주 문
심판청구를 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구인은 2009.10.6. OOO을 사업장 소재지로 하고 OOO이라는 상호로 사업자등록을 한 후 열처리 제조업을 영위하고 있는 사업자로서, 2009년 귀속 종합소득세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제1항에 의거 창업중소기업세액감면OOO을 적용받았고, 2010～2011년 귀속 종합소득세 신고시에는 같은 법 제7조에 규정하는 중소기업특별세액감면OOO을 적용받았으며,「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처기업법”이라 한다) 제2조 제1항에 따라 벤처기업으로 확인받은 2012년 귀속분부터 2015년 귀속분까지의 종합소득세 신고시에는 같은 법 제6조 제2항에 의거 창업벤처중소기업세액감면OOO을 적용받았다.
나. 처분청은 청구인에 대한 세액감면 적정여부를 검토한 결과, 청구인이 2013년～2015년 귀속(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 종합소득세 신고시 감면받은 창업벤처중소기업세액감면이 조특법 제127조에 의한 중복지원의 배제사항에 해당한다고 보아, 쟁점과세기간에 대한 창업벤처중소기업세액감면을 부인하고 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 2017.11.9. 청구인에게 종합소득세 2013년 귀속분 OOO원을 경정·고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.29. 이의신청을 거쳐 2018.2.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
창업중소기업세액감면과 창업벤처중소기업세액감면은 납세자의 선택에 의하여 적용할 수 있는 것으로 조특법 제6조 제2항 단서의 규정에 의하면 제1항을 적용받는 경우 제2항을 적용할 수 없고 제2항을 적용받는 경우에는 제1항을 적용할 수 없는 것이나, 제1항을 적용한 연도(2009년) 이후의 연도에는 납세자의 선택에 의하여 제2항을 적용받을 수 있다고 판단되고, 2009년에 창업중소기업세액감면을 받았다고 하여 나머지 3년 기간분에 대해서도 무조건 창업중소기업세액감면을 받아야 하는 것은 아니며, 이는 국세청 유권해석(서면소득-1065, 2015.7.23)에서 창업중소기업세액감면 중 벤처기업 확인을 받은 경우 창업벤처중소기업세액감면을 적용받을 수 있다고 한 사실을 보더라도 알 수 있는바, 따라서 청구인이 당초 조특법 제6조 제1항과 제2항 중 제1항(창업중소기업세액감면)을 적용한 것은 잘못된 것이고 제2항(창업벤처중소기업세액감면)만이 적용되어야 하므로 당초 2009년에만 제1항의 창업중소기업세액감면을 적용받은 후, 2012년부터 4년간 제2항의 창업벤처중소기업세액감면을 적용하여 종합소득세를 신고한 것은 잘못이 없다.
또한 과세편의상 처분청이 청구인의 2009년 감면에 대하여 부과제척기간이 종료되어 과세할 수 없다고 하면서 창업벤처중소기업세액감면을 위법하다고 본 것은 세법에 근거하지 않은 것이고, 세액감면을 중복으로 적용한 경우에 조특법 제132조 제3항에서는 제132조 제1항 각호에 열거된 감면과 그 밖의 감면이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다고 규정하고 있을 뿐 제1항 각 호에 열거된 감면을 중복적용한 경우에 그 배제순서에 대하여는 규정하고 있지 아니하므로 즉, 조특법 제6조 제1항과 제6조 제2항을 중복적용한 경우 어느 것을 배제할지에 대하여 규정하고 있지 아니하므로 결국 납세자에게 유리한 감면을 적용하여야 하는 것은 너무나 당연한 것이며, 설령 2009년에 적용한 창업중소기업세액감면이 적정하다 하더라도, 조특법 제6조 제1항(창업중소기업세액감면) 및 제2항(창업벤처중소기업세액감면)의 세액감면 기간은 별개의 것이어서 창업중소기업세액감면 대상에 해당되다가 창업벤처중소기업세액감면 대상에 새롭게 해당된다면 세액감면 기간은 새로이 기산되는 것이므로 각각은 동일한 과세연도가 아닌 경우에 각각 적용이 가능한 것이고, 결론적으로 청구인의 2013년～2015년 기간의 창업벤처중소기업세액감면 적용은 정당한 것이다.
아울러 처분청은 2013년에 본인이 제출한 2012년 귀속 종합소득세 신고서상의 창업벤처중소기업세액감면이 적법한지에 대하여 일제점검을 실시하면서 청구인으로부터 관련 자료를 요청받아 문제가 없는 것으로 종결처리한 사실이 있는바,「국세기본법」제81조의2 제2항에서는 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부, 서류 또는 그 밖의 물건을 검사, 조사하거나 그 제출을 명하는 경우를 세무조사라고 명확히 규정하고 있으므로 이미 자료제출과 질문을 통해 창업벤처중소기업세액감면이 적법하다고 판단한 사항에 대하여 재조사 후 이루어진 이 건 부과처분은 재조사를 금지한「국세기본법」제81조의4에도 위배되는 것이다.
나. 처분청 의견
청구인은 조특법 제6조 제1항의 창업중소기업세액감면 적용기간 중에도 벤처기업으로 확인받아 같은 조 제2항의 창업벤처중소기업세액감면 대상에 해당되는 경우 새롭게 창업벤처중소기업세액감면이 적용된다고 주장하나, 조특법 제6조 제2항 단서 규정에서 창업중소기업세액감면을 적용받는 경우에 창업벤처중소기업에 대한 감면을 제외한다고 규정한 것은 기간과세 세목인 종합소득세에 대한 과도한 중복세액감면을 배제하기 위한 것이고, 1998.8.31.자 조특법 제6조 제2항 단서 규정의 신설 취지를 보더라도 창업중소기업으로 세액을 감면 받은 후 창업벤처중소기업이 되는 경우 중복감면을 제외하고자 하는 것임을 알 수 있다.
청구인이 제시한 국세청 유권해석(서면소득-1065, 2015.7.23.)은 조특법 제6조 제1항 적용시 잔존감면 기간 동안 제2항이 적용 가능하고 제1항을 미적용시 제2항의 적용이 가능하다는 것으로, 이는 제1항과 제2항의 감면율이 동일하여 제1항 적용대상 사업자가 제2항 적용시에 세액감면을 부인하지 않고 인정한다는 것이며, 기타 유권해석에서도 제1항의 잔존 감면기간이 끝나면 제1항의 적용 대상임을 이유로 제2항이 적용하지 않음을 일관되게 밝히고 있고, 조특법 제127조 제4항 및 제5항을 살펴보면 동일한 과세기간뿐만 아니라 동일한 사업장에 대하여 같은 법 제6조 세액감면의 중복지원을 배제하고 있으며, 2009년 개업한 청구인 사업장의 경우 2009년 귀속 종합소득세 신고시 같은 법 제6조 제1항의 창업중소기업세액감면을, 2010∼2011년 귀속분은 같은 법 제7조 및 제127조에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을, 2012년 귀속분은 같은 법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업세액감면을 적용받은 사실이 있으므로 2013년 귀속분부터는 제6조 관련 세액감면을 중복하여 적용할 수 없다.
또한 청구인은 이 건 부과처분이「국세기본법」제15조의 신의성실원칙에 위배되고, 같은 법 제81조의4의 중복조사(세무조사권 남용금지)에 의한 것이라고 주장하나, 2013년 당시 2012년의 벤처기업확인 유무에 대해여 단순한 사실관계를 확인한 것이고, 2013∼2015년 귀속분에 대한 창업벤처중소기업세액감면 검토사항은 처분청이 내부적으로 감면배제함이 타당하다고 판단한 것이므로 이 건 종합소득세 부과처분은 세무조사권의 남용이 금지된 중복조사에 의한 것으로 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점건물 부수토지 기준 초과분을 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 9924호로 개정되기 전의 것)
제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2009년 12월 31일 이전에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과「중소기업창업 지원법」제6조 제1항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
②「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항의 규정에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다)중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 2009년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.
제127조【중복지원의 배제】④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9 제2항 및 제121조의17 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.
(2) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 11614호로 개정되기 전의 것)
제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2012년 12월 31일 이전에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과「중소기업창업 지원법」제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
②「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.
(3) 국세기본법
제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4.제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.
(4) 국세기본법 시행령
제63조의2 【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
3. 조세범처벌절차법 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여「조세범 처벌절차법」제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 국세청 차세대 시스템 조회자료에 나타난 청구인의 2009년～2015년 귀속분 종합소득세 신고시 세액감면 신청 현황은 <표1>과 같다.
<표1> 세액감면 신청 현황
(2) OOO 이사장이 2012.5.15. 청구인에게 발급한 벤처기업확인서(제2012010OOOO호)에 의하면, 유효기간은 2012.5.15.부터 2014.5.14. 까지로 하고 확인유형은 기술평가보증기업으로 하여 벤처기업법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인한다고 하고 있다(이후 2014.5.12. 2년간 연장하여 재확인을 받음)
(3) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 2013년경에 실시한 청구인의 2012년 귀속 세액감면분에 대한 점검은 처분청이 유선으로 연락해서 감면과 관련한 자료를 요구하여 해당 자료를 제출하였고, 2017년 2월경 실시한 2013년 귀속 세액감면분에 대한 점검도 유선으로 연락하여 세무대리인이 관련 자료를 제출한 것으로 확인되며, 이 건 처분과 관련해서는 2017년 4월경에 청구인이 2009년 귀속분 종합소득세 신고시 창업중소기업세액감면을 적용하였기 때문에 쟁점과세기간은 창업벤처중소기업세액감면 대상이 되지 않는다는 내용을 유선으로 안내한 것으로 확인된다고 하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제6조 제2항 단서 규정에서 창업중소기업세액감면을 적용받는 경우에 창업벤처중소기업에 대한 감면을 제외한다고 규정하고 있는 점, 청구인이 제시한 국세청 유권해석(서면소득-1065, 2015.7.23.)은 조특법 제6조 제1항의 창업중소기업이 같은 법 같은 조항의 세액감면적용기간 중에 같은 법 같은 조 제2항의 창업벤처중소기업에 해당하는 경우에는 같은 법 같은 조 제1항의 잔존 감면기간 동안 같은 법 같은 조 제2항의 세액감면을 적용받을 수 있다고 하고 있어 중복감면의 배제와 관련한 유권해석으로 보이는 점, 처분청이 2012～2013년 귀속분 세액감면 사항과 관련하여 청구인에게 유선으로 자료제출을 요구하거나 단순한 사실관계를 확인한 것으로 나타나므로 이 건에 있어 중복조사가 있었다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 이 건 종합소득세 부과처분에 달리 잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
