1. 처분개요

가. 청구인은 2015.10.12. 및 2016.7.4. 다음 <표1>과 같이 부산광역시 OOO 외 8필지(이하 각 지번별로 <표1>과 같이 “토지①～⑨”라 하고, 전체를 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제를 적용하여 2015.12.31. 및 2016.9.30. 각 양도소득세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 2015년 및 2016년 귀속 양도소득세 신고내용과 관련하여 현장확인을 실시하였으나, 양도한 토지들이 8년 이상 자경농지에 대한 감면 요건 및 사업용 토지 해당 여부가 불분명하다고 판단하여 양도소득세 조사로 전환하였다.

다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지 는 양도일 현재 농지에 해당하지 아니하고, 축산업 영위기간 및 기준면적 확인이 불가능하므로 세액감면을 배제하고, 토지⑥은 비사업용토지로 장기보유특별공제 요건에 해당하지 않는 것으로 보아 2017.6.9. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 결정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2017.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

   (1) 청구인은 현장확인에 대한 결과를 알지 못하고 있던 중 2017.3.14. 쟁점토지에 대한 세무조사 결과통지서를 수령하였고, 처분청은 세무조사 사전통지 등 ｢국세기본법｣에 따른 적법한 세무조사 절차를 진행하지 않았으므로 이 건 세무조사 결과통지는 당연 무효이다.

  (가) 청구인OOO은 처분청의 위 <표1>의 쟁점토지들에 대한 현장확인 안내문을 우편으로 수령하였고, 담당직원이 쟁점토지들에 대해 간단히 확인할 사항이 있으니 처분청을 방문해줄 것을 요청하자 2017.1.25. 처분청을 방문하였고, 문답서 작성시 당황하여 아래와 같이 전혀 사실과 다른 답변을 하게 되었다.

   1) 농지의 매립시기에 대한 질문에 2015년 양도계약을 체결한 후 매수인의 요청에 의하여 매립허가를 신청하고, 매수인이 양도물건 중 일부를 매립하였으나 청구인은 2013년에 매립하였다고 답변하였다.

   2) 축산업을 영위한 시기에 대한 질문에 당황하여 정확한 시기에 대한 답변을 하지 못하였다.

   3) ‘추가로 더 하실 말씀이 있으시면 말씀하여 주십시오’라는 처분청 담당자의 말에 ‘선처를 바랄 뿐이다’라고 답한 것처럼 71세 고령의 청구인은 조사담당의 질문에 당황하여 전혀 사실과 다른 답변을 하였다.

   4) 또한, 청구인은 쟁점토지의 매립관련 서류 제출을 위해 OOO을 방문하였으나, 처분청에서 이미 공문으로 요청하여 회신하였다는 답변을 받았다.

 (2) 청구인은 양도소득세 예정신고시 경작사실확인서, 농지원부, 초지조성 허가서, 주민등록초본 등을 제출하여 적법하게 감면신청을 하였으나, 문답서에 기재된 양도물건의 매립시기가 2013년(실제 2015년 매매계약 후 양수인이 매립)이라는 답변을 근거로 8년 자경 감면부인 및 장기보유특별공제 적용 제외한 이 건 세무조사 결과통지는 부당하다.

나. 처분청 의견

  (1) 청구인은 처분청의 양도소득세 세무조사 절차 등에 하자가 있다는 의견이나,

  (가) 양도소득세 현장확인과 관련하여, 처분청은 2017.1.18.∼2017.2.16. 기간 동안 청구인에 대한 현장확인을 실시하였고, 2017.1.25. 청구인이 처분청 재산세과를 방문한 바, 상담실에서 현장확인 통지서의 교부 및 현장확인 기간과 목적, 범위 등을 설명하였으며, 또한, 자경 등과 관련한 문답내용 작성 시 청구인이 답변한 내용을 확인하고 각 장별로 “읽고 확인함”을 자필로 기재하고 서명을 하였다.

  또한, 처분청은 청구인이 양도한 쟁점토지 소재지에 출장하여 현황을 확인하고, OOO에 항공사진을 요청하여 확인하는 등 현장확인을 실시하여 정해진 기간 내에 종료(2017.2.8.)하고, 청구인에게 ‘8년 자경감면 신청의 적정여부 등’의 현장확인 내용 및 ‘8년 이상 자경농지에 대한 감면 및 사업용 토지 해당여부 확인을 위하여 조사전환’의 현장확인 결과가 기재된 통지서를 2017.2.8. 발송하였으며, 청구인은 현장확인 결과 통지서를 2017.2.10. 13시 26분에 수령한 것으로 확인된다.

  (나) 양도소득세 조사와 관련하여, 처분청은 2017.2.27.∼2017.3.18. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하였고, 2017.3.2. 청구인이 OOO 재산세과를 방문한 바, 상담실에서 세무조사 (사전)통지서 교부 및 세무조사 가이드북 제공, 조사원증(조사자, 조사대상기간, 조사기간, 조사사유 등 기재)을 제시하고 조사에 대한 내용을 설명하고 청구인에게 납세자 권리헌장 수령증을 받고 조사를 시작하였으며, 또한, 자경 등과 관련한 문답내용은 현장확인과 동일한 내용으로 재차 작성하여 청구인이 답변한 내용을 확인하고 각 장별로 “읽고 확인함”을 자필로 기재하고 서명을 하였다.

  또한, 현장확인 내용에 대한 재검토 및 추가로 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 사업용 토지에 해당여부를 조사하여 조사기간 내에 종료(2017.3.10.)하고, 청구인에게 “8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 부인 및 비사업용 토지로 장기보유특별공제 적용을 제외하여 양도소득세를 경정하고 조사를 종결한다는 조사내용과 결정할 내용(예상 총 고지세액 OOO원)”이 기재된 세무조사 결과 통지서를 2017.3.13. 발송하였으며, 청구인은 세무조사 결과 통지서를 2017.3.15. 16시 27분에 수령한 것으로 확인된다.

  처분청은「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 및 조사사무처리규정 제21조에 따라 조사관서장의 승인을 받아 사전통지를 생략하고, 조사 착수시 청구인에게 세무조사 통지서, 납세자권리헌장 및 세무조사 가이드북을 교부하고 납세자권리헌장 수령증을 받고 양도소득세 조사를 적법하게 조사를 진행하고 조사기간 내 양도소득세 조사를 종결하였다.

  (다) 청구인의 주장대로, 만약 세무조사 절차에 위법이 있다고 하더라도 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유는 될 수 없으며, 처분청에서는 위의 내용과 같이 적법하게 양도소득세 현장확인 및 조사를 진행하고 이에 대한 현장확인 및 세무조사 결과, 고지서를 청구인에게 송달하는 등 양도소득세 현장확인 및 세무조사 절차 등의 하자가 전혀 없어 청구인의 주장은 이유가 없으므로, 조사관서에서 고지한 당초 처분은 정당하다.

 (2) 청구인은 8년 자경농지 감면세액 부인 및 장기보유특별공제 적용 제외는 부당하다는 의견이나,

  (가) 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 부인과 관련하여, 청구인의 문답서 진술내용, 조사내용, 인터넷 사진, 항공사진 등으로 볼 때, 쟁점토지는 임야 및 나대지 등으로 확인되고, 청구인은 세무조사 과정에서 문답서에 2012년까지 농사를 짓고 이후는 경작하지 않았고, 축산업은 2005년까지 영위하고 그 이후는 타인에게 임대 등을 한 것으로 진술하였다.

  또한, 쟁점토지는 2013년 경에 농지를 매립한 이후 농지로 이용하지도 않았으며, 그대로 방치하여 나대지 상태로 양도하였다고 진술한 바 있다. 쟁점토지의 대부분을 매립하였으며, 매립하지 않은 부분과의 경계가 확인되지 않는 토지는 장기간 농지로 이용하지 않아 농지의 형태가 확인되지 않으며, 매립한 토지 이외에는 잡초, 나무 등이 무성하여 임야로 확인되며, 양도자가 주장하는 내용에 대한 증거서류를 제시하지 못하고 있으며, 농지로 이용한 내용이 전혀 확인되지 않는다.

  청구인이 양도한 쟁점토지 인근에 마을이 없어, 바로 옆에 위치한 골재 등을 임대하는 사업자에게 확인한 바, 몇 년 전에 주택을 신축하여 이주하였는데 그때부터 농사나 축산업을 영위하는 것은 보지 못하였으며, 토지의 현황이 지금과 비슷하다고 답변하였다.

  청구인은 쟁점토지가 자경농지에 해당하므로 양도소득세를 감면해야 한다고 주장하고 있으나, 부동산의 현재 사진, 현장확인 및 조사내용, 양도자의 문답서 내용, 기타 주변 탐문내용 등으로 볼 때, 자경농지의 감면요건 중 양도일 현재 농지요건에 해당되지 않으므로, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액을 부인하여 고지한 당초 처분은 정당하다.

  (나) 장기보유특별공제 적용과 관련하여 토지①, 토지⑨는 소유기간 중 100분의 60 이상 농지(사업용)으로 사용하였으므로 장기 보유특별공제를 적용하고, 토지②～토지⑤, 토지⑦, 토지⑧는 양도일 현재 청구인이 재촌하여 소유하는 도시지역 밖 임야로 장기보유특별공제 적용하고, 토지⑥은 양도자 문답내용, 현장확인 및 조사내용, 기타 확인내용 등으로 확인한바 2005년 이후 축산업을 영위하지 않아 축산업을 영위하는 자의 축사용지로 볼 수 없으므로 장기보유특별공제 적용을 배제하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 세무조사 절차 등에 하자가 있어 양도소득세를 과세한 것이 위법한 처분에 해당하는지 여부

  ② 쟁점토지가 8년 자경농지‧축사용지에 대한 세액감면 및 사업용토지의 장기보유특별공제 대상인지 여부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제81조의 7【세무조사의 사전통지와 연기신청】① 세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사는 제외한다)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지 하여야 한다. 다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (2) 조세특례제한법

 제69조【자경농지에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 제69조의2【축사용지에 대한 양도소득세 감면】① 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조 및 제71조에서 “축사용지”라 한다) 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산에 사용한 대통령령으로 정하는 축사용지(1명당 1,650제곱미터를 한도로 한다)를 폐업을 위하여 2017년 12월 31일까지 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 (3) 조세특례제한법 시행령

 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

  1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

  2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

  3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

  1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

  2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

  (4) 소득세법

  제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

   가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지.

  2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

   나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야

  3. 목장용지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

   가. 축산업을 경영하는 자가 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시․광역시․특별자치시․특별자치도 및 시지역의 도시지역에 있는 것

   나. 축산업을 경영하지 아니하는 자가 소유하는 토지

 (5) 소득세법 시행령

  168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

   가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구인의 2015년 및 2016년 양도소득세 예정신고 관련하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면 및 사업용 토지 해당여부 확인을 위한 조사전환을 내용으로 하는 현장확인 결과통지가 2017.2.10. 송달완료 되었고, 양도소득세 조사는 처분청 관서장의 승인을 받아 세무조사 사전통지 생략 후 2017.2.27.～2017.3.18. 동안 실시되었으며, 처분청은 2017.3.2. 처분청에 방문한 청구인에게 세무조사통지서 납세자권리헌장 등을 교부 후 수령증을 받은 것으로 확인된다.

 (나) 처분청의 쟁점토지 관련 8년 자경감면 및 장기보유특별공제 적용여부 조사내용은 다음 <표2>와 같다.

   1) 쟁점토지는 모두 양도일 현재 농지 및 축사용지에 해당되지 아니하므로 감면세액을 부인하고, 토지①, 토지⑨는 보유기간 중 60%이상 농지(사업용)로 사용하였으므로 장기보유특별공제 적용

   2) 토지②～⑤, 토지⑦～⑧은 양도일 현재 재촌하여 보유한 도시지역 외 임야로 장기보유특별공제 적용

   3) 토지⑥은 도시지역 외의 축사용지로 2005년 이후 축산업을 영위하지 않고, 축산업 영위기간 및 기준면적 확인이 불가능하여 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제 적용 배제

  (다) 청구인이 토지①～토지⑤를 양도일까지 목초지로 경작하였음을 증빙하는 서류로 경작사실 확인서 등을 제출하였다.

   1) 2015.11.26. OOO청에서 발급된 ‘농지원부’ 상에 기재된 청구인의 소유농지현황 중 쟁점토지 관련 내용은 다음 <표3>과 같다.

   2) ‘관내경작자용 경작사실 확인서’ 상에 기재된 농지소재지는 토지①～③, 토지⑥이며 ‘목초’ 재배하였음을 농지소재지 이장 및 거주자 각 1인이 2015.11.25.자로 확인도장을 날인하였다.

   3) 2015.11.25. 발급된 ‘조합원증명서’에 의하면 청구인은 1977.2.17. OOO에 가입하였고, 2015.12.14. 출력된 ‘거래자별매출 상세내역’을 살펴보면 2010.1.1.～2015.12.14.(매출거래기간) 기간 동안 2015.6.5. OOO를 구매한 것으로 확인된다.

  (라) 청구인이 토지⑥～토지⑧를 축사용지로 사용하였음을 증빙하는 서류로 제출한 초지조성허가서 등을 살펴보면 아래와 같다.

   1) 1971.5.26. 농림부에서 발급된 초지조성허가서상에 초지조성 목적은 ‘낙농 및 한우 육성’으로 되어 있고, 초지대상 토지는 ‘부산광역시 OOO 외 7필지’로 확인되고, 청구인은 ‘부산광역시 OOO를 사업장으로 하여 OOO이라는 상호로 1983.3.23.～1990.12.31. 기간 동안 축산업을 영위한 것으로 확인된다.

   2) 토지⑥의 건축물대장에 의하면 소재한 건물은 1층 브럭조/스레트 구조로 축사, 퇴비사, 창고 등의 용도로 확인된다.

  (마) 청구인은 토지⑥을 사업장으로 2013.8.28.～2016.6.7. 동안 토지 임대업을 영위하였고, 동 소재지에 임차인 OOO(2013.11.16.～2014.4.7.)이 있었고 업종은 도소매, 고철 등인 것으로 확인된다.

  (바) 처분청은 쟁점토지와 관련하여 OOO청에 토지의 복토 및 매립공사 관련 인·허가 서류 등을 의뢰하였고 회신내용은 다음과 같다.

  (사) 청구인이 처분청을 방문하여 작성한 문답서 내용은 아래와 같다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인에 대한 양도소득세 현장확인과 관련하여 처분청은 2017.1.25. 청구인에게 현장확인 통지서를 교부하였고, 현장확인 종료 후 청구인이 2017.2.10. 현장확인 결과 통지서를 수령한 것으로 확인되는 점, 양도소득세 세무조사와 관련하여 처분청은 2017.3.2. 청구인에게 세무조사 (사전)통지서를 교부하는 등 세무조사 절차를 진행하였고, 2017.3.10. 조사기간 내에 세무조사를 종료하였으며, 청구인이 2017.3.15. 세무조사 결과 통지서를 수령한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구인에 대한 세무조사가 당연 무효라는 청구인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점토지 중 농지(토지①～⑤, ⑨)로 사용하였다는 청구인의 주장과 관련하여, 청구인은 2013년 경에 해당 토지를 매립한 이후 농지로 이용하지 않았다고 진술하였고, 양도일 전후 항공사진을 통해서도 청구인의 진술과 같이 해당 토지가 매립된 것이 확인되어 양도일 현재 농지로 사용된 것으로 볼 수 없으므로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

  또한, 쟁점토지 중 축사용지(토지⑥～⑧)로 사용하였다는 청구인의 주장과 관련하여, 청구인은 2005년까지 해당 토지에서 축산업을 영위하고 그 이후에 타인에게 임대한 것으로 확인되어 양도일 현재 축사용지로 사용되지 아니하였으므로 이는 축사용지에 대한 양도소득세 감면을 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

  다만, 쟁점토지의 축사용지(토지⑥)에 대하여 처분청은 장기보유특별공제를 배제하였으나, 항공사진에 의하면 토지⑥에 축사로 보이는 건물이 상당기간 존재하고 있었고, 취득시점부터 축산업을 영위하였다고 주장하는 2005년까지의 기간이 토지⑥의 총 보유기간의 65%에 해당하는 점, 처분청이 장기보유특별공제를 배제한 이유가 축산업 영위기간 및 기준면적 확인이 불가능하다고 판단한 점 등에 비추어 토지⑥에 대해 장기보유특별공제 요건을 갖추었는지 여부에 대한 조사가 충분히 이루어지지 못한 것으로 보이므로, 쟁점토지의 축사용지(토지⑥)가 장기보유특별공제 요건에 해당하는지 여부를 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.