심판청구를 기각한다. |
[이 유] |
가. 청구인은 1999.1.29. 취득한 OOO 전 44㎡ 등 4필지 합계 2,093㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.11.7. ‘OOO 진입도로공사사업’을 위한 수용으로 양도하고, 「조세특례제한법」제69조에 의한 자경농지에 해당한다고 하여 양도소득세 감면OOO을 적용하여 2016.12.2. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간 중인 2000년부터 2013년까지 OOO에 근무하면서 연간 총급여액이 OOO원을 초과하는 근로소득을 수령한 사실을 확인하고 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항에 따라 동 기간을 자경기간에서 제외하여 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2017.7.6. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.9.27. 이의신청을 거쳐 2018.2.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 1999.1.29. 쟁점토지를 취득한 때부터 양도일까지 17년 9개월(1999.1.29.～2016.11.7.) 동안 자경하였고, 잔여 토지와 쟁점토지가 수용된 이후 2016.12.13. 대토농지로 취득한 OOO 전 3,702㎡를 계속하여 자경하고 있다. (2) 청구인이 쟁점토지 양도 이전인 2013년 10월, 쟁점토지와 같은 지번에서 분할된 OOO 전 79㎡와 같은 동 OOO 전 316㎡를 수용으로 양도한 데 대하여 「조세특례제한법」제69조에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 신고하였고 처분청도 이를 인정한 사실이 있음에도 처분청이 새로운 법령을 이유로 총급여액이 OOO원을 초과하는 과세기간을 자경기간에서 제외하여 청구인의 쟁점토지에 대한 자경기간을 3년 9개월로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세 감면(8년 이상 자경한 경우) 및 농지대토 감면(4년 이상 자경한 경우)을 부인하는 것은 동일한 토지에 대하여 동일하게 감면규정이 적용되어야 하는 실질과세원칙에 어긋난 것이고, 동일한 사안에 대하여 감면규정이 적용되리라는 과세관청에 대한 납세자의 신의를 저버린 것이며, 8년 이상 자경요건을 이미 갖추고 있는 청구인에게 새로운 해석이나 법 규정에 의하여 소급하여 과세하는 것이어서 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이다. (3) 청구인은 다행스럽게 자경하면서 근무할 수 있는 직장OOO에 다닌 자경 농민으로서 농사일을 손에서 놓아 본 적이 없고, 2013년 10월 및 쟁점토지가 수용될 때 정부시책에 순응하여 수용에 응하였으며, 계속하여 농사를 짓기 위해 대토농지를 매입하였다. 만약 청구인이 수용가를 더 받을 목적 또는 자경기간을 늘리기 위해 재결 등을 신청하였다면 쟁점토지 보유기간은 최소한 6개월 정도 늘어났을 것이고, 그렇게 되었더라면 4년 이상의 자경을 요건으로 하는 대토농지에 대한 감면은 최소한으로 적용받을 수 있어 이러한 양도소득세 감면에 대한 다툼이 없었을 터인바, 처분청이 쟁점토지에 대하여 자경농지 감면 또는 농지대토 감면을 적용하지 않는 것은 청구인에게는 너무 억울한 처분이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 1999.1.29. 쟁점농지를 취득한 이후부터 양도시까지 자경한 사실은 매매계약서, 농지원부, 조합원증명서, 농자재 거래내역서, 자경확인서 등 제출서류로 확인된다. (2) 그러나, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항 및 부칙 제1조(이하 “쟁점법령”이라 한다)에 따라 청구인의 총급여액이 3천 700만원 이상인 2000년부터 2013년까지 기간은 청구인의 경작기간에서 제외되어야 하므로 결국 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 자경기간은 3년 9개월에 불과하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건(8년 이상 자경) 및 쟁점토지를 양도하고 새로 취득한 농지에 대한 대토감면 요건(4년 이상 자경)을 충족하지 못하였다. (3) 쟁점토지는 쟁점법령이 시행된 이후인 2016.11.7. 양도하였으므로 쟁점토지의 양도라는 과세요건이 완성되지 아니한 상태에서 쟁점법령이 개정되었고, 이후 양도한 것에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 것이므로 이는 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 총급여액이 3천 700만원 이상인 과세기간을 쟁점토지 자경기간에서 제외하여 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점토지는 청구인이 1999.1.29. 취득하여 2016.11.7. ‘OOO 진입도로공사사업’을 위하여 ‘공공용지의 협의 취득’에 의하여 다음 <표1>과 같이 양도되었고, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다는 사실은 농지원부, 조합원 증명서, 비료 및 농약 구매내역, 경작사실 확인서 등으로 확인되며, 쟁점토지가 양도일 당시 농지라는 사실과 청구인이 농지소재지 거주요건을 충족하고 있는 것에 대하여는 다툼이 없다. (나) 청구인이 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 신고한 내역과 처분청이 경정․고지한 내역은 다음 <표2>와 같다. (다) 국세청 대내포털시스템에 의하면 청구인이 쟁점토지를 보유하고 있던 17년 9개월 동안(1999.1.29.～2016.11.7.)에 청구인의 연도별 근로소득 총급여액 및 처분청이 쟁점법령에 따라 과세기간별 총급여액이 3천 700만원을 초과하는 기간을 청구인이 자경한 기간에서 제외한 내역은 다음 <표3>과 같다. (라) 청구인은 2016.11.7. 쟁점토지를 양도한 후 2016.12.13. 대토농지로 OOO 전 3,702㎡를 OOO원에 새로 취득하였는바, 새로 취득한 농지의 면적은 쟁점토지 면적의 3분의 2 이상이며 취득가액이 또한 쟁점토지 양도가액의 2분의 1 이상이라서 「조세특례제한법 시행령」제67조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 중 면적요건과 가액요건은 충족되는 것으로 나타나나, 처분청은 같은 조 제6항에 따라 청구인의 총급여가 3천 700만원 이상인 기간인 2000년부터 2013년까지 14년의 기간은 자경기간에서 제외되므로 청구인의 자경기간은 1999.1.29.부터 1999.12.31.(337일)까지와 2014.1.1.부터 2016.11.7.(1,041일)까지로 이는 총 1,378일(3년 9개월 가량)이어서 종전 토지를 4년(1,460일) 이상의 자경할 것을 요건으로 하는 자경기간요건이 충족되지 못하여 결국 쟁점토지의 양도는 농지대토 감면요건을 충족하지 않는 것으로 판단하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였으므로 양도소득세 감면이나 최소한 농지대토에 따른 감면은 적용되어야 한다고 주장하나, 거주자의 사업소득금액과 총급여액의 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외한다는 쟁점법령이 2014.2.21. 신설되었고, 부칙에서 2014.7.1. 시행 후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점토지를 양도하여 과세요건이 성립된 시점이 2016.11.7.이라 쟁점법령을 적용하는 것이 타당한 점, 대법원이 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌 점(대법원 1996.10.29. 선고 96누9423 판결 등 같은 뜻임), 청구인의 총급여액이 3천 700만원 이상인 기간을 쟁점토지 경작기간에서 제외하면 자경기간이 3년 9개월에 불과한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략) 제70조[농지대토에 대한 양도소득세 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략) (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. 제67조[농지대토에 대한 양도소득세 감면요건] ① 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)・군・구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역 2. 제1호의 지역과 연접한 시・군・구 안의 지역 3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 ② 법 제70조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. ③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다. 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것 2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다. 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것 ⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. |
