[주 문]

 OOO장이 2017.12.18. 청구종중에게 한 양도소득세 2014년 귀속분 OOO원의 부과처분은 청구종중이 OOO 외 2필지 답 6,429㎡를 8년 이상 위토로 경작하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구종중은 2014.4.8.부터 2015.12.28.까지 OOO 외 1필지 답 3,321㎡(이하 “쟁점①농지”이라 한다)를, 2016.3.8. 같은 곳 199 답 3,108㎡(이하 “쟁점②농지”라 하고, 쟁점①농지과 합하여 “쟁점농지”라 한다)를 양도하고, 2014.6.30.부터 2016.5.31.까지 「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 감면규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구종중의 감면신청에 대하여 2017.9.4.부터 2017.9.30.까지 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구종중이 종중원의 책임 하에 농지를 경작하게 하고 경작에 따른 대가를 받은 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 배제하고 2017.12.18. 청구종중에게 2014년～2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2018.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

  (1) 청구종중의 재산은 구성원들이 총유의 형태로 소유하며 정관 기타 규약에 따라 총유물로 사용․수익하는 것인바, 종중 소유의 농지는 개인소유 농지와 달리 종중이 직접 경작할 수 없고, 영농에 대하여 알지 못하므로 종중원에게 전반적인 권한을 부여하여 종중원의 책임과 계산 하에 쟁점농지를 직접 경작토록 하였으며, 청구종중의 종중원이 쟁점농지 소재지에 거주하며 8년 이상 경작한 사실에 대하여는 처분청도 다툼이 없다.

  (2) 처분청은 영농비용의 지출, 수확물의 처분수익 등을 종중의 책임과 계산하에 종중원으로 하여금 경작하여야 한다는 의견이나, 종중의 회계를 맡고 있는 종중원(총무)이 생업을 유지하면서 종사에 자발적으로 참여하고 있는 상황에서 쟁점농지에 상주하면서 영농비용을 지출하도록 하는 것은 현실적으로 어려운 점, 이에 쟁점농지를 경작하는 종중원이 직접 영농비용을 지불하고, 수확물을 처분하여 쟁점농지에서 나오는 수익과 종사비용을 종중과 1년에 한번 정산하면서 종중원(OOO, 故 OOO 및 OOO)은 종중에 헌성금(경작하지 아니하는 종중원이 납부하는 헌성금과 구분하기 위하여 금전출납부에 ‘도조’라고 표기함)을 납부하거나 부족액은 종중으로부터 지급받았다.

  (3) 2013.5.24. 개정 전 「조세특례제한법 기본통칙」69-0…3 제2항에서 “종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하거나 자기 책임하에 농사를 지은 경우에도 법 제69조 제1항의 규정에 의한 자경농지로 본다”고 규정하고 있고, 2013.5.24. 개정된 같은 법 기본통칙 69-0…3 제2항에서 “종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우 법 제69조 제1항의 규정에 의한 자경농지로 본다”고 규정하고 있는바, 개정 전후 모두 “종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우 자경농지에 대한 감면을 적용”하도록 규정되어 있음에도 2013.5.24. 개정된 기본통칙에서 개정전 통칙 규정과는 달리 “자기 책임 하에 농사를 지은 경우”라는 문구가 삭제되었다는 이유로 종중원이 아닌 종중의 책임과 계산으로 자경하여야 하는 것으로 해석하는 것은 타당하지 아니하고, 2013.5.24. 개정 전에 이루어진 자경행위에 대하여는 2002.4.15. 개정된 「조세특례제한법 기본통칙」69-0…3 제2항에 따라 “자기(종중원 중 일부) 책임하에 농사를 지은 경우”도 자경농지로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지에 대하여 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  (1) 청구종중은 자연인이 아니어서 자기노동력으로 경작을 할 수 없으므로 원칙적으로 직접경작이 불가능하나, 종중농지의 특성을 감안하여 종중이 직접 작물을 선정하고, 영농비용을 지출하거나 수확물의 처분수익을 얻는 등 종중의 책임과 계산하에 종중원으로 하여금 경작을 한 경우에 한하여 직접경작한 것으로 인정하고 있고, 이에 대한 입증책임은 이를 주장하는 자에게 있는바, 청구종중은 종중의 책임과 계산 하에 경작하였음을 확인할 만한 증빙(영농비용 지출, 수확물의 관리처분․수익 등과 관련된 증빙)을 제시하지 아니하였다.

  (2) 작물선정, 영농비용의 지출, 수확물의 관리처분 및 수익은 전적으로 대리경작자인 종중원의 책임 하에 이루어졌고, 종중원이 영농과정에서 종중과 협의하거나 허가를 득하는 과정은 없었으며, 쟁점②농지를 경작한 OOO은 경작대가로서 매년 소작료(도조, 도지)를 납부한 사실이 청구종중의 금전출납부에서 확인(소작료와 별도로 헌성금을 납부한 사실이 있어 소작료를 헌성금이라고 볼 수 없음)되어 대리경작한 것으로 보이고, 쟁점①농지를 경작한 故 OOO과 그의 아들 OOO는 장손의 지위인 봉사손으로, 제물(제사음식)을 준비하고 사당 등을 관리하는 대가로 소작료(도조)를 면제받고, 쟁점①농지가 양도된 후에는 종중으로부터 제물마련비용을 지급받은 사실이 있는데, 소작료를 내는 대신 선영 및 사당관리, 제물비용을 일부부담한 것으로 보이므로 이 또한 토지를 대리경작하고 시제 등을 대신 지내주는 방식의 대리경작을 한 것으로 봄이 타당하다.

(3) 청구종중이 증빙으로 제시한 「조세특레제한법 기본통칙」 제69-0…3은 제1항에서 대리경작, 위탁경작, 임대차한 농지는 자경농지에서 제외하고 있으므로 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작한다 할지라도 “종중의 책임”하에 경작된 경우에 한해 자경농지에 대한 감면이 적용되는 것으로 해석함이 타당하고, 조세특례제한법 집행기준(69-66-18)에서도 “종중과의 약정에 따라 종중원의 책임하에 농지를 경작하고 경작에 따른 대가를 종중에 지급하는 경우는 대리경작으로 보아 감면을 배제”하도록 규정하고 있는 점, 종중이 소유한 농지 중 종중원이 경작한 농지를 자경농지로 보는 법령의 입법취지는 제물마련을 위해 필요하고 직접경작이 가능한 범위 내의 위토는 미풍양속을 존중하기 위하여 감면을 인정하기 위함인데, 청구종중의 경우 쟁점농지OOO를 포함하여 총 OOO의 농지를 보유하고 있는바, 사실상 대리경작이 불가피한 경우까지 자경농지 감면을 인정하는 것은 사회통념상 부합하지 아니한 점, 청구종중은 쟁점농지를 경작한 대리경작자(OOO, 故 OOO, OOO) 외에도 쟁점농지 외 다른 농지를 수명의 종중원과 종중원이 아닌 조 여인으로 하여금 대리경작하도록 하고 소작료를 받았는데, 이는 지주와 소작농의 관계인 것으로 보이는 점, 청구종중은 금전출납부에 묘소관리에 소요된 비용 등은 천원 단위까지 상세히 기록하면서, 영농비용만 금전출납부의 기입이 불가능하다고 주장하는 것은 타당하지 아니하고, 청구종중이 영농의 비전문가이고 구체적인 지급증빙의 구비가 어렵다 할지라도 대략적으로 작물의 종류를 정하여 주거나 영농비용을 정기적으로 정산하는 등의 방법으로 청구종중의 책임과 계산으로 농지를 관리하였어야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 자경농지에 대한 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점농지의 양도가 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

나. 관련 법령

  (1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)

   제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  (2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것)

   제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구종중의 쟁점농지 양도에 따른 양도소득세 신고내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점농지 양도소득세 신고내역

(2) 처분청의 심리자료에 의하면, 쟁점농지 경작현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 종중원 쟁점농지 경작 현황

  (3) 처분청이 제출한 쟁점농지 경작자 OOO 등에 대한 문답자료(2017.10.30.)에 의하면, OOO에게 쟁점①농지의 경작현황을 문의한 결과, “작물은 OOO가 선택하고, 수확한 쌀은 지인에게 직접 판매하며, 판매대금은 종중과는 무관하고 제수비용으로 사용하였다”고 답변하였고, 퇴비 및 비료살포, 파종, 추수, 농약방제 등 영농활동이 필요한 경우 종중의 지시에 따라 하였는지 문의하자 “부친(故 OOO)과 OOO의 의견대로 하였고, 영농비용을 청구종중에서 지급한 사실은 없다”고 답변한 것으로 나타난다.

  (4) 처분청이 세무조사 과정에서 확인한 청구종중의 현금출납부 수입․지출내역을 보면, 쟁점농지를 경작한 OOO이 정기적으로 청구종중에 지급한 금액은 헌성금과 별도로 “도조” 또는 “도지”로 기재되어 있고, 영농비용을 지출한 내역은 확인되지 아니한다.

  (5) 청구종중이 제시하는 주장과 제출한 증빙의 주요내용을 보면 다음과 같다.

   (가) 쟁점①농지는 공부상 등기인인 OOO이 1987년부터 경작하며 종사에 소요되는 경비를 충당하다가, 1998년 청구종중의 봉사손인 故 OOO이 OOO묘하 재실[주민등록상으로는 2004.11.29. OOO(쟁점농지에서 7.9km)로 전입함]로 이사하여 이를 경작하였고, OOO이 2012.1.17. 사망하자 그의 아들 OOO가 경작하여 그 수익금 이상을 종사 주관비용으로 사용하였으며, 쟁점②농지는 OOO에 거주하는 OOO이 29년간 경작하면서 그 수익금으로 봉사손 故 OOO과 그의 아들 OOO가 주관하는 종사를 보조하는 비용으로 사용하고 남은 돈은 헌성금(쌀 6가마에 상당하는 금원)으로 청구종중에 지급하였다.

   (나) 청구종중이 대략적으로 계산한 2013년에 소요된 종사비용은 OOO인데, 쟁점농지를 포함한 종중이 소유한 농지에서의 수익은 OOO원(OOO OOO원, OOO OOO원, 기타 OOO원)인바, 청구종중에서는 영농비용, 수확물의 관리처분, 수익정산을 일일이 관리할 수 없어 1년에 한 번 포괄적으로 정산하였으며, 종중원도 조상을 섬긴다는 마음으로 부족액을 종중에 청구하지 않기도 하였다.

   (다) 종중의 책임과 계산 아래 쟁점농지를 경작하여야 한다면, 농지를 경작하는 종중원은 본인의 농지 외에 쟁점농지에 대한 별도의 영농일지를 작성하고 결산서를 종중에 보고하여야 하는데, 이는 보통의 농업인으로서는 하기 어려운 것이 현실이며, 종중원 중 일부가 종중농지 소재지에 거주하며 직접 경작한 경우에는 자경농지로 보아야 한다.

   (라) 종중은 자기의 책임과 계산으로 농업을 영위하지 못하는 단체임을 감안하여 종중원이 직접 경작하는 경우 자경으로 인정하고 있고, 대법원 판례(1990.5.22. 선고 90누639 판결)에서 “자기가 경작한 토지라 함은 자기의 책임과 계산 하에 농사를 지음을 의미하는 것이지 자기가 직접 논밭을 갈고, 가꾸고, 수확하는 것만을 의미하지 아니한다”고 판시하였으며, 문언상 “직접”이란 “중간에 아무것도 끼거나 거치지 아니하고”를 의미하는바, 만약, 종중원이 종중의 지시를 받고 경작을 하였다면, 이는 오히려 간접경작을 한 것이지, 직접경작한 것으로 보기 어렵다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제69조 제1항에서 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 전부를 감면하도록 규정하고 있고, 동 규정의 취지는 직접 농업에 종사하는 자가 장기간 농업에 종사할 수 있도록 하여 농촌인구의 감소를 방지하고 농업을 육성하고자 하는데 있음을 고려할 때, 종중의 경우에는 단체로서 자기의 노동력으로 경작할 수는 없으므로 종중의 책임과 계산 아래 종중원이 농지를 경작하는 경우에는 직접 경작으로 볼 수 있으나, 종중의 책임과 계산 없이 단순히 대리경작, 위탁경작을 한 경우는 직접 경작에 해당한다고 볼 수 없는바,

  쟁점①농지는 종손에 준하는 봉사손의 지위에 있는 자가 종중에 경작대가를 별도로 지급하지 아니하고, 종사를 직접 주관하며 해당 농지를 경작하는 등 이를 위토로 경작한 것으로 볼 수 있는 측면도 있는 반면, 쟁점②농지는 도조 형식으로 수수한 금원의 성격과 위토로 사용되었는지 여부가 확인되지 아니하는 점, 처분청도 쟁점농지가 위토로 사용되었는지를 조사하지 아니하고, 단순히 영농비용을 종중 명의로 지출하지 아니하였다는 이유만으로 쟁점농지를 모두 대리경작 하였다고 판단한 것으로 보이는 점, 청구종중이 제시한 증빙만으로는 쟁점농지 전체가 실제 위토로 경작되었는지, 아니면 청구종중과 종중원 간에 임대차계약 등에 따라 대리경작하도록 한 것에 불과한지, 쟁점농지를 경작한 종중원이 종중에 지급한 금원이 종중의 시제비용 등에 충당하기 위한 용도로 사용하였는지 여부 등이 구체적으로 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 청구종중이 쟁점농지를 위토로 자경하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.