을 마련하였으며, 그 과정에서 OOO은 OOO 주식 97,038,441주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 ｢상속세 및 증여세법｣(이하 “상증법”이라 한다)에 따라 총 OOO으로 평가하였으며, 사주일가는 동 평가금액을 근거로 쟁점주식을 3회에 걸쳐 OOO 또는 청구법인”이라 하고, 사주일가와 OOO을 통틀어 “청구인들”이라 한다)에 총 OOO원에 매각하였다.

OOO은 위의 주식매수 대금을 마련하기 위하여 OOO이 보유한 쟁점토지OOO 등과 OOO이 보유한 OOO 내에 건물 등을 2011.8.18. OOO의 감정평가(이하 “2차 감정평가”라 한다)를 받아 2011.8.29. OOO 원을 차입하였고, 나머지 주식매수 대금 OOO원은 자체 자금으로 조달하였다.

 사주일가는 OOO 주식매각대금 OOO 원을 OOO 증자에 참여하는 방식으로 지원하고, OOO은 동 증자대금을 다시 OOO의 증자에 참여하는 방식으로 자금을 지원하였으며, OOO은 동 증자대금으로 OOO의 위 차입금을 상환하였다.

나. 원처분 내용

 (1) OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.12.23. OOO의 쟁점OOO원의 평균액 OOO원에서 당초 OOO 조성에 투자하고 재무상태표에 OOO으로 계상하고 있던 OOO원으로 쟁점토지의 시가를 산정하여 쟁점주식의 1주당 주식의 가치를 OOO원으로 재산정하였다.

 (2) 이에 따라 2014.12.18. 사주일가가 양도소득세 신고시 과소신고한 차액 OOO원에 대하여 「소득세법」제101조의 양도소득의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 양도소득세 및 증권거래세 OOO원을, 쟁점주식의 양수자인 OOO에게는 「법인세법」제15조의 규정을 적용하여 쟁점주식 저가매입액 OOO원에 대하여 법인세 OOO원을 각 과세하도록 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2015.5.1. 사주일가에게 양도소득세 OOO원, OOO에게 법인세 OOO원을 경정‧고지하였고, 청구인들은 이에 불복하여 2015.7.23.과 2015.7.24.에 각 심판청구를 제기하였다.

다. 우리원의 재조사결정(조심 2015전4659 외 5건 병합, 2016.8.19.)

라. 처분청의 재조사 및 경정처분

 (1) 우리원의 재조사 결정에 따라 처분청은 2016.9.26.부터 2016.12.15.까지 쟁점주식의 시가를 재조사하였으며,

 이에 따라 임대인인 OOO 소유의 쟁점토지의 1, 2차 감정평가액의 평균인 OOO원에서, “임대인이 임차인에게 부담할 부채 성격의 유익비상환청구권 상당액(페어웨이, 입목, 구축물)과 1, 2차 감정평가액에 포함된 임차인 소유 재산의 가액(차량운반구, 기계장치) OOO원을 차감하여 쟁점토지의 시가를 OOO원으로 산정하고 쟁점주식의 시가를 주당 OOO원으로 재산정하였다.

 (2) 이에 따라, 2016.12.23. 사주일가에게 「소득세법」제101조의 양도소득의 부당행위계산 규정을 적용하여 양도소득세와 증권거래세를, OOO에는 「법인세법」제15조의 익금의 범위 규정을 적용하여 법인세를 아래와 같이 각 경정하였고, 청구인들은 이에 불복하여 2017.1.17. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

[쟁점① : 처분청의 재조사 경정처분이 심판결정의 기속력 및 결정취지에 따른 처분의무를 위반하였는지 여부]

가. 청구인들 주장

(1) 조세심판원의 ‘재조사결정’은 청구인의 불복에 대하여 사실상 인용 결정이므로 처분청은 조세심판원의 결정의 취지에 따라 후속처분을 내릴 법적 의무가 있다

  (가) 재조사결정은 조세심판원이 본안에 대한 판단 후에 내리는 결정으로 처분청은 재조사결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 후속 처분을 할 의무를 부담하는바,

   이 건 조세심판원 결정문 중 “4.결론” 부분에서 “이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다”라고 설시하여, 청구인의 주장을 사실상 인용하고 처분청으로 하여금 페어웨이 등의 역사적 원가가 아니라 양도시점의 조성원가를 차감하고, 그 밖에 OOO 부지에 대한 시가를 추가로 밝히라고 한 것이다.

  (나) 청구인 주장을 사실상 인용한 조세심판원 재조사 결정의 취지와 달리 처분청은 동일한 처분을 되풀이하거나 또는 결정의 내용에 반하는 처분을 할 수 없는 것이며, 심판결정의 기속력은 주문과 그 이유의 중요부분(주문의 판단과 직접 관계되는 부분)에 대하여 미치므로 조세심판원이 제시한 기준 및 그 범위 내에서 처분청은 처분을 하여야 한다.

 (다) 대법원은 조세심판원의 결정과 같은 행정심판 재결의 기속력이 미치는 범위에 관하여, 당해 처분에 관하여 재결주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 대하여 처분청을 기속하므로 “재결에서 판단된 사유와 기본적 사실관계에 있어 동일성이 인정되는 사유를 내세워 다시 동일한 내용의 처분을 하는 것은 허용되지 않는다”고 판단(대법원 2003.4.25. 선고 2002두3201판결)하였으며, 조세심판원도 처분청이 종전과 같은 내용의 부과처분을 되풀이하는 것은 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 반하는 것으로 위법하다고 판단(조심 2014광4348, 2015.8.11.)하고 있다.

(2)임차인의 노력과 비용으로 인한 개발이익이 임대인에게 귀속됨을 전제로 한 이 건 부과처분은 이미 조세심판 과정에서 제시되어 판단을 받은 것으로 심판결정의 기속력 및 결정취지에 따른 처분의무에 반하는 것으로서 위법·부당하다.

  (가) 처분청은, 임차인이 조성한 OOO 등은 독립적 물건이 아니라 그 경제적 가치가 임대인에게 귀속된 것이며, 임대차 계약서상 임차인이 투자하여 취득하거나 소유하고 있는 재산에 대한 소유권은 임차인에게 귀속하도록 한 계약조항은 계약의 해지에만 적용되고 계약의 만료에는 그 적용이 없으므로, OOO 등의 소유권은 임대인에게 귀속된다고 보고 있으나, 이는 모두 조세심판 과정에서 제시되었고, 조세심판원은 위 주장들을 모두 검토하여 “쟁점토지의 감정가액”에서 “양도시점의 OOO의 가치(조성원가)부분은 제외”하여야 한다고 판단함으로써 명시적으로 당초 처분청의 의견을 배척하였다.

  (나) 처분청이 감정평가액에서 차감하여야 한다고 주장하는 부채 상당액(유익비상환청구권과 지상물매수청구권)은 민법상 부합에 따른 것으로 그 가액 역시 임의적 판단에 의한 것이고, 조세심판원이 이미 이 건에 적용할 수 없음을 명확히 확인하였음에도 이를 무시하고 재차 동일한 주장을 반복하고 있을 뿐이다.

  (다) 결국, 처분청은 당초 심판청구에서 과세 근거로 내세웠던 내용인 “임차인의 개발이익이 임대인에게 귀속된다”는 주장을 반복하고 있을 뿐이며, 조세심판원이 이미 부당하다고 판단한 내용에 대하여는 어떠한 새로운 사실관계에 근거한 새로운 과세를 못하고 있는 것으로서, 조세심판원의 결정 주문과 취지에 따른 재조사를 하였다고 볼 수 없고 따라서 심판결정의 기속력을 위반한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 재조사 결정의 기속력의 핵심은 “재조사 결정의 취지에 부합하는 재조사 노력”이므로 청구인이 주장하는 바와 같이 재조사 결정의 기속력을 인용 결정의 기속력과 동일, 유사하다고 볼 수 없다.

  (가) 청구인의 주장과 같이 재조사결정도 「국세기본법」제80조 제1항에 의해 기속력을 가지고, 따라서 처분청은 재조사 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 후속 처분을 할 의무를 부담한다고 봄이 타당하나, 재조사 결정이 후속 처분의 내용까지 구속하는 것은 아니고, 「국세기본법」제55조 제5항 제1호(2015.12.15 개정)에 따라 당초 처분을 유지하는 처분을 하였다고 해도 기속력에 반하는 처분으로 곧바로 위법하다고 할 수는 없기 때문에 인용결정의 기속력과는 다른 성격으로 보아야 한다.

  (나) 법원은 재조사 결과 별다른 사유 없이 원처분과 동일한 처분을 하거나, 재조사 결정이 제시한 가이드라인에 따른 재조사 노력을 하지 않고 원처분과 동일한 처분을 했다는 사정이 있는 경우에 재조사 결정의 기속력 위반으로 재처분을 취소하라고 판시하였고(서울행정법원 2015구합65414), 조세심판원은 처분청이 “합리적인 방법을 찾아 그 방법을 적용하고자 하는 노력이나 국세청 심사결정에 대한 면밀한 검토를 하지 않은 채” 이루어진 원처분의 추계결정과 동일한 방법으로 이루어진 추계결정에 대해 다시 재조사결정을 내린 바 있다(조심 2008서2473).

  (다) 재조사결정이 경정결정이나 인용결정과 동일한 내용의 기속력을 가진다면, 법원은 재조사청의 “조사나 노력”을 요구하지는 않았을 것임이 명백하며, 재조사청이 기속력에 따른 처분을 하기 위한 충분한 시도를 한다면 일정부분 재조사결정의 기속력을 준수한 것으로 보는 것이다.

 (2) 조사청은 OOO 부지의 현행원가 또한 재조사하라는 조세심판원의 재조사 결정의 취지에 따라 OOO 등의 개발원가를 청구인이 제시한 감정평가에 기초하여 산정하려는 노력을 하였으며, 이러한 재조사 노력은 조사청의 재조사결정 기속력의 핵심인 “조사나 노력 여부”를 충족한 것이다.

  (가) 청구인은 조세심판원이 해당 OOO 부분에 대한 종국적인 판단이 마무리되었다고 주장하며 OOO 이외의 부지의 가격만 판단하면 족하다고 주장하나, 이는 조사청이 OOO의 “양도시점의 현행 조성원가를 재조사”하여 OOO 부지의 시가에서 이를 제외하여야한다는 것을 의미하는 것으로, 행정심판 단계에서 청구인들이 주장한 조성원가 OOO원(공시지가 기준으로 산정)을 그대로 인정하였다고 보기는 어렵다.

  (나) 조세심판원은 결정문에서 쟁점토지의 감정평가액을 이용하라는 점을 명확히 하고 있기 때문에, 시가인 감정평가액에서 시가의 약 70∼80%인 공시지가 기준 조성원가 OOO 원을 제외하는 것이 조세심판원의 의사로 보이지 않으며, 타당하지도 아니하다. 청구인 또한 골프장 부지의 현행 조성원가가 공시지가에서 나타난 바와 같이 약 OOO 원 이상일 것이라고만 주장하여 OOO의 현행 조성원가의 시가를 명확하게 제시하지 못하고 있다.

  (다) 또한 OOO의 1, 2차 감정평가액과 소지의 감정평가액을 비교하여 보면, 개발 후의 해당 토지의 시가는 OOO원으로 나타난다. 이 경우 평균 OOO원의 음의 개발이익을 보이는 것으로 나타나고, 특히 2차 감정평가와 소급감정에 모두 참여한 OOO원의 음의 개발이익이 발생하였다고 평가하였다.

  (라) 따라서 개발 후의 감정평가액이 소지의 가격의 약 67%에 그친다는 점, 1차 감정평가 당시 체육용지임을 고려하여 가액을 가산하였고 2차 감정평가에도 이러한 고려를 해태했다고 보이지 않는 점, 감정평가 기준시점이 최장 8개월로 크지 않다는 점을 고려할 때 이러한 차이는 매우 현저하며 불합리하다.

  (마) 처분청의 원처분은 주로 개별공시지가와 시가의 차이, 그리고 개발이익의 구성에 대해 초점을 맞추었다면, 재조사에 따른 처분은 페어웨이 등의 소유권과 개발이익의 분배, 그리고 본 거래에서 제3자와의 거래관행을 반증할만한 합리적인 사유가 있는지 등을 중점적으로 검토하여 재처분한 것으로, 새로운 사실관계 파악이 어려운 주식변동조사임을 감안하여, 과세논리 개발 및 정교화에 힘썼으며 청구인의 별다른 항변 없이도 임차인 소유 구축물 등의 장부가액을 과세표준에서 차감하여 환급 결정한 것도 합리적 과세를 위한 처분청의 노력의 일환이라 할 것이다.

[쟁점② : 쟁점주식의 저가양도로 인한 부당행위계산 대상에 해당하는지 여부]

가. 청구인들 주장

 (1)세법상 부당행위계산 부인규정의 적용은 소유권 귀속에 관한 법리 판단의 문제가 아니라, 그 거래 당시의 “경제적 합리성” 여부를 판단하는 것으로서 임차인의 개발과 노력으로 발생된 개발이익은 임대인이 아니라 임차인에게 귀속되어야 하므로 이 건 거래는 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니한다.

  (가) 부지조성공사 등으로 인한 개발이익 내지 지가 상승분 등 그 경제적 가치는 이에 대한 노력과 비용을 직접 지출한 당사자에게 귀속되는 것이다.

  (나) 대법원은 회사가 연구소 부지를 확보하기 위해 대표이사 소유의 토지에 관하여 사용승낙을 받고, 이후 스스로 보전임지전용허가와 농지전용허가를 각 받아 부지조성공사를 마친 후, 이에 대한 감정평가를 거쳐 결정된 금액을 매매가액으로 하여 대표이사로부터 토지를 매입한 사안에서, 당해 매매가액은 회사의 노력과 비용으로 이루어진 지가상승분까지 대표이사 개인에게 귀속시킨 것으로서 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위로서 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 판단(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결)하고 있는바,

 동 판례에서 부당행위계산 부인을 위한 시가 산정과 관련하여 전용허가 또는 부지조성공사 등으로 인한 지가상승분을 시가에서 제외하여야 할지 여부는 토지 개발이익이 누구에게 귀속되어야 할 것인가의 법리 판단의 문제가 아니고 비특수관계자 사이의 일반적이고 정상적인 거래의 경우 어떠한 방식으로 매매대금을 산정하여야 한다고 볼 수 있는지의 문제라는 점을 명확히 하였고, 더 나아가 회사가 자신의 노력과 비용으로 이루어진 지가 상승분을 모두 소유자에게 귀속시키는 형태의 거래는 상정할 수 없다고 판단하였다.

 (2) 당사자 간 소유권 귀속에 관한 명시적인 합의가 있는 경우에는 그에 대한 강행규정이 없는 한 합의에 따라 소유권 귀속이 결정되는바, 쟁점토지에 대한 임대차계약서 상 이 건 OOO 등이 임차인에게 귀속됨은 명확함에도 처분청은 계약상 약정을 임의로 부인하고 있다.

  (가) 처분청은 원처분과 동일하게 토지에 대한 부합을 근거로 토지를 소유한 자는 정당한 권원에 의해 임차인에 의하여 조성된 자산이라 하더라도 그 자산의 소유권을 갖고, 따라서 쟁점토지의 가치는 모두 토지 소유자(임대인)에게 귀속된다고 보고 있으나, 이는 부당행위계산부인에 있어 개발이익 내지 지가 상승분 등 그 경제적 가치는 이에 대한 노력과 비용을 직접 지출한 당사자에게 귀속된다는 법원과 조세심판원의 판단에 반하는 것이다.

  (나) 처분청은 토지 소유권과는 별개의 임차인 소유의 자산임을 전제로 부가가치세 매입세액 공제대상이라고 판단한 것(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결)은 배제하고, 「민법」제256조(부동산에의 부합)는 임의규정으로 계약 당사자간 시설물OOO의 소유권 귀속에 관한 명시적 약정이 있으므로 이와 달리 소유권 귀속을 결정하는 것은 사적자치의 원칙에 위배되는 점을 전혀 고려하지 않고 있다.

  (다) 이 건 임대인과 임차인은 나대지 상태에서 임차인이 골프장 사업을 위하여 추가로 설치하는 재산에 대한 소유권은 임차인에게 귀속된다고 명시적으로 합의를 하였고, 나아가 본건 골프장 설치 전 최초 임대차 계약에 따른 임차목적 대상물은 나대지 상태였던바, 동 계약서 제4조에 따라 과거 나대지 상태에서 OOO 조성을 위해 임차인이 설치한 시설물은 임대차 계약서 상 명시되어 있는 당사자 간 합의에 따라 모두 임차인 소유에 속하는 것이다.

 (3) 처분청은 상관행(매매사례)에 따라 개발이익은 임대인에게 귀속된다고 주장하면서 이에 관한 예시를 들고 있으나, 해당 거래들은 특수관계에 있지 아니한 당사자 사이에 일반적이고 정상적인 가격에 따른 것이라고 볼 수 없으므로 해당 거래들을 OOO의 일반적 매매사례라고 볼 수 없다.

  (가) 처분청이 OOO의 일반적 매매사례로 주장하는 것들은 대부분 기획재정부가 OOO로 사용되는 국유지 중 일부를 민간에 매각함에 따른 거래 사례이며, 정부는 골프장 등 체육시설로 사용 중인 국유지에 대하여 다른 행정목적으로 활용 가능성이 낮은 점을 고려, 그 점유자에게 매입을 유도함에 따라 이루어지는 거래이다.

  (나) 또한 처분청이 제시한 사례의 거래금액을 살펴보면, 수천만원에서 가장 큰 거래가 약 OOO원이며 매각대상부지면적도 해당골프장 총면적의 1%미만 정도로서 거래의 구체적 사정, 거래 당사자, 거래 대상 토지의 면적 및 금액 등을 모두 고려할 때, 일반적 골프장부지 매매사례로 인정할 만한 것이 아니다.

 (4) 처분청은 쟁점주식양도가 청구인 사주일가가 의도적으로 쟁점 토지의 가치를 낮게 평가함으로써 저가로 양도하였으므로 부당행위계산 부인 대상이라는 의견이나, 청구인은 쟁점주식을 저가로 양도할 이유가 전혀 없고 오히려 거래의 사정상 고가양도가 유리하다.

  (가) 양도법인(OOO)에 대한 사주일가 지분율은 100% 이며, 양수법인(OOO)에 대한 지분율은 약 64%인데, 결국 처분청은 사주일가가 양도소득세 등의 세부담을 감소시키기 위하여 자신들이 보유한 지분을 양수법인의 지분의 약 36%를 소유한 제3자에게 저가로 양도하였다는 것이나, 일반인의 상식에 비추어 보더라도 세부담을 낮추기 위하여 자신의 부를 포기하였다는 것은 전혀 이치에 맞지 아니하다.

  (나) 쟁점주식 양도거래는 계열사(OOO)의 부도 위기 하에 청구인 사주일가가 해당 계열사에 대한 증자를 위한 재원 마련 및 금융기관으로부터의 차입을 위한 거래이다. 따라서 양도대상 OOO㈜가 보유한 쟁점토지를 높게 평가할 수 있다면 더욱 유리한 사정이므로 처분청이 보는 바와 같이 청구인 사주일가가 저가로 양도할 사정이 전혀 없다고 할 수 있다.

나. 처분청 의견

 (1) 민법 및 상관행에 따라 임대인에 개발이익 대부분이 귀속되나, 임차인의 개발에 따라 상승한 토지가치가 임차인에게 일방적으로 귀속된다고 보아 거래한 것이므로 부당행위계산부인 대상에 해당한다.

  (가) OOO는 토지에 부합된 것으로 정당한 권원에 의해 조성하였다고 하더라도 부합의 법리에 따라 임대인인 OOO 소유라고 보는 것이 타당하다.

  (나) 청구인의 주장과 같이 일반적으로 민법상 부합물의 소유권 관련 규정은 임의규정이라는 것이 학설의 일치된 견해이나, 당사자 간 임의로 부합되기 전의 물건 상태로 소유하는 계약이 가능하다면 부합규정의 의의를 부정하는 결과가 되므로, 이러한 학설은 부합된 동산의 소유권의 일방 귀속이 가능하다는 의미로 이해해야만 할 것이다. 대법원도 “임차인이 임차한 건물에 그 권원에 의하여 증축한 경우에 증축된 부분이 부합으로 인하여 기존의 건물의 구성부분이 된 때에는 증축된 부분에 별개의 소유권이 성립할 수 없다”고 판시한 바 있다(대법원 99다14518 등).

  또한, 대법원은 “부동산에 부합된 물건이 사실상 분리복구가 불가능하여 거래상 독립된 권리의 객체성을 상실하고 그 부동산과 일체를 이루는 부동산의 구성부분이 된 경우에는 타인의 권원에 의하여 이를 부합시킨 경우라도 그 물건의 소유권은 부동산의 소유자에게 귀속된다”고 판시하여(대법원 2008두8727, 대법원 2000두4354 등) 부동산에 부합된 물건은 부동산의 소유자에게 소유권이 귀속된다고 판단하고 있다.

 (다) OOO 등은 나대지 위에 몇 가지 종류의 토양을 적층하여 기반을 쌓고 그 위에 잔디 등을 심은 형태로 구성되어 소지와 그 위에 쌓인 토양을 정확히 구분하는 것이 어려울뿐더러, 이를 분리하는 것은 기술적으로 불가능에 가까우며, 하급심 판례 및 심판 결정에서 위와 같은 특성을 고려하여 토지에 잔디를 식재하는 등 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 부가가치세가 면제된다고 설시(국심2005중3822, 춘천지법 2006구합2150)한 바 있다.

(2) 임차인 OOO 간 개발이익을 분여하는 약정이 없다.

  (가) 부동산 부합으로 페어웨이 등 및 부합된 구축물의 소유권이 임대인에게 귀속됨에도 불구하고, 임차인과 임대인의 개발이익 분여와 관련한 약정은 가능하나, 임대차계약서 제4조의 내용은 OOO에 대한 임차인의 공유나 개발이익에 대한 분배 혹은 임차인의 청구권을 규정한 조항이라 보기는 어렵다

 본 조항이 이미 부합된 물건의 부합 이전 상태 물건의 구분소유를 의도했다면, 해당 계약은 법규를 위반한 것으로 계약서 상 “…재산”은 취득하거나 소유할 수 있는 부합되지 않은 물건만을 의미한다고 보아야하며, 또한 개발이익을 분여하기 위해서는 법령상, 계약상 근거 등이 필요한데, 계약서 제4조는 개발이익을 어떻게 나누는지가 아닌 소유권이 어느 일방으로 귀속되는지를 규정한 것이며 명백하게 구분되는 두 개념을 혼동했다고 생각할 수도 없다.

  (나) 또한, 개발이익을 임차인에 귀속시키는 경우 임대인에게 청구되는 부분을 임차인이 부담하여 줄 것이므로 보유 관련 세금을 포함한 제반 비용의 보전 여부에 따라 개발이익 분배의 묵시적 의사를 추론해 볼 수 있는바, 당사자들은 현물출자 후 최초의 임대차계약(2008.12.24.)에서 임대료를 정하면서 해당토지에 과세되는 보유세를 임대인이 부담한다고 약정하여 개발로 인한 토지가치 증가분에 대한 보유세 보전 방식을 채택하지도 않았을 뿐만 아니라, 소지 해당분에 대한 보유세까지 임대료에 포함하였음을 확인할 수 있다.

  (다) 대외적으로 OOO은 골프장부지 감정가액 전체에 대한 재산권 행사를 하였으며, 내부적으로도 쟁점골프장 부지 등의 감정가액이 OOO에 귀속되는 가치로 인식하였다.

 OOO은 OOO이 2010.12.30. OOO 원을 차입할 당시 쟁점OOO으로부터 OOO 원에 감정평가 받은 후 감정평가금액을 근거로 물상보증인으로 참여하였던 바, 물상보증인이 채무자의 채무를 변제하거나 설정해준 저당권의 실행으로 그 소유권을 잃은 때에는 채무자에 대하여 구상권을 행사할 수 있어, 만약 OOO이 채무를 상환하지 못하였다면 OOO은 자신이 보증해준 OOO 감정평가액 OOO원에 대하여 구상권을 청구하였을 것이므로 OOO 감정평가액의 가치 OOO에 귀속된 가치에 해당한다.

 또한 OOO을 위하여 담보를 제공하면서 발행한 ‘담보신탁신청 및 수익권증서 발급의뢰서’에는 OOO이 제공한 신탁부동산 가격이 OOO원이고 OOO이 제공한 신탁부동산의 가격이 OOO원이라고 구분 기재하여 OOO이 책임을 지는 담보제공 감정가액이 OOO원임을 확인할 수 있는 바, 쟁점 OOO은 쟁점 OOO부지의 감정평가액을 기준으로 담보를 제공함으로써 평가된 금액만큼 토지에 대한 재산권을 행사하였다고 판단할 수 있다(‘담보신탁신청 및 수익권증서 발급의뢰서’ 참고).

 회사는 내부적으로도 골프장운영사업자인 OOO의 주식가치를 약 OOO원에 불과하다고 평가하고 있으며 이는 청구인들이 제시한 골프장 개발이익 약 OOO원을 크게 하회하는 수치로 개발이익이 임차인이 아니라 임대인에 귀속된다는 회사 내부의 의사를 명확히 한 것이다(2010.5.31. 경영지원실 전략기획팀 작성 OOO 대안 검토 Ⅱ’ 참고).

 따라서, 임차인과 임대인 간 개발이익을 임차인에 귀속시키는 명시적·묵시적 합의가 있었다고 보이지 않고, 오히려 대외적으로는 개발이익을 임대인에 귀속시키는 의사를 내포한 다수의 계약관계를 맺었음을 알 수 있어 청구인들이 주장한 바와 같이 개발이익이 임차인에 일방 귀속된다고 볼 수 없고 임대차계약서 제9조에 따라 민법 및 상관례에 따라 규정되어야 한다는 것을 알 수 있다.

 (3) 토지에 부합된 물건의 소유권은 임대인에 귀속되고, 임차인은 토지에 부합되지 않은 물건의 소유권 및 유익비상환청구권을 가지게 된다.

  (가) 임차인에게는 토지에 부합되지 않은 시설물에 대한 소유권과 임차인이 지출한 자본적 지출에 대한 민법상 유익비상환청구권이 인정되는바, 임차인이 OOO를 조성한 비용은 임대목적물인 토지의 객관적 가치를 높이는 유익비에 해당하며, 조세심판원에서도 OOO 등은 그 부지인 토지에 부합되어 토지와 일체를 이루는 점 등에 비추어 볼 때, 토지에 잔디를 식재하는 등 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 부가가치세가 면제된다고 결정한 바 있다(국심 2005중3822 등).

  (나) 유익비상환청구권의 가액은 “임차인이 지출한 금액”과 “현존하는 가치” 중 임대인이 선택할 수 있으므로 둘 중 적은 금액을 선택할 것이 분명하고, OOO 등을 조성하는데 임차인이 지출한 금액은 OOO 원인데 반해 현존하는 가치는 이를 상회할 것이 자명하므로 동 금액을 기준으로 임차인의 몫을 계산하는 것이 합리적이다.

 (4) 상관행(매매사례)에 따라, 개발이익은 임대인에게 귀속된다.

  (가) 감정평가서 중 거래사례비교법에 의한 거래사례는, 토지에 화체되지 않은 물건을 제외한 토지의 가격을 산정한 것으로, 토지의 가격에는 페어웨이 등이 포함된다.

  (나) OOO부지 소유자와 OOO 운영사업자가 다른 골프장부지의 매매사례를 보더라도 쟁점 OOO부지의 감정가액과 동일한 방식(개별공시지가에 기타요인을 반영하여 산출)으로 산정한 감정가액을 기준으로 거래되었음을 확인할 수 있는바, OOO 부지의 가치가 귀속되고 있다..

  아래 OOO을 운영해오다가 해당 OOO를 매입하면서 순수 나대지 상태의 가치가 아닌 골프장부지로서 감정평가한 가액을 기준으로 매입한 것으로서, OOO의 일반적 매매사례에서도 민법과 상관행에 따라 개발이익을 임대인에게 일방 귀속시키고 있음을 알 수 있다.

(5)이 건 거래는 제3자 간에는 이루어질 수 없는 부당한 거래로 소득세법상 부당행위계산부인의 대상이 된다.

  (가)임차인과 임대인의 계약관계 및 민법상 부합의 법리를 살펴보면, 계약상 쟁점토지의 개발에 따른 임대인과 임차인의 소유권 및 이익분여를 민법 및 상관행에 의하도록 하고 있고, 임차인의 자본적 지출에 대해서는 유익비상환청구권이, 부합되지 않은 구축물 등에 대해 임차인의 소유권만이 보장되며 임대인에 개발이익이 귀속된다.

  (나) 이 건 거래는 OOO 등을 소유하고 있는 OOO의 주식을, 페어웨이 등의 소유권이 임차인에 있으며 개발이익 또한 임차인에 있는 것으로 간주하여, 시가보다 저가에 OOO에 양도하여 경제적 합리성을 결여한 거래이므로 부당행위계산부인대상인바, 2011.3.21. OOO이 청구인으로부터 OOO 주식을 인수할 당시 작성한 ‘OOO 지분인수 검토요약’에서 이 건 거래가 저가거래에 해당함을 확인할 수 있다.

  (다) 청구인들이 제시한 판례(대법원 2007두14978)는 짧은 기간에 사주 소유 토지를 임차하여 법인 비용으로 개발하고 개발 후 감정평가액을 기준으로 해당 토지를 매수한 법인에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 사건으로 토지를 임차한 후 개발하여 20년 이상 골프장을 영업하면서 임대차계약을 존속(개발회사가 희망하는 한 계속 연장 가능)시키고 있는 이 건과는 차이가 있다.

  (라) 위 사안과 같이 소유권의 유무가 부당행위계산부인 규정 적용 여부에 논리·필연적으로 작용한다고 볼 수는 없으나, 토지 소유 회사의 주식가치를 산정할 때 토지를 소유했는지 아닌지 여부는 회사의 자산 가치를 산정하기 위한 필수적인 부분으로, 앞서 본 바와 같이 소유권 및 개발이익이 사주일가에 귀속됨에도 불구하고 주식가치가 제3자와의 거래보다 현저히 낮은 가격에 거래되었다는 것이 이 건과세처분의 핵심으로, 처분청이 단순히 소유권 인정여부와 부당행위계산부인규정이 일대일로 연결된다고 가정하여 과세하였다는 청구인의 주장은 본 과세처분의 논리적 구조를 오해하여 비롯된 것이다.

[쟁점③ : 쟁점토지의 시가 산정방법의 당부]

가. 청구인들 주장

 (1) 임대인인 OOO 소유 쟁점토지의 시가는 임차인의 개발 이전 상태를 기준으로 한 감정평가액을 적용하는 것이 타당하다.

  (가) 쟁점토지의 시가를 산정하기 위하여는 임차인의 개발이익은 제외하고 당초 임차인의 개발 이전 상태를 기준으로 감정평가할 수 있고, 이러한 기준에 따라 2015.3.23. 작성한 감정평가 결과는 OOO원이며, 이는 쟁점토지의 시가로 인정되어야 한다. 참고로 2008.12.24. 쟁점토지의 현물출자를 통한 OOO 설립 당시에도 OOO 조성 전 지목(임야, 전답)으로 감정평가하여 시가를 OOO원으로 산정하였으며 이러한 감정평가결과는 법원의 확인을 통하여 인정받은 것이다.

 (나) 조세심판원은 OOO 부지에 관하여 평균감정가액에서 양도시점에 임차인이 소유하고 있는 OOO의 조성원가를 제외하는 것이 임대인 소유 부지의 평가로서 타당하다고 판단하였으며, 이러한 결정 취지는 OOO 부지에 대하여도 동일하게 적용되어야 하는바, 양도시점에 임차인의 조성원가를 차감하는 방식으로 해당 임대인 소유 부지의 시가를 산정할 수 있다.

  1) OOO 부지의 임대인 소유 토지의 가치가 유사하고 임대인 소유 토지 위에 임차인의 조성원가 차이에 따라 각 부지의 감정평가액이 상이하다는 점을 기초로, OOO 각각의 감정평가액의 차이만큼이 골프장 부지의 조성원가를 기준으로 한 각 부지의 조성원가(개발이익)에 해당하며, 구체적 계산은 아래와 같다.

  2) 위와 같은 계산에 따르면 OOO의 임차인 조성원가는 각각 약 OOO원이며, 따라서 이 건 토지에 대한 감정평가액 평균액을 임대인과 임차인 소유 부분으로 구분하면 아래 표와 같다.

 (다) 처분청은 조세심판원의 재조사결정에 따라 OOO에 대한 시가를 산정하기 위한 조사를 하지 않고 임의로 임차인 소유 구축물의 장부가액을 차감하였으며, 이마저도 눈썰매장 등의 쟁점토지에 관한 것인지도 확인하지 않고 유익비상환청구권과 지상물매수청구권 대상인지도 확인하지 않은 것으로서 토지의 부합에 따른 임차인의 개발이익 및 권리를 고려하여야 한다는 처분청 주장에 따르더라도 그 계산은 임의적인 것에 불과하다.

나. 처분청 의견

 (1) 처분청은 2016.9.26.부터 2016.12.15.까지 쟁점주식의 시가를 재조사하였으며, 법률자문 등을 통하여 부동산의 부합으로서 쟁점토지에 부합된 OOO, 구축물의 소유권은 임대인에게 귀속되고, 임차인은 부합되지 아니한 차량운반구, 기계장치의 소유권과 부합된 물건의 자본적 지출에 대한 유익비상환청구권을 갖는 것으로 보아 쟁점토지의 시가 및 쟁점주식의 시가를 산정하였다.

 이에 따라 임대인인 OOO 소유의 쟁점토지의 1, 2차 감정평가액의 평균인 OOO원에서, “임대인이 임차인에게 부담할 부채 성격의 유익비상환청구권 상당액OOO과 1, 2차 감정평가액에 포함된 임차인 소유 재산의 가액(차량운반구, 기계장치) OOO원을 차감하여 쟁점토지의 시가를 OOO원으로 재산정하였다.

 (2) OOO의 개발이익 산정과 임차인 권리 부분에 대한 고려를 하지 않았다는 주장은 전혀 타당하지 아니하다.

 OOO의 감정평가액 또한 1차, 2차 감정평가액에 포함되어 있고, 조사청이 쟁점주식의 시가를 산정할 때 유익비상환청구권 가액 및 임차인 소유부분 가액을 제외하면서 OOO에 설치되어 있던 구축물 등을 제외하기도 하였으므로, 재처분청은 OOO의 개발이익 산정과 임차인 권리 부분에 대한 고려를 하지 않았다는 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 처분청의 재조사 경정처분이 심판결정의 기속력 및 결정취지에 따른 처분의무를 위반하였는지 여부

 ② 쟁점주식의 저가양도로 인한 부당행위계산 대상에 해당하는지 여부

 ③ 쟁점토지의 시가 산정방법의 당부

나. 관련 법령

 <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청의 과세심리자료 등을 보면, 처분청은 OOO는 토지에 부합된 것으로 정당한 권원에 의해 조성하였다고 하더라도 「민법」상 부합의 법리에 따라 임대인의 소유라고 판단하였고, 임차인 OOO(주)의 기업회계상 장부가액을 기초로 원처분시 임차인 소유 자산으로 판단하였던 OOO, 입목에 추가하여 ‘구축물, 기계장치, 차량운반구의 미상각잔액OOO을 쟁점토지의 1차․2차 감정평가액의 평균액에서 차감하였다.

 기계장치, 차량운반구는 임차인이 소유한 자산으로 토지에 부합될 수 없으나, 1차, 2차 감정평가시 골프장 전체가격에 화체된 것으로 상정하여 토지평가액에 포함되었음에 따라 재조사 처분시 추가로 차감하였으며, 구축물은 토지에 부합된 것과 부합되지 않은 것으로 나뉠 수 있으나 기업회계상 미상각 잔액이 유익비상환청구권에 따라 임대인이 임차인에 대하여 부담하는 부채라는 전제하에 쟁점토지의 감정평가액에서 차감하였다.

 (2) 청구인은 이에 대하여 유익비상환청구권은 토지에 대한 부합을 전제로 하는 것으로 임대차계약 종료 등의 경우에 당사자 간 소유권 귀속 등 민사법상 판단의 문제일 뿐인바, 임대차계약이 유지되고 있는 이 건 부당행위계산부인의 문제에 적용할 수는 없다고 주장한다.

 (3) 쟁점토지의 임대차계약서의 주요내용은 아래와 같다.

  (가) 임대차계약서 제4조에서 “임차인이 OOO 사업을 위하여 추가로 설치하는 재산에 대한 소유권은 임차인에게 귀속된다”고 정하고 있으며, 임차인의 개발이익에 임차인의 공유나 개발이익에 대한 분배 혹은 임차인의 청구권을 규정한 내용은 나타나지 아니한다.

  (나) 처분청은 이 건 계약서 제4조에서 정하는 것은 ‘부합되지 않은 물건’에만 적용된다고 해석하고 있고, 이 건 임대차 계약에서 개발이익의 어떻게 나누는지에 대하여는 별도의 약정이 없으므로 민법상 부합의 논리에 따라 쟁점토지의 개발이익은 모두 토지 임대인에게 귀속되는 것으로 보고 있으며, 청구인들은 이 건 계약서는 임대인과 임차인의 소유를 명확히 정함에 따라 개발이익의 귀속을 별도로 약정할 필요가 없다고 주장한다.

 (4) 먼저, 심리의 편의상 쟁점②․③에 대하여 본다.

  (가) 1차, 2차 감정평가는 금융기관으로부터 자금 차입을 위한 골프장 전체의 평가이며 따라서 임대인 소유 쟁점 토지와 임차인 소유 건물 뿐만 아니라 차량운반구, 기계장치 등의 시설물도 함께 평가하였고 특히 임대인 소유 쟁점 토지 전체에 대하여는 임차인의 조성 후 지목인 체육용지를 기준으로 평가한 것으로 그 내역은 아래 표와 같다.

 (나) 1차 감정평가보고서 제5면과 제2차 감정평가보고서 제2면에서 명시하고 있는 바와 같이 골프장 토지 전체를 일단지로 하여 평가하였으며 따라서 임차인의 조성 전 쟁점토지를 구성하는 각 지번이 전, 답, 임야 등으로 구성되었던 것을 고려하면 개별 지번별로는 임차인의 조성 후 평가액이 조성 전 평가액보다 낮을 수 있고, 이는 제2차 감정평가보고서 제97면의 OOO 평가 내용을 살펴보면, 임차인 개발 전 지목(답) 기준 공시지가는 OOO원/㎡인 것에서도 나타난다.

 (다) 따라서, OOO으로 구분되는 쟁점토지는 임차인의 조성에 따라 전체 평가액은 증가한 것으로 파악되나 각 개별 지번 별로는 조성 전 지목에 따라 평가감이 발생할 수 있고 특히 국민관광단지나 눈썰매장의 경우가 그러하다..

 (라) 청구인들은 임대인 OOO이 소유하는 쟁점토지의 시가 산정에 있어 임차인의 골프장 부지 조성으로 인한 개발이익이 임차인에게 귀속됨을 고려하면, 임대인의 쟁점토지 임대시의 지목을 기초로 평가하여 적정한 시가를 산정할 수 있다며, 이에 관련하여 2015.3.23. 쟁점토지의 임차인 조성 전 지목(전, 답, 임야 등 소지)을 기준으로 한 감정평가액 OOO 감정평가서)을 제출한 바 있다.

  (마) 처분청은 OOO에 대하여 임차인 개발 전 지목 기준 감정평가액이 개발 후 감정평가액보다 작게 계산됨을 근거로 이와 같은 차액(즉, 부(-)의 개발이익)이 발생하는 것은 부당하다는 의견이고, 청구인들은 앞에서 본 바와 같이 임차인 조성 이전의 지목이나 토지 상태에 따라 조성 후 평가액이 감소할 수 있는 점을 고려하지 않은 결과라는 의견이다.

  (바) 처분청은 OOO 부지를 매입한 사례(쟁점②의 처분청 의견 참조)를 들고 있으며, 이에 따라 순수 나대지가 아닌 골프장 부지로 감정평가한 것이 시가에 해당한다는 의견이고,

 청구인은 처분청이 일반적인 매매사례로 주장하는 대부분은 거래금액이 골프장 전체 시세의 극히 일부인 수천만원에서 가장 큰 거래가 약 OOO원에 불과하며, 매각대상 면적도 해당 골프장총면적의 1% 미만이며, 처분청이 제시한 거래 사례는 거래배경, 거래 당사자, 거래 대상 토지의 면적 및 금액 등을 모두 고려할 때, 일반적인 골프장부지 매매사례로 인정할 만한 것이 아니라고 주장한다.

 (사) 처분청이 제시한 “회사에서 작성한 OOO 보유토지의 감정가액은 OOO원에 달함”이라고 설명하고 있으며, 또한 “OOO 지분인수 검토요약”에서는 “상증세법상의 평가액에 따라 거래하게 되므로, 회사보유 토지의 공시지가 수준에서 거래 가능하며, 2010년 12월 감정평가액보다 낮은 가액에 지분을 취득할 수 있음”이라고 설명하고 있다.

  이에 대해 청구인은 위의 자료에서 언급된 OOO 전체를 대상으로 하는 경우에 골프장 부지로서의 평가를 의미하며, 상증세법상의 평가액으로 거래함을 전제하고 그 가액이 처분청이 주장하는 감정가액 보다 낮다고 설명한 것이고, 따라서 임대인 소유 토지의 시가가 골프장 부지로 개발된 상태의 감정평가액을 의미한다고 보기 어려우며, 또한 OOO 지분 양도는 계열사(OOO)의 부도 위기 하에 사주일가의 증자 재원을 마련하여 금융기관 채무를 상환하기 위한 것이므로 당연 고가로 거래할수록 유리하고, 사주일가의 OOO의 지분율은 100%이지만 OOO 주식을 양수한 OOO에 대한 지분율은 약 64%이므로 정상적인 일반인의 거래에서 사주일가가 자신의 부를 포기하면서 저가로 양도하였다고 보기 어렵다고 주장한다.

 (아) 한편, 이 건 거래는 특수관계자간 거래로서 임대인이 소유한 쟁점토지의 시가 산정과 관련하여 나대지와 OOO 등을 포함한 골프장부지의 개별공시지가는 국토교통부 훈령 제186호의 표준지 조사ㆍ평가기준 제41조(골프장용지 등)에 따라 원가법으로 평가하도록 규정하고 있고, 원가법은 같은 기준 제21조(평가방식의 적용)에 따라 조성 전 토지의 소지가격, 즉 순수 나대지 상태의 토지 가치에서 골프코스 등(티그라운드ㆍ페어웨이ㆍ러프ㆍ해저드ㆍ그린 등)의 조성공사비 등을 가산하여 산정하도록 규정하고 있다.

 (자) 국토교통부장관이 발행한 정보공개결정통지서에 의하면, 쟁점토지OOO 가운데 소재한 OOO 부지(체육용지 및 임야로 구성) 중 체육용지인 경기도 OOO의 2011년 개별공시지가는 OOO원/㎡으로 나타나고, 이 지가는 골프장 부지를 구성하고 있는 토지의 가격OOO를 합친 금액으로 나타난다. 따라서 임대인 소유의 쟁점토지 중 골프장 부지(1,077,628m²)의 조성원가는 총 OOO원으로 산정된다. 다만, 일단지로 평가하여 쟁점토지 중 골프장부지는 동일한 가액이 적용되었지만, 국토교통부 평가자료상 OOO부지에 대한 조성원가는 제시되지 아니하였다. 따라서, 처분청이 쟁점 주식의 시가를 산정한 근거인 감정평가액을 기준으로 OOO부지의 조성원가를 산정하기 위하여 골프장 부지와 동일하게 임대인 소유 토지에 임차인이 해당 부지를 조성한 이후의 각각의 감정평가액을 OOO부지의 감정평가액과 비교하고 이를 통하여 각 부지의 조성원가를 산정할 수 있으며, 이에 따른 OOO의 조성원가는 각각 약 OOO원으로 계산되는바, 이러한 방법에 따른 임대인 소유 쟁점토지 전체의 시가는 OOO원으로 산정된다.

  (차) 처분청은 임차인 OOO의 기업회계상 구축물 장부가액이 모두 유익비상환청구권 대상으로 임차인의 조성원가에 상당하다는 의견이고, OOO 부지에 대한 임차인 조성원가를 별도로 제시하지 아니하였다.

  (카) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 세법 상 부당행위계산 부인규정이 적용될 것인지 여부의 판단은 정상적인 경제인 관점에서 경제적 합리성이 있었는지에 의하여야 하고, 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단해야 하는 것(대법원 2011.11.27. 선고 99두1013판결, 같은 뜻임)이며, 부당성의 판단시점은 거래당시이고, 이에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다 할 것인바,

  처분청이 임차인의 회계장부상 구축물 등의 장부가액을 차감한 것은 양도당시의 조성원가를 차감한 것으로 볼 수 없는 점, 처분청이 OOO의 조성원가에 대한 별도의 근거를 제시하지 못하고 있는 점, 처분청은 토지에 부합된 OOO 등 시설물은 임대인에게 귀속되고, 임차인은 계약이 종료되는 때에 유익비상환청구권을 가지게 된다고 보아 1차․2차 감정평가 평균액에서 유익비상환청구권 상당액을 차감하였으나, 임대차계약이 유지되고 있는 이 건에 적용하기는 어려우며, 유익비상환청구권에 전제가 되는 민법상 부합의 법리는 임의규정으로 당사자 간 약정이 있는 경우 적용되지 아니한다고 보이는 점, 청구인이 2015년 3월 두개의 감정평가법인에 의뢰하여 소지 기준의 소급감정을 한 감정평가 평균액OOO은 쟁점주식 양도일 전후 6개월을 벗어나 이루어진 평가에 해당하여 양도당시의 임대인 소유 쟁점토지의 시가로 직접 인정하기는 어려운 점, 우리원의 당초 결정에서도 쟁점토지의 가액을 조사청이 쟁점주식의 시가를 산정하는 과세근거로 본 쟁점토지 1차․2차 평균감정가액에서 양도시점의 페어웨이의 가치(조성원가)부분은 제외하는 것이 타당하다고 판단한 점 등에 비추어 양도당시 임대인 소유 쟁점토지의 시가는 처분청이 쟁점주식의 시가를 산정하는데 적용한 쟁점토지의 1차․2차 감정가액 평균액 OOO원에서 국토교통부장관이 공개한 2011년 골프장 조성공사비OOO원/㎡)를 기준으로 한 골프장 부지, 국민관광단지 부지 및 눈썰매장 부지의 조성원가의 합계 OOO원[(자)항의 <양도당시 쟁점토지의 조성원가>표 참조]으로 하고, 그에 따라 쟁점주식의 시가를 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

 (5) 다음으로, 쟁점①에 대하여는 앞에서 본 쟁점②․③에 대한 청구인들의 주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

[쟁점① 관련]

(1) 국세기본법

 제55조[불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자

2. 제42조에 따라 물적납세 의무를 지는 자로서 납부통지서를 받은 자

3. 보증인

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 자

③ 제1항과 제2항에 따른 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이 장의 규정에 따른 이의신청을 할 수 있다.

⑤ 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장의 규정에 따른 이의신청·심사청구 또는 심판청구에 대한 처분(당초 처분의 적법성에 관하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 처분을 하도록 하는 결정에 따른 처분을 포함한다. 이하 이 항에서 같다). 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

2. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

3. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

⑨ 동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다.

 제65조[결정] ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나[심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우를 포함한다] 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

 2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

 3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다.

② 제1항의 결정은 심사청구를 받은 날부터 90일 이내에 하여야 한다.

③ 제1항의 결정을 하였을 때에는 제2항의 결정기간 내에 그 이유를 기재한 결정서로 심사청구인에게 통지하여야 한다.

④ 제63조제1항에 규정된 보정기간은 제2항의 결정기간에 산입하지 아니한다.

 제80조[결정의 효력] ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

 제81조[심사청구에 관한 규정의 준용] 심판청구에 관하여는 제61조제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항제1호 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.

[쟁점②·③ 관련]

(1) 상속세 및 증여세법

 제60조[평가의 원칙 등] ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 제13조에 따라 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따른다.

 제61조[부동산 등의 평가] ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

 제63조[유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

 (2) 상속세 및 증여세법 시행령

 제49조[평가의 원칙등] ① 법 제60조 제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 자문을 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 거래등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.

2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제5항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제56조의2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

3. 당해 재산에 대하여 수용ㆍ경매 또는 공매사실이 있는 경우에는 그 보상가액ㆍ경매가액 또는 공매가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 경매가액 또는 공매가액은 이를 제외한다.

가. 법 제73조의 규정에 따라 물납한 재산을 상속인ㆍ증여자ㆍ수증자 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 제19조 제2항 중 "주주등 1인"은 "상속인등"으로 본다)가 경매 또는 공매로 취득한 경우

나. 경매 또는 공매로 취득한 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우

 (1) 액면가액의 합계액으로 계산한 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

 (2) 3억원

다. 경매 또는 공매절차의 개시 후 관련 법령이 정한 바에 따라 수의계약에 의하여 취득하는 경우

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제1항 각호의 1에 규정하는 가액이 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우 3월로 한다) 이내에 해당하는지 여부는 다음 각 호에 규정된 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항의 규정에 의한 시가로 보는 가액이 2 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액에 의한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제5항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일

2. 제1항 제2호의 경우에는 감정가액평가서를 작성한 날

3. 제1항 제3호의 경우에는 보상가액ㆍ경매가액 또는 공매가액이 결정된 날

③ 제1항 제2호의 경우에 있어서 납세의무자가 제시한 감정기관의 감정가액이 기획재정부령이 정하는 기준에 미달하는 경우에는 당해 감정기관의 감정가액은 기획재정부령이 정하는 바에 따라 이를 제1항의 규정에 의한 감정가액으로 보지 아니한다.

④ 제1항 각호의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 따라 안분계산한다.

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산과 면적ㆍ위치ㆍ용도 및 종목이 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액[법 제67조 또는 제68조에 따라 상속세 또는 증여세 과세표준을 신고한 경우에는 평가기준일 전 6개월(증여의 경우에는 3개월로 한다)부터 신고일까지의 가액을 말한다]이 있는 경우에는 당해 가액을 법 제60조 제2항의 규정에 의한 시가로 본다.

⑥ 기획재정부장관은 상속ㆍ증여재산을 평가함에 있어서 평가의 공정성을 확보하기 위하여 재산별 평가기준ㆍ방법ㆍ절차 등에 관한 세부사항을 정할 수 있다.

 제54조 [비상장주식의 평가] ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조제1항제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수등의 100분의 10이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴·폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

제55조[순자산가액의 계산방법] ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산·준비금·충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제59조 제2항의 규정에 의한 영업권평가액은 당해 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 제54조 제4항의 규정에 의하여 평가하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (3) 소득세법

 제101조[양도소득의 부당행위계산] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

 (4) 소득세법 시행령

 제167조[양도소득의 부당행위 계산] ③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

④ 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조 및 「조세특례제한법」 제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며, 「조세특례제한법」 제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다.

⑥ 개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (5) 법인세법

 제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

 (6) 민법

  제256조[부동산에의 부합] 부동산의 소유자는 그 부동산에 부합한 물건의 소유권을 취득한다. 그러나 타인의 권원에 의하여 부속된 것은 그러하지 아니하다.

 제257조[동산간의 부합] 동산과 동산이 부합하여 훼손하지 아니하면 분리할 수 없거나 그 분리에 과다한 비용을 요할 경우에는 그 합성물의 소유권은 주된 동산의 소유자에게 속한다. 부합된 동산의 주종을 구별할 수 없을 때에는 동산의 소유자는 부합당시의 가액의 비율로 합성물을 공유한다.

 제261조[첨부로 인한 구상권] 전5조의 경우에 손해를 받은 자는 부당이득에 관한 규정에 의하여 보상을 청구할 수 있다.

 제626조[임차인의 상환청구권] ① 임차인이 임차물의 보존에 관한 필요비를 지출한 때에는 임대인에 대하여 그 상환을 청구할 수 있다.

② 임차인이 유익비를 지출한 경우에는 임대인은 임대차 종료시에 그 가액의 증가가 현존한 때에 한하여 임차인의 지출한 금액이나 그 증가액을 상환하여야 한다. 이 경우 법원은 임대인의 청구에 의하여 상당한 상환기간을 허여할 수 있다.