주 문

  OOO세무서장이 2013.6.10. 청구법인에게 한 2006년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(<별지> 참조)의 부과처분은, 청구법인이 OOO과 관련하여 「부가가치세법 시행령」(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 규정하고 있는 ‘비영리법인’의 사업으로서 그 고유의 사업목적을 위하여 ‘실비’로 공급하는 재화․용역에 해당하는지 여부 및 청구법인의 사업자등록 경위와 재정경제부 장관의 질의회신(재소비제세과-288, 2004.3.15.) 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. OOO는 1983년경부터「집단에너지사업법」에 따라 서울특별시 OOO 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산․공급하는 OOO 공급사업을 아래 <표1>과 같이 다른 기관에 위탁하여 시행하였고,

 2002.1.1.부터「지방자치법」제104조 제3항 및「서울특별시 집단에너지 공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례」(이하 “위탁조례”라 한다)에 따라 청구법인과「집단에너지 공급사업 업무 위･수탁 협약」(이하 “위탁협약서”라 한다)을 체결하여 청구법인에게 관련 업무를 위탁하였다.

나. 청구법인은 1989.1.18.「지방공기업법」제49조 및「서울특별시 OOO 설립 및 운영에 의한 조례」에 따라 토지 및 주택의 개발 및 공급, 임대 및 관리, 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무의 수행 등을 목적으로 서울시가 100% 출자하여 설립한 지방공사로서,

서울특별시 OOO(본사와는 별도의 직원 187명, 이하 “사업단”이라 한다)을 설치하여 2002.1.1.부터 서울시로부터 위탁받은 OOO 공급사업에 대한 수탁관리업무를 수행하면서 서울시로부터 아래 <표2>의 합계 금액 상당의 사업비 등(이하 “사업비”라 한다)을 수취하였고, 사업단은 상기 위탁사업을 면세로 보아 부가가치세를 무신고하고 이 중 위탁수수료인 사업단의 인건비 및 경비의 3% 상당액 부분만을 청구법인의 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다.

다. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시하여 청구법인이 서울시로부터 OOO 공급사업 대행용역을 포괄적으로 위탁받으면서 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 공급가액 OOO원 상당액(<표2>의 위탁수수료를 제외한 금액)을 부가가치세 신고시 누락하였다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

라. 처분청은 이에 따라 2006년 제1기부터 2007년 제2기까지는 미등록가산세OOO를, 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지는 무신고가산세OOO를, 2008년 제1기부터 2012년 제2기까지는 세금계산서 미교부가산세OOO를 각각 적용하여 2013.6.10. 청구법인에게 <별지>와 같이 2006년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 (2006년 제1기분은 2013.8.29. 이의신청을 거쳐) 2013.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) OOO 공급사업과 관련하여 산업통상자원부장관으로부터 사업허가를 받아 해당 사업 운영과정에서 취득․생산한 일체의 자산 귀속, 열 요금 등의 주요 결정권과 부과․징수권한, 열 공급계약 체결권한 등은 청구법인이 아닌 서울시에게 있는 점, 청구법인은 사업비를 총액으로 지급받거나 청구법인의 수입금액으로 신고한 사실이 없고 위 사업을 위탁받아 수행하는 과정에서 개개의 지출사유가 발생할 때마다 증빙자료를 첨부하여 OOO에게 청구하여야 하고 매 분기별 사업비를 정산하여 남은 잔액을 반환하고 있는 점, 사업단의 경우 단장만 청구법인이 임명할 뿐 나머지 직원들의 실질적인 인사관리나 인력운영은 모두 OOO의 지휘․감독에 따라 이루어지는 점 등에 비추어 청구법인은 OOO 공급사업의 운영에 관한 사무의 대행을 위탁받아 수행한 것이지 이를 넘어 해당 사업을 청구법인의 계산하에 독립적으로 영위한 것이 아니므로 사업비를 용역공급의 대가에 해당하는 것으로 보아 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분은 부당하다.

 (2) 설령, 사업비 중 일부가 용역공급과 대가관계에 있다 하더라도 사업비 중 재료비와 건설비의 경우 OOO 공급사업을 영위하는 과정에서 필요한 원재료를 취득하거나 시설 등의 취득․보수 등의 비용으로 지출된 것에 불과한 점, 청구법인이 아닌 서울시의 예산으로 지출된 점, 해당 비용에 대하여 청구법인의 명의로 세금계산서가 교부되었으나 부가가치세 과세대상 여부는 경제적․실질적인 관점에서 판단하여야 하고 청구법인이 부당하게 관련 매입세액을 공제․환급받은 사실도 없는 점 등에 비추어 사업비 중 재료비와 인건비는 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.

 (3) 청구법인은 사업단과 관련하여 2002.1.1. 면세사업자로 하여 사업자등록을 하였다가 2002.4.18. 과세사업자로 사업자등록을 하고 2002년 제1기부터 2002년 제2기 부가가치세 과세기간까지 부가가치세를 신고․납부한 후 2003.1.14. 처분청에게 기납부한 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 처분청은 2003.1.24. 경정청구를 거부하였다가 2003.6.9. 청구법인의 주장을 받아들여 청구법인을 면세사업자로 인정하면서 직권으로 위 부가가치세 상당액을 환급하는 결정 등을 하였는바,

 이와 같이 처분청이 이 건 OOO 수탁사업을 면세사업으로 판단하여 직권으로 종전의 경정청구 거부처분을 취소하고 청구법인이 납부한 부가가치세를 환급결정한 것은 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하고, 청구법인이 처분청의 공적인 견해표명이 정당한 것으로 신뢰한 데에 어떤 귀책사유가 있다고 할 수 없으므로 처분청 청구법인의 수탁업무가 부가가치세 면세대상이라는 기존의 공적인 견해표명을 무시하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙 등에 반하는 위법한 처분이다.

 (4) 처분청이 청구법인의 OOO 수탁사업이 부가가치세 면세대상에 해당한다고 보아 직권으로 종전의 경정거부처분을 취소하고 청구법인이 납부한 부가가치세를 환급한 것은 「부가가치세법 시행령」 제11조 제1항 제4호에서 정한 ‘사업의 종류에 변동이 있는 때’에 해당하여 청구법인은 같은 법 제5조 제4항에 따른 사업자등록 정정신고를 하였는바 이는 처분청의 환급결정에 따른 사후조치로서 동 결정을 반영하기 위한 신고에 불과하여 종래 적법한 사업자등록신청이 아예 없었던 경우와 동일하다고 볼 수 없는 점, 대법원 판례(2003.11.27.선고 2002두318 판결 등)에 의하면 과세관청의 잘못으로 사업자등록이 늦게 이루어지거나 면세사업자로 등록된 경우 그 책임을 납세자에게로 돌려 등록 전 매입세액 불공제라는 불이익을 부과할 수 없다고 판시하고 있는데, 청구법인의 OOO 사업단이 면세사업자로 정정된 것은 관할 처분청의 당초 결정에 원인이 있음에도 모든 책임을 청구법인에게로 돌려 관련 매입세액 전부를 등록 전 매입세액으로 보아 불공제하는 것은 부당한 점, 처분청이 제시하고 있는 구 재정경제부장관의 회신(소비세제과-288, 2004.3.5.)은 OOO 택지개발사업을 대행하던 청구법인의 다른 사업장에서 제기한 것으로 그 사업 구조나 법률관계가 사업단과 상이할 뿐만 아니라 처분청은 위 재정경제부장관의 회신 이후에도 OOO 사업단의 부가가치세 신고에 대하여 어떠한 조치를 취하지 아니하였으므로 단지 위 회신이 있었다는 사유만으로 모든 귀책을 청구법인에게 있는 것으로 보아 등록 전 매입세액 불공제라는 제재를 가하는 것은 형평의 관념이나 조세정의에도 반하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 OOO 수탁사업과 관련한 매입세액을 등록 전 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.

 (5) 청구법인은 OOO 수탁사업에 대해 부가가치세가 면제된다는 처분청의 당초 결정에 따라 사업비 등에 대해 부가가치세 납세의무가 없는 것으로 계속 신뢰한 것에 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인과 유사한 지위에 있는 OOO와 관련하여 법원 하급심에서 OOO를 공익을 목적으로 하는 단체로 보아 실비로 제공하는 용역에 대해 부가가치세가 면제된다고 판시하였고(부산고등법원 2002.4.12. 선고 2002누42 판결) 세무행정을 관할하고 있는 과세관청 또한 위 판결이 청구법인에게 동일하게 적용된다고 보아 직권으로 부가가치세 환급결정을 할 정도로 청구법인의 부가가치세 납세의무의 존부에 대한 해석이 분명하지 않았던 점 등을 볼 때 청구법인이 이 건 수탁업무에 대해 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 부가가치세를 납부하지 아니하였다 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 서울시는 청구법인(사업단)에게 OOO 공급사업의 실질적인 운영 전반을 도급하여 청구법인이 OOO 공급대행용역을 제공하였으므로 청구주장과 같이 ‘사업비의 지출 대행’에 불과하다고 보기 어려워 청구법인의 OOO 공급대행 용역은 OOO 사업 전반에 관한 도급에 해당하는 점, 청구법인은 OOO 공급사업에 대하여 민․형사를 포함한 사업운영 전반에 관한 책임을 부담하고 있는 점, 위탁사무 실행에 대한 대가로서 사업비 및 이윤의 구별의 필요성에 대하여 보면 서울시는 사업비 보장을 통해 사업단에게 기본적인 이윤을 보장하되 위 이윤을 합리적으로 제한하여 민간사업자인 사업단이 공적 영역의 사업을 통해 지나치게 이윤을 추구하는 것을 방지하고 있는 것에 불과하여 그 전부가 용역공급의 대가에 해당하는 반면, 이익 및 재산 귀속의 문제에 대하여 보면 서울시는 OOO공급사업 용역을 청구법인에게 도급한 자로서 그 용역수행의 결과물로 인한 경제적 이익을 누리는 것에 불과한 점, 이 건 용역의 공급과 대가관계가 있는 금전의 범위는 이 건 용역이 도급으로서 그 과정에서 지급받은 금전 전액[사업비와 이윤(대행수수료 및 성과급)〕이 용역공급과 경제적ㆍ실질적 대가관계에 있는 대가에 해당하므로 위․수탁관리계약에 따른 위탁수수료를 포함한 사업비 전체가 부가가치세 과세표준으로 보는 것이 타당한 점, 이 건 용역 대가인 사업비, 위탁수수료, 성과급 중 사업비의 경우 열생산 재료비, 인건비, 경비, 건설비로 구성되고 위 사업비의 총액은 해당 사업연도의 예산안에 의하여 잠정적으로 결정되었다가 위탁사무 실행 후에 확정되므로 각 지출항목 발생시마다 증빙을 첨부하여 자금의 지급을 요청하고 항목별로 개별적으로 지급받게 되는 사업비 정산은 이와 같은 사업비의 사후확정으로 인한 부득이한 절차에 불과할 뿐 결국 용역대가는 총액으로 결정된 것으로 볼 수 있는 반면, 청구법인이 OOO의 단장을 포함한 전체 직원의 실질적인 인사관리나 인력운영을 담당한 점 등에 비추어 OOO가 수탁사무 수행과 관련하여 지급한 대금 중 이윤부분(위탁수수료와 성과급) 뿐만 아니라 사업비(열생산재료비, 인건비, 경비, 건설비)도 OOO 공급대행 용역의 대가로 지급된 것으로 보이므로 사업비를 부가가치세 과세표준 등에 포함하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 사업비 중 재료비의 경우 위․수탁업무(열․전기 에너지 공급)를 수행하기 위한 사업비의 일부로서 단순히 OOO의 지출대행으로 볼 수 없고 사업단이 서울시로부터 OOO 공급사업에 대한 관리업무를 포괄적으로 위탁받아 수행하면서 지급받은 것으로 사업단의 관리운영사업에 대한 대가에 포함되어야 할 뿐만 아니라 재료비 절감을 위한 노력, 재료구입 및 단가결정도 사업단이 하였으므로 청구주장과 같이 지출대행 또는 임가공 사업과 동일하다고 보기 어려운 점, 건설비의 경우 사업단이 건설사와 계약을 통해 공사를 추진하고 사업단 명의로 세금계산서를 수취하는 등 청구법인의 책임과 계산으로 집행된 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 재료비와 건설비를 부가가치세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다.

 (3) 청구법인이 제시하고 있는 부산고등법원 판례(부산고등법원 2002.4.12. 선고 2002누42 판결)는 개정 전 구「부가가치세법 시행령」제37조 제1호 소정의 ‘공익을 목적으로 하는 단체’의 범위가 명확하지 아니하던 시기의 과세기간(1996년 제1기 내지 1997년 제2기)의 부가가치세가 문제된 것으로서 해당 판례의 원고인 부산도시개발공사가 과세대상용역의 대가로 실비만 지급받았던 사안인 반면, 이 건의 경우 개정 후 구「부가가치세법 시행령」제37조 제1호 ‘공익을 목적으로 하는 단체’의 범위가 명확하게 된 시기의 과세기간(2002년 제1기 및 제2기)의 부가가치세가 문제된 사안으로서 청구인이 과세대상용역의 대가로 사업비 외에 이윤에 해당하는 위탁수수료, 성과급까지 지급받은 사안이어서 양 사안의 사실관계 등이 상이한 점, 청구법인은 2004년 3월경 직접 감사원에 신청한 고충민원을 통한 재정경제부장관에 질의한 결과 청구법인이 공익단체에 해당되지 아니한다는 내용의 회신(소비세제과-288, 2004.3.15.)을 받은 사실이 있음에도 당초 환급분을 다시 납부하지 않고 과세사업자로 정정신고하지 않은 과실이 있는 점, 청구법인이 면세라고 최초 오인한 것은 청구법인의 주주 겸 상급단체인 서울시의 내부 의견을 그대로 수용한 것에 기인한 것으로 보이는 점, 면세사업자 등록 교부행위가 공적 견해표명으로 볼 수 없다고 판시하고 있는 대법원 판례(2000.2.11. 선고 98두2119 판결, 2002.9.4. 선고 2001두9370 판결) 등에 비추어 이 건 과세처분이 신의성실원칙 등에 위배된다는 청구주장은 이유 없다.

 (4) 청구법인의 경우 2003.6.12. 이후「부가가치세법」에 의한 과세사업자등록을 한 것이 아닌 면세사업자(고유번호증)로 되어있어 이 건 용역 관련 매입세액은 사업단이 면세사업자로 등록된 상태에서 발생한 것으로 과세사업자로 등록되기 전의 것이므로 이는「부가가치세법」제17조 제2항 제7호에 의한 “등록 전 매입세액”에 해당하는 점, 청구법인은 처분청의 면세사업자로의 변경결정을 믿고 면세사업자로 정정신고 하였다 하더라도 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인 스스로 감사원에 신청한 고충민원을 통하여 청구법인이 공익단체에 해당되지 아니한다는 재정경제부장관의 회신을 받았으므로 충분히 사업자등록정정을 할 수 있었던 점 등에 비추어 청구법인의 OOO 수탁사업과 관련한 매입세액을 등록 전 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

 (5) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고납부의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지 등은 위의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바, 청구법인의 주장과 같이 경정청구 당시 청구법인의 부가가치세 납세의무 존부에 대한 해석이 분명하지 않았더라도 청구법인 스스로 감사원의 고충민원을 통하여 청구법인이 공익단체에 해당되지 않는다는 재정경제부장관의 회신을 받은 사실이 있음에도 이를 방치한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로 이 건 부가가치세를 과세하면서 가산세를 적용한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 청구법인의 경우 사업단과 관련하여 「부가가치세법」제12조 제1항 제16호, 같은 법 시행령 제37조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 규정하고 있는 부가가치세가 면제되는 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역에 해당하는지 여부

  ② 사업비 전체를 위수탁용역의 대가로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분의 당부

  ③ 사업비 중 재료비 및 건설비를 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

  ④ 처분청의 직권에 의한 환급결정이 공적견해의 표명이므로 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

  ⑤ 사업관련 매입세액의 등록 전 매입세액 해당 여부

  ⑥ 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 (1) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

 (2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제2조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)

제5조(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)【등록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것은 제외한다.

제22조【가산세】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제5조 제1항에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

 (3) 부가가치세법 시행령 제11조(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것)【등록정정】① 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록정정신고서에 사업자등록증 및 임차한 상가건물의 해당 부분의 도면(괄호 생략)을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

4. 사업의 종류에 변동이 있는 때

제37조(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것)【종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화등의 범위】법 제12조 제1항 제16호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

(4) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 대통령령 제355호로 전부 개정되기 전의 것) 제11조의5【종교·자선·학술·구호단체 등의 범위】① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다.

  (가) 청구법인은 1989.1.18.「지방공기업법」제49조 및「서울특별시 OOO 설립 및 운영에 의한 조례」에 따라 토지 및 주택의 개발 및 공급, 임대 및 관리, 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무의 수행 등을 목적으로 서울시가 100% 출자하여 설립되었다.

  (나) 청구법인의 OOO 공급사업의 연혁은 아래와 같다.

   1) OOO 공급사업이란, 다수의 사용자를 대상으로 열 또는 열･전기를 생산하여 공급하는 사업으로서「집단에너지사업법」제2조에 규정된 사업을 의미하고, 같은 법 제9조 등에 의하면 이러한 OOO 공급사업은 산업통상자원부장관의 허가를 받은 자만이 영위할 수 있는바, 서울시는 1983년경부터 위 사업의 허가를 받아 목동 및 노원, 신정지구 등에서 OOO공급사업을 영위하였다.

   2) 서울시는「지방자치법」제104조 제3항 및「서울특별시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례」(이하 “위탁조례”라고 함)에 의하여 OOO공급사업의 운영을 민간에 위탁하여 시행하였는데, 청구법인은 2002.1.1.경부터 서울시와 위탁협약서를 체결하고 지점인 사업단을 설치한 후 사업단에서 OOO 공급사업에 대한 수탁관리 업무를 수행하였다.

  (다) 협약서, OOO공급사업 업무처리지침(이하 “업무처리지침”이라 한다), 위탁조례, OOO 공급사업 특별회계설치조례(이하 “특별회계설치조례”라 한다), OOO설치 및 관리규정(이하 “설치 및 관리규정”이라 한다)의 주요내용은 아래와 같다.

  (라) 청구법인은 2002.1.1. 서울시와 이 건 위･수탁협약을 체결하고 수탁업무를 시작하면서 당초 사업단이 위치한 서울 OOO를 사업장으로 하여 청구법인의 지점(면세사업자)으로 사업자등록을 하였다.

  (마) 청구법인은 2002.4.18. 위 수탁사업을 부가가치세 과세사업으로 판단하여 과세사업자로 변경한 후, 2002년 제1기 예정부터 2002년 제2기 예정까지 청구법인이 수령한 사업비 중 인건비와 경비를 과세대상으로 하여 관할 처분청에 부가가치세를 신고･납부하였다.

  (바) 청구법인은 OOO의 지도점검 결과 해당 위․수탁관리사업에 대한 위수탁관리용역이 공익을 목적으로 하는 단체의 실비공급에 따른 면세에 해당한다는 지적에 따라 2003.1.14. 처분청에 기존에 신고․납부한 부가가치세 OOO원에 대한 경정청구를 하였으나, 처분청은 2003.1.24. 위 경정청구를 거부하였고 2003.5.9. 청구법인의 이의신청에 대하여 기각결정을 하였다.

  (사) 청구법인은 2003.5.21. 위 경정청구 거부처분에 대하여 우리 원에 심판청구를 제기하여 그 심리가 계속되던 중, 처분청에게 OOO에 대한 부산고등법원 판례(부산고등법원 2002.6.14.선고 2002누42판결) 등을 제시하면서 직권시정 요청을 하였다.

(아) 처분청은 2003.6.9. 청구법인의 위 직권시정 요청을 받아들여 부가가치세 OOO원에 대한 환급결정을 하였고, 청구법인은 2003.6.5. 우리 원에 제기하였던 심판청구를 취하한 후 2003.6.12. 면세사업자로 사업자등록을 정정하였다.

  (자) 한편, 청구법인은 2003.3.31. 택지개발 대행사업에 대해서 부가가치세 면제대상에 해당한다는 사유를 들어 기납부한 부가가치세의 환급을 구하는 감사원 고충민원을 제기하였는데, 감사원장은 국세청장에게 위 고충민원을 이송하였고 국세청장은 2003.5.7. 재정경제부장관에게 질의하였는바, 재정경제부장관은 2004.3.15. 아래와 같이 회신(소비세제과-288)하였다.

<표8> 재정경부장관 회신의 주요 내용

․ 질의 : 「지방공기업법」제49조 제1항 및 「지방공사 설치조례」에 의하여 설립된 지방공사가 동법 제71조 제1항의 규정에 의하여 지방자치단체의 사업을 위탁받아 수행하면서 사업수행시 얻은 수입금은 전액 지방자치단체에게 귀속시키고 예산 전도자금으로 일정금액을 지급받아 운영경비로 충당하고 남은 금액을 반환하는 경우 「부가가치세법」제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 규정에 의해 부가가치세가 면제되는지 여부?

․ 회신 : 청구법인은 「부가가치세법」제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호에서 규정하는 “주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체”에 해당하지 아니함.

 (2) 사업단 사업비의 편성과 집행에 관한 청구법인의 주장 및 처분청 의견의 각 주요내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인 주장

   1) 위탁조례 제7조 제2항 및 업무 위･수탁협약 제8조에 따라 사업단은 매년 다음 사업연도의 예산을 편성해 서울시의 승인을 받고 있고, 사업단의 예산을 세부항목별로 살펴보면, 지역난방운영과 관련한 항목으로 열생산재료비, 인건비, 경비 등 항목과, 지역난방 건설과 관련한 항목으로 각종 공사나 시설 설치와 관련한 비용(건설비)으로 구성되어 있다.

   2) 이 건 수탁사업과 관련한 예산 및 비용 등의 회계는 청구법인의 회계와 구분되는 ‘서울특별시집단에너지공급사업특별회계’로 운영되고 있는바, 사업단은 이 건 수탁사업과 관련한 예산, 비용 등 회계를 청구법인의 회계로 처리하는 것이 아니라, 서울시 특별회계 설치 조례에 따라 서울시에서 관리․운영하도록 되어 있는 서울특별시 OOO공급사업특별회계에서 OOO공급사업과 관련하여 비용을 지출할 일이 발생하는 경우 사업단이 서울시에 비용을 청구하면 서울시가 위 특별회계에서 사업단 명의의 계좌로 자금을 이체해 지출을 대행하고 있을 뿐이므로 OOO공급사업과 관련하여 발생하는 수입이나 비용은 모두 위 특별회계에 직접 반영될 뿐 청구법인의 회계상 수입이나 비용에 아무런 영향을 미치지 않고 있다.

   3) 사업비(열생산재료비, 인건비, 경비, 건설비)는 예산에 반영되었다고 해서 매달 자동적 또는 확정적으로 사업단에 지급되는 것이 아니라, OOO 공급사업의 운영과정에서 실제 비용을 지출할 일이 발생하면, 사업단이 해당 고지서 등 증빙자료를 첨부해 서울시에 필요자금을 청구하고 그에 따라 서울시가 내역을 검토 후 OOO 명의의 계좌로 자금을 입금하면 OOO가 각 해당 공급자에게 대금을 지급하는 구조로 집행되고 있어 청구법인이나 사업단은 위 사업비와 관련해서 어떠한 이윤도 취한 사실이 없고, 이윤을 취할 수도 없는 구조이다.

  (나) 처분청 의견

   1) 사업비(열생산재료비, 인건비, 경비, 건설비) 총액은 해당 사업연도의 예산안(전년도말경 마련됨)에 의하여 잠정적으로 책정된 다음 위 사업비를 구성하는 각 비용이 관련 업무의 실행 후에 확정되면 그 사업비 총액이 사후적으로 확정되는데, 잠정적으로 책정된 총 사업비는 매월 분할하여 실제로 위탁사무를 실행 완료함에 소요된 사업비가 지급되는 것이다(업무처리지침 제10조 참조).

   2) 청구법인의 위탁사무에 대한 대가는 사업비와 이윤으로 구성되는데, 청구법인이 사업비를 보장받게 되어 원활하게 OOO 공급사업을 운영할 수 있고, 이와 같이 위탁사무 대가를 사업비와 이윤 부분으로 각 구분하여 보장하는 것은 사업단이 무리한 비용감축을 통해 이윤을 추구함으로써 OOO 공급사업을 해할 수 있음을 방지하고, 반대로 사정변경에 의해 사업비(열재료비, 인건비, 경비, 건설비)가 급증하는 경우 이 사건 위탁사무 실행으로 인하여 적자를 보는 것을 방지하기 위함이므로 청구법인이나 사업단이 위 사업비와 관련해서 어떠한 이윤도 취한 바가 없고, 이윤을 취할 수도 없는 구조라는 것은 사실과 다르다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 청구법인의 경우 사업단과 관련하여 부가가치세가 면제되는 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역에 해당하는지 여부(쟁점①)에 대하여 살펴본다.

  (가) 「부가가치세법」제12조 제1항 제16호에서 ‘종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있는 한편, 같은 법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역’을 위 같은 법 제12조 제1항 제16호의 부가가치세 면제대상인 용역으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 ‘재정경제부령이 정하는 사업’이라 함은 ‘비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업’을 말하는 것으로 규정하고 있다.

  (나) 청구법인이 「부가가치세법 시행령」제37조 제1호에서 규정하고 있는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체’인지 여부에 관하여 보면, 위 규정에서 말하고 있는 ‘주무관청의 허가 또는 인가’ 등은 용어에 의한 형식적 기준이 아니라, 실질적으로 주무관청이 해당 단체를 인정하였는지 여부 및 그 지도·감독을 받는 관계에 있는지가 면제여부를 가리는 기준이 되는 것으로 해석되는바, 심리자료에 의하면 청구법인의 경우 「지방공기업법」제49조 및「서울특별시 OOO 설립 및 운영에 의한 조례」에 의하여 설립되었고 청구법인과 서울시가 체결한 위탁협약서 등에 의하여 사업단이 설치된 사실이 확인되므로 청구법인은 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체’에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2013서3320, 2013.12.31., 같은 뜻임),

 「부가가치세법 시행규칙」제11조의5 제1항에서 재정경제부령이 정하는 사업으로 규정하고 있는 ‘비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업’에 해당하는지 여부에 관하여 보면, 청구법인이 수행하고 있는 OOO 수탁사업은 OOO에 거주하는 시민들의 에너지 수급권 보장 등을 통한 사회일반의 복리증진에 그 목적이 있는 것으로 보이고, 달리 청구법인이 OOO 공급사업을 위탁받아 불특정 다수에게 에너지 등을 공급하는 공익적 사업을 수행함에 있어 수익 창출 등 영리적 목적으로 해당 사업을 영위하였다고 단정할 만한 정황이 없어 보이며, 처분청도 당초 청구법인(사업단)을 면세사업자로 직권등록한 사실이 있고, 청구법인과 유사한 사업을 영위한 OOO의 경우 이를 비영리법인에 해당한다고 본 판례가 있는 점(부산고등법원 2002.6.14. 선고 2002누42 판결, 인천지방법원 2009.4.16. 선고 2008구합2297 판결 참고) 등을 종합하면 청구법인을 비영리법인으로 볼 여지가 있고 또한 청구법인의 OOO 수탁사업은 공익사업에 해당하는 것으로 보는 것이 상당한 점,

 「부가가치세법 시행령」(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 규정하고 있는 ‘비영리법인’이 그 고유의 사업목적을 위하여 ‘실비’로 공급하는 재화․용역에 해당하는지 여부에 관하여 살펴보면, 청구법인은 OOO 공급사업과 관련하여 지출사유가 발생할 때마다 증빙자료를 첨부하여 서울시에 청구하여야 하고 서울시가 위 특별회계에서 지출을 대행하고 있어 청구법인의 회계상 수입이나 비용과 무관할 뿐만 아니라 매 분기별 사업비를 정산하여 남은 금액은 OOO에 반납하여야 한다고 주장하고 있고 이와 부합되는 증빙이 제시되는 등 OOO 수탁사업과 관련된 대가를 실비로 볼 여지가 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 부가가치세 과세처분은 위와 같이 청구법인의 비영리법인 해당여부 및 그 대가의 실비 해당여부 등을 처분청이 추가로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (4) 또한, 추가적으로 쟁점⑤의 등록 전 매입세액 해당 여부 및 쟁점⑥의 가산세 면제 주장에 대하여 살펴보면,

 「부가가치세법」상 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료의 확보 등에 입법취지가 있어 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것(대법원 2000.2.11. 선고 98누2119판결, 같은 뜻임)이고, 등록 전 매입세액 불공제 제도는 처음 사업을 시작하는 사업자를 염두에 두고 만든 제도로 보이는 점, 청구법인은 당초 수탁사업을 면세사업으로 보아 면세사업자등록을 하였다가 2002.4.18. 과세사업으로 보고 과세사업자로 사업자등록을 정정신고 후 부가가치세를 신고․납부하였는데 처분청이 청구법인에게 기납부한 부가가치세를 직권 환급처리한 사실에 따라 면세사업자로 등록한 것으로 보이는 점, 청구법인은 오랫동안 면세사업자로서 관련 세금계산서를 수취하여 비록 부가가치세 신고․납부는 하지 않았지만 세금계산서합계표를 제출하였을 것인바, 처분청은 면세분 매출에 대하여 과세매출로 보아 과세하면서 이에 대응되는 매입세액 불공제 처분은 위와 같은 사실로 보아 청구법인에게 과도한 제재로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 부가가치세 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 과세기간 중 수탁사업과 관련한 등록 전 매입세액은 공제되는 매입세액으로 볼 여지가 있는 점,

  과세관청이 관계규정의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하였던 경우 등은 납세의무자에게 정당한 사유가 있어 가산세부과를 할 수 없다고 보이는 점(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 2003.6.12. 면세사업자로 정정․등록한 것은 처분청의 부가가치세 직권 환급결정이 있은 후 이를 신뢰하여 그에 따른 적법한 사후처리를 위해 정정신고를 한 것이므로 사업자등록의무를 태만히 하였다고 볼 수 없고, 재정경제부장관의 유권해석이 있었음에도 처분청은 청구법인에 대하여 적정한 행정지도나 과세사업자로의 직권등록조치가 없었던 점 등에서 가산세 부과와 관련하여 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 볼 여지가 있는 점 등에 비추어 위 (3)의 재조사결과 이 건 OOO 수탁사업이 부가가치세 면제대상에 해당되지 아니할 경우에도 추가적으로 등록 전 매입세액 해당여부 및 가산세 부과의 정당성에 관하여는 청구법인의 사업자등록 경위와 재정경제부장관의 관련 질의회신 경위 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 매입세액 공제 등 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (5) 앞에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 사업단과 관련하여 부가가치세 면제요건인 비영리법인에 해당하는지 여부 등에 재조사 결정을 한 이상 부가가치세 과세사업장에 해당하는 것을 전제로 한 나머지 쟁점은 심리의 실익이 없어 이에 대한 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.