주 문

 OOO이 2017.4.1. 청구법인에게 한 2016년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2016.12.9. OOO 주식회사로부터 수취한 OOO원의 세금계산서를 용역의 공급시기에 적법하게 발행된 세금계산서로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.4.8. OOO 소재 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 분양받기로 하는 계약(이하 “최초분양계약” 또는 “최초분양계약서”라 한다)을 시행사인 OOO 주식회사(이하 “이 건 시행사”라 한다)와 체결한 후 2016.12.9. 1～5차 중도금과 관련하여 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 2017.1.24. 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 OOO원의 환급을 구하는 2016년 제2기 확정 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2017.2.8. 청구법인에 대한 부가가치세 환급현장확인을 실시한 결과, 중간지급조건부인 최초분양계약서상 1～5차 중도금 납부시기(1～4차 중도금 납부시기 : 2016.5.10., 5차 중도금 납부시기 : 2016.8.10.) 이후인 2016.12.9. 쟁점세금계산서가 발행된 것을 확인하고, 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 1～4차 중도금과 관련된 OOO원의 세금계산서상 매입세액을 불공제하고, 5차 중도금과 관련된 OOO원의 세금계산서에 대해서는 세금계산서불성실가산세(공급시기 이후이나 동일 과세기간 내에 발행된 것으로 보아 매입세액은 공제)를 적용하여 2017.4.1. 청구법인에게 2016년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 이 건 시행사와 2016.4.8. 최초분양계약을 체결하고 불과 한 달 후인 2016.5.10.을 1～4차 중도금 납부시기로 한 것은 청구법인에게 중도금에 대한 대출책임이나 이자부담이 전혀 없었기 때문에 이 건 시행사의 요구에 따라 이루어진 것인데, 이 건 시행사가 지정해준 금융기관인 OOO에서 쟁점부동산 중 일부에 대해서만 중도금 대출이 가능하다고 함에 따라 1～4차 중도금 대출이 실행되지 못하였다.

   이에 청구법인은 2016.5.11. 이 건 시행사와 중도금 납부시기를 중도금 대출이 확정되는 시점으로 변경하고, 동 변경에 따른 귀책사유가 청구법인에게 없음을 명확히 하면서 중도금 납부지연에 따른 연체료를 지급하지 않기로 하는 합의를 구두로 하였으며, 이후 청구법인에 대한 1～5차 중도금 대출OOO이 확정되어 이를 납부하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이다.

   처분청은 위 구두 합의가 그 당시 있었는지 확인할 수 없고, 서면으로 된 변경계약도 이 건 현장확인 이후에 체결된 것이므로 최초분양계약서상 1～5차 중도금 납부시기에 세금계산서가 발행되었어야 한다는 의견이나, 청구법인이 2016.12.8. 이 건 시행사에 발송한 OOO 중도금 납부완료에 대한 연체대상 미해당 적용 요청의 건’ 문서상, 청구법인은 중도금 납부시기가 당초 보다 늦어진 사유가 청구법인의 귀책사유가 아니어서 연체대상에 해당하지 않고, 최초분양계약서상 중도금 납부시기를 수정하여 준다고 하였으니, 수정계약을 요청한다고 명확히 하고 있는바, 당초 중도금 납부시기에 대출이 확정되지 않아 그 납부시기를 대출이 확정되는 시점으로 변경하는 구두합의를 하였다는 청구주장이 입증된다 할 것이고, 또한, 대법원은 “대물변제의 예약이나 분양계약 등은 낙성계약이므로 그 계약서의 작성일자가 불분명하거나 소급하여 작성되었다고 하여 그 계약의 성립 자체가 부정되어야만 하는 것은 아니다”라고 판시(대법원 2010.1.29. 선고 2009다16896 판결)하고 있는바, 서면으로 된 변경계약이 사후 작성되었다 하더라도 여전히 유효한 계약에 해당하므로, 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 본 처분은 부당하다.

 (2) 이와 같이 청구법인은 최초분양계약서상 1～5차 중도금 납부시기를 청구법인에 대한 중도금 대출(이 건 시행사가 이자를 부담하는 조건)이 실행되어 전부 납부되는 날로 변경하는 합의를 하였고, 이에 따라 위 중도금을 납부하고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 정상적인 세금계산서에 해당한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 최초분양계약서상 1～4차 중도금 납부시기 즈음에 이 건 시행사와 중도금 대출이 실행되는 날로 중도금 납부시기를 변경하기로 구두로 합의하였으므로 이는 「민법」상 변경계약이 성립한 것이라고 주장하나, 분양계약에 있어서 통상적으로 중도금 납부시기 변경은 중요한 사항이어서 당초 분양계약서를 변경하여야 함에도 불구하고 이 건 현장확인 당시까지 변경계약서가 작성된 사실이 없음이 확인되고 나서야 청구법인의 직원과 이 건 시행사의 직원 간의 녹취록을 근거로 구두계약을 했다고 주장하는 것은 받아들일 수 없다.

   또한, 청구법인이 제출한 녹취록을 살펴보면, 녹음일자가 2016.5. 11.로 되어 있으나, 이 건 현장확인 완료일까지 제출되지 않았고, 사후 녹음되었을 개연성도 있으므로 구두계약의 증빙으로 신뢰할 수 없다.

 (2) 청구법인은 이 건 현장확인 이후 최초분양계약서상 중도금의 납부시기를 변경하는 ‘분양계약에 대한 부속합의서’를 소급작성하고 대법원 판례(대법원 2010.1.29. 선고 2009다16896 판결)를 들어 이를 유효한 변경계약이라고 주장하나, 청구법인이 제시한 대법원 판례는 소송당사자 사인 간 계약의 일반론적인 내용으로 보일 뿐 재화의 공급시기에 대한 것이 아니므로 청구주장의 근거가 될 수 없고, 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우 그 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때인데 변경계약의 소급효를 인정할 경우 「부가가치세법」상 공급시기가 소급적으로 변경되어 혼란을 초래할 수 있으므로 이를 받아들일 수 없다.

 (3) 따라서, 이 건 현장확인 당시 청구법인과 이 건 시행사 사이에 중도금 납부시기에 대한 변경계약이 없었던 이상 중간지급조건부인 최초분양계약서상 1～5차 중도금 납부시기에 세금계산서가 발행되었어야 함에도 그 이후에 쟁점세금계산서가 발행되었으므로 이를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2016.4.8. 쟁점부동산OOO을 분양받기로 하는 계약을 이 건 시행사와 체결하였다.

 (2) 매수자인 청구법인(을), 시행사인 OOO 주식회사(갑)와 시공사인 OOO(병) 사이에 2016.4.8. 작성된 OOO에 대한 분양계약서상 주요내용은 아래와 같다.

 (3) 이 건 시행사는 최초분양계약상 1～5차 중도금 납부시기(2016.5.10., 2016.8.10.)에 세금계산서 등을 발급하지 않았고, 청구법인에 대한 중도금 대출OOO이 이루어져 OOO원이 2016.11.29. 및 2016.12.9. 납부된 후 작성일자를 2016.12.9.로 한 공급가액 합계 OOO원의 쟁점세금계산서 및 공급가액 합계 OOO원의 계산서를 발행하였으며, 청구법인은 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 2016년 제2기 확정 부가가치세를 신고하였다.

 (4) 처분청은 중간지급조건부인 최초분양계약서상 중도금 납부시기 이후에 쟁점세금계산서가 발행된 것으로 보아 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 1～4차 중도금과 관련된 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서상 매입세액을 불공제하고, 5차 중도금과 관련된 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서에 대해서는 세금계산서불성실가산세를 경정․고지하였다.

 (5) 청구법인은 최초분양계약서상 중도금 납부시기를 금융기관으로부터 중도금 대출이 가능한 시점으로 변경하기로 이 건 시행사와 합의하였고, 그에 따라 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 정상적인 세금계산서라고 주장하며 다음과 같은 증거자료를 제출하였다.

  (가) 청구법인이 청구법인의 OOO와 이 건 시행사의 OOO 사이에 2016.5.11. 이루어진 통화라고 주장하며 제출한 OOO가 2017.5.17. 작성한 녹취록의 주요내용은 아래와 같다.

  (나) 청구법인이 이 건 현장확인 당시 처분청의 세무공무원에게 제시한 2016.12.8. 이 건 시행사에게 발송하였다는 문서OOO를 보면, 중도금 납부시기가 당초 보다 늦어진 것에 청구법인의 귀책사유가 없어서 연체료 대상에 해당하지 않고, 이 건 시행사가 최초분양계약서상 중도금 납부시기 수정 및 중도금 대출가능 은행을 시공사와 협의하여 지정․통보하여 주기로 하였기 때문에 수정계약을 요청한다고 내용이 기재되어 있다.

  (다) 청구법인이 제출한 ‘분양계약 등에 관한 부속합의서’에 의하면, 청구법인은 이 건 시행사와 1～4차 중도금 납부시기(2016.5.10.) 및 5차 중도금의 납부시기(2016.8.10.)를 2016.12.9.로 변경하기로 합의한 것으로 나타나는데, 위 부속합의서가 이 건 현장확인 이후 작성된 것에는 다툼이 없다.

 (6) 청구법인이 1～5차 중도금 납부와 관련하여 연체료를 부담한 사실이 없는 것에 대해서는 다툼이 없다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 최초분양계약상 1～4차 중도금 납부시기가 도래하기 전에 중도금 납부시기를 변경하기로 한 변경계약이 있었다고 볼만한 객관적인 증빙이 없고, 청구법인이 제출한 ‘분양계약 등에 관한 부속합의서’(중도금 납부시기를 2016.12.9.로 변경)는 이 건 현장확인 이후 사후 작성된 것이어서 이를 인정할 수 없으므로 쟁점세금계산서는 중간지급조건부인 최초분양계약서상 1～5차 중도금을 받기로 한 때 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나, 최초분양계약서 제2조에서 매수자인 청구법인이 중도금 및 잔금의 납부를 지연하여 약정납부일을 경과하였을 때에는 연체료를 가산하여 납부하도록 약정하고 있고, 제3조에서 이 건 시행사는 청구법인이 분양대금을 납부기일로부터 1개월 이상 납부하지 않았을 경우 계약을 해제할 수 있다고 약정하고 있으며, 제8조에서 중도금은 무이자 대출로 하되 청구법인의 신용불량 또는 타행대출 등으로 대출신청이 불가능할 경우 청구법인은 중도금을 직접 납부하여야 한다고 약정하고 있음에도, 청구법인은 최초분양계약서상 1～5차 중도금 납부시기에 중도금을 납부하지 않았지만 연체료를 부담하지 않았고 분양계약의 해제도 없었던 점, 청구법인이 제출한 녹취록(녹취일 2016.5.11.)을 보면, 청구법인과 이 건 시행사 사이에 중도금 납부시기를 중도금 대출이 확정되는 시점으로 변경하기로 한 의사가 나타나는 점, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하기 전인 2016.12.8. 이 건 시행사에 발송한 문서를 보면, 이 건 시행사가 최초분양계약서상 중도금 납부시기 수정 및 중도금 대출가능 은행을 시공사와 협의하여 지정․통보하여 주기로 하였기 때문에 수정계약을 요청한다고 기재되어 있는바, 그 이전에 중도금 납부시기를 변경하기로 한 합의가 있었던 것으로 추정이 되는 점, 쟁점부동산에 대한 분양계약이 특수관계가 없는 제3간에 이루어진 것인 점 등을 감안할 때, 최초분양계약서상 1～4차 중도금 납부시기(2016.5.10.) 즈음에 청구법인의 귀책사유(신용불량 등)가 아님에도 금융기관으로부터 중도금 대출이 확정되지 못하자 청구법인과 이 건 시행사가 중도금의 납부시기를 중도금 대출이 확정되는 날로 변경하기로 합의하였고, 그에 따라 1～5차 중도금 납부시기에 쟁점세금계산서를 적법하게 수취한 것이라는 청구주장이 타당해 보인다 하겠다.

   따라서, 쟁점세금계산서가 최초분양계약서상 1～5차 중도금을 받기로 한 때 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.