[주 문]

OOO세무서장이 2014.6.3. 청구인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분에 대한 청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.2.25. 개업하여 전라남도 OOO 소재에서 건강식품을 제조하고 있고, 2008년 제2기에 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 계산서(이하 “쟁점금액” 또는 “쟁점계산서”라 한다)를 발급받아 2008사업연도 법인세 신고시 매출원가에 반영하였다.

나. OOO세무서장이 2013년 9월 세무조사를 한 결과 쟁점거래처가 청구법인에게 실물거래 없이 쟁점계산서를 발급하였다는 내용의 과세자료를 통보하자, 처분청은 쟁점금액을 손금부인하여 2014.6.3. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하면서 OOO에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 2014.12.24. 제출한 직권시정 요구가 2017.1.25. 거부된 후 무신고함에 따라, 2017.2.7. 청구법인에게 2008년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.25. 이의신청을 거쳐 2017.8.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 쟁점금액을 손금부인하여 청구법인에게 한 법인세 부과처분(2014.6.3.)과 그 소득처분에 따른 근로소득세 부과처분(2017.2.7.)은 5년의 부과제척기간(2014.3.31.)을 도과하여 무효인 처분이므로 취소되어야 한다.

 (1) 청구법인의 행위는 ‘부정행위’에 해당하지 않으며 국세의 포탈이나 부정환급․공제도 없었다.

  (가) OOO세무서장이 실물거래 없이 쟁점계산서를 발급한 쟁점거래처를 조사하는 과정에서 청구법인은 실지 거래가 없었던 사실은 모두 시인하고, 다만 이와는 별개로 제3자인 다수의 농민들로부터 동일 금액 상당의 실물을 매입하여 원가로 투입한 것은 사실이므로 이를 인정하여 달라고 요청하였는바, 당시 청구법인의 OOO는 2008년 하반기에 사기사건에 연루되어 사무실을 비롯한 공장 등에 대한 경찰의 압수수색과 검찰수사가 이어지고 구속상태로 재판을 받는 등 형사문제로 큰 어려움을 겪으면서 회계장부나 다수의 증빙자료 등을 분실하였고, 이런 상태에서 부가가치세 신고기한이 다가오자 그 거래내역 등을 상세히 알지 못하던 실무자들이 시간에 쫒긴 나머지 어쩔 수 없이 쟁점거래처로부터 쟁점계산서를 수취하여 신고하게 되었던 것이다.

  (나) 그러나, 청구법인과 같은 농산물가공업체에서 매입 없는 매출이 발생할 수 없는 것으로 매출은 모두 정상 거래였고 사실대로 신고되었으며 실제 2008사업연도에 청구법인이 신고한 원재료 사용액/매출액(임가공매출 제외) 비율인 원재료 투입비율은 44.03%로 2007년의 원재료투입비율 46.94%, 2009년도의 원재료투입비율 43.75%와 큰 차이를 보이지 않고 있다.

  (다) 청구법인은 외부회계감사 대상법인으로 매년의 회계자료가 공인회계사의 감사를 거쳐서 금융감독원 홈페이지에 공시되고 있는데 2007년부터 2009년도 회계감사결과 “적정의견”을 받은 바 있으므로 쟁점금액 상당액이 실물로 원재료에 투입된 사실은 이에 의해서도 명백하게 입증될 뿐만 아니라, 청구법인에 근무하다가 퇴직한 경리직원으로 회사의 모든 잘못을 알고 있는 OOO이 청구법인을 노동청에는 고발하면서 국세청에는 고발하지 않았다는 사실은 쟁점계산서가 가공자료가 아니고 위장자료인 사실을 간접적으로 증명하는 것이라 할 것이다.

  또한 소송사건(2008고합5280) 기록들을 살펴보면 당시 쟁점계산서 수수 시점에 기업사냥꾼들의 제의로 특판사업부를 만들었고, 그 특판사업부를 통하여 갑작스럽게 판매물량이 늘어나는 상황에서 농산물인 원재료가 대량으로 필요했던 상황을 간접적으로 확인할 수 있다.

  (라) 2014.12.24. 청구인은 뒤늦게 청주지방법원 OOO이 쟁점거래처에 대한 재판에서 “조세포탈의 결과가 발생하지 않았다”고 판결한 사실을 알게 되어 OOO세무서장에게 법인세 부과처분 등에 대한 직권시정요구서를 제출하였으나 OOO세무서장은 이를 거부하였다.

  (마) 판례에서는 ① 세금계산서 발급자의 부정한 방법에 의한 포탈․환급․공제가 있었고 ② 청구인이 세금계산서 발급자의 부정한 방법에 의한 포탈․환급․공제행위와 자신의 매입세액 공제․환급받은 행위로 인하여 결과적으로 국가의 세입이 감소된다는 인식을 하여야만 10년의 부과제척기간이 적용된다는 것(대법원 2017.1.12.선고 2016두52811 판결)이다.

  여기서 주의할 점은 자료상으로부터 매입자료를 받은 자의 행위만을 볼 것이 아니고 허위세금계산서를 발급한 자가 매출누락하거나 부가가치세액을 적게 신고․납부하거나, 이미 매출세액으로 신고한 세액을 다시 환급받는 등의 부정한 방법을 사용하여 본인의 세금을 면탈하여야 하고, 매입자가 매출자의 이러한 행위가 국가의 세입의 감소를 가져온다는 사실을 인식하여야 한다는 사실이다.

  (바) 청구법인은 쟁점거래처로부터 쟁점계산서를 수취할 당시 실물거래가 있었던 농민 등 제3자로부터 계산서를 발급받는 일이 현실적으로 불가능한 상황에서, 부득이 동종의 사업자라 할 영농조합법인인 쟁점거래처로부터 쟁점계산서를 수취하였다.

  특히 회사가 송사에 휘말려 의사결정권자들이 부가가치세신고나 법인세 신고 등에 신경 쓸 겨를이 없는 상황에서 경리실무자가 ‘회사를 살리겠다는 충정’으로 허위계산서를 받았던 사실이 청구법인이 제시한 객관적 기록들에 의하여 확인될 뿐만 아니라 쟁점거래처는 면세재화인 농산물을 매매하는 영농조합법인으로 당초부터 부가가치세의 부당공제는 발생할 수 없고 2006년까지 상당한 물량의 실제거래를 해온 관계라 매출세액 누락이나 매입세액 부당공제 등 부정행위를 하는 자료상이라고 전혀 생각조차 못했던 일이다.

 청구법인의 입장에서는 OOO원 상당의 실물거래가 있었던 것은 사실이므로 비록 쟁점거래처로부터 실물거래 없는 계산서를 수취하더라도 그 액수만 실질과 부합하면 문제가 없을 것이라는 단순한 생각을 하였을 뿐, 이와 같은 행위가 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대하여는 추호도 생각해 본 일이 없다.

  (사) 한편, 쟁점거래처의 OOO은 청주지방법원 OOO 2013고단963「조세범처벌법」위반으로 기소되어 2014.4.3. 청주지방법원으로부터 징역 6월에 집행유예 1년을 선고받았으나, 동 양형이유를 보면 별다른 전과가 없다는 점, 범죄사실을 모두 자백하고 반성하는 점 이외에 “조세포탈의 결과가 발생하지 않은 점”을 들고 있는바, 이는 쟁점거래처가 조세를 포탈한 것이 없고, 청구법인이 매입세액을 공제받지 않아 국가의 조세수입이 감소한 것도 없으므로, 위 판례 등에 따라 이 건 청구법인의 행위는 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’에 해당하지 않는 것으로 5년의 부과제척기간이 적용되는 것이다.

 (2) 정부가 법인세 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 그 법인의 주주․사원․사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분된 금액은 사기 기타 부정행위로 볼 수 없다.

  (가) 「조세범처벌법」(2008.1.1. 법률 제8829호로 일부개정된 것) 제9조의2에서 법인세의 과세표준을 법인이 신고하거나 정부가 결정 또는 경정함에 있어서 그 법인의 주주․사원․사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분된 금액은 “사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 아니한다”라고 명백하게 규정하고 있으므로 처분청이 청구법인의 OOO의 소득으로 처분한 것은 ‘부정행위’에 해당하지 않는다.

  또한 이미 부과제척기간이 도과된 후의 법인세 부과처분(2014.6.3.)이 당연무효이므로 그 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 별도로 처분대상이 되지 않는 것이고, 쟁점계산서는 세금계산서가 아니어서 부가가치세 부당 공제의 대상이 아니며 조세포탈도 없었으므로 당연히 5년의 부과제척기간을 적용하여 위 처분들은 모두 취소하여야 한다.

  (나) 청구법인이 불필요한 송사에 휘말려 사법처리되는 특수한 사정에 처하여 경리직원이 실제투입원가에 대한 입증차원에서(공인회계사들의 감사보고서가 적정의견을 표사한 사실과 원재료 투입비율표에 의하여도 실제 투입원가인 사실은 간접적으로 입증됨) 쟁점계산서를 수취하였고, 쟁점거래처에 대한 청주지방법원 OOO의 판결에서 “쟁점거래처의 (자료상)행위의 결과로 조세포탈이 발생하지 않았다”고 판단한 사실 등은 대법원 판례에서 말하는 ‘당사자들의 인식’과 ‘포탈의 결과’가 발생하지 않은 사실이 명백한 것이며, 여직원이 청구법인을 조세포탈로 고발하지 않은 사실은 쟁점계산서 관련 거래가 가공이 아니라 위장인 사실을 간접적으로 증명하는 것이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 원처분인 당초 법인세 부과처분은 정당하다.

  (가) 판례(서울행정법원 2010.4.22. 선고 2009구합 18646 판결, 같은 뜻임)에 의하면 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 수취하여 부가세 신고시 이를 매입세액으로 공제하고, 법인세 신고시 그 공급가액을 손금에 산입하는 행위는 과세관청의 조세 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적 행위로 「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호 및 「조세범처벌법」제3조 제6항 제2호 또는 제5호의 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 판시하고 있는바, 청구법인이 쟁점거래처로부터 가공의 계산서를 수취하고 원가를 공제받은 행위도 동일하게 부정행위에 해당한다.

  (나) 또한, 당시 조사종결보고서에 ‘장기 사업 영위 법인으로 가공계산서의 수취가 조세포탈의 결과를 초래하는 점을 충분히 인지할 수 있었고 거래처의 기망에 의해서가 아닌 청구법인이 주도적으로 계산서를 수취했다’고 되어 있으므로 당초 법인세 과세처분은 정당하다.

 (2) 2009년 귀속 원천징수분 근로소득세 부과처분도 정당하다.

   「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호가 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되면서 “부정행위로 포탈하거나 환급‧공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다”고 규정하였는바, 종전에는 소득처분에 따른 소득세의 경우 일반적으로 소득세 포탈의 고의를 인정하기 어려워 위와 같은 추가입법이 이루어진 것으로 보이므로 청구법인에 대한 인정상여 처분도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 2008사업연도에 매출원가로 신고한 쟁점계산서상 금액을 부인하고 법인세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 것인지 여부

  ② 위 법인세 부과처분에 따라 쟁점금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 원천징수분 근로소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2008.12.26. 법률 제9263호로 일부개정되기 전의 것)

제21조(납세의무의 성립) ② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

1. 원천징수하는 소득세·법인세 : 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

제22조(납세의무의 확정) ② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

  제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

 (2) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부개정된 것)

  제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

부칙(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부개정된 것)

  제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

(3) 국세기본법 시행령

  제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 「조세범 처벌법」제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

(4) 조세범처벌법(20101.1. 법률 제9919호로 전부개정된 것)

제3조(조세포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 “포탈세액 등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.(단서생략)

⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계사서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.「조세특례제한법」제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖의 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(5) 조세범처벌법(20101.1. 법률 제9919호로 전부개정되기 전의 것)

제9조의2 다음 각호에 게기하는 소득금액은 사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 아니한다.

2. 법인세의 과세표준을 법인이 신고하거나 정부가 결정 또는 경정함에 있어서 그 법인의 주주·사원·사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분된 금액

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인은 2000.2.25. 개업하여 전라남도 OOO 제조를 주업으로 하는 법인으로 2008년 제2기에 쟁점거래처로부터 쟁점계산서를 발급받아 법인세 신고시 매출원가에 반영하였는데, OOO세무서장이 2013년 9월 쟁점거래처에 대한 세무조사결과 동 법인이 청구법인에게 실물공급 없이 쟁점계산서를 발급하였다는 내용의 자료를 통보하자, OOO세무서장은 2014.3.6.부터 청구법인에 대한 조사를 진행하였고 청구법인이 2008년 쟁점계산서 수취와 별개로 쟁점금액에 해당하는 매출원가가 실지 투입되었다고 주장함에 따라 2014.3.18. 국세청에 과세사실판단 자문을 신청하였다.

(나) OOO세무서장은 2014.4.2. 개최된 과세사실판단 자문위원회에서 부외원가에 대한 구체적인 장부나 증빙 등을 제시하지 아니하였다는 점을 들어 실제 쟁점금액의 매출원가를 투입하였다는 청구주장을 불채택하고 법인세 등의 경정결정 자료를 작성하였다가, 청구법인이 2014.4.28. 사업장을 전라남도 OOO로 이전하자 동 자료를 통보하여 처분청이 2014.6.3. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하면서 대표자인 청구인에게 쟁점금액을 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

(다) 청구법인은 「조세범처벌법」위반으로 고발된 쟁점거래처에 대하여 조세포탈의 결과가 발생하지 않았다는 판결(청주지방법원 OOO 2014.4.3. 선고 2013고단963 판결)이 선고된 사실을 확인한 후, 2014.12.24. OOO세무서장에게 5년의 부과제척기간이 만료된 사실 등을 이유로 하여 위 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분을 취소해 달라는 취지로 직권시정요구서를 제출하였고 OOO세무서장은 2015.2.9. 이에 대하여 국세청장에게 과세기준자문신청을 하였다.

 (라) OOO세무서장은 2017.1.11. 회신된 과세기준자문내용에 따라 사실판단한 결과 2017.1.25. 청구법인에게 “부과제척기간을 10년으로 적용한 당초 처분은 정당”하다고 직권시정요구에 대한 통지를 하였으며, 2014.6.3. 2008사업연도 법인세를 부과하면서 이미 소득금액변동통지를 하였던 대표자 인정상여 관련 원천징수분 근로소득세를 청구법인이 무신고한 것을 확인하고 이를 원천징수하도록 하자, 처분청은 2017.2.7. 청구법인에게 2008년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

  (마) 청구법인은 2017.4.25. 2008사업연도 법인세 부과처분 및 대표자 인정상여 소득금액변동통지처분에 대한 직권시정요구의 거부통지(2007.1.25.)와 2008년 귀속 원천징수분 근로소득세 부과처분(2017.2.7.)에 대하여 이의신청을 하였으나, 처분청은 위 직권시정요구가 경정청구의 성격으로 이미 경정청구기간이 도과한 후에 제기되어 부적법하고,

  2008년 귀속 원천징수분 근로소득세 부과처분은「국세기본법」제21조 제2항 제1호 및 제22조 제2항 제3호의 원천징수하는 소득세에 있어서는 소득금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정되는 것으로 규정하고 있어 이는 부과처분이 아니라 이미 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당하므로 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고 그 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수는 없다(대법원 2014.1.23. 선고 2013두18551 판결, 같은 뜻임)고 하여 이를 각하한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인은 2000.2.25.부터 농산물을 이용하여 식품가공업을 영위하면서 국방부 산하 군부대에 비상식량을 납품하기까지 온갖 어려움 속에서도 전 직원들이 합심 협력하여 한 때 연간 매출액 OOO원을 달성한 회사로, OOO 등을 받았고, 10여개의 특허와 수십 종의 정부인증서를 지적자산으로 보유하고 있으며, 모범중소기업인, 여성발명대회 금상, 수출유망 중소기업, 벤처기업인증, HACCP지정 등을 받았고, 국세납부액도 OOO원에 이른다고 하고 있다. 그러나, 기업사냥꾼의 의도적인 접근과 투서에 의하여 2008.11.18. 경찰의 갑작스러운 압수수색과 수사를 거쳐 OOO가 유사수신행위 혐의로 기소되어 법정구속까지 되었다가 대법원에서 무죄 판결을 받았고 동 소송 기간 중에 의사결정권자의 지시와 판단을 구할 길이 없었던 회사 경리직원이 쟁점거래처로부터 쟁점계산서를 받은 행위로 인하여 이 건 처분을 받게 되었다고 설명하고 있다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①과 관련하여 2008사업연도에 매출원가로 신고한 쟁점계산서상 거래금액을 부인하고 법인세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 것인지를 살펴본다.

  청구법인은 2008년 쟁점계산서가 실물거래 없이 발급되었지만, 쟁점거래처가 조세를 포탈하지 않았다는 판결이 확정되었고, 그 금액에 상당하는 실물을 실제 농민들로부터 매입하여 원가로 투입한 이상 부정행위에 해당하지 않아 5년의 부과제척기간(2014.3.31.)을 적용하여야 함에도 처분청이 이를 경과한 2014.6.3. 쟁점금액을 손금부인하여 법인세를 부과한 처분은 당연 무효이므로 취소하여야 한다는 직권시정요구를 거부한 것은 부당하다고 주장한다.

  그러나, 과세대상인지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상은 명백하다고 할 수 없어 당연 무효가 아니라 할 것인 점, 이미 2008사업연도에 수취한 쟁점계산서와 관련하여 실제 거래 여부 등에 대한 과세사실판단 자문위원회의 조사 및 판단(2014.4.2.)이 있었던 점, 법인세 부과처분이 5년의 부과제척기간을 도과한 것인지는 청구법인이 쟁점거래처로부터 가공의 계산서를 수취하여 원가를 공제받은 것이 부정한 행위에 해당하는지를 조사하여야 밝혀질 수 있는 점, OOO세무서장이 국세청장의 과세기준자문 등을 거쳐 검토한 결과 2017.1.25. 청구법인에게 10년의 부과제척기간이 적용된다고 통지한 점 등을 감안하면 외관상 명백하지 아니한 위 부과처분을 당연 무효라 볼 수는 없다.

  또한 청구법인이 법인세 부과처분의 통지를 받은 날(2014.6.3.)부터 90일을 경과한 2014.12.24. 제출한 직권시정요구를 이의신청에 갈음하는 것으로 본다 하더라도 청구기간을 경과한 것이라 부적법하며 따라서 이에 터잡은 이 건 심판청구도 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 마찬가지라 할 것이다.

  한편, 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따라 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구를 할 수 있는바, 기간이 경과된 후에 제기한 경정청구에 대한 거부처분은 불복대상인 처분이 아니라 단순한 민원회신에 불과하므로 이에 대한 심판청구는 부적법한 것(조심 2012서2725, 2012.11.12., 같은 뜻임)인바, 법인세 부과처분에 대한 직권시정요구를 경정청구로 보더라도 그에 대한 거부통지(2017.1.25.)에 불복한 이 건 심판청구 또한 부적법하다 하겠다.

 (4) 다음으로 쟁점②와 관련하여 처분청이 2017.2.7. 청구법인에게 경정․고지한 2008년 귀속 원천징수분 근로소득세가 정당한지 여부를 살펴본다.

  청구법인은 「조세범처벌법」(2008.1.1. 법률 제8829호로 일부개정된 것) 제9조의2에서 법인세의 과세표준을 법인이 신고하거나 정부가 결정 또는 경정함에 있어서 그 법인의 주주․사원․사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분된 금액은 “사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 아니한다”고 규정하고 있으므로 5년의 부과제척기간이 적용된다고 주장하나, 「

  2011.12.31. 개정된 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호는 부정한 행위로 포탈한 법인세와 관련된 소득처분에 따른 소득세의 부과제척기간을 10년으로 정하고 부칙에서 그 적용시기를 2012.1.1. 이후 소득처분하는 분부터로 명시하고 있는바, 청구법인이 쟁점거래처로부터 실물 거래 없이 가공의 계산서를 수취하고 원가를 공제받은 것은 과세관청의 법인세 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 부정행위에 해당한다 할 것이므로 가공원가 상당액의 소득처분(2014.6.3.)에 따른 소득세의 부과제척기간은 10년에 해당하는 점, 이 건 심리일 현재까지 쟁점계산서의 수취와 관련하여 실제 쟁점계산서상의 실물을 매입하였다는 청구주장을 입증할 만한 증빙자료를 제시하지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 원천징수분 근로소득세를 부과한 이 건 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.