주 문

1. 이 사건 소 중 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원(가산세 포함)의 부과처분 중 526,595,300원을 초과하는 부분과 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원(가산세 포함)의 부과처분 중 119,272,700원을 초과하는 부분에 대한 각 취소청구 부분을 각하한다.

2. 피고가 2014. 12. 8. 원고에 대하여 한 2010년 제1기 부가가치세 526,595,300원의 부과처분 중 451,038,940을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 12. 8. 원고에게 한 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원(가산세 포함) 중 40,230,900원을 초과하는 부분과 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원(가산세 포함) 중 119,272,700원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 석유 및 석유류 제품 판매업 등을 영위하기 위한 목적으로 1989. 3. 13. 설립된 회사로 00 00군 00읍 00리 94-2에 본점을 두고, 00 00군 00읍 000리, 00리 및 00시에서 3개의 주유소를 운영하고 있다.

나. 원고는 아래 표 기재와 같이 주식회사 BBBBBB 등(이하 아래 표 기재 공급자를 지칭할 때에는 ‘주식회사’는 생략한다)으로부터 세금계산서를 교부받아 피고에게 부가가치세를 신고‧납부하였다.

다. 대전지방국세청장은 2014. 7. 8.부터 2014. 10. 16.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과 위 표 공급자란 기재의 거래처들이 발행한 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 납부불성실가산세, 세금계산서불성실가산세, 부당과소신고 가산세를 적용한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 2014. 12. 8. 원고에게 위 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원, 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원 합계 854,600,330원(가산세 포함)을 각 경정‧고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2015. 6. 9. 조세심판원장에게 심판청구를 하였는데, 조세심판원장은 2017. 2. 3. ‘원고가 CCCCCC로부터 매입한 공급가액 합계 1,595,036,000원과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.

바. 피고는 조세심판원장의 위 결정에 따라 당초 부과처분세액 중 2010년 제1기 부가가치세 83,567,510원을 감액하여 재경정 및 고지하고, 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원의 부과처분액 전액을 감액하여 재경정 및 고지하였다(위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원의 부과처분 중 526,595,300원을 초과하는 부분과 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원의 부과처분 중 119,272,700원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

  직권으로 이 사건 소 중 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원의 부과처분 중 526,595,300원을 초과하는 부분과 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원의 부과처분중 119,272,700원을 초과하는 부분의 각 취소청구 부분의 적법 여부에 관하여 살펴본다.

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 등 참조).

그런데 앞서 본 바와 같이 피고는 조세심판원장의 결정에 따라 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원 중 83,567,510원을 감액하는 것으로 재경정하고, 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원을 전액 감액하는 것으로 재경정한 후 이를 원고에게 고지하였는바, 피고가 원고에 대한 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원 중 83,567,510원(가산세 포함) 부과처분과 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원(가산세 포함) 부과처분 부분에 대하여 직권취소한 이상 그 부분에 대한 원고의 소는 이미 소멸하고 없는 처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고는 BBBBBB, DDDDD, EEEE(이하 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 실제로 유류를 공급받고 대금을 지급하면서 세금계산서를 발행하는 등 정상적으로 거래를 하였으므로, 이 사건 각 거래처로부터 발급받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 그런데 피고는 이 사건세금계산서에 대응하는 거래가 존재하는지 여부를 바탕으로 사실과 다른 세금계산서인지를 파악하지 않고, 단순히 이 사건 각 거래처가 원고가 아닌 타 업체와 통모하여 가장거래를 통해 부가가치세 탈세를 한 사실을 바탕으로 구체적인 확인 없이 이 사건 세금계산서까지 사실과 다른 세금계산서로 파악하였다. 나아가 BBBBBB은 수사기관에서 자료상임을 전제로 한 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 대하여 불기소처분을 받았는바, 적어도 BBBBBB이 발행한 세금계산서 부분은 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

2) 원고는 이 사건 각 거래처와 실제로 유류를 거래하면서 이 사건 세금계산서를 발급받았을 뿐 아니라 공급받은 유류가 가짜석유가 아니라는 점을 확인하기 위한 추가조치를 하였다. 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다고 하더라도 원고가 이를 알지 못한데 과실이 없다.

3) 예비적으로, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 가산세 부과처분에는 부당과소신고세율이 아닌 일반과소신고세율이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제7 내지 12호증, 을 제5 내지 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 관련사건의 경과

가) 대전지방국세청장은 2010. 7. 23.부터 2010. 11. 9.까지 원고에 대하여 2008년과 2009년도 거래분에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 종전 세무조사’라 한다)를 하였는데, 원고가 자료상으로 조사된 BBBBBB1) 등의 거래처들(이하 ‘이 사건 종전 거래처’라 한다)로부터 교부받은 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서라고 확인하고, 그 조사결과를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2010. 12. 1. 원고에게 위 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2008년도 제1, 2기 및2009년도 제1, 2기 부가가치세와 2008, 2009 사업연도 귀속 각 법인세를 각 경정·고지 하였다(이하 ‘이 사건 종전처분’이라 한다).

나) 원고는 2012. 3. 26. 이 사건 종전처분의 취소를 구하는 소를 제기하여 이 사건 종전 거래처로부터 실제로 유류를 공급받고 대금을 지급하면서 세금계산서를 발행하는 등으로 정상적으로 거래를 하였고, 원고가 이 사건 종전 거래처가 자료상인 것을 알지 못한 데 과실이 없다고 주장하였으나, 2013. 10. 23. 청구기각 판결을 선고(대전지방법원 2012구합1398)받았고, 원고가 이에 대하여 항소하였으나 2014. 2. 13. 항소기각판결을 선고받았으며(대전고등법원 2013누1735), 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

다) 원고와 원고의 대표이사 aaa은 아래와 같은 범죄사실로 2012. 1. 18.1심(대전지방법원 홍성지원 2011고단694)에서 유죄판결(원고: 벌금 4,500만 원, aaa: 징역 2년 6월에 집행유예 3년)을 선고받고, 이에 대하여 항소(대전지방법원 2012노242) 및 상고(대법원 2012도15537)하였으나 모두 기각되어, 위 판결은 2013. 6. 13. 확정되었다(이하 ‘관련 형사사건’이라 한다).

1. 피고인 aaa

피고인은 40여 년간 유류공급 관련 업무에 종사하여 유류유통시스템에 대해 누구보다도 잘 알고 있어 신원이 명확하지 않은 성명불상의 ‘딜러(중개인)’를 통해 정유회사보다 리터당 50원 이상 저렴한 유류를 공급받는 경우 정상적인 유통경로가 아닌 세금포탈 등 불법적인 유통과정을 통해 유류가 공급된다는 것을 잘 알고 있음에도 불구하고 저렴한 유류를 공급받아 차익을 남기기 위해 출하전표의 기재가 정확하지 않고 실제 영업소가 정상적으로 운영되고 있는지 확인이 불가능한 불상의 대리점으로부터 유류를 공급받은 후 세무신고를 위해서는 일명 ‘자료상’이 발행하는 세금계산서를 근거로 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출하기로 마음먹었다.

피고인은 2008. 4. 24.경 충남 예산군 예산읍 주교2리에 있는 예산세무서에서 사실은 상호를 알 수 없는 대리점으로부터 유류를 공급받았음에도 일명 ‘자료상’인 대림에너지로부터 93,636,363원 상당, 삼육오일로부터 177,818,182원 상당, FFFFF로부터 253,636,364원 상당, 지웰에너지로부터 312,000,020원 상당, 오에스페트로로부터 73,090,909원 상당의 유류를 각각 공급받은 것처럼 거짓으로 작성한 ‘2008년 1기 매입처별세금계산서합계표’를 제출하였다.

피고인은 그 외에도 그 무렵부터 2010. 1. 23.경까지 별지 범죄일람표의 기재와 같이 영리를 목적으로 총 8회에 걸쳐 재화 또는 용역을 제공받지 아니하고 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표(공급가액 합계 7,863,047,281원)를 각각 제출하였다.

2. 원고

제1항 기재 일시, 장소에서 원고의 대표자인 aaa이 원고의 업무에 관하여 위와 같이 총 8회에 걸쳐 거짓으로 작성한 매입처별세금계산서합계표(공급가액 합계 7,863,047,281원)를 각각 제출하였다.

라) 원고와 aaa은 이 사건 처분의 원인이 되는 사실과 관련하여 수사기관에서 아래와 같은 혐의로 조사를 받았고, 2015. 10. 21. aaa은 기소유예처분을, 원고는 공소시효 도과로 인한 공소권없음의 불기소처분(가, 나항) 및 기소유예처분(다항)을 받았다.

1. 피의자 aaa

2010. 4. 26.부터 같은 해 10. 23.경까지 예산세무서에 원고의 부가가치세 신고를 하면서 영리를 목적으로 별지 범죄일람표 기재와 같이 공급가액 등의 합계액 4,113,581,822원 상당의 매입처별세금계산서합계표를 거짓으로 기재한 후 제출하여 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(허위세금계산서교부 등)

2. 원고

가. 2010. 4. 26. 원고의 대표자인 aaa이 예산세무서에 원고에 대한 2010년 1기 부가가치세 예정신고를 하면서 BBBBBB으로부터 683,909,089원 상당, DDDDD로부터 630,727,273원 상당의 유류를 공급받은 것처럼 허위 기재한 매입처벌 세금계산서합계표를 제출하여 조세범처벌법위반

나. 2010. 7. 24. 원고의 대표자인 aaa이 예산세무서에 원고에 대한 2010년 1기 부가가치세 확정신고를 하면서 BBBBBB으로부터 873,181,821원 상당, CCCCCC로부터 402,309.091원 상당, EEEE로부터 330,727,273원 상당의 유류를 공급받은 것처럼 허위기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출하여 조세범처벌법위반

다. 2010. 10. 23. 원고의 대표자인 aaa이 예산세무서에 원고에 대한 2010년 2기 부가가치세 예정신고를 하면서 CCCCCC로부터 1,192,727,275원 상당의 유류를 공급받은 것처럼 허위 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출하여 조세범처벌법위반

2) 관련자들의 진술 내용

가) aaa이 이 사건 종전 세무조사 당시인 2010. 11. 27. 진술한 전말서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

문) (4대 정유사에서 회신한 차량별 운송내역을 보여주며) 4대 정유사에서 발행한 원 출하전표와 원고가 일부보관하고 있는 출하전표의 거래처와 도착지명이 다른데도 별다른 확인없이 소개한 딜러만 믿고 거래한 이유는 무엇인가요

답) 소개한 딜러만 믿고 거래한 것은 결코 아니고 각 대리점 본사, 세무서, 관계행정당국에 확인한 다음 필요서류가 완비되면 유류업계는 출하전표의 도착지가 다르다 하더라도 정상적인 대리점만 확실하고 세금계산서만 정상적으로 발행되면 상관을 하지 않기 때문에 별로 상관이 없습니다. 예를 들어서 도착지가 세도주유소라고 되어 있는데 세도주유소에서 판매를 일반대리점에 판매할 수도 있기 때문에 전혀 상관이 없습니다.

문) 만약에 정유사 발행 출하전표가 도착지가 세도주유소로 되어 있다면 정유사 등에서 세금계산서는 세도주유소로 발행이 되기 때문에 원고는 세도주유소로부터 매입세금계산서를 받아야 하는 건데 어떤가요

답) 도착지가 세도주유소로 되어 있는 경우를 예를 들어보면 승진상사에서 세도주유소에 유류를 판매한 것으로 되어 있는데 동 차량번호로 기재되어 있는 차량이 원고로 오게 된 것 입니다

문) 세도주유소로 갈 물량에 대하여 세금계산서를 확인해 본 결과 원고에서는 일반대리점인 FFFFF(주)로부터 세금계산서를 받은 것으로 되어 있는데 어떤가요

답) 우리는 현대오일뱅크의 정품 유류인지 여부만 확인하면 됐지 FFFFF(주)에서 어디서 매입을 했든 우리와는 상관없는 일입니다. 보충해서 우리는 FFFFF(주)에서 기름을 구입하고 세금계산서를 받았으며, 승진상사가 발행하는 출하전표(현대정유에서 세도주유소로 가는 것)를 보관하고 있는 사유는 FFFFF(주)에서 우리에게 공급하는 유류가 정품 기름인지를 확인하기 위해 보관하는 것뿐입니다. 이 거래는 승진상사가 현대정유에서 기름을 출하(세도주유소 출하전표)한 다음 승진상사나 세도주유소에서 FFFFF(주)에 판매한 것을 원고가 FFFFF(주)에서 구입한 것입니다.

문) (시료채취 자료와 일반대리점 발행 출하전표 차이를 대사한 표를 보여주며) 원고는 유류의 정품여부를 담보하기 위해 유류의 시료를 채취하고 있죠

답) 정품 여부를 담보하기 위하여 일반대리점에서 유류를 매입하는 경우 유류의 시료를 채취하고 있습니다.

문) 시료채취 시 출하전표를 확인하여 출하전표의 진위여부를 확인하여야 한다고 생각하는데 어떠한가요

답) 출하된 유류가 정품인 것이 확인되면 나머지 사항은 우리가 꼭 그것을 확인할 필요는 없습니다. 왜냐하면 기사들은 단골로 거래를 하기 때문에 출하전표랑 비교하기보다는 기사에게 문의를 하는게 더 정확하기 때문입니다.

문) 실제 입고된 차량번호(시료 채취한 차량번호)와 일반대리점 발행 출하전표와의 차량번호가 일치하지 않는데도 별다른 의심 없이 거래한 이유는 무엇인가요

답) 그것은 앞에서 말했다시피 우리 입장에서는 기사를 더 신뢰하지 실제 출하전표랑 운송차량의 차량번호 등은 꼭 일치할 필요(일치할 수도 있고 일치하지 않을 수도 있음)가 없기 때문입니다.

나) aaa이 2014. 9. 12. 진술한 전말서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

문) 2010년 대전지방국세청 조사2국에서 조사받은 당시 조사대상기간인 2008년~2009년 귀속 사업연도와 2014. 7. 8.부터 진행 중인 조사대상기간 2010년 귀속 사업연도 기간에서의 유류구매 및 판매절차, 세금계산서, 거래명세표, 출하전표, 수송사실확인서 등 거래 형태가 동일한가요 다른 부분이 있다면 말씀해 주세요

답) 네 동일합니다.

문) 유류가 올 때 운전기사가 가져오는 출하전표는 무엇이 있는지요

답) 정유사에서 최초 발행한 출하전표와 일반대리점에서 발행한 출하전표를 각각 가지고 와서 정유사에서 발행한 출하전표는 보여주고 회수해 가고, 일반대리점에서 발행한 출하전표는 원고에게 주고 갑니다.

다) aaa은 원고에게 유류를 운송했던 bbb가 관련 형사사건에서 위증을 하였다고 주장하며 2013. 1. 14. bbb를 위증죄로 고소하였고, 같은 날 이루어진 참고인 조사에서 아래와 같은 내용을 진술하였다.

문) 원고에서 bbb로부터 유류를 공급받은 것은 어떻게 된 것인지요

답) 그것은 FFFFF, 세종페트롤, 사랑에너지, 삼육오일 등에 원고에서 유류공급요청을하면 bbb가 자신의 차에 유류를 싣고 와 위 4개사 납품출하전표 2장을 가지고와 정유사에서 발행한 전표는 사본하여 1개를 주고, 1개는 주문한 대리점 납품서인 출하전표를 가져오는데, 사실 위 4개 대리점은 정식 허가는 난 업체이지만, 실제 대표는 재력이 없는 무능력자를 대표로 하고 세금을 전혀 납부하지 않는 것으로 이것은 bbb와 위 4개 대리점은 연관이 있는 것으로 알고 있고, 실제로도 ccc라는 bbb의 동생이 위 업체 중 삼육오일, FFFFF을 실질적인 소유주로 알고 있고, ccc는 춘천교도소에서 사기죄로 복역중인 것으로 알고 있습니다.

라) 원고의 영업관리 직원인 오완섭이 2014. 8. 25. 진술한 전말서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

문) 정유사에서 발행된 출하전표에 기재된 부분 중에 다른 부분은 확인한 적이 없나요

답) 출발시간과 도착시간 외에 4대 정유사 중 어느 정유사에서 출하된 것인지만을 확인하고 그 외 부분은 확인하지 않았습니다. 현재에도 확인하는 부분은 마찬가지입니다.

문) 진술인은 출하전표를 받을 경우 적혀있는 부분 중 주로 어느 부분을 확인하나요

답) 일반대리점에서 유류구매시 받은 출하전표는 출하날짜, 유종, 수량, 차량번호, 운전기사이름만을 확인하고 그 이외에는 확인을 하지 않습니다. 다만 정유사에서 발행된 출하전표는 출하날짜, 출하시간, 유종, 수량, 차량번호, 운전기사이름만을 확인하고 그 이외에는 확인을 하지 않습니다.

마) DDDDD 대표이사 이인학은 2010. 10. 14.과 2010. 11. 29. 도봉세무서 조사과에서 ‘실물거래 없는 가공매입세금계산서 수취 사실, 가공 매출세금계산서 발행사실을 숨기기 위하여 허위 출하전표를 유류 운반 시점이 아닌 사후 일괄 발행하여 우편 등으로 매출처에 발행하였고, 운반기사들에게 정유사가 발행한 실제 출하전표(실제 유류 공급자를 확인할 수 있는)를 주유소 등에 발행하지 않고 회수토록 하였으며, 매출대금으로 입금한 대금을 가공매입처 주식회사 유람에너지 계좌를 통하여 매출처에 다시 반환하거나 일부는 유류 무자료거래처로 흘러간 것으로 추측되나 자금 추적을 못하도록 현금으로 출금하는 자금세탁과정을 거친 것으로 확인되었다’는 조사내용에 대하여 모두 인정한다고 진술하였다.

3) 이 사건 각 거래처의 현황

가) 이 사건 각 거래처의 사업장 소재지는 아래 표 기재와 같다.

나) 이 사건 각 거래처의 2010년 제1기 세금계산서 거래내역은 아래 표 기재와 같다.

다) 이 사건 각 거래처의 매입처들은 세금계산서만 발행하는 이른바 자료상에 해당하여 중부지방국세청장 등은 조세범처벌법 제10조에 의거하여 이 사건 각 거래처뿐만 아니라 이 사건 각 거래처들의 매입처들도 고발조치하였다.

라) 원고는 이 사건 각 거래처의 사업장 및 저장시설을 실제 확인한 사실은 없고, DDDDD는 유류저장시설 조차 없는 것으로 확인되었다.

마) 원고는 이 사건 각 거래처 명의로 발행된 출하전표를 보관하였고, 운전자로부터 ‘수송사실확인서’를 수취하였으며, 공급되는 유류 중 견본을 채취하여 겉면에 운전자가 구체적인 공급사실을 기재하도록 하였다. 원고는 유류 공급이 이루어진 이후에 이 사건 각 거래처 법인명의 계좌로 대금을 송금하였다. 원고는 이 사건 각 거래처로부터 사업자등록증, 석유판매업등록증 사본을 교부받았다.

라. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

가) 부가가치세 납세의무자가 매입세액공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세 관청에 의해 상당한 정도로 증명되어, 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결,대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 일부개정되기 전의것) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

나) 위 인정사실, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 실제로 이 사건 세금계산서에 기재된 유류를 원고에게 공급한 자는 이 사건 각 거래처가 아닌 제3자이고, 다만 이 사건 각 거래처는 원고와 제3자 사이에 이루어진 실물거래에 관하여 세금계산서 등 필요한 자료를 구비하여 준 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 세금계산서는 그 공급자가 사실과 달리기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 중부지방국세청장, 도봉세무서장, 부산지방국세청장은 이 사건 각 거래처가 실물거래 없이 가공으로 세금계산서만 교부 및 수취한 것으로 판단하고, 자료상 혐의로 고발하였다.

(2) DDDDD는 유류저장시설이 없고, BBBBBB이나 EEEE도 이사건 세금계산서에 기재된 거래가액에 상응하는 인적·물적 규모나 설비를 갖추고, 이를 이용하여 실제로 유류를 저장 운송하였다고 볼만한 자료가 없다. 원고가 이 사건 각 거래처의 사업장이나 유류저장시설을 확인한 바도 없다.

(3) 이 사건 세금계산서의 유류와 관련한 정유사들의 출하전표에 기재된 거래처나 도착지는 원고나 이 사건 각 거래처, 이 사건 각 거래처의 매입처가 아니었고, 그 거래처나 도착지 업체 중 원고나 이 사건 각 거래처에 실제로 유류를 판매한 업체도 찾을 수 없다.

(4) 정유회사가 발행한 정상적인 출하전표에는 온도와 밀도에 따라 유류의 부피가 달라져 발행시간이 초단위로 기재되어 있고, 온도 밀도가 정확하게 기재되어 있는 반면, 이 사건 각 거래처 명의로 작성된 출하전표는 탱크번호, 온도, 비중, 발행시간, 황함량 중 전부 또는 일부분이 기재되어 있지 않거나 획일적으로 동일하게 기재되어 실측의 결과로 보이지 아니하고, 유류가 어느 지역에서 출하되었는지 전혀 알 수 없다. 또한 이 사건 각 거래처의 사업장의 위치와 정유사의 송유관 위치 및 거리에 비추어 볼 때 원고에게 유류를 운송한 운전자들이 운송당일 이 사건 각 거래처가 발행한 출하전표를 원고에게 전달하였다는 것도 수긍하기 어렵다.

(5) 원고는 이 사건 종전 세무조사 당시 2008년과 2009년 부가가치세분만을 조사받아, 그에 관하여 이 사건 종전처분을 받았고, 이후 이 사건 세무조사 당시 2010년 부가가치세에 관하여 조사를 받아 이 사건 처분을 받게 된 것인바, 이 사건 종전 세무조사 개시 전까지 연속하여 동일한 형태로 영업을 하여왔고, BBBBBB과도 2009년부터 2010년까지 계속하여 거래를 하여 온 점에 비추어 보면, 위 양 시기에 실질적인 차이가 있다고 볼 수 없다. 원고는 이 사건 종전처분의 원인이 되는 사실과 관련하여 세금계산서에 공급자가 사실과 다르게 기재되었다는 이유로 이 사건 종전처분을 받고, 조세범처벌법위반죄로 형사처벌을 받았다.

(6) BBBBBB이 이 사건과 관련된 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(허위세금계산서교부 등)의 형사사건에서 혐의없음의 불기소처분을 받은 사실은 인정되나, 행정재판이나 민사재판은 불기소 사실에 의하여 구속받는 것이 아니고 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있다(대법원 1987.10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조).

(7) 원고는 이 사건 각 거래처로부터 시중보다 저가로 유류를 매입하였다. 그런데 유류판매업체간 수평거래가 허용되었다고 하더라도 거래단계의 하위에 있는 주유소가 상위단계의 대리점에 유류를 저렴한 가격에 판다는 것은 석유사업법 유통질서에 반하는 점, 사회통념상 대리점 등을 통하여 유류를 구매할 경우에는 대리점 등의 이윤이 유류대금에 추가되어 정유사로부터 직접 유류를 구매하는 경우보다 거래단계가 늘어날수록 유류단가가 올라갈 수밖에 없는 점, 대리점들이 정유사에 많은 물량을 주문하여 가격이 저렴해진다는 것도 이 사건 각 거래처의 거래규모나 재무상태 등에 비추어 볼 때 믿기 어려운 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 각 거래처로부터 정유사보다도 저렴하게 유류를 매입한 것이 이 사건 각 거래처로부터 정당한 과정을 거쳐 공급받은 것이라는 점을 수긍하기 어렵다.

2) 원고의 선의‧무과실 여부

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 등 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 각 거래처로부터 세금계산서, 출하전표를 각 교부받은 사실, 실제로 유류를 공급받아 그 대금을 이 사건 각 거래처 명의의 예금계좌에 입금하였고, 이 사건 각 거래처와의 거래 개시 전 사업자등록증, 석유판매업등록증 등을 확인한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위 사정만으로는 원고가 이 사건 각 거래처가 실제로 유류를 공급하는 대리점이 아니라 자료상에 불과하다는 점을 알지 못한 데에 과실이 없다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 세금계산서를 교부받을 당시 이 사건 각 거래처가 소위 자료상으로서 실제로 유류를 공급하는 자가 아니라는 사실을 미필적으로나마 인식하였거나 설령 이를 알지 못하였다 하더라도 원고에게 관련 업계에서 요구되는 통상적인 주의의무를 다하지 아니한 과실이 있다고 봄이 상당하다. 이에 반하는 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(1) 원고는 1989년경부터 석유 도․소매업을 영위한 장기사업자이고, 유류업계의 공급구조가 복잡하여 무자료 거래가 빈번하게 이루어지는 실태 및 그 위험성에 관하여 예전부터 사회문제화되어 있으므로, 유류공급업체가 실제 공급자인지 여부에 관하여 면밀한 주의를 기울일 필요도 있었다.

(2) 원고는 이 사건 각 거래처로부터 정상적인 거래에 의한 유류가격보다 저렴한 유류를 공급받았는데, 사회통념상 대리점 등을 통하여 유류를 구매할 경우에는 대리점 등의 이윤이 유류대금에 추가되게 되므로, 원고로서는 이 사건 각 거래처의 유통과정을 의심하는 것이 상당하다고 보이고, 원고 주장과 같이 대리점 등이 정유사로부터 유류를 저렴하게 구입할 수 있는 방법이 실제 존재할 수 있다는 점을 고려하더라도 여전히 원고가 그 유통과정에 관하여 세심한 주의를 기울여야 함은 마찬가지라고 볼 것이다.

(3) 원고는 대리점이 아닌 정유사 저장소에서 출하된 유류만을 공급받았다고 주장하나, 정유사가 발행한 출하전표의 주문자와 도착지도 이 사건 각 거래처나 이 사건 각 거래처의 매입처가 아니었고, 그 주문자나 도착지 업체 중 원고나 이 사건 각 거래처에 실제로 유류를 판매한 업체도 확인되지 아니하는 등 원고가 이 사건 세금계산서의 명의상 공급자인 이 사건 각 거래처가 자료상은 아닌지에 관하여 의심을 할 만한 정황이 충분히 있었다.

(4) 정유사가 발행한 정상적인 출하전표에는 온도와 밀도에 따라 유류의 부피가 달라져 발행시간이 초단위로 기재되어 있고 온도와 밀도가 정확하게 기재되어 있으며 출하지가 기재되어 있는데, 원고가 이 사건 각 거래처로부터 받은 출하전표는 위와 같은 기재사항이 미비하고 원고가 유류샘플을 채취한 다음 운반차량 번호 및 운반기사들의 서명을 받아놓고, 수송확인서를 작성받는 등의 방법으로 확인절차를 거쳤다고 하나, 이러한 방법만으로는 해당 유류에 대한 실제 공급업자를 확인할 수 없다.

3) 이 사건 처분 중 부당과소신고가산세 부분의 적법 여부

가) 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 일부개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제2호 등 관련 규정의 문언 및 체계 등에 비추어 보면, 납세자가 거짓증명을 수취하여 과세표준을 과소신고하였다고 하더라도 수취한 증명이 거짓임을 알지 못하였을 때에는 ‘부정행위로 납부세액을 과소신고한 경우’에 해당한다고 볼 수 없고, 납세자가 중대한 과실로 거짓임을 알지 못하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 그리고 납세자가 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 적힌 ‘사실과 다른 세금계산서’를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호가 규정한 ‘부정행위로 납부세액을 과소신고한 경우’에 해당하기 위하여는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 이 사건 세금계산서에 기재된 양의 유류를 실제로 공급받았고, 이 사건 세금계산서에 기재된 유류대금을 이 사건 각 거래처의 계좌를 통하여 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 비록 원고가 이 사건 각 거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 받았다고 하더라도, 피고가 제출한 증거만으로는, 원고가 ‘이 사건 세금계산서가 사실과 다르다는 점’ 및 ‘이 사건 각 거래처가 위 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 위 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점’을 인식하고 있었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고에 대해서는 구 국세기본법 제47조의3 제2항의 부당과소신고가산세가 아닌 제1항의 일반과소신고가산세가 부과되어야 할 것이므로, 이 사건 처분의 가산세 부분 중 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세가 부과되었을 경우의 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

4) 정당한 세액

일반과소신고가산세가 부과되었을 경우 원고에 대한 정당한 세액은 아래 표의 ‘정당한 세액’란 기재와 같은바, 결국 피고가 원고에 대하여 한 2010년도 1기분 부가가치세 526,595,300원의 부과처분 중 451,038,940원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원의 부과처분 중 526,595,300원을 초과하는 부분과 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원의 부과처분중 119,272,700원을 초과하는 부분에 대한 각 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.