1. 처분개요

가. 청구인은 2016.12.9. OOO “양수인”이라 한다)에 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)의 발행주식 OOO주(지분율 31.16%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도(이하 2016.12.8. 체결된 관련 주식매매 계약 및 거래를 “쟁점계약” 및 “쟁점거래”라 한다)하였고, 같은 날 양수인은 쟁점주식과 양수인이 기존에 보유하던 OOO의 발행주식 OOO주(지분율 65.12%)를 OOO 유한회사(이하 “제3자”라 한다)에 양도(이하 2016.8.26. 체결된 관련 주식매매 계약과 2016.12.9. 체결된 추가합의를 합하여 “최종계약”이라 하고, 이에 따른 주식양수도 거래를 “최종거래”라 한다)하였다.

나. 쟁점계약에 따르면 쟁점주식의 매매대금은 2회에 걸쳐 수수되고, 그 매매금액은 양수인이 제3자로부터 받는 최종거래의 매매대금(이하 “최종거래금액”이라 한다)에 연동되도록 한 계산식(이하 “계산식”이라 한다)에 따라 정해지는바, 청구인은 최종거래금액 1회분 OOO원 및 2회분 OOO원을 계산식에 대입하여 산정한 쟁점주식의 매매대금 1회분 OOO원 및 2회분 OOO원(계산식에 따른 금액 OOO원에서 아래 쟁점①․②금액인 OOO원을 차감한 금액) 합계 OOO원을 2016.12.9. 및 2017.4.13. 각 수령하였다.

다. 청구인은 쟁점거래에 대하여 쟁점주식의 양도가액을 OOO원(최종거래금액을 OOO원으로 하여 계산식을 적용한 금액)으로 하고, 필요경비를 OOO원(증권거래세, 신고대리비용)으로 하여 2017.2.28. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

라. 청구인은 2017.5.30. 처분청에 양도소득세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하면서, 당초 신고한 쟁점주식의 양도가액OOO에서 ① 최종계약에 따라 OOO의 고객사인 OOO 주식회사에 지급하는 보상금으로 양수인이 은행에 신탁(escrow)해 둔 OOO원(최종거래금액의 10% 상당액) 중 실제 보상금으로 인정되어 최종거래금액에서 차감한 OOO원에 상당하는 쟁점거래의 대금 OOO원, ② 쟁점계약에 따라 양수인이 납부하여야 할 최종거래에 따른 증권거래세의 26%인 OOO원 및 과점주주 간주취득세 전액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다), ③ 최종거래에서 발생한 자문사비용․확인실사비용 등의 26%인 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다) 총합계 OOO원(①+②+③)을 차감한 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 하고, 필요경비를 OOO원으로 기재하였다.

마. 이에 대하여 처분청은 당초 청구인이 신고한 쟁점주식의 양도가액 OOO원에서 OOO 주식회사에 대한 보상금 상당액인 OOO원만을 차감한 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 하고, 쟁점①․②금액은 양수인이 부담하여야 할 비용으로 청구인의 직접적인 양도비용이 아닌 것으로 보아 필요경비에서도 제외하여 2017.8.1. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원만을 환급하고, 나머지 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구는 거부하였다.

바.청구인은 이에 불복하여 2017.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 쟁점①금액은 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 하고, 쟁점②금액은 쟁점주식의 양도와 관련하여 청구인이 부담했어야 할 필요경비로 보아야 한다.

 (1) 「소득세법」 제96조 제1항에서 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시 실지거래가액에 따르는 것으로 규정하고 있고, 실지양도가액이란 실지로 수수한 거래대금 그 자체를 말하는 것으로 볼 수 있는바, 양도가액의 사후조정 성격을 갖는 쟁점계약 제10조 제7항에서 양수인이 부담하여야 할 증권거래세(최종거래 관련) 및 간주취득세 증가분(쟁점거래 관련)을 청구인이 부담하고 주식매매대금에서 차감하기로 약정함에 따라 청구인은 쟁점①금액을 차감한 가액을 쟁점주식의 매매대금으로 수수하였으므로 이를 양도가액으로 하여야 한다.

 (2) 「소득세법 시행령」 제163조 제5항에서 양도비에 대하여 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로 규정하고 있고, 판례(대법원 86누935 판결)에서도 필요경비 판단에 있어 해당 지출의 불가피성을 중요한 근거로 들고 있는바, 쟁점②금액은 양수인과 청구인이 보유한 주식을 제3자에게 같이 매각하기 위하여 지출한 비용으로 실질적으로 청구인이 직접 지출한 것과 다름 없을 뿐만 아니라, 청구인과 양수인 간에 체결된 2016.4.27.자 양해각서 제4조에서 쟁점계약은 최종계약이 체결될 것을 효력발생요건으로 하고, 제7조에서 2016.10.31.까지 최종계약이 체결되지 않는 경우 양해각서의 효력이 자동상실되는 것으로 하고 있는바, 최종계약이 체결되지 않으면 쟁점계약은 성립되지 않는 것이어서 쟁점거래는 최종거래에 앞서 이행되어야 하므로 쟁점②금액은 청구인이 부담할 수밖에 없는 필요경비로서 직접 지출한 비용에 해당한다.

 (3) 처분청은 청구인 및 양수인의 주식 지분율이 각 31.16%, 65.12%임에도 불구하고 쟁점계약 제10조에서는 필요경비 부담률을 26:74로 산정한 근거가 불분명하다는 의견이나, 양수인은 청구인 보다 OOO의 주식을 더 많이 보유하여 경영권 프리미엄을 반영하였고, 더구나 청구인이 수령한 양도대금은 제3자가 지급한 전체 양도대금의 26%이므로 이를 반영하여 비용을 배분한 것이다.

  또한, 처분청은 양수인이 청구인으로부터 취득한 주식의 매도단가는 OOO원이고, 제3자에게 양도한 주식매도단가는 OOO원(아래 <표1> 참조)으로 청구인이 쟁점주식을 양도하여 발생한 이익이 OOO원임에 비추어, 쟁점②금액은 양수인의 양도비라는 의견이나, 청구인이 양도한 주식매도단가 OOO원에는 경영권 프리미엄이 없어 양수인의 주식매도단가 OOO원의 약 77%에 불과하며, 「상속세 및 증여세법」상 비상장주식을 50% 이상 보유할 경우 최대주주 할증율 30%를 적용하고 있는 것과 비슷하다.

 <표1> 주식거래단가 비교

나. 처분청 의견

 쟁점①․②금액은 법적 의무 없이 부담한 조세이거나 쟁점주식을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용이 아니므로 양도가액에서 차감하거나 필요경비로 볼 수 없다.

 (1) 쟁점계약 제2조는 청구인과 양수인의 쟁점주식 양도가액을 정의하고 있고, 제10조 제7항에서 비용 및 조세에 대하여 관련 법령에 따른 부담의무자가 부담하되 예외적으로 쟁점①․②금액을 청구인이 부담하도록 하고 있는바, 쟁점계약 제2조에 따라 최종거래 금액을 계산식에 산입하면 쟁점주식의 양도가액이 확정되는 것이다.

  쟁점①금액은 최종거래에서 발생하는 증권거래세 및 쟁점거래에서 발생하는 과점주주의 간주취득세로서 납세의무자는 양수인인바, 설령 법적 의무가 없는 조세를 청구인이 부담하였다 하더라도 이를 양도가액에서 차감하는 규정은 「소득세법」 등에 없을 뿐만 아니라 이는 청구인의 필요경비에도 해당하지 않는다.

 (2) 청구인은 쟁점계약 제10조에 따라 쟁점②금액을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 이는 청구인이 해당 사업자에게 직접 지출한 비용이 아니며, 청구인과 양수인의 주식 지분비율은 약 31:68이나 쟁점계약 제10조에서 정하는 비용부담 비율 26:74는 산정근거가 불분명하고, 양수인은 청구인이 부담한 쟁점②금액에 대하여 세금계산서 등을 발행한 사실이 없어 이를 청구인이 쟁점주식을 양도하기 위하여 용역을 제공받고 지출한 비용으로 볼 수 없을 뿐만 아니라,

  양수인이 2016.12.9. 청구인으로부터 쟁점주식을 1주당 OOO원에 취득하여 보유주식을 포함하여 하루 만에 제3자에게 1주당 OOO원에 양도하여 발생한 이익이 OOO원임에 비추어 볼 때 쟁점②금액은 청구인이 아니라 양수인의 직접 양도비로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 양수인에게 납세의무가 있는 증권거래세․간주취득세를 약정에따라 청구인이 부담한 경우, 이를 양도가액에서 차감할 수 있는지

 ② 양수인이 제3자에게 주식 양도시 발생한 양도비 중 약정에 따라 청구인이 부담한 자문비용 등을 청구인의 필요경비로 볼 수 있는지

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

  제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

  제97조[양도자산의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 소득세법 시행령

  제163조[양도자산의 필요경비] ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

 가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

 다. 공증비용, 인지대 및 소개비

 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점주식 양도에 따른 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구, 처분청의 결정, 이 건 심판청구 내용은 아래 <표2>와 같다.

 <표2> 당초 신고 및 경정청구 내역 등

 (2) 청구인과 양수인은 쟁점계약을 체결하기 전인 2016.4.27. 쟁점거래 및 최종거래에 필요한 사항을 정한 양해각서를 체결한바, 양해각서 제4조에는 양도인과 양수인은 최종계약 체결 전날에 쟁점계약을 체결하여야 하고, 쟁점계약은 최종계약이 체결될 것을 효력발생요건으로 하며, 제7조에는 쟁점계약이 체결되는 경우, 2016.10.31.까지 최종계약이 체결되지 않거나 최종계약이 해제․해지․무효 등이 되는 경우 양해각서는 자동으로 효력이 상실되는 것으로 명시하고 있다.

 (3) 2016.8.26. 양수인과 제3자 간에 최종계약이 체결되었고, 이후 법무법인, 회계법인 등의 실사를 거쳐 2017.12.8. 청구인과 양수인 간에 쟁점계약이 체결된바, 쟁점계약 제2조에서 쟁점주식의 매매대금에 관하여 규정하고 있고, 제10조 제7항 가목에서는 쟁점계약의 체결 및 이행과 관련하여 발생하는 증권거래세 및 과점주주 간주취득세 증가분은 양도인이 부담하고, 나목에서는 “최종계약의 체결 및 이행과 관련하여 발생하는 비용, 조세(최종거래에 직접적으로 관련된 비용 등에 한정) 중 증권거래세 및 자문사보수OOO와 양수인이 2016.4.20. 체결한 OOO상 양수인이 지급하여야 하는 보수 및 비용일체, 법무법인 OOO과 양수인이 2016.2.29. 체결한 법률자문계약서상 양수인이 지급하여야 하는 보수 및 비용일체, OOO과 양수인이 2016.5.9. 체결한 OOO 양수인이 지급해야 하는 비용일체, 최종계약에 따라 실사되는 확인실사 비용 중 양수인이 부담하는 비용을 포함하되 이에 한정되지 아니함]는 양도인과 양수인이 26:74의 비율로 부담”하는 것으로 명시하고 있다.

 (4) 청구인이 제출한 쟁점주식 매매대금 계산내역, OOO 발급의 예금거래실적증명서, 양수인의 확인서, 청구인이 양수인에게 발급한 2017.4.13.자 영수증에서, 청구인은 쟁점거래의 대가로 1차 매매대금 OOO원을 2016.12.9. 수령하였고, 제2차 매매대금 OOO원 중 쟁점계약 제10조 제7항 가목 및 나목에 따라 청구인이 부담하여야 할 OOO원(쟁점①․②금액)을 제외한 OOO원을 2017.4.13. 양수인으로부터 수령한 것으로 나타난다.

 <표3> 쟁점①․②금액의 명세

 (5) 먼저, 쟁점①에 관하여 살펴보면, 「소득세법」 제96조 제1항에서 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 실지거래가액에 따르는 것으로 규정하고 있고, 여기서 실지양도가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체를 의미하는 것(대법원 1989.7.11. 선고 88누12011 판결, 같은 뜻임)이나, 쟁점①금액은 청구인으로부터 쟁점주식을 매입한 양수인에게 부담의무가 있는 간주취득세 및 양수인이 취득한 쟁점주식을 제3자에게 양도할 때 부담해야 하는 증권거래세의 일부로서 그 성격상 쟁점주식의 매매대금에서 차감해야 하는 항목으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 필요경비로도 보기 어려운 점, 만약 양수인에게 부담의무가 있는 간주취득세를 양도인의 매매대금에서 차감해 준다면 향후 유사한 계약에서 양수인이 부담해야 하는 취득세도 매매대금에서 차감해 주어야 한다는 논리가 성립하게 되고, 이 경우 양도소득세의 과세표준(양도가액에서 필요경비 등을 차감한 가액)과 일반적인 취득세의 과세표준(취득당시의 가액)이 순환적으로 계속하여 변경되어 양 과세표준을 확정할 수 없게 되는 모순에 빠지게 되는 점, 세법에서는 조세채권의 신속한 확정을 위하여 양도소득세 신고납부기한을 정하고 있는데, 양도인으로부터 취득한 쟁점주식을 양수인이 나중에 양도할 때 부담하게 되는 증권거래세를 양도인의 매매대금에서 차감해 줄 경우 양수인이 취득한 쟁점주식을 언제까지 양도해야 증권거래세를 양도가액에서 차감해 줄 것인가 하는 문제가 발생할 수 있는 점, 쟁점계약 제2조에 규정된 쟁점주식의 매매대금은 쟁점①금액을 차감하지 아니한 금액이어서 만약 계약서상 매매대금과 달리 양도가액을 인정하게 된다면 과거에 비하여 국세청 전산망이 발달하였음을 감안하더라도 이와는 별개로 명확하지 않은 매매대금으로 인하여 양도인이 신고하는 양도가액과 양수인이 신고하는 취득가액이 서로 달라질 수 있어 또 다른 다툼의 원인이 될 수도 있는 점 등에 비추어, 비록 청구인이 쟁점주식의 매매대금을 수령하면서 쟁점①금액을 차감한 금액만을 수령하였다 하더라도 쟁점주식의 양도가액 산정시 쟁점①금액을 차감하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

 (6) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴보면, 「소득세법」 제97조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호에서 규정하는 필요경비인 ‘자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용’이란 자산을 양도하기 위하여 지출하지 않을 수 없는 비용을 말하는바, 2016.4.27. 체결된 양해각서의 내용 및 동 양해각서에 따라 쟁점계약과 최종계약이 하루 차이로 각각 체결된 점 등에 비추어, 쟁점계약은 최종계약의 체결을 전제로 체결된 거래로 볼 수 있으므로 청구인이 거래당사자가 아님에도 부담한 최종거래 관련 자문사보수인 쟁점②금액은 쟁점주식을 양도하기 위하여 불가피하게 직접 지출한 비용으로서 청구인의 필요경비에 산입하는 것이 타당하다 할 것이다.

  따라서, 처분청이 이 건 경정청구에 대하여 쟁점주식의 양도가액에서 쟁점①금액을 차감하지 않은 것은 잘못이 없으나, 쟁점②금액은 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.