주 문

1. 피고가 2015. 8. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 89,260,940원의 부과처분을 취소

한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 원고의 배우자 BBB(이하 둘을 합쳐 ‘원고 부부’라 한다)은 2005. 9. 27.

○○시 ○○면 ○○리 ○○-○ 답 1,756㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)를 3억 2,000만

원에 각 1/2 지분씩 취득하였다가, 2014. 4. 30. 주식회사 대하이엔지에 10억 2,000만

원에 매도하였다.

나. 원고 부부는 2014. 3. 27. ○○시 ○○동 ○○-○ 답 2,582㎡(이하 ‘이 사건 대토농

지’라 한다)를 9억 4,000만 원에 각 1/2 지분씩 취득하였다.

다. 원고 부부는 2014. 6. 26. 피고에게 이 사건 농지의 양도에 관하여 ‘원고 부부가

8년 이상 자경한 농지임’을 이유로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로

개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조에 따른 양도소득세 감

면 신청을 하였다.

라. 피고는, BBB에 대하여는 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상이라는 이유로

양도소득세를 감면하였으나, 원고에 대하여는 이 사건 농지를 8년 이상 경작하면서 농

작업의 1/2 이상을 직접 수행하였다고 볼 수 없다고 판단하여 감면세액을 부인하고,

2015. 8. 5. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 89,260,940원(= 산출세액 79,739,993원

+ 가산세 9,520,955원)을 경정·고지하였다(이하 원고에 대한 양도소득세 부과처분을

‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 ○○지방국세청장 대한 이의신청을 거쳐 2015. 12. 16. 조세심판원에 심

판청구를 하였으나, 2016. 3. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는

것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 배우자인 BBB과 함께 2005. 12.경 이 사건 농지를 복토하여 밭으로

만들었고, 2006. 3.경 반송묘목 450주, 석류나무 50주, 보리수 50주, 매실 20주를 식재

하였으며, 나머지 공간에 고구마, 콩, 고추 등을 경작하여 왔다. 따라서 원고는 이 사건

농지를 8년 이상의 기간 동안 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의해 경작하였으

므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 정하는 양도소득세 감면요건을 충족하였다.1)

그럼에도 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 배우자 BBB과 함께 3년 이상의 기간 동안 이 사건 농지를 자경하다

가 이를 양도하였고, 그 무렵 이 사건 김해시 풍유동 토지를 대토농지로 취득하였으므

로, 구 조세특례제한법 제70조 제1항이 정하는 양도소득세 감면요건을 충족하였다. 그

럼에도 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 구 조세특례제한법 제70조 제1항에 의하면, 농지 소재지에 거주하는 대통령령

으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필

1) 원고가 이 사건 지분을 매수한 이래 이 사건 토지가 소재하는 시․군․구 안의 지역 또는 위 지역과 연접한 시․군․구 안의지역에 거주하였음은 당사자 사이에 다툼이 없다.

요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써 발생하는 소

득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정되어 있

고, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)

제67조 2항에 의하면, ‘직접 경작’이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는

다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의

하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 규정되어 있다.

2) 살피건대, 갑 제4, 5, 11, 12, 15호증, 을 제7 내지 9호증의 각 기재, 증인 임정

이, 허해녕의 각 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을

종합하면, 원고는 적어도 3년 이상 이 사건 농지를 직접 경작한 후 경작상의 필요에

의하여 이 사건 대토농지로 대토하였다고 봄이 상당하다.

가) 원고의 배우자인 BBB에 대한 양도소득세 현장확인 종결보고서에 의하면,

“이 사건 농지에 식재된 소나무 반송 판매내역이 확인되고, 농약 및 농자재 등의 영수

증을 검토한 바 파라니카, 아리농용신은 채소류, 과수류 등에 사용하는 수화제로 소나

무 반송과 관련된 것으로 판단되며, 이 사건 농지에 식재된 소나무 반송 등이 대토농

지 상에 옮겨서 식재된 것으로 확인된다.”고 기재되어 있고, 이에 따라 BBB은 이 사

건 농지의 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 받았다.

나) 그런데 BBB은 이 사건 농지에서 농사를 지을 당시 ‘○○건기’라는 상호의

선박부품 제조업, ‘○○’이라는 상호의 부동산 임대업, ‘○○독서실’이라는 상호의 독서

실을 운영하며 사업소득과 근로소득을 얻어 왔는바(특히 ○○독서실에서는 평일 오전

8시부터 오후 1시까지 건물을 관리하였다), 이처럼 BBB이 여러 종류의 사업에 종사

하여 온 이상 BBB이 농사에 종사할 시간은 상당히 부족하였을 것으로 보인다. 그러

므로 BBB 혼자 이 사건 농지를 경작하였다고 보기 어렵고, 오히려 원고가 BBB을

도와 이 사건 농지를 함께 경작한 것으로 보인다.

다) 원고는 2007. 6. 15.부터 현재까지 주식회사 ○○(소재지: ○○시 ○○동

○○-○)에서 부동산 임대·매매업에 종사하며 급여를 받아 온 사실이 인정되기는 한다.

그러나 한편 원고가 수행한 업무는 주로 세금계산서 발행 및 임대료 징수, 관리비고지

서 전달 등으로 그 성격상 시간과 노력이 많이 들지 않았을 것으로 보이고, 원고의 주

소 내지 근무지와 이 사건 농지와의 거리도 가까운 편이다.

라) 피고는 원고 부부가 이 사건 농지를 취득하기 전부터 수 필지의 농지를 취

득하거나 양도한 것으로 보여 경작 목적보다는 시세차익 목적으로 거래한 것으로 보인

다고 주장하고, 그렇게 볼 여지가 없지는 않다. 그런데 원고 부부가 양도한 토지는 이

사건 농지를 포함하여 7필지인데, 그 중 ○○시 ○○면 ○○리 ○○-○, ○○시 ○○면

○○리 ○○ 토지의 경우 수용으로 인하여 양도되었고, 이 사건 농지도 김해산업단지

조성으로 농지로서 부적격하여 양도에 이르게 된 것으로 보이는 점에 비추어 보면, 원

고 부부가 이 사건 농지를 시세차익 목적으로 매수하여 양도한 것이라고 단정하기 어

렵다.

3) 따라서 이 사건 농지는 구 조세특례제한법 제70조 제1항에 정한 농지대토에 대

한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 피고

의 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.