1. 처분개요

가. 청구법인은 반도체 장비․부품 제조업을 영위하며 2011사업연도 매출이 1천억원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2011사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었으나, 2012∼2014사업연도에 청구법인이 주식회사 OOO 주식을 30% 이상 소유하는 등 실질적인 독립성 규정에 적합하지 않다고 보아 법인세 신고시 중소기업에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다.

나. 청구법인은 2017.2.22. 관계회사제도에 의하여 중소기업에 해당하지 않는다고 하여 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 것은 아니라는 취지의 대법원 판결(2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)에 따라 위 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 2012사업연도분 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 등에 따라 중소기업 유예기간을 적용받던 기업이 그 기간 중 같은 영 제2조 제2항 제3호에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생하는 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 않으므로 2012～2014사업연도에 청구법인의 유예기간이 배제된다고 보아 2017.3.27. 거부처분하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.18. 이의신청을 거쳐 2017.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 이미 2011사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2014사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받고 있었으므로, 청구법인이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항이 정한 “중소기업”에 해당하지 않는다하더라도 기존에 적용받던 중소기업 유예기간이 실효되는 것은 아니다. 즉 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 단서는 각 호에 정한 사유에 해당하는 경우 유예기간의 개시를 제한하는 규정일 뿐 이미 개시한 유예기간의 실효를 규정하는 것은 아니라 할 것이다.

 (2) 대법원(2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)도 동일쟁점에 대하여 「조세특례제한법 시행령」은 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하고, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 단서는 같은 항 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다고 판단한 바 있으므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 「중소기업기본법 시행령」제3조의2에서 지배기업이 단독으로 또는 친족과 합산하여 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 상호간에 지배 또는 종속의 관계가 성립하여 관계기업 기준이 적용된다 할 것이고, 관계기업에 속하는 기업의 경우 같은 법 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수가 1,000명 미만, 자기자본이 OOO원 미만이어야 중소기업에 해당할 것이나, 청구법인은 종속기업의 주식을 30%이상 소유하면서 최다출자자로 관계기업에 해당한다 할 것이고, 환산자기자본이 2011사업연도부터 1천억원 이상으로 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호의 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하므로 청구법인은 중소기업에 해당하지 아니한다 할 것이다.

 (2) 기획재정부 예규에서도 「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2015.2.3. 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 본문에 따라 유예기간을 적용받던 기업이 유예기간 중 같은 영 제2조 제2항 제3호에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 않는 것으로 해석하고 있으므로(조세특례제도과-97, 2017.1.19., 참고), 2012∼2014사업연도에 청구법인은 중소기업 유예기간이 배제된다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 단서 규정에 따라 중소기업유예기간이 적용되지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 시행령

 (1) 조세특례제한법 시행령 제2조[중소기업의 범위] ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다) 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

 (2) 중소기업기본법 시행령

  제2조[정의] 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

  제3조[중소기업의 범위] ① 중소기업기본법 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수 등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

  제3조의2[지배 또는 종속의 관계] ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우    

 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

 나. 가목에 해당하는 개인의 친족

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2001.4.2. 설립되어 반도체장비․부품제조업을 영위하는 외부감사대상기업으로, 2011사업연도에 매출액 OOO원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2014사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있었으나,

  아래 <표1>과 같이 2012년∼2014사업연도에 청구법인은 주식회사 OOO 주식을 30% 이상 소유하여 최다출자자로 「중소기업기본법 시행령」제2조 및 제3조의 관계기업에 해당하게 되었고, <표2>와 같이 청구법인과 주식회사 OOO 및 주식회사 OOO는 자기자본, 매출액이 법 기준에 맞지 아니하여 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호에 의한 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 사실에 대하여는 당사자들 간에 다툼이 없다.

<표1> 청구법인 주식보유현황(2012사업연도)

(단위 : %)

<표2> 종속회사와 청구법인의 자기자본 등 현황(2012사업연도)

(단위 : 명, 백만원)

(단위 : 명, 백만원)

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 처분청은 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호에 따른 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없다는 의견이나,

 「조세특례제한법 시행령」에는 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 동 단서는 제2호 사유 외에는 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제1항 제3호의 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중인 유예기간이 실효된다고 해석하기 어려운 점(조심 2016중2352, 2017.6.21. 합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.