주 문
OOO이 2016.12.14. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도OOO원의 부과처분 중
1. 농어촌특별세와 관련된 심판청구는 이를 각하하고,
2. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원은 OOO 답 684㎡ 중 버섯재배사 정착 면적인 96.46㎡를 「조세특례제한법」 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면 대상으로 하여 그 세액을 경정하며,
3. 나머지 청구는 이를 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구인은 2009.11.13. OOO(이하 “이 건 토지①”이라 한다)를 OOO로부터 OOO원에, 2010.1.18. 같은 OOO(이하 “이 건 토지②”라 하고, 이 건 토지①과 합하여 이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO으로부터 OOO원에 각각 매매로 취득한 후, 2010.3.19. 이 건 토지① 지상에 버섯재배사 2개동[1동 343.2㎡(이하 “버섯재배사①”이라 한다), 2동 246.44㎡(이하 “버섯재배사②”라 한다)]을, 2011.12.27. 이 건 토지② 지상에 버섯재배사 96.46㎡(이하 “버섯재배사③”이라 하고, 버섯재배사①, 버섯재배사②와 합하여 이하 “버섯재배사”라 한다)을 각각 신축취득하여 보유하던 중 2015.2.9. 이 건 토지 및 버섯재배사 등을 OOO에 수용으로 양도하고 보상금 합계 OOO을 지급받았고, 2015.4.7. OOO를 OOO원에 취득한 다음 2016.1.26. 동 지상에 동식물관련시설 279㎡를 신축하여 버섯재배업을 영위하고 있다.
나. 청구인은 이 건 토지 및 그 지상건축물 양도에 대하여 양도소득세 신고를 하면서 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 신청하였고, 이에 대하여 처분청은 2016.8.8.부터 2016.8.26.까지 청구인에 대한 양도세 실지조사를 실시한 결과 대토감면 요건 중 경작 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 토지 전체에 대하여 대토감면을 배제하고 2016.11.1. OOO원을 결정‧고지하였다가, 이 건 토지 3,020㎡ 중 이 건 토지①의 버섯재배사①의 바닥면적 343.20㎡와 버섯재배사②의 바닥면적 등 247.45㎡ 합계 590.65㎡는 농업소득세 과세대상인 버섯 및 콩나물 재배를 하는 토지의 범위에 해당하므로 「조세특례제한법」 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하고, 그 외 부수토지 등 2,429.35㎡(이 중 이 건 토지에서 버섯재배사①의 바닥면적 343.2㎡, 버섯재배사②의 바닥면적 등 247.45㎡, 버섯재배사③의 바닥면적 96.46㎡ 합계 687.11㎡를 제외한 부분을 이하 “쟁점토지①”이라 하고, 버섯재배사③의 바닥면적 부분을 “쟁점토지②”라 하며, 쟁점토지①과 쟁점토지②를 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대해서는 감면을 부인하여 2016.12.14. 청구인에게 2015년 귀속 OOO원을 경정‧고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 「농지법」 제2조 제1호 나목은 전‧답, 과수원, 그 밖에 법적 지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지에 설치하는 농축산물 생산시설의 부지를 농지에 포함하고 있고 같은 법 시행령 제2조 제3항 제2호는 버섯재배사와 그 부속시설을 위 농축산물 생산시설 중의 하나로 규정하고 있는 점, 청구인은 이 건 토지 전체면적에 대하여 버섯재배사 건축허가를 받아 준공하였고 건축물대장상 버섯재배사 건물의 주용도가 동물 및 식물관련시설로 표시되어 있는 점, 청구인은 버섯재배사에서 실제 버섯을 재배하였고 이 건 토지를 양도한 후 대토로 취득한 농지에도 다시 버섯재배사를 신축하여 버섯을 재배하고 있는 점, 이 건 토지는 모두 농업진흥지역(절대농지)으로 농업관련시설 이외에 다른 용도의 건축허가는 받을 수 없고 농업 관련 건축물이 준공되었다 하더라도 농지 이외의 지목으로 변경할 수 없는 점, OOO의 이 건 토지 수용에 따른 보상금내역과 토지조서에서도 이 건 토지의 공부상 및 실제 현황을 농지로 확인하고 있는 점 등에 비추어 버섯재배사①, ② 바닥면적 뿐만 아니라 쟁점토지에 대하여도 양도소득세 대토감면이 인정되어야 한다.
(2) 처분청은 쟁점토지②에 대하여 버섯재배사③ 준공 후 양도시까지 4년이 경과하지 아니하여 대토요건을 충족하지 못하였다고 판단하였으나, 버섯재배사③을 건축하기 전에는 이 건 토지②에서 채소 등을 경작하였으므로 쟁점토지②는 이 건 토지②의 취득시점부터 기산하여 대토요건을 판단하여야 한다.
(3) 설령, 처분청의 양도소득세 과세가 정당하다고 하더라도, 농어촌특별세 OOO원 중 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 15% 적용 부분은 정당하나, 농지대토에 대한 양도소득세 감면 부분(버섯재배사의 바닥면적 590.65㎡)은 농어촌특별세 과세 대상이 아니므로 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 이 건 토지가 모두 농업진흥지역 절대농지이고 「농지법」 제2조에 따른 농축산물 생산시설의 부지로서 농지에 해당하므로 처분청이 버섯재배사①, ②의 바닥면적만 농지로 보아 대토감면을 인정한 것은 부당하다고 주장하나, 이 건 토지 중 버섯재배사의 바닥면적 부분을 제외한 토지는 양도 당시 콘크리트 바닥으로서 실지 농작물 등을 자경한 농지에 해당하지 아니한다.
또한 농업소득세 과세대상이 되는 토지의 범위에는 실지로 버섯을 재배하는 버섯재배사의 부지를 포함하는 것이나, 버섯가공공장, 창고, 식당, 사무실과 그 부수토지는 이에 해당하지 아니하므로 버섯재배사의 바닥면적을 제외한 그 외 부수토지는 양도소득세 대토감면 대상에 해당하지 아니한다.
(2) 그리고, 쟁점토지②의 경우, 농지대토에 대한 양도소득세 감면이 적용되려면 종전 토지에서 4년 이상 자경한 농지에 해당하여야 하나, 버섯재배를 위하여 축조한 버섯재배사③의 건축물대장상 사용승인일은 2011.12.27.로서, 이 건 토지②의 양도 시점인 2015.2.9.까지의 기간을 계산해 보면 실지 4년 이상 자경하지 아니한 것으로 나타나므로, 청구인이 실지 자경한 버섯재배사①의 바닥면적 343.20㎡ 및 버섯재배사②의 바닥면적 등 247.45㎡에 대하여만 대토 감면을 적용하고 쟁점토지②에 대하여는 대토 감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.
(3) 농어촌특별세 OOO원 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 부분(버섯재배사의 바닥면적 등 590.65㎡)은 농어촌특별세 과세 대상이 아닌바, 처분청은 이 건 심판청구 이후인 2017.1.12. 이를 직권으로 경정하였다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 농축산물 생산시설 주변 토지에 대하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부
② 4년 이상 자경한 농지에 해당하는지 여부
③ 농어촌특별세 부과처분의 당부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법
제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서생략)
제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득
(2) 조세특례제한법 시행령
제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】 ① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
② 법 제70조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것
2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것
(3) 농지법
제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.
나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지
(4) 농지법 시행령
제2조 【농지의 범위】③ 법 제2조제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다.
2. 법 제2조제1호가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 농작물 경작지 또는 제1항 각 호의 다년생식물의 재배지에 설치한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설
가. 고정식온실ㆍ버섯재배사 및 비닐하우스와 농림축산식품부령으로 정하는 그 부속시설
(5) 농어촌특별세법
제2조 【정의】① 이 법에서 "감면"이란 「조세특례제한법」·「관세법」·「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제
2. 「조세특례제한법」 제72조제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득·배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용
3. 「지방세법」 제15조제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용
제3조 【납세의무자】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자
제4조 【비과세】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
2. 농어업인(「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호의 농업인과 「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제3호의 어업인을 말한다. 이하 같다) 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것
(6) 농어촌특별세법 시행령
제4조 【비과세】① 법 제4조제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.
1. 「조세특례제한법」 제66조부터 제70조까지, 제72조제1항(제1호 및 제5호의 법인은 제외한다), 제77조[「조세특례제한법」 제69조제1항 본문에 따른 거주자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작할 것의 요건은 적용하지 아니한다)로 한정한다] 및 제102조, 제104조의2, 「지방세특례제한법」 제57조의3제1항제2호(「농업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산으로 한정한다)ㆍ제3호(「수산업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산으로 한정한다)에 따른 감면
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청은 당초 이 건 토지 양도에 대한 양도소득세 결정시 이 건 토지 전체가 「조세특례제한법」 제70조의 대토감면 요건 중 경작 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세 등을 결정‧고지하였다가, 이후 이 건 토지 중 버섯재배사①, ②의 바닥면적은 「농지법」상 농축산물 생산시설의 부지로서 농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건에 해당하는 것으로 보아 양도소득세등 경정‧고지하였다.
(2) 이 건 토지가 OOO에 수용될 당시의 이 건 토지의 현장사진 및 항공사진 등에 의하면 이 건 토지 중 버섯재배사 바닥면적을 제외한 나머지 부분(쟁점토지①)은 모두 콘크리트 바닥으로 되어 있는 것으로 나타난다.
(3) 쟁점②와 관련하여 처분청은 버섯재배사③의 사용승인일인 2011.12.27.부터 이 건 토지②의 양도 시점인 2015.2.9.까지의 기간이 4년이 되지 아니한다 하여 쟁점토지②가 농지대토 양도소득세 감면 요건을 충족하지 아니하는 것으로 판단하였는바, 이에 대하여 청구인은 버섯재배사③을 건축하기 전 쟁점토지②에서 고구마, 채소 등을 경작하였다고 하면서 버섯재배사③을 건축하기 전인 2010년의 이 건 토지의 항공사진을 제출하였고, 동 항공사진 및 OOO의 2011년 항공사진에 의하면 이 건 토지②의 지상에 버섯재배사③을 건축하기 전 쟁점토지② 부분은 인근 토지의 논‧밭과 같이 경작지로서의 모습을 보이고 있다.
(4) 쟁점③과 관련하여 처분청은 청구인에게 과세된 농어촌특별세 OOO원 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 부분(버섯재배사의 바닥면적 등 590.65㎡)은 농어촌특별세 과세 대상이 아니어서 이 건 심판청구 이후인 2017.1.20. 이를 직권으로 경정하여 2017.1.31. 환급하였다고 하면서 “양도소득세 결정결의서”, “환급통보내역 상세조회”를 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
(가) 청구인은 버섯재배사①, ② 바닥면적 뿐만 아니라 쟁점토지①도 농축산물 생산시설의 부수토지로서 농지에 해당하므로 양도소득세 감면이 인정되어야 한다고 주장한다.
(나) 그러나, 농축산물 생산시설의 정착 부지 자체는 「농지법」상 농지에 해당한다고 할 것이나, 농축산물 생산시설이 정착한 부지를 제외한 그 주변 토지의 경우 농축산물 생산시설의 부수토지라는 이유만으로 농지에 해당하는 것으로 볼 수는 없고 해당 토지를 농지로 보기 위해서는 별도로 「농지법」상 농지로서의 요건을 갖추어야 할 것인데, 이 건 토지가 OOO에 수용될 당시의 이 건 토지의 현장사진 및 항공사진 등에 의하면 쟁점토지① 부분은 모두 콘크리트 바닥으로 되어 있는 것으로 나타나고, 그 외 쟁점토지①이 농지로 사용되었다는 점을 입증할 수 있는 구체적인 자료가 나타나지 아니하므로 쟁점토지①을 양도소득세 대토감면 대상으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 버섯재배사③의 사용승인일인 2011.12.27. 이전에는 쟁점토지②가 농지에 해당하지 아니하였던 것으로 보아 농지대토 양도소득세 감면을 배제하였으나, 2010년의 이 건 토지의 항공사진 및 OOO의 2011년 항공사진에 의하면 당시 쟁점토지② 부분은 인근 토지의 논‧밭과 같이 경작지로서의 모습을 보이고 있는바, 버섯재배사③을 건축하기 전에는 이 건 토지②에서 채소 등을 경작하였다는 청구인의 주장이 신빙성이 있다고 할 것이므로 청구인이 쟁점토지②를 4년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(7) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 농어촌특별세 OOO원 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 부분(버섯재배사의 바닥면적 등 590.65㎡)은 농어촌특별세 과세 대상이 아니므로 취소되어야 한다고 주장하나, 처분청이 제출한 “양도소득세 결정결의서”, “환급통보내역 상세조회”에 의하면 처분청은 농어촌특별세 OOO원 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 부분은 농어촌특별세 과세 대상이 아니라고 보아 2017.1.20. 이를 직권으로 경정하고 2017.1.31. 환급한 것으로 나타나므로 농어촌특별세 부분에 대한 심판청구는 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 일부는 부적법한 청구이고, 나머지 청구 중 일부는 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
