주 문

 OOO세무서장이 2017.2.10. 청구법인에게 한 2015년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 환급불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.10.1. OOO을 업종으로 하여 사업자등록된 법인으로, 2015.4.24. 주식회사 OOO이라 한다)로부터 부산광역시 OOO 외 2필지(1,731㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물(연면적 4,320.73㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 공급가액 OOO원에 취득한 후, 2015.7.10. OOO로부터 건물분 공급가액 OOO원에 대해 전자세금계산서를 수취하였다가 2015.7.24. 수정세금계산서를 수취하여 이를 취소하는 한편, 2015.7.27. 2015년 제1기 부가가치세 신고시 위 거래와 관련하여 당초 2015.4.24.을 공급시기로 하는 종이세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다며 관련 매입세액을 공제하여 OOO원을 환급받는 것으로 신고하였으며, 2015.8.7. 처분청으로부터 이를 환급받았다.

나. 처분청은 2015.11.17.～2015.11.26. 기간 동안 청구법인에 대해 “부동산 고가매입 및 세금계산서 지연수취 혐의”로 환급현장확인을 실시하여 청구법인이 주상복합건물을 신축할 목적으로 쟁점부동산을 취득하여 관리형토지신탁 사업약정서를 체결하고, 쟁점건물의 일부를 일시적으로 임대하고 있으나, 건물을 멸실하지 아니하고 리모델링의 타당성을 검토중에 있어 쟁점건물의 철거여부에 대해 사후관리를 하는 것으로 하여 조사를 종결하였다.

다. OOO장(이하 “감사청”이라 한다)은 2016.10.17.～2016.11.3. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점세금계산서는 공급시기를 입증할 증빙이 없으므로 공급시기 이후에 수취한 것으로 보이고, 2016.5.28. 건물을 멸실하여 쟁점건물의 취득과 관련된 매입세액은 토지의 자본적 지출에 해당하므로 매입세액을 공제할 수 없다는 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2017.2.10. 2015년 제1기 부가가치세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 처분청은 2015.11.17.～2015.11.26. 기간 동안 부가가치세 환급 현장확인을 하였고, 이 과정에서 「국세기본법」에 따른 질문조사권을 행사하여 세무조사에 준하는 조사를 하였으며, 청구법인의 당초 환급신청이 정당하다는 것을 인정하였다.

그럼에도 불구하고, 감사청은 처분청에 대한 업무감사시 “조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 새로운 자료”를 제시하거나 특별한 사유없이 당초 업무처리 내용을 부인하고 과세하는 행위는 금지하고 있는 중복조사에 해당한다.

  (2) OOO는 세무업무를 몰라서 2015.4.24. 쟁점세금계산서를 발급하였음에도 2015.7.10. 전자세금계산서를 추가로 발급하였고, 2015.7.24. 청구법인이 세금계산서가 중복으로 발급된 사실을 확인하고 수정세금계산서를 요청하여 이를 취소한 것이므로 정당하게 수취한 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

 또한, 청구법인이 수탁자인 OOO 등과 「부산광역시 OOO」과 관련하여 관리형토지신탁 사업약정서를 체결한 것은 쟁점부동산의 취득자금 대출을 위한 것이고, 당초 쟁점부동산을 임대할 목적으로 취득하여 건물을 신축할 의사가 없었으며, 실제 쟁점건물의 1층을 OOO뿐 아니라 꽃집, 주차장으로 임대하였고, 쟁점부동산의 리모델링을 위해 2층 이상은 공실로 두고 있었다.

 처분청은 현장확인조사를 거쳐 위와 같은 사실을 확인하고 당초 환급이 정당한 것으로 인정하였음에도 환급 이후 건물을 신축할 것으로 계획이 변경되었다고 하여 소급하여 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

  (3) 설령, 위 매입세액이 불공제된다 하더라도 처분청이 현장확인조사를 통해 청구법인이 신청한 매입세액을 환급하였다가, 감사청의 감사지적을 통해 환급결정을 부인한 것에 청구법인의 귀책사유가 없으므로 가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 「국세기본법」 제81조의2 제2항 제1호에서 세무조사의 개념을 “국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 경우”로 규정하고 있는바,

 감사청은 처분청에 대한 업무감사 당시, 청구법인이 당초 신고한 자료 및 처분청이 현장확인시 확보한 서류를 근거로 처분청에 현장확인시 종이세금계산서에 대한 청구인의 해명내용에 대한 사실확인 없이 이를 인정하고, 관리형토지신탁계약의 체결로 건물철거가 확실시 됨에도 즉시 고지결정을 하지 않은 사실에 대해 시정명령을 하였을 뿐, 청구법인에게 추가적인 질문․조사권을 행사하거나 장부나 서류의 제출을 요구한 사실이 없고, 청구법인 또한 감사청에 추가해명자료를 제출한 사실이 없으며, 처분청에서는 당초 처분에 착오․오류가 있는 것으로 판단하여 「부가가치세법」 제57조 제3항에 따라 경정․고지 처분한 것인바, 감사청의 감사지적으로 인한 경정․고지가 세무조사에 의한 처분이 아니므로 중복조사 금지원칙에 위배되지 않는다.

 (2) 다음과 같은 사유로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

  (가) 청구법인은 OOO가 세무업무를 몰라서 종이세금계산서를 발급하였다고 주장하나, OOO은 전자세금계산서 제도 시행 이후 줄곧 전자세금계산서를 발급해왔고, 이 건 거래에 대해서도 2015.7.10. 전자세금계산서를 발급하였으며, 과거 사업체를 운영하는 동안 전자세금계산서를 발급한 사실이 확인되므로 ‘대표이사가 세무업무를 몰라서’ 종이세금계산서를 발급하였다는 주장은 신빙성이 없고, 건물의 공급가액 OOO원의 금액에 대해 종이세금계산서를 발급하여 고액(OOO원 상당)의 세금계산서불성실가산세를 부담할 이유도 없다.

  또한, OOO이자 청구법인의 임원으로, 2015.7.10. 발급한 전자세금계산서는 쟁점거래가 발생한 과세기간 종료일 이후에 발급하였으므로 청구법인이 전자세금계산서로 신고할 경우 매입세액이 불공제된다는 사실을 인지하고 2015.7.23. ‘착오에 의한 이중발급’을 사유로 취소하였을 개연성이 높으며, 그 외 청구법인이 쟁점세금계산서가 공급시기에 정상발급되었다는 사실을 입증할 객관적 증빙을 제시한 사실이 없으므로 쟁점세금계산서는 공급시기를 경과하여 수취한 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함이 타당하다.

  (나) 처분청이 2015.11.17.～2015.11.26. 실시한 현장확인조사 당시 처분청은 쟁점건물이 아직 철거되지 않았고, 리모델링을 검토중이라는 청구법인의 주장을 수용하여 환급결정을 부인하지 아니하였으나, 관리형토지신탁계약이 이미 체결된 상태로 철거가능성이 농후하여 쟁점건물의 멸실여부에 대한 사후관리를 위해 과세자료를 파생하였으며, 감사청의 감사 당시 동 과세자료는 즉시자료로 전환된 상태였다.

  청구법인과 OOO 등과의 “관리형토지신탁 사업약정서(2015.9.18.)”에 의하면, 사업명은 「부산 OOO」으로 지하 2층～지상 17층의 공동주택(29세대), 업무시설(75호) 및 근린생활시설을 신축할 목적이었던 것을 확인할 수 있고, 청구법인은 2014.12.16. 상기 주상복합건물의 신축허가를 신청하여, 2015.2.9. 건축허가를 받았으며, 주식회사 OOO와 2014.12.15. 및 2015.9.30. 각 설계도급과 공사감리 계약을 체결하였고, 2016.3.14. OOO 주식회사와 공사도급계약을 하였으며, 2016.5.28. 건물을 멸실한 후 현재 신축공사를 진행하고 있다.

  청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 8개층 중 1층을 OOO에게 임대하였으나, 기존의 OOO과 임대차 계약기간 내에 있던 임차인과 명도약정을 하고 2015.12.23. 임차인이 퇴거하여 임대기간이 8개월에 불과하며, 이후 쟁점건물은 임차인이 전혀 없이 공가상태로 있다가 멸실되었다.

  뿐만 아니라, 당초 부동산임대업을 영위할 예정이었다는 청구법인의 주장과는 달리 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 2015년 4월 이후, 구인사이트에 청구법인의 주요사업을 ‘아파트 및 부동산개발’로 소개하며 현장업무를 담당할 건설기술자 모집공고를 낸 사실이 확인되고, 청구법인의 근로소득 지급명세서 및 채용자의 과거 근무이력 등을 보면 청구법인은 2015년 건설․건축 분야 경력자를 채용한 사실이 확인된다.

  따라서, 쟁점건물은 임대목적이 아닌 철거 후 새로운 건물을 신축할 목적으로 취득한 것으로 보이므로 쟁점건물의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 정당하다.

 (3) 세법상 가산세는 납세자가 정당한 사유없이 세법에 규정된 신고․납부 등의 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상 제재로, 초과환급신고가산세는 청구법인의 잘못된 환급신고에 대한 세법상 제재이고, 환급불성실가산세는 청구법인이 초과환급세액을 지연납부한데 대한 이자성격의 제재이므로 부당하게 환급을 받은 청구법인에게 가산세를 부과한 것은 정당하고, 부가가치세는 조세채권․채무의 확정권한이 납세의무자에게 있는 신고납부제도를 채택하고 있으므로 신고내용에 따라 처분청이 환급을 결정하였다고 하여 이를 가산세 감면의 정당한 사유로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ① 청구법인이 환급받은 매입세액을 현지확인조사를 통해 이를 정당한 것으로 처리하였다가, 상부기관의 업무감사에 따라 환급세액을 추징하는 경우 중복조사에 해당하는지 여부

  ② 쟁점세금계산서상 매입세액을 공급시기 이후 수취분 또는 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

  ③ 가산세를 부과하는 것이 정당한지 여부

나. 관련법령

  (1) 국세기본법 제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

 제47조의4【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】 ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 제81조의2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 “세무조사”라 한다)

 제81조의4【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 (2) 국세기본법 시행령 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

 (3) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

  제57조【결정과 경정】 ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

 (4) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

  (1) 쟁점부동산의 등기부등본 등에 나타나는 매매현황은 다음과 같다.

   (가) OOO과 청구법인이 2014.9.17. 작성한 부동산 매매계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 총 매매대금 OOO에 취득하고 잔금을 2015.4.30.까지 지급하기로 계약한 것으로 나타난다.

   (나) 쟁점부동산의 등기부등본 및 건축물대장에 의하면, 청구법인은 쟁점건물을 2015.4.24. 취득(소유권이전등기)하였고, 2016.5.28. 멸실한 것으로 나타나며, 쟁점건물의 세부내역은 <표1>과 같다.

   (다) 청구법인은 2015.4.24. 쟁점부동산을 취득한 이후 2015.5.15. OOO에 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.

 (2) 처분청이 제출한 청구법인의 사업자등록 신청서에 의하면, 청구법인은 사업의 종류를 건설업(일반건축공사) 및 부동산업(매매 및 임대)로 하여 사업자등록신청을 하였던 것으로 나타나나, 국세통합전산망 및 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 쟁점건물에서 2014.10.1. 주업종을 건설업(주택 신축판매)으로, 부업종을 부동산업(부동산 매매 및 개발)으로 하여 임대업은 제외된 채 사업자등록된 것으로 확인된다.

(3) 쟁점부동산 취득과 관련하여 OOO 및 청구법인의 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

  (가) OOO은 쟁점건물을 양도하고 2015.7.10. 건물의 공급가액을 OOO원, 작성일자를 2015.4.24.로 하는 전자세금계산서 1매를 발급하였다가 2015.7.24. 착오에 의한 이중발급을 사유로 이를 취소하는 수정세금계산서를 발급하였다.

  (나) 청구법인은 2015.7.27. 2015년 제1기 부가가치세 신고시 위 거래와 관련하여 당초 2015.4.24. 종이세금계산서를 수취하였다며 쟁점건물에 대한 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 OOO원을 환급받는 것으로 신고하였다.

 (4) 이 건 처분과 관련하여 처분청의 과세 경위는 다음과 같다.

  (가) 처분청의 환급신고 검토조사서에 의하면, 청구법인의 고정자산 매입에 따른 환급신고를 검토한 결과, 혐의점을 찾을 수 없어 정상환급한 것으로 기재되어 있고, 이에 따라 2015.8.7. OOO원을 환급한 것으로 나타난다.

  (나) 처분청의 2015년 제1기 확정환급신고자 집중분석 검토조사서(2015년 11월)에 의하면, 고정자산매입과 관련하여 특수관계인으로부터 매입한 부동산 매매대금의 과다여부 및 세금계산서 지연수취에 따른 가산세 적정여부의 확인이 필요하여 환급현장확인 대상자로 선정하고, 환급의 적정성 여부를 확인하고자 한다고 기재되어 있다.

  (다) 처분청은 2015.11.17.～2015.11.26. 청구법인에 대해 현장확인을 실시하여 아래와 같이 전자세금계산서 발급의무자인 OOO에 종이세금계산서를 발급한 것에 대하여 가산세를 부과하고, 청구법인의 건축물 철거여부를 사후관리토록 하여 조사를 종결하였다.

  (라) 처분청은 2016.8.4. 청구법인에게 ‘2015년 제1기 부가가치세 신고시 건물 취득과 관련된 매입세액 공제분에 대한 적정성 여부’에 대해 해명할 자료를 2016.8.19.까지 제출하라는 안내문을 발송하였고, 청구법인은 다음과 같은 해명서를 제출하였다.

  (마) 감사청은 2016.10.17.～2016.11.3. 기간 동안 처분청에 대한 감사를 실시하여 다음과 같이 감사지적을 한 것으로 나타난다.

  (바) 처분청은 2017.2.10. <표2>와 같이 2015년 제1기 부가가치세를 경정․고지하였다.

 (5) 건물의 신축 관련 신고서류 등에 나타나는 내용은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 2014.9.17. OOO로부터 쟁점부동산을 취득하는 계약을 체결하고, 잔금을 2015.4.30.까지 지급하기로 한 다음 2015.4.24. 소유권이전등기를 하였다.

(나) 건축허가신청서 및 건축허가서에 의하면, 청구법인이 2014.12.16. 관할구청에 <표3>과 같은 주상복합건물의 신축허가를 신청하였고, 2015.2.9. 건축허가를 받은 것으로 나타난다.

  (다) 청구법인, 수탁자, 시공사 및 금융기관은 2015.9.18. 사업명을 「부산광역시 OOO 신축사업」으로 하는 관리형토지신탁 사업약정서를 체결하고, 쟁점토지위에 주상복합건물을 신축하기로 하였다.

  사업약정서의 주요내용은 다음과 같고, 별지에는 총 1개동 104세대 및 부대복지시설(지하 2층～지상 17층)에 대해 주택형별 계약면적, 공급금액 및 납부일정 등의 세부내용이 기재되어 있다.

   (라) 청구법인은 2015.10.20. 신탁업체인OOO으로 건축주를 변경하였고, 2016.4.14. OOO이 제출한 착공신고서의 주요 내용은 <표4>와 같다.

(마) 등기부등본상 쟁점건물은 2016.5.28. 멸실된 것으로 나타난다.

   (바) 감사청은 청구법인이 쟁점건물을 취득한 이후 건설분야 구인 사이트에 현장업무를 담당할 건설기술자를 지속적으로 모집하였던 것을 보면 당초 계획대로 건물을 멸실하고 신축을 진행중이었던 것으로 보인다며 웹문서 검색내역 및 2015년 청구법인의 근로소득 지급명세서(<표5>)를 제출하였다.

 (6) 쟁점건물의 소유권이전일 전․후 임대현황은 다음과 같다.

  (가) 청구법인의 부가가치세 신고서상 부동산임대공급가액 명세서에 의하면, 2015.5.1.～2015.12.23. 기간 동안 쟁점건물의 1층을 OOO에 임대한 것으로 나타나나, 이후 건물 멸실시까지 다른 임대현황은 확인되지 아니한다.

  (나) OOO의 부동산임대차계약서 및 부동산임대공급가액 명세서에 의하면, OOO에 쟁점건물 1층을 2011.5.4.～2016.5.4. 기간 동안 임대하기로 계약하였고, 쟁점건물을 양도하기 전까지인 2015.4.30.까지 임대소득을 신고한 것으로 나타난다.

  한편, OOO외에도 1층을 쟁점건물 양도일까지 OOO에 임대하고 있었던 것으로 나타난다.

  (7) 국세통합전산망에 조회되는 OOO의 기본현황 및 전자세금계산서 발급내역은 다음과 같다.

  (가) OOO은 쟁점부동산에서 2005.4.8. OOO을 주업종으로 하여 개업한 법인으로, 쟁점부동산을 양도한 후 쟁점건물에 대한 부가가치세를 납부하지 아니하고 2015.11.27. 폐업하였다.

  (나) OOO은 청구법인의 OOO이고, OOO의 이사로 등재되어 있다.

  (다) OOO이 연도별로 전자세금계산서를 발급한 내역은 <표6>과 같다.

  (라) 처분청은 OOO이 2007년부터 2012년까지 운영한 주식회사 OOO가 2012.2.28. 전자세금계산서 1매를 발급하였다는 내역을 자료를 제출하였다.

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 현지환급조사를 실시하였다가 감사청의 업무감사에 따라 환급세액을 추징하는 경우 중복조사에 해당한다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의2 제2항 제1호에서 세무조사를 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건의 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 경우로 규정하고 있고, 같은 법 제81조의4 제1항 및 제2항에서 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하되, 같은 세목 및 같은 기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있는바,

이 건 처분은 처분청이 청구법인의 환급신청에 대하여 현지확인조사를 통해 당초 환급이 정당한 것으로 처리하였다가, 상부기관의 업무감사 및 시정명령에 따라 당초 과세표준과 세액의 오류를 경정한 것일 뿐, 감사과정에서 재조사를 하고 그 재조사 결과에 따라 행한 것이 아니므로 중복조사 금지의 원칙에 위배된 처분이 있었다고 보기 어렵다고 판단된다.

 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 임대할 목적으로 취득하여 8개월 가량 임대한 후 쟁점건물을 철거하였으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 2014.9.17 쟁점부동산을 취득하기로 계약한 후, 2014.12.16. 관할구청에 주상복합건물의 신축허가를 신청하였고, 2015.9.18. 시공사 등과 관리형토지신탁 사업약정서를 체결하고 주상복합 신축사업의 세부적인 분양계획 등을 합의하였으며, 설계, 감리 및 시공에 대한 도급을 진행한 후 2016.5.28. 쟁점건물을 멸실하였는바, 취득 당시 쟁점건물을 철거하고 그 부지에 새로운 건물을 신축할 목적이었던 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점건물을 취득한 이후 OOO에 건물 1층을 8개월간 임대한 것으로 나타나나, 기존 OOO과 임대차계약 기간 중에 있던 OOO이 종전의 임대계약을 유지하다 계약기간이 만료되기 전인 2015.12.23. 퇴거하였고, 그 외 다른 임대현황은 확인되지 아니하여 쟁점건물을 취득하여 철거하기 전까지 일시적으로 임대한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 토지 관련 매입세액으로 보아 이를 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 또한, 청구법인은 쟁점세금계산서가 공급시기에 정당하게 수취한 것이라고 주장하나, OOO은 전자세금계산서 의무발급대상자로 쟁점부동산의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후인 2015.7.10. 전자세금계산서를 발급하였다가, 2015.7.24. 부의 수정세금계산서를 발급하여 이를 취소한 점, OOO은 다른 거래에 대하여 전자세금계산서를 발급하고 있었던 것으로 보아 세무업무가 미숙하여 쟁점세금계산서를 발급하였고, 착오에 의해 전자세금계산서를 이중으로 발급하였다고 보기 어려우며, 달리 종이세금계산서를 발행할 이유도 없어 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간에 수취하였다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 마지막으로 쟁점③에 대해 살피건대, 가산세 부과의 제한이 되는 정당한 사유란 단순한 법률의 부지나 오해의 범위는 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결)인바,

 처분청이 공제받지 못할 매입세액을 공제하여 환급신고한 청구법인에게 초과환급신고가산세를 부과하는 것은 잘못이 없다할 것이나, 처분청이 당초 청구법인의 환급신청에 대해 쟁점세금계산서를 정당한 것으로 보아 이를 환급한 점, 현지확인조사 당시 쟁점건물을 멸실하지 아니한 사정 등으로 인해 당초 환급이 정당함을 재차 인정하였다가, 상부기관의 업무감사로 인하여 토지관련 매입세액 등으로 보아 환급세액을 추징한

점 등에 비추어 청구법인은 환급과 관련한 귀책이 없어 보이고, 이는 관련 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 판단된다.

 따라서, 이 건 부가가치세 과세처분은 환급불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다..