주 문

OOO세무서장이 2016.8.9. 청구법인에게 한 법인세 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원 합계 OOO원 및 부가가치세 2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원 합계 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 매출처 주식회사 OOO과 무자료 거래를 하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.9.4.부터 2012.3.30.까지 OOO를 본점소재지로 하여 컴퓨터 및 주변기기 도․소매업을 영위한 법인사업자이다.

나. OOO국세청장은 2013.5.29.～2013.10.9. 기간 동안 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대하여 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점법인이 청구법인으로부터 2011년 제1기부터 2012년 제2기 과세기간에 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 전자부품을 무자료 매입하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.5.16.～2016.8.3. 기간 동안 청구법인에 대하여 부가가치세 조사를 실시하여 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점금액 상당의 전자부품을 무자료 매출거래(이하 “쟁점거래”라 한다)한 것으로 보아 2016.8.9. 청구법인에게 법인세 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원 합계 OOO원 및 부가가치세 2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 쟁점법인과 쟁점거래를 한 사실이 없다. 과세요건 사실의 입증책임은 과세관청에 있고, 거래처의 조사결과만으로 납세자가 신고․제출한 자료와 납세자의 진술을 거짓이라고 추정할 수는 없는 것이며, 실지조사의 근거가 되는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당하기 위해서는 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되어야 하는 것인바, 이 건의 경우 처분청이 청구법인의 증거자료나 청구법인의 대표자 등의 진술보다는 쟁점법인이 제출한 자료만을 신빙성이 있다고 보아 과세한 것은 부당하며, 청구법인에게 쟁점거래를 하지 않은 사실을 입증하라는 것 자체가 모순일 뿐 아니라 과세요건 사실에 대한 입증책임이 있는 처분청이 청구법인에 대한 조사 당시 청구법인의 계좌거래내역과 거래처 원장 등을 모두 확인하였음에도 쟁점거래와 관련이 있는 어떠한 증빙도 발견하지 못하였다.

 (2) 쟁점법인이 제출한 자료는 ‘매입원장 엑셀파일’과 ‘거래명세서(일부)’인바, 처분청은 쟁점거래와 부합하는 금융증빙도 없이 전액 현금으로 거래하였다고 하면서 필요할 때 언제든지 임의로 작성이 가능한 ‘엑셀파일’과 누가 작성한 것인지도 불분명한 ‘거래명세표’(일부)를 근거로 청구법인과 쟁점법인 간에 무자료 거래를 하였다고 보아 과세한 것은「국세기본법」제16조의 근거과세원칙에 위배한 처분이다.

 (3) 청구법인의 입장에서 사실관계에 입각하여 쟁점거래가 없었다는 정황을 살펴보면 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 사업이 부진하여 2012.3.30. 폐업하였는바, 처분청의 의견대로 청구법인이 쟁점법인과 쟁점금액 상당의 현금거래를 하였다면 폐업할 이유가 없었을 것이고, 쟁점법인이 제출한 매입원장을 보면 2012년 제1기 부가가치세 과세기간의 거래금액(OOO원)이 다른 과세기간에 비해 과다한 점과 폐업상태에서 청구법인이 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 OOO원 상당의 거래를 하였다는 점은 수긍하기 어렵다.

  (나) 또한, 쟁점법인은 동종사업자의 영업이익률(통상 전자부품 도소매업의 경우 10% 미만) 보다 높은 10% 상당의 매입세액을 포기하고 세금계산서를 수취하지도 않고 거래한다는 것은 이해할 수 없고, 청구법인이 4개 부가가치세 과세기간 동안 쟁점금액 상당의 현금매출을 누락하였다고 한다면 응당 그에 대응되는 매입이 발생하였을 것인데 처분청은 세무조사를 통해 쟁점거래와 대응하는 매입자료를 전혀 확인하지 못하였다는 것은 쟁점거래가 없었다는 반증이라 하겠다.

나. 처분청 의견

 (1) 이 건 과세근거 자료는 쟁점법인이 제출한 ‘OOO 기간별 매입/매출원장’과 ‘거래명세표’인바, OOO 기간별 매입/매출원장은 OOO국세청장의 쟁점법인에 대한 세무조사 당시 쟁점법인의 내부컴퓨터에서 수집한 자료로 매입원장에 기재된 ‘OOO’이라는 상호는 청구법인의 대표이사 OOO가 운영한 개인사업자의 상호로 확인되었을 뿐 아니라 쟁점법인의 대표이사 OOO은 ‘OOO이 청구법인’이라고 진술하였으며, ‘OOO’의 인터넷 주소(URL)가 청구법인과 동일한 사실이 확인되었으므로 이는 신빙성이 있다 할 것이다.

 (2) OOO국세청장의 조사파생자료 수정 검토서에 의하면 청구법인은 2012.3.30. 사업부진을 이유로 폐업하였으나, 인터넷 채용정보사이트 ‘OOO’에 2015.9.9. 등록된 OOO 채용정보에는 ‘채용정보자료 제공업체 청구법인, 담당자명 OOO, 연락처 010-9162-****, 근무지 OOO로 등록되어 있었으며, 청구법인이 쟁점금액을 무자료 매출누락하였다 하더라도 처분청이 그에 대응하는 매입자료를 확인하지도 못하였다고 주장하나 OOO상가의 관행상 CPU의 경우 현금거래가 성행하고 있어 매입도 무자료 현금매입하였을 것으로 추정되므로 법인계좌를 통해서는 그 거래내역을 확인할 수 없었던 것이다.

 (3) 이와 같이 청구법인의 무자료 매출누락 관련 증빙자료는 수정할 수 없는 것으로 매출누락금액이 상세히 기재되어 있고, 쟁점법인의 대표이사 OOO이 당시 청구법인과의 거래사실에 대해 진술하고 있는 점 등에 비추어 쟁점거래가 실지거래임이 입증되므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구법인이 쟁점법인과 쟁점금액 상당의 무자료 매출거래를 한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

 (2) 부가가치세법

제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

  (가) 부가가치세 조사종결보고서(2016년 8월)에 의하면, 그 조사내용은 다음과 같은바, 처분청은 OOO국세청장의 파생자료를 토대로 2016.5.16.～2016.8.3. 기간 동안 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인이 2011년 제1기～2012년 제2기 과세기간 중 무자료 매출금액 OOO원(쟁점금액)을 경정 결정하는 한편, 청구법인과 대표이사 OOO를 「조세범처벌법」제10조 제1항에 따라 즉시 고발하고 조사 종결한 것으로 나타난다.

   1) OOO국세청장이 2013.5.29.～2013.10.9. 기간 동안 쟁점법인에 대한 조사시 현금매출누락에 대한 대응원가를 손금산입하는 과정에서 쟁점법인의 대표이사 OOO의 진술 및 증빙(매입/매출원장 엑셀파일, 거래명세표)에 따라 청구법인이 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였다.

   2) 청구법인의 대표이사 OOO는 2016.5.16. 처분청에 출석하여 쟁점법인의 대표이사 OOO을 알지 못하고 ‘OOO’이라는 상호로 기재된 매입/매출원장 엑셀파일과 거래명세표에 대하여도 모르는 내용으로 쟁점거래를 한 사실이 없다고 진술하였고, 쟁점법인의 대표이사 OOO은 2016.6.3. 임의출석하여 청구법인과의 쟁점거래에 대하여 당시 (청구법인) 담당자인 OOO와 거래한 사실, 인터넷 메신저 OOO 또는 전화를 통하여 거래한 사실 및 매입/매출원장 엑셀파일은 수정이 불가능한 자료라고 진술하였다.

   3) 쟁점법인에 대한 조사 당시 청구법인의 대표이사 OOO가 2002년 11월 개업하여 2003년 10월 폐업한 ‘OOO’이라는 상호를 이용하여 청구법인이 무자료 매출누락하였다는 이유로 파생된 과세자료에 첨부된 OOO국세청장의 조사파생자료 수정 검토서를 보면 쟁점법인의 내부컴퓨터 자료에 ‘OOO’의 인터넷주소OOO가 청구법인의 것으로 확인되고, 해당 거래물품은 CPU로 OOO상가의 거래관행상 무자료 거래가 성행하고 있으므로 쟁점거래 사실을 전면 부인하고 있는 청구법인의 대표이사 OOO의 주장은 신빙성이 없다.

  (나) 청구법인의 대표이사 OOO의 문답서(2016.5.16.)에는 쟁점법인 및 대표이사 OOO을 전혀 알지 못하고 쟁점법인과의 무자료 거래사실 등을 부인한 것으로 나타나고, 쟁점법인의 대표이사 OOO의 문답서(2016.6.3.)에는 청구법인(당시 거래담당자 OOO)으로부터 무자료 매입사실을 인정하는 진술이 나타난다.

  (다) OOO검찰청의 청구법인 및 대표자 OOO의 「조세범처벌법」위반혐의에 대한 불기소결정서(2016.10.25.)에는 다음과 같은 ‘수사결과 및 의견’이 기재되어 있다.

   1) 청구법인의 대표이사 OOO의 진술에 의하면, 청구법인은 OOO 등과 거래하였으나 쟁점법인과는 거래한 사실이 전혀 없고 쟁점법인의 대표자 등도 모른다고 하였고, 청구법인의 직원 OOO는 청구법인에서 2007년경부터 2011년 11월경까지 근무하였고 2011년경 거래업체는 OOO 등이 기억나지만 쟁점법인과는 거래한 사실이 없으며 쟁점법인의 대표이사 OOO도 알지 못한다고 진술하였다.

   2) 처분청의 조사담당자는 OOO과 OOO를 대질조사하고자 하였으나 OOO이 대질을 하지 않겠다고 하여 대질조사를 하지 못하였다고 하고, 고발장에 청구법인과 쟁점법인 간의 거래시기는 2011년 7월부터 2012년 12월까지이나 청구법인은 사업부진으로 인해 2012.3.30. 자진폐업하였으므로 청구법인을 폐업한 후 쟁점법인과 거래를 하였다는 쟁점법인의 대표이사 OOO의 진술을 믿기 어렵다. 또한, 쟁점법인의 대표이사 OOO의 진술에 청구법인이 무자료 거래 등을 많이 하여 음성적인 거래를 하고 있다고 하나 현재까지 청구법인이 처분청으로부터 본 건 외에 세무조사를 받은 사실이 없으며, 처분청은 쟁점법인의 컴퓨터에 보관중인 엑셀자료(OOO 매입원장)와 대표자 OOO의 진술만을 가지고 청구법인과 그 대표자를 고발하였으나 실제 청구법인이 쟁점법인과 거래를 하였다는 직접적인 증거와 청구법인이 ‘OOO’이라는 객관적인 증거가 없다. 쟁점법인의 대표자 OOO이 청구법인과 거래하였다고 진술하므로 OOO와 대질조사를 하여야 하나 OOO은 현재 주거지 소재불명이고 세무조사 당시 대질조사를 하지 않겠다고 한 사실로 미루어 보아 OOO이 경찰서에 출석하지 않을 것으로 판단된다.

   3) 위 수사내용으로 보아 청구법인이 ‘OOO'이라는 객관적 증거가 없고, 피의자 OOO와 참고인 OOO는 쟁점법인을 알지 못해 거래사실이 없다며 범죄혐의를 극구 부인하므로 청구법인과 대표자를 범죄혐의를 인정할 증거부족으로 모두 불기소(혐의없음) 의견이다.

  (라) 한편, 2016.12.8. 개최된 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 대표자는 처분청이 청구법인을 3개월간 샅샅이 조사하였지만 쟁점법인과 다른 거래처와의 무자료 거래사실을 확인할 수 있는 어떠한 자료도 발견하지 못하였다’고 진술하였고, 처분청의 조사담당자도 동 진술을 인정하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO국세청장의 쟁점법인에 대한 통합조사시 확인된 매입원장 엑셀파일 및 거래명세표 일부를 근거로 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점금액 상당액을 무자료 매출거래한 것으로 보아 이 건 처분하였으나, 일반적으로 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것인바(대법원 2006.9.22. 선고 2006두6383 판결 등 참조) 청구법인을 무자료 매출처로 특정할 수 있는 자료가 없어 현재 조사된 내용만으로는 그 자료들과 청구법인의 직접적인 연관성이 구체적으로 확인되었다고 보기 어려운 점, 청구법인의 다른 거래처들의 무자료 거래혐의가 추가로 발견되지 아니한 점, 무자료 매출거래가 있었다면 청구법인의 무자료 매입거래도 있었을 것이나 이에 대해 처분청이 확인하거나 조사된 바는 없는 것으로 나타나는 점, 사업자등록상 청구법인이 2012.3.30.에 폐업한 것으로 나타나나 그 이후에도 쟁점법인과 거래를 지속하였다는 것은 처분청의 구체적 입증이 없는 이상 논리적으로 타당해 보이지 아니하는 점, 이 건 과세가 쟁점법인의 대표이사 OOO의 진술에 의존하고 있으나 납세의무자가 아닌 자의 일방적인 진술에 불과하여 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 납세의무자에 대한 과세자료로 삼기는 어려워 보이는 점(대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결 등 참조), 이 건 세금계산서 거래질서 범죄에 대한 검찰 수사결과 처분청의 입증이 부족하고 관련인들의 진술이 엇갈려 신빙성이 없다고 보아 불기소 처분한 점 등에 비추어 청구법인의 주장이 일응 타당한 것으로 보인다.

 다만, 쟁점법인에 대한 조사시 청구법인과 같은 무자료 매입처가 모두 OOO개 업체(공급대가 OOO원 상당액)로 확인된 점, 다른 매입처들도 비슷한 거래정황 및 증빙자료 등에 따라 과세자료가 파생되었던 점, 쟁점법인 대표자와 청구법인 대표자의 진술이 상반되는 것으로 조사된 점 등을 감안하면 쟁점거래만을 무자료 거래가 없었던 것으로 보기 어려운 측면도 있으므로 청구법인이 쟁점법인과 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 과세기간 중에 무자료 매출거래를 하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.