1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.7.24.부터 OOO로부터 OOO(이하 “OOO부지”라 한다)를 임차하여 2005년 9월부터 골프장을 건설․운영하고 있는 사업시행자로, 골프장 시설 내에 있는 유휴토지를 활용하기 위하여 2013.5.31. OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 OOO부지 내 같은 동 OOO 외 2필지 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)에 OOO(2014.7.23. 준공, 이하 “쟁점센터”라 한다)를 건설하고 이를 2020.12.31.까지 전대하는 내용의 “쟁점센터 개발․임대 및 사업협약(이하 “쟁점센터 임대차계약”이라 한다)을 체결하고, 이에 따라 OOO로부터 수수한 임대료를 각 사업연도의 익금으로 하여 법인세를 신고․납부하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.5.18.부터 2015.9.25.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점센터 임대차계약상 임대료는 ① OOO에 지급하는 쟁점토지 사용료, ② 대출원리금 상환액(이하 “시설사용료”라 한다), ③ 임대이윤(연 OOO원)으로 구성되어 있고, 청구법인은 쟁점센터 건설비용인 시설사용료를 OOO로부터 수취하여 아래 <표1>과 같은 상환일정으로 금융기관에게 상환하고 있는바, 그 중 임대차기간이 종료되는 2020년 12월말에 일시에 상환하는 원금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 「부가가치세법」제29조 제10항 제3호의 “후불임대료”에 해당한다고 보아 이를 임대차기간으로 안분하여 다른 조사내용과 함께 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.12.1. 청구법인에게 부가가치세 OOO원(2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원), 2014사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

<표1> 시설사용료 상환일정

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

가. 청구법인 주장

  처분청은 쟁점센터 임대차계약의 임대차기간은 2020년까지이므로 2020년에 일시에 지급하도록 되어 있는 쟁점금액을 후불임대료로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인과 OOO가 체결한 쟁점센터 임대차계약 제3조에서 “당사자들은 2025년까지 청구법인과 OOO가 OOO의 쟁점센터에 대한 독점운영권, 시설임차권 및 쟁점토지에 대한 사용권을 보장하는 것이 본 협약 및 본 건 사업의 전제가 된다”고 되어 있고, 제20조에서 임대차기간의 만료일을 2020.12.31.로 하면서 OOO가 갱신거절의사를 통지하지 않는 한 임대차기간을 5년간 자동연장한다고 되어있으며, OOO도 OOO의 쟁점센터 임대차기간을 2025년까지 보장한다고 하였으므로 OOO의 쟁점센터 임대차기간은 2025년까지인 것으로 보아야 한다.

  청구법인과 OOO가 쟁점센터 임대차계약을 체결하면서, 임대차기간을 2025년까지로 정하지 아니하고 2020년까지로 한 후 5년을 추가하는 형태로 약정한 이유는 청구법인과 OOO 간에 2009년 11월 체결한 실시협약상 청구법인이 2020년까지 쟁점토지를 사용할 수 있고 추가되는 5년은 OOO에서 새로운 사업자를 선정하여 임대할 권리를 가지고 있어 부득이 임대차기간을 2020년을 기준으로 나누어 약정할 수 밖에 없었다.

  청구법인과 OOO가 2009년 11월 체결한 실시협약상 쟁점토지를 포함한 OOO부지의 2021년 이후의 사업권은 최고입찰자에게 부여되는데, 동일한 조건이라면 우선협상권에 의하여 청구법인이 사업을 계속하도록 되어 있고 OOO에서 청구법인에게 우선협상권을 행사하도록 요구하는 경우 청구법인은 이에 반드시 응하여야 하므로 청구법인이 사업시행자로 선정될 가능성이 매우 높음에도 불구하고 청구법인이 2021년 이후 사업시행자로 선정되지 아니하여 임대권한을 상실할 것으로 단정하고 임의로 과세하는 것은 불합리하다.

또한, 처분청의 의견대로 임대차기간이 2020년까지이고 쟁점금액이 후불임대료라면, OOO는 최초연장기간(2021년부터 2025년)에도 시설사용료를 추가로 부담하여야 되나, OOO의 보장공문에는 OOO는 기존의 임대료(① 쟁점토지 사용료, ② 시설사용료, ③ 임대이윤) 중에서 금융기관에서 차입한 쟁점센터 건설비용인 ②의 시설사용료에 대하여는 OOO가 2025년까지 전액 상환한다면, OOO공사 또는 신규 사업시행자에게 2021년부터 2025년까지의 시설사용료는 이중으로 부담하지 않는 것으로 되어 있으므로 쟁점금액은 2021년부터 향후 5년에 대한 시설사용료를 선불한 것으로 보아야 할 것이다.

  청구법인은 2021년 이후 사업시행자로 선정되지 못하면, 2020년말 잔존 채무액을 청구법인이 부담하여야 하므로 사업시행자로 선정되지 못하는 상황이 발생하더라도 OOO로부터 시설사용료를 회수하여 잔존채무를 상환하고 사업을 종료하기 위하여 쟁점금액을 최초연장기간 동안 안분하여 수령하지 아니하고 2020년말일시에 지급받기로 한 것이다.

  따라서 2020년말에 지급하도록 한 쟁점금액은 2014년부터 2020년까지의 후불임대료가 아닌 최초연장기간(5년)에 대한 선불임대료로 보아야 할 것이므로 아직 과세기간이 도래하지 아니한 쟁점금액을 청구법인의 임대수입으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 쟁점센터를 OOO에 임대하고 있는 청구법인은 OOO로부터 쟁점센터를 포함한 OOO부지를 임차하여 골프장을 운영하는 임차사업자로, OOO부지의 임대차만료일은 2020년으로 되어 있고, 이후에는 청구법인과 OOO가 2009.11.24. 체결한 실시협약에 따라 임차부지는 OOO로 예정부지이므로 토지사용기간이 종료됨과 동시에 원상회복(6개월 이내에 철거)하거나 시설물 전부(골프장 시설 및 쟁점센터)의 소유권을 OOO에 무상으로 이전하여야 하므로 청구법인은 2021년부터는 쟁점센터를 OOO에 임대할 권리가 없으며, 청구법인도 과세사실판단자문위원회에 “2020년말에 청구법인과 OOO와의 토지사용계약이 종료되는바, 협약에 따르면 청구법인은 OOO에 해당 토지 및 건축물을 인계 또는 철거하도록 되어 있다”는 내용의 의견서를 제출한 사실이 있다.

  특히, 쟁점센터 임대차계약에 따라 청구법인이 OOO로부터 2020.12.31.까지 수취하는 임대료는 ① 청구법인이 OOO에 지급하여야 하는 쟁점토지 사용료, ② 청구법인이 금융기관에 부담해야 하는 대출원리금 상환액(시설사용료), ③ 임대이윤(연간 OOO원)으로 되어 있는데, 위 임대료 중 ②의 시설사용료는 OOO가 OOO체험장 등으로 사용하기 위해 청구법인에서 건설하도록 한 것이어서 청구법인이 임대인으로서의 지위를 유지하는 동안 OOO로부터 수취하여야 하는 임대료이고, 쟁점센터 임대차계약 제20조에서 쟁점센터의 임대차기간은 2020.12.31. 만료된다고 명시되어 있다.

  청구법인은 OOO가 OOO로부터 2025년까지의 독점운영권을 보장받았다고 주장하나, 동 보장공문에는 “OOO의 독점운영권은 2020년까지는 청구법인과의 실시협약 범위 내에서 보장이 가능하고, 2021년부터 2025년까지는 신규 사업시행자 선정을 위한 입찰공고시 새로운 사업시행자가 OOO와 임대차계약을 체결하는 조건으로 보장한다”고 되어 있는바, 이는 OOO에게 2025년까지의 독점운영권을 보장하는 규정일 뿐 청구법인에게 쟁점센터에 대한 임대인의 지위를 보장하는 규정이 아니다. 즉, 청구법인이 쟁점센터를 임대하기 위해서는 신규 사업시행자 선정을 위한 경쟁입찰에 참가하여 새로운 사업시행자로 선정되어야 하므로 2021년 이후 청구법인에게 쟁점센터의 임대권이 있다고 보기 어렵다.

  청구법인이 시설사용료 상환일정에 따라 OOO로부터 시설사용료를 임대료로 수취하여 금융기관에 2020년말까지 전액상환한다면, OOO는 더 이상 시설사용료 지급의무를 부담하지 않는 것이므로 최초연장기간에 시설사용료를 부담하지 않는다는 이유로 쟁점금액을 선불임대료라고 볼 수 없다.

  2021.1.1.이후 쟁점센터의 소유권은 OOO에 귀속되며, OOO는 신규 사업시행자를 선정하여 동 시설물을 신규 사업시행자에게 임대하고 신규 사업시행자는 OOO에 동 시설물을 전대하도록 되어 있다. 청구법인이 신규 사업시행자로 선정된다 할지라도 이는 기존 임대차계약이 아닌 새로운 전대차계약에 따른 전대권자가 되는 것이고, ‘상환만기 등 기한의 도과를 포함하여 기한의 이익 상실시 OOO가 대출원리금에 대한 면책적 채무인수’를 하도록 되어 있으므로 신규 사업시행자에게는 대출원리금에 상당하는 임대료 수익을 수취할 권한이 없다.

  청구법인이 임대차계약 종료일(2020.12.31.)에 쟁점금액을 지급받는 경우 임대수익 OOO원이 발생하고, 지급받지 못하면 대출약정서의 면책적 채무인수계약에 따라 OOO에게 채무를 인계하여 채무면제이익(OOO원)이 발생하므로 쟁점금액은 2020.12.31.까지의 임대수익(현금 OOO원+임대수익 혹은 채무면제이익 OOO원)이다.

  따라서 청구법인이 각 과세기관에 수취한 임대료 이외에 임대차기간 말인 2020년 별도로 수취하는 일시상환금은 각 과세기간에 수취하여야 할 금액을 후불로 받은 「부가가치세법」상 후불임대료에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액을 후불임대료로 보아 임대차기간으로 안분하여 법인세 등을 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

  (1) 부가가치세법(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정된 것)

   제29조[과세표준] ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우

2. 과세되는 부동산 임대용역과 면세되는 주택 임대용역을 함께 공급하여 그 임대구분과 임대료 등의 구분이 불분명한 경우

3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우

(2) 부가가치세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정된 것)

   제65조[부동산 임대용역의 공급가액 계산] ⑤ 법 제29조 제10항 제3호에 따라 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불이나 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 공급가액으로 한다. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 제61조 제1항 제6호 후단을 준용한다.

  (3) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 것)

   제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (4) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정된 것)

   제71조[임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료상당액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 수익과 손비로 계상한 경우 및 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.

1. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일

2. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여지지 아니한 경우에는 그 지급을 받은 날

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구법인은 2013.5.31. OOO와 쟁점센터를 건설하고 이를 2020.12.31.까지 전대하는 내용의 쟁점센터 임대차계약을 체결하고, 동 계약에 따라 OOO로부터 수수한 임대료를 각 사업연도의 익금으로 하여 법인세를 신고․납부하였으며, 조사청은 2015.5.18.부터 2015.9.25.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점센터 임대차계약상 임대료는 ① OOO에 지급하는 쟁점토지 사용료, ② 시설사용료 ③ 임대이윤으로 구성되어 있고, 청구법인은 쟁점센터 건설비용인 시설사용료를 OOO로부터 수취하여 위 <표1>과 같은 상환일정으로 금융기관에게 상환하고 있는바, 그 중 임대차기간이 종료되는 2020년 12월말에 일시에 상환하는 쟁점금액은 「부가가치세법」제29조 제10항 제3호의 “후불임대료”에 해당한다고 보아 이를 임대차기간으로 안분하여 다른 조사내용과 함께 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2015.12.1. 청구법인에게 각 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하였다.

(2) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다.

   (가) 청구법인은 OOO로부터 OOO부지를 임차하여 골프장을 운영하고 있으며, OOO부지 내 쟁점토지를 활용하기 위하여 2009.11.24. OOO와 아래 <표2>와 같이 실시협약을 체결하였는바, OOO부지의 임대차기간 종료일은 2020.12.31.이다.

<표2> 청구법인과 OOO가 체결한 실시협약 주요내용

   (나) OOO가 2012.8.17. 청구법인에 송부한 “경관개선부지 추가개발사업 관련 질의에 대한 회신 공문(재무처-5117)”에 의하면, 위 <표2>의 실시협약에 따라 2020년까지는 사업시행자인 청구법인과 실시협약의 범위 내에서 OOO 투지유치 관련 권리가 보장되며, 동 사업의 실시협약기간이 종료되는 2021년부터 2025년까지는 신규 사업시행자 선정을 위한 입찰공고시 새로운 사업시행자는 OOO와 임대차계약을 체결하는 조건으로 시행함으로써 보장하고, 청구법인, OOO 및 특수목적법인(SPC)간의 OOO 구조에 따라 OOO가 2025년까지 시설사용료를 부담하거나 시설투자비를 상환한다면, OOO는 OOO가 OOO 또는 신규 사업시행자에게 2021년부터 2025년까지의 시설사용료(또는 시설투자비)를 이중 부담하지 않도록 한다”고 기재되어 있다.

   (다) 청구법인은 골프장 시설 내에 있는 유휴토지를 활용하기 위하여 2005년 OOO원을 투자하여 OOO 코스시설을 건설하여 위탁․운영하고자 하였으나, 위탁운영자를 구하지 못하다가 2013.5.31. OOO와 OOO 건물 및 코스시설을 갖춘 쟁점센터를 건설하고 이를 OOO에 임대하기로 하는 쟁점센터 임대차계약을 아래 <표3>과 같이 체결하였으며, 건설자금 OOO원을 금융기관에서 차입하여 쟁점센터를 준공하고 2014년 9월 청구법인 명의로 소유권 보존등기를 하였다.

<표3> 쟁점센터 임대차계약

   (라) 쟁점센터 임대차계약 제22조에서 OOO가 청구법인에 지급하여야 하는 임대료는 아래 <표4>와 같이 구성되어 있는바, 청구법인은 금융기관으로부터 차입한 ②의 시설사용료를 OOO로부터 수취하여 위 <표1>의 일정에 따라 상환하고 있다.

<표4> 임대료 구성내역

   (마) 한편, 처분청이 시설사용료를 후불임대료로 보아 과세한 경위는 다음과 같다.

    1) 조사청은 조사과정에서 쟁점센터의 실제소유자는 OOO이고, 청구법인이 OOO에 쟁점센터를 임대한 것이 아니라 건설용역을 제공하거나 재화를 양도한 것으로 보아 세금계산서를 미발행한데 대하여 관련 부가가치세를 과세(약 OOO원)하고자 하였으나, 이에 대한 과세사실판단자문위원회에서 조사청은 청구법인이 쟁점센터를 자산이 아닌 “대여금”으로 회계처리한 점, 쟁점센터 건설 관련 대출원리금 OOO원 등을 임대료 형태로 OOO가 실질적으로 부담하고 있는 점, 차입금 상환과 관련하여 미래에 발생할 수 있는 모든 위험을 OOO가 부담하는 면책적채무인수의무가 있는 점 등에 비추어 쟁점센터의 사실상 소유자는 OOO이고, OOO에 쟁점센터 공사용역을 제공하거나 재화를 양도하였음에도 쟁점센터 준공 시점에 세금계산서를 발행하지 아니하였다고 보아 부가가치세를 과세하여야 한다는 의견이었고, 청구법인은 쟁점센터의 법률적․경제적 소유권자는 청구법인이고, OOO와 임대차계약을 체결하였으며, 쟁점센터를 건설중인 자산이 아닌 대여금으로 회계처리하였으나 이를 이유로 적법한 등기권자이자 임대차계약상 임대인인 동시에 건설자금의 차주에 해당하는 청구법인을 쟁점센터의 소유권자로 보지 아니하는 것은 부당하다고 주장하였다.

    2) 과세사실자문판단위원회는 청구법인의 주장을 받아들여 청구법인이 OOO에 쟁점센터를 임대하고 시설사용료 등의 임대수익을 얻은 것으로 결정하였고, 조사청은 동 결정에 따라 시설사용료 중 쟁점금액을 후불임대료로 보아 과세자료를 통보하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 후불임대료이므로 임대차계약기간(2014년～2020년)동안 안분계산하여야 한다는 의견이나, 쟁점센터 임대차계약 제3조에서 “청구법인과 OOO는 2025년까지 청구법인과 OOO가 OOO의 쟁점센터에 대한 독점운영권, 시설임차권 및 쟁점토지에 대한 사용권을 보장하는 것이 본 협약 및 본 건 사업의 전제가 됨을 인정한다”고 규정하고 있고, 제22조에 2020.12.31.까지의 임대료 외에 최초연장기간인 2021.1.1.부터 2025.12.31.까지의 임대료까지 별도로 규정하고 있으며, 청구법인과 OOO가 체결한 실시협약 제63조에서 OOO는 사업시행자인 청구법인이 토지사용기간 만료일 6개월 전에 기간의 연장을 요청할 경우 OOO시설의 불가피한 확장계획 등의 사유가 없는 경우에는 우선협상권을 부여하여야 한다고 규정하고 있는 점, 일시사용료 상환일정에 따라 2020년에는 시설사용료(약 OOO원)와는 별도로 일시에 상환하도록 약정되어 있는 쟁점금액OOO을 최초연장기간(2021년～2025년)의 임대료로 안분계산하면 연 OOO원정도라 이전 임대차계약기간(2014년～2020년)의 시설사용료(연 OOO원, 원리금 기준)와 유사한 수준인 점, 만약 쟁점금액이 후불임대료라면 직접적인 이해관계 없이 오직 금융기관에게 상환할 목적으로만 수취하는 청구법인이 특수관계가 없는 OOO에게 정상가격의 2분의 1수준의 가격으로 저가임대한 결과가 되어 사회통념이나 상거래관행상 불합리한 점 등에 비추어 쟁점센터 임대차계약의 당사자는 임대차기간이 2025년까지 연장될 것으로 보고 OOO부지의 임대차기간 만료일과 사업시행사의 변경여부에 불구하고 안정적인 사용권 등을 확보할 목적 등을 고려하여 2021년부터 2025까지의 시설사용료는 2020년말 일시상환받기로 약정한 것으로 보이므로 처분청이 아직 실현되지도 아니한 쟁점금액을 2014년부터 2020년까지의 후불임대료로 보아 법인세 등을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.