[주 문]

  OOO세무서장 등이 <별지1> 기재와 같이 청구인들에게 한 2011년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 부과처분은 청구인들이 당초 신고한 소득금액이 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인들은 OOO 개발과정에서 OOO 35,688.2㎡[인천광역시 OOO, 청구인들별로 165.3～166.8㎡ 상당의 지분(이하 “표준지분”이라 한다)을 소유하고 있으며, 이하 “쟁점토지”라 한다]의 지분을 소유하고 있던 자들로서 쟁점토지상에 주상복합아파트 시행사업을 위해 쟁점토지 각 지번별로 아래 <표1>과 같이 공동건축조합(이하 “조합”이라 한다)을 설립하여 사업자등록을 하는 한편, 동 조합에 쟁점토지를 현물출자하였으나, 이에 대한 양도소득세를 신고납부하지 아니하자 처분청들(OOO세무서장 외 18)은 조합의 쟁점토지 표준지분당 취득가액 OOO원(매매사례가액)을 청구인들의 쟁점토지 표준지분 현물출자에 따른 양도가액으로 하여 2015년 4월부터 5월까지 기간 동안 청구인들에게 양도소득세를 결정․고지(이하 “당초 부과처분”이라 한다)하였다.

나. 청구인들은 이에 불복하여 2015년 6월 심판청구를 제기하였고, 우리 원에서 2015.11.25. 쟁점토지 현물출자에 따른 양도가액 산정에 대해 재조사 결정(조심 2015중3368 외)을 함에 따라 OOO세무서장은 쟁점토지 표준지분 현물출자 양도가액을 재조사한 결과 2개 감정기관의 감정평가액 평균액인 OOO원을 적용하는 것으로 하여 당초 청구인들에게 결정․고지하였던 양도소득세를 직권으로 감액경정하는 한편, 2016.8.23.～2016.8.29. 기간 동안 현장확인을 실시하여 청구인들의 쟁점토지 표준지분 현물출자 양도가액 감소액만큼 조합의 쟁점토지 현물출자 취득가액이 감소됨에 따라 조합의 2011년 귀속 사업소득금액 계산상 필요경비 OOO원을 감액(같은 금액만큼 사업소득금액 증가)한 과세자료를 처분청들에 통보하였다.

다. 처분청들은 조합의 사업소득금액 증가분에 청구인들의 조합에 대한 공동사업 지분율을 곱한 금액 상당액을 사업소득금액에 가산하여 청구인들에게 <별지1>과 같이 2011년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 <별지1>과 같이 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

  (1) 조합이 주식회사 OOO”이라 한다)과 체결한 지주공동사업 약정서(이하 “쟁점약정”이라 한다) 제3조 제1호 아목에서 “갑1”(토지소유자)은 본건 사업에서 발생하는 수입에서 각종 사업비를 지급한 후 잔여자금은 “갑2”(OOO)의 시행용역비로 한다고 되어 있는 등 조합의 조합원들인 청구인들은 주상복합아파트 1채만을 확정적으로 공급받고, 일반분양 수입금에서 각종 경비, 공사비 등 필요경비를 제외한 나머지 금액은 전부 OOO에 귀속되는 구조로서 쟁점토지 현물출자가액 감소로 조합이 당초 신고한 소득보다 더 많은 소득이 존재한다면 쟁점약정에 따라 그 소득 증가분은 실질 지급여부와 관계 없이 OOO의 법인세를 경정하여야 함에도 처분청이 청구인들에게 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

  (가) 쟁점약정상 현금지출이 수반되는 필요경비 증감의 경우 같은 금액만큼 조합이 OOO에 지급할 용역비에 반대의 효과가 나타나 조합의 소득금액에 영향이 없고, 현금지출이 수반되지 않는 쟁점토지 취득원가가 감소되는 경우 OOO이 지급받은 용역비에 영향이 없으며, 조합의 필요경비로 조정되어 실질과세원칙상 조합의 소득에는 영향이 없다.

   (나) 쟁점토지 현물출자가액이 감소된 이 사안의 본질은 조합의 소득증가가 아니라 OOO의 매출누락 사건이다.

    1) 2007.4.18. OOO 간에 체결된 ‘토지신탁 사업약정서’에 의하면 분양수입금은 OOO 공동명의 통장으로 입금되고, 지출 또한 OOO의 동의가 있어야 하며, 지출의 제1순위는 제세공과금, 대출원리금 등으로 지급되는 등 청구인들이나 조합에 귀속되지 아니하는 구조로서 조합의 쟁점토지 표준지분 취득원가가 OOO원으로 감소되었다 하더라도 그 차액에 상당하는 현금은 아래 <그림>과 같이 지급방법을 정한 필수 사업비와 OOO의 용역대금으로 귀속되었고, 결론적으로 OOO은 한 조합원당 표준지분 평가차액 OOO원 상당액을 분양계좌에서 인출받았음에도 이에 대한 세금계산서를 조합에 발행하지 않은 채 토지원가 상승으로 상쇄시킨 것이다.

    2) 위 1)과 같은 결과의 근거로 OOO은 조합에 OOO원 상당의 세금계산서를 발행한 것으로 나타나지만, 청구인들이 제시하여 제출한 OOO 공동명의 통장 입출금 거래내역에 의하면 OOO원을 지급받은 사실이 나타나는 등 OOO은 실제 지급받은 금액에 대해 전액 세금계산서를 발행하지 않은 채 분식회계를 통해 쟁점토지 취득가액을 상승시켜 이를 상쇄한 것으로 쟁점토지 현물출자가액 증가에 따라 청구인들에게 귀속된 소득은 없다.

   (다) 결과적으로 처분청 의견대로 청구인들이 조합을 결성하여 소득이 발생하기 위해서는 투자로 얻은 수입에서 투자비를 차감한 가액이 청구인들에게 귀속되었어야 할 것이나, 청구인들은 쟁점토지 현물출자가액OOO이 낮아 오히려 손실이 발생하였다.

  (2) 과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고, 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되며, 이미 행해진 증액경정처분을 취소하여도 그 이전에 납세자가 했던 신고확정의 효력이 되살아나는 것이 아니라 위 신고된 금액의 한도로 감액경정처분을 한 것이 되어 결과적으로 위 신고된 금액만큼의 부과처분이 존재한다고 보고, 그에 따라 당사자는 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법 여부를 다툴 수 있다 할 것(대법원 2013.10.31. 선고 20104599 판결, 같은 뜻임)인바, 이 건 조합이 2011년 귀속분 과세표준 등을 신고함에 있어 ｢소득세법｣ 제39조 및 같은 법 시행령 제48조에서 예약매출의 경우 공사진행률법을 적용하도록 규정되어 있으나, 이를 제대로 적용하지 않은 점, 쟁점약정에 따라 조합이 OOO에 지급하여야 할 용역비(필요경비) 산정이 불명확하므로 분양수입금 관리 계좌의 입출금 내역 등을 확인하여 이를 재산정하여야 한다.

 나. 처분청 의견

  (1) 청구인들의 쟁점토지 현물출자 양도가액 감소분만큼 조합의 쟁점토지 현물출자 취득가액이 감소되었는바, 동 감소액 중 일반분양분 토지원가 상당액만큼 조합의 필요경비가 감소됨에 따라 증가된 소득에 대해 청구인들에게 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

   (가) 쟁점토지 소유자들 간에 체결된 동업계약서, 조합규약 등에 따라 공동사업자로서 책임과 권리를 약정하고, 각각의 지분율과 손익분배 방법 등을 정하여 조합을 결성하였으며, 쟁점토지를 조합에 현물출자한 후 일반분양 및 상가분양 등으로 발생한 사업소득을 청구인들 본인의 사업소득으로 보아 종합소득세를 신고납부해 온 점, 청구인들이 OOO과 체결한 쟁점약정에 쟁점토지상에 일반분양분 주상복합아파트 및 상가 등을 신축하여 분양하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다) 시행과 관련된 일체의 권한을 OOO에 위임하고, OOO이 쟁점사업을 위하여 하는 모든 행위는 청구인들에게 그 법적 효력이 있다고 되어 있는 점, 쟁점토지 소유자들인 청구인들을 위탁자로 하여 쟁점토지를 신탁하였고, OOO가 발행한 ‘신축허가신청서’에도 청구인들을 건축주로 하는 등 대외적인 사업주체는 청구인들로 보이는 점, 쟁점사업으로 청구인들은 조합원분 주택의 공사비 등을 무상으로 제공받는 한편, 일반분양분 토지를 제공하여 그 차액 상당액의 사업소득을 얻게 되는 점 등에 비추어 쟁점토지 현물출자가액 감소분 중 일반분양분에 해당하는 가액 상당액만큼 조합의 사업소득금액이 증가된 것으로 보아 청구인들에게 그 지분율에 상당하는 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

   (나) 청구인들이 쟁점사업 분양수입금 입금 계좌에서 OOO이 용역비로 인출하였다며 제시한 자료는 OOO의 초기사업비, 운영비 등의 명목으로 지출된 것으로 보여 OOO의 용역비에 해당한다고 보기 어렵다.

  (2) 필요경비는 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 납세의무자가 입증하는 것이 합리적이라 할 것이나, 청구인들은 쟁점토지 현물출자가액이 감소함으로 인하여 OOO에 지급하였다는 용역대가가 얼마인지에 대한 금액 확정 및 실제 지급 증빙과 정산내용, 계약조건 등에 대하여 구체적이고 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있는 점, 이 외 청구인들이 제시한 자료만으로는 당초 조합이 신고한 2011년 귀속 필요경비(용역비), 소득금액 산정에 실제 오류가 있는지 여부가 명확히 확인되지 않아 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 조합의 쟁점토지 현물출자가액 감소분 중 일반분양분 토지원가상당액만큼 소득금액이 증가된 것으로 보아 청구인들에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부

  ② 청구인들이 당초 2011년 종합소득금액을 과다신고 하였는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

 제39조【총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등】① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

⑥ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항에 따른 취득가액의 계산, 제3항 및 제4항에 따른 자산ㆍ부채의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제43조【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (2) 소득세법 시행령

 제48조【사업소득의 수입시기】사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

5. 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 호에서 "건설등"이라 한다)의 제공　용역의 제공을 완료한 날(목적물을 인도하는 경우에는 목적물을 인도한 날). 다만, 계약기간이 1년 이상인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 작업진행률(이하 "작업진행률"이라 한다)을 기준으로 하여야 하며, 계약기간이 1년미만인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있다.

 제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

제176조의2【추계결정 및 경정】③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

 (3) 소득세법 시행규칙

 제48조【시가의 계산】영 제89조 제1항 제3호에서 "기획재정부령이 정하는 시가"라 함은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

 (4) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)

 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다.

 (5) 민법(2007.5.17. 법률 제8435호로 개정되기 전의 것)

 제703조【조합의 의의】① 조합은 2인이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

 제704조【조합재산의 합유】조합원의 출자 기타 조합재산은 조합원의 합유로 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점토지의 공급경위는 다음과 같다.

   (가) OOO은 1990년 11월경 OOO를 건설하기 위하여 사업시행자로서 당시 건설부장관으로부터 공유수면매립면허의 승인을 받았다.

   (나) OOO 조성사업으로 인하여 수십년간 조개를 채취하며 생계를 유지하고 있는 영세어민들에 대한 전업대책을 마련하기 위하여 OOO 조성사업지구내의 토지를 공급하기로 하고, 1997년 4월경 OOO과 관행어업권을 가진 원어민들은 1인당 약 166㎡(50평)의 OOO를 공급하기로 하는 약정(1,265명)을 개별적으로 체결하였다.

   (다) OOO은 2004년 5월 사용승인이 되었고, 매립토지들은 2004년 7월 OOO의 명의로 소유권보존등기가 경료되었으며, OOO는 2004.12.10. 토지공급에 대한 당초 약정의 일부 변경 및 배정방법 등에 대하여 합의하였다.

   (라) OOO은 2004년 12월 OOO 공급공고를 하였고, 어민들의 희망토지 신청에 따라 2005년 3월 공급대상토지를 추첨배정한 후, 2005년 3월～7월 원어민들과 개별적으로 토지공급계약을 체결하였는바, 동 계약의 특약사항으로 공급토지에 대하여 대금 완납 후 최초 계약자(원어민) 명의로 소유권이전등기를 하되, 완납 전에도 최초 계약자의 신청에 의하여 1회에 한하여 계약자의 명의를 변경할 수 있도록 하였다.

  (마) OOO로부터 쟁점토지를 취득한 지주들은 <표1>과 같이 4개의 조합(21-59, 21-60, 21-64, 21-65 공동건축조합)을 설립하였고, 조합원은 원어민과 원어민 외의 자(전매취득자)로 구성되어 있는바, 최종 현물출자에 참여한 조합원은 224명으로 원어민이 52명(23.2%), 전매취득자가 172명(76.8%)이다.

  (2) 쟁점사업 일련의 사업추진과정은 다음과 같다.

   (가) 2006년 쟁점토지 공동소유자(청구인들)와 OOO 등 4개 시행대행사 간에 지주공동사업약정(이하 “1차 사업약정”이라 한다)을 개별적으로 체결하였다.

   (나) 1차 사업약정 이후 쟁점토지의 공동소유자는 개별적으로 OOO 등 신탁사와 부동산담보신탁계약(이하 “1차 신탁”이라 한다)을 체결하고, 토지신탁등기를 경료하였는바, 1차 신탁계약서에 “신탁부동산의 소유권 관리와 위탁자가 부담하는 채무와 책임의 이행을 보장하기 위하여 수탁자가 신탁부동산을 보전․관리하고 채무불이행시 환가․정산하는 데 그 목적이 있다”고 기재되어 있다.

   (다) 2006년 쟁점토지 소유자들을 대상으로 쟁점사업 시행권을 모집하던 OOO 등 4개 시행대행사들은 2006.6.16. OOO에게 사업권을 포괄양도(양도금액 OOO원)한 사실이 나타난다.

   (라) 2007년 쟁점토지의 공동소유자(청구인들), OOO 간에 다음과 같은 내용으로 쟁점약정을 체결하였다.

   (마) 2007년 4월 OOO 공사도급계약서를 체결하였는바 주요내용은 다음과 같다.

   (바) 2007년 5월, 개별 지주들은 1차 신탁등기를 말소(등기원인 신탁재산의 귀속)함과 동시에 신탁사OOO 간에 토지신탁계약(이하 “2차 신탁”이라 한다)을 체결하고 신탁등기를 경료하였는바, 2차 신탁계약서 및 토지신탁계약서 특약사항(2-1구역)의 주요내용은 다음과 같다.

   (사) 2007.6.27. OOO이 발행한 쟁점토지상 ‘OOO’ 신축허가신청서에 의하면 건축주는 청구인들로 기재되어 있는 사실이 나타난다.

   (아) 시공사인 OOO은 2007년 12월의 OOO 분양공고를 거쳐 2011년 1월 준공하였다.

   (자) 조합의 부가가치세 환급내역 및 조합에서 발생한 소득에 대해 청구인들이 종합소득세를 신고납부한 내역은 아래 <표2>와 같다.

  (3) 이 건 당초 부과처분, 청구인들의 심판청구에 대한 우리 원의 재조사 결정, OOO세무서장이 재조사하여 청구인들에게 당초 과세한 양도소득세를 직권 감액경정 및 종합소득세 과세 경위는 다음과 같다.

(가) OOO세무서장은 2013.12.2.～2014.10.13. 기간 동안 조합에 대해 통합조사를 실시하여 청구인들이 현물출자에 대해 양도소득세를 신고하지 아니한 사실을 확인하고 관련 과세자료를 처분청들에게 통보하였고, 이에 따라 처분청들은 쟁점토지 신탁등기접수일(2007.5.23.)을 양도시기(현물출자시기)로, 매매사례가액인 OOO원을 쟁점토지 표준지분 양도가액으로 하여 청구인들에게 2007년 귀속 양도소득세를 결정․고지하였는바, 양도가액(현물출자가액)은 아래아래 <표3>과 같이 OOO 외 2명의 거래가액을 산술평균한 금액(OOO원)을 적용하였다.

   (나) 청구인들은 처분청들의 당초 과세처분에 불복하여 우리 원에 심판청구를 제기하였는바, 처분청이 적용한 쟁점토지의 양도가액(OOO원)은 4개 조합 대표자들과 시행대행사인 OOO 대표자 및 관계인이 2007.11.20. 사업시행을 위하여 거액의 프리미엄을 주고 취득할 때의 거래가격으로 임의평가하여 산정한 토지원가라 현물출자 당시의 실지거래가액, 매매사례가액, 감정가액 등 객관적인 교환가치가 반영된 금액이라고 볼 수 없고, 공동사업을 위해 조합에 쟁점토지를 현물출자하여 조합원 지위를 취득함으로써 조합재산에 대한 합유지분권, 이익배당청구권 등을 득하였을 뿐이고, 실지거래가액이 존재하지 아니므로 현물출자가액(양도가액)을 재산정하여야 한다고 주장하였고, 이에 우리 원은 2015.11.23. ｢소득세법｣ 제96조, 제114조 및 같은 법 시행령 제176조의2에 따른 실지거래가액, 양도일 전후 각 3개월 이내의 매매사례가액 및 감정가액, 환산한 취득가액, 기준시가 등을 재조사하여 그에 따라 순차적으로 양도가액을 산정하는 것이 타당하다는 취지로 재조사 결정을 하였다.

   (다) OOO세무서장은 우리 원의 재조사 결정에 따라 쟁점토지 표준지분 양도가액에 대해 재조사하여 아래 <표4>와 같이 2개의 감정평가액의 평균액 OOO원을 적용하는 것이 타당한 것으로 보아 2015년 12월 청구인들의 양도소득세를 감액경정하였다.

   (라) OOO세무서장은 2016.8.23.부터 2016.8.29.까지 21-64조합에 대한 현장확인을 실시하여 쟁점토지의 현물출자에 따른 쟁점토지의 양도가액 감소에 따른 2011년 귀속 조합의 사업소득 증가분(OOO원)에 청구인들의 조합 지분율을 곱한 금액을 청구인들 2011년 귀속 사업소득 총수입금액에 가산하여 종합소득세를 과세하였는바, ‘현장확인 결과 보고서’의 주요내용은 다음과 같다.

  (4) 청구인들은 OOO세무서장의 쟁점토지 표준지분 양도가액 재조사 결과 양도가액 감액(OOO원)에 따른 조합의 쟁점토지 취득가액 감소분에 대해 조합의 소득금액이 증가한 것으로 보아 청구인들에게 종합소득세를 과세한 처분은 부당하고, 설령, 동 과세처분이 정당하다고 하더라도 조합이 OOO에 지급한 시행용역비 등을 과소계상하여 당초 2011년 귀속분 종합소득금액을 과다신고 하였다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

   (가) 쟁점토지 양도가액 감액분[표준지분당 OOO원)]은 OOO에 귀속되었는바, 조합의 쟁점토지 현물출자가액의 정당가액은 OOO이 조합에 용역대가로서 OOO원에 대한 세금계산서를 발행(과세전적부심사 결정서에 의하면 OOO 용역대가에 대한 세금계산서만 발행하였음)하였으나, OOO은 이 외에도 OOO원에 대한 세금계산서를 발행하지 않은 채 아래와 같이 쟁점토지 취득가액을 증가(OOO원)시켜 이를 상쇄한 것이라며 그 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다.

    1) 2007.4.18. OOO 간에 체결된 ‘토지신탁(수탁관리형)사업약정서’를 제시하면서 동 약정서상 ① 쟁점사업 분양수입금은 모두 OOO 공동명의 통장으로 입금되어야 하고, ② 위 통장에서의 지출은 OOO의 동의가 반드시 있어야 하므로 그 지출의 내역은 위 통장계좌 거래내역을 살펴보면 알 수 있으며, ③ 분양수입금의 관리 및 지출방식에 있어 지급 제1순위는 제세공과금, 대출관련 원리금에 지급될 뿐, 청구인들이나 조합에 귀속되지 아니함이 명백하므로 ④ 결국 쟁점토지 현물출자가액이 당초 신고한 OOO원으로 변경되었다 하더라도 이는 숫자조작에 불과하고, 그 차액에 상당하는 현금은 어떤 식으로든 위 약정에 따라 지급방법이 정해진 필수 사업비와 OOO의 용역대금으로 귀속되었음이 명백하다.

     2) 청구인들은 위 약정에 따라 개설된 OOO 계좌 12개를 제시하였고, 현재까지 청구인들이 확보한 자료에 의하면 OOO이 분양수입금 공동계좌에서 지급받은 금액내역은 아래 <표5>와 같고, 동 지급금액은 용역비에 해당하는데도 조합에 세금계산서를 발행하지 않은 채 분식회계로 쟁점토지 현물출자가액을 상승시켜 이를 상쇄한 것이라고 주장하였다.

   (나) 조합의 기장대행 업무를 담당하면서 청구인들의 2011년 귀속 종합소득세 신고 업무를 대리한 OOO가 작성한 사실확인서를 제시하였는바 주요내용은 다음과 같다.

(5) 청구인들은 2017.10.31. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 2011년 귀속 조합의 종합소득금액이 과다신고 되었다는 근거로 OOO이 조합에 시행용역비 관련 세금계산서를 발행하지 아니한 채 지급받은 금액은 시행용역비로서 조합의 필요경비에 반영하지 않은 채 종합소득세를 신고하였다고 주장하며, 분양수입금액 관리계좌 금융거래내역 및 OOO가 작성한 사실확인서에 첨부된 분양수입지출내역서를 토대로 정리한 내역(OOO원)을 제시하였는바, 그 내역은 아래 <표6>과 같다.

  (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 조합의 쟁점토지 현물출자 취득가액 감소로 인한 소득금액이 사실상 OOO에 귀속되었다고 주장하나, 쟁점약정 제3조 제1호 아목에서 청구인들은 쟁점사업에서 발생하는 수입에서 각종 사업비를 지급한 후 잔여자금을 OOO의 시행용역비로 한다고 되어 있어 청구인들의 쟁점토지 현물출자가액은 현금유출이 없이 단지 조합의 사업소득금액 계산시 필요경비로 반영되는 금액으로서 위 ‘각종 사업비’와는 무관하여 쟁점토지 현물출자가액이 감소하더라도 OOO에 귀속될 시행용역비에 영향이 없는 점, 청구인들은 쟁점약정에 따라 OOO에 납부할 토지취득비 OOO원과 주상복합아파트 및 상가 신축에 소요되는 총사업비(공사비 등) 중 조합원분 주상복합아파트 해당분(총 공사원가의 28.972%) 합계액에서 조합에 현물출자한 쟁점토지가액 중 일반분양분 해당분을 차감한 금액만큼의 사업소득을 얻게 되는 구조로서 쟁점토지 현물출자가액의 감소는 결과적으로 청구인들이 얻게 될 사업소득이 증가되는 영향이 있는 점 등에 비추어 청구인들의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별도 독립된 행위로 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 있다 하겠고, 처분청의 증액경정은 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제하에 세액을 확정시키는 처분이라는 점과 증액경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위는 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다고 하는 점 등에 비추어 보면 증액경정을 하는 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자를 바로 잡도록 함이 법적 안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 할 것(국심 2006전3351, 2007.6.11. 외 다수, 같은 뜻임)이어서 처분청들이 청구인들에게 쟁점토지 현물출자가액 감소로 인해 증가하는 조합의 소득금액 증가분으로 인해 과세한 처분에 대하여 청구인들이 당초 기 신고납부한 2011년 귀속 종합소득금액이 과다하게 산정하였다는 취지로 제기한 심판청구는 적법하다 하겠다.

  또한, ｢민법｣상 조합은 공동사업을 영위하는 주체이므로, ｢소득세법｣ 제43조에 따라 해당 사업을 경영하는 장소를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다. 따라서, 조합 운영에 의하여 취득한 수익, 비용 등을 산출하여 소득금액을 산정하고, ｢소득세법｣ 제43조 제2항에 따라 조합원의 분배비율에 따라 이를 분배하여 각 거주자별로 소득금액을 계산하여야 한다.

  이 건의 경우 청구인들이 분양수입지출내역서를 토대로 정리하여 제시한 내역을 보면 일반분양수입금 관리계좌에서 2009.11.27. OOO에 지급한 것으로 되어 있는 OOO원의 경우 OOO 등 4개 시행대행사들로부터 쟁점사업 시행권을 양수하는데 소요된 자금을 시공사인 OOO로부터 차입한 금액을 상환한 것으로 보이는바, 동 시행권 양수자금에 대해서는 쟁점약정에 별다른 언급이 되어 있지 않으므로 OOO이 조합으로부터 지급받은 시행용역비에 대응되어 OOO의 소득금액계산상 경비에 포함되어야 할 것이고, OOO이 위와 같이 일반분양수입금액에서 OOO에 상환할 자금을 지급받은 것이라면 조합에 매출세금계산서를 발행하면서 조합은 이를 필요경비로 계상하였어야 할 것이나, 조사청에서 2017.2.21. 결정한 과세전적부심사결정서에 의하면 OOO이 조합에 발행한 매출세금계산서 내역에 위 해당금액이 포함되어 있지 않은 것으로 보이며, OOO와 조합 기장업무를 대행한 OOO이 지급받은 시행용역비 중 일부가 조합 필요경비에 반영되지 않은 사실을 인정하는 내용의 사실확인서를 제출한 바 있으므로 청구인들이 제시한 분양수입금액 지출내역 등을 토대로 OOO에 귀속된 시행용역비 등 경비의 성격을 분류하여 2011년 조합과 OOO에 각 귀속된 정확한 소득금액을 재산정하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.