주 문

 OOO세무서장이 2017.5.8. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원(OOO) 및 2012사업연도 법인세 OOO원의 부과처분과 2012년 귀속 소득금액 OOO원의 소득금액 변동통지는 청구법인이 공급자를 OOO로 하여 수취한 2012년 제1기 공급가액OOO원 및 2012년 제2기 공급가액 OOO원의 세금계산서의 거래물량에 상응하는 유류를 공급받았는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액과 소득금액 변동통지금액을 경정한다.

1.처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 유류도매업을 영위하는 사업자이고, OOO에서 2011.12.1. 개업하여 2012.12.31. 폐업한 사업자이고, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 2012년 제1기 공급가액 OOO 및 2012년 제2기 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하고, 법인세 신고시 매입대금을 손금에 산입하였다.

나. OOO세무서장은 쟁점매입처에 대한 거래질서 관련 조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2017.3.13.부터 2017.4.11.까지 청구법인에 대한 거래질서 관련 조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 매입대금을 손금불산입하여 2017.5.8. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하면서 2012년 귀속 소득금액 OOO원을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 보관하고 있는 장부, 증빙자료, 금융거래기록 등을 요청하여 이를 근거로 청구법인과 쟁점매입처와의 거래내역을 실지조사하고, 청구법인 대표이사와 면담 등 과세처분의 적법성 및 과세요건사실에 대한 충분한 입증절차를 수행한 후 과세하였어야 함에도 불구하고 청구법인에 충분한 자료제시 요구나 면담 절차 없이 인천세무서장으로부터 통보받은 과세자료만을 근거로 일방적으로 과세하였는바, 이는 실질과세의 원칙에 위배된다.

 (2) 청구법인은 쟁점매입처에서 2012년 5월 매입거래시 매입세금계산서 수취일(2012.5.31.) 이전에 OOO에서 보관 중인 유류를 확인하고, 매입대금과 통관 관련 제세공과금을 쟁점매입처가 지정한 OOO에 각 송금(2012.5.15.)하였고, 통관 완료된 매입량을 반출(2012.5.15. 및 2012.5.16.)하여 매출처에 공급하였다. 또한, 2012년 7월 매입거래시 청구법인의 직수입 물량과 쟁점매입처 매입량을 함께 통관 완료한 후, 청구법인의 직수입 매입대금과 쟁점매입처에 대한 매입대금을 해외 수입처에 동시에 송금하고, 통관 완료된 직수입 매입량과 쟁점매입처로부터의 매입량을 반출하여 매출처에 공급하였다.

 (3) 청구법인이 비록 쟁점매입처와의 매입거래 과정에서 선량한 관리자로서의 주의의무를 성실히 이행하지 못한 점이 인정되어 부가가치세 매입세액이 불공제된다 하더라도, 재고자산인 유류의 실물매입과 매입대금 지급사실 및 매입량을 매출처에 판매한 사실이 청구법인이 제출한 증빙자료를 통해 확인되므로 청구법인이 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입대금을 손금불산입하고 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 것은 근거과세에 위배되므로 취소되어야 한다.

 설령, 매입대금에 대한 손금이 부인된다 하더라도 매입대금 지급액이 대표이사에 귀속되지 않은 사실이 명백하므로 이를 대표자 상여가 아닌 기타사외유출로 소득처분하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 장부 등 증빙자료를 근거로 실지 조사하여 과세요건사실을 충분히 입증하여 과세하여야 하나 처분청이OOO세무서장으로부터 통보받은 자료만을 근거로 과세하여 이 건 과세처분이 실질과세의 원칙에 위반된다고 주장하나,

 청구법인의 대표이사 OOO은 2017.3.31. 처분청에 출석하여 석유저장시설이 있는지 여부, 유류운반차량의 보유 여부도 알지 못하고, 본인은 단지 벙커씨유 납품과 관련된 일만 하여 다른 업무를 전혀 알지 못한다고 답변한 사실이 있고, 장부를 기장하고 비치할 의무가 있음에도 불구하고 처분청의 조사과정에서는 실지 거래를 하였다는 어떠한 장부도 제시하지 않다가 불복단계에서 근거 없이 과세하였다고 주장하는 것은 이유 없다.

 (2) 청구법인은 쟁점매입처로부터 실제 유류를 매입하고 거래대금을 OOO 및 쟁점매입처의 해외 수입처에 직접 지급하였다고 주장하나, OOO이 청구법인 또는 쟁점매입처와 어떤 관계에 있는지, OOO에 지급한 금액이 유류대금인지 또는 사업과 관련이 없는 사적거래인지 여부를 알 수 없다. 또한, 쟁점매입처와 첫 거래를 하면서 쟁점매입처의 법인계좌가 거래정지된 사실을 알고 있음에도 불구하고 거래대금을 제3자에게 지급하는 위험한 거래를 하고, 거래대금은 2012.5.15. 13시 17분에 지급하고 유류반출은 2012.5.15. 14시 49분부터 있었다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없으며, 청구법인이 제출한 매입장은 실제 유류매입이 2012.5.15. 있었으나 2012.5.31. 매입한 것으로 기재되어 있어 신뢰하기 어렵다.

 쟁점매입처와 거래한 다른 업체인 OOO에 대한 조세소송(OOO 2016.12.7. 선고 2014누5478 판결)에서 법원은 쟁점매입처가 2012년 제1기 과세기간에 유류매입이 전혀 없는 상태에서 가공세금계산서를 교부하였다는 OOO세무서장의 조사결과를 증거로 채택하였고, 쟁점매입처가 OOO에 거래상황을 보고할 의무가 있음에도 유류판매 상황을 보고하지 않은 것으로 보아 쟁점매입처로부터 실제 유류를 공급받았다고 보기 어렵다고 판단한 사실로 볼 때 청구법인이 쟁점매입처로부터 실제 유류를 공급받았다는 청구주장은 이유 없고, 쟁점매입처로 기록된 OOO

의 반출내역은 신빙성이 없다.

 청구법인은 2012년 제2기에 쟁점매입처로부터 매입한 매입대금을 쟁점매입처의 해외 수입처에 직접 지급하였다고 주장하나, 청구법인이 직수입하여 영업을 계속하고 있었던 점, 쟁점매입처를 도와줄만한 특수관계가 없는 점, 쟁점매입처는 법인계좌가 거래정지된 부실기업임을 인지할 수 있는 점 등에 비추어 청구법인 명의로 수입할 수 없는 등의 특별한 사정이 없는 이상 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래로서 인정하기 어렵다.

 (3) 청구법인은 유류의 실물매입이 있었으므로 매입대금을 손금불산입한 처분이 부당하다고 주장하나, 매입장은 위에서 본 바와 같이 신뢰하기 어렵고, 유류판매와 관련이 없는 OOO에 송금한 자료만으로 손금을 인정하기는 어렵다. 또한, 청구법인은 가격이 상대적으로 저렴하여 쟁점매입처로부터 유류를 매입하였다고 주장하나, OOO과 같이 청구법인이 신고한 매매총이익률이 OOO로 극히 낮고, 쟁점세금계산서를 매입에서 차감하여도 OOO로 전국 평균매매총이익율 OOO]에 미달하는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서 관련 거래를 실물이 수반된 거래로 보아 손금으로 인정하기는 어렵다.

 (4) 청구법인은 설령 손금이 부인된다 할지라도 매입대금이 대표이사에게 귀속되지 않았으므로 대표자 상여가 아닌 기타사외유출로 소득처분하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 실물거래 없는 거짓세금계산서를 수취하였고 매입대금의 사용처가 확인되지 않으므로 대표이사에게 상여로 소득처분하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입대금을 손금불산입하고 대표자 상여로 소득처분한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법

○ 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 제67조【소득처분】

제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서(2013년 5월)에 의하면, 쟁점매입처의 대표이사 OOO은 명의상 대표이사로서 실제 대표이사는 OOO이고, 2012년 제1기 및 2012년 제2기의 전자세금계산서 수수내역상 매출이 공급가액 OOO원임에 반해 매입은 공급가액 OOO원에 불과한바, OOO세무서장은 쟁점매입처가 OOO과 같이 청구법인 등의 거래처에 매출한 전액을 가공매출로 확정하여 과세자료를 각 처분청에 통보한 것으로 나타난다.

 (2) OOO세무서장은 2013년 5월 쟁점매입처에 대한 거래질서 관련 조사를 실시한 결과, OOO에 대한 과세자료를 OOO세무서장에게 통보하였는바, OOO세무서장은 쟁점매입처로부터 수수한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 지출증빙미수취가산세만을 적용(매입대금 손금산입)하여 법인세를 과세하였고, OOO은 2013.7.29. 심사청구를 제기하여 기각 결정을 받은 후 법원에 소송을 제기하였으나, 2016.12.7. 대법원에서 최종적으로 청구주장이 기각되었다.

 (3) 청구법인은 쟁점세금계산서가 공급하는 자가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 다음과 같이 실제 유류의 공급이 있었다고 주장한다.

  (가) 쟁점매입처의 영업사원이 2012년 4월 청구법인을 방문하여 기존 매입단가보다 낮은 단가를 제시하여 OOO와 같이 쟁점매입처와 거래(쟁점세금계산서 거래)를 하게 되었고, 이후, 쟁점매입처에서 청구법인이 직접 유류를 수입해 볼 것을 제안하여 2012년 7월 총 4회 공급대가OOO원의 직수입 거래를 하게 되었다.

  (나) 2012.5.31.자 거래의 매입대금(OOO원)은 쟁점매입처가 자신의 법인계좌가 거래정지되어 OOO 명의의 계좌로 송금해 줄 것을 요청하여 OOO과 같이 통과절차를 위한 제세공과금 등을 제외한 금액을 OOO에 입금하고, 나머지 제세공과금 등은 OOO에 각 이체하였다.

  (다) 2012.7.29.자 거래의 매입대금(OOO원)은 쟁점매입처가 해외 직수입 거래처에 함께 지급해 달라고 요청하여 직수입 거래의 매입대금(OOO원)과 합계 OOO와 같이 OOO등에 각 이체하였다.

  (라) 청구법인의 매입장에는 청구법인이 쟁점매입처로부터 2012년 5월 OOO리터 및 2012년 7월 OOO리터를 매입한 것으로 기재되어 있고, 수입신고필증에는 2012년 7월 OOO리터를 수입한 것으로 기재되어 있으며, OOO에서 작성한 유류반출내역서에 의하면, OOO는 2012.5.15.～2012.5.16. 경유 OOO리터, 2012.7.6.～2012.8.6. 경유 OOO를 청구법인에 출고한 것으로 기재되어 있다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점세금계산서가 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 청구법인이 실제 유류를 공급받았다면 관련 매입대금을 손금에 산입하는 것이 타당한바, 청구법인이 쟁점매입처의 요청으로 매입대금을 지급한 사실이 나타나고, 청구법인의 매입장 등에 쟁점세금계산서의 거래물량에 상응하는 유류를 매입한 것으로 기재되어 있으며, OOO의 유류반출내역서에서도 청구법인이 유류를 공급받은 것으로 나타나는 점, 쟁점매입처의 매출거래처로서 청구법인과 함께 과세자료가 통보된 OOO에 대하여 OOO세무서장은 명의위장사업자와 거래한 것으로 보아 매입대금을 손금불산입하지 아니한 점, OOO세무서장이 과세자료를 통보한 것은 2013년 5월이나 처분청은 2017년 3월에 와서야 청구법인에 대한 조사를 실시하여 쟁점매입처로부터의 실제 유류 반입 여부에 대한 적시성 있는 조사가 이루어지지 못했다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서의 거래물량에 상응하는 유류를 실제 공급받았는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준 및 세액 등을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.