주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2015. 11. 1. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 159,736,860원의

부과처분 중 10,314,540원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 5분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2015. 11. 1. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득

세 159,736,860원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서산시 고북면 QQ리 1429 답 14,504.2㎡ 등 7필지 합계 102,773.10㎡

(이하 ‘이 사건 양도토지’라 한다)를 보유하던 중, QQ공사에 2004. 11. 23. 이

사건 양도토지 중 3필지(1432, 1433, 1435, 이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)를, 2005. 3.

8. 나머지 4필지(1429, 1430, 1431, 1434, 이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 각 소유권

이전등기를 경료해 주었다. 원고는 위 각 양도에 관하여 2005. 6. 10. 양도가액을

755,680,000원, 취득가액을 683,955,800원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. QQ공사는 AAA에게 2004. 12. 3. 이 사건 제1토지를, 2005. 3. 25. 이 사

건 제2토지를 각 소유권이전등기를 경료하였다. AAA는 2008. 6.경 BBB에게 이 사

건 양도토지를 양도하면서 취득가액을 1,056,900,000원으로 하여 양도소득세를 신고하

였고, 피고는 AAA의 취득가액을 원고가 앞서 양도가액으로 신고하였던 755,680,000

원으로 경정하여 2012. 1. 1. AAA에게 2008년 귀속 양도소득세 159,380,320원의 부

과처분을 하였다.

다. AAA는 위 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고, 제2심(서울고등

법원 2013누53***)에서 AAA가 신고한 취득가액 1,056,900,000원을 실지거래가액으

로 인정하여 위 부과처분의 취소를 명하는 승소판결이 선고되자 피고가 위 부과처분을

직권으로 취소하였다.

라. 이에 따라 피고는 이 사건 양도토지에 관한 원고의 양도가액을 1,056,900,000원

으로 증액․경정하여 이를 면적비율에 따라 이 사건 제1토지와 제2토지 사이에 안분한

다음 원고에게, 2015. 5. 13. 2004년 귀속 거래분인 이 사건 제1토지에 대한 양도소득

세 161,656,460원을 경정․고지하였고(이 부분은 원고가 이의신청을 하였다가 기각된

후 그대로 확정되었다), 2015. 11. 1. 2005년 귀속 거래분인 이 사건 제2토지에 대한

양도소득세 159,736,860원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 12. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으

나 2016. 4. 18. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 양도토지의 취득 과정에서 매도인의 요구로 매매대금을 683,955,800

원(평당 22,000원)으로 낮추어 기재한 소위 다운계약서를 작성하고 취득가액을

683,955,800원으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 실제 매매대금으로 932,600,000원

(평당 31,000원)을 지급하였다. 따라서 원고가 이 사건 양도토지를 취득할 당시의 실지

거래가액인 위 932,600,000원을 취득가액으로 인정하지 아니한 채, 위 다운계약서상

매매대금 683,955,800원을 취득가액으로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

다. 인정사실

1) CCC은 2004. 1. 30. UU건설주식회사로부터 이 사건 양도토지를 매수하여 대

전지방법원 WW지원 등기과 2004. 11. 3. 접수 제57812호로 이 사건 양도토지의 소유

권이전등기를 마친 다음, 원고에게 같은 등기소 2004. 11. 3. 접수 제57814호로 2004.

10. 25. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

2) 원고는 이 사건 양도토지를 양도하고 2005. 6. 10. 양도가액을 755,680,000원,

취득가액을 683,955,800원으로 하여 양도소득세를 신고하였는데, 위 신고 당시 첨부한

각 부동산매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

3) 위 매매계약서와 별도로 원고의 대리인 AAA가 CCC의 대리인 DDD으로부

터 이 사건 양도토지를 양수하는 내용의 매매계약서(이하 ‘이 사건 매매계약서’라고 한

다)가 존재한다. 그 매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

매도인 : CCC 대 DDD

매수인 : GGG(원고) 대 AAA

입회인 : TTT, YYY

특약사항 : 계약금중 금일 이천만원을 지불하고 2004. 9. 20. 오후 2시까지 일억 일천만원을

은행계좌 농협 *****-**-*****(서해안 AA지구 영농조합)로 입금하면 유효(본계약)함.

단, 9. 20. 일. 오후 2시까지 나머지 계약금액 11000만원을 입금 안할시에는 본계약은 무효

임 이미 지불한 이천만원 반환청구할 수 없음

① 2004. 9. 20.자 무통장입금증 : AAA가 서해안 AA지구 영농조합에게 110,000,000원 송금

② 2004. 10. 6.자 영수증 : GGG이 이 사건 양도토지의 중도금으로 120,000,000원을 수령

③ 2004. 11. 3.자 영수증 : DDD이 AAA로부터 이 사건 양도토지의 잔금으로 235,000,000원을 수령

④ AAA 명의의 농협은행 통장사본 및 2004. 11. 3.자 무통장입금증 : AAA가 2004. 11. 3. .

  CCC에게 420,762,249원 송금. CCC이 같은 날 UU건설주식회사에게 420,762,249원 송금

DDD은 CCC으로부터 원고에게 바로 소유권이전등기가 경료될 수 있도록 하기

위하여 이 사건 매매계약서의 매도인란 ‘DDD’이라는 기재 우측에 ‘CCC 대’라는 글

자를 가필하였으나, DDD이 보관하고 있는 이 사건 매매계약서 부본의 매도인란에는

‘DDD’이라고만 기재되어 있다.

4) 이 법원에 제출된 금융자료에 의하여 인정되는 금원 지급 내용은 아래와 같다.

5) 한편, 이 사건 양도토지에 관하여 CCC의 대리인 OOO이 2004. 7. 2. DDD

에게 이 사건 양도토지를 839,400,000원에 매도하는 내용의 매매계약서가 존재하고,

그 매매계약서에 CCC의 위임장과 인감증명서가 첨부되어 있다.

라. 판단

1) 위 인정사실에 앞서 본 증거들, 제1심 증인 YYY의 증언, 변론 전체의 취지를

종합하여 인정되는 아래의 사정들을 더하여 보면 원고가 이 사건 양도토지를 DDD으

로부터 대금 932,600,000원에 취득하였다고 할 것이므로 이와 다른 전제에서 한 이 사

건 처분은 위법하다.

① DDD이 CCC의 대리인 OOO과 작성한 매매계약서, 위 OOO이 발행한 영

수증, CCC의 이 사건 양도토지 등록세영수증, 이 사건 매매계약서 부본을 현재까지

보관하고 있었던 점, 이 사건 매매계약서 부본에는 DDD의 이름 옆에 ‘CCC 대’라

는 기재가 없어 DDD이 처음부터 CCC의 대리인 자격으로 거래에 임한 것은 아니

라고 보이는 점, DDD과 YYY가 각 증언한 이 사건 매매계약서의 내용 및 작성 경

위가 원고의 주장과 부합하는 점 등을 종합하여 보면, DDD이 CCC으로부터 이 사

건 양도토지를 양수한 다음 원고에게 미등기 전매한 것으로 보인다.

② 이 사건 매매계약서에는 ‘2004. 9. 20.까지 서해안 AA지구 영농조합 명의의 농

협 계좌로 계약금 110,000,000원을 입금한다’는 특약조항이 있는데, 원고가 제출한 금

융자료에 의하여 AAA가 2004. 9. 20. 위 계좌로 110,000,000원을 입금한 사실이 확

인되는 등 이 사건 매매계약서와 금융자료가 상당 부분 일치한다.

③ 위 금융자료에 의하여 DDD이 지급받았다고 인정되는 이 사건 양도토지의 매매

대금은 총 905,762,249원으로 이 사건 매매계약서의 매매대금 총액과 유사하다.

④ 원고는 이 사건 양도토지를 2004. 11. 29.경부터 2005. 3. 18.경 사이에 AAA에

게 매매대금 합계 1,056,900,000원(평당 34,000원)에 양도하였다. 만약 원고가 이 사건

양도토지를 2004. 11. 2. CCC으로부터 683,955,800원(평당 22,000원)에 양수하였다

고 본다면 원고가 불과 한 달여 만에 약 372,944,200원에 이르는 양도차익을 얻었다는

셈이 되어 이를 쉽게 납득하기 어렵다.

2) 따라서, 이 사건 제2토지의 취득가액은 위 취득가액 932,600,000원을 이 사건 제

1토지와 제2토지에 안분하여 계산한, 별지 2 기재와 같은 526,349,117원이므로, 위 취

득가액을 적용하여 계산한 정당한 원고의 2005년 귀속 양도소득세액은 아래 표와 같

이 38,584,903원이 된다고 할 것이나, 원고가 이미 신고한 양도소득세액을 뺀 나머지

증액,경정된 처분의 취소를 구하고 있으므로 위 정당세액에서 이미 신고된 양도소득세

액을 뺀 세액은 10,314,540원이 된다고 할 것이니 이 사건 처분은 위 세액의 범위 내

에서 적법하고 그 범위를 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 앞서 인정한 세액을 초과하는 범위 내에서 이유 있어 이를

인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달

리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경하기

로 한다.