1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 OOO에 주사무소를 두고 종합병원을 운영하는 학교법인으로 산하에 OOO 및 OOO(3개 병원을 합하여 이하 “쟁점병원”이라 한다)을 운영하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.8.1.～2016.9.21. 기간 동안 법인세 통합조사를 실시한 결과, 의료기기 등 진료재료를 청구법인에 납품하는 업체인 OOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다)가 아래 <표1>과 같이 청구법인의 창고(이하 “쟁점창고”라 한다)를 무상으로 사용한 사실을 확인하여 이를 의제기부금으로 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2016.11.16. 청구법인에게 2011.3.1.～2012.2.28.부터 2013.3.1.～2014.2.28.까지의 사업연도 법인세 합계 OOO원)을 경정․고지하였다.

<표1>

(단위 : ㎡)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점창고의 무상임대는 청구법인의 사업과 관련된 것이므로 기부금에 해당하지 않는다. 청구법인은 물류관리시스템의 전산화 및 그에 따른 원가절감을 위해 물류관리시스템을 구축하기로 하여 OOO에게 그 업무를 맡기면서 쟁점창고를 제공하였다.

  2011년 9월 물류관리시스템을 구축하기 시작하여 2012년～2013년 기간 동안 시범운영을 거쳐 2014년부터 본격적으로 쟁점병원에 도입되었고 청구법인은 2014년 2월 OOO과 쟁점창고에 대한 임대차계약을 체결하였다. 참고로 시범운영기간 동안 OOO은 청구법인에게 진료재료를 공급하는 거래처이면서 동시에 물류관리시스템 구축업무를 담당하였다.

  「법인세법」상 기부금에 해당하기 위해서는 지출의 상대방이 특수관계가 없는 자이어야 하고 그 지출이 당해 법인의 사업과 직접 관련이 없어야 하며 경제적 급부가 없어야 할 것이다. 「법인세법」 기본통칙 24-0-1에서는 사업과 직접 관련이 없는 자에게 업무와 관련 없이 금전 등을 지급한 경우를 기부금으로 해석하고 있다.

  청구법인이 쟁점병원에 물류관리시스템을 구축하게 된 목적은 의약품을 효율적으로 관리하여 비용을 절감하기 위한 것으로서 이는 청구법인의 고유목적사업과 직접 관련이 있는 것이고 아래 <표2>에서 보는 바와 같이 청구법인은 물류관리시스템을 도입한 이후 영업비용 절감을 통해 영업이익이 현저하게 향상되었으며 진료재료 등의 긴급발주에 따른 문제점 최소화, 재고 과다보유 해소, 유효기간 관리 및 불량재고 발생 감소 등의 효과를 얻을 수 있었다.

<표2> 청구법인 영업손익 현황

(단위 : 억원, %)

  이와 같이 물류관리효율화를 통한 영업비용절감이라는 사업상 필요에 의하여 병원 내 물류관리시스템을 구축하였고 OOO에게 무상으로 쟁점창고를 임대한 것은 물류관리시스템의 구축 및 시범운영을 하기 위한 목적이므로 기부금으로 볼 수 없다.

  처분청은 쟁점창고의 임대가 청구법인의 매출증대 및 원가절감과 무관하고 물류관리시스템의 도입으로 원가절감 등 유의미한 비용 변화가 없는 점을 근거로 사업과 관련이 없다고 주장하나 OOO은 진료재료를 공급하는 거래처로 사업과 직접 관련이 있는 자이다.

  청구법인은 친족도매거래제한법(「약사법」제47조 제4항)을 준수하기 위하여 의료재료 납품대행업체를 주식회사 OOO으로 변경하였고 OOO은 청구법인과 특수관계가 아니므로 쟁점창고의 무상임대를 통해 OOO에게 경제적 이익을 제공했다고 볼 수 없다. 그리고「법인세법」상 기부금 규정을 적용할 수 있다고 볼 경우 특수관계가 없는 제3자간의 정당한 거래까지 관여하는 문제가 발생할 수 있다.

  처분청이 원용한 판례(서울행정법원 2013.1.4. 선고 2012구합5855 판결)는 특수관계가 없어 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다고 하여 다시 기부금 의제 및 접대비 규정을 적용할 수 없다고 판시하였는바, 해당 판례에 대한 심층적인 검토 없이 판결서의 일부만을 원용하여 기부금 의제규정을 적용할 수 있다고 오인한 것이다.

  조세심판원 선결정례(조심 2012서2892, 2013.5.30.)에서는 현물지출을 지급받은 상대방이 청구법인의 거래처인 점을 근거로 지출의 성격을 접대비로 보았고 대법원 판례(대법원 2012.9.27. 선고 2010두14329 판결)에서는 지출의 상대방이 사업에 관련 있는 자인 경우에는 접대비로 보았다. 참고로 지출의 상대방이 거래처인 경우에 기부금으로 보아 과세한 사례는 확인되지 아니하는바 이는 거래처에 대한 지출을 기부금으로 보아 과세한 것이 이례적인 것임을 반증한다.

  물류관리시스템은 필연적으로 청구법인의 전산시스템과 연결되어 각 병동에서 적정재고가 부족할 경우 자동으로 청구되어 보충되는 등 청구법인의 병원운영과 밀접하게 관련이 되어 있다. 실제 청구법인은 물류관리시스템 구축과정에서 필요로 하는 사항을 취합하여 OOO에게 전달하는 등 물류관리시스템 구축과정에 깊이 관여하였다.

 (2) 청구법인이 부담해야 할 물류관리시스템 구축비용을 OOO이 부담하기로 한 것이어서 경제적 급부 없이 쟁점창고를 무상으로 임대한 것이 아니다.

  물류관리시스템의 구축에 따른 효익은 모두 청구법인에게 귀속되므로 청구법인이 물류관리시스템 구축비용을 부담해야 하나, 물류관리시스템 구축을 위해 부담하는 시설물 구입․구축비용, 시스템 장비 구입비용 및 인건비 등은 OOO이 실제 부담하였다.

  아무런 경제적 급부 없이 무상으로 지출하는 것을 기부금이라 할 것인바, 청구법인이 부담해야 할 물류관리시스템 구축비용을 OOO이 부담하였으므로 쟁점창고의 임대는 사실상 경제적 급부가 없는 무상임대가 아니다.

 (3) 물류관리시스템의 시범운영에 필요한 쟁점창고에 대하여 임대료를 청구하는 것은 상관행상 맞지 않다. 물류관리시스템은 청구법인의 제반 여건에 맞게 설계된 맞춤형 시스템이고 전문인력 및 경험의 부족 등으로 자체적으로 새로운 시스템을 구축하는 것은 어렵다고 판단하였다.

  청구법인의 재고관리 및 원가절감을 목적으로 물류관리시스템을 구축하면서 그 비용을 OOO이 부담하였는데 쟁점창고의 임대료까지 지급을 요구하는 것은 상관행상 비합리적이다. 또한, OOO에게 구축비용 외에 추가적으로 임대료를 부담하게 할 경우 시스템 구축비용 외의 지출로 효과적인 시스템 구축이 어려울 수 있다.

 (4) 청구법인이 OOO에 임대료를 청구한 2014년부터는 시스템 시범운영기간 동안 받지 아니한 임대료를 고려하여 정상적인 금액을 상회하는 임대료를 받음으로써 시범운영기간 동안 무상으로 임대한 부분을 보충하였다.

  OOO이 사용하는 쟁점창고는 그 이전부터 창고로 사용되는 공간으로 그 용도가 제한적이고 아래 <표3>에서 보는 바와 같이 OOO으로부터 쟁점창고의 대여에 대해 상업용 매장보다 높은 임대료를 받았다. 이는 물류관리시스템의 시범운영기간 동안 OOO에게 임대료를 청구하지 않은 점을 고려하여 정상적인 수준보다 높게 임대료를 산정하였기 때문이다.

<표3>

(단위 : 평, 천원)

 (5) 청구법인은 OOO과의 관계에서 거래처를 변경할 수 있는 우월적인 지위에 있고 청구법인이 OOO과 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모할 필요가 없으므로 무상임대는 접대비 개념에 부합하지 아니한다.

  쟁점창고의 이용실태를 보면 청구법인이 기존에 창고로 사용하던 면적을 그대로 OOO이 사용하고 있고 이는 청구법인의 책임 하에 재고를 직접 관리하면서 창고를 사용하던 방식에서 OOO으로 하여금 재고를 관리하도록 하면서 쟁점창고를 임대하는 방식으로 변경한 것으로 청구법인의 입장에서 쟁점창고의 이용실태에 차이가 없다.

  국세청의 유권해석(서이46012-10718, 2003.4.4. 등)에 의하면, 법인의 사업장 내에 상주하는 협력업체가 전적으로 당해 법인의 사업과 관련된 업무만을 수행하는 경우 해당 협력업체에게 사업장 일부를 무상임대한 것은 접대비에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있고 OOO이 청구법인에게만 의료재료 등을 공급하는 업무를 수행하므로 쟁점창고의 무상임대는 접대비에 해당하지 아니한다.

  청구법인은 세무조사 당시 OOO에 이익을 분여하지 않아 접대비에도 해당하지 않는다는 취지의 소명서를 제출하였었고 처분청은 기부금으로 보았는바 이 사건 부과처분이 접대비에 해당하지 않는다는 것을 이미 알고 있었다.

나. 처분청 의견

 (1) 「법인세법 시행령」 제35조의 기부금 의제규정은 부당행위계산 부인 유형 중 특수관계자가 아닌 자에게도 적용하기 위한 것으로 쟁점창고의 임대행위에 대하여 기부금 의제를 적용할 수 있다.

  청구법인은 OOO에게 쟁점창고를 무상임대한 것이 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출된 것이 아니라고 주장하나 쟁점창고를 대여한 행위는 청구법인의 사업(의료업)과 관련한 매출증대 및 원가절감과 무관하고 오히려 통상적인 의료법인(청구법인)과 간납업체(OOO) 관계에서 사업을 위해 비용을 지출해야 할 주체는 간납업체(OOO)이다.

  2014년 물류관리시스템이 도입된 후 영업실적이 향상되어 무상임대행위가 사업과 관련 있다고 주장하나, 아래 <표4>에서 보는 바와 같이 물류관리시스템의 도입은 의료수익과 직접 연관이 없고 원가절감 등 유의미한 비용의 변화도 확인되지 않는다.

<표4>

(단위 : 백만원)

  OOO의 전신(前身)은 김OOO 소유의 주식회사 OOO으로 청구법인은 의약품에 대한 친족도매거래제한법(「약사법」 제47조 제4항)을 피하기 위해 명목상 거래 법인을 변경하고 실질이 동일한 OOO에게 쟁점창고를 무상으로 임대하여 김OOO에게 이익을 제공한 것이다.

  무상임대의 실질은 특수관계자(김OOO)에게 이익을 분여한 부당행위이나 무상사용일 현재 OOO과 청구법인이 세법상 특수관계에 해당되지 않아 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없었는바, 병원의 실질적 사주인 김OOO와 친인척이 보유한 법인인 OOO에게 무상으로 임대용역 제공한 점, 「법인세법 시행령」 제35조 기부금 의제 조항은 부당행위계산부인 유형 중 일부를 특수관계자가 아닌 자 사이에도 규제하기 위한 입법적 조치(서울행정법원 2013.1.4. 선고 2012구합5855 판결)라고 법원에서 판단하고 있는 점 등에 비추어 기부금 의제를 적용함이 타당하다.

  상기 판례는 기부금 의제규정을 비특수관계자간 비합리적인 재산증여행위에 대한 규제를 위하여 도입된 입법적 조치라고 해석하여 처분청의 주장을 뒷받침한다.

  OOO의 대표자 안OOO는 청구법인의 대표자 김OOO의 외삼촌으로 쟁점창고의 임대시점에 세법상 특수관계는 성립하지 않으나 김OOO는 OOO 설립자의 손자로 청구법인의 이사장으로 취임하기 이전부터 영향력이 있었고 검증되지 않은 신생업체인 OOO을 간납업체로 선정하고 창고를 무상대여한 것은 비합리적인 재산증여행위이다.

 (2) 청구법인이 주장하는 물류관리시스템은 의료업을 영위하는 청구법인이 부담할 비용이 아니라 간납업체인 OOO이 지출하여야 할 비용이다.

  통상적인 간납업체와 같이 OOO은 의료기자재 구입대행 사업을 영위하는바 의료기자재 및 재고 등의 업무는 OOO이 담당하는 것이고 이를 관리하는 물류관리시스템 구축비용도 OOO이 부담하여야 한다.

  OOO이 지출한 비용 중 쟁점창고의 자산적 가치를 증대시켜 청구법인에게 효익을 제공한 것이 있다면 임차자산개량권으로 청구법인은 임대기간동안 안분하여 선수임대료를 계상하여야 하고 OOO은 자산가치의 증대에 대한 매출을 인식하여야 한다. 또한, 청구주장과 같이 물류관리시스템의 구축용역을 제공받은 대가로 쟁점창고의 임대용역을 제공한 것이라면 스스로 수입금액 및 세금계산서의 수수누락을 시인하는 것이다.

  통상적으로 간납업체는 의료기관의 창고를 임대하여 구매요청을 받은 의료기기에 대한 물류관리를 하고 있다. 물류관리시스템은 납품을 효율적으로 하도록 하기 위해 OOO이 소유한 시스템이고 물류관리시스템의 긍정적인 효과는 OOO에게 귀속되는 것이다.

  또한, 물류관리시스템은 구축이 2011년 사실상 완료되었고 2011년～2013년 기간 동안 약 OOO원의 임대료를 무상으로 제공할 만한 정도의 대단한 수준의 시스템으로 볼 수 없다. 세무조사 당시 청구법인에게 제출받은 물류관리시스템 구축에 따른 지출내역을 보면, 2011년 전산관련 소프트웨어 OOO원, 컨설팅비 OOO원을 지출하였고 2012년～2013년의 지출은 대부분이 물류 관련 인건비로 판단되는 비용으로 물류관리시스템은 사실상 2011년에 구축된 것으로 보인다.

  아래 <표5>에서 보는 바와 같이 OOO은 시범운영기간 동안 상당한 규모의 매출이 발생하여 사실상 시범운영기간이 아니었다는 것을 반증한다.

<표5> 2011년～2016년 OOO 매출액 추이내역

(단위 : 백만원)

 (3) 물류관리시스템이 갖추어지지 않은 신생업체인 OOO과 손실이 일어날 것을 감수하면서 중요한 의료기자재 구매대행용역의 계약을 한다는 것이 상관행에 부합하지 않는다.

  경쟁입찰로 업체를 선정하지 않고 청구법인 외에 거래처가 전무한 신생법인인 OOO과 구매대행 용역계약을 체결하여 물류관리시스템을 구축할 때까지 쟁점창고를 무상 임대하였다.

  이는 청구법인의 사업과 직접 관련한 의료수익의 증대나 원가의 절감을 위한 것이 아닌 사실상 특수관계인 OOO에게 재산상의 이익 증여를 위한 행위이므로 이는 기부금 의제 대상에 해당한다.

 (4) 2014년 3월 이후 미수취한 임대료를 고려하여 정상시가를 초과한 임대료를 산정하고 수취하였다는 주장은 과거 임대수익의 매출누락을 자인하는 것이고 2014년 3월 이후 수취한 임대료는 적정한 시가에 해당된다.

  청구법인은 미수취한 임대료를 2014년 3월 이후 임대료에 포함하여 정상시가를 초과하여 수취하였으므로 무상임대가 아니라고 주장하나, 청구주장이 타당하다고 하더라도 임대용역의 공급시기는 임대료 수취일이 아닌 임대용역을 제공한 과세기간 종료일이므로 쟁점창고의 무상임대 기간 동안 임대수익을 신고누락한 것이고 이후 수취한 임대료는 공급시기를 잘못 신고한 것이다.

  세무조사 당시 2014년 3월 이후 수취한 임대료의 시가에 대하여 산출근거를 요구한바 문서화된 산출근거는 없으나 동일한 업종을 영위하는 간납업체(2업체)의 평당 임대료를 참고하여 적정 시가를 산정하였다고 진술하였다.

  간납업체의 특성상 납품처인 의료법인(청구법인)에 지급하는 임대료는 물리적 성격의 장소임대료 외 독점적 납품으로 인한 거래수수료가 추가되어 산정되는바 동일한 업종을 영위하는 간납업체의 평당 임대료를 참고하여 청구법인이 산정한 2014년 3월 이후의 임대료는 적정한 시가로 보아야 한다.

 (5) 「법인세법」상 손금은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이고 기부금은 사업과 직접 관계없이 타인(특수관계자를 제외함)에게 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액으로 사업과는 무관하므로 원칙적으로 손금이 될 수 없다.

  쟁점창고의 무상임대는 순자산의 감소 거래이나 청구법인의 수익과 직접 관련 없이 지출된 증여가액으로 기부금에 해당하는 것으로 보아야 하고 OOO으로부터 물류관리용역을 무상으로 공급받은 것은 무상임대와는 별도 거래이며 역으로 OOO에게서 제공받는 무상용역에 대한 별도의 처분이 필요한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구법인이 비특수관계자인 OOO에게 쟁점창고를 무상으로 임대한 것에 대하여 「법인세법」 제24조에 따른 기부금으로 의제하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법 제24조[기부금의 손금불산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  제25조[접대비의 손금불산입] ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

 (2) 법인세법 시행령 제35조[기부금의 범위] 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 법인이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액

2. 법인이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.

  제37조[기부금의 가액 등] ① 법인이 법 제24조에 따른 기부금을 금전외의 자산으로 제공한 경우 해당 자산의 가액은 이를 제공한 때의 시가(시가가 장부가액보다 낮은 경우에는 장부가액)에 의한다. 다만, 법 제24조 제1항에 따른 지정기부금(제87조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인에게 기부한 지정기부금은 제외한다)과 같은 조 제2항 각 호에 따른 법정기부금의 경우에는 장부가액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 나타난 주요 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 아래 <표6>에서 보는 바와 같이 주식회사 OOO은 1996.6.5. 설립된 의료기기 및 의료용품 도소매 업체로 청구법인의 現이사장 김OOO가 2008년 이후 85% 지분을 소유하고 있고 김OOO는 청구법인 설립자의 손자이다.

<표6>

                                             (단위 : 백만원)

  (나) 아래 <표7>에서 보는 바와 같이 OOO 대표이사인 안OOO는 김OOO의 외삼촌이고 2011.1.10.∼2012.12.31. 기간 동안 주식회사 OOO의 대표로 재직하였으며 청구법인은 주식회사 OOO으로부터 구매대행용역을 제공받던 중 OOO으로 간납업체를 교체하였다.

<표7>

                                             (단위 : 백만원)

* 안OOO는 2001년∼2011년 기간 동안 주식회사 OOO에서 근로소득 발생

 (2) 청구법인에 대한 법인세 통합조사(2016년 9월)의 주요내용은 다음과 같다.

  (가) OOO은 의료기기 등의 진료재료를 청구법인에 공급하는 간납업체로 아래 <표8>과 같이 2014년 2월 물류관리시스템을 구축하면서 쟁점병원과 창고 임대계약을 체결하였고 임대계약을 체결하기 전까지 쟁점창고를 무상으로 사용하였다.

<표8>

(단위 : ㎡, 천원)

  (나) 김OOO 이사장의 취임은 2012년 5월로 OOO이 쟁점창고를 무상으로 사용하기 시작한 2011년 9월 현재 청구법인과 OOO은 비특수관계에 해당한다.

  (다) 비특수관계자인 OOO에게 2011년 9월～2014년 2월 기간 동안 쟁점창고를 무상으로 임대한 것은 기부금 의제에 해당하고 2014년 6월 체결한 임대계약상 월 임대료 기준에서 물가상승률을 감안하여 임대료를 산출하여 아래 <표9>와 같이 기부금의제대상 금액을 결정하였다.

<표9>

(단위 : 백만원)

 (3) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

  (가) 부동산 임대차계약서에 따르면 쟁점병원과 OOO간 2014.6.1. 쟁점창고 관련 임대차 계약의 주요내용은 아래 <표10>과 같다.

<표10>

(단위 : ㎡, 원)

  (나) 청구법인은 병원에서도 원가절감을 통한 경영개선을 위하여 물류관리시스템 구축의 중요성에 대하여 오랫동안 논의되어 왔고 많은 병원에서 이미 실행하고 있다고 주장하며 병원물류관리시스템 구축과 관련한 OOO에 실린 보고서와 OOO의 물류시스템 구축경과 보고서를 제출하였고 청구주장에 대한 입증자료로 청구법인의 등기부등본, 손익계산서 및 매장 임대차계약서 등을 제출하였다.

 (4) 처분청의 과세근거 및 관련 증빙은 다음과 같다.

  (가) 청구법인의 구매팀장인 OOO의 진술서(2016.9.20.)를 보면, 쟁점창고는 당초 병원에서 진료재료를 포함한 소모품, 일반품 등을 보관하는 용도로 사용되었고 2014.6.1. 임대계약을 체결하기전 OOO에게 창고를 무상으로 사용하게 된 것은 OOO이 물류관리시스템을 처음으로 구축하는 신생업체로 시스템이 원활하게 작동되는 것을 확인한 후 임대계약을 체결하기로 한 것이며 OOO이 구축한 물류관리시스템은 2011년～2014년 기간 동안 지속적으로 보완하여 임대계약을 체결할 당시 체계적으로 완성되었다고 진술하였다.

  (나) 처분청은 과세근거로 OOO의 물류관리시스템구축에 따른 지출내역, 쟁점창고 사진, 의약품 공급 단가계약서, OOO 표준손익계약서, OOO의 사업자 현황 등을 제출하였다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 물류관리시스템 도입이 청구법인의 사업과 직접 관련이 없으므로 「법인세법 시행령」 제35조의 기부금 의제 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 같은 조 제1호에서 법인이 특수관계인 외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계 없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액을 기부금으로 보고 있는바, 물류관리 효율화를 통한 영업비용 절감이라는 청구법인의 사업상 필요에 의해 물류관리시스템을 구축하게 된 것으로 보이므로 사업(의료업)과 관련한 매출증대 및 원가절감과 무관하다고 할 수는 없는 점, 물류관리시스템의 구축에 따른 효익이 청구법인에게도 귀속되는 것으로 보이며 이를 위하여 부담하는 시설물 구입․구축비용, 시스템 장비 구입비용 및 인건비 등을 OOO은 청구법인에게 진료재료 등을 공급하는 거래처인 점 등에 비추어 물류관리시스템의 구축은 청구법인의 사업과 직접 관련이 있는 것으로 인정되므로 쟁점창고를 무상임대한 것으로 보아 산출한 임대료를 비지정기부금으로 하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.