주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 3. 11. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 742,714,243원의 경정청

구거부처분 중 333,677,133원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 반도체 및 디스플레이용 유기화학물질 제조 및 판매업을 영위하는 법인

으로, 2010. 7. 1. aaa 유한회사(이하 ‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병한 후 같은 날

합병등기를 마쳤다.

나. 원고와, 원고가 피합병법인으로부터 인수한 연구소(이하 ‘이 사건 승계연구소’라

한다)의 2006 사업연도부터 2010 사업연도(원고의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.

까지이다)까지 발생한 연구․인력개발비(이하 ‘연구비’라 한다)는 아래 표 기재와 같다

(다만 아래 표의 원고의 2010 사업연도 연구비는 이 사건 승계연구소에서 발생한 연구

비를 제외한 금액이다).

다. 원고는 2010 사업연도 법인세 신고 시 연구비로 지출한 2,094,305,093원에 대하

여 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제10조 제1항 제3호 나목에 따라 77,908,149원의 세액공제를 신청하였다.

라. 원고는 이 사건 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제신청을 누락하

였다는 이유로 2014. 1. 7. 피고에게 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목, 구

조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제9조 제3항에 따라 이 사건 승계연구소에서 합병등기 이후 발생한 연구비

2,161,646,213원에 대한 세액공제액은 455,621,373원[= 이 사건 승계연구소에서 합병

이후 발생한 연구비 2,161,646,213원 - (피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생

액 2,045,185,561원 × 6/12) × 0.4]이라고 주장하면서 법인세 과세표준 및 세액경정

청구서를 제출하였고, 위 세액공제액을 포함하여 이미 납부한 법인세 1,257,822,740원

을 환급하여 달라는 세액환급청구를 하였다.

마. 피고는 2014. 3. 11. 이 사건 승계연구소에서 합병등기 이후 발생한 연구비

2,161,646,213원에 대한 세액공제액을 46,584,261원[= 이 사건 승계연구소에서 합병

이후 발생한 연구비 2,161,646,213원 - (피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발

생액 2,045,185,561원 × 12/12) × 0.4]으로 산정하고, 원고가 주장하는 비용 중

333,677,131원은 세액공제의 대상이 아닌 것으로 판단한 후 세액공제액을 재산정하여

원고에게 법인세 515,108,500원 및 이에 대한 환급가산금을 환급하였고, 나머지

742,714,243원에 대한 경정청구는 거부하였다.

바. 원고는 피고의 위 경정거부처분 중 피고가 세액공제의 대상이 아니라고 인정한

333,677,131원을 초과한 409,037,112원에 대한 경정거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라

한다)에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였으나, 위 청구는 2015. 1. 15.

기각되었다.

[인정근거] 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 조세특례제한법 제10조 제2항, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3, 4,

5항은 연구비에 대한 세액공제액 계산방법을 규정하고 있는데, 이는 연구비가 과거 평

균 발생액보다 증가하였을 경우 법인간 사업연도의 차이, 합병 여부 및 그 시기에 관

계 없이 그 증가분에 대하여 일정한 비율의 연구비 증가분을 산정하여 세액공제가 공

평하게 이루어질 수 있도록 함으로써 기업의 연구개발을 장려하는 취지이다.

구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항은 사업연도가 1년이 되지 않는 경우

직전 4년간 연구비의 연평균발생액도 그에 상응하는 개월수로 환산하는 규정을 두고

있고, 같은 조 제4항은 ‘제3항의 계산식 중 해당과세연도 개시일부터 소급하여 4년간

발생한 연구비 합계액을 계산할 때’ 합병 전 피합병법인에서 발생한 연구비는 합병법

인에서 발생한 것으로 보는 한편, 피합병법인으로부터 일부 사업을 승계한 경우, 피합

병법인에서 합병 전의 연구비 연평균발생액을 계산할 때 그 사업이 피합병법인의 매출

액 또는 자산가액에서 차지하는 비율에 따라 계산하여야 한다고 규정하고 있다.

그런데 합병이 사업연도 중간에 이루어진 경우, 피합병법인에서 합병 전 발

생한 연구비에 대하여는 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 따라 직전 4년간 연

구비의 연평균발생액을 계산할 때 4년간 연구비의 합계액을 4로 나눈 금액에 ‘해당 과

세연도의 개월수/12’를 곱하게 되어 있어 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 해당

과세연도의 개월 수에 따라 환산하게 되어 있다. 반면, 피합병법인으로부터 승계한 연

구소에서 합병 후 발생한 연구비에 대한 합병법인의 세액공제액을 산정할 때, 합병법

인의 해당 과세연도를 합병 전후를 포함하여 12개월로 보는 경우에는 합병 후 승계연

구소에서 연구비가 발생한 기간은 12개월이 되지 않는 반면, 직전 4년간 연구비의 연

평균발생액은 12개월을 기준으로 계산하게 된다. 이는 위에서 본 바와 같이 피합병법

인이 합병 전 발생한 연구비에 대하여 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 해당 과세

연도의 개월수로 환산하여 세액공제를 받는 것과 균형이 맞지 않는다. 따라서 구 조세

특례제한법 시행령 제9조 제3항을, 합병이 과세연도 중간에 이루어진 경우 피합병법인

으로부터 승계한 연구소에서 발생한 연구비의 증가분을 계산할 때에도 직전 4년간 연

구비의 연평균발생액을 합병 이후 개월수로 환산하여야 한다는 것으로 해석하는 것이

조세평등주의와 위 구 조세특례제한법, 같은 법 시행령의 입법취지에 부합한다.

이 사건에 관하여 보면, 원고의 2010 사업연도 중 합병 이후 개월 수는

2010. 7. 1.부터 2012. 12. 31.까지 6개월이므로, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구

비 2,161,646,213원에 대한 세액공제액은, 위 연구비 2,161,646,213원 중 피합병법인의

직전 4년간 연구비의 연평균발생액 2,045,185,561원을 합병 이후 개월 수로 환산한

1,022,592,780원(= 2,045,185,561 × 6/12)을 초과하는 금액에 구 조세특례제한법 제10

조 제1항 제3호 가목에 규정된 비율인 0.4를 곱한 455,621,373원이 된다. 따라서 피고

는 원고에게 위 세액공제액 455,621,373원을 환급해주어야 함에도 불구하고 피합병법

인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 합병 이후 개월 수로 환산하지 않고 위 연

구비 2,161,646,213원에 대한 세액공제액을 46,584,261원(= 2,161,646,213원 -

2,045,185,561원 × 12/12 6 × 0.4)로 산정한 결과 409,037,112원에 대한 원고의 경정청

구를 거부하였다. 따라서 이 사건 처분은 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을 위

반한 것으로 위법하다(이하 ‘① 주장’이라 한다).

2) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을 위와 같이 해석할 수 없다면 합병

여부 및 그 시기에 따라 세액공제액이 달라지는 결과가 발생하므로, 구 조세특례제한

법 시행령 제9조 제3항은 조세평등주의에 위배되고, 상위법인 구 조세특례제한법의 위

임한계를 일탈하여 위법․무효이고, 피고의 이 사건 처분은 무효인 시행령에 근거한

것으로 위법하다(이하 ‘② 주장’이라 한다).

3) 가사 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을 위와 같이 해석할 수 없다고

하더라도, 피합병법인에서 2010 사업연도에 발생한 연구비 중 합병 이후에 발생한 부

분만이 원고에게 승계되었으므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서를 적용

또는 유추적용하여, 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 산정할 때 피

합병법인의 사업연도에서 합병 후 연구비가 발생한 기간이 차지하는 비율인 6/12에 따

라 위 금액을 환산하여야 한다. 따라서 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생

액을 위 비율에 따라 환산하지 않고 한 이 사건 처분은 구 조세특례제한법 시행령 제9

조 제4항을 위반한 것으로 위법하다(이하 ‘③ 주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목은 해당 과세연도에 발생한 연

구비가 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구비의 연평균발생액

을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 세액공제액으로

규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항은 구 조세특례제한법 제10조 제2항

에 따른 4년간 발생한 연구비의 연평균발생액을 “해당 과세연도 개시일부터 소급하여

4년간 발생한 연구비의 합계액/4 × 해당 과세연도의 개월 수/12”의 계산식에 따라 계

산하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년

간 발생한 연구비의 합계액을 계산할 때 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비는 합

병법인에서 발생한 것으로 보고, 다만 합병법인이 피합병법인의 사업 일부를 승계한

경우에는 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비에 승계사업의 매출액이 총매출액에서

차지하는 비율 또는 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을

곱하여 산정하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 위 제3항의 계산식을 적용할 때

개월 수는 월력에 따라 계산하도록 규정하고 있다.

2) ① 주장에 관한 판단

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감

면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이

고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감

면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것

이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호

가목에서 연구비 증가분에 대한 세액공제를 규정한 것은 납세자의 조세부담 완화를 유

인책으로 하여 연구․개발을 장려하려는 취지이므로, 특혜규정에 해당한다. 따라서 구

조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목과 그에 따른 세액공제액 계산방법을 규정한

구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항, 제4항, 제5항은 엄격하게 해석되어야 한다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 규정된 계산식의 ‘해당 과

세연도 개월 수’는 세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도를 의미함이 그 문언상 명

백하다. 또한 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항은 합병이 이루어진 경우 직전 4

년간 연구비 연평균발생액을 산정할 때 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비도 합산

하되, 다만 피합병법인으로부터 사업을 일부 승계한 경우에는 그 일부 사업이 전체 사

업에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다는 취지이고, 같은 조 제5항은 개월수를

계산할 때 월력에 따라 계산하도록 한 것이므로, 위 각 규정을 종합하여 보면 합병이

사업연도 중간에 이루어져 피합병법인으로부터 승계받은 연구소에서 발생한 연구비의

증가분을 계산하는 경우 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항의 ‘해당 과세연도 개

월 수’를 원고의 주장과 같이 ‘합병 후 개월 수’로 볼 수 없다.

원고의 2010 사업연도는 앞서 본 바와 같이 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.

까지이므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항의 계산식에 적용될 원고의 해당

과세연도의 개월 수는 12개월이다. 따라서 원고의 ① 주장은 이유 없다.

3) ② 주장에 관한 판단

구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 의하면, 합병이 사업연도 중간에

이루어진 경우 피합병법인과 합병법인이 각 연구비에 대하여 세액공제를 받을 수 있는

총액이, 피합병법인과 합병법인이 각 합병이 없었을 경우 동일한 액수의 연구비에 대

하여 세액공제를 받을 수 있는 총액보다 적어지고, 합병시기가 사업연도 말에 근접할

수록 두 법인이 세액공제를 받을 수 있는 총액이 더 적어지는 것은 사실이다.

그런데 합병이 사업연도 중간에 이루어진 경우 피합병법인만이 구 조세특례

제한법 시행령 제9조 제3항에 따라 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 사업연도 개

시일부터 합병등기일까지의 개월수에 따라 환산한 금액을 기준으로 세액공제를 받을

수 있는 것은, 피합병법인의 과세연도의 개월 수가 조세특례제한법 제2조 제1항, 법인

세법 제8조 제1항에 의하여 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 개월 수가 되는 반

면, 합병법인의 과세연도의 개월수는 사업연도 말까지가 되기 때문이다. 즉, 원고의

2010 사업연도가 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지 12개월인 사실은 앞서 본 바와 같

은데, 과세연도의 개월 수가 12개월임이 명백한 원고의 연구비에 대한 세액공제액을

산정함에 있어, 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 합병 전후의 기간을 구별하여 그

각 기간에 따라 환산하지 않는 것은 합병법인인 원고와 피합병법인의 과세연도의 개월

수가 다르기 때문이므로, 위 각 경우를 비교하여 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3

항이 실질적으로 같은 것을 다르게 취급한다고 볼 수 없다. 따라서 합병 여부 및 그

시기에 따라 피합병법인 및 합병법인이 받을 수 있는 세액공제액의 총액이 달라진다고

하더라도 이를 조세평등주의에 위배된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 ② 주장 또한

이유 없다.

4) ③ 주장에 관한 판단

앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3, 4항은

특혜를 주는 조항으로서 엄격하게 해석되어야 한다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령

제9조 제4항 단서는 합병법인이 피합병법인의 사업의 일부를 승계한 경우에 적용됨이

문언상 명백하고, 이 사건과 같이 원고가 피합병법인의 사업 전부를 승계한 경우에는

적용 또는 유추적용될 수 없다. 따라서 원고의 ③ 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 피고가 원고의 합병 후 이 사건 승계사무소에서 발생한 연구비에 대한 세

액공제액을 산정함에 있어 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 원고의 2010 과세연

도의 개월 수인 12개월을 기준으로 계산하여 한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원

고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.