제1심 판결을 취소한다. 피고가 2012. 2. 7. 원고에 대하여 한 2000년 귀속 갑종근로

소득세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 11. 2. 00종합건설 주식회사와 사이에 도급인 원고, 수급인

00종건, 계약금액을 8,768,000,000원으로 정하여 ‘△△ ◇◇읍에 아파트 신축공

사’에 관한 도급계약(이하 “이 사건 계약"이라 한다)을 체결하였다.

나. 00종건은 2005. 10. 31. 추가공사대금 명목으로 6억 원의 계산서(이하 “이 사건

계산서”라 하고, 이 사건 계산서에 기재된 6억 원을 “이 사건 금액”이라 한다)를 발행하

여 원고에게 송부하였는데, 실제 이에 부합하는 추가 공사가 이루어지지는 않았다.

다. 원고는 2006 사업연도에 이 사건 금액을 매출원가로 손금산입하여 신고하였으나,

00종건은 이 사건 금액을 매출액으로 신고하지 않았다.

라. 피고는 이 사건 계산서를 가공의 계산서로 보아, 2009. 1. 2. 이 사건 금액 상당의 가

공매입액을 2006 사업연도에 손금불산입하여 원고에게 법인세 46,115,320원을 경정·고

지하는 한편, 2011. 12. 1. 이 사건 금액 상당액이 2008년 사외로 유출되었으나 귀속이

불분명하다고 보아 당시 원고의 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를

하였으며, 원고가 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 않자 2012. 2. 7. 원고에게 2008

년 귀속 갑종근로소득세 200,685,020원을 부과·고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판을 청구하였으나, 2013.

6. 28. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4 내지 6 호증, 을 제1, 2, 5, 6호증의 각 기재(가

지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 계산서에 따른 매출·매입은 발생하지 않았다. 이 사건 금액이 사외유출된

바가 없음이 명백히 확인되었으므로 이를 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 이 사건 계산서가 발행된 날인 2005. 10. 31.경 00종건에게 은행계좌를

통해 6억 원을 송금하였으므로, 위 금원이 원고의 대표이사에게 전달되었다고 할지라도

그 소득이 발생한 시점은 2008 사업연도가 아니라 2005 사업연도이다. 따라서 그 소득발

생시점으로부터 부과제척기간 5년이 훨씬 지난 2012. 2. 7. 소득세를 부과한 이 사건 처

분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2005 사업연도 매입계산서와 관련하여, 00종건에 대한 외주공사비 합계

를 93억 6,800만 원(이는 이 사건 계약 대금 87억 6,800만 원과 이 사건 금액 6억 원의

합계와 동일한 금액이다)으로 하고, 그에 상응하여 00종건에게 2005. 6. 22. 18억 3

천만 원, 같은 해 8. 31. 11억 원, 같은 해 10. 31. 6억 원을 각 현금으로 지급하고 나머지

53억 3,800만 원은 외상매입금 계정에 산입하는 것(현금지급액과 외상매입액의 합계는

위 외주공사비 합계와 같다)으로 회계처리하였다.

2) 이후 외상매입금 계정에 남아 있던 53억 3,800만 원은, 2006년 말에 967,811,430원

으로, 2007년도 말에 609,814,000원으로, 2008년 말에 현금 지급 등을 통해 0원으로 소

멸된 것으로 회계처리되었다.

[인정근거] 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 대하여

법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 “법인세의 과세표준

을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이

불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다”는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은

법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕

을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있

는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록

하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는

점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이

갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다고 할 것이고(대법원 2008. 09. 18. 선고 2006다

49789 전원합의체 판결 참조), 가공경비 계상이 밝혀져 과세소득이 증가되는 경우에는

특별한 사정이 없는 한 그 차액의 사외유출은 추정된다고 볼 것이다(대법원 1997. 10.

24. 선고 97누447 판결 참조).

위 법리, 제1항 및 제2. 다.항의 인정사실에서 본 바와 같이 이 사건 계산서에 상응하

는 추가공사는 이루어지지 않았으므로 특별한 사정이 없는 한 이 사건 금액은 가공경비

로서 사외로 유출된 것으로 추정된다. 그러므로 이 사건 금액이 사외로 유출된 것이 아니

라는 점 등에 대한 입증책임은 원고에게 있다고 할 것인바, 갑 제8, 9호증의 각 기재만으

로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 금액이 사외유출되지 않았다는 것을 전제로 하는 원고의 이 부분 주

장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 대하여

소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소

득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자

의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그

소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도

성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다고 할 것이다(대법

원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 참조).

과세관청이 사외유출된 익금가산액이 임원 또는 사용인에게 귀속된 것으로 보고 상여

로 소득처분을 한 경우, 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여

소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는

달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지서가 송달되었는지 여

부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제1호 (다)목 소정의 ‘법인

세법에 의하여 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고 당해 소

득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가

되므로, 소득의 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항

제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다고 할

것이다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결 참조).

납세의무자인 법인이 법인세의 과세표준과 세액을 신고하면서 가공의 비용을 손금에

산입하였다고 하더라도 그에 대응하는 명목상의 채무를 대차대조표상 부채로 계상해 둔

경우에는 당해 법인의 순자산에 아무런 변화가 없으므로 사외유출을 인정할 만한 다른

사정이 없는 한 그 비용 상당액이 사외로 유출된 것으로 볼 수 없다(대법원 2012. 7. 26.

선고 2010두382 판결 참조).

위 법리, 제1항 및 제2. 다.항의 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다

음과 같은 사정, 즉 ① 00 종건이 이 사건 계산서에 근거한 매출신고를 하지 않고 실

제 추가공사도 없었던 점에 비추어 보면, 원고가 2005. 10. 31. 00종건에 지급한 돈

은 이 사건 계산서에 상응하여 지급된 것이 아니고 이 사건 계약에 따른 공사대금채무의

변제 명목으로 지급된 것으로 보이는 점, ② 이 사건 금액은 2006년 손금산입 이후에도

지속적으로 외상매입금 계정에 남아 있다가 2008 사업연도에 현금 지급 등의 사유로 소

멸되었으므로 그 시점에 비로소 사외유출되었다고 봄이 상당한 점, ③ 이 사건 금액은 원

고의 대표이사가 2008년 근로를 제공한 날에 수입한 것이 되므로, 원고 대표이사의 종합

소득세 납세의무는 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 2008. 12. 31. 성립한다고

할 것인 점, ④ 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호, 같은 조 제5항, 국세기본법 시행령

제12조의3 제1항 제1호, 소득세법 제70조 제1항에 의하면 종합소득세의 경우 부과제척

기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간이고, 이 사건의 경우 과세관청은 2008 사업

연도에 관한 종합소득 과세표준 확정신고기한인 2009. 5. 31.의 다음 날부터 종합소득세

를 부과할 수 있으므로 결국 부과제척기간은 2009. 6. 1.부터 기산되는 점을 종합하면, 이

사건 부과처분일인 2012. 2. 7.경에는 부과제척기간이 남아 있었다고 할 것이다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 소결론

그러므로 이 사건 처분은 적법하고 원고의 청구는 이유 없다.