1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.4.2. 각종 의약품 및 의약부외품의 제조․도매 (수출) 등을 목적사업으로 설립되어OOO제약 계열회사) 2011년부터 OOO)의약품(특허가 만료된 OOO의약품의 복제약이고, 이하 OOO의약품”이라 한다)을 제조․판매하고 있는 법인으로, OOO의약품을 제조한 후 의약품 전문 마케팅 업체인 OOO’의 약자로, 이하 “OOO”라 하고, 판매처는 주로 병․의원임)와 의약품 도매상(판매처는 주로 약국임)을 통해 판매하고 있다.

나. 청구법인은 2011년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO의약품 판매와 관련하여 공급가액 OOO원 상당의 용역수수료(이하 “쟁점수수료”라 한다)를 OOO원 상당의 판매장려금(이하 “쟁점장려금”이라 한다)을 의약품 도매상에게 각 지급한 후 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제 받고 법인세 신고시 그 매입액을 손금에 산입하였다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.8.6.～2015.11.28.(당초 조사) 및 2016.4.25.～2016.7.1.(재조사) 기간 중 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점수수료를 OOO를 통하여 우회적으로 병․의원에 친분관계의 유지 등의 목적으로 지출하였고, 쟁점장려금을 그 지급에 대한 구체적인 계산근거 또는 증빙자료 없이 지출하였다는 이유로 각 접대비로 보아 매입세액을 불공하고 접대비 한도초과액을 손금불산입 할 것을 처분청에 통보하였다.

라. 처분청은 조사청의 통보자료에 의해 2016.7.6. 청구법인에게 부가가치세 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점수수료 관련

  (가) OOO는 청구법인의 간섭 없이 위탁받은 영업을 수행하였다.

  OOO를 통한 영업은 ①제약회사가 직접 영업을 하는 것에 비하여 관련된 비용의 절감, 이에 다른 경영의 효율성 증대 등의 긍적적 효과가 큰 점, ②외국(미국, 유럽, 일본 등)에서 일반적으로 사용하는 영업상의 방법인 점(관련된 시장규모 : 2009년 OOO 달러로 추정), ③관련 법령 등(「약사법」,「의약품거래에 관한 공정경쟁규약」등)에 위배되지 아니하는 점 등으로 국내의 다국적 제약회사(OOO 등)은 물론 이외의 제약회사(다국적 기업은 신약을 출시할 때, 일반 제약업체는 영업의 전문성을 활용할 때, 중소 제약회사는 영업력이 취약할 때)도 널리 활용하고 있는 것으로, 청구법인은 국내의 전체 OOO에등록된 의약품 도매상 2,000～2,500개중 약 500～600개로 추정됨) 중 일부(233개)와 거래하였던 점, 거래 대상 OOO 중 대부분과의 특수관계가 없는 점, 각 OOO는 통상 청구법인 외에도 4～5개의 제약회사가 위탁한 영업을 수행하고 있는 점 등으로 OOO에 대한 지배력을 행사할 수 있는 입장이 아니었다.

  (나)청구법인의 OOO를 통한 판매대행용역은 정상적으로 체결된 용역계약에 따라 실제로 이행되었다.

  청구법인은 2010년까지 영업부서(직원 35～40명)를 통하여 의약품의 개발과 더불어 직접 판매․홍보 등의 영업을 하였으나, 영업과 관련된 판매망․경험이 없어 2010년 중 매출액(OOO원)에 비하여 판매․관리비(OOO원)가 컸는데, 이는 노무 관련 비용(인건비, 여비, 복리비 등의 합계 OOO원, 매출액의 약 40%)이 컸던 것에 기인하였다. 이에 2011년부터 다른 제약회사(OOO 주식회사 등)의 사례를 벤치마킹하여 영업과 관련된 판매망․조직이 구축된 전문 마케팅 용역업체인 OOO에게 이 건 용역계약을 체결하여 판매용역을 위탁하게 되었는 바, 청구법인은 수입규모, 시장의 평판, 영업능력 등을 검토하여 이 건 용역계약을 체결하였을 뿐 직접 설립한 OOO와 계약을 체결한 사실이 없고, 쟁점수수료의 지급률(최고 40%)은 청구법인이 OOO를 통한 영업을 하기 전에 지출한 한 노무 관련 비용의 매출액 대비 비중과 유사하고, 당시 국내 제약업계가 통상적으로 OOO를 통한 영업의 대가로 지급하였던 수수료율이 40～50%였던 것을 종합하여 정한 것이다(청구법인이 거래한 한국콜마의 수수료 지급내역 등을 보면 위 수수료율이 해당 범위에 있는 것으로 나타남).

  OOO는 이 건 용역계약에 따라 공정거래와 관련된 법률 및 이외의자율준수규정[CP:ComplianceProgram,공정거래위원회가2005년 10월 기업들이 공정거래와 관련된 법규를 자율적으로 준수하도록 하였음] 등 관련 규정을 준수하면서 청구법인으로 위탁받은 영업 (의약품 소개, 홍보, 판매 등)을 하고 그 대가로 청구법인으로부터 매출실적에 따라 쟁점수수료(품목별로 보험수가의 20%～40%)를 지급받았다.

(다) 청구법인은 OOO에 대한 교육 등 관리를 하였고, OOO을 통한 영업으로 매출이 증가하였다.

    청구법인이 제조하는 OOO의약품은 모든 제약회사가 제조할 능력이 있었으므로 OOO의약품보다 다른 제약회사 제품과의 차별성, 우수성 등에 대한 교육을 철저히 실시하여야 하는바, 청구법인은 다양한 교육자료를 제작하여 OOO에 배포․교육하였고(2011년～2015년 기간 중 관련된 비용으로 약 OOO원 지출), OOO를 통하여 거래처(병․의원)에 대한 설문조사 실시 후 영업정책에 반영하였으며, OOO가 위탁받은 용역을 할 때 공정거래와 관련된 각종 규정을 준수하도록 하는 등의 관리를 한 것으로, 청구법인(2014년 4월 공정거래의 관리를 전담할 부서를 신설함)은 OOO로부터 공정거래서약서 등을 받았고 그 후에도 OOO에 대하여 직급별(사장, 일반 직원 등)로 관련 법령 등(이 건 자율준수규정 등)의 준수에 필요한 교육을 받도록 하면서 미준수에 따른 제재(계약해지 등)가 있음을 주지시키는 등의 노력을 한 결과, OOO제약 그룹이 2014년 12월 제약업계 최초로 공정거래위원회가 주관하는 이 건 자율준수규정과 관련된 평가등급에서 최고 등급을 받게 되었다(청구법인이 제출한 교육 내역을 보면 2011년 6월～2015년 6월 기간 중 사장단 워크샵 등 16개의 행사가 개최되어 1회당 7～57명이 참석한 것으로 나타남).

    청구법인은 OOO를 통한 영업을 통하여 의약품의 연구․생산에만 집중할 수 있게 되어 아래 <표7> 기재와 같이 의약사업부의 매출이 2012년～2014년 기간 중 연평균 70% 이상 증가하였고, 영업이익도 노무 관련 비용의 절감으로 OOO를 통한 영업을 하기 전에 비하여 2배 이상 증가하게 되었다.

<표7> 연도별 의약사업부 매출액 및 손익 변동 내역

(단위 : 백만원)

주) 증가율은 전년 대비 같은 항목의 증가율을 의미함

  (라) 이 건 처분은 가장행위의 법리에 위반된다.

    첫째, 처분청은 이 건 용역계약에 대하여 청구법인의 병․의원에 대한 우회적 접대행위를 정상적인 영업행위로 가장하기 위한 명목상 계약에 불과하다’는 의견이나, 이 건 용약계약은 OOO가 청구법인을 대신하여 실제로 수행한 용역의 대가를 지급하기 위하여 체결된 것인 점, OOO는 청구법인의 지배를 받지 아니하는 독립된 실체인 점, 청구법인과 OOO이 관련된 통정을 하였다는 근거가 없는 점, 언론기사(OOO이 2012.8.28. ‘일괄인하 시행 후 영업사원 단순방문 해피콜 감소’ 제하로 게재한 것)를 보면 영원사원들의 병․의원에 대한 단순방문이 줄고 제품소개 목적의 방문이 증가하고 있는 것으로 나타나는 점, 이 건 용역계약은 OOO가 청구법인에 제출하는 처방실적에 근거하여 수수료를 지급하는 내용이어서 과정보다는 결과를 중시하는 일종의 ‘도급계약’에 해당하므로 청구법인이 OOO의 구체적인 활동을 확인할 필요가 없고 그러한 권한도 없는 점 등에 비추어 처분청의 의견은 부당하다.

  둘째, 처분청은 쟁점수수료의 지급률(최고 40%)이 지나치게 높고, OOO가 청구법인에 제출한 처방실적자료를 보관하지 아니하거나(2013년 9월 이전) 개인정보보호에 위배(그 이후)된다는 의견이나, 쟁점수수료의 지급를은 다른 제약업체의 사례에 비하여 낮게 책정된 점, 청구법인은 2013년 9월 이전의 처방실적자료를 전산파일로 정리하여 조사청에 제출한 점, OOO가 청구법인에 제출한 처방실적자료 중 개인정보(환자의 이름, 병명, 처방내용 등)가 포함된 것은 없는 점 등을 종합하면 처분청의 의견은 사실과 다르다.

  (마) 이 건 처분은 객관적인 증빙자료 없이 언론기사(청구법인과 무관한 것) 등 추측을 근거로 한 것이므로 자의적 과세방지 및 납세자의 권리보장을 취지로 하는 근거과세원칙에 위배된다.

  첫째, 대법원은 수사․세무조사시 증빙자료의 뒷받침 없이 포탈세액․누락세액 집계액이 기재된 납세자 등의 확인서만을 근거로 한 과세처분(대법원 1992.11.13. 선고 92누1438 판결) 또는 매출누락사실을 자인하였으나 매출사실의 구체적인 내용이 없어 신빙성이 인정되지 아니하는 확인서에 근거한 과세처분(대법원 2003.6.24. 선고 2001두7770 판결) 등은 모두 근거과세원칙에 위반된다고 보았는바, 조사청이 이 건 처분 등의 근거로 한 언론기사(OOO를 활용한 병․의원 우회 접대는 의료업계에서도 문제가 된다는 것)는 일부 사례에 대한 것일 뿐 제약업계 전체로 일반화할 수 없고, 언론기사는 정정보도 등을 통하여 번복되기도 하므로 그 신빙성이 있다고 확신할 수 없어 과세의 근거로 삼을 수 없다.

  둘째, 처분청은 청구법인이 거래한 OOO(233개) 중 일부(10개)에 대한 조사 결과(청구법인으로부터 수취한 지급수수료의 30～50%를 병․의원에 대한 리베이트 또는 접대비로 사용하였다는 것 등)를 이 건 처분의 근거로 하였으나, 청구법인은 OOO가 쟁점수수료를 재원으로 접대비로 지출하도록 용인하거나 지시한 사실이 없는 점, 조사대상이 아닌 OOO와 같이 쟁점수수료를 병․의원에 대한 접대의 목적으로 지출하였다고 단정할 수 없는 점, 조사결과에 의하더라도 쟁점수수료 중 상당 부분(50%～70%)이 접대비로 지출되지 아니하였다고 보아야 하는 점, 조사를 통하여 수집된 OOO 및 병․의원 관련자의 진술에 대한 입증자료가 제시되지 아니한 점, 위 진술조사에 의하면 청구법인에게 유리한 자료도 포함되어 있는 점(수많은 영업사원이 병․의원에 방문하였고 접대 행위가 없었다는 것 등)을 종합하면, 위 조사를 통하여 수집된 진술은 진술한 사람들의 자유로운 의사에 따른 것이라고 보기도 어려울 뿐 아니라 그 객관성, 합리성 등이 결여된 것으로 보아야 한다.

  셋째, 처분청은 청구법인이 OOO의 용역수행 여부에 대한 검증 등을 하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인은 OOO가 불공정행위를 하지 아니하도록 지속적으로 교육을 하였고, OOO의 공정행위에 대한 관리는 청구법인의 권한일 뿐 의무가 아니다.

  넷째, 처분청은 청구법인의 소속 직원에 대한 문답 내용을 근거로 청구법인이 쟁점수수료의 지급액, 지급률 등에 대한 검증을 하지 아니하였고 처방실적자료 등 증빙자료를 폐기하는 것이 원칙이었다는 의견이나, 청구법인은 다양한 방법(육안검사, 다른 자료와의 대사 등)으로 처방실적자료의 진위, 쟁점수수료 지급액의 적정성 여부에 대하여 검증한 점, 위 문답 내용은 진술을 한 직원이 증빙자료의 보관․관리방법 등에 대하여 알지 못한데 기인한 것일 뿐 청구법인은 증빙자료를 폐기를 원칙으로 하지 아니한 점 등에 비추어 처분청의 의견은 의약품 판매용역의 특성을 배제한 것이어서 부당하다.

  다섯째, 처분청은 청구법인이 거래한 OOO의 대부분이 영세업체이고 쟁점수수료의 지급률을 일률적으로 40%이며 OOO를「의료법」상 리베이트 수수자에 대한 쌍벌제의 회피 목적으로 설립된 것이라는 의견이나, OOO의 상당수는 외형이 컸고(수입금액 OOO원 이상인 업체가 110개), 제약업계의 평균 수수료율이 36%였던 점, 제약회사의 OOO를 통한 영업은 그 경제적 효익이 큰 점, 청구법인 등 제약회사가 OOO의 수수료 사용에 대한 통제(병․의원에 대한 접대의 목적으로 지출하도록 하는 것 등)를 할 수 있는 지위에 있지 아니한 점 등을 종합하면 처분청의 의견은 사실과 다르다.

  (바) 이 건 처분은 ‘이중과세’에 해당된다.

  처분청은 쟁점수수료의 전체 금액에 대하여 청구법인이 OOO를 통하여 우회적으로 병․의원에 지출한 접대비로 보아 한도초과액만큼 손금불산입 등을 하였으나, 쟁점수수료는 OOO가 청구법인으로부터 지급받아 지출한 것이므로 설사 그 지출액에 병․의원에 대한 접대성 경비가 포함되어 있더라도 청구법인이 아니라 OOO의 접대비로 보아야 함에도 처분청의 의견과 같이 볼 경우 결과적으로 청구법인(쟁점수수료의 전체 금액)과 OOO(쟁점수수료 중 인건비 등 경비를 제외한 금액)에 대하여 각 손금으로 부인한 금액만큼 이중과세가 되어 위법하다.

 (2)쟁점장려금 관련

 청구법인은 OOO를 통한 영업으로 병․의원에 대한 매출이 증대될 수 있도록 하는 한편 의약품 도매상을 통하여 약국에 의약품이 원활히 매출될 수 있도록 노력하였는데 이를 위하여 사전에 지급기준을 마련하여 의약품 도매상이 청구법인으로부터 의약품을 매입하는 실적에 비례하여 판매장려금으로 쟁점장려금을 지급하였는바, 쟁점장려금은 「법인세법」상 전액 손금산입의 대상으로 보아야 한다.

  (가) 이 건 과세처분은 아래와 같은 이유로 위법․부당하다.

    처분청은 쟁점장려금의 지급률(최고 45%)이 쟁점수수료(최고 40%)와 유사하다는 이유 등으로 양자를 동일하게 보았으나, 쟁점수수료와 쟁점장려금은 지급의 근거․상대방, 비용의 성격․내용이 전혀 달라 비교대상이 될 수 없고(쟁점장려금은 쟁점수수료가 용역의 대가인 것과 다르게 매출실적에 따라 매매대금의 일부를 감액하여 주는 매출에누리 또는 판매부대비용에 해당하고 쟁점수수료가 용역계약에 따라 지급되는 것과 다르게 청구법인이 정한 기준에 따라 지급됨), 쟁점 장려금의 지급률(최고 45%)이 쟁점수수료(최고 40%)와 유사한 것은 양자를 동일하게 볼 근거가 될 수 없다.

  (나) 쟁점장려금은 접대비가 아니라 판매장려금에 해당한다.

    처분청은 청구법인이 OOO를 통한 영업활동을 하기 전인 2010년에도 의약품 도매상에게 쟁점장려금(최고 45%)과 유사한 지급률로 판매장려금을 지급하였고, 판매장려금의 산정 내역에 대한 구체적인 근거를 제시하지 못하였으며, 그 지급대상이 병․의원에 대한 영업력을 가진 간납업체였던 것 등을 이유로 판매장려금을 비정상적으로 지출된 접대비로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점장려금은 의약품 도매상과의 친목을 도모하기 위한 접대의 목적으로 지출된 것이 아니라 의약품 도매상의 의약품 매입을 유인하기 위하여 지급된 것인 점, 청구법인은 조사청에 쟁점장려금이 판매장려금에 해당됨을 입증하기 위하여 사전약정에 해당하는 지급기준을 제시한 점, 청구법인은 지급기준을 의약품 도매상에 대하여 차별 없이 적용한 점, 쟁점장려금은 사회질서에 반하여 지출된 비용이 아닌 점 등을 종합하면 정당한 판매 장려금에 해당한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점수수료 관련

(가)OOO는「의료법」상 제약회사의 쌍벌제 적용을 회피를 위하여 설립된 것으로 보아야 한다.

    본래 OOO는 외국에서 발생하여 신약에 대한 홍보를 하는 업체였으나, 국내의 경우 대부분의 제약회사가 OOO의약품을 취급하여 홍보의 필요성 없이 제약회사를 대신하여 병․의원에 접대활동을 하는 행위를 대행하는 업체로 변질되었는 바, OOO는 제약회사의 쌍벌제 적용을 회피할 목적으로 설립된 것으로, 아래 <표8> 기재와 같이 2010.5.27.「의료법」제23조의2의 개정으로 2010.11.28. 이후 리베이트의 제공자 뿐만 아니라 수취자에 대해서도 형벌이 적용(쌍벌제)되자, OOO가 새로운 리베이트성 경비 및 접대성 경비의 지출경로로 발생 또는 급증하게 된 것이다.

<표8> 리베이트 수수자 및 제공자에 대한 처벌강화(쌍벌제) 내역

  조사청이 확인한 언론기사에 의하면, 일부 중소제약회사들이 소속 영업사원들을 퇴사시킨 후OOO로 등록하는 방법을 통하여 이들에게 높은 지급율(약 40%)의 수수료를 주어 그 일부를 병․의원에 대한 리베이트로 제공하고 있었고, 제약회사들이 리베이트에 대한 제재와 관련된 꼬리 자르기의 방법으로 OOO를 통한 영업을 이용하고 있는 것으로 확인되었다(이 건 용역계약서를 보면 OOO의 불법행위로 청구법인에게 소송제기 등 불이익이 발생할 경우 청구법인에 OOO에 손해배상 등을 제기할 수 있는 것으로 나타나는바, 이는 위와 같은 처분청의 의견을 뒷받침함).

  (나)OOO를 통한 영업은 사회질서에 반하고 제약업계의 자정 노력에도 반한다.

  제약업계의 리베이트 등 부당한 금품의 수수는 관련된 이익이 처방권을 가진 병․의원 소속의 의사들에게 귀속될 뿐 적정한 의약품의 선택․처방과는 무관한 점, 관련된 비용은 환자에게 전가될 뿐만 아니라 건강보험제도 등 국가경제에 미치는 부정적인 영향이 큰 점 등을 종합하면 사회질서에 반하는 것이므로, 청구법인 등 제약회사들이 제조하는 OOO의약품의 단가․효능이 유사하여 홍보 등 영업활동에 한계가 있어 그간 제약회사가 직접 병․의원에 리베이트 등 경제적 이익 등을 제공하다가 최근에는 OOO를 통하는 우회적인 방법으로 간접적인 방법으로 해당 금품을 수수하게 된 것인데 이와 같은 방법을 방치 한다면 제약업계의 유통질서를 크게 문란하게 할 것이다.

  또한,제약회사들은 제약업계의 유통질서 유지를 위하여 내부규정(의약품 등의 거래에 관한 보건의료분야 공동자율규약)을 마련하였고, 동 규정의 제5조 제3항에는 의약품공급자가 도매상 또는 다른 유통경로를 통하여 보건의료기관 등에 한 일정한 행위를 자신이 직접 한 것으로 본다고 규정하고 있음에도 청구법인 등 제약회사가 OOO를 전면에 내세워 병․의원에 대한 접대 행위를 하면서 관련된 위험을 회피하는 것은 위와 같은 제약업계의 자정노력에 반한다.

  (다)청구법인이 거래한 OOO 중 일부는 청구법인과 특수관계가 있는 등 OOO는 정상적인 사업자로 볼 수 없다

    청구법인이 거래한 OOO 233개 중 상당수는 아래 <표9>와 같이 영세사업자(사업장을 주소지에 등록하는 등 1인 사업장 86개 등), 개업 후 1년 미만인 사업자(2013년 이후 개업한 업체가 35개), 폐업한 사업자(조사 당시 60개 업체가 폐업), 소규모사업자(123개가 수입금액 OOO원 이하였고 그 이상의 경우 의약품 도매업을 겸영)인 것으로 확인되었다.

<표9> 청구법인이 거래한 OOO의 현황(처분청 의견)

(단위 : 개)

    또한, OOO 중 일부(2개)는 청구법인과 특수관계가 있었던 것 으로, 상호가 ‘주식회사 OOO 회장 등 가족이 보유지분의 55%를 보유한 것으로, ‘주식회사 OOO’인 것은 청구법인의 특수관계인인 주식회사 OOO이 보유지분의 전부를 소유한 것으로 확인되었다.

  (라)쟁점수수료의 지급률(최고 40%)은 지나치게 높고 청구법인이 OOO의 영업에 대한 관리하지 아니한 점 등으로 보아 용역계약을 진정성 있는 도급계약으로 볼 수 없는 점 등으로 보아 OOO를 통한 판매대행용역은 실제로 이행된 것으로 볼 수 없다.

  청구법인은OOO그룹이이건자율준수규정과관련하여 우수한 평가등가 등을 받은 사실을 제시하면서 OOO에 대한 교육 등 관리를 하고 있다고 주장하나, 2014년 중 실시된 조사청의 청구법인에 대한 법인세 통합조사시 청구법인이 접대성 경비를 다른 계정에 분산하여 처리한 것으로 법인세를 고지 받은 사실이 있었음에 비추어청구법인이 제조하는 OOO의약품은 다른 제약회사들이 제조하는 것과 비교하여 그 효능․성분이 유사하여 병․의원의 소속 의사들에 대한 홍보가 불필요한 것인데도 OOO에게 높은 지급율로 쟁점수수료를 지급한 것은 경제적 합리성을 결여한 것이다.

    조사청이 청구법인의 소속 임원에 대하여 실시한 문답 내용(2015.9.16. 의약사업부의 영업이사인 OOO에 대한 것)에 의하면 이 건 용역계약서상 영업의 내용(OOO가 병․의원 등에 대하여 제품의 효능, 보험기준, 약가 등의 소개를 통한 매입의 권유․설득 등)에도 불구하고, OOO은 OOO가 정확히 어떠한 방법으로 영업을 하는지 몰랐으며 위 용역계약서에 기재된 OOO의 의무사항 대부분이 강제성이 없는 것이라고 진술하였을 뿐 OOO가 위 용역계약서의 내용을 이행한 내역을 제시하지 못하였고, 조사청이 조사기간 중 확인한 처방실적 자료(OOO 중 상호가 OOO’인 업체가 청구법인에게 제출한 2014년 11월분 처방실적자료)는 환자의 주민등록번호 등이 기재된 처방전 원본(총 1,342장)이었는바, 이는「의료법」제18조․제19조에 따른 처방전에 대한 비밀유지의무에 위반되는 것이어서 쟁점수수료의 정당한 지급근거로 볼 수 없고, 청구법인은 이와 같은 불법행위를 은폐하기 위하여 처방실적자료 등을 폐기하였다.

    또한, OOO은 OOO가 병․의원에 대하여 오랜 기간동안 안면이 있어 식사의 제공, 판촉물(메모지 등)의 제공을 한 것으로 보일 뿐 OOO의 처방실적자료의 입수 경로 및 사유 등에 대해서는 알지 못한다고 답변한 점, 청구법인은 OOO가 제출한 처방실적자료에 기재된 의약품의 개수와 청구법인이 매출한 약품별 총량만 비교하여 실제 처방이 이루어진 지역을 확인하기 어려워(예컨대, 경기도 수원시에서 처방받은 환자가 다른 지역에서 의약품을 구입하면 처방에 따른 용역수수료는 경기도 수원시에서 영업하는 OOO에 제공됨) 하나의 병․의원에서 처방된 실적자료를 여러 OOO에게 발행함에 따라 자료의 중복문제가 있었음에도 그 진위 여부를 확인하지 아니한 것으로 조사된 점, 청구법인이 조사청에 제출한 처방실적자료는 전체 중 극히 일부에 불과한 점 등을 종합하면, 청구법인은 쟁점수수료의 지급근거인 처방실적자료에 대한 적정성 등을 검증하지 아니한 것으로 보는 것이 타당한 점, 용역계약이 도급계약에 해당되려면 도급계약의 특성상 ‘계약의 결과’가 당연히 발주자의 사업상 수익에 직접적인 영향을 미치는 것이어야 할 것이나 용역계약에 있어서 ‘계약의 결과’는 처방실적자료만을 의미하고, 처방실적에 대한 검증이 없었다면 OOO를 통한 용역이 청구법인의 매출증대 등에 기여한 정도도 불분명하므로 용역계약을 도급계약으로 볼 수도 없는 점 등으로 보아 OOO를 통한 판매대행용역은 실제 이행된 것으로 볼 수 없다.

  (마)청구법인의 매출증대는 접대성 경비의 지출에 기인한다.

    청구법인은 OOO를 통한 영업이 청구법인의 매출증대 등에 기여하였다고 주장하면서 OOO를 통한 영업의 전ㆍ후 청구법인의 소속 의약사업부의 매출액, 영업이익 등이 증가한 내역을 제시하였으나, 용역계약서에는 OOO가 병ㆍ의원 등을 대상으로 청구법인으로부터 위탁받은 의약품의 판매용역을 하는 것으로 되어 있으나 실제로 OOO가 청구법인을 위하여 수행한 판매대행용역의 내용(계약체결 또는 수주)이 확인되지 아니하였고, 병․의원이 청구법인의 제조의약품을 얼마만큼 처방하였는지도 확인되지 아니하여 용역계약의 체결일부터 조사 당시까지 OOO를 통한 영업을 통하여 청구법인의 매출이 얼마만큼 증대되었는지를 객관적으로 측정할 수 없는 것으로, 청구법인의 매출증대는 의약사업부의 사업초기에 고정비(인건비 등) 대비 매출액이 적었음에 기인하여 일시적으로 나타나는 착시현상일 뿐 위 매출액, 영업이익 등의 증가가 OOO를 통한 영업활동에 기인한 것이 아니라 오히려 청구법인이 OOO를 통하여 우회적으로 병ㆍ의원에 고액의 접대성 경비를 지출한 것에 기인하였다고 보는 것이 타당하다.

(바)쟁점수수료는「법인세법」상 손금의 요건에도 부합하지 아니하므로 쟁점수수료는 실질과세원칙상 접대비로 보는 것이 타당하다.

  청구법인이 고액의 쟁점수수료를 지출 하면서 중요한 근거인 처방실적자료를 고의로 폐기하는 등 세무상 기장ㆍ증빙자료의 보관의무를 해태한 행위는 청구법인이 접대행위 등 제약업계의 불공정행위를 은폐하기 위한 악의적인 행위에 해당하는 점, 청구법인이 OOO의 영업에 대한 관리, 쟁점수수료의 적정성 검토를 하지 아니함에 따라 쟁점수수료가 「법인세법」상 손금요건인 사업관련성이 있는지 여부에 대한 입증이 되지 아니하는 점, 쟁점수수료의 지급률(최고 45%)은 청구법인의 매출이익률(매출액의 16%)에 비하여 매우 높은 수준인 점 등을 종합하면 청구법인이 당초 신고한 수수료비용 뿐만 아니라 「법인세법」상 다른 비용 항목(판매촉진비 등)에도 해당된다고 보기 어렵다.

  「국세기본법」제14조의 ‘실질과세 원칙’이란 소득의 실질귀속자를 따져 과세하는 것뿐 아니라 거래관계의 형식에 앞서 그 실질에 따라 세법 등을 적용하는 것도 포함되는바, 이 건 용역계약의 실질은 홍보, 마케팅 등을 위한 것이 아니라, 병․의원에 대한 친분관계 유지 및 이를 통한 처방실적의 유지에 그 목적이 있으므로 쟁점수수료는 접대비에 해당한다.

  (사) 이 건 과세처분은 ‘가장행위의 법리’에 위반되지 아니한다.

  처분청은 OOO의 실체를 부인한 것이 아니라 OOO의 판매대행용역의 실질 및 설립목적이 청구법인과 병․의원 간의 친분관계 유지 및 이를 통한 처방실적 유도에 있는 것을 이유로 쟁점수수료를 ‘청구법인이 접대대행회사인 OOO에게 지급한 접대성 경비’로 본 것이므로 가장행위의 법리를 들어 이 건 과세처분의 과세요건이 잘못되었다는 청구주장은 사실과 다르다.

  (아) 이 건 과세처분은 ‘근거과세원칙’에 위반되지 아니한다.

  비용이 손금에 해당하는지 여부는 과세관청이 아니라 청구법인이 입증하는 것임에도 청구법인은 OOO의 판매대행용역에 대한 검증을 하지 아니한 채 조사청의 조사 당시 이에 대한 책임회피를 위하여 모른다는 답변으로 일관한 점, 조사청은 OOO가 수행한 용역의 실체를 확인할 목적으로 전체 업체(233개) 중 조사 대상을 최소화(OOO의 판매대행용역을 통하여 청구법인의 병․의원과의 친분관계유지를 위한 목적으로 사용되었음을 확인한 점, 쟁점수수료의 주된 지급 목적이 병ㆍ의원에 대한 접대의 목적으로 확인된 이상 쟁점수수료 중 조사청이 접대비로 지출된 것으로 확인하지 아니한 부분(OOO의 인건비로 계상된 50%～70%)도 접대비로 보는 것이 타당한 점, 제약회사의 OOO를 통한 판매대행용역에 문제가 있는 것으로 나타나는 언론기사는 제약업계가 OOO에 대한 문제점을 충분히 인지하고 있다는 사실을 입증하기 위하여 제시된 것인 점 등을 종합하면 이 건 과세처분이 근거과세의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 진성성이 결여된 독단적인 해석에 해당한다.

  (자) 이 건 과세처분은 ‘이중과세’에 해당되지 아니한다.

  청구법인이 병․의원에 대한 친분관계 유지 목적으로 쟁점수수료를 지출한 것과 개별 OOO가 병․의원에 대한 접대행위는 별개의 행위에 해당하고(예컨대, 법인이 유흥업소에서 사용한 지출액을 접대비로 처리하는 것과 동 지출액이 유흥업소가 동 지출액을 재원으로 다른 업체에 접대비로 사용하는 것은 해당 법인과 유흥업소가 한 각각의 계산과 회계처리에 해당함), OOO의 모든 행위는 접대비 사용액과 무관하게 병․의원을 대상으로 한 접대행위 및 이를 통한 친분관계 유지가 목적이었으며, 청구법인은 OOO에게 병․의원에 대한 친분관계 유지․관리를 위탁하여 왔으므로 청구법인이 OOO에게 쟁점수수료를 지출한 것과 OOO가 쟁점수수료를 재원으로 경비를 지출한 것은 별개로 보는 것이 타당하다.

 (2) 쟁점장려금 관련

   ‘접대비’란 접대비 및 교제비, 사례금, 이와 유사한 성질의 비용으로 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액으로 그 지출의 목적이 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 비용이고(대법원 2003.12.12. 선고 2003두6559 판결 등, 같은 뜻임), 지출의무 없이 지출이 수익의 실현에 직접 대응되지 아니하며, 그 지출효과가 계측되지 아니하는 추상적인 비용을 의미(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 등, 같은 뜻임)하는 반면에 ‘판매비 또는 판매촉진비’란 상품 등의 판매와 관련하여 고객에게 지출되는 경비로서 그 형태가 접대비와 유사한 경우라도 지출이 수익의 실현에 결정적인 기여를 하거나 지출의무가 있는 경우로 그 지출 경위나 성질, 액수 등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 상품 또는 제품에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용을 의미하는바(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 등, 같은 뜻임),

 이 건의 경우, 청구법인은 OOO를 통한 영업을 활용하기 전에 의약품 도매상 중 병․의원에 대한 영업능력을 가진 ‘간납업체’에게만 높은 지급율(최고 45%)로 쟁점장려금을 지급함에 있어 처방실적자료의 진위여부 등이 검증되지 아니한 점, 쟁점장려금은 청구법인이 궁극적으로 병․의원 등과의 친분유지를 위하여 의약품 도매상에게 필요한 재원을 지급한 것으로 보는 것이 타당한 점, 쟁점장려금의 지급이 청구법인의 매출 제고에 기여하는지에 대한 입증이 되지 아니하는 점 등을 종합하면 쟁점장려금도 쟁점수수료와 동일하게 청구법인이 의약품 도매상(특히 간납업체)을 통하여 우회적으로 병․의원 등에 친분관계의 유지 등을 목적으로 지출된 접대비로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ①청구법인이 의약품 전문 마케팅업체(OOO에 지급한 쟁점수수료를 ‘OOO를 통하여 병․의원에 우회 지급한 접대비’로 보아 매입세액을 불공제하고 손금불산입한 처분의 당부

②청구법인이 의약품 도매상(주로 간납업체)에게 지급한 쟁점장려금을 쟁점수수료와 동일하게 접대비로 보아 손금부인하여 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 청구법인은 2011년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO의약품을 제조한 후 의약품 전문 마케팅 업체인 OOO(판매처 : 주로 병․의원)와 의약품 도매상(판매처 : 주로 약국)을 통해 판매하고 부가가치세와 법인세를 신고함에 있어 쟁점수수료는 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받고, 그 매입액을 손금에 산입하였으며, 쟁점장려금은 매출할인으로 매출채권 에서 차감하고 법인세 신고시 할인액을 손금에 산입하였는바,조사청은 2015.8.6.～2015.11.28.(당초 조사) 및 2016.4.25.～2016.7.1.(재조사) 기간 중 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점수수료를 OOO를 통하여 우회적으로 병․의원에 친분관계의 유지 등의 목적으로 지출하였고, 쟁점장려금을 그 지급에 대한 구체적인 계산근거 또는 증빙자료 없이 지출하였다는 이유로 각 접대비로 보아 매입세액을 불공하고 접대비 한도초과액을 손금불산입 할 것을 처분청에 통보하여 처분청이 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 아래와 같다.

  (가) 청구법인과 OOO 간 체결된 판매대행용역계약서(2011년 중 최초로 체결되었고, 이 건 용역계약서 중 하나로 보이는 것)를 보면, 용역의 범위는판매대행용역 의약품의 제품소개 및 홍보, 판매대행 용역 의약품과 관련된 모든 영업 및 마케팅 등이고(제2조 제1항), OOO는 청구법인의 의약품 판매촉진을 위하여 OOO의 판단하에 모든 활동을 수행할 수 있되「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제23조에 위배되는 행위, ‘의약품 등의 거래에 관한 보건의료분야 공동자율규약’ 제5조에 위배되는 행위, 청구법인의 명예를 실추시키는 행위 또는 OOO의 행위로 인하여 청구법인이 제3자로부터 제소를 당하거나 국가기관에 의하여 조사를 받게 되는 행위 등은 할 수 없으며(제2조 제2항), OOO는 청구법인의 제품(이 건 용역계약상 판매대행용역의 대상)과 동일 성분의 제품을 직전 3개월 평균매출대비 80% 이상 청구법인의 제품으로 스위칭(이미 개설되어 운영 중인 다른 회사의 유사 가맹점을 자사의 가맹점으로 변경하도록 하는 것)할 의무가 있고(제2조 제4항), 판매대행용역의 대상 의약품은 청구법인이 제조하는 품목(2011년 체결된 계약서에는 약 20개였다가 2013년에 체결된 것에는 약 30개로 확대됨)이며(제3조), OOO는 판매대행용역을 수행할 거래처 목록 등이 포함된 ‘판매계획서’를 계약 7일 전까지 청구법인에게 제출하여야 하고(제5조), OOO가 처방금액을 입증할 수 있는 자료를 제시하면 청구법인이 이를 검토하여 처방금액을 확정하며(제6조), OOO는 확정된 처방금액을 기준으로 청구법인에게 약정된 판매대행수수료(이 건 용역계약서에 첨부된 ‘부대합의서’를 보면 처방실적에 보험수가의 20%～40% 상당액을 곱한 금액)를 청구할 수 있도록(7조) 약정된 것으로 나타난다.

  (나)판매장려금의지급기준(시행일이2010.4.1.로,조사청이조사 기간 중 청구법인으로부터 제출받은 것으로 보이는 것)을 보면, 청구법인이 간납업체(병․의원에 공급되는 의약품의 납품계약과 병․의원이 처방하는 의약품에 대한 영업력을 모두 갖춘 의약품 도매상과 병․의원이 처방하는 의약품에 대한 영업력만을 가진 의약품 도매상의 의미함)에게 의약품 매출액의 20～45% 상당의 판매장려금을, 종합업체(병․의원에 대한 영업력 없이 단순히 약국에 의약품을 납품하는 의약품 도매상을 의미함)에게 의약품 매출액의 1～1.5% 상당의 판매장려금(이외에 재해손실이 발생한 경우 재해손실액의 50% 상당액)을 각 지급하는 것으로 나타난다.

  (다) 2010～2014사업연도 기간 중 손익계산서를 보면, 아래 <표4> 기재와 같이 지급수수료 OOO원 중 쟁점수수료(계정과목은 판매대행수수료)가 OOO원, 쟁점장려금(계정과목은 판매장려금 또는 매출할인)이 OOO원인 것으로 각 나타난다.

<표4> 청구법인의 손익계산서상 쟁점수수료․장려금 계상 내역

(단위 : 백만원)

주)합계액이 처분청이 제시한 쟁점수수료의 금액(OOO원이 더 큰 이유는 집계상 차이로 보임

  (라)쟁점수수료의 연도별 지급률(매출액 대비) 내역을 보면, 동 지급률은 아래 <표5> 기재와 같이 18～40%(연 평균 36%)이다.

<표5> 연도별 쟁점수수료의 지급 내역

(단위 : 백만원)

주)2011년의 해당 비율이 다른 연도에 비하여 낮은 이유는 이 건 용역계약이 2011년 중반에 체결되어 되어 다른 연도에 비하여 쟁점수수료 지급액이 적었던 반면, 매출액은 청구법인의 영업에 따른 것도 포함되었기 때문인 것으로 보임

  (마)쟁점장려금의 연도별 발생액․지급액 내역을 보면, 청구법인은 2010년～2014년 기간 중 아래 <표6> 기재와 같이 연도별로 발생한 판매장려금(OOO(쟁점장려금)을 지급(연도별 매출액 대비 발생액의 평균 비율은 간납도매상에 대하여 35.2%, 종합도매상에 대하여 0.7%)한 것으로 나타나고, 대금청구전표(청구법인이 쟁점장려금의 산출 내역을 입증하기 위하여 지출된 것으로, 청구법인의 거래처 중 하나로부터 받은 것으로 보이는 것) 및 관련된 입금표(청구법인이 위 거래처에 거래대금을 입금한 내역이 기재된 것)를 보면, 매출할인액 OOO원 이상인 경우의 지급률이 25%임)인 것으로 나타난다.

<표6> 연도별 판매장려금 발생액․지급액 내역

(단위 : 백만원)

주) 지급액 아래의 괄호에 기재된 비율은 ‘매출액 대비 장려금 발생액’

 (3)조사청이 청구법인에 대하여 당초 조사(조사기간 : 2015.8.6.～2015.11.28.)시 조사한 내용은 아래와 같다.

  (가) 쟁점수수료와 관련한 조사 내용

   1) 청구법인과 거래한 OOO는 233개(2013년 기준)로, 동 업체들은 청구법인 외에 다른 제약업체를 위한 판매대행용역도 수행하였는 바, OOO는 대부분 전직 제약회사 영업사원들로 구성되어 있고, 제약업체를 대신하여 병․의원을 대상으로 영업활동(홍보․마케팅)을 수행한 후 이에 대한 수수료를 지급받는 영업대행업체(개인사업자 또는 소규모 법인)이며, OOO의 영업구조를 도해로 정리하면 아래 <그림>과 같다.

   2) 청구법인은 2010년 중 ‘완제의약품 사업부’를 신설하여 OOO의약품을 판매하다가, 2011년 하반기 이후 영업조직을 축소하여 OOO와 의약품 판매대행용역계약을 체결하여 OOO에게 OOO의약품의 판매․영업을 위탁한 후 그 대가로 쟁점수수료를 지급하였다.

   3) OOO는 매월 병․의원으로부터 청구법인이 제조한 의약품의 처방실적을 확인할 수 있는 자료를 제공받아 청구법인에게 제출하면, 청구법인은 OOO에게 동 자료에 기재된 ‘처방실적(약품 개수)에 보험수가의 약 40% 상당액을 곱하여 산출된 금액’을 판매대행수수료(쟁점수수료)로 지급하였다.

 4) 청구법인으로부터 용역수수료를 받은 OOO 활동이 무엇인지를 확인할 목적으로 청구법인이 거래한 OOO(233개) 중 2개 업체에 대한 조사(2015.11.23. OOO의 대표자에 대한 문답 등)를 실시하여 확인한 바에 의하면,① OOO가 실제로 수행한 용역의 내용은 개별 약품의 효능설명 등 정상적인 판매활동이 아니라 병․의원에 대한 접대 및 친분관계 유지를 통한 약품처방 유도에 있었고, 이를 위하여 OOO는 병․의원의 의사에게 판촉물(티슈, 볼펜 등), 식사, 필요한 정보(예컨대, 병원장 자녀가 유학을 생각하는 경우 유학관련 정보 제공) 및 다양한 방법의 편의(세차, 심부름 등) 등을 제공하였고, ② 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점수수료는 인건비(OOO의 소속 영업사원에게 지급된 것)를 제외하면 영업사원들이 각 관리하는 ‘병․의원에 대한 접대비’로 사용되는 것이 대부분이었으며, ③영업사원 또는 접대를 받는 병․의원마다 사용금액 또는 방법은 상이하나 결국 주된 목적은 ‘병․의원과의 친분유지를 통한 처방실적 유도’였던 것으로 확인되었고,쟁점수수료 중 접대비로 지출된 것으로 확인되지 아니한 금액(50%～70%)의 대부분은 ‘인건비’로 계상되었으나 동 인건비에는 가공으로 계상된 후 접대비로 사용한 것이 있고, 나머지 금액도 OOO의 주된 활동이 ‘병․의원에 대한 접대 활동’이었던 이상 결국 ‘접대를 위한 비용’에 해당된다고 보았다.

   5) 병․의원이 OOO에게 처방실적자료를 제공한 사실 및 그 이유, OOO로부터 처방실적자료에 기재된 의약품에 대한 설명․홍보를 받은 사실이 있는지 등을 확인할 목적으로 OOO에게 처방실적 자료를 제공한 병․의원 6개 업체에 대한 조사(2015.11.24. 소속 의사 등에 대한 문답 등)를 실시한 결과, 병․의원이 OOO의 소속 영업사원에게 처방실적자료를 제공한 사실이 있으나, 매월 수십 명의 영업 사원들이 내방․요청하여 관례적으로 제공한 것일 뿐 어떠한 이해 관계 또는 목적이 있었던 것이 아니었고, 해당 영업사원이 소속된 OOO 또는 제공받은 자에 대하여 알지도 못하였으며,병․의원에 소속된 의사들은 OOO약품이 이미 보편화된 것이어서 그 효능 등에 대하여 OOO의 소속 영업사원보다 전문가이므로 해당 영업사원으로 부터 OOO의약품에 대한 설명을 들을 이유가 없었고 실제로도 그러한 사실이 없었던 것으로 확인하였다.

  (나) 조사청이 쟁점장려금과 관련하여 청구법인을 조사한 내용을 보면, 조사청은 청구법인이 당초 신고시 전액 손금산입한 쟁점장려금의 적정성을 입증할 수 있는 증빙자료(쟁점장려금의 발생 원인 및 계약 내용, 계산근거 등)의 제출을 요청하였으나, 청구법인은 지급기준을 근거로 쟁점장려금을 산정하였다고 주장할 뿐 제출하지 아니하였는 바, 조사청은 OOO를 통한 영업의 개시(2011년) 전에 발생하였던 판매장려금을 그 이후 사업연도에 나누어 수입금액에서 직접 차감하는 방식으로 손금산입한 것일 뿐 결국 쟁점수수료와 동일하게 그 실질이 접대의 목적으로 지출된 것으로 보았다.

 (3)조사청은 이 건의 과세적부심사결정(2016.3.28., 관련 증빙을 제출받아 쟁점수수료 및 쟁점장려금의 지출 목적과 성격 등 재조사하여 그 결과에 따라 ①정상적인 비용인지, ②접대비인 경우 그 금액이 얼마인지를 명확히 산정하라는 것)에 따라 청구법인이 거래한 OOO 중 추가로 8개 업체(당초 조사의 대상이었던 2개 외의 업체)에 대한 재조사(조사기간 : 2016.4.25.～2016.7.1.)를 실시한 결과, OOO에 대한 문답 내용 등에 근거하여 ①통상적으로 OOO가 제약회사로부터 판매대상용역에 따른 수수료를 받아 직접 또는 하부의 OOO(수수료 중 일부 지급)를 통하여 병․의원의 소속 의사들에게 사실상 접대행위(골프, 식사, 책자제공, 가족여행 지원 등)를 하는데 지출하고 있었고, ②세법상 손금산입한 금액 중에는 친․인척들의 명의로 가공경비를 계상하거나 현금으로 출금한 내역이 있었음에도 OOO가 그 사용처를 소명하지 못하였다는 등의 사실관계가 확인하였는 바, OOO가 수행한 판매대행용역은 그 실체가 없어 당초 조사와 동일하게 쟁점수수료를 약국 등과의 친분관계 유지 등의 목적으로 지출된 비용이고, 쟁점장려금도 청구법인이 의약품 도매상 중 간납업체를 통하여 병․의원과의 친분관계 유지 등의 목적으로 지출된 비용으로써, OOO는 제약회사(청구법인 포함)를 위한 ‘접대대행회사’에 불과하므로 그 대가로 청구법인이 OOO에게 지급한 지급수수료는 OOO가 이를 사용하였는지, 어떻게 사용하였는지 등을 불문하고 전액 ‘접대성 경비’로 보는 것이 타당하다고 판단하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가)먼저쟁점①에대하여살피건대,처분청은쟁점수수료가「약사법」등 법령과 사회질서 등에 위배되는 ‘리베이트’에 해당된다는 등의 이유로「법인세법」상손금에 산입될수없다는의견이나, 청구법인은 OOO와 용역계약을 체결하여 의약품의 판매와 관련한 영업을 위탁하면서 그 대가로 쟁점수수료를 지급하였고 OOO는 청구법인 외에 다른 제약회사의 의약품 판매대행도 하면서 쟁점수수료를 수입금액으로 하여 제세 신고를 한 것으로 확인되는 점, 제약회사와 OOO의 영업활동이「약사법」등 관련법령 또는 불공정거래행위 등을 규제하는「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 위반된다는 이유로 고발되거나 처벌된 사실 등이 없는 점, 처분청이 제시한 증빙자료(OOO 대표자의 진술, 언론기사 등)만으로는 제약회사의 OOO가 행한 병․의원에 대한 영업활동이「약사법」등 관련 법률 및 사회질서등에 위배된다고 보기는 어려운 점, 쟁점수수료를 청구법인의 접대비로 볼 경우 한도초과액만큼 법인세가 부과되는 동시에 이를 재원으로 하여 지출된 OOO의 접대비도 한도초과액만큼 과세되어 이중과세가 되는 점, OOO의 실체를 부인할 수 없는 점 등에 비추어 쟁점수수료를 청구법인이 OOO를 거쳐 우회하여 병․의원에 지출한 접대비로 보기는 어렵다 할 것이므로 이를 접대비로 보아 관련된 매입세액을 불공제하고 한도초과액을 손금불산입하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나)다음으로쟁점②에대하여살피건대,처분청은청구법인이 지급에 대한 구체적인 계산근거 또는 증빙자료 없이 수입금액에서 직접 차감하는 형식으로 쟁점장려금을 손금에 산입하였고 OOO를 통한 판매를 하기 전부터 병․의원에 대하여 영업력이 있는 간납업체에게만 높은 지급률(최고 45%)을 적용하여 병․의원과의 친분관계를 유지할 목적이 있었다는 등의 이유로 쟁점장려금도 접대비로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점장려금은 지급 경위(기준에 의하여 의약품 매입실적에 따름), 상대방(판매대행을 하는 전문마케팅업체가 아니라 매출거래의 상대방인 의약품 도매상) 등에 비추어 판매장려금으로 보이고, 의약품 도매상의 실질이 인정되고 과세관청이 쟁점장려금을 도매상의 수입금액으로 보는 이상, 실질과세원칙을 적용하더라도 쟁점장려금을 청구법인이 의약품 도매상(특히 간납업체)을 통하여 우회적으로 병․의원과의 친분관계의 유지 등을 목적으로 지출한 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 이를 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

  제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

 (2) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 일부개정된 것)

  제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제25조[접대비의 손금불산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1.1천200만원(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 1천800만원)에 해당 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액

2.해당 사업연도의 수입금액(대통령령으로 정하는 수입금액만 해당한다)에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액.(단서 및 표 생략)

⑤제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

  제27조[업무와 관련 없는 비용의 손금불산입] 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

  제112조[장부의 비치․기장] 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치·보존하여야 한다. (단서 생략)

  제116조[지출증명서류의 수취 및 보관] ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. (단서 생략)

②제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1.「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다)

2. 현금영수증

3. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서

4. 제121조 및 「소득세법」 제163조에 따른 계산서

④제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 증명서류의 수취·보관 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 일부개정된 것)

  제19조[손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1의2.판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

21.그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제50조[업무와 관련이 없는 지출] ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

4.해당 법인이 공여한 「형법」 또는 「국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법」에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

 (4) 의료법(2013.8.13. 법률 제12069호로 일부개정된 것)

  제23조의2[부당한 경제적 이익 등의 취득 금지] ① 의료인, 의료기관 개설자(법인의 대표자, 이사, 그 밖에 이에 종사하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 및 의료기간 종사자는 「약사법」제31조에 따른 품목허가를 받은 자 또는 품목신고를 한 자, 같은 법 제42조에 따른 의약품 수입자, 같은 법 제45조에 따른 의약품 도매상으로부터 의약품 채택․처방유도 등 판매촉진을 목적으로 제공되는 금전, 물품, 편익, 노무, 향응, 그 밖의 경제적 이익(이하 “경제적 이익 등”이라 한다)을 받아서는 아니 된다. 다만, 견본품 제공, 학술대회 지원, 임상시험 지원, 제품설명회, 대금결제조건에 따른 비용할인, 시판 후 조사 등의 행위(이하 “견본품 제공 등의 행위”라 한다)로서 보건복지부령으로 정하는 범위 안의 경제적 이익 등인 경우에는 그러하지 아니하다.

② 의료인, 의료기관 개설자 및 의료기관 종사자는 「의료기기법」 제6조에 따른 제조업자, 같은 법 제15조에 따른 의료기기 수입업자, 같은 법 제17조에 따른 의료기기 판매업자 또는 임대업자로부터 의료기기 채택․사용유도 등 판매촉진을 목적으로 제공되는 경제적 이익 등을 받아서는 아니 된다. 다만, 견본품 제공 등의 행위로서 보건복지부령으로 정하는 범위 안의 경제적 이익 등인 경우에는 그러하지 아니하다.

 (5) 법인세법 기본통칙

  19-19…3[판매부대비용의 범위] 규칙 제10조의 판매부대비용의 범위를 예시하면 다음 각 호와 같다.

1. 사전약정에 따라 협회에 지급하는 판매수수료

2. 수탁자와의 거래에 있어서 실제로 지급하는 비용

3.관광사업 및 여행알선업을 영위하는 법인이 고객에게 통상 무료로 증정하는 수건, 모자, 쇼핑백 등의 가액

4. 용역대가에 포함되어 있는 범위 내에서 자가시설의 이용자에게 동 시설의 이용시에 부수하여 제공하는 음료 등의 가액

5. 일정액 이상의 자기상품 매입자에게 자기출판물인 월간지를 일정기간 무료로 증정하는 경우의 동 월간지의 가액 상당액

6. 판매촉진을 위하여 경품부 판매를 실시하는 경우 경품으로 제공하는 제품 또는 상품 등의 가액

7. 기타 제1호 내지 제6호와 유사한 성질이 있는 금액

 (6) 의약품 등의 거래에 관한 보건의료분야 공동자율규약

  제5조[의약품 등 유통관련 투명성 강화] ① 보건의료기관, 보건의료담당자, 의약품공급자는 의약품 등 유통 및 직무와 관련하여 다음 각 호의 1에 해당하는 행위나 금품류의 제공 또는 제공받거나 제공할 것을 요구하여서는 아니된다.

1.의약품 등 거래와 관련한 외상 매출할인, 할증을 통한 부당한 금품류 제공과 심사조정보상 및 처방, 처방목록 등재, 사용 유지와 관련한 부당한 금품류

2. 의약품 등 거래 관련으로 지급되는 병원 신축비, 장학금, 보건의료 담당자들의 학회 또는 세미나 등 각종 행사와 관련한 기부금 등 금품류

3. 한약제 거래에 관한 원산지 표기위반, 의약품 외의 용도로 수입된 한약제의 불법전용, 규격품 사용의무를 위반하는 행위

4. 기타 의약품 등의 거래와 관련하여 비정상적으로 제공되는 금품류

③ 의약품공급자가 도매업상 또는 다른 유통경로를 통하여 보건의료기관 또는 보건의료담당자에게 제1항 및 제2항에서 정한 행위를 하는 경우에는 의약품 공급자가 직접한 것으로 본다.