1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 휴게시설 부지내 OOO(이하 ‘쟁점공사’라 한다)에 관하여 2013.10.29. OOO에게 공사대금 OOO원(부가가치세OOO원을 포함하고, 동 부가가치세를 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 지급하였고, OOO는 쟁점공사가 부가가치세 과세 대상 거래라고 판단하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고 및 납부하였으며, 청구법인 역시 쟁점매입세액을 공제 대상으로 보아 2013년 제2기 부가가치세를 신고하면서 매입세액 공제를 받았다.

나. 청구법인은 2016년 7월 OOO와 사이에 쟁점공사대금을 정산하는 과정에서, 쟁점공사와 같은 지장 철탑 이설 공사의 경우 부가가치세 면세 사업에 해당한다고 판단하여 OOO에게 쟁점매입세액의 반환을 요청하였고, OOO는 2016.12.22. 수정세금계산서를 발행하였으며, 쟁점공사대금을 정산하면서 2017.3.31. 청구법인에게 쟁점매입세액을 반환하여 주는 한편, 기납부한 부가가치세의 환급을 위해 경정청구를 하여 2017.4.14. 부가가치세 OOO원을 환급받았다.

다. 처분청은 쟁점매입세액이 공제 대상이 아님에도 불구하고 청구법인이 매입세액을 과다 신고한 것으로 보아 청구법인에게 소명요청하였고, 이에 따라 청구법인은 2017.7.3. 2013년 제2기 부가가치세 공제매입세액을 OOO원 감액하는 내용으로 과세표준 수정신고를 하였으며, 이에 따라 처분청은 2017.7.10. 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2017.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 쟁점매입세액은 구「부가가치세법」(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제3호 및 동법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제76조(이하 “쟁점법령”이라 한다)에 따라 공제대상 매입세액에 해당하므로, 쟁점매입세액이 공제 대상에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 건 가산세 부과처분은 부당하다.

  (가) 쟁점법령에서 ① 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하면서 발급한 세금계산서의 매출세액을 포함하여 법 제37조에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 납부하고, ② 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급에 대하여 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우에는 매입세액을 매출세액에서 공제하도록 규정하였다.

   ‘부가가치세가 면제되는 거래에서 매입세액 공제를 받는 경우를 특별히 규정한 이유’는, 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급받으면서 과세대상으로 잘못 인지하여 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 부담한 경우에도 재화나 용역을 공급하는 자가 납부세액을 모두 납부하였다면 매입세액공제를 허용함으로써 탈세의도가 없는 납세자의 부담을 완화하기 위함이다.

   쟁점법령은 2014.1.1. 법률 제12167호로 「부가가치세법」이 개정되고, 2014.2.21. 대통령령 25196호로 동법 시행령이 개정되면서 삭제되었으나, 위 각 조항이 삭제된 법률 및 시행령은 시행 후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용되는 것으로 부칙에 규정하고 있다.

   청구법인은 쟁점공사가 과세거래인 줄 알고 OOO에 공사대금을 지급할 때 부가가치세 상당 금액을 포함하여 지급하였고, OOO는 세금계산서를 발행하여 청구인으로부터 부가가치세를 징수한 후 세무서에 부가가치세를 신고 및 납부하였으며, 부가가치세를 신고 및 납부할 때까지 수정세금계산서를 발행하지 아니하였는바, 청구법인 및 OOO에게는 탈세의도가 전혀 없었다고 할 것이므로, 위 각 규정이 특별히 매입세액 공제를 허용하여 보호하는 납세자에 해당한다고 할 것이다.

  (나) 청구법인은 당시의 법령에 근거하여 적법하게 매입세액 공제를 받았으므로, 그 이후 매입세액 공제의 근거 법령이 삭제되었다고 하더라도 변경된 새로운 세법에 의하여 종전의 매입세액 공제가 위법하다거나 이를 이유로 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙의 반하여 허용될 수 없다고 할 것이다.

  (다) 「구 부가가치세법 시행령」 제76조 제2호는 매입세액 공제의 요건으로 ‘수정세금계산서를 발행하지 아니할 것’을 정하고 있는데, 청구법인이 2016년 7월경 OOO와 사이에 쟁점공사대금을 정산하는 과정에서 쟁점공사가 면세 사업에 해당함을 알게 되었고, OOO에 대하여 기지급한 부가가치세 OOO원의 환급 요청을 하자, OOO는 내부 검토 후 쟁점공사가 면세 대상임을 전제로 2016.12.22. 수정전자세금계산서를 발행한 바 있으나, 쟁점법령은 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급하는 자가 이를 과세 대상으로 알고 납부세액을 납부하였고 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하였다면 ‘탈세의도가 없는 것’으로 간주하여 위 재화나 용역을 공급받은 자가 매입세액 공제를 받도록 허용한 것으로, ‘매입세액 공제 당시’ 탈세 의도가 있는지 여부를 기준으로 매입세액 공제의 허용 여부를 정하고 있다고 할 것인바, 쟁점법령에 의한 매입세액 공제의 허용 여부는 매입세액 공제 이후의 사정이 고려될 수 없다고 봄이 타당하므로, OOO가 2016.12.22. 수정세금계산서를 발행하였다고 하여 종전의 적법한 매입세액 공제가 위법한 것이 된다고 볼 수는 없고, 청구법인이 사실은 면세사업이라고 하여 OOO로부터 부가가치세 상당 금액을 반환받더라도, 이 사건의 경우처럼 과세관청은 종전에 매입세액 공제를 받은 부분에 대하여 부가가치세를 다시 부과하므로, 이 과정에서 탈세는 불가능한바, OOO가 2016.12.22. 수정전자세금계산서를 발행하였다고 하더라도, 이를 근거로 종전의 청구인의 매입세액 공제가 탈세를 목적으로 한 것이라고 볼 수 없는 것이므로, 매입세액 공제 이후 수정세금계산서 발행으로 인하여 쟁점법령이 정하는 매입세액 공제의 요건이 결여된다고 볼 수 없어, 청구법인의 종전의 적법한 매입세액 공제는 여전히 적법하다.

  (라) 「구 부가가치세법 시행령」(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 제8호는 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서 발급 사유로 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 세금계산서를 발행한 경우를 규정하면서, ‘법 제39조 제1항 제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우’는 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서 발급 사유에서 제외하고 있고, 위 조항은 2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되면서 삭제되었으나, 동 개정 시행령은 시행 후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용되는바, 시행령 개정 이후 공급받은 쟁점공사용역에 대하여는 개정 전 시행령이 적용된다고 봄이 타당하며, 개정 전 시행령에 따르면 「부가가치세법」 제39조 제1항 제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우에는 수정세금계산서를 발행할 수 없는 것인바, 2016.12.22. OOO가 발행한 수정전자세금계산서는 동 규정을 위반하여 발급된 것으로 위법하다.

  (마) 따라서, OOO가 위 수정전자세금계산서 발행 후 OOO세무서장에게 부가가치세 경정청구를 하였다고 하더라도 OOO세무서장은 부가가치세 OOO원을 환급하여서는 안되는 것이었고, 결국 종전과 같이 OOO가 청구법인으로부터 부가가치세 OOO원을 징수하여 OOO세무서장에게 신고 및 납부하고, 청구법인은 이에 관하여 매입세액 공제를 받은 상태가 적법하다고 할 것인바, 청구법인의 적법한 매입세액 공제를 문제 삼아 가산세를 부과할 것이 아니라, 현재의 위법상태를 해소하기 위하여 OOO로부터 부가가치세 OOO원을 다시 납부 받아 종전의 적법한 상태로 돌려놓으면 될 것이다.

  (바) 가사, 청구법인의 의무 위반이 있다고 하더라도, 청구법인이 매입세액 공제를 받을 당시의 법령에 따르면 위 매입세액 공제가 적법하고, 그 이후에 법령이 개정되어 위 매입세액 공제의 법적 근거가 없어질 것이라는 점을 청구인이 예상할 수 없었으며, OOO가 수정전자세금계산서를 발행하고 세무서로부터 부가가치세 환급을 받은 것, 청구인이 OOO로부터 부가가치세 상당 금액을 반환 받은 것이 탈세의 의도로 한 것이 아니어서 종래의 매입세액 공제가 불법하게 된다는 사실을 전혀 예상할 수 없었는바, 청구법인에게는 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

 청구법인은 매입세액 공제를 받을 당시의 법령에 따르면 매입세액 공제가 적법하고, 그 이후에 법령이 개정되어 위 매입세액 공제의 법적 근거가 없어질 것이라는 점을 청구인이 예상할 수 없었다고 주장하고 있으나, 2013년 2기 부가가치세 신고 당시에 이미 감사원 심사 결정이 난 상태(2012.09.27)였고, 매입세액 공제에 대한 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】에 대한 부분은 이후에 개정되지 아니하여 청구인의 주장은 이유 없으며,

  OOO로부터 부가가치세 상당 금액을 반환 받은 것이 탈세의 의도로 한 것이 아니어서 종래의 매입세액 공제가 불법하게 된다는 사실을 전혀 예상할 수 없었는바 부당하다고 하나, 부가가치세 과세대상이 아닌 거래에 대하여 매입세액 공제하여 확정신고한 경우 신고․납부 불성실가산세를 적용하여 과세한 내용에 대하여는 고의․과실 여부를 불문하고 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점매입세액이 공제대상 매입세액에 해당하지 아니하는 것으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것)

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 (2) 부가가치세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것)

제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등(법 제39조 제1항 제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우는 제외한다)에 대하여 발급한 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

제76조 【면세되는 공급에 세금계산서를 발급한 경우】 법 제39조 제1항 제3호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우를 말한다.

1. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역 (부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하면서 발급한 세금계산서의 매출세액을 포함하여 법 제37조에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 납부하였을 것

2. 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급에 대하여 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하지 아니할 것

 (3) 부가가치세법(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정된 것)

제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. (삭제, 2014.1.1.)

부칙(2014.1.1. 법률 제12167호) 제8조 【부가가치세가 면제되는 재화 등의 공급 시 매입세액 공제에 대한 경과조치】 이 법 시행 전에 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하거나 공급받은 경우에는 제39조 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 (4) 부가가치세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정된 것)

제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

제74조 삭제(2014.2.21.)

부칙(2014.2.21. 대통령령 제25196호) 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】 이 영은 이 영 시행 후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2013.10.29. 쟁점공사와 관련하여 OOO에게 공사대금과 함께 부가가치세 OOO원을 지급하였고, OOO는 전자세금계산서를 발행하고 관할세무서장에게 동 부가가치세를 신고․납부한 것으로 확인되며, 청구법인 역시 쟁점매입세액을 공제 대상으로 보아 2013년 제2기 부가가치세를 신고하면서 매출세액에서 동 매입세액을 공제한 것으로 확인되고, 이후 청구법인은 쟁점공사가 부가가치세 과세대상 사업에 해당하지 아니한다고 판단하여 OOO에게 쟁점매입세액의 반환을 요청하여 2017.3.31. 이를 반환받았으며, OOO는 2016.12.22. 수정세금계산서를 발행하고 경정청구를 하여 2017.4.14. 부가가치세 OOO원을 환급받았고, 청구법인은 2017.7.3. 2013년 제2기 부가가치세 공제매입세액을 OOO원 감액하는 한편, 가산세를 가산하지 아니하여 과세표준 수정신고를 하였고, 이에 따라 처분청은 2017.7.10. 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세OOO을 경정․고지한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다.

  (가) 이설비 납부 내부 결재 자료, 이설비 납부 전자전표, 전자세금계산서 등에 의하면, 청구법인은 OOO 휴게시설 부지내에 있는 OOO이설공사 추진을 위하여 OOO원(부가가치세 포함)을 지급하고 2013.10.29. 전자세금계산서를 발급받은 것으로 확인된다.

  (나) 이설비 정산요청 공문, 이설비 정산 관련 자료제출 요청 공문, 이설비 잔액 및 부가세 환급 요청 공문, 수정전자세금계산서에 의하면 청구법인은 OOO 이설비용은 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다는 취지의 감사원 심사례 등을 근거로 2016.12.16. OOO에게 부가가치세 환급 요청을 하였고, OOO는 2016.12.22. 청구법인에게 공급가액 OOO원의 수정전자세금계산서를 발행한 것으로 나타난다.

  (다) 이설비 정산내역 알림 공문, 이설비 정산 회신 공문, 이설비 납부 전자전표 등에 의하면 청구법인은 2017.3.31. OOO로부터 OOO과 같이 정산된 정산금액 OOO원을 지급받은 것으로 나타난다.

 (3) 「부가가치세법」(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 각 호에서 공제하지 아니하는 매입세액을 규정하면서, 같은 항 제3호 단서 및 같은 법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제76조에서 첫째, 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역 (부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하면서 발급한 세금계산서의 매출세액을 포함하여 「부가가치세법」 제37조에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 같은 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고․납부하고 둘째, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급에 대하여 같은 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우에는 해당 매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액에서 제외한다고 규정하였고, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제8호는 수정세금계산서 발급 사유로서 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우를 규정하면서, 같은 법 제39조 제1항 제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우는 제외한다고 규정하였으며, 기획재정부 개정세법해설에 의하면, 위 규정은 2013.1.1. 「부가가치세법」 및 2013.2.15. 같은 법 시행령 개정 시, 세금계산서 관련 규제 완화로 납세자의 부담을 완화하고자 신설되었고, 동 개정 규정은 2013.2.15. 이후 발급하는 분부터 적용되었으며, 2014.1.1. 같은 법 및 2014.2.21. 같은 법 시행령 개정시, 면세거래에 대해 부가가치세 납부를 허용한 모순을 해소하고자 삭제하였고, 동 개정 규정은 2014.1.1. 이후 공급하거나 공급받는 분부터 적용된 것으로 확인된다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매입세액이 공제대상 매입세액에 해당하지 아니한다는 의견이나, 매출자인 OOO가 쟁점매입세액 상당액을 포함하여 「부가가치세법」 제37조에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 같은 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고․납부한 것으로 확인되고, 쟁점공사와 관련하여 같은 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 확인되는바, 쟁점매입세액은 「부가가치세법」(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제3호 단서 및 같은 법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제76조에 의하여 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 봄이 타당한 점, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제8호는 매입자가 같은 법 제39조 제1항 제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우에 수정세금계산서를 발급할 수 없도록 규정하고 있으므로, 2016.12.22. OOO가 발행한 수정세금계산서는 위법한 세금계산서에 해당하고, 이에 기인하여 한 OOO의 경정청구 역시 위법하다고 할 것인 점 등에 비추어 쟁점매입세액이 공제대상 매입세액에 해당하지 아니하는 것으로 보아 부가가치세(가산세)를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.