1. 처분개요

가. 청구법인은 1983.4.20.부터 OOO에서 건설업을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 아래 <표1>과 같은 OOO(이하 “전체사업부지”라 한다)에 대하여 시행하는 ‘OOO 쇼핑몰 신축분양사업’(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 시공사로 참여하던 중, 동 사업의 시행사인 주식회사 OOO(청구법인과 특수관계는 없고, 이하 “OOO”이라 한다)으로부터 2006.6.15. 전체사업부지의 50%(이하 “쟁점사업부지”라 한다)를 OOO원에 매입하였다.

OOO

 한편, OOO은 쟁점사업과 관련하여 주식회사 OOO(청구법인과 특수관계자이고 이하 “OOO”라 한다)로부터 대출을 받고 있었고, 청구법인은 위 쟁점사업부지 매매대금을 OOO의 OOO에 대한 채무 중 OOO원을 인수하는 방식으로 지급하였다.

다. 청구법인은 쟁점사업으로 인한 분양이 진행되자 쟁점사업부지 취득원가 OOO원을 분양원가로서 2010～2014사업연도에 손금으로 산입하였다.

라. 처분청은 2015.12.14.부터 2016.2.4.까지 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 시가 OOO원(감정가액)의 쟁점사업부지를 특수관계자인 OOO로부터 OOO원에 고가매입한 것으로 보아, 이를 부당행위계산부인하여 그 차액(분양원가 과다계상액) 합계 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원)을 손금불산입(기타 사외유출)하였고, 그 밖에 다른 조사사항(업무무관부동산에 대한 지급이자 및 유지비용 손금불산입)을 포함하여 아래 <표3>과 같이 과세표준을 경정하여 2016.6.27.(2010사업연도분은 2016.6.2.) 청구법인에게 통지하였다(청구법인은 2010사업연도～2014사업연도 결손법인으로 위 경정에 따라 이월결손금이 감액되었으나 고지된 세액은 없다).

OOO

① 쟁점사업부지 원가 과다계상액, ② 업무무관부동산등에 대한 지급이자 및 관련 유지비용

OOO

마. 청구법인은 쟁점사업부지 분양원가 과다계상액을 손금불산입한 처분에 불복하여 2016.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인에게 쟁점사업부지를 양도한 OOO과 청구법인은 특수관계자가 아니고, 설령 특수관계자간 거래에 해당한다 하더라도 쟁점사업부지 전체를 개별부지가 아닌 하나의 사업부지로 보아 평가한 가액은 OOO원이므로 청구법인이 이를 OOO원에 매입한 것을 고가매입으로 보아 부당행위계산부인한 처분은 위법하다.

(2) 청구법인이 OOO에게 이익을 분여하였다고 볼 경우에도 그 분여시점은 청구법인이 쟁점사업부지를 취득한 날인 2006.6.15.이고, 그 부과제척기간은 법인세과세표준 신고기한인 2007.3.31.부터 5년이 경과한 2012.3.31.로 도과되었으므로 2016.6.2. 및 2016.6.27. 처분청이 쟁점사업부지와 관련한 처분을 한 것은 잘못이다.

(3) 처분청이 청구법인에게 2016.6.2. 2010사업연도에 대한 법인세과세표준을 OOO원(분양원가 손금불산입 OOO원, 지급이자 손금불산입 OOO원)으로 경정하여 통지한 것은 부과제척기간을 도과한 것으로 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 불복의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 이 건 심판청구는 각하되어야 한다.

 (2) 쟁점사업부지의 감정가액이 OOO원임에도 불구하고 별다른 이유 없이 청구법인과 특수관계자인 OOO에 의해 OOO원으로 결정되었으며, 형식적 매도인인 OOO의 OOO에 대한 채무를 인수하는 형식으로 지급되어 실질과세의 원칙상 청구법인이 특수관계자인 OOO에 이익을 분여한 것으로 보아야 한다.

 (3) 처분청은 청구법인이 2010사업연도～2014사업연도에 손금에 산입한 분양원가 중 「법인세법」 제52조 제1항에 의해 특수관계자로부터 고가매입한 금액을 손금불산입하고 청구법인의 각 사업연도의 소득금액을 재계산한 것으로, 쟁점사업부지 취득시점으로부터 5년이 경과하여 소득금액을 재계산할 수 없다는 청구주장은 이유 없다.

 (4) 청구법인은 2010사업연도～2014사업연도에 결손법인으로, 처분청은 부과제척기간 내에 해당하는 2016.3.4. 청구법인의 2010사업연도 분양원가 OOO원, 지급이자 OOO원을 각 손금불산입하여 해당 사업연도 법인세 과세표준을 OOO원으로 경정하였으나 다만 그 결정통지를 2016.6.27.에 하였다.

 또한, 처분청은 2016년 3월 청구법인의 2010사업연도 법인세 결의서 사본을 청구법인 직원에게 직접 교부하여 청구법인이 과세표준 경정내역을 잘 알고 있었으므로 2010사업연도에 대한 관련 처분이 부과제척기간이 경과되었다는 청구주장은 이유 없다.

3. 사실관계 및 판단

 가. 쟁점

 ① 법인세 과세표준 경정결정(이월결손금 감액)이 불복대상이 되는 처분에 해당하는지 여부

② 쟁점사업부지를 고가매입한 것이 아니고 거래상대방과 특수관계가 없어 부당행위계산부인대상이 아니라는 청구주장의 당부

 ③ 고가매입으로 이익분여한 시점(2006.6.15.)으로부터 5년이 경과한 2016.6.2.에 과세표준을 경정하였으므로 이는 부과제척기간 경과한 후에 한 부적법한 처분이라는 청구주장의 당부

④ 2010사업연도 법인세 과세표준 경정결정(이월결손금 OOO원 감액)의 부과제척기간 경과여부

 나. 관련 법령 : <별지2> 기재

 다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 OOO의 주주현황은 다음과 같고, 특수관계자에 해당하는 것으로 나타난다.

OOO

 (2) OOO과 (주)OOO(이하 “OOO”라 한다)는 쟁점사업부지의 공동소유자로 2003.3.11. 그 지상에 지하 4층, 지상 10층 규모의 근린생활시설 등 복합쇼핑몰을 신축하여 분양하는 사업을 공동으로 추진하기로 하고, 2004.6.7. 시공사인 청구법인, 신탁회사인 (주)OOO신탁(이하 “OOO신탁”이라 한다) 및 대출기관인 OOO와 쟁점사업과 관련한 약정(이하 “쟁점사업약정”이라 한다)을 체결하였다.

 (3) OOO과 OOO는 2004.6.7. OOO신탁과 쟁점사업부지에 관한 부동산담보신탁계약을 체결하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다.

OOO

 (4) OOO와 청구법인은 2006.5.3. OOO신탁에게 OOO의 귀책사유로 쟁점사업부지에 가처분 등이 설정되었다는 이유를 들어 쟁점사업약정 및 신탁계약에 따라 OOO의 쟁점사업부지 지분 및 관련 사업권 일체를 청구법인에게 이전할 것을 요청하였다.

 (5) OOO신탁은 2006.5.6. (주)OOO감정평가법인(이하 “OOO감정평가법인”이라 한다)에 OOO 지분의 시가감정을 의뢰하였고, OOO감정평가법인은 쟁점사업부지의 2006.5.15. 당시 시가를 OOO원으로 감정하여 이를 OOO신탁에게 통보하였으며, 환가처분액의 결정과 관련하여 OOO는 다음과 같은 내용의 협의요청서를 OOO신탁에 발송하였다.

OOO

 (6) OOO신탁은 위 OOO의 요청에 따라 2006.6.15. OOO 소유의 쟁점사업부지 처분가액을 OOO원으로 결정한 뒤, 청구법인이 쟁점사업약정에 따라 OOO의 OOO에 대한 OOO원의 대출채무를 인수하여 정산처리하고, 2006.6.15. 쟁점사업부지에 관하여 청구법인에게 소유권이전등기를 경료해 주었다.

OOO

(7) 청구법인과 OOO의 법인세 신고현황은 다음과 같다.

OOO

 (8) 청구법인에 대한 과세내역은 다음과 같다.

OOO

 (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 처분청은 법인세 과세표준 경정결정(이월결손금 감액)이 불복대상이 되는 처분에 해당하지 않는다는 의견이나, 2009.12.31. 개정된「법인세법」제13조 제1호 후단 규정은 과세표준과 세액의 확정절차(신고‧수정신고‧결정‧경정)를 통하여 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도의 손금 총액이 그 사업연도의 익금 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액을 세무상 결손금으로 보아 그 후 사업연도의 소득에서 이월결손금으로 공제할 수 있도록 하던 것을 확정절차를 통하여 확정된 결손금만을 이월결손금으로 공제하도록 함으로써 이월공제할 수 있는 결손금의 범위를 축소시킨 규정에 해당하는 것OOO인바,

 2009.12.31. 개정된「법인세법」제13조에 따르면, 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었을 경우, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서 종전 사업연도에 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 없을 가능성이 있는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 법인세 과세표준 경정결정은 「국세기본법」상 불복대상이 되는 처분에 해당하는 것으로 판단된다.

 (10) 다음으로 쟁점②에 대해서 살피건대, 처분청은 쟁점사업부지의 감정가액이 OOO원임에도 불구하고 별다른 이유 없이 청구법인과 특수관계자인 OOO에 의해 OOO원으로 결정되었으며, 형식적 매도인인 OOO의 OOO에 대한 채무를 인수하는 형식으로 지급되어 실질과세의 원칙상 청구법인이 특수관계자인 OOO에 이익을 분여한 것으로 보아야 한다는 의견이나,

 「법인세법」상 부당행위계산부인은 특수관계자와의 거래를 통해 법인의 소득에 대한 조세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정될 때 적용된다 할 것인데 특수관계 해당여부에 대해서 법에서 한정적으로 열거하고 있으므로, 명문의 규정 없이 비특수관계자간 거래임에도 그로 인해 수익을 얻는 자가 특수관계에 해당하는 경우까지 포함하는 것으로 확대해석하기 어려워 보이는 점,

심리자료로 제시된 부동산담보신탁계약서 제19조에 신탁부동산의 처분시 예정가격은 감정평가 전문기관의 감정평가액 이상으로 결정하는 것을 원칙으로 한다고 기재되어 있어 신탁계약상 감정가액OOO을 초과한 금액OOO으로 매수한 것에 그 근거가 있는 것으로 보이는 점,

 쟁점사업부지 전체를 하나의 사업부지로 보아 평가한 가액은 OOO원이므로 청구법인이 이를 OOO원에 매입한 것을 고가매입으로 단정하기 어려운 점,

 또한, 행위 당시를 기준으로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면 설령 법인이 특수관계 없는 자로부터 자산을 매입함으로써 법인과 특수관계에 있는 자가 경제적으로 어떠한 이익을 얻었다고 하더라도 이를 부당행위계산에 해당한다고 할 수 없다 할 것OOO인바, 이건과 같이 감정가액의 10%를 초과하여 거래된 것만으로는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 특수관계자에 해당하지 않는 청구법인과 아이샾 간에 이루어진 쟁점사업부지 양도․양수거래에 부당행위계산부인을 적용하여 분양원가 과다계상액을 손금불산입한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 (11) 쟁점③․④는 쟁점②가 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOO

<별지2> 관련법령

 (1) 법인세법(2008.12.26. 법 제9267호로 개정된 것)

 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

 1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

 (2) 법인세법(2009.12.31. 법 제9898호로 개정된 것)

 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

 제52조[부당행위계산부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

 ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제70조[과세표준과 세액의 통지] 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에 알려야 한다.

 (3) 법인세법 시행령

 제87조[특수관계인의 범위] ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 “특수관계인”이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

 2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

 3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

 4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

 5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

 6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

 7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

 제88조[부당행위계산의 유형] ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

 제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(괄호 생략)에 따른다.

 ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).

 제109조[과세표준과 세액의 통지] ① 납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사·결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다.

 (4) 국세기본법

 제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

 가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

 나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호

 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

 3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간