주 문

    OOO이 2016.12.7. 청구인에게 한 OOO원의 부과처분은 2006년 2기부터 2008년 1기까지의 과세기간은 간이과세자의 납부세액 계산방식을 적용하고, 2010년 2기부터 2016년 1기까지의 과세기간은 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세를 적용하지 않는 것으로 하여 그 과세표준과 관련 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 및 같은 동 OOO 소재 건물OOO을 임대하면서 2001.4.13. 간이과세자로 사업자등록(부동산/임대)을 하고 2015년 2기까지 부가가치세를 신고하여 왔다.

나. 처분청은 2016년 11월 청구인의 부동산 임대사업장에 대한 현장확인 결과, 청구인이 임차인 OOO(이하 “임차인”이라 한다)과 이중계약서를 작성하여 2003년 1기부터 2016년 1기 과세기간의 월임대료 수입금액을 신고 누락하였음을 확인하고, 청구인과 임차인 간 쟁점부동산에 대한 실제 임대차계약OOO에 따를 경우 청구인이 일반과세자에 해당한다고 보아 2006년 2기부터 2016년 1기까지의 누락된 수입금액 OOO원(공급대가, 이하 “쟁점 임대수입금액”이라한다)에 대해 2016.12.7. 아래와 같이 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지(부동산임대공급가액명세서 미제출가산세 OOO원 포함)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.17. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 가.청구인 주장

     (1) 이 건 과세처분에는 주택부분 임대료에 대한 부가가치세도 포함되었으니 이를 제외하여야 한다.

  (가) 건축물대장상 쟁점부동산은 건물 연면적이 253.23㎡로 이 중 주택이 104.55㎡, 점포 및 창고 면적이 148.68㎡로 구성되어 있고, 쟁점부동산 임대 중 주택부분을 제외하면 간이과세자에 해당하기에 2001.4.13. 청구인은 간이과세자로 사업자등록증을 교부받았고, 2001년 4월경부터 2003년 2월경까지 식당업을 하는 OOO에게 임대하였고, 임차인은 쟁점부동산 중 주택부분을 거주주택으로 사용하면서 점포부분에서 식당업을 영위하였다. 이후 청구인은 2003.3.10.～2009.8.26.까지 쟁점부동산을 OOO에게 OOO원에 임대하였는바, 임대 당시 임차인이 임대물건의 사용용도를 분명히 하지 아니하여 건물 용도를 ‘식당’이라 표시한 것이고, OOO은 청구인의 동의 없이 OOO(주)(대표자 OOO)에 전대하였고 OOO(주)은 점포를 식당이 아닌 축산물 판매매장으로 사용하였다. 이후 청구인은 2009.8.27.～2016.7월 중순까지 쟁점부동산을 OOO(주)에 임대하였고 이때는 건물 용도를 표시하지 아니하였다. 쟁점부동산 중 주택1 부분은 임차인인지 전대임차법인의 종업원인지 알 수 없지만 누군가 주택으로 사용하였고, 주택2 부분도 처음에는 주택으로 사용하였으나 2016.7월 명도받을 때 벽체가 훼손된 것으로 보아 다른 용도로 사용하였을 수 있다.

  (나) 임차인이 쟁점부동산에 사람이 거주할 수 있는 방은 없었다는 확인서를 제출했다고 하나, 임차인은 이 사건 탈세제보를 한 것으로 추정되는 자로서 임대계약 위반으로 퇴거를 요청하였음에도 장기간 퇴거하지 않고 청구인에게 협박을 일삼는 등 청구인에게 악의적 감정을 가진 자이며, 이 사건 청구 결과에 따라 탈세제보 포상금을 받을 수도 있는 이해관계자이므로 임차인의 주장은 신빙성이 없고, 임차인의 주장내용 중 2003년 3월 임차할 때부터 주거할 방이 없었다는 내용은 2005.4.30.자 개별주택가격이 공시되었다는 사실만 봐도 허위임을 알 수 있다.

  (다) 처분청은 쟁점부동산 전부를 식당 홀과 주방 용도로 임차하였다고 주장하나, 앞서 설명한 사실관계와 같이 임차인은 청구인 허락 없이 OOO(주)에 전대하였고, OOO(주)은 축산물판매업자로서 점포는 판매장, 창고는 보관창고로 각각 사용하였으며, 축산물 판매업의 경우 이 부분만 사용하여도 공간이 충분하여 주택부분을 다른 용도로 사용할 이유가 없었다.

  (라) 주택1 부분은 공부상 주택이고, 2016.7월 임차인으로부터 명도받아 용도변경을 위하여 철거할 때까지도 주택2 부분 및 점포와는 분리된 별개의 건물로써 방 1개와 싱크대가 설비된 부엌을 갖춘 독립적 주거공간으로 존재하였고, 청구인이 수차례 방문했을 때도 임차인 또는 전대인의 종업원인지 알 수 없지만 누군가 상시 주거공간으로 사용하고 있었는바, 임차인의 주민등록상 주소가 이곳으로 되어 있지 않다고 하여 거주하지 않았다고 보는 것은 잘못이다.

  (마) 주택2 부분도 최초 임대할 당시에는 주택이었으며, 계약 당시 건물 용도를 임의변경하는 것을 금지하고 있어 당연히 주택으로 사용할 것으로 알고 계약하였다. 그러나 명도 받았을 때에 일부가 변형된 상태여서 주택이 아닌 다른 용도로 사용되었을 수는 있으나, 임차인의 무단 용도변경으로 인해 주택 용도로 임대한 임대인에게 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.

  (바) 처분청은 주택2 부분에 대해 2005.4.30.자 개별주택가격이 공시된 이후 공시사실이 없어 주택으로 볼 수 없다고 주장하나, 이는 앞서 설명하였다시피 2003년 임대차 계약시부터 주택이 존재하지 않았다는 임차인의 확인서가 허위임을 입증하는 것이며, 2006년 이후 주택가격의 공시가 이루어지지 않은 이유는 알 수 없지만 사업장의 일부만 주택으로 사용하여 누락될 수 있는 것으로 주택가격의 공시가 없었다고 하여 주택이 아니라고 하는 주장하는 것은 부당하다.

  (사) 위와 같이 쟁점부동산 중 주택1 부분과 주택2 부분은 공부상 주택일 뿐만 아니라 임차기간 동안 실제 주거용 주택으로 사용되었으므로 주택으로 보아야 하며, 설령 임차인이 제3자에게 무단으로 전대하고 주택부분을 다른 용도로 사용하였다 하더라도 임대인은 부가가치세 면세대상을 임대한 것이므로 이를 과세대상으로 볼 수 없으며, 부가가치세가 과세되는 부분과 면세되는 부분을 함께 공급하여 임대료 등의 구분이 불분명한 경우에는 안분계산하여 부가가치세를 산출하여야 한다.

 (2) 2006.2기～2008.1기 과세기간은 간이과세자의 세율을 적용하여 부가가치세를 경정하여야 한다

  (가) 처분청은 2003.1기부터 2006.1기까지는 부과제척기간의 경과로 경정할 수 없지만 2003.3.10. 임대차계약서상 기재된 임대료를 기준으로 2003년 공급대가를 추정하고, 이 추정금액이 간이과세자의 범위를 초과하였으므로 2004.2기부터 일반과세자의 규정을 준용하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 하면서 최초 경정과세기간인 2006.2기부터 일반사업자의 세율로 세액을 경정하였다.

  (나) 그러나 구 ｢부가가치세법｣ 제25조 제6항에서 “제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 공급대가가 제1항에서 규정하는 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다”고 규정하고 있고, 같은 법 제26조 제7항에서 “제28조 제1항에 따라 결정 또는 경정하거나 ｢국세기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 간이과세자의 해당 연도의 공급대가가 제25조 제1항에 따른 금액 이상인 경우 대통령령으로 정하는 과세기간의 납부세액은 제25조 제6항에도 불구하고 제17조를 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하였으며, 이때 ‘대통령령으로 정하는 과세기간’이란 같은 법 시행령 제74조의3 제8항에서 “결정 또는 경정과세기간의 다음 다음 과세기간을 말한다”고 규정한바, 결국 관련 규정을 요약하면 “경정한 1역년의 공급대가가 4,800만원 이상인 경우 경정한 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자로 보되, 경정과세기간이 속하는 해의 다음해의 제2과세기간부터 일반사업자의 세율을 준용하여 납부세액을 계산”하는 것이다.

  (다) 처분청은 관련규정에도 불구하고 임의로 법령을 확대․유추해석하여 “경정한 1역년의 공급대가”가 아닌 2003.3.10. 임대계약서에 표시된 임대료로 2003년간 공급대가를 추정하고 이 추정금액이 간이과세자 범위를 초과하였다고 하여 2004년 2기부터 일반과세자로 보는 것이 타당하다고 하면서 최초 경정과세기간인 2006.2기부터 일반사업자로 부가가치세를 경정한 이 건 처분은 위법하다.

 (3) 2010.2기～2016.1기 과세기간에 대한 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세는 취소되어야 한다.

 ｢부가가치세법｣ 제61조 제6항에서 “결정 또는 경정한 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다”고 규정하고 있고, 같은 법 제63조 제6항에서 “제68조 제1항에 따라 결정 또는 경정하거나 수정신고한 간이과세자의 해당 연도의 공급대가의 합계액이 제61조 제1항에 따른 금액 이상인 경우 대통령령으로 정하는 과세기간의 납부세액은 제2항에도 불구하고 제37조를 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는바, 이에 따르면 간이과세자의 공급대가가 경정 등으로 인하여 간이과세범위를 초과하는 경우에는 경정하는 과세기간까지는 간이과세자로 보되 다만, 일정 과세기간부터 “납부세액”을 일반과세자에 준하여 과세한다는 의미이다. 따라서 청구인은 경정일 현재 간이과세자이고, 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세는 일반과세자에게 적용하는 것이므로 청구인에게 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세를 적용한 처분은 위법하다.

 나.처분청 의견

 (1) 쟁점부동산은 모두 상가로 임차되었다.

  (가) 부가가치세가 면제되는 주택의 임대에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 임차인이 실제로 당해 건물을 사용한 객관적인 용도를 기준으로 하여 상시주거용 주택으로 사용하는 것인지 여부에 따라 판단하는 것(대법원 91누12707)인바, 청구인과 임차인이 쟁점부동산에 대한 임대차계약서에 ‘식당’으로 계약한 점으로 보아, 주택과 상가(식당)를 겸하는 건물을 임대한 것으로 볼 수 없고, 임차인에게 계약서와 달리 주택부분과 상가부분으로 구분임대 하였다는 어떠한 근거자료를 제출한 바 없다.

  (나) 청구인은 쟁점부동산의 건축물 대장상 건물 연면적이 253.23㎡이고 이 중 주택이 104.55㎡, 점포 및 창고 면적이 148.68㎡로 구성되어 있다고 주장하나, 쟁점부동산 중 1042-13 소재 건물(95.79㎡)은 임차인이 사업목적상 필요하여 건축한 창고건물로 별도의 임차료 없이 무상사용대차계약을 한 것임이 청구인이 제기한 건물명도 소송OOO에서 확인되는바, 상기 창고건물의 면적을 제외하면 점포(상가)면적(52.89㎡)이 협소하여 임차인의 사업목적에 맞지 않고, 임차인은 주민등록주소를 주택부분으로 이전한 바 없고 쟁점부동산이 식당홀과 주방으로 사용되었음을 확인하였으며, 임대차계약 당시에 주택부분(104.55㎡)과 점포면적(52.89㎡)에 월세 OOO원은 주변시세에 비해 임대료가 너무 비싼 점으로 보아 주택부분도 상가로 임대한 것으로 보이고, 청구인이 주택과 상가로 구분하여 재산세를 납부하지 않고 상가분으로 재산세를 납부한 사실을 볼 때, 쟁점부동산 중 OOO 소재 건물을 임대차계약서와 다르게 임차인이 주택과 상가로 구분하여 사용하였다는 주장은 설득력이 없음으로 임대목적물을 상가로 보고 부가가치세를 경정한 처분은 잘못이 없다.

 (2) 청구인의 사업은 2003년부터 이미 공급대가 48백만원을 초과하였다.

  (가) 처분청의 현장 확인결과 청구인의 부가가치세 공급대가는 2003년부터 간이과세자 범위인 48백만원을 초과OOO한 사실이 확인되므로 구 ｢부가가치세법｣ 제26조 제7항 및 시행령 제74조3 제8항 규정에 의거 2004년 2기부터 일반과세자를 준용하여 납부세액을 계산하여야 함이 타당하나, 2016년 12월 이 건 경정시 2004년 2기부터 2006년 1기까지의 과세기간은 이미 국세부과제척기간을 도과하여 부과를 위한 경정을 할 수 없었을 뿐, 청구인의 매년 공급대가는 48백만원 이상에 해당함이 명백한 사실이다.

  (나) 또한, 구 ｢부가가치세법｣ 제26조 제7항 및 시행령 제74조3 제8항의 “결정 또는 경정한 연도의 공급대가의 합계액이 48백만원 이상인 경우 다음 해의 제2 과세기간부터 일반과세자에 준용하여 경정한다”는 규정의 취지는 과세유형의 전환시 일정 정도의 유예기간을 둠으로써 제도의 급변으로 인한 납세자의 혼란을 최소화 하고 불성실 신고자가 결정 또는 경정을 통하여 신고누락금액이 발견되는 경우 납부세액의 계산에 있어서 성실신고자보다 유리한 규정이 적용되는 것을 방지하기 위한 것인바, 이 건의 경우처럼 명백하게 밝혀진 수입금액 탈루에 대한 과세를 제어하기 위한 근거로 쓰인다면 조세포탈의 수익 실현을 도와주는 것이 되어 ｢국세기본법｣ 제15조 신의․성실의 원칙에 위배된다고 할 것이므로 처분청이 2006년 2기부터 2008년 1기 과세기간도 일반과세자로 준용하여 부가가치세를 경정한 처분은 정당하다.

 (3) 청구인은 임대수입금액의 공급대가가 2010년 2기부터 2016년 1기 과세기간 동안 48백만원 이상인 일반과세자에 해당하므로 ｢부가가치세법｣ 제37조 [납부세액 등의 계산]이 준용되고, 동 규정에 따라 납부세액을 계산할 때 ｢부가가치세법｣ 제60조 8항의 부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세가 적용되는 것이므로 동 가산세를 취소하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.

3.심리 및 판단

 가. 쟁점

① 공부상 주택으로 등재된 부분을 실제 상가로 보아 임대료에 대해 부가가치세를 과세한 처분의 당부

 ② 2006.2기～2008.1기 과세기간은 간이과세자로 부가가치세를 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 2010.2기～2016.1기 과세기간에 대한 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세 부과처분의 당부

 나.관련 법령

(1) 부가가치세법

  제37조【납부세액 등의 계산】① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다.

  제55조【현금매출명세서 등의 제출】② 부동산임대업자는 기획재정부령으로 정하는 부동산임대공급가액명세서를 예정신고 또는 확정신고를 할 때 함께 제출하여야 한다.

  제60조【가산세】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액

2. 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액

⑧ 사업자가 제55조 제1항에 따른 현금매출명세서 또는 같은 조 제2항에 따른 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액(현금매출명세서의 경우에는 현금매출을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 사실과 다르게 적혀 있으면 제출하지 아니한 부분의 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 1퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

  제61조【간이과세의 적용 범위】⑥ 제68조 제1항에 따라 결정 또는 경정한 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.

  제62조【간이과세와 일반과세의 적용기간】① 제61조에 따라 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년(歷年)의 공급대가의 합계액이 대통령령으로 정하는 금액에 미달하거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 7월 1일부터 그 다음 해의 6월 30일까지로 한다.

  제63조【간이과세자의 과세표준과 세액】⑥ 제68조 제1항에 따라 결정 또는 경정하거나 ｢국세기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 간이과세자의 해당 연도의 공급대가의 합계액이 제61조 제1항에 따른 금액 이상인 경우 대통령령으로 정하는 과세기간의 납부세액은 제2항에도 불구하고 제37조를 준용하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 공급가액은 공급대가에 110분의 100을 곱한 금액으로 하고, 매입세액을 계산할 때에는 세금계산서등을 받은 부분에 대하여 제3항에 따라 공제받은 세액은 매입세액으로 공제하지 아니한다.

  제68조【간이과세자에 대한 결정ㆍ경정과 징수】① 간이과세자에 대한 과세표준과 납부세액의 결정 또는 경정에 관하여는 제57조를 준용한다.

② 간이과세자에 대한 가산세 부과에 관하여는 제60조 제1항을 준용한다. 이 경우 제60조제1항 각 호 중 "공급가액"은 "공급대가"로 하고, "1퍼센트"는 "0.5퍼센트"로 한다.

 (2) 부가가치세법 시행령

  제111조【간이과세자의 과세표준 및 세액의 계산】⑧ 법 제63조 제6항 전단에서 “대통령령으로 정하는 과세기간”이란 결정․경정 과세기간의 다음다음 과세기간을 말한다.(후단 생략)

(3) 구 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전)

  제25조【간이과세】① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 "공급대가"라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "간이과세자"라 한다)에 대하여는 제4장부터 제6장까지의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다.(단서 생략)

⑥ 제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 공급대가가 제1항에서 규정하는 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.

  제26조【과세표준과 세액】⑦ 제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정하거나 ｢국세기본법｣ 제45조의 규정에 따라 수정신고한 간이과세자의 1역년의 공급대가가 제25조 제1항의 규정에 의한 금액 이상인 경우의 대통령령이 정하는 과세기간의 납부세액은 제25조 제6항의 규정에 불구하고 제17조의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 공급가액은 공급대가에 110분의 100을 곱한 금액으로 하고, 매입세액의 계산에 있어서는 세금계산서 등의 수취분에 대하여 제3항의 규정에 의하여 공제받은 세액을 차감한 후 이를 적용한다.

(4) 구 부가가치세법 시행령(2008.7.24. 대통령령 제20929호로 개정되기 전)

  제74조【간이과세의 범위】① 법 제25조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 4천800만원을 말한다.

  제74조의3【간이과세자의 과세표준 및 세액의 계산】⑧ 법 제26조 제7항 본문에서 "대통령령이 정하는 과세기간"이라 함은 결정 또는 경정과세기간이 속하는 해의 다음 해의 제2과세기간부터 그 다음 해의 제1과세기간까지를 말한다. 다만, 결정 또는 경정과세기간이 신규로 사업을 개시한 자의 최초 과세기간인 경우에는 당해 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 그 다음 과세기간까지를 말한다.

(5) 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정된 것)

  제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

  제20조의2【현금매출명세서 등의 제출】② 부동산임대업자는 부동산임대공급가액명세서를 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. <신설 2010.1.1. 2010.7.1.부터 적용>

  제22조【가산세】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제5조 제1항에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액

2. 사업자가 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액

⑥ 사업자가 제20조의2 제1항에 따른 현금매출명세서 또는 제20조의2 제2항에 따른 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액(현금매출명세서의 경우에는 현금매출을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 사실과 다르게 적혀 있는 경우에는 제출하지 아니한 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

⑧ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항에 따라 신고하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

  제25조【간이과세】⑥ 제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 공급대가가 제1항에서 규정하는 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.

  제26조【과세표준과 세액】⑦ 제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정하거나 ｢국세기본법｣ 제45조의 규정에 따라 수정신고한 간이과세자의 1역년의 공급대가가 제25조 제1항의 규정에 의한 금액 이상인 경우의 대통령령이 정하는 과세기간의 납부세액은 제25조 제6항의 규정에 불구하고 제17조의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 공급가액은 공급대가에 110분의 100을 곱한 금액으로 하고, 매입세액의 계산에 있어서는 세금계산서 등의 수취분에 대하여 제3항의 규정에 의하여 공제받은 세액을 차감한 후 이를 적용한다.

  제28조【결정·경정과 징수】① 간이과세자에 대한 과세표준과 납부세액은 제21조를 준용하여 결정 또는 경정할 수 있다.

③ 간이과세자에 대한 가산세 부과는 제22조 제1항 및 제8항을 준용한다. 다만, 제22조제1항 각 호 중 "100분의 1"을 "1천분의 5"로 한다.

⑤ 간이과세자에 대한 부가가치세의 징수는 제23조를 준용한다.

(6) 구 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정된 것)

  제74조【간이과세의 범위】① 법 제25조 제1항 각호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 금액"이란 4천800만원을 말한다.

  제74조의3【간이과세자의 과세표준 및 세액의 계산】⑧ 법 제26조 제7항 전단에서 "대통령령으로 정하는 과세기간"이란 결정 또는 경정과세기간이 속하는 해의 다음 해의 제2과세기간부터 그 다음 해의 제1과세기간까지를 말한다.(후단 생략)

 다.사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 현장확인보고서에는 “쟁점부동산은 OOO 대로변에 위치한 임대건물로 청구인은 보증금에 대한 간주임대료는 수입금액으로 신고하였으나 월세에 대해 수입금액 신고내역이 없어 수입금액 누락혐의가 있는 것으로 파악되어 현장확인 대상자로 선정하였다”는 선정사유 및 “청구인은 쟁점부동산을 2003.3.10. OOO과 OOO원으로 임대차계약을 체결한 후, 이중계약서를 작성하여 월임대료에 대한 수입금액 신고를 누락하였고 월세 OOO원은 계좌를 통해 지급받았으며, 2009.8.27. OOO(주)(대표자 OOO)와 임대재계약을 하면서 OOO원으로 임대차계약 체결 후 OOO원은 계좌로 입금받고 월임대료 수입금액은 신고 누락하였다”는 확인내용이 나타난다.

  (나) 처분청은 청구인이 이중계약을 동해 월임대료에 대한 수입금액신고를 하지 않은 데 대해 10년의 부과제척기간을 적용하여 2006년 2기부터 2016년 1기까지의 부가가치세를 과세하였다.

  (다) ｢주택법｣ 제2조에 의하면 ‘주택이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다’고 되어 있고, 소득세법 기본통칙 89-154-3에 의하면 ‘주택이란 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하며 그 용도가 불분명한 경우에는 공부상의 용도에 의한다’고 되어 있다.

  (라) 청구인과 임차인 OOO이 2013.3.10. 작성한 임대차계약서는 두 종류가 있는데 계약금액을 보면 하나는 보증금 OOO원에 월임대료는 없는 것으로 되어 있고, 또 다른 하나는 보증금 OOO원에 월임대료 OOO원으로 되어 있으며 두 종류 모두 건물의 용도는 ‘식당’으로 되어 있다.

  (마) 임차인 OOO(OOO(주) 대표)은 “2003.3.10. 계약 당시 식당 홀과 주방으로 사람이 기거할 수 있는 방은 없었고, 계약 당시 임대인과 합의 하에 뒷공간에 약 50평을 신축하여 판매장과 냉동창고로 사용하였으므로 주택으로 임대하였다는 말은 해당되지 않는다(참고로 주택을 월세 OOO원을 주고 거주할 수는 없는 것이다)”라는 내용의 확인서와 임차인 및 가족이 쟁점부동산에서 상시 거주하지 않았다는 증빙으로 2001년 이후의 주소변경 이력이 나타나는 주민등록초본을 제시하였다.

  (바) 인터넷 개별주택가격 공시시스템상 쟁점부동산 중 OOO는 2005.1.1.자를 기준일자로 하여 개별주택가격이 OOO원으로 나타나고 그 이후에는 공시 이력이 나타나지 않으며, OOO에 개별주택가격 공시 이력은 없다.

  (사) 이의신청결정서에 따르면 국세청 전산망에서 OOO는 2005.4.30. 개별주택가격 공시 이력이 있으나 그 이후에는 공시 이력이 없고, 청구인은 쟁점부동산과 관련하여 주택분 재산세가 아니라 상가분 재산세를 납부하였다고 확인하고 있다.

  (아) 청구인은 OOO과 OOO(주)를 상대로 제기한 건물명도소송에서 승소판결OOO을 받았는바, 이에 따르면 법원은 “2003.3.10. 청구인(원고)과 OOO(피고)은 쟁점부동산에 관하여 OOO원, 임대차 기간을 2003.3.15.부터 2005.3.14.까지로 정한 임대차계약을 체결하였고, 이에 따라 OOO은 쟁점부동산 중 OOO에 창고건물을 짓고 OOO 소재 건물에 본점을 이전하여 영업을 하여 왔고 임대차계약이 수차 갱신되어 오던 중 청구인이 2014.5.20. 임대차 기간이 만료되었음을 이유로 부동산을 원상회복하여 명도해 줄 것을 요청하였으나 OOO은 이를 이행하지 아니하였는바, 이 사건 창고건물은 무상으로 사용대차 한 것이므로 특별한 사정이 없는 한 OOO(피고)는 사용대차 종료에 따른 원상회복 의무가 있다”고 하여 청구인(원고) 주장을 인용하였다.

 (2) 청구인은 쟁점부동산에 대한 일반건축물대장과 토지대장을 제시하였는바, 쟁점부동산의 공부상 현황은 다음과 같다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

   먼저 쟁점①의 경우, 청구인은 쟁점부동산 중 주택으로 사용된 부분에 대해서는 부가가치세 과세대상에서 제외하여야 한다는 주장이나, 임차인이 쟁점부동산을 점포 및 창고로 임차하였고 주택에 해당되는 부분은 없었다고 확인하고 있는 점, 쟁점부동산 중 OOO 부분은 임차인이 창고로 무상사용했음이 건물 명도소송 판결문에 의해 확인되는데 만약 OOO 소재 건물 중 청구인 주장대로 공부상 주택인 부분OOO이 실제 주거용도로 사용되었다면 그 외 점포부분은 OOO에 불과해 축산물판매업을 하는 임차인이 월 OOO원의 임차료를 주고 임차하였다고 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점부동산에 대해 주택과 상가로 구분하여 재산세를 납부하지 않고 상가분으로만 재산세를 납부한 점 등에 비추어 쟁점부동산 중 일부가 주택으로 사용되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

   다음으로 쟁점②에 대해 살펴보면, 구 ｢부가가치세법｣(2008.7.24. 대통령령 제20929호로 개정되기 전의 것) 제25조 제6항 및 같은 법 제26조 제7항에 따르면 결정 또는 경정한 연도의 공급대가의 합계액이 48백만원 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 보는 것이며, 다만 그 다음 해의 제2과세기간부터 일반과세자에 대한 납부세액 규정을 준용하도록 하고 있다. 이 건의 경우 2006년 1기분까지는 부과제척기간 도과로 경정대상이 아니었고, 2006년 2기 경정한 공급대가와 2006년 1기 신고한 공급대가의 합계액은 48백만원 미만이고, 2007년 경정한 공급대가의 합계액이 비로소 48백만원을 초과하므로 그 다음 해인 2008년 제2기부터 일반과세자의 납부세액 규정을 준용하여야 할 것인바, 처분청이 2006년 2기～2008년 1기 과세기간에 대해서도 일반과세자의 규정을 준용하여 부가가치세를 경정한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

   끝으로 쟁점③에 대해 살펴보면, 위 쟁점②에서 살핀 바와 같이 청구인은 경정일 현재 간이과세자에 해당하고 다만 2007년 경정한 연간 공급대가의 합계액이 48백만원을 초과하여 2008년 2기부터 납부세액 계산시 일반과세자의 납부세액 계산방식을 준용할 뿐인데, 법문상 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액을 말하고 가산세는 납부세액에 포함되지 아니하므로 경정일 현재 간이과세자인 청구인에게 일반과세자에게만 적용되는 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.