주 문

1. 피고가 201*. **. **. 원고에 대하여 한 20**년 귀속 양도소득세 ***,***,***원의 부

과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 12. 30. 화성시 **면 **리 8**-1 임야 18,878㎡1), 같은 리

855-3 임야 3,966㎡, 같은 리 855-4 임야 215㎡, 같은 리 855-5 임야 66㎡, 같은 리

855-6 임야 196㎡ 등 합계 5필지 임야 23,321㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하

여 보유하다가 2010. 7. 6. 소외 *****공사(이하 ‘소외 공사’라 한다)에 양도한

후 20**. *. **. 피고에게 20**년 귀속 양도소득세 ***,***,***원을 신고․납부하였다.

나. 원고는 20**. *. ** 피고에게 ‘원고가 20**. 7. 5. 법인으로 보는 단체로 승인받

은 후 20**. 7. 6. 위 토지를 양도한 것이므로 그 양도차익에 대하여는 법인세법이 적

용되는데 이는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 고정자산을 처

분하여 발생된 소득에 해당되어 과세소득에서 제외된다’는 취지로 경정청구를 하였고,

피고가 이를 받아들여 원고에게 양도소득세 ***,***,***원을 환급해 주었다.

다. 이후 ****국세청이 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과, ‘이 사건 토지의

잔금청산일은 20**. 6. 22.로 법인으로 보는 단체로의 승인일인 20**. 7. 5. 이전에 법

인 아닌 단체인 상태에서 양도되었고 위 토지의 양도대금도 원고가 법인 아닌 단체일

때 모두 소진되어 법인으로 보는 단체로 이전된 사실이 없다’는 이유로 피고에게 원고

의 경정청구에 의한 양도소득세 환급결정이 잘못되었다고 통보하자, 피고가 20**. 12.

8. 원고에게 환급해 주었던 위 양도소득세 ***,***,***원을 다시 납부하라고 고지하였

다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 20**. **. ** 조세심판원에 심판청구를 하였으나 20**. **. ** 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없음, 갑 1 내지 4, 을 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 이 사건 토지 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단체’ 승인일 이전에 발생

한 것이나, 구 법인세법(2010. 12. 31. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제3조 제3항 제5호, 제62조의2 제1항 제2호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 31. 대통령

령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항에 따라 이 사건 토지의 양

도로 인한 손익은 법인세 과세대상으로서 과세제외 소득에 해당하므로 이에 반하는 피

고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 토지는 종전부터 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔는데, 1993. 12. 30.

명의신탁 해지를 원인으로 원고에게 소유권이전등기가 경료되었다가 2010. 7. 6. 수용

을 원인으로 소외 공사에 소유권이전등기가 경료되었다.

2) 원고는 2010. 6. 22. 소외 공사로부터 양도대금으로 4,358,776,200원을 받았는데,

그 중 약 14억 4,900만 원은 원고 종중 계좌로 임금 받고, 나머지 약 29억 900만 원은

소외 공사로 하여금 종중원 개인들의 각 계좌로 입금하도록 하였다.

3) 원고는 위와 같이 소외 공사로부터 종중원들 개인계좌로 직접 입금한 약 **억

***만 원에 대하여 이를 원고 중중의 분배금 지급으로 보고 피고에게 약 ***,000,000

원의 증여세를 납부하였다.

4) 원고는 종중 명의의 계좌로 입금 받은 돈을, 위와 같이 종중원들에 대한 증여세

를 비롯하여 원고 종중의 양도소득세 ***,***,***원, 지방소득세 **,***,***원, 농어촌

특별세 **,***,***원 등 제세공과금을 납부하는데 대부분 사용하였다.

5) 한편 원고는 20**. 7. 5. 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되

기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항의 ‘법인으로 보는 단체’로 승인(이하 ‘이 사건 승

인’이라 한다)받았다.

[인정근거] 앞서 든 증거들에 더하여 갑 6, 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 쟁점의 정리

원고가 2010. 7. 5. 피고에 의하여 구 국세기본법 제13조 제2항의 ‘법인으로 보는

단체’로 이 사건 승인을 받은 사실과 그 이전인 2010. 6. 22. 원고에게 이 사건 토지에

관한 양도대금을 지급받아 위 일자에 양도차익이 발생한 점에 대하여는 앞서 본 바와

같다. 원고의 경우 구 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라.목에 따라 원칙적으로는

이 사건 승인을 받은 2010. 7. 5.이 최초사업연도의 개시일이 되고, 그 이전에 발생한

위 양도차익은 원칙적으로 법인세법이 적용되지 않으나, 구 법인세법 시행령 제3조 제

2항(이하 ‘이 사건 쟁점조항’이라 한다)에 의하면 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손

익을 사실상 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 법인에

귀속시킨 손익이 최초 발생한 날을 최초 사업연도의 개시일로 규정하고 있는바, 위 양

도차익이 위 쟁점조항에 의하여 법인세법의 적용대상이 되는지가 문제된다. 이하에서

는 이 사건 쟁점조항의 적용 여부와 관련하여 이 사건 토지 양도차익이 원고 종중에게

사실상 귀속된 것으로 볼 수 있는지, 위 양도차익을 원고의 최초사업연도의 손익에 산

입하는 것이 조세포탈의 우려가 있는 때에 해당하는지, 위 양도차익이 과세제외 법인

세에 해당되는지를 차례로 살펴보기로 한다.2)

2) 이 사건 토지 양도대금이 원고에게 사실상 귀속되었는지 여부

먼저 이 사건 토지 양도대금 중 일부가 소외 공사로부터 원고 종중원들 개인에게

직접 지급된 점과 관련하여 양도대금 전부가 원고 종중에게 귀속된 것으로 볼 수 있는

지에 관하여 본다. 앞서 본 사실관계와 관계 법령의 규정을 종합해 보면, 아래와 같은

이유로 소외 공사가 지급한 이 사건 토지 양도대금은 그 지급 형식이나 대상에도 불구

하고 원고 종중에게 사실상 전부 귀속된 것으로 평가할 수 있다.

○ 원고 종중은 이전부터 종중의 실체를 가지고 있었던 것으로 보이고, 19**. 12.

30.경 종중원 명의로 신탁되어 있던 이 사건 토지에 관하여 명의신탁해지를 원인으로

하여 원고 종중 명의의 소유권이전등기를 마침으로써 원고가 이 사건 토지 양도일까지

그 소유권을 보유하고 있었다.

○ 원고가 20**. 6. 22. 소외 공사로부터 이 사건 토지 양도대금 중 일부만 원고 명

의로 계좌로 받고 나머지 금액은 원고 종중원들에게 직접 이체해 줄 것을 소외 공사에

게 부탁하여 위 공사로부터 종중원들 개인 명의의 계좌로 곧바로 이체되게 하였는데,

이는 당사자들 사이의 약정이나 의사에 따라 원래는 원고가 소외 공사로부터 받아서

종중원들에게 배분할 돈을 편의상 위 공사로부터 종중원들 개인에게 중간생략 형태로

지급한 것으로 볼 수 있다(피고도 이 사건 손익은 법인 아닌 단체인 원고 종중을 거쳐

종중원에게 귀속되었다고 인정하고 있다)

○ 원고는 그 명의 계좌로 받은 양도대금 대부분을 이 사건 토지 양도와 관련한 증

여세와 양도소득세 등 제세공과금 납부용으로 사용하였다.

○ 구 국세기본법 제13조 제2항에서 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 경우에는

해당 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다고 규정하고 있는 점에 비추어,

이 사건 토지 양도대금이 비록 원고가 이 사건 승인을 받기 전에 지급되었다고 하더라

도 그 손익이 사실상 귀속된 효력은 승인 후의 단체에도 그대로 유지된다고 봄이 타당

하다.

3) 조세포탈의 우려가 있는 때에 해당하는지 여부

이 사건 쟁점조항을 적용하여 이 사건 토지 양도차익을 법인세법 적용대상으로 보

는 것이 ‘조세포탈의 우려’가 있는 때에 해당하는지를 본다. 뒤에서 보는 바와 같이 결

과적으로 원고는 위 양도차익과 관련하여 양도소득세나 법인세를 납부하지 않아도 되

어 원고가 이러한 절세 혜택을 노리고 잔금 수령 직후 이 사건 승인을 받은 것이 아닌

가 하는 의심이 들 수도 있다.

그러나 앞서 인정한 사실관계에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 승인 이후에 이

사건 토지의 양도로 인한 양도소득세 ***,***,***원을 성실히 신고․납부하였고, 종중

원들에 대한 분배금 지급에 따라 발생하는 증여세 약***,***,***원도 전액 납부한

점, 원고가 뒤늦게 약 4년이 경과한 20**. *. **.경 피고에게 정당한 법 적용을 주장하

면서 경정청구를 하였다가 피고로부터 이를 인정받아 기 납부한 양도소득세를 환급받

기까지 한 점, 원고는 이 사건 승인신청 당시 ‘법인 아닌 단체’의 실질을 가지고 있었

으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것인지에 관한 선택권이 있

었던 점, 원고가 약 15일 정도 미리 이 사건 승인을 받았더라면 당연히 법인세법을 적

용받아 양도소득세 납세의무가 없었을 것인 점 등을 감안해 보면, 비록 이 사건 토지

양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결과 원고 종중의 양도소득세가 면제된다고 하

더라도 조세포탈의 우려가 있는 때에 해당한다고 볼 수는 없다.

한편 피고는, 원고가 이미 양도대금 일부를 종중원들에게 분배하여 구 국세기본법

제13조 제2항 제3호의 요건을 충족하지 못하였음에도 이를 은폐하고 피고를 기망하여

이 사건 승인신청이나 이미 납부한 양도소득세에 대한 경정청구신청을 하였다고 주장

하나, 이를 인정할 증거가 없을 뿐더러 앞서 본 제반 사정에 비추어 받아들이기 어렵

다. 나아가 피고는 원고에 대한 이 사건 승인 처분은 그 하자가 중대․명백하여 당연

무효사유에 해당한다고도 주장하나, 특정 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규

정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있

는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건

사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없으므로(대법원 2012. 11.

29. 선고 2012두3743 판결 등 참조), 피고가 주장하는 사유만으로는 원고게 제시한 하

급심 판결 등에 비추어 설령 이 사건 승인에 하자가 있다 하더라도 그것이 명백하다고

할 수는 없어 피고의 위 주장도 이유 없다.

4) 법인세가 실제로 부과되는지 여부

앞서 본 사실관계와 관계 법령의 규정을 종합해 보면, 아래와 같은 이유로 원고의

이 사건 토지 양도로 인하여 생긴 수익은 법인세 과세소득의 범위에서 제외되므로 원

고는 법인세 납세의무도 부담하지 않는다고 봄이 상당하다.

○ 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따르면 비

영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속

하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리

내국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다.

○ 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적

으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로 사용

되어 왔다면 그 종중 단체의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수 있는

데, 이 사건 토지가 오래 전부터 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔음은 앞서 본 바와

같다.

5) 그 밖의 피고 주장에 대하여

피고는 이 사건 승인일 이전에 이 사건 토지 양도소득이 발생하였으므로 소득세법

에 따라 양도소득세 과세대상이고, 그렇지 않고 위 양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’인

원고의 최초사업연도의 손익에 산입되는 것으로 본다면 구 국세기본법 제13조 제2항

제3호(사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것)의 요건 미

비 및 구 국세기본법 시행령 제8조 제4항에 따라 원고에 대한 이 사건 승인은 취소되

어야 하는 것이어서 위 양도소득은 어차피 소득세 과세대상에 해당된다고 주장하고 있

다.

먼저 전자의 주장과 관련하여서는 앞서 본 바와 같이 이 사건 승인일 이전에 양도

소득이 발생하였더라도 이 사건 쟁점조항의 요건이 구비되면 법인세 과세대상이 될 수

있으므로 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다음으로 후자의 주장과 관련하여서는, 원고가 이 사건 토지 양도대금 일부를 종

중원들에게 분배한 것이 구 국세기본법 제13조 제2항 제3호를 위반한 것인지는 별론

으로 하고, 이 사건 처분 당시까지 원고에 대하여 이 사건 승인이 취소된 바가 없는

이상 그 승인 취소 전에 승인 취소사유가 존재한다는 사정만으로 법인세 과세대상이

되지 아니한다는 주장은 행정처분의 공정력 등에 비추어 타당하지 아니하므로, 더 나

아가 살펴 볼 필요 없이 피고의 위 주장도 이유 없다.

6) 소결론

결국 이 사건 토지의 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단체’인 원고의 최초사업

연도의 손익에 산입되고, 이는 법인세법 상 과세제외소득이어서 원고는 양도소득세뿐

만 아니라 법인세 납세의무도 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 있으므로, 피고의 이

사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결 론

원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.