[주 문]

OOO세무서장이 2017.2.8. 청구인에게 한 종합소득세 2011년 귀속분OOO원의 부과처분은 청구인이 양도소득세를 신고한 부분은 신고불성실가산세를 과세하지 않는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2011년 및 2012년에 다음의 <표1>의 토지 등을 양도하고 일부에 대하여 「조세특례제한법」 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)에서 규정한 양도소득세 감면을 적용하여 법정신고기한 내에 양도소득세를 신고․납부하였다.

<표1> 청구인이 2011년～2012년에 양도한 부동산목록표

(단위 : ㎡, 백만원)

나. 처분청은 2011년 귀속 양도소득세 신고서를 검토한 결과, 2012.7.3. 청구인에게 감면신청을 부인하는 내용의 양도소득세 과세예고통지를 하였고, 청구인이 제기한 과세전적부심사청구에 대하여 2012.8.16. 양도소득을 사업소득으로 전환함에 따라 심리대상 부존재하다는 이유로 심사제외를 하였으며,

  청구인이 2006년～2012년 기간 중 한 부동산 거래는 사업활동에 해당되는 것으로 보아 2012.12.20. 부동산매매업자로 직권등록한 후, 2013.3.4. 청구인에게 부가가치세 2007년 제2기분 OOO원을 각각 결정․고지하였다.

다. 청구인은 위 부가가치세 과세처분에 불복하여 감사원에 해당 부동산 거래에서 발생한 소득은 사업소득이 아니므로 부과취소할 것을 구하는 심사청구를 제기하였으나, 감사원은 2014.5.15. 기각결정하였고, 이후 청구인이 행정소송을 제기하였으나, 대법원은 2016.10.27. 패소판결을 하였다.

라. 처분청은 이에 따라 청구인이 2011년 및 2012년에 <표1>의 토지 등을 양도함에 따라 발생한 소득(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 사업소득으로 보아 2017.2.8. 청구인에게 종합소득세 2011년 귀속분OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  (1) 처분청은 2012.8.16. 양도소득세 과세전적부심사청구에 대한 결정시 청구취지를 수용하지 않았고, 정당한 사유없이 일방적으로 “심사제외” 처리한 후 사실상의 세무조사를 통하여 청구인을 부동산매매사업자로 직권등록하고, 쟁점소득에 대하여 종합소득세를 부과한 것은 과세전적부심사를 받을 권리를 침해한 것이며, 과세전적부심사청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 금지한 「국세기본법」 제79조 제2항 규정에 반한 처분이므로 취소되어야 한다.

  (2) 청구인이 양도소득세 납세의무를 이행한 것이 「국세기본법」 제81조의6 각 항에서 규정하고 있는 세무조사대상 선정사유에 해당하지 않음에도 처분청은 청구인을 조사대상자로 선정하고 세무조사권을 남용한 것은 위법하며, 이를 전제로 부과된 이 건 종합소득세는 이미 세무공무원의 재량의 한계를 벗어난 위법할 뿐 아니라 과세의 절차적 적법성 원칙에 위배된 처분이다.

  (3) 처분청이 청구인이 세법에 따라 적법하게 신고한 양도소득세에 추가하여 이 건 종합소득세를 과세한 것은 세법에 근거가 없는 명백한 이중과세로서 위법하다 할 것이고, 그동안 성실한 납세의무를 이행해 온 청구인의 세법에 대한 예측가능성과 법적 안정성을 침해한 처분으로서 「국세기본법」 제81조의3(성실신고의 추정) 규정에 반하는 부당한 처분이다.

  (4) 청구인은 <표1>의 부동산 거래에 대하여 이미 양도소득세를 적법하게 신고하였고, 이후 수년간 처분청은 달리 과세한다는 어떠한 처분행위도 없었으며, 소득의 종류를 일시적인 양도소득으로 볼 것인지 사업소득(부동산매매업)으로 볼 것인지에 대하여는 고도의 전문적 지식과 판단이 요구되는 이 건의 경우 일반인인 청구인에게 귀책사유가 없으므로 「국세기본법」 제48조에 근거하여 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하므로 가산세 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  (1) ‘불이익변경금지의 원칙’이란 조세심판결정에 있어 당초의 과세관청의 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 할 수 없다는 것이어서 재조사 실시 결과 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견될 때에는 과세권이 부과제척기간에 걸리지 않는 한 과세표준과 세액을 결정(경정)할 수 있다.

  이 건의 경우 처분청이 청구인의 농지의 대토에 대한 감면신청의 적격여부를 확인하는 과정에서 청구인이 2004년～2012년 부동산 양도행위가 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성을 가지고 있는 등 종합적으로 부동산매매업으로 판단되어 사업소득으로 보아 종합소득세를 과세하였는바, 「국세기본법」 제79조 제2항(불이익변경금지)에 반하는 처분이라는 주장은 받아들일 수 없다.

  (2) 청구인은 이 건 부과처분이 위법한 세무조사 실시에 따라 이루어진 것으로 취소되어야 한다고 주장하고 있는바, 처분청은 이 건과 관련하여 구 「국세기본법」(2014.1.1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것)이 규정하고 있는 세무조사를 실시하거나 과세절차의 적법성 원칙을 위배한 사실이 없다. 특히, 이 건 관련 대법원 판례(대법원 2016.10.27. 선고 2016두47116 판결)에서도 청구인에 대한 부동산매매업으로의 직권등록을 위한 실지조사가 구 「국세기본법」에서 규정하고 있는 세무조사로 보기 어려운 것으로 판시하고 있다.

  (3) 과세관청은 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 신고를 하지 아니한 경우 또는 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있는바, 위 대법원 판결로 청구인의 부동산 양도행위가 사업소득으로 확정되었고, 이로 인해 청구인이 신고한 2011년 및 2012년 귀속 종합소득세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있어 처분청은 세법상 정당한 종합소득세 과세표준 및 세액으로 경정결정하였다.

 (4) 청구인은 「국세기본법」 제48조에 근거한 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하므로 이 건 가산세의 부과취소를 주장하나, 대법원 판결(대법원 2016.10.27. 선고 2016두47116 판결)로 인해 쟁점소득이 사업소득으로 확정되었고, 종합소득세 과세표준 및 세액을 과소신고․납부하였으므로 청구인에게 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 부동산매매업을 영위하는 것으로 보아 종합소득세를 부과한 처분의 당부

 ② 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

제6조[천재 등으로 인한 기한의 연장] ① 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

제79조[불고불리, 불이익변경금지] ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

제81조의3[납세자의 성실성 추정] 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

제81조의6[세무조사 대상자 선정] ① 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간(또는 4사업연도) 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

② 세무공무원은 제1항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

③ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.

 (2) 부가가치세법

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. “용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 부가가치세법 시행령

제2조[용역의 범위] ① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다

6. 부동산업 및 임대업. 다만, 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업은 제외한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령이 정하는 사업은 재화를 공급하는 사업으로 본다.

제5조[등록] ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다.

⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 사업자등록, 사업자등록증 발급, 등록 변경·포기 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제7조[등록신청과 등록증발급] ④ 사업자가 법 제5조 1항 및 제2항에 따라 등록을 하지 아니하는 경우에는 관할세무서장이 조사하여 등록시킬 수 있다.

 (4) 부가가치세법 시행규칙

제1조[사업의 범위] ① 「부가가치세법 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 제6호 단서에 규정된 전·답·과수원·목장용지·임야 또는 염전은 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작하거나 당해 토지의 고유용도에 사용하는 것으로 한다.

② 영 제2조 제2항에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 부동산의 매매(주거용 또는 비거주용 및 기타 건축물을 자영건설하여 분양·판매하는 경우를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나, 사업상의 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 사업을 말한다.

 (5) 소득세법

제19조[사업소득] ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

12. 부동산업 및 임대업에서 발생하는 소득. 다만, 지역권 등 대통령령으로 정하는 권리를 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 󰡒결손금󰡓이라 한다.

제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

※ 국세청 훈령

과세전적부심사사무처리규정

제24조[요건심리] ① 과세전적부심사청구를 심리할 때에는 청구내용을 심리하기에 앞서 청구기간 및 제5조의 규정에 해당되는지 여부 등에 대한 청구요건을 심리하고, 제9조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9조 규정에 따라 그 보정을 요구하여야 한다.

② 청구요건이 갖추어지지 아니한 경우에도 청구내용이 제20조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 스스로 바로잡아야 한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 보정요구 없이 제33조 제4항의 규정에 따라 처리한다.

1. 과세전적부심사청구에 대한 결정을 청구의 대상으로 한 경우

2. 제4조 제1항 각 호의 자 외의 자가 청구한 경우

3. 제5조 각 호의 어느 하나에 해당되어 과세전적부심사청구대상이 아닌 경우

4. 심리할 대상이 없거나 대리권 없는 자가 청구한 경우

제33조[과세전적부심사청구에 대한 결정] ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 심사제외결정을 한다.

1. 청구기간을 경과하거나 제9조 제1항에 규정하는 보정요구 기간 내에 보정하지 아니하는 경우

2. 제7조 제2항에 따라 과세전적부심사청구 기간 중 과세처분을 한 부분

3. 제20조에 따라 스스로 바로잡아 심리할 대상이 없는 경우

4. 제24조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

 다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 종합소득세 과세처분의 경위는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 <표1>과 같이 2011년에 4회에 걸쳐 총 17건, 2012년에 4회에 걸쳐 9건의 부동산을 양도하였고 이에 대하여 각각 법정신고기한 이내에 양도소득세를 신고․납부하였다.

  (나) 처분청은 청구인이 제출한 2011년 귀속 양도소득세 신고내용을 조사한 결과, 청구인이 「조세특례제한법」 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) 규정에 근거하여 신청한 자경농지가 감면요건을 충족하지 않는다는 이유로 감면을 배제하여 2012.7.3. 양도소득세 OOO원을 과세예고통지하였고,

이에 불복하여 청구인이 제기한 과세전적부심사청구에 대하여 2012.8.16. 양도소득을 사업소득으로 전환하여 심리대상 부존재를 이유로 심사제외하였다.

(다) 처분청은 이후 청구인의 2006년～2012년의 부동산 거래는 사업활동에 해당되는 것으로 보아 2013.2.12. 청구인을 부동산매매업으로 직권등록하였고, 2013.3.4. 청구인에게 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 결정․고지하였다.

  (라) 청구인은 위 부가가치세 과세처분에 대하여 감사원에 해당 부동산 거래에서 발생한 소득은 사업소득이 아니므로 부과취소를 구하는 심사청구를 제기하였으나, 감사원은 2014.5.15. 기각결정하였고, 이후 청구인이 행정소송을 제기하였으나, 대법원은 2016.10.27. 패소판결을 하였다.

  (마) 처분청은 이에 따라 쟁점소득을 사업소득으로 보아 2017.2.8. 청구인에게 2011년 귀속 종합소득세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.

 (2) 처분청의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 세액결의서(2011년 및 2012년 귀속 종합소득세)에 의하면, 처분청은 대법원 판결(대법원 2016.10.27. 선고 2016두47116 판결)에 근거하여 청구인이 부동산매매업을 영위하는 것으로 보아 <표1>의 부동산 양도에 대해 종합소득세 과세표준 및 세액을 결정하였는바,

  처분청은 2011년, 2012년 귀속 종합소득세에 대한 납부불성실가산세 산정시 기납부한 양도소득세(2011년 : OOO원)을 공제하였으나, 신고불성실가산세 산정시에는 양도소득세 기신고분을 감안하지 않고 종합소득세 결정세액을 산정한 것으로 되어 있다.

  (나) 대법원 판결(대법원 2016.10.27. 선고 2016두47116 판결)에 의하면, 구 「부가가치세법」 규정에 근거하여 청구인의 거래 토지에 대하여 실지조사하여 청구인을 부동산매매업자로 직권등록한 것일 뿐 위 각 처분을 하는 과정에서 관련 자료나 서류에 대하여 조사 및 그 제출을 명하지는 않았다고 할 것이어서 처분청이 청구인을 구 「국세기본법」상 세무조사대상자로 선정하여 세무조사를 진행하였다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없고,

  처분청은 2012년 12월경 청구인에 대하여 이 사건 각 처분과 관련하여 과세예고통지를 함으로써 의견진술 등을 할 수 있는 기회를 주었다고 할 것이므로, 과세적법절차를 미비하였다는 주장도 이유 없는 것으로 되어 있다.

  또한, 청구인은 2004년부터 2012년까지 강원도 원주시 지정면 가곡리 소재 부동산 등 토지 61필지와 6개의 건물을 25회에 걸쳐 취득한 다음 24회에 걸쳐 양도하여 부동산 거래행위가 빈번하게 이루어졌는데, 대부분의 토지에 대한 양도행위는 취득일로부터 1～5년만에 이루어졌고 청구인이 위 각 부동산을 양도하여 취득한 매수대금이 OOO원을 상회할 뿐 아니라 위와 같이 부동산을 양도하여 취득한 양도소득이 약 OOO원에 이르며, 농사를 짓기 위하여 위 각 부동산을 매입하였다고 하나 서로 멀리 떨어져 있는 여러 장소의 여러 필지 토지를 취득하였고,

  위 각 부동산을 취득 및 양도한 시기는 원주시가 혁신도시 또는 기업도시로 지정되어 공사가 이루어진 전후에 집중되었으며, 청구인이 2004년부터 2012년까지 국세청에 신고한 총 소득금액 OOO원으로 대부분이고 2007년부터 2009년까지의 부동산 양도소득 이외에 다른 소득이 전무하며 청구인은 2005.1.15.부터 합작회사 멀티플랜이라는 부동산컨설팅 회사를 운영하고 있었던 것을 이유로 하여,

  청구인이 단순히 농사를 짓기 위하여 위 각 부동산 등을 취득한 것이 아니라 토지를 매수한 다음 적당한 시기에 이를 되팔아 수익을 얻기 위해 위 각 부동산 등의 매매거래를 계속 반복한 것으로 인정되므로 위 각 부동산 등의 양도행위는 ‘부동산매매업’의 일환으로 이루어진 것으로서 그로 인한 소득은 사업소득에 해당하고 위 각 부동산의 양도행위는 부가가치세 과세대상이 되는 것으로 판시하고 있다.

 (3) 청구인이 제출한 청구이유서 및 증빙 등의 주요 내용은 다음과 같다.

  (가) 과세전적부심사결정서(결정일 : 2012.8.16.)에 의하면, 청구인은 농지를 직접 자경하였으므로 농지 대토에 따른 감면을 요구하였으나, 처분청은 이는 양도소득세 과세대상이 아닌 부동산매매업에 해당함을 확인하고, 부동산매매업으로 자료통보하여 심리할 대상이 없으므로 「과세전적부심사사무처리규정」 제24조 제3항 제4호의 규정에 의하여 심사제외로 결정한 것으로 나타난다.

  (나) 처분청이 2012.12.20. 직권등록한 청구인의 사업자등록증에 의하면, 청개업일은 2006.7.1., 업태는 부동산업, 종목은 부동산 개발 및 공급업으로 기재되어 있다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 과세전적부심사시 심사제외로 결정하고 쟁점소득에 대하여 종합소득세를 부과한 것은 과세전적부심사를 받을 권리를 침해하고 동 심사를 청구한 처분보다 청구인에게 불리하여 「국세기본법」 제79조 제2항의 불이익변경금지의 원칙을 위반한 것이므로 위법⋅부당하다고 주장하나, 대법원 판례(대법원 2010.1.22. 선고 2009두21857 판결)에서 「국세기본법」 제79조의 불고불리의 원칙 및 불이익변경금지의 원칙은 조세심판결정에 있어 당초의 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 할 수 없다는 것이어서 과세관청에게는 적용될 여지가 없는 것(대법원 1992.7.14. 선고 92누893 판결 참조)으로 판시하고 있는 점, 처분청은 청구인의 양도소득세 과세표준신고서 등을 확인하는 과정에서 거래내용에 사업성이 있는 것으로 보아 부동산매매업으로 직권등록한 후 종합소득세를 과세한 점,

  청구인은 양도소득세의 납세의무를 이행하였으므로 「국세기본법」 제81조의6 각 항에서 규정하고 있는 세무조사대상 선정사유에 해당하지 않음에도 처분청이 청구인을 조사대상자로 선정한 것은 세무조사권을 남용한 것이라 위법하다고 주장하나, 대법원 판례( 2016.10.27. 선고 2016두47116 판결)의 취지에 의하면 처분청은 청구인의 확정신고는 부동산매매업으로 사업자등록을 하지 아니한 상태에서 한 것이라 신고를 하지 아니하거나 신고에 오류가 있다고 보아 구 「부가가치세법」에 따라 거래 토지를 실지조사하여 청구인을 부동산매매업자로 직권등록한 것일 뿐 처분을 하는 과정에서 관련 자료나 서류의 조사 및 그 제출을 요구하지는 않았다고 할 것이므로 청구인을 대상자로 선정하여 세무조사를 진행하였다고 보기는 어려운 점, 청구인이 제출한 양도소득세 과세표준신고서 등을 확인하여 청구인을 부동산매매업자로 직권등록하고 이 건 종합소득세를 과세한 것인 점,

  청구인은 처분청이 적법하게 신고한 양도소득세에 추가하여 이 건 종합소득세를 과세한 것은 세법에 근거가 없는 명백한 이중과세로서 위법하고 그동안 성실하게 납세의무를 이행한 청구인이 예측가능성과 법적 안정성을 침해한 처분으로서 「국세기본법」 제81조의3의 성실신고 추정규정에 반한다고 주장하나,

 「소득세법」 제80조 제1항에 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 및 제71조 그리고 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정하도록 규정하고 있는바, 처분청은 청구인을 부동산매매업자로 직권등록하였고 청구인이 쟁점소득에 대하여 종합소득세를 신고하지 않았으므로 위 조항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정하여야 하는 점, 2011년과 2012년 귀속 종합소득세 세액결의서에 의하면 처분청이 종합소득세 결정시 기납부한 양도소득세를 공제하였으므로 이중과세 주장은 납득하기 어려운 점 등에 비추어 청구인을 부동산매매업자로 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구인은 위 <표1>의 부동산 거래에 대하여 이미 양도소득세를 신고하였고 이후 수년간 처분청은 달리 과세한다는 의사표시를 하지 아니하였으며, 소득의 종류를 양도소득 또는 사업소득(부동산매매업)으로 볼 것인지에 대한 전문지식과 판단이 요구되는 이상 일반인인 청구인에게는 귀책사유가 없어서 「국세기본법」 제48조에 규정된 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나,

  종합소득세는 신고⋅납부세목으로서 신고⋅납부의 1차적인 책임이 납세자인 청구인에게 있고, 통상적으로 법령의 부지, 부주의나 착오 등은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는 점, 청구인은 2004년～2012년 기간 중 토지 61필지와 6개의 건물을 25회에 걸쳐 취득하고 24회에 걸쳐 양도(춘천지방법원 2015.11.20. 선고 2014구합4670 판결 참조)한 경험이 있어 쟁점소득을 사업소득으로 볼 개연성이 있었음에도 양도소득으로 신고한 점, 처분청이 납부불성실가산세 산정시 양도소득세를 기납부세액으로 보아 공제하고 미납부한 세액에 대해서만 적용한 점, 납부불성실가산세는 법정납부기한부터 납부일까지의 기간에 대한 이자 상당의 금액으로서 정상적으로 세액을 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격이 존재하는 점 등에 비추어 처분청이 청구인을 부동산매매업자로 보아 납부불성실가산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  다만, 「소득세법」 제70조에 의하여 과세표준확정신고를 함에 있어 소득분류를 잘못하여 종합소득을 양도소득으로 신고한 경우에는 같은 법 제81조 제1항 또는 「국세기본법」 제47조의2의 신고불성실가산세를 적용하지 아니하고, 조세부담을 경감할 목적으로 고의로 사실과 다르게 소득분류를 하여 신고한 경우에는 신고불성실가산세를 적용하는 것인바, 부동산을 양도하는 행위가 종합소득세 과세대상인 부동산매매업인지 아니면 양도소득세 과세대상인 양도인지 여부를 세법지식이 부족한 납세자가 판단하기에는 어려운 측면이 있고 양도소득세와 종합소득세는 단지 소득의 분류가 다른 것에 불과하며, 납세자가 부동산 등을 양도한 때 양도소득세를 신고·납부하는 것이 일반적이므로(조심 2012중3257, 2013. 5. 30., 같은 뜻임) 청구인이 양도소득세 신고한 부분은 신고불성실가산세를 과세하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.