주 문

OOO세무서장이 2015.4.9. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 공통매입세액 안분계산을 위한 면세비율(면세공급가액÷총공급가액) 산정시 해외소비대차 거래가액을 면세(비과세)공급가액과 총공급가액에서 각각 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ｢한국석유공사법｣에 따라 1979.3.3. 석유자원의 개발, 석유의 비축 및 수급의 안정을 목적으로 설립된 정부투자기관으로, 국내의 석유수급과 가격안정 등을 목적으로 ｢석유 및 석유대체연료 사업법｣(이하 “석대법”이라 한다) 및 정부의 석유 비축계획에 따라 국내 보세구역에 비축기지를 건설하고 비축유를 구입, 저장하면서 평시 또는 유사시 국내에 공급하는 석유비축사업을 수행하고 있고, 비축유의 국내소비대차 거래 외에 해외소비대차 거래를 시행하고 있으며, 석유비축사업 관련 매입세액을 전액 과세사업에 대한 매입세액으로 보아 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.7.21.부터 2014. 10.20.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인의 해외소비대차 거래의 경우 ｢부가가치세법 시행령｣(2013. 6.28. 대통령령제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제2항 제4호에 따라 ｢부가가치세법｣상 과세거래에 해당하지 않으므로 석유비축사업 관련 매입세액이 공통매입세액에 해당하고, 해외소비대차 거래가액 및 해외소비대차 수수료를 면세공급가액(비과세공급가액 포함, 이하 같다)에 포함하여 공통매입세액을 안분 계산하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2015.2.12. 청구법인에게 2011년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였고, 청구법인은 동 세무조사 결과에 따라 해외소비대차 거래가액 및 수수료를 면세비율 안분계산시 총공급가액과 면세공급가액에 포함하여 산정된 면세비율을 기준으로 2014년 제2기 부가가치세 환급세액 OOO 원을 신고하였다가 2015.2.12. 해외소비대차 거래가액을 면세공급가액 및 총공급가액에서 제외하여 재산정된 면세비율을 적용하여 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2015.4.9. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 공통매입세액 안분계산을 위한 면세비율 산정시 ｢법인세법｣상 수입금액이 없는 해외소비대차 거래가액을 제외하고 소비대차에 따른 해외소비대차 수수료만을 면세공급가액으로 하여야 한다.

  (가) 해외소비대차거래를 면세비율 산정시 포함한다 하더라도 그 공급가액을 얼마로 해서 포함할지가 쟁점이 될 것인바, ｢부가가치세법 시행규칙｣(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의2 제1항에서 면세공급가액(비과세사업 포함)은 면세사업 등에 대한 수입금액으로 하도록 하고 있고, 부가가치세법 집행기준 40-81-4에서 면세사업 등에 대한 공급가액은 ｢법인세법｣ 규정에 따른 수입금액으로 규정하고 있다.

 이는 총공급가액과 면세공급가액을 구함에 있어 과세사업의 경우에는 과세사업에 대한 공급가액이 부가가치세 신고금액으로 확인되나, 면세사업 또는 비과세사업의 경우 공급가액은 ｢부가가치세법｣상 별도로 신고하는 금액이 없기 때문에 ｢법인세법｣상의 수입금액으로 규정한 것으로 이해된다.

 한편, 기획재정부에서 청구법인의 해외소비대차거래의 경우 비축유 고유의 특성으로 ｢법인세법｣상 익금 및 손금이 아닌 것으로 해석하였기 때문에 해외소비대차 거래가액과 관련한 ｢법인세법｣상 수입금액은 “0”이 될 것이고(재법인-215, 2015.3.11.), 따라서 처분청의 의견처럼 공통매입세액 안분계산시 면세비율 산정에 있어 해외소비대차 거래가액을 포함시켜야 한다 하더라도 그 가액은 “0”으로 하여야 한다.

  (나) 그러나 처분청은 ｢부가가치세법｣에서 재화의 공급으로 보지 않도록 한 청구법인의 해외소비대차 거래를 공급가액이 있는 비과세 거래로 보고, 면세사업 등의 공급가액을 ｢법인세법｣상의 수입금액으로 별도 규정하고 있음에도 불구하고 임의로 소비대차 거래가액을 추정하여 이를 비과세 공급가액으로 보아 부가가치세 매입세액을 안분 계산하였는바, 이는 법령을 임의로 확장·유추해석한 것으로 조세법률주의의 원칙에 위배된다.

 (2) 최근 기획재정부에서도 청구법인의 해외소비대차 거래와 관련된 공통매입세액 안분 계산 문제에 대하여 해외소비대차 거래가액과 관련한 ｢법인세법｣상 수입금액은 “0”인 점 등을 사유로 해외소비대차 거래가액을 면세공급가액에서 제외한다고 유권해석(재부가-356, 2016.7.18.)하였는바, 해외소비대차 거래가액은 면세비율 산정에서 제외하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 면세공급가액은 면세사업 등에 대한 수입금액을 말하는 것으로 해외소비대차 거래를 법인의 손익으로 보지 않는 경우에도 수입금액을 계산할 수 있다.

  (가) 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 중 과세사업에 사용된 부분은 매출세액에서 공제하고 면세사업 등에 사용된 부분은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 원칙이다. 법령에서 과세가액과 면세사업 등에 대한 수입금액 비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하는 취지는 공통매입 재화가 각각 과세사업과 면세사업에 사용되어 부가가치를 창출한 정도를 계산하기 위한 것으로 공통매입세액 안분계산시 국내소비대차 거래는 과세공급가액으로 하고 해외소비대차 거래는 면세공급가액으로 하는 것이 경제적 실질에 부합되는 합리적 계산이다.

부가가치세법 집행기준 40-81-4는 법령의 범위에 포함되지 않는 일반해석사례에 불과하고, 공급가액이란 ｢부가가치세법｣(2013.6.7. 법률11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 및 같은 법 시행령 제50조 등에 따라 시가를 원칙으로 하고 있으며, 동일한 취지로 부가가치세법 기본통칙 9-18-1에서 소비대차시 재화의 시가를 공급가액으로 보는바, 청구법인의 주장은 법률근거가 없는 자의적인 해석에 불과하다.

  (나) 청구법인은 공통매입세액 안분 계산의 기본이 되는 면세공급가액을 산정함에 있어서 해외소비대차 거래가액(시가)을 제외하여야 한다고 주장하나, 공통매입세액의 안분은 단순히 사업부문에 대한 실지 귀속을 정하는 것이어서 ｢부가가치세법｣상 과세거래인지, 면세거래인지, 비과세거래인지를 불문하고 공급가액을 산정함에 있어 동일한 기준을 적용하여야 할 것이다.

 사업자 간에 원재료 등의 재화를 차용하여 사용하거나 소비하고 동종 또는 이종의 재화를 반환하는 소비대차의 경우 해당 재화를 차용하거나 반환하는 것은 각각 재화의 공급에 해당되는바(부가가치세법 기본통칙 9-18-1), 해외소비대차 거래가 ｢부가가치세법｣의 적용 대상인지와는 별개로 해외소비대차 거래도 국내소비대차 거래와 동일하게 하나의 공급거래로 보아야 할 것이고, 국내소비대차 거래의 경우 공통매입세액 안분 계산시 원유의 공급가액(시가)을 과세공급가액에 포함하고 있으므로 해외소비대차 거래가액도 면세공급가액에 포함하는 것이 합리적이다.

  (다) 해외소비대차 거래가액을 제외하고 수수료만으로 면세비율을 산정하여야 한다는 청구주장은 ｢부가가치세법｣상 재화의 공급가액 규정 일체를 왜곡하는 자의적 해석에 불과하다.

 청구법인이 근거로 든 부가가치세법 집행기준 40-81-4는 법률의 범주에 해당하지 않고, 국세청에서 일반 납세자가 법령을 보다 쉽게 이해할 수 있도록 만든 일종의 일반적 해석사례집에 해당하며, 국세청의 법령사무처리규정 제38조에 따라 징세법무국장이 필요한 경우 집행기준을 수정․보완할 수 있는바, 이를 법률근거로 보는 것은 타당하지 않다.

 청구법인이 공통매입세액 안분 계산과 관련하여 소비대차한 원유의 공급가액에 대하여 질의하여 회신받은 사실이 있고, 2012년 부가가치세 신고시 해외소비대차 거래가액을 면세공급가액으로 보아 면세비율을 산정한 사실이 있음에도 법률적 근거 없이 유리한 방법으로 면세비율을 계산하여야 한다는 청구주장은 납득할 수 없다.

 (2) 청구법인은 기획재정부의 해석사례(제법인-215, 2015.3.11.)를 들어 해외소비대차 거래의 원유 대여시가와 상환시가가 ｢법인세법｣상 익금과 손금에 해당하지 않아 면세공급가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 주장대로라면 국내소비대차 거래와 해외소비대차 거래를 모두 수행하면서 면세(비과세)인 해외소비대차 거래가 대부분인 경우에는 수수료만 수입금액에 해당되어 공통매입세액 안분 계산 자체가 불가능하게 된다.

 따라서 대부분 비축시설이 사실상 면세(비과세)사업에 사용되더라도 공통매입세액 안분계산 대상에 해당되지 않아 관련 매입세액은 모두 공제받는 결과가 된다. 이는 실질적으로 면세(비과세)사업인 해외소비대차 거래에 비축시설을 이용한다 하더라도 집행기준에 의하여 공통매입세액 안분 계산 대상에 제외됨으로써 ｢부가가치세법｣상 공통매입세액 안분 계산의 취지에 어긋나는 결과를 초래한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 OOO비축사업자의 공통매입세액 안분계산시 해외소비대차 거래가액을 면세(비과세)공급가액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인이 수행하는 국내․해외소비대차 거래에 대한 청구법인의 회계처리 및 세무처리는 다음과 같다.

   1) 회계처리

 소비대차 거래물량의 이동에 대해서는 별도의 회계처리를 하지 않고, 국내․해외소비대차 거래 모두 소비대차 수수료만 수익으로 회계처리한다.

   2) 법인세 처리

 기획재정부의 유권해석(재법인-215, 2015.3.11.)에 따라 소비대차 수수료 외에 손익을 인식하지 않는다.

   3) 부가가치세 처리

 국내소비대차 거래의 경우 대여를 위한 수입통관시 세관장이 청구법인에 세금계산서를 교부(매입세액)하고, 대여시 청구법인이 정유사에 세금계산서를 교부(매출세액)하며, 상환시 정유사가 청구법인에 세금계산서를 교부(매입세액)한다.

 반면, 해외소비대차 거래의 경우 ｢부가가치세법 시행령｣ 제14조 제2항 제4호에 따라 비축유를 대여, 상환하는 것은 ｢부가가치세법｣상 재화의 공급으로 보지 아니하므로 세금계산서의 수수가 없다.

   (나) 청구법인은 2015.2.9. 조사청 세무조사 결과대로 공통매입세액 안분계산을 위한 면세비율(해외소비대차 거래가액을 면세공급가액에 포함)을 적용하여 당초 2014년 제2기 부가가치세를 신고하였다가 해외소비대차 거래가액을 면세공급가액 및 총공급가액에서 제외한 면세비율을 적용하여 부가가치세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였는바, 당초 신고 및 경정청구시 면세비율, 당초 신고 및 경정청구 환급세액 등 내역은 다음과 같다.

 (다) 청구법인은 이 건 쟁점에 대하여 기획재정부에 질의하였는바, 기획재정부는 2016.7.18. 다음과 같이 회신(기획재정부 부가-356, 2016.7.18.)하였다.

  (2) ‘부가가치세법 기본통칙’ 9-18-1에 사업자간에 상품ㆍ제품ㆍ원재료 등의 재화를 차용하여 사용하거나 소비하고 동종 또는 이종의 재화를 반환하는 소비대차의 경우에 해당 재화를 차용하거나 반환하는 것은 각각 재화의 공급에 해당한다고 되어 있고, ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-4 제1항에 과세사업에 대한 공급가액이란 공급시기가 도래된 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액을 말한다고 되어 있으며 제2항에 면세사업 등에 대한 공급가액이란 해당 과세기간(｢부가가치세법｣ 제15조 및 제16조의 규정에 따른 공급시기 준용) 내에 부가가치세가 과세되지 아니하는 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣의 규정에 따른 수입금액과 비과세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말한다고 되어 있다.

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제1항에서 과세사업과 면세사업(비과세사업 포함)을 겸영하는 경우 공통매입세액은 총공급가액에서 면세공급가액의 비율로 안분 계산하고, 면세공급가액은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있는바, 해외소비대차 거래와 관련하여 비축유의 대여 및 상환은 수입금액과 관련이 없다고 보이므로 해외소비대차 거래가액은 공통매입세액 안분 계산에 있어 면세공급가액에 해당하지 아니한다 할 것인 점, 기획재정부가 이 건 쟁점과 관련하여 청구법인이 외국법인에게 비축유를 대여한 후 상환받는 거래는 면세공급가액에 해당하지 않는다고 유권해석한 점 등에 비추어 공통매입세액 안분계산시 해외소비대차 거래가액을 면세(비과세)공급가액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 11873호로 전부개정되기 전의 것)

 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 용역의 시가

5. 폐업하는 경우 : 재고재화의 시가

 (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)

 제14조【재화공급의 범위】① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

② 제1항 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

4. 「한국석유공사법」에 따른 한국석유공사가 「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따라 비축된 석유를 수입통관하지 아니하고 보세구역에 보관하면서 제4조 제5항에 따른 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인과 무위험차익거래 방식으로 소비대차하는 것

 제50조【시가의 기준】① 법 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호 및 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

  면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×

 제62조의2【납부세액 또는 환급세액의 재계산】① 법 제17조 제5항 및 제6항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조, 제61조의 2 및 제63조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산

 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

 (3) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것)

 제18조의2【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

 (4) 부가가치세법 기본통칙

 9-18-1【원료 등을 차용하여 사용하거나 소비하고 반환하는 재화】사업자간에 상품ㆍ제품ㆍ원재료 등의 재화를 차용하여 사용하거나 소비하고 동종 또는 이종의 재화를 반환하는 소비대차의 경우에 해당 재화를 차용하거나 반환하는 것은 각각 재화의 공급에 해당한다.

 (5) 부가가치세법 집행기준

 40-81-4【공통매입세액 안분계산에 따른 용어 정의】① 과세사업에 대한 공급가액

과세사업에 대한 공급가액이란 공급시기가 도래된 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액을 말한다.

② 면세사업 등에 대한 공급가액

면세사업 등에 대한 공급가액이란 해당 과세기간(「부가가치세법」 제15조 및 제16조의 규정에 따른 공급시기 준용) 내에 부가가치세가 과세되지 아니하는 「소득세법」 또는 「법인세법」의 규정에 따른 수입금액과 비과세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말한다.

 (6) 법인세법

 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

 (7) 석유 및 석유대체연료 사업법

 제15조【석유비축계획】① 산업통상자원부장관은 석유 수급과 석유가격의 안정을 위하여 석유비축목표를 설정하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 비축목표를 달성하기 위한 석유비축계획을 수립하여야 한다.

 제16조【석유비축시책의 수립 및 시행 등】② 산업통상자원부장관은 필요한 경우 제1항에 따른 석유비축시책을 공사로 하여금 시행하게 할 수 있다.