주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 8. 1. 원고에 대하여 한 2010년 2기분 부가가치세 359,166,552원(가산세포함), 2010년 귀속 종합소득세 254,419,230원(가산세 포함), 2012년 귀속 종합소득세 51,440,020원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 도급에 의한 건물 신축공사 진행 경위

(1) 원고는 부동산 건축․판매업자로서, 2009. 12. 15. 00건설 주식회사(이하 ‘00건설’이라 한다)와 사이에 공사대금 2,286,560,100원(부가가치세 포함, 이하 같다), 계약금 110,000,000원으로 정하여 인천 00구 00동 000-0 외 1필지 지상 지하 1층 지상 7층 근생 건물(총 20호, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 도급하는 계약을 체결하였다.

(2) 00건설은 이 사건 공사에 착수하였으나 2010년 2월경 하도급업체들에게 공사대금을 제대로 지급하지 못하여 공사를 중단하기에 이르렀고, 이에 원고는 2010. 2. 12. 00건설과 사이에 아래와 같은 내용의 직불합의 약정서(이하 ‘이 사건 직불합의’라 한다)를 작성하였다.

(3) 이 사건 공사는 2010. 11. 26. 완공되었고, 이 사건 건물에 관하여 2010. 11. 30. 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되었다.

나. 원고의 부가가치세 및 종합소득세 신고․납부

원고는 이 사건 공사와 관련하여 00건설로부터 공급가액 2,140,690,000원(2010년 1기분 504,545,000원, 2010년 2기분 1,636,145,000원)의 각 매입세금계산서(이하 ‘이사건 전체 세금계산서’라 한다)를 수취하고 해당 매입세액을 공제하여 2010년 1기분 및 2기분 부가가치세를 신고․납부하는 한편, 위 공급가액을 포함한 이 사건 건물의 공사원가 5,347,353,730원을 필요경비로 산입하여 2010년 내지 2012년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.

다. 피고의 세무조사 및 과세처분

(1) 피고는 2016. 4. 5. 부터 2016. 5. 29. 까지 원고에 대하여 2010년 내지 2012년 귀속 개인통합조사를 실시한 결과, 원고가 00건설로부터 수취한 공급가액 1,636,145,000원의 2010년 2기분 세금계산서(이하 ‘이 사건 쟁점 세금계산서’라 한다)는 00건설로부터 공사용역을 제공받지 않고 발급받은 것으로서 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보고 매입세액 불공제하여, 2016. 8. 1. 원고에 대하여 구 부가가치세법(2011.

12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제17조 제2항 제2호, 제16조 제1항에 따라 2010년 2기분 부가가치세 359,166,522원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).

(2) 또한 피고는 원고가 필요경비로 산입한 이 사건 건물의 공사원가

5,347,353,730원 중 302,187,591원은 ‘가공원가’로 보고 2010년 내지 2012년 필요경비에서 부인하여(필요경비 부인 내역은 아래 [표]와 같다), 2016. 8. 1. 원고에 대하여 구소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제80조 제2항 제1호, 제3항에 따라 2010년 귀속 종합소득세 254,419,230원(가산세포함), 2012년 귀속 종합소득세 51,440,020원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다(이하 위 각 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 통틀어서는 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

                             [필요경비 부인 내역]

                                                                  (단위: 원)

라. 조세심판원의 결정

원고는 2016. 8. 24. 조세심판원에 이 사건 각 부과처분에 불복하는 취지로 심판을 청구하였으나, 2017. 1. 23. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 재,

변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다.

3. 원고의 주장

가. 이 사건 직불합의 이후에도 실질적으로 00건설이 계속하여 이 사건 공사 현장을 관리․감독함으로써 용역을 공급하여 왔으므로, 00건설이 2010년 2기에 원고에 대하여 공급가액 1,636,145,000원의 재화를 공급하였다는 내용의 이 사건 쟁점 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니하고, 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 또한 이 사건 공사 과정에서 원고가 00건설과 사이에 약정한 기왕의 공사대금 2,286,560,100원 외에도 추가 공사대금 88,000,000원이 발생하여 총 공사대금은2,374,560,100원이 되고, 이 사건 전체 세금계산서상 공급가액 2,140,690,000원은 위총 공사대금 내에 있는 것으로서 타당성이 있다. 그렇다면 원고가 위 공급가액 중 일부로서 필요경비에 계상한 금원 합계 302,187,591원은 이 사건 쟁점 세금계산서 등에의하여 증빙되는 것으로서 가공원가에 해당한다고 단정할 수 없으므로, 이를 부인한 이 사건 종합소득세 부과처분 역시 위법하다.

다. 나아가 가사 이 사건 쟁점 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’로서 증빙자료가 되지 못한다 하더라도, 원고는 2010. 3. 5. 130,000,000원, 2010. 4. 5. 35,000,000원, 2010. 5. 3. 100,000,000원을 각 00건설에 송금하여 00건설이 위 돈으로 2010년 2기분 부가가치세를 납부할 것으로 생각하였고, 00건설이 이를 면탈할 것이라고는 예상하지 못하였는바, 그렇다면 원고에게 ‘사실과 다른 세금계산서’를 제출하여 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 할 수 없고, 가공원가를 필요경비로 계상한다는 고의가 있었다고 할 수도 없으므로, 이 사건에 있어서는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하고, 결국 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분 중 2010년 귀속 종합소득세 부과처분은 각 부과제척기간을 경과한 것으로서 무효이다.

4. 판단

가. 관련 법리

(1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 ‘과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정한 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고96누617 판결 등 참조), 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조).

이러한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나, 부가가치세 납세의무자가 매입세액공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439판결 등 참조).

(2) 한편 국세 부과의 제척기간은 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년 간이지만(구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호), 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간이다 (같은 항 제1호). 여기서 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 조세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그리고 어떠한 행위가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서는 조세범 처벌법 제3조 제1항 등이 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 구성요건으로 하여 형사처벌을 규정하고 있는 이상 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야 할 것이다(대법원 2014. 5. 16.선고 2011두29168 판결 등 참조).

따라서 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기 그 밖에 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조).

나. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

(1) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건 부가가치세 부과처분에 위법이 있는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 인정사실에 갑 제5 내지 7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점 세금계산서는 이 사건 직불합의에 의하여 00건설은 공사수급인의 지위에 있지 않게 되었음에도 불구하고 00건설이 공사를 중단한 2010년 2월경 이후인 2010년 2기에 00건설 명의로 작성된 것인 이상 진실한 세금계산서라고 할 수 없으므로, 이 사건 쟁점 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보아야 할 것이고, 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

① 이 사건 공사의 하도급업체였던 주식회사 00산업이 공사대금 확보를 위하여 00건설과 사이에 작성하였던 공정증서 정본에 기하여 00건설을 채무자로, 원고를 제3채무자로 하여 채권압류 및 추심명령을 받고, 이어서 원고를 상대로 추심금 청구의 소를 제기한 사건(인천지방법원 2011가합13520호)에서, 원고는 “00건설이 2010년 2월경 이 사건 공사를 중단한 이래 직접 공사를 진행한 사실이 없고 2010년 2월경까지의 공사대금은 모두 지급하였으며, 이 사건 직불합의 이후의 공사에 관하여는 원고가 모두 하도급업체와 직접 계약을 체결한 다음 하도급업체에 직접 대금을 지급하였다”고 항변하였고, 00건설의 본부장으로서 이 사건 공사의 현장책임자였던 장00도 증인으로 출석하여 “00건설이 공사를 중단한 2010년 2월경부터는 00건설의 지시를 받은 바 없고 원고의 지시를 받아 이 사건 공사가 완공될 때까지 공사 현장에서 하도급업체를 직접 관리․감독하였으며, 주식회사 @@@@@, 주식회사 ☆☆☆☆ 등 10여개의 하도급업체가 원고와 직접 계약을 체결하였고 계약상대방의 명의만을 00건설로 하여 하도급계약서를 작성하였을 뿐이다”라고 증언하였다. 결국 위 사건에서 원고의 항변이 받아들여져 2012. 10. 23. 원고 전부승소 판결이 선고되었다¹⁾.

② 00건설이 2010년경 2월경 이후에도 이 사건 공사를 더 진행하였다는 점을 입증할 만한 객관적 자료가 없고, 한편 00건설이 이 사건 공사와 관련하여 집계표, 매입내역 및 지출, 지출내역서 등을 작성하기도 하였으나 이는 모두 이 사건 공사 완공 이후 1년여의 기간이 경과한 2011. 11. 27.경에 원고가 00건설에 교부한 세금계산서, 영수증 등을 기초로 사후적으로 작성된 것으로 보인다.

③ 이 사건 직불합의일인 2010. 2. 11. 이후에 이 사건 공사와 관련하여 작성된 하도급계약서상 하도급 명의자가 00건설로 되어 있기는 하나 앞서 본 장00의 증언 내용 등에 비추어 보면 원고가 직접 하도급업체와 사이에 계약을 체결하였음에도 시공자가 여전히 00건설로 신고되어 있었던 관계로 하도급계약서상 계약상대자의 명의를 종전과 마찬가지로 00건설로 한 것에 불과하다 할 것이다(원고는 이 사건 직불합의 내용에 따라 00건설의 통장과 도장을 보관하고 있었으므로 00건설의 동의나 협조 없이도 00건설 명의의 하도급계약서를 작성할 수 있었다).

④ 원고가 2010. 3. 5. 130,000,000원, 2010. 4. 5. 35,000,000원, 2010. 5. 3. 100,000,000원을 각 00건설에 송금하기는 하였으나, 이 역시 00건설이 2010년 2월 경 이전에 공사한 부분에 대한 공사대금인 것으로 보일 뿐이어서 그러한 사정만으로 00건설이 2010년 2월경 이후에도 이 사건 공사를 하였다고 볼 수는 없다[같은 전제에서 피고도 이 사건 전체 세금계산서 중 2010년 1기분 세금계산서(공급가액504,545,000원)는 진정한 것으로 인정하였다],

(2) 나아가 이 사건 쟁점 세금계산서와 관련하여 원고가 ‘사기 기타 부정한 행위’를 하였는지 여부에 관하여 보면, 사정이 위 (1)항과 같은 이상 이 사건 직불합의 당사자인 원고로서는 이 사건 직불합의가 형식적인 것이었다거나 이 사건 직불합의에도 불구하고 00건설이 거래당사자로서 부가가치세를 납부하기로 약정하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 2010년 2기에는 더 이상 이 사건 공사의 수급인의 지위에 있지 아니한 00건설이 원고에 대한 관계에서 용역을 제공하였다는 내용의 이 사건 쟁점 세금계산서를 피고에게 제출함에 있어서는 그 세금계산서가 허위라는 사정 및 그 발급자인 00건설이 수급인의 지위에 있지 아니하여 이 사건 쟁점 세금계산서의 매출세액을 신고할 수 없을 뿐만 아니라 00건설이 이 사건 직불합의 이후 원고로부터 공사대금을 지급받은 바 없음에도 자신에게 불이익이 되는 매출세액 신고를 나서서 할 이유도 없다는 사정을 이미 알고 있었거나 충분히 알 수 있었다고 할 것이므로, 원고에게는 허위의 세금계산서인 이 사건 쟁점 세금계산서를 과세관청에 제출함으로써 그 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 및 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 봄이 상당하다. 따라서 이에 관하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정하는 10년의 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다.

(3) 결국 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정하는 부과제척기간을 도과한 위법도 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

다. 이 사건 종합소득세 부과처분의 적법 여부

(1) 먼저 이 사건 종합소득세 부과처분에 위법이 있는지 여부에 관하여 살피건대, 이 사건 쟁점 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 볼 것임은 앞서 나.항에서 본 바와 같으므로, 피고가 객관적 증빙자료를 누락하였다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 피고가 이 사건 쟁점 세금계산서상를 적법한 증빙자료로 보지 아니하고 구 소득세법 제80조 제2항 제1호, 제3항에 따라 다른 객관적 증빙에 의하여 그 공사원가를 다시 추인한 이 사건 종합소득세 부과처분은 적법하다고 할 것인데, 이에 있어서 피고가 객관적 증빙자료를 누락하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없다(원고도 그러한 증빙자료 누락이 있었다고 주장하고 있는 것은 아니다²⁾.

(2) 나아가 2010년 귀속 소득세 부과처분과 관련하여 원고가 ‘사기 기타 부정한 행위’를 하였는지 여부에 관하여 보면, 앞서 나.항에서 본 사정을 종합하면 원고로서는 이 사건 쟁점 세금계산서가 형식적인 것으로서 그 공사원가의 산정에 있어서 객관적 증빙자료가 될 수 없다는 점을 알고 있었다고 봄이 상당하고, 이를 증빙자료로 제출할 경우 종합소득세 포탈행위가 될 수 있으며 그것이 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점 역시 곧바로 인식할 수 있었다고 할 것이다(종합소득세는 부가가치세와 달리 납세의무자와 담세자가 일치하는 직접세이므로, 종합소득세와 관련하여서는 원고가 00건설의 조세납부 여부를 예측할 수 있었는지 여부는 문제되지 아니한다). 따라서 이에 관하여도 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정하는 10년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

(3) 결국 이 사건 종합소득세 부과처분은 모두 적법하고, 2010년 귀속 종합소득세 부과처분에 구 국세기본법 제26조의2 제1항이 정하는 부과제척기간을 도과한 위법도 없다고 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 모두 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.