[주 문]

 OOO세무서장이 2016.9.7. 청구인에게 한 2014년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 「조세특례제한법」 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 정치망 어업을 영위하는 복식부기의무자로 2014년 귀속 종합소득과세표준 확정신고시 기준경비율로 소득금액을 추계하여 과세표준을 신고하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)에 따른 OOO원의 세액감면을 신청하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사 결과, 「소득세법」 제70조 제4항의 복식부기의무자가 같은 항 제3호의 서류를 제출하지 아니한 경우에 해당하여 종합소득과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 위 세액감면의 적용을 배제하고 신고누락한 면세매출을 반영하여 2016.9.7. 청구인에게 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정․고지하였다.

OOO

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 이 건 과세처분 중 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 과세된 부분은 취소되어야 한다.

 조특법 제128조 제1항에 따르면 추계과세시 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용은 배제되지 않는다.

 국세청에서 발간한 「소득세 확정신고 안내 및 실무」 책자 268쪽을 보면 중소기업에 대한 특별세액감면이 추계시에도 적용 가능하다고 설명되어 있다. 이는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당되고, 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 청구인에게 귀책사유가 없으며, 이에 따라 청구인이 2014년 귀속 종합소득세 신고의무를 정당하게 이행하였고, 처분청이 상급기관인 국세청의 견해표명에 반하는 부과처분을 함으로써 청구인의 이익이 침해되는 결과를 초래하고 있으므로 신의성실의 원칙에 어긋난 처분임이 명백하다.

나. 처분청 의견

 복식부기의무자가 종합소득과세표준을 기준경비율로 추계하여 신고하면서 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표․손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서를 제출하지 아니한 경우에는 「소득세법」 제70조 제4항에 따라 종합소득과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 결정사유에 해당된다. 따라서 조특법 제128조 제2항이 적용되므로, 이에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

 「소득세 확정신고 안내 및 실무」 책자의 내용은 발행 과정상 오류임이 명백하고, 복식부기의무자가 추계신고시 무신고에 해당하며, 무신고시 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제함은 법 조문상 명확하여 청구인은 이를 충분히 알 수 있었으며, 국세청의 인터넷 상담사례 및 조세심판원의 선결정례OOO 역시 이러한 경우 세액감면의 적용이 배제됨을 지속적으로 안내하고 있어 신의성실의 원칙에 위배되었다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 복식부기의무자인 청구인이 종합소득과세표준을 추계신고하여 법정 서류를 제출하지 아니한 것을 종합소득과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 「소득세법」 제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표2>와 같이 개정되었는바, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었다.

<표2> 2006.12.30. 「소득세법」 개정내용

 (2) 2006.12.30. 「소득세법」 제70조[종합소득과세표준확정신고] 개정에 대하여 ‘간추린 개정세법’이나 재정경제부(現, 기획재정부)의 보도자료에 개정이유 등 관련 내용이 나타나지 아니한다.

 (3) 추계신고시 조특법 제128조 제2항의 세액감면 배제와 관련된 국세청 등의 유권해석은 아래와 같이 2006.12.30. 「소득세법」개정 전․후로 그 내용이 다르다.

  (가) 2006.12.30. 「소득세법」 개정 전 유권해석은 <표3>과 같이 추계신고․결정 시에 중소기업 특별세액감면 등을 적용받을 수 있다는 내용이다.

<표3> 2006.12.30. 「소득세법」 개정 전 유권해석

  (나) 2006.12.30. 「소득세법」 개정 후 유권해석은 아래 <표4>와 같이 감면을 배제하는 내용이나, 약 10년간 감면을 배제하는 내용의 유권해석은 없었다.

<표4> 2006.12.30. 「소득세법」 개정 후 유권해석 등

 (4) 추계신고시 중소기업 특별세액감면의 적용 여부에 대한 국세청 고객만족센터의 상담사례 내용 및 「전화․인터넷상담을 위한 확정신고 안내 및 실무」 책자 내용이 일치하지 않는다.

  (가) 국세청 고객만족센터의 2015.5.21. 상담사례는 “복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 「소득세법」 제70조의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 「소득세법」 제80조 제1항을 적용받게 되는 것이며, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음”이라고 되어 있다.

  (나) 반면에 국세청 고객만족센터에서 발간한 「2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무」책자의 295쪽부터 300쪽까지에는 ‘중소기업에 대한 특별세액감면이 추계시에도 적용 가능’이라고 기재되어 있으나, 같은 책의 384쪽에는 ‘무신고․기한 후 신고시 감면배제’ 대상으로 ‘중소기업에 대한 특별세액 감면’이 기재되어 있다. 위의 내용은 2015년 책자에서도 동일하다.

 (5) 「소득세법 시행규칙」 [별지 제40호 서식(1)]의 「종합소득세 과세표준신고서」 등에는 기준경비율에 따른 추계신고를 신고유형의 하나로 기재하고 있다.

  (가) 종합소득세 신고서의 앞면에는 신고유형의 하나로 “추계－기준율”, “추계－단순율”이라고 기재되어 있다.

  (나) 종합소득세 신고서의 부속서류 중 하나인 추계소득금액계산서의 작성방법에는 “이 서식은 기준경비율에 따라 추계신고하는 경우에만 작성”이라고 기재되어 있다.

 (6) 청구인이 2014년 귀속 종합소득 과세표준 확정신고시 「소득세법」 제70조 제4항 제3호의 서류를 제출한 내역은 나타나지 아니한다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2006.12.30. 「소득세법」이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고, 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어, 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 종합소득 과세표준 확정신고시 제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주되어 처분청이 2014년 귀속 종합소득세액을 결정하여 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족한 점 등을 고려하면, 청구인은 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 없다고 할 것이나,

 신의칙 또는 「국세기본법」 제18조 제3항의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것OOO이고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하는 것OOO인바,

「소득세법 시행규칙」[별지 제40호 서식(1)]의 「종합소득세 과세표준신고서」에 복식부기의무자의 추계신고가 하나의 신고유형으로 기재되어 있는 것으로 보이는 점, ‘간추린 개정세법’ 등을 보아도 2006.12.30. 「소득세법」 개정내용을 확인하기 어려운 것에 더하여 국세청이 발간한 「2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무」 책자에서 추계로 소득금액을 산정한 경우에도 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있고 2015년 책자에도 동일한 내용이 나타나는 점, 「소득세법」이 2006.12.30. 개정된 후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업 특별세액감면을 받아도 특별하게 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139)이 있기 전까지는 거의 없어 그간에 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 고려하면 청구인에게 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제한 처분은 신의칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다 할 것이므로 청구인에 대하여 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다OOO

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법(2014.1.1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것)

 제3조[세법 등과의 관계] ① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다.(단서 생략)

 제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

 (2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)

 제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.(각 호 생략)

 제128조[추계과세 시 등의 감면배제] ① 「소득세법」 제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」 제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25 및 제126조의7 제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서만 적용한다.

② 「소득세법」 제80조 제1항 또는 「법인세법」 제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.

③ 「소득세법」 제80조 제2항 또는 「법인세법」 제66조 제2항에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.

④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 해당 사업장에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 사업자가 제1호 또는 제2호의 의무 불이행에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「소득세법」 제160조의5 제3항에 따라 사업용 계좌를 신고하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

2. 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

3. 「소득세법」 제162조의2 제2항 및 「법인세법」 제117조에 따른 신용카드가맹점으로 가입한 사업자 또는 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 그 횟수·금액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 때에 해당하는 경우

 가. 신용카드에 의한 거래를 거부하거나 신용카드매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우

 나. 현금영수증의 발급요청을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우

 (3) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것)

 제70조[종합소득과세표준 확정신고] ④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서

 제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

 제160조[장부의 비치·기록] ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다.

② 업종·규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치·기록한 것으로 본다.

③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다.

 (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것)

 제143조[추계결정 및 경정] ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2015년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 법 제160조제3항에 따른 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.