주 문

1. 피고가 2009. 7. 1. 원고에게 한,

가. 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함)의 각 부과처분,

나. 2003사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함)의 부과처분 중 1,017,101,514원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함)의 부과처분 중 2,097,423,503원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,852,417원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함)의 부과처분 중 1,724,363,252원을 초과하는 부분을

각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 7. 1. 원고에게 한 ① 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함), 2003 사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함)의 각 부과처분, 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함)의 부과처분 중 380,465,100원, 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,852,417원, 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함)의 부과처분 중 298,866,400원, 2007 사업연도 법인세 418,004,640원(가산세 포함)의 부과처분 중 36,198,833원, 2008 사업연도 법인세 927,522,850원(가산세 포함)의 부과처분 중 33,742,917원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1985. 11. 13. 설립된 법인인데, 국방부, 경찰, 소방서 등에 무기와 각종 장비 등의 공급을 중개하여 왔다.

나. 서울지방국세청장은 2008. 9. 2.부터 2009. 6. 25.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시하고, “2000년경부터 대한민국 정부와 러시아 정부 사이에 차관경협 사업의 일환으로 이루어진 러시아제 무기도입사업(AA사업)의 중개인으로 활동하면서 29,796,460,224원을 중개수수료로 받아 해외계좌에 은닉하였다가, BBB, CCC, DDD, EEE교회 명의의 국내 차명계좌에 입금하는 방법으로 수입금액 신고를 누락하였다.”고 판단하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2009. 7. 1. 원고에게 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함), 2003 사업연도 법인세 3,837,999,560(가산세 포함), 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함), 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함), 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함), 2007 사업연도 법인세 418,004,640원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 927,522,850원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 23. 심사청구를 하였으나, 2011. 5. 12. 감사원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증(가지번호 포함), 제8호증의 2, 을 제69, 70호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사정으로 위법하므로, 2000 내지 2003 사업연도 법인세 부과처분 전부, 2004 내지 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 형사판결에서 인정된 포탈세액을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

(1) BBB은 원고의 동업자이고, CCC, DDD, EEE교회는 별개의 법인격을 가진 법인 등이므로, 이들 명의 계좌가 원고의 차명계좌임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 실질과세원칙에 위배된다.

(2) ① BBB 명의 계좌 : 2000년부터 2002년까지 입금된 420만 달러는 출처 및 사용처를 추적할 수 없고, AA사업과 관련이 없는 점, 2003. 8. 19.자 5만 달러는 BBB에게 지급된 중개수수료인 점, ② 투자금(MOA) : 2000. 6. 30.자 합의서에 따라 2003년부터 2006년까지 BBB으로부터 600만 달러(6,717,176,448원)를 받았으나, 2000. 1. 10.부터 2003. 8. 19.까지 중개수수료로 150만 달러(1,782,464,000원)를 지급하고, 2010. 11. 12. CCC, DDD 주식을 양도하였으므로, 투자금은 정산이 이루어진 점, 투자금 210만 달러는 330-225 토지의 구입자금으로 사용되었지만, 장기간 투자금을 보관하기보다 부동산으로 유지하기 위해 FFF과 CCC 명의로 공동 구입하였다가 서울중앙지방법원(2003자2417)에서 공유물분할 화해로 정리한 점, 330-225 토지에서 분할된 330-599 토지는 CCC의 소유이고, 원고는 CCC에 대한 주식 지분이 없는 점, ③ 3차 AA사업 선수금 : 중개 성공을 조건으로 받았으므로, 조건이 성취된 사업연도 비로소 법인소득이 되는 점, ④ 형사판결 : 형사판결에서 확정된 금액만을 법인소득으로 볼 수 있는 점, ⑤예금계좌의 흐름 : DDD 명의의 계좌 463만 달러는 서울 ○○구 ○○동 14-10 주택의 구입 자금으로 사용되었는데, 원고는 DDD에 대한 주식을 소유하고 있지 아니하므로, 원고의 소유로 볼 수 없는 점(GGG은 DDD의 대표자인 ○○○로부터 승낙을 받고 거주하였다), EEE교회 명의의 계좌 795만 달러 중 선수금을 제외한 나머지 중개수수료에 관한 법인세를 납부하였고, 나머지 2008. 10. 28.자 70만 달러 및 2008. 11. 13.자 22만 달러는 원고와 관련 없는 자로부터 입금된 것으로 확인된 점, CCC 명의 계좌 440만 달러 중 50만 달러는 2004. 3. 23. 반환되었고, 나머지는 투자금으로 정산된 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분 중 형사판결로 확정된 법인소득을 제외한 부분에 관한 법인세 부과처분은 근거과세원칙에 위반된다.

(3) 세법상 신고하지 아니하거나 과소신고한 것에 불과하고, 조세의 부과 및 징수를 현저하게 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 볼 수 없으므로, 5년의 제척기간이 적용된다. 따라서 2000 내지 2003 사업연도 법인세 부과처분은 부과제척기간이 도과하였으므로 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 양해각서 체결 등

(가) 원고는 1997. 8. 24. HHH와, ① HHH 생산의 물건을 대한민국에 공급하기로 하는 Agent Roof Agreement, ② 1999. 8. 31. 대한민국 해경 위성영상지휘시스템사업과 관련된 국내 장비의 구매, 외국 장비의 공급 및 설치 등에 관한 양해각서를 각 체결하였다. 이 때 III는 원고의 대표자로, JJJ는 HHH의 대표자로 각 서명하였다.

(나) 원고는 1998. 7. 13. HHH와 아래와 같이 양해각서를 체결하였다.

(다) 원고의 대표이사였던 III는 2000. 6. 30. BBB과 아래와 같이 협의하였다.

(라) 2차 AA사업의 무기중개수수료 수령

원고와 BBB은 대한민국 정부와 러시아 정부의 2차 AA사업(1991년 구 소련에 제공한 경협차관 14억 7,000만 달러의 원리금 일부를 러시아제 무기로 상환받는 사업으로, 1차(1995년부터 2000년까지, 2.14억 달러), 2차(2003년부터 2006년까지, 5.34억 달러) 사업이 종료되었고, 3차 사업은 2003년부터 현재까지 진행 중인데, 무기대금 중 50%는 현금으로 지급하고, 나머지 50%는 경협차관과 상계하는 조건이다) 협상 진행 중 러시아의 무기제작업체인 KKK와 국영무기수출회사인 LLL(이하 ‘LLL사’라 한다)의 비공식적 에이전트로 활동하면서, KKK사의 휴대용 대전차유도탄, LLL사의 공기부양정이 순차 도입되었고, 원고와 BBB은 KKK사 및 LLL사로부터 무기중개수수료를 받을 수 있게 되었다. 그러나 2001년경 2차 AA사업을 에이전트 개입 없이 러시아와 대한민국의 직접 계약으로 추진한다는 정부의 공식발표 등으로 무기중개수수료를 받기 어려워지자, 원고와 BBB은 형식상 HHH가 베트남의 러시아 대전차미사일 도입을 중개한 데 따른 중개수수료를 수령하는 것으로 하여 아래와 같이 III와 HHH 공동 명의 계좌, III 명의 계좌로 무기중개수수료를 수령한 뒤, 바로 미국의 HHH 명의 계좌로 이체하였다.

(마) 3차 AA사업의 선수금(retainer fee) 수령

원고와 BBB은 KKK사로부터 3차 AA사업의 에이전트로 활동하여 KKK사의 무기 채택을 전제로, 아래와 같이 선수금(retainer fee) 1,000만 달러를 받았다. 그 중 원고의 몫은 1/3에 해당하는 약 330만 달려(3,580,769,000원)이다.

(바) 원고의 무기중개수수료, 선수금의 교회 기부

원고는 원고 몫의 무기중개수수료 및 선수금을 HHH 명의 미국 계좌에 보관하던 중, 2005. 12경 BBB에게 “EEE교회에 기부해달라.”고 요청하였다. 이에 따라 BBB은 아래와 같이 HHH 명의 미국 계좌에서 EEE교회 명의 계좌로 총 7,954,746.82달러를 송금하였다. 원고는 2007. 1. 16. 이사회를 개최하여 EEE교회에 기부하기로 결의하였고, 원고 주주들(III, ○○○, ○○○, ○○○, GGG) 전원은 같은 날 주주동의서를 제출하였다.

(사) 한편, 원고는 2004. 9. 29.부터 2007. 3. 30.까지 CCC의 주주인 BBB, ○○○, ○○○, GGG으로부터 CCC 주식 16,380주(액면가 100달러)를, DDD의 주주인 BBB, ○○○, ○○○로부터 DDD 주식 240,130주(액면가 10달러)를 각 양도받았다.

원고(대표자 III)는 2007. 4. 12. BBB에게 “1998. 7. 13.자 양해각서와 2000. 6. 30.자 합의서에 근거하여 합의된 투자금 10,000,000달러는 2007. 4. 12. 현재 전액(CCC, DDD 주식 포함) 수령하였으며, 합의된 투자금 8,500,000달러(기지급한 중개수수료 1,500,000달러 공제)를 2010. 6. 30.까지 반환하지 않을 시 첨부된 주식양도계약서대로 전 주식을 포기·양도하겠다.”는 확인서를 작성해 주었다. 확인서에는 “원고는 BBB에게 CCC 주식 16,380주, DDD 주식 240,130주를 양도한다.”는 주식양도양수계약서가 첨부되어 있었다.

(아) BBB은 2007. 4. 12. 원고(대표자 III)에게 아래와 같이 확인서를 작성해주었다.

(자) 원고(대표자 III)는 2008. 8. 26. BBB과 아래와 같이 합의하였다.

(차) 원고는 2010. 3. 26. BBB과 아래와 같이 합의하였다.

(카) 원고는 2010. 11. 12. BBB이 지정한 이흥열에게 CCC, DDD의 주식을 양도하였다.

(2) 관련 판결 등

(가) 서울지방국세청장은 2009. 6.경 원고와 III를 조세범처벌법위반죄로 고발하였다. 서울중앙지방검찰청 검사는 2000 사업연도 법인세에 관하여는 공소시효 만료를 이유로 공소권없음 처분을 하고, 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정 금액’ 중 형사기소된 소득금액을 제외한 나머지 금액에 관하여는, ‘BBB이 미국시민권자로서 귀국의사가 없어 소재불명’임을 이유로 참고인중지 처분을 하였다.

(나) 원고와 III는 서울중앙지방법원(2009고합14060)에 아래와 같은 특정경제범죄가중처벌등게관한법률위반(횡령)죄, 조세범처벌법위반죄(2004 내지 2008 사업연도 소득금액), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄로 각 기소되었다.

(다) III는 2010. 1. 29. 위 법원으로부터 징역 3년 및 집행유예 4년을, 원고는 선고유예 판결을 각 선고받았고, 2010. 7. 16. 서울고등법원(2010노468)으로부터 동일한 형을 선고받았다(2004 사업연도 법인세 포탈로 인한 조세범처벌법위반 및 일부 횡령에 관하여 무죄판결을 받았다). III는 2012. 6. 14. 대법원(2010도9871)으로부터 무죄판결 받은 2004 사업연도 법인세 포탈로 인한 조세범처벌법위반에 관하여 “무기중개수수료 상당의 수입을 누락한 것은 수입의 외부 노출을 막기 위한 거래 명의 위장 및 해외 계좌의 사용, 그 수입을 누락한 장부의 허위기장 등 적극적인 소득은닉 행위가 수반된 것으로서 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다.”는 이유로, 파기환송 판결을 받았다.

(라) III는 2009. 11. 6. 피고에게 법인세 포탈분 887,125,710원(= 2004 사업연도 380,465,100원 + 2005 사업연도 137,852,417원 + 2006 사업연도 298,866,400원 + 2007 사업연도 36,198,883원 + 2008 사업연도 33,742,917원)을 납부하였다.

(3) 자금의 흐름 등

(가) 피고가 판단한 원고의 수입신고 누락금액, 형사판결에서 인정된 수입신고 누락금액은 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정 금액’과 같다.

(나) 피고가 원고의 차명계좌로 판단한 계좌들(이하 ‘이 사건 각 계좌’라 한다) 내역은 아래와 같다.

(다) 이 사건 각 계좌의 자금 흐름은 아래와 같아.

(4) 기타

(가) 원고는 2000 사업연도, 2006 사업연도, 2007 사업연도에 HHH 또는 CCC로부터 받은 돈을, 원고의 계열사인 MMM하이테크(이하 ‘MMM’이라 한다)는 2004 사업연도에 NNN(이하 ‘NNN’이라 한다)로부터 받은 돈을 각 법인 수입금액으로 신고하였다.

(나) FFF(III의 처이다)과 CCC은 2003. 5. 13. BBB 명의 계좌에 입금된 5,240,100,000원으로 330-225 토지를 공동으로 취득하였다. 330-225 토지에서 2003. 12. 8. 330-599 토지(1,647㎡)가 분할되었고, FFF 명의로 330-225 토지에 관하여, CCC 명의로 330-599 토지에 관하여 각 소유권이전등기가 마쳐졌다.

III가 이사장으로 있는 학교법인 OOO(이하 ‘OOO’이라 한다)은 2006. 9. 20. 330-225 토지를 담보로 제공하고, 한국사학재단으로부터 24억 원을 대출받았다. 또한 OOO은 2008. 8. 12. 330-599 토지를 담보로 제공하고, 주식회사 ○○은행(이하 ‘○○은행’이라 한다)으로부터 13억 원을 각 대출받았다.

(다)DDD은 2004. 5. 18.DDD 명의 계좌에 입금된 돈 중 3,375,000,000원으로 서울 ○○구 ○○동 14-10 소재 주택 등의 소유권을 취득하였는데, III가 매매계약을 체결하였다.

GGG은 2008. 2.경 이래 위 주택에서 거주하고 있다.

(라) HHH, DDD, CCC의 소재지 및 대표자는 아래와 같다. HHH, CCC, DDD은 모두 소재지에 존재하지 않는 페이퍼컴퍼니로 밝혖T다. CCC, DDD 소재지인 ‘11356 Kingsland street, LA, California'는 GGG 소유로, 주택가에 있다.

CCC의 2008. 6. 20. 기준 법인명세서에는 GGG이 대표자 겸 총무, 회계담당자, 이사로, 330-599 토지를 하나은행에 담보로 제공하기 위한 2008. 6. 30.자 이사회 회의록상 GGG이 1인 주주로 기재되어 있다.

(마) OOO이 2008. 8. 12. 하나은행에 제출한 CCC의 법인명세서에 의하면, 대표자 및 회계책임자는 GGG으로 되어 있다. 또한 2008. 6. 30.자 CCC의 이사회회의록에 의하면, GGG의 1인 회사로 기재되어 있다.

CCC은 미국 국세청에 2004 사업연도 법인세 890달러를 납부한 외에 법인세를 납부한 사실이 없다.

미국 FIU(재무부 산하 금융범죄담당부)의 통보에 의하면, III와 GGG은 CCC의 소유주로 회사계좌의 서명자이다.

(바) 원고는 독일의 PPP(PPP)사와 2000. 6. 16. 한국형 잠수함 판매 관련 컨설팅 계약을, 2000. 12. 11. 잠수함 운용 소프트웨어 판매계약을 각 체결하였다. 잠수함 운용 소프트웨어 판매계약서에 의하면, 원고는 소프트웨어 판매에 따른 중개수수료로 계약 체결시 2,247,210유로, 접수시점에 249,690유로를 받는 것으로 되어 있다. 원고는 2001. 1. 19. PPP사로부터 2,247,200유로를 받았으나, 원고 명의 계좌로 나머지 잔금이 입금된 내역은 없다.

(사) 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고의 누락 소득을 대표자인 III에 대한 상여, FFF에 대한 기타소득으로 소득처분하여 2009. 7. 1. 원고에게 소득금액변동통지를 하는 한편, III, FFF에게 종합소득세 부과처분을 하였는데, III, FFF은 이를 다투지 않고 있다.

(아) 원고는 2013. 8. 14. 이 법원 변론기일에서 EEE교회 계좌 입금액 중 형사사건에서 인정된 부분에 관하여 원고의 소득임을 인정하였다.

(5) 관련인들의 진술

(가) III는 2008. 9. 2. 서울지방국세청 조사에서 “HHH의 JJJ가 누구인지 모른다. Jim Brite Lee는 이름을 밝히기 어려운 분의 아들이다”, 2008. 12. 17. 서울지방국세청 조사에서 “CCC, HHH, DDD, NNN의 실체에 관하여 답할 수 없다. BBB에게 물어보아야 한다.”고 진술하였고, 2009. 3. 20. 서울지방국세청 조사에서 “원고 등 계열사의 자금 입출금에 대한 보고는 월간으로 받거나 필요할 때 받는다. 원고와 MMM 정도만 직접 받고 나머지 ○○폴라리스, ○○○ 등 다른 회사는 독립적이기 때문에 거의 보고를 받지 않는다. MMM과 원고의 통장관리를 직접 하는 것은 아니나, 본인의 결재 없이 돈이 지출되는 경우는 없다.”고, 2009. 5. 12. 서울지방국세청 조사에서 “차기 잠수함 사업을 위해 1998년경 스웨덴의 ○○○사와 에이전트 계약을 체결하고, ○○○사의 잠수함 사업부분이 독일 PPP사로 합병되자, 2000년경 PPP사와 컨설턴트 계약을 체결하였다. 2000년경 차기 전투기사업과 관련하여 프랑스의 ○○○사와 에이전트 계약을 체결하였다. BBB으로부터 차기 잠수함 및 차기 전투기 사업 유치를 위해 2000년경부터 2003년경까지 약 800만 달러를 받았다. 원고와 투자관계에 있는 계열사로는 MMM, 협력관계에 있는 계열사로는 ○○폴라리스, ○○○, ○○사회복지법인, OOO이 있다.”고 각 진술하였다.

(나) GGG은 2008. 12. 10. 서울지방국세청 조사에서 “2000년경 BBB에게 CCC의 대표자 명의를 빌려주었다. BBB이 미국 국적자였기 때문에 CCC을 대신하여 2003. 5. 13. 330-225 토지를 FFF 명의로 취득하였다.”고 진술하였다.

(다) BBB은 ① 2008. 12. 22. 작성한 확인서에서 “1998년 말 III의 제의로 차기 전투기 및 중형잠수함 사업에 관심을 가지게 되었다. 이러한 사업들의 홍보 및 영업비용으로 1,000만 달러를 사업자금으로 지원하기로 약속하고, 1999. 11. III와 합의서를 작성하였다. FFF에게 명의신탁하여 CCC과 공동명의로 330-225 토지를 취득하였다. CCC과 DDD은 III와 원활한 협력체제를 만들자는 미국 내 투자자들의 의견, GGG, 이종찬에게 비즈니스를 공부하는 계기를 마련하려는 III의 의견을 반영하여 GGG이 CCC에, 이종찬이 DDD에 관여하게 되었다.”고 진술하였고, ② 2009. 9.경 서울중앙지방검찰청 조사에서 “2000. 3. 22.부터 2003. 11. 27.까지 본인 명의 계좌로 입금된 돈은 본인의 사업으로 얻은 수익금, III에게 투자하기 위해 지인들로부터 유치한 자금이 포함되어 있다. III, GGG의 ○○은행 계좌, III의 Bank Of America 계좌, 동경의 원고 계좌를 관리하였고, 이 사건 각 계좌 중 본인 명의 계좌도 본인이 관리하였다. HHH, CCC, DDD, MMM은 본인이 설립한 회사로, 위 회사들의 각 계좌도 본인이 관리하였다. 원고는 본인으로부터 받은 사업유치 투자금 1,000만 달러 중 850만 달러를 반환할 의무가 있으나, 2000. 6. 30.자 합의서 제6조 제2항에 의해 본인과 III의 합의에 의해 상환하지 아니하고 새로운 사업을 위해 재투자할 수 있다. 3차 AA사업의 선수금 1,000만 달러 중 원고에게 배분된 330만 달러는 3차 AA사업이 잘못되면 다시 돌려주어야 하는 것이나, 본인과 III, 러시아 회사 모두 3차뿐만 아니라 4차, 5차까지 사업이 연속된다고 믿고 있다.”고 진술하였다.

라. 과세요건사실의 입증에 관한 판단

(1) 관련 법리

법인세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다. 한편 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비우처 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 참조).

(2) 2000, 2001, 2002 사업연도 법인세에 관하여(BBB 명의 계좌)

위 사업연도 법인세는 BBB 명의 계좌에 입금된 돈을 법인소득으로 보아 과세가 이루어졌다. 그런데 법인소득으로 볼 수 있는 정황에 해당하는 사정들로, 원고와 HHH가 1997. 8. 24. “원고가 HHH 생산 물품을 국내에 공급한다.”는 포괄적인 내용의 Agent Roof Agreement를, 1999. 8. 31. 대한민국 해경 위성영상지휘시스템과 관련된 물품의 구매와 공급, 설치에 관한 양해각서를 각 체결한 사실, 원고는 독일의 PPP사와 2000. 6. 16. 한국형 잠수함 판매 관련 컨설팅 계약, 2000. 12. 11. 잠수함 운용 소프트웨어 판매계약을 각 체결하고, 2001. 1. 19. 소프트웨어 판매에 다른 중개수수료로 2,247,200유로를 받았으나, 원고 명의 계좌로 나머지 잔금이 입금된 내역은 없는 사실, III는 2008. 9. 2. 서울지방국세청 조사에서 “1998년경 스웨덴 ○○○사의 잠수함 사업 부분을 인수한 독일의 PPP사와 컨설턴트 계약을 체결하였고, 2000년부터 2003년경까지 BBB으로부터 차기 잠수함 및 차기 전투기 사업 유치를 위해 800만 달러를 받았다.”고, BBB은 2008. 12. 22. 작성한 확인서에서 “1998년 말 III의 제의로 차기 전투기 및 중형 잠수함 사업에 관심을 가지게 되었고, 이러한 사업들의 홍보 및 영업비용으로 1,000만 달러를 사업자금으로 지원하기로 약속하고 1999. 11. III와 합의서를 작성하였다.”고 각 진술한 사실이 인정된다.

그러나 2000. 3. 22.부터 2002. 3. 15.까지 BBB 명의 계좌에 입금된 돈의 출처 및 사용처가 전혀 밝혀지지 아니한 점, 피고는 원고의 차명계좌라 주장하나, 앞에서 인정한 정황 이외에 입금된 돈이 원고에게 귀속되거나 관리되어 있었음을 밝히지 못하고 있는 점(BBB이 계좌를 사용하다가 원고에게 2003년 이후에 인도하였을 가능성을 배제할 수 없다), 1차 AA사업은 1995년부터 2000년까지, 2차 AA사업은 2003년부터 2006년까지, 3차 AA사업은 2003년부터 진행되었으므로 위 사업연도에 AA사업에 관련된 수익금이 입금되었다고 볼 정황이 없는 점(2, 3차 AA사업과 관련된 중개수수료 또는 선수금은 2003년에 입금되었다), III가 차기 잠수함 및 차기 전투기 사업 유치를 위해 BBB으로부터 800만 달러를 받았다고 진술하고 있으나, 언제 어떤 방법으로 받았는지, BBB 명의 계좌로 받았는지 알 수 없는 점, BBB은 위 사업연도에 입금된 돈이 자신의 수익금 또는 투자 유치 자금이고, 자신이 관리하였다고 진술하고 있는 점, 형사판결에 의하면 위 사업연도의 BBB 명의 계좌에 관하여는 아무런 판단을 하지 아니한 점(별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정금액’ 참조) 등을 고려할 때, 위 인정사실만으로 위 사업연도의 BBB 명의 계좌에 입금된 돈이 원고에게 귀속되었음을 인정하기에 부족하므로, 과세요건사실이 입증되었다고 볼 수 없다.

(3) 2003 내지 2008 사업연도 법인세에 관하여(이 사건 각 계좌)

(가) 이 사건 각 계좌의 출처 및 사용처

① 이 사건 각 계좌에 입금된 돈은 아래와 같이 원고, 원고 계열사(MMM, ○○솔라리스, ○○복지재단, OOO), 원고의 대표이사였던 III, 그의 아들인 GGG, ○○○, 처인 FFF, FFF 명의의 부동산 취득, 원고의 사옥이나 EEE교회 신축자금으로 사용되었다.

② BBB 명의의 계좌의 사용처에 관하여 보면, 4,397,600,000원은 원고, III, GGG, 이종찬, FFF 등의 계좌를 거쳐 분할 전 330-225 토지의 구입자금으로 사용되었는데, FFF이 1/2 공유지분권자인 점(GGG, BBB은 “BBB이 FFF에게 분할 전 성북동 300-255 토지 중 1/2 지분을 명의신탁하였다.”는 취지로 진술하였으나, 원고는 BBB으로부터 받을 투자금을 현금으로 보관하는 대신 부동산으로 유지하기로 하였다고 하여, 1/2 지분이 원고 또는 III의 소유라는 취지로 주장하고 있다), 원고의 계열사인 OOO은 분할된 330-225, 330-599 토지를 담보로 총 37억 원을 대출받은 점, 원고는 2003. 1. 24.부터 2003. 4. 21.까지, 2003. 11. 27. BBB 명의 계좌로 입금된 6,080,823,813원(= 589,100,000원 + 1,054,710,000원 + 702,540,000원 + 3,012,500,000원 + 721,973,813원)이 전부 330-225 토지의 구입대금으로 사용되었다고 주장할 뿐, 매수대금 4,397,600,000원과의 차액의 사용처에 관하여는 밝히지 못하고 있는 점, GGG은 2008. 12. 10. 서울지방국세청 조사에서 “BBB이 미국 국적으로 부동산취득이 용이하지 않아 FFF의 명의를 빌려 330-225 토지를 취득하였다.”고 진술하였으나, 원고는 이 소송에서 “2000. 6. 30.자 합의에 따른 투자금 지분을 현금으로 보관하는 대신 부동산에 투자한 것이다.”고 하여 달리 진술하고 있는 점, 2003. 11. 27. 입금된 돈 중 607,470,000원(59,380,000원 + 59,380,000원 + 59,405,000원 + 59,405,000원 + 59,245,000원 + 59,245,000원 + 59,445,000원 + 59,445,000원 + 59,260,000원 + 59,260,000원 + 14,000,000원)은 MMM 명의 계좌로 입금된 점, III는 MMM이 원고와 투자관계에 있는 계열사임을 인정한 점, 2003. 11. 27. 입금된 돈은 MMM 명의 계좌에 입금되었고, 2003. 12. 9.부터 2003. 12. 16.까지 8일 동안 1회에 걸쳐 약 59,000,000원씩 쪼개어 송금되었는데, 하루에 같은 액수로 2번 송금된 경우도 있는 점, III는 “MMM이 원고의 계열사이고 자신의 결재 없이 돈이 지출되지 않는다.”고 진술한 점, 2006. 5. 10. 원고 명의로 MMM의 유상증자대금 450,000,000원이 납입된 점, EEE교회 명의 계좌 입금액 중 2006. 3. 23.부터 2008. 1. 14.까지 29,000,000원이 MMM 명의 계좌로 입금되었고, 원고의 직원 ○○○이 2006. 2. 21. 그 중 28,000,000원으로 MMM 명의의 골프장 회원권을 취득한 점 등을 고려할 때, 대부분의 돈이 원고나 대표이사 등을 위해 사용되었다고 봄이 타당하다(원고는 투자금을 보관하는 방법으로 320-225 토지를 구입하였음을 전제로 원고의 소득이 아님을 주장하나 토지의 구입은 소비에 해당하고, 토지 명의 및 담보제공 등 관리방법, CCC 경영자에 비추어, 원고에게 귀속되었다고 봄이 타당하다).

(나) 출처인 HHH, CCC, DDD의 경영자 등

HHH, CCC, DDD 모두 실체가 없는 페이퍼컴퍼니로 밝혀진 점, CCC과 DDD의 소재지로 등록된 곳은 GGG 소유의 주택인 점, 2009. 2. 18.까지 CCC의 대표자는 GGG, DDD의 대표자는 ○○○이어서 이들은 원고의 대표이사였던 III의 아들인 점, CCC의 법인명세서에 의하면 대표자 겸 회계책임자는 GGG이었고, 2008. 6. 30.자 CCC의 이사회 회의록에도 GGG의 1인 회사로 기재되어 있으며, CCC은 미국 국세청에 2004 사업연도 법인세 890달러를 납부한 외에 법인세를 납부한 사실이 없어 실질적인 사업활동을 한 것으로 볼 수 없는 점, GGG은 DDD 소유의 성북동 14-10 소재 주택에 거주하고 있는데, 원고는 GGG이 위 주택의 임차인이라고 주장하면서도 이를 뒷받침할 만한 임대차계약서 또는 차임 지급 내역 등을 제출하지 못하고 있는 점, CCC, DDD 명의 계좌로 돈이 입금될 당시 원고가 CCC, DDD 주식의 상당수를 보유하고 있었던 점, 그럼에도 III는 서울지방국세청의 조사에서 “CCC, DDD의 주주구성에 관하여 알지 못한다.”고 진술하는 등 CCC과 DDD의 실체를 은폐한 점, 원고의 주장과 같이 CCC, DDD의 실제 소유자가 BBB이라고 하더라도, CCC과 DDD은 미국 법인으로서 국내에 굳이 법인계좌를 개설할 이유가 없는 점, 원고도 CCC 명의 계좌에 입금된 돈이 2000. 6. 30.자 합의에 따른 투자금임을 인정한 점, 원고가 1997. 8. 24. HHH와 체결한 Agent Roof Agreement, 1999. 8. 31. 체결한 양해각서에 HHH의 대표로 JJJ가 서명하였음에도 III는 2008. 12. 12. 서울지방국세청 조사에서 “JJJ가 누구인지 모른다”고 진술하였고, CCC, HHH, DDD, NNN의 실체를 묻는 질문에도 “답할 수 없다. BBB에게 물어보아야 한다”고 진술한 점 등을 고려할 때 HHH, CCC, DDD은 위 사업연도에 원고의 대표이사였던 III의 지배하에 있었다고 봄이 타당하다.

(다) 형사판결에 의하여 인정된 출처 및 정도

별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정 금액’ 기재에 의하면, 형사사건에서 원고의 소득으로 인정된 금액(원고는 법인세에 관한 포탈세액으로 인정된 2차 AA사업 중개수수료만이 인정되었다고 주장하나, 형사판결에 의하면 III의 업무상 횡령, 배임에 의하면 3차 AA사업 선수금과 투자금도 원고의 소득임을 전제하고 있다)은 15,150,313,578원(= 2차 AA사업 중개수수료 4,852,368,130원 + 3차 AA사업 선수금 3,580,769,000원 + 투자금 6,717,176,448원)이고, 이는 위 사업연도의 이 사건 각 계좌의 합계액 25,565,315,876원(= BBB 명의 계좌 6,139,589,415원 + CCC 명의 계좌 4,814,325,175원 + DDD 명의 계좌 5,047,557,000원 + EEE교회 명의 계좌 9,563,844,286원) 중 59.25%에 해당하므로, 원고가 이 사건 가계좌의 돈의 상당 부분을 사용하였다고 봄이 타당하다.

(라) 소결론

위와 같은 제사정에 무기중개수수료, 선수금, 투자금을 회계장부에 계상하지 아니한 점, 이 사건 각 계좌가 명의자들의 소유를 입증할 증거를 제출하지 아니하고 있는 점, III, FFF은 종합소득세 부과처분에 관하여 다투지 아니한 점 등을 더하여 보면, 이 사건 각 계좌에 입금된 돈은 원고에게 귀속되었다는 과세요건사실이 입증되었다고 봄이 타당하고, 달리 원고가 제출한 증거만으로는 이를 뒤집기에 부족하다.

마 투자금과 선수금의 소득귀속 시기에 관한 판단

(1) 관련 법리

법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 의하면 손익의 귀속시기는 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 하면서, 제43조에서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행이 있는 경우 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 이를 우선 적용하도록 규정하고 있다. 이러한 규정의 취지에 비추어 보면, 법인세법상 익금과 손금의 귀속시기는 원칙적으로 권리의무 확정주의에 의하는 것이지만, 이와 다른 기업회계기준이나 관행이 있는 경우 이를 우선하여 적용하여야 한다.

(2) 투자금에 관하여

법인세법 제15조 제1항은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생한 수익을 익금으로 보고 있다. 한편 회계관행상 반환의무 있는 현금은 원장에 ‘(차변) 현금 / (대변) 부채’로 계상되었다가, 반환의무를 이행할 때 ‘(차변) 부채 / (대변) 현금’으로 계상하므로, 순자산에 변동이 없어 손익이 발생하지 아니한다.

돌이켜 이 사건을 보건대, 2000. 6. 30.자 합의서에 의하면 원고는 BBB으로부터 투자금 10,000,000달러를 받은 후 10년 동안 유치하고, 협력사업 종료시 반환하거나 새로운 사업에 재투자하기로 한 점, 원고 주장에 의하면, 600만 달러(6,717,176,448원)을 받았으나, 2000. 1. 10.부터 2003. 8. 19.까지 중개수수료 150만 달러(1,782,464,000원)로 반환하고, 2010.11. 12. CCC, DDD 주식을 양도하여 정산하였다고 주장하고 있는데, 결국 450만 달러의 귀속은 CCC, DDD 주식을 양도한 2010 사업연도에 실현된 것으로 볼 수 있는 점(형사판결에 의하면, 현금 600만 달러, 400만 달러 상당의 CCC, DDD 주식을 받고, BBB에게 선지급한 150만 달러를 공제한 850만 달러를 반환할 채무가 있다고 기재되어 있다), 원고의 주장은 이 사건 처분이나 고발이 있기 이전에 작성된 2008. 8. 26.자 합의서에 의하여 뒷받침되는 점, 검사는 투자금을 수입한 때 소득이 발생한 것으로 보지 아니하고(법인세 포탈에 의한 조세범처벌법을 적용하지 아니하였다), 단순히 업무상횡령죄만을 적용하여 기소한 점, 형사기록등에 의하면 III 등은 투자금의 성격에 관하여 일관된 진술을 하고 있고, 이와 다른 증거가 없는 점 등을 고려할 때, 투자금의 소득귀속시기는 현금 수입한 때가 아닌 CCC, DDD 주식을 양도함으로써 종국적으로 투자금반환의무를 면한 2010. 11. 12.이라고 봄이 타당하다.

(3) 선수금에 관하여

법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 용역의 제공을 완료한 날이 속하는 사업연도를 그 용역의 제공으로 인한 익금의 귀속 사업연도로 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제69조 제2항은 “계약기간이 1년 이상인 용역제공의 경우 그 착수일이 속하는 사업연도부터 그 제공이 완료된 날이 속하는 사업연도까지 각 사업연도의 익금과 손금은 재정경제부령이 정하는 바에 따라 용역의 제공을 완료한 정도(작업진행률)을 기준으로 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.”고 규정하고, 동 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것) 제34조 제2항은 계약금액에 작업진행률을 곱한 금액에서 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액을 공제하여 당해 사업연도의 익금에 산입할 금액을 계산하도록 정하고 있다.

한편 회계관행상 재화나 용역이 제공되기 전에 수령한 선구금은 원장에 ‘(차변) 현금(자산) / (대변) 선수금(부채)’으로 계상되어Tekrki, 재화나 용역이 제공된 때에 ‘(차변) 선수금(부채) / (대변) 매출(수익)’로 계상되므로, 선수금의 귀속시기는 재화나 용역이 제공된 때이다.

돌이켜 이 사건을 보건대, 선수금은 3차 AA사업의 무기중개를 전제로 지급된 점, 그런데 III 등은 현재까지 3차 AA사업에 관한 용역을 수행하지 아니하였다고 주장하고 있고, 달리 현재까지 AA사업이 진행되었다고 볼 증거가 없는 점, 검사는 선수금을 수입한 때 소드기 발생한 것으로 보지 아니하고(법인세 포탈에 의한 조세범처벌법을 적용하지 아니하였다), 단순이 업무상배임죄만을 적용하여 기소한 점, 형사기록 등에 의하면 III 등은 선수금의 성격에 관하여 일관된 진술을 하고 있고, 이와 다른 증거가 없는 점 등을 고려할 대, 선수금의 소득귀속시기는 현금을 수입한 때가 아닌 용역을 제공한 때이고, 현재까지 용역을 제공하지 아니하였으므로, 원고에게 소득이 귀속되지 아니하였다.

(4) 소결론

따라서 투자금과 선수금은 현금 수입한 때에 소득이 발생한 것으로 볼 수 없으므로, 해당 사업연도에 법인세를 부과할 수 없다(한편 투자금과 선수금은 이 사건 각 계조에 입금되었고, 2차 AA사업 중개수수료와 혼재되어 그 구분이 어려우나, 형사판결, 수사과정, III 등의 진술, 별지 계좌 흐름도 등에 비추어 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정금액’ 기재 내역과 같이 인정할 수 있다).

바. 제척기간에 관한 판단

(1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’는 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조의 ‘사기 기타 부정한 행위’와 동일한 의미로 해석할 수 있는바, 조세범처벌법 제9조에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세포탈의 의도를 가지고, 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있음을 의미하는 것이고 이러한 행위가 수반됨이 없이 단순히 세법상 신고하지 아니하거나 과세표준을 과소신고하여 이에 대한 조세를 납부하지 아니한 사실은 부정행위에 해당되지 아니한다. 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상 신고하지 아니하거나 허위의 신고하는 데에 그치는 것은 이에 해당하지 않으나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환 반복 행위, 여러 개의 차명계조를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다(대법원 2005. 3. 25. 선고 2005도370 판결, 대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 참조).

(2) 돌이켜 이 사건을 보건대, 이 사건 각 계좌의 입금액이 원고의 소득에 해당한다고 보았음은 위에서 본 바와 같은바, III가 BBB과 합의하여 무기중개수수료 등을 외부에서 파악하지 못하도록 베트남 무기중개사업으로 위장한 뒤 III와 HHH 공동 명의 계좌, III 명의 계좌로 무기중개수수료를 수령하여 바로 미국의 HHH 명의 계좌로 이체한 다음 이 사건 각 계좌로 분산 송금하였고, 이에 대하여 회계처리하지 않은 점 등을 고려할 때, 원고는 무기중개료, 투자금 및 선수금 수입 등을 단순히 신고하지 아니한 것에 그치지 않고 그 수입이 노출되지 않도록 적극적으로 교회 기부 형식을 통한 국내 유입, 국내 차명 계좌의 사용, 장부의 허위기장 등 행위를 통하여 이 사건 각 계좌 입금액을 은닉하고 이에 대한 법인세 부과징수를 현저히 곤란하게 하였다고 봄이 타당하다.

따라서 2000 내지 2003 사업연도 법인세 부과처분의 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 10년이라 할 것인데, 이 사건 처분은 법인세를 부과할 수 있는 날로부터 10년이 경과하기 전인 2009. 7. 1. 이루어졌으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

사. 취소범위에 관한 판단

(1) 과세표준의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는지 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).

돌이켜 이 사건을 보건대, 투자금과 선수금이 포함된 사업연도의 정당한 세액은 2003 사엽연도 1,017,101,514원, 2004 사업연도 2,097,423,503원, 2005 사업연도 137,852,417원(투자금, 선수금, 2차 AA사업 중개수수료를 합한 경우 과세대상인 이 사건 각 계좌의 돈보다 많게 되나, 원고가 인정한 2차 AA사업 중개수수료가 먼저 입금되었음을 전제로, 나머지는 투자금, 선수금으로 본다), 2006 사업연도 1,724,363,252원이다.

(2) 따라서 이 사건 처분 중 ① 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함)의 각 부과처분, ② 2003 사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함)의 부과처분 중 1,017,101,514원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함)의 부과처분 중 2,097,423,506원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,852,417원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함)의 부과처분 중 1,724,363,252원을 초과하는 부분은 위법하므로 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.