주 문

OOO이 2017.11.20. 청구법인에게 한 2012~2016사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인을 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 본문에 따라 2012사업연도부터 2013사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있는 기업으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010사업연도에 「조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 시행령」제2조의 중소기업 자기자본 기준을 초과하여 2011사업연도부터 3년간 중소기업 유예기간을 적용받게 되었으나 2012사업연도말 기준으로 aaa주식회사(이하 “aaa”이라 한다)의 발행주식 51.52%와 주식회사 bbb의 발행주식 33.56%를 보유하고 있고, aaa는 주식회사 bbb의 발행주식 41.75%를 보유하고 있어 2012사업연도부터 적용되는 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되어 2012.1.1. 시행)의 관계기업 기준에 위배되어 중소기업 유예기간이 실효되는 것으로 보아 2012~2016사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 중소기업 유예기간을 적용받는 경우 관계기업에 속하는 기업의 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하더라도 중소기업 유예기간이 실효되지 아니한다는 사유로 2017.9.22. 2012~2016사업연도 법인세 합계 OOO의 감액경정과 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이라도 관계기업기준에 위배되는 경우 해당 사업연도부터 중소기업 유예기간이 실효되는 것으로 보아 2017.11.20. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

   조특법 시행령 제2조 제2항 단서 전단 및 제3호의 규정은 중소기업이 관계기업 합산규모를 초과하여 중소기업에서 제외되는 경우 유예기간을 적용하지 아니한다는 의미로 해석하여야 하는 것이지 이미 자본금 초과로 인하여 유예기업의 잔존 유예기간까지 실효시키는 규정으로 해석할 수 없는 점, 청구법인의 경우 2010사업연도에 독자적으로 자본금을 초과하여 중소기업의 범위에서 제외되었으므로 “제3호의 사유로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”에 해당한다고 볼 수도 없는 점, 최근 대법원 판례(2017.1.17. 선고 2016두53920 판결 등) 및 조세심판원 결정례(조심 2016중2352, 2017.6.21. 합동회의)에서도 본 사안과 사실관계가 유사한 사례에 대하여 중소기업 유예기간이 배제되지 아니한다고 해석하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 조특법상 중소기업 관련 규정은 「중소기업기본법」의 독립성기준과 유예기간 제도에 대한 기본개념을 따르고 있는바, 중소기업청장이 발행한 ‘2015년 중소기업 범위해설’에 의하면 유예기간 중인 중소기업이라 하더라도 유예기간 적용 배제 사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸하는 것으로 해석하고 있다. 최근 대법원 판결은 “유예기간 중에 있는 기업”은 “중소기업”이 아니라고 해석하고 있는데 중소기업 적용 배제 사유의 발생시점에 따라 유예기간이 달라지는 불합리한 결과가 발생할 수 있고, “유예기간 중에 있는 기업”은 과거 조특법 기본통칙의 합병법인에 대한 중소기업유예기간의 적용범위에 기재된 문언을 법제화한 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 중소기업 유예기간 적용 중인 청구법인이 관계회사의 실질적 독립성요건을 갖추지 못한 경우 유예기간이 실효되는지 여부

가. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 시행령

    제2조[중소기업의 범위] ① 「조세특례제한법」 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업(이하 중략)을 주업으로 하는 기업으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원 수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1.∼2. 생략

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.∼2. 생략.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목ㆍ나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

 (2) 중소기업기본법 시행령

 제2조[정의] 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

    제3조[중소기업의 범위]

    ① 「중소기업기본법」 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

    1. 생략

    2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

   다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수 등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

    제3조의2[지배 또는 종속의 관계]

    ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. (이하 생략)

  1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우   

   가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

   나. 가목에 해당하는 개인의 친족

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인의 사업연도별 자본금 현황을 살펴보면 아래 <표>와 같이 2010사업연도 자본금이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었고, 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 2011사업연도부터 2013사업연도까지는 중소기업 유예기간 적용대상에 해당하였다.

  (나) 2012사업연도에 청구법인은 aaa의 주식 51.52%, 주식회사 bbb의 주식 33.56%, aaa는 주식회사 bbb의 주식 41.75%를 보유함에 따라 관계기업에 해당하고 조특법상 관계기업 기준을 불충족한 사실에 대해 당사자 간 이견은 없는 것으로 나타난다.

  (2) 처분청은 중소기업청장이 발행한 “2015년 중소기업 범위해설”책자의 일부를 발췌하여 아래와 같이 제시하였다.

<중소기업청, 2015년 중소기업 범위해설 p69>

다만, 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 유예기간이 주어지지 않습니다. 또한, 유예기간 중인 중소기업이 다음의 어느 하나에 해당하게 되는 경우에도 남은 유예기간이 소멸됩니다.

 ① 중소기업이 `중소기업이 아닌 기업'과 합병하는 경우

 ② 중소기업과 `유예기간 중인 기업'이 합병하여 규모기준을 초과하는 경우

 ③ 중소기업이 상호출자제한기업집단 등에 속하는 경우

 ④ 자산총액 5천억원 이상인 모법인이 30%이상 지분소유하고 최다출자자인경우

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이나, ｢중소기업기본법｣에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 조심 2016중2352, 2017.6.9. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 중소기업 유예기간이 즉시 종료한 것으로 보아 2012~2016사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.