피고가 2015. 7. 6. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 60,984,120원의 부과처

분을 취소한다.

가. 원고는 1981. 4. 7. △△ △△군 △△읍 △△리 ○○-○ 전 1,147㎡의 900/1,000

지분을 취득하였고, 2013. 2. 7. 위 △△리 ○○-○ 전 1,147㎡는 같은 리 ○○-○ 전

536㎡와 같은 리 ○○-○ 전 522㎡, 같은 리 ○○-○ 전 89㎡로 분할되었다.

나. △△ △△군이 시행하는 ○○-○○간 해안도로(소1-92호선) 개설공사구간에

△△ △△군 기장읍 △△읍 △△리 ○○-○ 전 522㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가

편입되었고, 2013. 7. 18. 이 사건 토지 중 원고 명의의 900/1,000 지분에 관하여

공공용지 협의취득을 원인으로 △△ △△군 명의로 지분이전등기가 마쳐졌으며,

원고는 2013. 7. 22. △△ △△군으로부터 위 공공용지 협의취득에 의한 보상금으로

○○억원을 지급받았다.

다. 원고는 2013. 9. 10. 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제

12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 소정의 8년 이상 자경농지에

해당함을 전제로 위 토지가 주거지역에 편입된 2007. 9. 12.까지 발생한 소득에 대한

양도소득세 ○○백만원을 차감한 △△백만원을 자진납부할 양도소득세액으로 하여

양도소득세 예정신고․자진납부를 하였다.

라. 피고는 2015. 7. 6. 원고에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족

하지 못하였다는 이유로 2013년 귀속 양도소득세 합계 □□백만원을 경정․고지하였

다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이의신청을 거쳐 2016. 2. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판

원은 2016. 5. 13. ‘원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였는지 여부를 재조사

하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’는 내용의 재조사결정을 하였다. 피

고는 원고에 대한 재조사를 실시한 후 2016. 6. 2. 이 사건 처분이 적정하다는 결정을

하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 토지는 원고가 취득한 이후 8년 이상 직접 경작하였고 양도일 현재 농지

였으므로, 양도소득세 감면대상인 토지에 해당한다. 따라서 이 사건 토지가 양도일 현

재 농지가 아니라는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

피고는 조세심판원의 위 재조사결정에 따라 과세요건사실에 대해 구체적으로 재조사를

하여야 함에도 제대로 재조사를 하지 않았으므로 과세요건이 성립되었다고 볼 수

없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 토지가 양도일 현재 농지인지 여부

구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령

제26070호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항, 제5항, 조세특례제한법 시행규칙 제

27조 등 관계 법령에 따르면, 원고가 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 감면

받기 위하여는 농지소재지에 8년 이상 거주하면서 당해 토지를 계속하여 직접 경작하

여야 하고, 그 토지가 양도일 현재 농지이어야 한다. 여기서 농지란 전, 답으로서 지적

공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지를 말하고 농지경영에 직접 필

요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농도․수로 등을 포함한다. 따라서 공부상 지목이

농지라고 하더라도 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되

지 않고 있는 것이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로

휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 ‘농지’라고 볼 수 없어 양도소득세 감면대

상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이다(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누664

판결 등 참조). 현재 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건으로서 양도한 토지를 직접

경작한 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다

(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

갑 제7, 8, 10, 13호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,

원고는 □□농업협동조합(이하 ‘□□농협’이라 한다)의 조합원으로서 2006. 1.1.부터

2013. 8. 28.까지 □□농협에서 비료와 농약 등을 원고 명의로 구입한 사실,

이 사건 토지에 대한 재산세가 농지로 분리과세된 사실, 이 사건 토지 주변 거주인인

최AA 외 12인은 원고가 이 사건 토지에서 고구마, 호박 등을 직접 경작하였다는 취

지의 확인서를 작성해 준 사실을 인정할 수 있다. 그러나 갑 제14, 23호증, 을 제3호증

의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어

보면, 이 사건 토지가 양도일 현재 농지라는 점에 부합하는 듯한 증인 임BB의 일부

증언은 믿기 어렵고, 앞서 인정한 사실만으로 이 사건 토지가 양도일 현재 농지이었다

고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) △△ △△군이 시행하는 ○○-○○간 해안도로(소1-92호선) 개설사업의

사업인정고시일은 2012. 5. 30.이었다. 김CC는 2010년부터 원고로부터 이 사건 토지를

임차하여 위 토지에서 미역건조장을 운영하였는데, 김CC는 위 토지 지상에 설치한

미역건조시설과 관련하여 지장물보상금 합계 4,673,520원을 지급받았다. 반면에 당시

이 사건 토지가 농지로 이용되지 않아 영농손실보상대상에 해당하지 않는다는 이유로

원고는 영농손실보상금을 전혀 지급받지 못하였다. 원고는 △△ △△군에 이 사건

토지가 농지임을 주장하면서 이의제기를 하거나 별도로 영농손실보상금의 지급신청을

하는 등의 조치를 취하지 않았다.

나) 원고는 현재 △△ △△군 △△읍 △△리 ○○-○에서 농사를 계속하고 있고

원고가 □□농협에서 구입한 비료와 농약 등을 위 토지에 사용하였을 가능성이 있으

므로, 원고가 □□농협의 조합원으로 비료와 농약 등을 매수한 사정만으로 이 사건

토지가 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있었다고 단정할 수 없다. 또한 이 사건

토지가 △△ △△군 △△읍 △△리 ○○-○에서 분할된 토지라서 원고가 제출한

확인서가 위 △△리 ○○-○에 대한 경작사실을 확인하는 의미일 가능성도 있다. 그

밖에 이 사건 토지가 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있었음을 입증할 수 있는

객관적 자료는 제출되지 않았다.

다) 원고는 소득세법 시행령 제168조의7, 제168조의8, 공간정보의 구축 및 관리 등에

관한 법률 시행령 제59조 등 관련 규정을 종합하여 보면, 김CC가 이 사건 토지의

일부인 57.26㎡를 미역건조를 위해 일시적으로 사용한 사정만으로 이 사건 토지의

지목이 변경될 수는 없고, 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현

황에 의해 지목을 판정하여야 하는데 이 사건 토지는 그 지목이 전이므로 양도일 현재

농지에 해당한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 법리에 따라 공부상의 지목에 관계없이

실지로 경작에 사용되는 토지가 농지에 해당한다는 것이므로, 양도일 현재의 지목에

따라 농지인지 여부를 판단하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없고, 김CC가 원고로

부터 일시적으로 이 사건 토지의 일부인 57.26㎡만을 임차하였다는 원고의 주장을 뒷

받침할 아무런 증거도 없다.

2) 과세요건 성립 여부

조세심판원은 2016. 5. 13. ‘원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였는지

여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’는 내용의 재조사결

정을 하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작

하였는지 여부는 양도소득세의 과세요건이 아닌 양도소득세의 감면요건이고, 원고가

제출한 증거만으로 피고가 위 취지에 따라 재조사를 하지 않았다고 볼 수 없으므로,

원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.