주 문

OOO장은 청구법인이 2017.10.20. 경정청구한 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분OOO원, 2016사업연도분 OOO원에 대하여 청구법인이 2012사업연도 이후에도 잔여 중소기업 유예기간을 계속 적용받는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 제조업을 운영하는 법인으로 2011사업연도에 상시종업원 및 자본금 규모기준을 초과하여 중소기업 유예기간을 적용 받던 중, 2012사업연도에 주식회사 OOO의 주식 100%를 취득함으로써 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 다목에 따른 기준(이하 “관계기업기준”이라 한다)을 초과하였고, 2012사업연도부터 바로 중소기업 유예기간이 실효되는 것으로 판단하여 중소기업 기준을 배제하여 법인세를 신고하였다.

나. 그 후 청구법인은 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결) 및 조세심판원 결정례(조심 2016중2352, 2017.6.21. 합동회의) 등에 의거하여 2012.1.1.부터 관계기업기준을 초과하였더라도 잔여 유예기간을 계속 적용하여야 한다고 주장하면서, 연구․인력개발비 세액공제 등을 ‘중소기업 공제율’을 적용하여 재계산하고, 2017.10.20. 처분청에 아래 <표1>과 같이 법인세 합계 OOO원(2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분OOO원, 2016사업연도분 OOO원)을 환급하달라는 취지로 경정청구를 하였으며, 처분청은 경정청구일로부터 2개월 경과하여도 결과통지를 하지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결) 및 조세심판원 결정례(조심 2016중2352, 2017.6.21. 합동회의) 등 다수에 의하면 “기존에 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 대하여는 관계기업기준 초과로 인하여 중소기업 요건을 갖추지 못하게 된 경우에도 이로 인해 기존 유예기간을 실효시킬 수 없다”고 봄이 타당하므로, 청구법인은 2012～2014사업연도에는 중소기업에 해당하고, 2016사업연도에는 중소기업에서 제외된 첫 3개년도 이내로서 중견기업에 해당함이 명백한바, 청구법인의 경정청구에 따라 법인세를 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

 관련법령에 대한 문리적 해석 및 입법 취지, 「조세특례제한법」이 준용하고 있는 중소기업기본법에 대한 해석 사례등을 검토할 때, 잔여 유예기간을 불인정함이 타당하고, 기획재정부 및 국세청의 예규 등은 ‘중소기업 유예기간 중 관계기업 해당 시 잔여 유예기간이 적용되지 아니하는 것’으로 일관되게 해석하여 왔으며, 대법원 판례 이후에도 같은 입장을 취하고 있고, 선행 대법원 판례는 「조세특례제한법」의 개정취지에 대한 오인의 가능성이 있으며, 판례에 따를 경우 불합리한 문제점이 발생하는 등 그 의의를 존중하기에는 간과한 내용이 많다고 판단되므로, 이 건 경정청구는 거부함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

    중소기업 유예기간 중 관계기업기준에 의하여 중소기업기준을 초과한 청구법인이 잔여 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

 (1) 중소기업기본법

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

 가. 업종의 특성

 나. 상시 근로자 수

 다. 자산규모

 라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

 (2) 중소기업기본법 시행령

제3조(중소기업의 범위)「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

 가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

 나. 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 발행주식(「상법」제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(괄호 생략)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것

제7조의2(관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다.

제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우

3. 중소기업이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우

부칙<2009.3.25.>

제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일

제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (3) 조세특례제한법 시행령

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (중략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호가목․나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인은 2011사업연도에 상시종업원 308명, 자본금OOO억원으로, 중소기업기준인 상시종업원 300명 및 자본금 OOO원을 초과하게됨에 따라 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되어 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 유예기간을 적용받게 되었고, 유예기간을 적용받던 2012사업연도 중 주식회사 OOO의 주식 100%를 취득함으로써, 관계기업 매출액이 OOO원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 사실에 대하여 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없으며, 청구법인은 2012사업연도부터 즉시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것으로 보아 2012～2016사업연도 법인세를 신고한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인은 2012～2014사업연도에는 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업에 대한 공제감면을 추가로 적용하고, 2016사업연도에는 연구․인력개발비 세액공제 중견기업 공제율을 적용하는 것으로 하여 아래 <표1>과 같이 경정을 청구한 것으로 나타난다.

<표1> 경정청구 주요 내용

OOO

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다는 의견이나, 「중소기업기본법」에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 2012～2014사업연도에 대하여 중소기업 유예기간을 적용하여 달라는 취지로 한 이 건 경정청구는 이유 있다고 할 것이다.

  따라서, 청구법인이 경정청구한 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원은 청구법인이 2012사업연도 이후에도 잔여 중소기업 유예기간을 계속 적용받는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

 4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.