주 문
OOO세무서장이 2015.6.17. 청구법인에게 한2010～2014사업연도 OOO원의 부과처분은,
1. 청구법인의 2011사업연도 이후 세무상 자본금 및 잉여금 잔액이 왜곡되었다는 부분에 대한 심판청구는 각하한다.
2. 처분청이 수입금액 누락액으로 산정한 OOO원에 처분청이 인정한 무료시술 외에 무료시술 내역이 추가로 있는지, 시술대가를 현금으로 결제함에 따라 할인하여 준 금액 등이 포함되어 있는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
3. 나머지 심판청구는 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.2.12.부터 2015.5.20.까지 청구법인, OOO등에 대하여 세무조사를 실시하여, OOO과 같은 조사내용을 처분청인 OOO세무서장 및 OOO세무서장에게 통보하였고 청구법인과 그 대표이사 OOO를 조세범처벌법 위반으로 고발하였다.
나. 처분청(OOO세무서장)은 이에 따라 2015.6.17. 청구법인에게 2010년～2014년 귀속 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하면서 대표이사 OOO에 대하여 2010년～2014년 귀속 상여처분 OOO원을, OOO에 대하여 2012년～2014년 귀속 상여처분 OOO원을 소득금액변동통지하였고, 처분청(OOO세무서장)은 2015.6.17. 2010년 제2기～2012년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였고 그 세부내역은 OOO와 같다.
다. 청구법인은 처분청의 고지 내용 중 ① 무상시술 매출누락, ② 협력병원 및 계열사 명의 매출신고, ③ 변호사 비용, ④ 투자유가증권 처분, ⑤ 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과의 거래 및 OOO에게 한 소득금액변동통지에 불복하여 2015.9.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 쟁점①과 관련하여
(1) 청구법인 주장
(가) 처분청이 수입금액 누락액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 산정하여 이에 따른 법인세 및 부가가치세를 경정하고 청구법인의 대표이사인 OOO에게 상여로 소득처분하였으나, 이를 상여로 처분할 근거가 명확하지 아니하고, 처분청이 산정한 수입금액 누락액 OOO원의 계산근거를 알지 못한다.
처분청이 산정한 수입금액 누락액은 고객으로부터 대가를 수취하지 아니한 무상시술 부분이고, 수취한 금액이 없어 사외유출될 금액 역시없으므로 이를 청구법인의 대표이사인OOO의 상여로 보아 소득처분한 것은 부당하다.
(나) 청구법인은 이미 검찰조사에서 매출누락에 대하여 무혐의로 불기소 결정을 받은 바 있다.
1) 처분청은 청구법인이 직영하는 OOO이 매출을 누락하는 방법으로 법인세 OOO원을 포탈하여 「조세범처벌법」을 위반하였다는 혐의로 청구법인의 대표이사 등을 검찰에 고발하였고, 이에 따른 검찰조사에서 매출누락 부분에 대하여 “혐의 없음” 결정을 받았다.
처분청이 청구법인의 매출누락 혐의에 대한 증거로 조세심판원에 제출한 자료들(OOO 수입금액 산정명세, 성형․미용 수입금액 산정명세, 일일내원 현황, Progress Note, 시술목록 및 시술내역 등 관련 증거서류 일체)은 검찰에 제출되어 검찰 수사과정에서 모두 검토가 이루어진 자료들로, OOO중앙지방검찰청은 처분청의 고발 내용만으로는 피의사실을 인정하기에 부족하다고 하여 청구법인의 매출누락을 통한 조세포탈에 대하여 “혐의 없음”으로 불기소 결정을 하였다.
(다) 매출누락에 대한 입증책임은 처분청에 있으나, 처분청은 매출누락과는 관련이 없는 정황적 사정이나 막연한 추정만을 나열하였을 뿐 구체적인 과세근거를 제시하지 못하고 있다.
1) 처분청은 장기간의 조사기간 동안 광범위한 금융거래 현장확인 조사를 실시하였으나 시술대가의 실제 수취 여부를 확인하지 못하였고, 3차례의 압수수색을 통하여 시술환자의 인적사항을 충분히 확인 가능하였음에도 무상시술을 받은 환자를 통해 실제 대가의 지급 여부 등을 조사․확인할 수 있었음에도 이를 확인하지 아니하였다.
처분청은 답변서에서 청구법인의 매출누락에 대한 근거로, ① 당사의 임상시험 실시 여부, ② 임상시험보고서의 진위 여부, ③ 객관적으로 확인되지 않는 퇴직자들의 진술(확인서 등 부존재), ④ 당사의 자료(일일내원현황, Progress Note, 시술목록 등) 등을 제시하고 있으나, 이들 중 어디에도 청구법인이 실제 시술대가를 수취하고 이를 신고하지 아니하였다는 사실을 확인할 수 있는 자료는 없으며, 법원 판례 등에서 매출누락에 대한 적법한 실지조사방법으로 인정하는 ① 금융기관 계좌에 입금된 금액, ② 차명계좌의 존재, ③ 거래상대방의 확인, ④ 납세의무자의 확인서 등 객관적이고 적법한 근거자료를 처분청은 제시하지 못하고 있다.
2) 처분청은 청구법인이 임상시험을 진행한 적이 없고 임상시험보고서의 내용 모두 거짓이라는 의견이나, 청구법인이 지속적으로 줄기세포 연구를 진행해오고 있고 실제로 확인 가능한 연구성과를 내고 있음은 명백한 사실이다.
가) ‘줄기세포와 관련한 연구 및 시술’은 신약개발을 위한 ‘임상시험’과는 달리 관련 「의료법」및 식품의약품안전처(이하 “식약처”라 한다)의 규정에 제한을 받지 않고 그 누구라도 자유롭게 실행할 수 있는 것임에도, 조사청은 청구법인이 식약처로부터 임상시험 승인을 받지 아니하였다고 하여 임상시험과는 성격을 달리하는 청구법인의 연구활동자체를 거짓으로 보았다.
나) 생명과학 기업인 청구법인은 OOO 연구 개발을 통한 차세대 산업 동력을 만들어 가고 있고 세계 최초 부작용 없는 OOO를 개발하였으며,OOO에 성공하였고 현재 OOO 분화 연구를 진행 중에 있으며, 청구법인의 ‘OOO’는 신약개발을 목적으로 행하여지는 ‘임상시험’과는 다른 것으로 이러한 연구․개발은 식약처의 승인을 받지 않아도 누구나 적법하게 할 수 있는 것이다.
따라서 식약처로부터 신약개발을 위한 임상시험의 승인을 받지 않았다고 하여 청구법인의 줄기세포 연구는 모두 거짓이라는 처분청의 주장은 ‘임상시험’과 ‘줄기세포 연구․개발’의 개념을 혼동한 것이라 생각된다.
3) 청구법인은 OOO부터 생명과학 연구개발을 해오고 있고 실제로 OOO과 같은 연구 성과가 있다.
가) OOO 특허를 등록 및 출원하였고, 그 중 OOO에 대한OOO의 특허를 국내를 포함한 OOO개국에 출원하였으며 이 중OOO이 국내 특허로 등록된 상태이다.
나) 국내 연구기관들은 물론이고 세계적인 다국적 기업들이 OOO에 관심을 가지고 OOO과 협력 연구 또는 협력 사업을 원하고 있으며 이는OOO과 같이 추진되고 있다.
① OOO
OOO
OOO
4) 처분청은 유료시술과 무료시술을 동시에 진행하는 것은 이치에 맞지 않다는 의견이나, 이 역시 처분청이 ‘임상시험’과 ‘줄기세포 관련 연구개발’의 개념 및 청구법인의 무료시술 사유 등에 대하여 오인하고 있는 것이다. 청구법인은 임상시험 단계에 있는 시술에 대하여 무료로 시술한 것이 아니라 줄기세포 연구 과정 중OOO와 같은 경우에 무상시술을 하고 있고, 그 구체적 사례는 OOO과 같다.
5) 청구법인이 제출한 사실확인서는 실제 시술환자들의 확인서임이 분명함에도 불구하고, 처분청은 해당 확인서의 진위여부에 대한 조사를 하지 않은 채 담합에 의해 허위로 작성된 것이라는 근거 없는 주장을 하고 있다. 무상시술을 받은 피시술자가 OOO에 달하는데 이들 모두가 담합을 한다는 것도 불가능하고, 피시술자의 인적사항 및 연락처가 확인되므로 사실확인서가 담합에 의한 것이라고 주장하는 처분청이 조사를 통하여 사실확인서의 진위 여부를 밝혀야 한다.
6) 처분청은 퇴직자들의 진술에 의존한 정황적 내용을 토대로 이 건 과세를 하였으나, 진술을 하였다고 하는 퇴직직원의 인적사항이 확인되지 않고, 확인서 또한 존재하지 않아 진술의 내용 및 진위 여부가 확인되지 않는다.
7) 처분청은 세무조사 당시 청구법인의 매출누락 수입금액이 OOO원이라고 판단하였으나, 만약 처분청의 주장대로 동 매출액이 실제로 청구법인의 매출액이었다면 청구법인은 오히려 OOO의 상장폐지 실질심사시 성장성 평가 자료에 위 매출액을 포함시켜 상장폐지를 막을 수 있었을 것이다.
청구법인 및 청구법인의 대주주인 OOO은 처분청이 매출누락으로 판단한 OOO원에 대한 조세절감 효과보다 상장유지에 따라 얻게 되는 이익이 훨씬 컸을 것이나 대가를 전혀 수취하지 않은 무료시술을 매출로 인식할 수 없는 것으로, 만약 청구법인이 이를 유료시술로 꾸며 청구법인의 매출액에 포함시켰다면 오히려 한국증권거래소가 공시의무 위반 및 시장교란행위 등에 해당함을 이유로 청구법인에 대한 제제 및 처벌을 요청하였을 것이다.
(라) 처분청이 매출누락으로 결정한OOO원의 산정과정에 문제가 있다.
1) 처분청은 청구법인이 OOO 시술 과정에서 대가를 수취하였음에도 이를 무료시술로 위장하여 매출을 누락하였다고 주장하면서, ‘OOO’를 토대로 무료시술의 건당 가격을 일률적으로 OOO원으로 산정하여 매출누락액을 계산하였다.
그러나, OOO 시술 수가표 상의 금액은 해외 에이전시가 피시술자에게 제시하는 가격으로서 에이전트 수수료 및 부대비용 등이 포함되어 있는 가격이므로, 청구법인 측에서 최종적으로 수취하는 대금과는 큰차이가 있다. 만약, 위 OOO 시술 수가표의 가격이 청구법인이 최종적으로 수취하는 대금이라면 유상시술을 한 경우 건당 OOO원의 금액이 입금되었어야 할 것이나, 대부분의 유상시술은 위 OOO 시술 수가표의 가격보다 낮은 가격으로 시술이 이루어졌던바, 상담시 시술 부위와 투여량, 환자 및 질병의 상태 등에 따라 시술가액이 달라지기 때문에 일률적인 정가라는 것은 존재하지 않는다는 것을 알 수 있다.
(2) 처분청 의견
(가) 청구법인은 OOO 시술 수입금액 신고누락에 대하여 연구목적의 무료 임상시술이라고 주장하나, 청구법인에서 임상시험을 한 사실이 없으므로 청구법인의 주장은 거짓이다.
1) 청구법인은 OOO 시술과 관련된 연구를 진행하지 아니하였다.
OOO 산하 연구소의 줄기세포 관련 연구는 줄기세포를 이용하여 사람의 조직을 만드는 방향으로 진행되었고, 줄기세포 시술과 관련된 연구를 한 것이 아니다. 줄기세포 시술과 관련하여 연구소에서는 사전에 정해진 과정을 거쳐 줄기세포를 단순 생산하고 있는 것으로, 줄기세포의 생산과정은 OOO와 같다.
청구법인은 처음부터 줄기세포를 생산하여 시술한 것이 아니라 OOO으로부터 구입하여 시술하다가, 「제대혈 관리 및 연구에 관한 법률」이 2011.7.1. 시행되어 제대혈줄기세포 매매가 불법이 된 이후 제대줄기세포를 자체 생산하여 시술하고 있다.
줄기세포치료제를 임상시험하려면 식약처로부터 임상시험계획을 승인받고 식약처로부터 지정받은 임상시험실시기관에 의뢰하여 실시하여야 하고, 「약사법」제34조에 따라 임상시험성적서 등을 작성․발급․기록․보관하여야 함에도 청구법인은 임상시험의 1단계인 임상시험계획 조차도 승인을 받지 아니하였으므로 임상연구를 진행하였다는 청구법인의 주장은 거짓이다.
한편, 청구법인의 줄기세포 시술사업에서 핵심 역할을 하는 OOO 등은 청구법인이 임상시험 명세를 가지고 있지 않고, 임상시험 명세를 작성하기 위해서는 병원 및 연구소의 자료를 종합하여 작성하여야 하며, 블라인드 테스트인 점 등에 따라 그 작성에 어려움이 있으므로 임상시험 명세를 작성하기 위해서는 2개월에서 3개월 정도의 시간이 필요하다고 진술하였음에도 임상시험 명세조차 작성되어 있지 않았다는 것은 임상시험 자체가 없었다는 사실을 반증하는 것이다.
2) 유료 및 무료 임상시술을 동시에 진행하였다는 주장은 이치에 맞지 않고, 청구법인은 유료시술과 무료 임상시술을 구분하는 기준이 없다.
청구법인은 처분청이 적출한 시술 건은 모두 무료 임상시술로 유료시술 건은 빠짐없이 신고하였다고 주장하나, 청구주장과 같이 줄기세포 시술이 임상시험 단계라면 임상시험 대상자가 아닌 일반 환자에게 유료시술을 한다는 것은 이치에 맞지 않는다.
한편 청구법인의 줄기세포 시술사업에서 핵심 역할을 하는OOO 등이 유료시술과 무료시술의 구분기준에 대한 질문에 대하여 “유명인또는 지인은 무료로 시술한다”고 답하는 등 명확한 답변을 하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인은 임상연구 자체를 한 일이 없고 유료시술과 무료시술 간의 구분 기준도 당연히 없다 할 것이다.
3) 청구법인이 무료시술 입증자료라 주장하며 제출한 임상시험보고서는 거짓 보고서이다.
가) 청구법인이 임상시험 관련 자료라며 2015.5.11. 제출한 ‘임상시험보고서’를 청구법인의 前 연구소장인 OOO에게 검토․확인을 의뢰한바, 임상시험보고서의 내용이 위키백과사전에 나오는 기초적인 수준에 불과하고, 임상시험자와 임상기간, 의견란 등이 구체적 내용 없는 공백인 점 등에 비추어 거짓 보고서라고 단정한 바 있다.
나) 청구법인이 제출한 임상시험보고서를 검토한 바 다음과 같은 문제가 있어 이를 신뢰할 수 없고, 조세의 부과를 회피하기 위하여 조사기간 중에 허위로 작성한 것으로 판단하여 임상시험보고서가 최근에 작성된 허위보고서인지를 확인하기 위해 임상시험보고서의 원본 제출을 요구하였으나 청구법인은 이에 응하지 아니하였다.
① 통풍, 척추협착증의 경우 2주에 한번 줄기세포를 투약하여 그 효능을 관찰하였다고 기술하였으나 시험기간이 2주 미만인 점, ② 보고서상 연구시기는 2010․2011년이나 연구기관(OOO)은 2012년에 설립되었고 연구자(OOO)도 2012년부터 근무한 점, ③ 성장장애의 경우 OOO를 표절한 점, ④ 상이한 질병에 대한 연구임에도 불구하고 시험 참가 및 배제조건이 동일하며 결과 평가 방법 및 그 결론이 3건의 보고서 모두 완벽히 같아 자료의 신뢰성이 없는 점 등
4) 무료로 시술받았다는 시술환자의 사실확인서만으로 무료시술이라는 주장을 인정할 수 없다.
청구법인은 조사기간 중에는 자료요구에 불응하는 등 소극적으로 대응하다가 조사 마무리 시점에 일부 시술환자들로부터 ‘무상시험으로 참가하여 대가를 지급하지 않았다’라는 사실확인서를 제출하면서 해당 시술 건은 무료 임상시술이라고 주장하였으나, 청구법인이 임상시험을 하지 아니한 것으로 보이고, 허위로 작성한 것으로 보이는 임상시험보고서를 제출한 사실로 보아 위 사실확인서만을 근거로 해당 시술 건이 무료 임상시술이라는 청구주장을 인정하기는 어렵다.
5) 청구법인은 수입금액 자료를 철저하게 파기․은폐․은닉하였다.
퇴직한 직원들의 진술에 의하면, 청구법인은 줄기세포시술 자료를 적극 은닉하였고, 특히 2013년 이후에는 OOO가 내부보고 자료를 전산으로 작성하지 말고 서면 작성하여 보고하도록 하였으며, 해외환자가 요구한 입금확인증 등 입금관련 증빙은 전자메일 등으로 송부한 후 즉시 원본자료를 파기하도록 지시한 사실이 확인된다.
나아가 OOO은 줄기세포 시술을 하고도 진료기록부를 작성하지 않았다고 진술하였는데 이는 진료기록부를 의무적으로 작성하도록 한 「의료법」규정을 정면으로 위반한 것으로, 이러한 불법행위를 한 이유는 진료수입금액을 현금으로 수령하고 이를 신고누락한 것을 은폐하기위한 것으로 판단된다.
6) 청구법인은 현금 수입금액을 은닉하기 위하여 불법행위를 하였고, 해외 차명계좌를 이용하여 수입금액을 은폐한 혐의가 있다.
퇴직자들의 진술에 의하면, 청구법인은 줄기세포치료제 진료 및 시술대금을 철저히 현금으로 수취하였고, 특히 중국인이 중국에서 선결제하면 이를 환치기 수법으로 국내반입하였으며, 국내 카드결제 시에는 카드깡업자를 불러 현금화 하였고, 시술대금으로 수취한 현금을 사주 소유의 차량에 운반하여 회장 자택에 보관하였다고 진술하였다.
사주와 줄기세포치료제 관련 핵심인물인 해외영업팀장 등은 중국에 직접 출장하여 중국환자들을 시술상담하고 있고, 동 시술대금을 해외업업팀장 명의의 중국현지 예금계좌 2개 및 중국인 명의 계좌 4개로 수취한 혐의가 있어 6개의 해외계좌에 대한 거래명세서 제출을 요구하였으나 청구법인은 전혀 관련 없는 계좌라 주장하며 거래명세서 제출을 거부하였다.
7) 청구법인은 검찰조사에서 매출누락에 대하여 무혐의로 불기소 결정을 받은바 있다고 주장하나,
청구법인 등에 대한 수사기관의 불기소 처분 결정은 매출누락에 의한 조세포탈의 사실이 없었다는 인정으로 「조세범처벌법」위반에 대한 무혐의가 아니며 단지, 증거불충분으로 「조세범처벌법」위반 중 「특정범죄가중처벌 등에 관한 법률」위반으로 기소하지 못한다는 수사종결에 불과하다.
8) 청구법인 및 각 법인들이 2010년부터 2014년까지 건별로 OOO원을 입금 받아 OOO의 가수금 또는 관계사 차입금으로 처리하였는데 이는 현금으로 수령하여 보관하던 줄기세포 시술대금 등을 입금한 것으로 보인다.
고액의 자금거래를 위하여 계좌이체, 수표사용 등 보다 편리한 금융거래 방법이 있음에도 “현금” OOO원을 법인계좌로 입금한 사실은 그 자체로 탈세 등의 혐의가 있는 것이다. 청구법인의 소속 법인들은 명목상으로 여러 상호를 가지고 있으나 실질적으로는 하나의 회사이므로 자금 관리 주체가 모두 같기 때문에 자금이 지출될 계좌에 현금을 입금하는 것이 편리한데도 다른 계좌를 거쳐 거래하는 경우가 빈번한데 이는 입금된 현금의 성격이 불투명한 것이기 때문에 이를 숨기기 위한 것으로 보인다.
청구법인이 급여 및 임대료 등의 자금이 필요한 경우 그 직전에 현금이 입금되어 이를 지급하고 있는바, 이는 청구법인에서 자금이 필요한 때에 OOO가 보관하던 현금이 입금되어 청구법인의 경비로 사용되고 있는 것이라 할 것이다.
(나) 처분청은 부득이 조사기간 중에 확보한 자료를 근거로 다음와 같이 신고누락 수입금액 OOO을 산정하였다.
1) 줄기세포 시술 신고누락 수입금액은OOO원이다.
가) 줄기세포 시술 횟수는 OOO와 같이 일일내원현황, 프로그레스 노트, 시술목록, STC 시술/수술 환자현황, 시술목록 등을 근거로 중복되는 건을 제외하여 OOO와 같이 총 OOO건으로 산정하였다. 자료의 종류별로 모든 기간의 자료를 확보하지 못하여 자료별로 시술 건수가 있는 연도와 없는 연도가 있으나, 처분청이 확보한 자료만을 근거로 시술 횟수를 산정하였으므로 처분청이 산정한 시술 횟수는 실제 시술 횟수 보다 적다 할 것이다.
나) 시술가액이 확인되는 시술 건은 그 금액을 수입금액으로 산정하고, 그 외에 건별로 시술 수입금액이 확인되지 않는 시술 건은 시술내용에 따라 청구법인의 시술가격표를 적용하여 시술 수입금액을 산정하였으며, 전체 시술 수입금액 합계는 OOO원(공급대가)이다.
다) 산정한 시술 수입금액에서 청구법인(계열사 포함)이 신고한 수입금액을 차감하여 산정한 순 신고누락 수입금액은 OOO원이다.
2) 미용 시술 신고누락 수입금액은 OOO원이다.
가) 일일내원현황과 스킨케어 차트 및 위장의원의 신고내용을 근거로 중복횟수를 제외하여 산정한 미용시술 횟수는 OOO건이다.
나) 시술가액이 확인되는 시술 건은 그 금액을 수입금액으로 산정하고, 그 외에 건별로 시술 수입금액이 확인되지 않는 시술 건은 시술내용에 따라 청구법인의 시술가격표를 적용하여 미용시술 수입금액을 OOO원(공급대가)으로 산정하였다.
다) 위와 같이 산정한 시술 수입금액에서 청구법인(명의위장의원 포함)이 신고한 수입금액을 차감하여 산정한 순 신고누락 수입금액은 OOO원이다.
나. 쟁점②와 관련하여
(1) 청구법인 주장
(가) 청구법인과 OOO 간의 거래가 실거래인지 여부
1) 사업구조는 개별 사업자가 경영상의 판단에 의해 선택하는 것이다.
가) 청구법인은 OOO로 인지도에 큰 타격을 입은 후 청구법인을 청산하고 새로운 법인으로 영업을 할 수도 있었으나, 주주들이 상장폐지 당시부터 현재까지도 재상장을 요구하고 있어 청구법인은 이러한 주주들의 이익을 보호하기 위하여 존속하고 있는 상태이다.
나) 청구법인은 2007.8.1. 화장품, 식품, 의약외품을 제조하는 OOO와 독점 판매계약을 체결하여 OOO의 제품에 관한 독점 판매권을 취득하였고, 이에 OOO의 제품을 공급받아 소비자에게 판매하는 방식으로 영업을 하였다. 그러던 중 OOO의 약속어음 관련 사기 행위로 OOO가 2011년 8월 부도되었고, OOO의 화장품, 건강식품 등을 독점 판매하는 청구법인이 OOO 상장폐지 되었다.
이에 두 회사의 대외 신용도가 하락하고, 기존 영업망 유지 및 신규 영업망 확보에 어려움이 발생하여 매출이 하락하였으며 사채업자들이 재산을 압류하는 등 생존의 위기에 몰리게 되었다. 이에 청구법인의 상호로는 영업활동이 불가능하여 OOO와 기존법인이 적극적으로 영업을 하게 되었다.
2012년 9월부터 기존에 방문판매 영업을 한 경험이 있는 OOO을 통하여 제품을 판매함과 동시에 OOOC를 설립하여 2013년 5월부터 청구법인이 OOO로부터 제품을 공급받아 이를 OOO가 최종소비자 및 총판에 제품을 판매하는 방법으로 거래 구조를 변경하였다. 이에 따라 OOO는 유통 및 판매 담당에 따른 이익을, 청구법인은 독점판매권에 상응하는 이익을 가지게 되었다.
2) 청구법인과 각 법인들은 OOO가 생산한 제품을 거래하고 있다.
가) 청구법인과 OOO가 2007.8.1. 체결한 독점판매계약에 따르면, OOO는 생산하는 제품 및 상품을 청구법인에게 독점적으로 공급하여야 하고 계약은 5년간 유효하며 별도의 계약해지나 통보가 없는 한 1년씩 자동 연장되는바, OOO 등이 고객에게 OOO의 제품을 판매하기 위해서는 청구법인으로부터 해당 제품을 매입하여야 한다.
나) OOO 등은 OOO의 제품을 청구법인으로부터 매입하여 개별 판로를 통해 각자의 고객에게 판매하고 각자의 계산으로 대금을 수수하여 제세를 신고․납부하였다.
다) 많은 거래에 있어서 재화의 실물이 거래단계를 따라 반드시 이동하여야 하는 것은 아닌 것으로, 중간 도매상, 총판 등의 경우 재화에 대한 소유권은 보유하나 재화 자체를 점유하지 않는 경우가 상당하다.
3) OOO를 비롯한 각 법인과 청구법인은 줄기세포 연구, 줄기세포제품 판매 및 시술, 미용제품 판매 및 시술, 건강식품의 판매, 대인판매, 텔레마케팅 등 제품 및 업무의 특성별로, 경영상의 필요에 의하여 영업이 구분되나, 아직 사업이 활성화 되지 않아 필수적인 조직 및 인원을 공유하는 형태로 운영되고 있다.
각 법인 간에 공통으로 발생한 경비를 배분하여 부담하지 않은 점은 각 청구법인의 과세소득 계산상 문제가 있을 수 있으나, ① OOO와 청구법인 간의 독점판매계약 관계, ② 각 법인별로 구분되는 고객 및 영업형태, ③ 최종소비자에게 재화가 실제 인도된 사실, ④ 각자의 계산으로 대금을 수수한 점, ⑤ 해당 거래에 있어 조세회피 목적이 없음이 확인되는 이상 해당거래는 실제 재화의 공급에 따른 거래로 가공의 거래가 아니다 할 것이다.
(나) OOO 원장이 직접 개원하고, 직접 진료 및 시술활동을 한 의원으로 청구법인의 명의위장 사업장이 아니다.
OOO가 지속적으로 진행 중인 줄기세포 연구 및 개발에 있어 줄기세포에 대한 이해와 지식을 보유함과 동시에 연구와 치료를 할 수 있는 의료인이 반드시 필요하여 OOO 원장이 운영하는 OOO과 협력하였고, OOO 원장에게 연구비를 지원하였다.
OOO 원장은 줄기세포 공동연구자로서 OOO에 있어 공동발명자로 등재되었고, 현재도 OOO에서 직접 유․무상의 줄기세포 시술을 행하고 있다. 또한 검찰은 OOO에 대하여 명의대여로 인한 조세범처벌법위반에 대하여 불기소처분을 내린 바 있다.
(2) 처분청 의견
(가) OOO의 매출․매입을 청구법인에게 귀속시킨 처분은 다음과 같은 점에서 정당하다.
1) OOO의 판매․영업직원이 없는 점(특히 OOO은 2011년 3월부터 2013년 9월까지 급여를 받은 직원이 없고, 대표자도 급여를 지급받은 사실이 없음)으로 보아 이들 법인은 상품을 매입하여 판매할 수 없는 가공의 업체이다.
가) OOO의 조직도 및 비상연락 체계도상 국내영업을 담당하는 직원들이 소속회사의 표기 없이 국내영업팀 소속하에 있는 것으로 되어 있어 근로소득세 신고내용으로 이들의 소속을 확인한바, OOO 소속 국내영업직원은 법인설립 시(OOO)부터 현재까지 없고, OOO은 2010년에는 영업직원이 있었으나 2011년 이후에는 없는 것으로 나타난다.
나) OOO은 현재 OOO의 대표를 겸임하고 있으나 OOO으로부터 급여를 받은 사실이 없고,OOO에서도 2011년 12월까지 급여를 받았고 그 이후에는 받지 아니한 것으로 나타난다.
2) OOO의 물류창고나 보관시설이 독립적으로 설치되어 있지 않고, 제조 생산업체인 OOO의 제조공장에서 청구법인의 소속 직원의 지시에 따라OOO소속의 물류관리 직원이 제품을 관리하고 있다.
가) OOO의 제조공장이 있는 ‘OOO’에 OOO 및 청구법인의 물류 창고가 있고 그 한 쪽에 OOO의 상품이 구분되어 있다고 주장하나, 외관상 구분되지 아니하고OOO 소속 물류 담당직원이 모든 업무를 담당하며 OOO 소속 직원은 없는 것으로 확인된다. 또한 OOO사무실을 OOO들이 혼재하여 사용하고 있어 OOO가 실제 사용하는 사무실이 어디인지, 진열된 화장품 등이 누구 소유인지 등을 알 수 없고 OOO 소속의 물류 담당직원도 없다.
나) 청구법인과 OOO의 경영지원팀 소속인 OOO에 의해 세금계산서만 수수(OOO 및 산하 병원까지 모두 세금계산서 발행업무 및 회계․자금관리 등의 전반적인 관리업무를 OOO에서 담당)하였을 뿐 재화의 이동 및 소유구분이 명백하지 아니하고, 서류상으로만 매출․매입을 관리하고 있는 것으로 보인다.
3) 관련 세금계산서 교부 및 수취, 자금관리 등을 모두 청구법인 소속 경영지원팀에서 일괄 수행하고 있다.
OOO(병원 포함)은 회사별 조직이 아닌 업무영역별 조직으로 구분되어 있어 사무실 공간도 회사별로 구분되지 아니하고, 이에 직원들도 담당영역별로 업무를 수행하고 있다. 즉 경영지원팀 직원은 병원을 포함한 그룹 전체의 자금과 회계를 관리하고, 영업팀 직원은 그룹사 전체의 영업업무를 담당하는 방식이다.
4) 청구법인은 부실한 OOO의 예금압류를 회피하고 그룹자금의 원활한 운영을 위하여 OOO에게 실거래 없이 세금계산서를 교부하였다.
청구법인은OOO 상장폐지가 되어 신용도가 하락하여 채권자들이 예금압류 등을 함에 따라 OOO의 기존법인들 명의로는 자금거래가 어려워지자 휴면상태인 OOO) 명의를 통하여 최종 매출을 일으켜 매출대금을 수납한 후 OOO 직원의 급여 및 매입대금 등을 지급하였음이 청구법인의 OOO에서 확인된다.
(나) OOO명의로 개설된 의원의 매출과 매입을 청구법인에게 귀속시킨 처분은 다음과 같은 점에서 정당하다.
1) OOO에서 작성한 조직도 및 비상연락망에는 의원이 OOO 산하의 병원으로 표기되어 있다.
조사착수시에 확보한 자료(2009.2.2. 이후 작성된 조직도 및 비상연락망)에 따르면, OOO 등 다른 부서와 마찬가지로 (OOO를 정점으로 그 하부에 있는 부서로 표기되어 있다. OOO는 줄기세포시술사업을 미래 성장사업으로 인식하여 2006.12.13. 청구법인의 부업종으로 의약품 도매를 추가한 후 2010.9.16. 주업종을 줄기세포치료제 제조업으로 변경하는 등 의료사업을 추진하고 실제 줄기세포시술 수입금액을 신고한 바 있다.
2) 의원의 수입금, 의사 및 간호사의 급여이체, 의약품 등 비용 지출 등의 자금관리를 청구법인 소속의 경영지원팀 직원들이 하였다.
의원의 간호사들에 대한 급여를 청구법인이 지급하였고, 급여지급일도 OOO의 지급일과 같으며, OOO 전체에 대한 자금관리뿐만 아니라 병원의 자금관리까지 한 사실이 ‘일일자금입출금내역’에 나타나고, OOO이 병원의 수입금액 등을 전반적으로 관리한다고 진술(2015.3.10. 진술서)하였으며, OOO에서 병원의 수입 및 비용을 관리하고 있음이 병원의 사업용 계좌에 의하여 확인된다.
3) 명의의사들은 OOO의 의사모집 공고를 보고 회장 등 OOO 직원과 면담을 거쳐 개원하였고, 병원 인테리어나 의료시설에 대한 투자 없이 OOO에서 기 투자한 시설 등을 무료로 사용하였다고 진술하였고, 명의의사 중 한명인 OOO은 명의대여에 따른 처분청의 통고처분을 이행한 바 있다.
가) OOO을 취득하여 OOO 사옥으로 사용하던 중 2007년 12월 지하1층～지상 3층을 리모델링하여 의원으로 용도변경하였고, OOO은 병원시설 및 의료기기를 갖추어 광고 등을 통하여 모집한 의사를 고용하여 이들로 하여금 피부관리 및 줄기세포시술 등의 의료행위를 하도록 하였다.
나) OOO에서 의료업으로 사업자등록을 낸 OOO의 의사모집 공고내용을 보고 OOO담당자와 면담을 걸친 후 OOO 측이 제시한 조건(임대보증금과 임대료도 없고 기존 시설 무료사용 등)이 좋아 OOO에서 개원했으며, 이에 따라 보증금과 임대료 없이 병원시설을 무료 이용하였다고 진술하였다.
다) 처분청은 명의대여 기간이 길고 기소기간이 남아 있는 OOO에게 사업장 명의대여에 따른 통고처분을 하였고, OOO원을 납부함으로써, 명의대여 사실을 인정한 반면 OOO는 명의대여가 확실함에도 명의대여 사실을 부인하면서 이를 납부하지 아니하였다.
4) OOO은 청구법인과 연봉계약을 체결하였고, OOO도 연봉으로 매월 정액을 급여로 수령한 사실이 확인된다.
가) OOO, 청구법인 및 OOO이 2010.10.27. 작성한 합의서를 보면, OOO은 OOO의 병원임대료를 청구법인에게 청구하되 OOO은 아무 책임이 없는 것으로 되어 있고, OOO은 OOO 대표원장으로 재직하며 월급은 청구법인이OOO원(세후)을 지급하고 병원운영 전반에 대하여 청구법인이 책임지는 것으로 되어 있다.
나) OOO 역시 OOO 산하의 의원의 원장으로서 연봉 OOO의 급여를 받고 있는 사실이 OOO의 전산자료(급여내역서) 및 OOO의 전산자료(일일자금입출금내역)에 의하여 확인된다.
5) 병원의 손실을 OOO에서 모두 부담하고 있고, 명의 의사들은 그 손실분에 대하여 독촉을 받거나 책임을 진 사실이 없다.
OOO 측에서 본인의 의사와 달리 고용의사로 취급하여 1개월 만에 폐업 신고하였고, OOO도 병원의 손실분에 대해 본인 자금을 투입한 적이 없고, OOO이 부담한 자금에 대하여 독촉 받은 사실도 없으며 상환의무도 없다고 진술하였다.
6) 환자모집 및 상담, 홍보 등을 OOO의 회장 겸 대표자 또는 청구법인 소속 해외사업팀 직원이 주도적으로 하였고, 병원에서 줄기세포 시술을 하였음에도 수입금액을 병원에 계상하지 아니하고 청구법인 등 OOO의 수입금액으로 계상하였다.
7) 의사나 간호사 등 모집공고를 청구법인 소속 직원이 하였다.
8) 병원 소개 자료에 OOO 또는 청구법인 로그가 표기되어 있고, OOO 등의 명함에도 병원의 로고가 표기되어 있다.
OOO와 청구법인 해외영업 팀장인 OOO의 명함에는 청구법인과 OOO이 같이 표기되어 있고, OOO의 명함에도 청구법인의 홈페이지와 이메일 주소가 표기되어 있으며, 청구법인에서 제작한 OOO 소개 자료에 OOO 로고가 표기되어 있다.
다. 쟁점③과 관련하여
(1) 청구법인 주장
(가) 처분청은 청구법인이 보유하던 OOO로 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 OOO에 위장 양도한 것으로 실제 양도가 없었던 것으로 보았으나,
청구법인은 쟁점주식을 OOO에 양도하고 그 대가로 OOO원을 실제 수령하였고, OOO은 쟁점주식을 자산으로 계상하고 있으며, OOO의 주주총회 등에 참석하여 주주로서의 권리를 행사하고 있다. 쟁점주식은 청구법인이 양도하여 실질적 권리․의무가 OOO에 이전되어 청구법인의 자산이 아니다.
(2) 처분청 의견
(가) 청구법인은 보유하던 쟁점주식을 OOO에게 실제로 양도하였다고 주장하나,
① OOO이 쟁점주식을 취득할 이유 및 취득능력이 없었던 것으로 보이는 점, ② OOO의 대표이사인 OOO은 주식매매계약서, 주식평가서, 자금증빙 등 쟁점주식 매매와 관련한 서류 일체를 보유하고 있지 않은 점, ③ OOO이 사채업자 OOO를 통해 매매자금을 융통하고 OOO관계사인 OOO에게 차입금이자를 지급한 점, ④ 청구법인 대표이사 OOO는 2001년경부터 2011년 3월경까지 OOO의 대표이사로 재직하였고 쟁점주식이 OOO에 100% 양도가 되었음에도 현재까지 실질적인 대표로서 권한을 행사하고 있는 점, ⑤ OOO가 위 거래와 관련하여 2013년 10월 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 위반으로 OOO지방법원 OOO으로부터 처벌을 받은 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주식을 OOO에게 실제로 양도하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
청구법인은 2010년 국제회계기준(IFRS)를 도입하는 과정에서 회계감사 시 연결재무제표 작성 대상인 쟁점주식을 처분하지 않으면 감사인의 ‘적정’ 의견을 받을 수 없다는 사실에 경영컨설팅 등의 업무로 평소 친분관계에 있던 OOO에 쟁점주식 전부를 양도하는 것처럼 허위매매계약을 체결하고 거짓 금융증빙을 만들었으며 이를 숨기기 위해 장부를 조작하는 등의 부정한 행위를 하였다.
라. 쟁점④와 관련하여
(1) 청구법인 주장
처분청이 부인한 변호사 수수료는 청구법인의 민․형사상 분쟁과 관련한 소송수행에 대한 것으로써 청구법인의 손금에 해당하므로 청구법인의 대표이사 OOO에 대한 상여처분 대상이 아니다.
(2) 처분청 의견
처분청이 부인한 변호사 수수료는 청구법인의 민․형사상 분쟁과 관련한 소송수행에 대한 것으로서 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나, 이는 OOO 개인의 소송비용에 해당하므로 각 사업연도소득금액 계산시 이를 손금불산입하고 OOO에게 상여 처분한 것은 정당하다.
마. 쟁점⑤와 관련하여
(1) 청구법인 주장
OOO은 청구법인이 OOO에서 자체적으로 줄기세포를 생산할 때까지 계속 거래를 한 줄기세포 거래처로, 처분청이 가공거래로 본 거래는 재화(줄기세포)를 실제 공급받은 거래로서 가공거래가 아니다.
(2) 처분청 의견
청구법인은 OOO에서 줄기세포를 실제 매입하였다고 주장하나,
① 청구법인은 OOO으로부터 2008.7.31. 독점판매권을 OOO원에 취득하고 그 효력은 계약 즉시 발생한다고 계약을 체결하였고, 법원소송과정에서 청구법인이 발행한 세금계산서 중 OOO원은 줄기세포의 공급과 관련 없이 교부된 세금계산서임을 주장한 점, ② 법원판결문에서 지급총액 OOO원 중 물품을 공급받지 못한 금액이 OOO원을 초과한다고 판결한 점, ③ 독점판매권도 「부가가치세법」상 재화의 공급에 해당하므로 공급시기에 세금계산서를 수수하여야 하는 점 등에 비추어 청구법인이 줄기세포를 공급받은 바 없이 수취한 세금계산서 OOO원은 독점판매권이라는 재화를 취득한 것으로 하여 세금계산서를 수취하였어야 할 것으로, 독점판매권의 공급시기인 효력발생일(2008.7.31.) 이후 교부한 세금계산서로 제척기간이 아직 경과하지 아니한 OOO원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.
바. 쟁점⑥과 관련하여
(1) 청구법인 주장
처분청은 무상시술에 대한 매출누락 및 투자유가증권 양도와 관련하여 부당과세신고가산세를 적용하였으나, 청구법인은 법인세 및 제세를 신고․납부함에 있어 이중장부․허위증빙 등을 작성한 사실이 없고, 장부를 파기하는 등의 조세포탈을 목적으로 한 사기 그 밖의 부정한 행위를 한 사실이 없으므로 부당과소신고 가산세 적용은 위법하다.
(2) 처분청 의견
청구법인은 사기 그 밖의 부정한 행위를 한 사실이 없음에도 처분청이 쟁점①․②․③에 대하여 부당과소신고 가산세를 적용한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,
① 청구법인은 OOO 의원을 실질적으로 운영하면서 고용의사 명의로 사업자등록을 하고, 시술대가를 현금으로 수취하여 이를 은닉하기 위하여 카드깡 또는 차명계좌를 사용하는 등의 불법행위를 하였으며, 임상시험을 하지 않았음에도 거짓으로 작성된 임상보고서를 조사청에 제출한 점, ② 청구법인이 OOO에 쟁점주식을 양도하는 것처럼 거짓매매계약서를 체결하고 거짓 금융증빙을 만들었으며, 이를 숨기기 위하여 장부를 조작한 후 관계사 지분법투자주식 감액손실 및 처분손실로 처리한 점 등은 「국세기본법」에서 정하는 사기 기타 그 밖의 부정한 행위에 해당하므로 이에 대하여 부당과소 신고가산세를 적용하는 것은 정당하다.
사. 쟁점⑦과 관련하여
(1) 청구법인 주장
처분청이 청구법인의 법인세를 경정함에 있어 전기 사업연도에 대하여 유보로 처분한 전기말 유보 잔액을 차기 세무조정에 대한 유보소득 계산 시 기초 잔액에 반영하지 않아 2011년 사업연도 이후 청구법인의 세무상 자본금 및 잉여금 잔액이 왜곡되었다.
(2) 처분청 의견
자본금과 적립금조정명세서(을)표 상의 기초잔액에 전기말잔액이 반영되지 아니한 부분은 청구세액과는 무관한 사항으로 직권시정할 예정이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 고객으로부터 시술대가를 수취하였는지 여부
② 관계사 OOO이 청구법인의 명의위장사업장인지 여부
③ 청구법인이 투자유가증권을 실제 양도하였는지 여부
④ 변호사수수료가 사주의 개인적인 소송비용인지 여부
⑤ 주식회사 OOO과의 거래가 실거래인지 여부
⑥ 쟁점①～③에 대하여 부당과소신고 가산세를 적용한 처분의 당부
⑦ 세무상 자본금과 잉여금 잔액이 왜곡되었는지 여부
나. 관련법령
(1) 쟁점① 관련
(가) 법인세법
제15조 【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(순자산)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
제67조【소득처분】
제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)․배당․기타사외유출(其他社外流出)․사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
(나) 법인세법 시행령
제11조【수익의 범위】
법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액․판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 참작하여 기획재정부령이 정하는 이자율(이하 “정기예금이자율”이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
2. 자산의 양도금액
2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액
3. 자산의 임대료
4. 자산의 평가차익
5. 무상으로 받은 자산의 가액
6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)
7. 손금에 산입한 금액중 환입된 금액
8. 이익처분에 의하지 아니하고 손금으로 계상된 적립금액
9. 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익
9의2. 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 “가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.
가. 제87조 제1항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한
가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)
나. 제87조 제1항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자
10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
제106조【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
(2) 쟁점② 관련
(가) 법인세법
제4조【실질과세】
① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
(나) 부가가치세법 제5조【등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.
② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다.
③ 제1항에 따라 등록한 사업자가 사업자 단위로 등록하려면 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 등록하여야 한다.
제16조【세금계산서】
① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항
(다) 조세범 처벌법
제11조【명의대여행위 등】
① 조세의 회피 또는 강제집행의 면탈을 목적으로 타인의 성명을 사용하여 사업자등록을 한 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
② 조세의 회피 또는 강제집행의 면탈을 목적으로 자신의 성명을 사용하여 타인에게 사업자등록을 할 것을 허락한 자는 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처한다.
(라) 의료법
제33조【개설 등】
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원․병원․요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원․요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.
1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사
2. 국가나 지방자치단체
3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인”이라 한다)
4. 「민법」이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인
5. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관, 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원, 「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단
(3) 쟁점③․④ 관련
(가) 국세기본법
제16조【근거과세】
① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사․결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것일 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
(나) 법인세법
제4조【실질과세】
① 자산이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
제19조【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(손비)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
(4) 쟁점⑤ 관련
(가) 부가가치세법
제17조【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액
2. 제16조 제1항․제2항․제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호로부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액
(5) 쟁점⑥ 관련
(가) 국세기본법
제47조【가산세 부과】
① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.
③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
① 납세자(「부가가치세법」제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고가산세액”이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 “부당과소신고수입금액”이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.
2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 뺀 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액
(나) 조세범처벌법
⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 「조세특례제한법」제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①과 관련한 사실관계는 다음과 같다.
(가) 처분청은 2010～2014년 기간 동안 줄기세포시술의 근거자료와 시술내역(성명, 시술일, 시술세부사항, 시술가액, 근거자료 등)이 기재된 줄기세표 수입금액 산정명세를 제출하였고, 동 자료에서 확인되는 총 시술횟수는 OOO건, 총수입금액은 OOO원이다.
(나) 처분청은 2012～2014년 기간 동안 성형․미용시술의 근거자료와 시술내역(성명, 시술일, 시술항목, 시술가액, 근거자료 등)이 기재된 성형․미용 수입금액 산정명세를 제출하였고, 동 자료에서 확인되는 총 시술횟수는OOO건, 총수입금액은 OOO원이다.
(다) 처분청은 수입금액 산정에 대한 근거자료로 일일내원 현황(2012～2014년), Progress Note, 시술목록 및 시술내역(2010～2012년), 줄기세표 처리내역서(2010～2012년), OOO, 스킨케어 차트(2012～2014년), 시술내역서(2013년),OOO 환자 진료진단서, 검사결과보고서(2012～2013년), 중국 출장 스케줄, OOO시술가격표 등을 제출하였다.
(라) OOO의 연구소 소장으로 근무하였던 OOO이 2015.5.15. 작성한 참고인 심문조서의 주요 내용은 OOO과 같다.
(마) 청구법인은 2017.9.19. 개최된 조세심판관회의(2차)에 참석하여, “청구법인 등에 대한 세무조사 기간(2015.2.12.～2015.5.20.)이 종료될 즈음인 2015.5.15. 매출누락으로 산정된 무료시술자 등에 대한 소명을 하기 위하여 조사기간의 연장을 요청하였으나, 조사청에서 이를 받아들이지 아니하여 소명기회를 갖지 못한 바 있다”는 진술을 하였고, 2015.5.15. 조사청에 제출한 ‘조사기간연장신청서’를 제출하였다.
(2) 쟁점②와 관련하여 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.
(가) 처분청이 세무조사시 확보한 OOO의 2014.6.23. 현재 OOO과 같다.
(나) OOO 등의 법인을 설립하여 화장품․건강식품 다단계사업으로 사세를 확장하여 2002년 8월 OOO을 매입하였으며, OOO 코스닥등록법인 OOO를 인수하였으나 2007년 이후 그룹의 매출이 급감하여 막대한 영업손실이 발생하였고, 본인은 2008년 8월 횡령․조세포탈로 구속(2009. 1월 가석방)된 후 OOO의 확정판결을 받은 바 있다.
(다) OOO가 2015.5.6. 작성한 범칙혐의자 심문조서 중 쟁점②와 관련된 주요 내용은OOO과 같다.
(라) OOO 영업직원 현황은 OOO과 같다.
(마) 청구법인이 OOO에게 교부한 세금계산서 내역은 OOO와 같다.
(바) 처분청은 청구법인이 차명계좌를 이용하여 계열사 간의 자금을 회전 거래한 것으로 보았고, 구체적인 조사내용은OOO과 같다.
OOO
OOO
(사) OOO는 2002년 8월 OOO을 취득하여 OOO 사옥으로 사용하던 중 2007년 12월에 지하1층～지상3층을 리모델링하여 의원으로 용도변경하였고, OOO과 같은 내용으로 임대차 계약을 체결하였다.
(아) OOO는 2012.1.17. OOO 2층에서 성형외과․피부과 보건업을 주업으로 하는 ‘OOO하였고, 2012.5.2. 상호를 ‘OOO’으로 변경(OOO)하였으며, 2012.11.28. 사업장을 OOO으로 이전(OOO하였다.
(자) OOO는 2012년 11월 OOO에 임차하여 OOO와 같이 전대하였다.
(차) 청구법인과 OOO이 2008.10.27. 체결한 계약서에 따르면, OOO은 OOO에서 대표원장으로 재직하고, 재직기간은2008.10.22.～2009.10.21.로 상호 합의하에 연장할 수 있으며, 청구법인은 OOO에게 급료로 매월 OOO을 익월 5일에 지급하고, OOO의 근로시간은 1일 8시간, 주 40시간으로 정하며, 병원운영비용 등 수입․지출내역은 직원이 기재․보관하고, 병원과 관련한 일체의 채무관계는 청구법인이 책임을 부담하기로 한 사실이 나타난다.
(카) OOO 청구법인이 2010.4.1. 체결한 병원 공동경영 계약서에 따르면, 청구법인은 OOO에게 사업장을 무상임대하고, 병원의 수입 및 지출 등 경영관리 일체를 담당하며 마케팅, 홍보 등 매출 증대 노력하고, 매월 발생하는 매출현황을 OOO에게 고지하며 수익은 배분기준에 따라 은행계좌로 입금하고, 인사․구매․영업․경리 등 전반적인 경영 일체를 하는 반면에 OOO은 의료행위에 대하여 형사책임을 지며 민사책임은 50:50으로 분담하며, 매일 수입 및 지출관련 자료를 청구법인에 제출하고 경영전반에 관한 권리를 청구법인에게 위임한다고 되어 있다.
(타) OOO의 원장 OOO가 2015.4.22. 작성한 범칙혐의자 심문조서의 주요 내용은 OOO과 같다.
(파) 처분청이 제출한 일일자금 입출금 내역에 따르면, 청구법인, OOO, 병원 별로 입금 및 출금 내역을 기록한 후 총합계로 관리한 사실이 나타난다.
(3) 쟁점③과 관련한 사실관계는 다음과 같다.
(가) 청구법인과 OOO이 2010.12.28. 체결한 쟁점주식 매매계약서의 주요 내용은 OOO과 같다.
(나) OOO은 OOO와 같이 2010년 12월까지 수입금액 및 자본금이 OOO 내외인 소법인으로 법인세를 납부한 사실이 없고, 신고된 OOO 사업장에서 3년 전에 퇴거하여 현재는 사업장이 없는 것으로 확인된다.
(다) OOO의 대표이사 OOO은 2015.4.13. 주식 취득자금 OOO원의 출처에 대하여 다음과 같이 진술하였다.
(라) 조사청은 금융거래 현지확인을 통하여 OOO이 대부업체 OOO의 대표자인 사실을 확인한 후 OOO과 유선으로 통화한바, “본인은 명의대여자에 불과하여 OOO 자금대여 여부를 잘 모르고 실사업자는 OOO로서 2012년경 OOO지방국세청 조사3국으로부터 세무조사를 받은 사실이 있다”고 진술하였고, OOO에 대한 세무조사 내용에 따르면, OOO는 OOO으로부터 명의를 대여 받아 OOO에서 대부업을 2006.9.20.부터 2011.9.15.까지 운영하였고, 코스닥등록기업 주식을 담보로 급전을 대여하고 이자를 수취하면서 수표․현금거래 수법으로 OOO원 상당의 이자수입금액을 누락하고 OOO의 전주들로부터 OOO원의 비영리대금이자에 대한 원천징수를 미이행하여 조세포탈혐의로 2010년 10월 OOO지방검찰청에 고발된 사실이 있는 것으로 확인된다.
(마) OOO의 실사업자 OOO는 2015.4.30. 전화통화에서 “OOO 모두 알지는 못하지만 OOO은 지인의 소개로 익히 알고 있었고, 2010.12.28. 본인이 운영하던 OOO사무실 건물 내 위치한 OOO에서 무담보로 OOO에게 16시 이후에 OOO원을 송금하였고, 다음날 오전OOO 동일지점에서 OOO원을 다시 돌려받은 사실이 있으며, 이자 역시 받은 사실이 있지만 정확한 금액과 누구한테 받았는지는 알지 못하고 주식포기 각서는 받은 사실이 없다”고 진술하였다.
(바) 조사청은 OOO이 쟁점주식을 취득하게 된 경위 및 사실관계를 명확히 하기 위하여 2015.4.8. OOO에게 2차 출석요구를 하였으나, OOO은 조사종료일까지 국외출장(출입국 내역을 조회한바 조사기간 내 출국한 이력이 없음)을 핑계로 출석하지 아니한 것으로 나타난다.
(사) 조사청이 추가로 금융거래 현장확인을 실시한 결과, 청구법인은 다음과 같이 OOO 명의 차명통장을 직접 개설하여 매매대금 증빙을 만든 것으로 확인되었다.
1) OOO 부회장직을 맡고 있는 OOO은 매매계약일인 2010.12.28. 15:36분 경 OOO을 방문하여 OOO 명의의 예금통장OOO을 직접 신규개설하고 개설한지 15분 후인 15:50분부터 16:33분까지 약 40분간 사채업자 OOO)로부터 OOO에 걸쳐 총OOO원을 입금 받음과 동시에 전액 출금하여 청구법인 명의의 OOO로 매매대금OOO원을 송금하였으며 이 후 해당 통장을 사용하지 아니한 것으로 조사되었다.
2) 다음날인 2010.12.29. 10:20분 경 OOO은 OOO을 방문하여 청구법인 명의의 OOO원을 출금하고 OOO 명의의 OOO원을 입금함과 동시에 OOO원을 수표로 출금하여 OOO에게 반환한 사실이 금융거래 현지확인, OOO와의 전화 인터뷰에서 확인되었다.
3) 이와 관련하여 청구법인이 OOO원을 대여하고 OOO는 해당 차입금OOO원으로 OOO의 미지급급여 OOO원을 반제한 것으로 회계처리한 것으로 나타난다.
(아) OOO의 장부(분개장)에 따르면 OOO는 위 주식매매계약이 있기 전인 2010.12.23. OOO에서 OOO로 OOO원을 인터넷 송금하였고 10분 후에 OOO는 OOO원을 현금으로 인출하여 OOO에게 컨설팅계약금 명목으로 지급하였으며, 주식매매계약 당일인 2010.12.28. OOO는 다시 OOO에서 OOO원을 인터넷 송금하고 10분 후 OOO에서 수표로 OOO원을, 현금으로 OOO원을 출금하여 합계 OOO에게 컨설팅비 명목으로 지급한 것이 확인되고, 이는 컨설팅 대금이 아닌 주식매매자금 OOO원에 대한 이자를 지급한 것이었다고 2015.5.4. OOO이 진술하였다.
(자) OOO은 2009년 9월 OOO의 부동산매매와 관련된 컨설팅업무용역계약을 체결한 사실이 있고, OOO은 2014.3.20. 청구법인의 등기감사로 취임하여 현재까지 매월OOO원을 자문료로 받고 있는 것으로 확인된다.
(차) OOO의 경영지원팀장인 OOO 이사는 “2010년 8월 반기 회계감사 시 2011년부터 청구법인의 재무제표 공시를 국제회계기준(IFRS)으로 변경하게 되면 100%지분을 보유하고 있는 자회사 OOO를 포함한 연결재무제표가 주제무제표가 되므로 당시 재무구조가 열악하였던 OOO 주식 전부를 처분하여 감사의견을 ‘적정’으로 받고 청구법인의 자산건전성을 높이기 위하여 OOO 주식 전부를 OOO에 양도하였다”고 진술하였다.
(카) OOO가 2015.5.6. 작성한 범칙혐의자 심문조서 중 쟁점③과 관련된 내용은 OOO과 같다.
(4) 쟁점④와 관련한 사실관계는 다음과 같다.
(가) 청구법인의 경영지원팀장인 OOO가 제출한 “소송사건 관련 지급 현황 자료” 및 지급수수료 계정에 따르면, 대표이사 OOO가 소송사건의 원고 또는 피고로서 법정대리인과 위임계약을 체결하고 그 소송 관련 비용을 청구법인에서 지급하고 교부받은 매입세금계산서는 OOO〉과 같고, 청구법인은 이를 지급수수료로 하여 각사업연도별로 손금처리 하였다.
(5) 쟁점⑤와 관련한 사실관계는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 OOO 줄기세포 관련 OOO를 보유한 OOO에게 OOO과 같이 선급금 OOO원을 지급하였고, 세금계산서(공급대가 OOO원)를 수취하였다.
(나) 청구법인이 2008.7.31. OOO과 체결한 계약서의 주요 내용은 OOO과 같다.
(다) 청구법인이 OOO과의 소송에서 주장한 내용은OOO과 같다.
1) 청구법인이 OOO에게 지급한 OOO원은 독점판매권에 대한 대가이고 나머지 OOO원은 선급금이며, 청구법인의 줄기세포 구매대금 OOO원 및 2011년 OOO의 줄기세포 구매대금 OOO원 합계 OOO원을 선급금에서 상계하여 현재 선급금 잔액은 OOO원이다.
2) 2012.12.10. 발행한 세금계산서 OOO원(공급대가)을 비롯하여 OOO〉의 비고란에 ‘독점판매권 대가’라고 기재된 세금계산서 OOO원은 실제 재화의 공급을 받지 않고 OOO의 요구(OOO 위한 회계감사목적으로 세금계산서 수취를 요구함)에 따라 형식적으로 수취한 세금계산서이다.
3) 청구법인은 OOO을 상대로 한 OOO지방법원 2014OO282 회생채권조사확정 사건의 신청취지를 “신청인의 채무자 OOO에 대한 회생채권은 독점판매권 대가 OOO원과 물품대금선급금 OOO원임을 확정한다”라고 하였다.
4) 청구법인이 OOO을 상대로 제기한 OOO지방법원 OOO 2013가합OOOOO독점판매권계약 유효 확인 등 소송의 판결문에는 “2011.5.19.까지 총 OOO원을 지급하였는데, 그 중 OOO원을 초과한 금액이 줄기세포 등의 물품을 지급받지 못한 상태로 남아 있으므로, 어느 모로 보나 청구법인은 이 사건 계약에 따른 독점판매권의 대가 OOO원을 OOO에게 지급하였다고 봄이 상당하다”고 기재되어 있다.
(6) 쟁점⑦과 관련한 사실관계는 OOO과 같다.
처분청은 2017.8.8. 개최된 조세심판관회의(1차)에 참석하여 쟁점⑦과 관련하여 2008～2014사업연도의 수정된 자본금과 적립금조정명세서(을) 표를 제출하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
처분청이 수입금액 누락액 산정의 근거자료로 사용한 일일내원현황, Progress Note, 시술목록 등에 기재된 시술이 실제 실시된 사실을 청구법인도 인정하고 있고, 이들 자료에 무료시술을 의미하는 표시가 별도로 되어 있는 항목 및 청구법인과 관련이 있는 시술자들에 대하여 처분청에서 이미 무료시술로 인정하여 수입금액 누락액에서 제외하였으며, 공란으로 된 시술에 대하여만 시술단가표 상의 금액을 적용하여 수입금액 누락액을 산정한 점 등에 비추어 청구법인이 무료시술이라 주장하는 시술내역에 대하여 유료시술로 보아 매출누락액을 산정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
다만, 청구법인이 당초 세무조사 기간에 무료시술자에 대한 소명을 위하여 조사기간연장신청을 하였으나 조사청의 거부로 충분한 소명을 하지 못하였다고 주장하는 점, 청구법인과 같은 줄기세포 시술 업체나 미용․성형 업체들의 경우 통상 일부 금액을 할인하여 주는 점, 처분청이 매출누락으로 산정한 쟁점금액은 현금매출 누락분임에도 청구법인이 각 시술별로 구체적인 시술 단가를 제출하지 아니하였다 하여 시술단가표 상의 기준금액을 그대로 적용하여 현금결제에 대한 할인을 고려하지 아니한 점, 각 시술자별로 병의 경중이나 건강 상태 등에 따라 실제 시술범위 및 그 대가가 달라지는 것임에도 조사청은 시술자들의 이러한 개별 특성을 반영하지 아니하고 시술단가표상의 기준금액을 그대로 적용하여 쟁점금액을 산정한 점 등에 비추어 조사청이 인정한 무료시술자 외에 무료로 시술해 준 자가 추가로 있는지, 시술대가를 현금결제함에 따라 그 대가를 할인하여 준 시술자가 있는지 등을 처분청이 추가로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(8) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은OOO이 청구법인의 명의위장사업자가 아닌 독립된 사업자에 해당한다고 주장하나,
OOO의 판매․영업직원이 없고, 물류창고나 보관시설이 독립적으로 설치되어 있지 않으며, 관련 세금계산서 교부 및 수취, 자금관리 등을 모두 청구법인 소속 경영지원팀에서 일괄 수행하고 있는 점, 청구법인이 예금압류를 피하고 그룹자금의 원활한 운영을 위하여OOO명의로 매출하였다고 밝히고 있는 점, OOO에서 작성한 조직도 및 비상연락망에 의원이OOO 산하의 병원으로 표기되어 있는 점, 의원의 수입금, 의사 및 간호사의 급여이체, 의약품 등 비용지출 등의 자금관리를 청구법인 소속의 경영지원팀 직원들이 하고 있는 점, 의사 OOO이 청구법인과 연봉계약을 체결하였고, OOO도 연봉으로 매월 정액을 급여로 수령한 사실이 확인된 점, 병원의 손실을 OOO에서 모두 부담하고 있고, 명의 의사들은 그 손실분에 대하여 독촉을 받거나 책임을 진 사실이 없는 점 등에 비추어 OOO이 청구법인의 명의위장사업자가 아니라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(9) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 주식을 OOO에게 실제 양도하였다고 주장하나, OOO 주식을 취득할 이유 및 능력이 없는 것으로 보이는 점, OOO이 OOO명의 통장을 직접 개설하여 사채업자로부터 융통한 매매자금 OOO원을 입금받은 후 이를 청구법인 명의의 통장에 이체하였다가, 다음 날 출금하여 사채업자에게 반환한 사실이 확인되는 점, 재무구조가 열악하였던 OOO 주식 전부를 처분하여 감사의견을 ‘적정’으로 받고 청구법인의 자산건전성을 높이기 위해OOO 주식 전부를 OOO에 양도하였다고 OOO 경영지원팀장 OOO가 진술한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(10) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 부인한 변호사 수수료는 청구법인의 민․형사상 분쟁과 관련한 소송수행에 대한 것으로 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나, 처분청에서 청구법인이 제출한 “소송사건 관련 지급 현황 자료” 및 지급수수료 계정을 검토하여 2011년부터 2014년까지 대표이사 OOO가 소송사건의 원고 또는 피고로서 법정대리인과 위임계약을 체결하고 그 소송 관련 비용을 청구법인에서 지급하고 교부받은 매입세금계산서에 대하여 OOO의 개인 소송비용으로 보아 손금부인한 것임이 확인되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(11) 다음으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구법인이 2008.7.31. OOO과 체결한 계약서에 청구법인이 제대혈 줄기세포에 대한 독점판매권을 부여받고 그 대가로OOO원을 지급하는 것으로 되어 있는 점, 청구법인이 OOO과의 소송에서 OOO원 중 OOO원은 독점판매권 대가이고 나머지 OOO원은 선급금이라 주장하였으며, 법원에서도 이를 인정하여 OOO이 청구법인에게 공급한 줄기세포 및 배양액 대금은 OOO원이 채권 또는 독점판매권 형태로 남아 있다고 판단하였던 점 등으로 보아 청구법인이 독점판매권을 취득한 날(2008.7.31.) 이후에 발급받은 세금계산서(공급대가 OOO원)를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(12) 다음으로 쟁점⑥에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점①～③에 대한 과세처분에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이OOO 등의 명의위장사업장을 개설하여 청구법인의 매출을 분산하고 누락한 것으로 조사된 점, 청구법인이 OOO 주식을 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고 실제 거래로 위장하기 위하여 금융증빙을 만든 것으로 조사된 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(13) 마지막으로 쟁점⑦에 대하여 살피건대, 처분청이 자본금과 적립금조정명세서(을)표 상의 기초잔액에 전기말잔액을 반영하지 아니한 점을 인정하고 이를 직권시정한 사실이 확인되어 심리일 현재 심판청구 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 부적법한 청구로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
