주 문

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2002년 및 2003년 중 OOO 소재 밭과 임야를 취득한 후 2004.6.8.¹⁾ OOO에서 골프연습장업을 영위하는 OOO 주식회사(이하 “쟁점회사”라 한다)를 설립(설립시 청구인 지분율 85%)하였고, 쟁점회사는 2012.9.11. 시설물의 사용승인을 받은 후 파3골프연습장 및 골프연습장 영업을 개시하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.3.14.～ 2017.5.12. 기간 동안 청구인의 2012～2015년 과세기간에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 특수관계법인인 쟁점회사에게 자신의 토지 중 59,712㎡(OOO 외 19필지로, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 무상으로 제공한 것은 「소득세법」 제41조에 따른 부당행위계산부인 규정의 적용대상이라고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 개업일자를 2012.9.12.로 하여 청구인을 임대사업자로 직권등록하는 한편, 쟁점토지의 무상임대에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하고 단순경비율 또는 기준경비율로 소득금액을 추계하여 2017.7.5. 청구인에게 2012년 제2기～2015년 제2기 부가가치세 합계 ²⁾OOO 및 2012～2015년 귀속 종합소득세 합계 ³⁾OOO을 각 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2017.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인이 회사에 무상임대를 허락한 토지는 ‘토지개발사업전 임야와 농지 상태의 토지’로, 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 개발전 토지의 적정임대료 시가를 산정해야 하나, 처분청은 적정임대료에 대한 적법한 ‘시가’를 입증하지 못하고 있으므로 이 건 처분은 전부 취소되어야 한다.

 (1) 쟁점토지의 개별공시지가가 30배 정도 상승한 것은 오로지 쟁점회사의 노력과 비용으로 골프연습장용지로 개발되었기 때문이다.

 청구인의 취득 당시 쟁점토지는 개별공시지가가 OOO에 불과한 임야였으나, 골프연습장 개발이 완료된 후 개별공시지가가 OOO 내지 OOO에 이르는 체육용지가 되었는데, 이러한 현저한 지가상승은 쟁점회사가 쟁점토지를 골프연습장으로 개발했기 때문에 가능한 것이다. 쟁점회사가 설립된 2004년 6월경에 쟁점토지의 개별공시지가는 각각 OOO 및 OOO이었고 개발이 완료된 2012년까지도 각각 OOO, OOO, OOO에 불과하였다. 그런데 쟁점회사가 개발을 완료한 다음해의 개별공시지가는 모두 OOO으로 취득 시점의 30배, 개발 완료 시점의 4～6배로 급격히 상승하였다.

 시간의 경과에 따른 지가상승을 제외하더라도 2012년과 2013년 사이의 지가변동은 오로지 ‘골프연습장 개발 완료’와 관련되었음이 명백하고, 이는 청구인의 노력이나 비용과 무관한 부분이다.

 (2) 쟁점회사의 노력과 비용으로 골프연습장이 개발됨에 따라 급격히 오른 쟁점토지의 지가상승분은 향후 청구인이 쟁점회사에 지급해야할 「민법」상 유익비상당액일 뿐이고, 청구인이 개발사업의 결과에 따라 상승된 지가를 기준으로 높은 임대료를 받을 수는 없다.

  (가) 「민법」 제626조 제2항에서 ‘임차인이 유익비를 지출한 경우 임대인은 임대차종료시 그 가액의 증가가 현존한 때에 한하여 임차인의 지출한 금액이나 그 증가액을 상환하여야 한다’고 하여 임차인의 유익비상환청구권을 규정하고 있는데, 그에 따르면 임차인인 쟁점회사가 쟁점토지에 지출한 유익비 상당액은 임대인인 청구인이 향후 회사에 상환해야 하는 금액이다. 그러나 유익비상환 또한 지가상승분을 임대인이 향유한다는 전제하에서 가능한 것으로, 청구인은 쟁점회사와의 합의하에 당초 쟁점토지를 토지개발 사업 전에 회사에게 양도하려고 하였으나 쟁점토지 중 일부에 처분금지가처분이 설정되어 양도하지 못한 사정이 있다.

 임차인이 지출한 유익비는 위에서 살펴본 것처럼 임대료에 반영되는 것이 아니라(임대료에 반영된다고 하더라도 임대료를 차감하는 요소로 작용해야지 조사청 주장처럼 임대료를 상승시키는 요소로 작용할 수는 없다), 임대인이 상환하여야 하는 비용인데, 이 건 처분과 같이 지가상승분이 임차인에게 귀속된다고 전제한다면 논리필연적으로 임대인이 임차인에게 상환하여야 할 유익비가 없다는 결론에 이르나, 그러한 결론은 「민법」상 명시적으로 임차인에게 보장된 유익비상환청구권을 침해하는 것이 되어 불합리하다.

  (나) 이 건 부과처분의 전제는 청구인이 골프연습장을 쟁점회사에 임대했다는 것인데, 이는 조사청이 임대차목적물을 오인한 것으로, 청구인이 회사에 임대한 임대차목적물은 개발 완료된 골프연습장이 아니라 ‘개발사업 전 토지’로, 쟁점회사가 자금을 들여 개발한 ‘골프연습장’에 대한 임대료를 청구인이 쟁점회사에 청구할 수는 없다.

  즉, 청구인이 쟁점토지를 취득한 것은 오로지 골프연습장 개발을 위함이고, 그 개발 전 쟁점토지를 쟁점회사에 양도하기로 합의하였으며(다만, 처분금지 가처분 신청에 따라 양도 약정은 이행되지 아니하였다), 개발자체를 회사의 비용으로 한 것이라면 청구인이 쟁점토지를 골프연습장 용지로 개발되기 이전 상태를 기준으로 임대를 한 것과 개발이익을 회사에 귀속시키기로 한 것을 건전한 사회통념이나 상관행이 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위라고 할 수 없다. 청구인에게 어떠한 이익이나 조세회피도 발생하지 않았으므로 청구인에게 부당행위계산 규정을 적용할 근거가 없다.

 (3) 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 ‘시가’에 대한 입증책임은 과세관청에 있으나 조사청은 적법한 ‘시가’를 입증하지 못하고 있다.

  (가) 조사청은 쟁점회사의 토지와 함께 공동담보로 제공된 쟁점토지에 한하여 개별공시지가를 기준으로 채무액을 안분한 다음, 그중 무상임대로 본 토지 부분을 합산하여 담보평가액을 산정하고, 무상임대로 본 토지 중 공동담보에 제공되지 않은 부분은 시가 산정에서 제외하였다. 2011년까지는 담보평가액에 비해 개별공시지가가 매우 낮았으나 개발이 완료된 2012년 이후에는 담보평가액보다 개별공시지가가 급격히 높아지자 조사청은 담보평가액도 아닌 실제 채무액을 개별공시지가를 기준으로 안분하여 수입금액을 산정하였다.

 (나) 조사청 스스로 2012년 이후의 개별공시지가에는 청구인이 임대한 ‘개발사업 전 토지’의 가치 외에 회사가 개발한 가치가 포함되어 있음을 인정하여 개별공시지가를 기준으로 적정임대료를 산정하지 못하고 실제 채무액을 개별공시지가를 기준으로 안분한 것으로 보인다. 그러나 조사청이 사용한 공동담보된 실제 채무액은 쟁점토지의 ‘시가’와 직접 연관성이 있는 금액이 아니다.

  청구인이 임대한 토지는 ‘개발사업 전 토지’이므로 조사청이 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 개발 전 토지 임대료의 시가를 산정하여야 한다. 2012년 이후 골프연습장으로 개발된 토지는 청구인이 아니라 쟁점회사의 노력과 비용으로 가치가 상승한 것인바, 조사청 주장대로 하려면 청구인이 개발 전 토지의 임대료를 쟁점회사로부터 수령하고, 청구인은 쟁점회사가 청구인 토지를 위해 지출된 부분 상당액의 투자비용을 지급해야 하는데, 골프연습장 투자비에 도달할 때까지 청구인이 임대료를 수령하지 않았다고 하여 이를 부당하다 볼 이유가 없다.

  임대차계약을 체결하고, 임차인이 유익비를 지출하여 임대차목적물 가액의 증가가 현저한 경우에는(이 건의 경우 회사가 투자비를 들여 골프연습장으로 개발함에 따라 청구인 소유의 쟁점토지에 현저한 지가상승이 있었다) 임대료 상승의 원인이 되는 것이 아니라 임차인에게 반환청구권이 생기는 것인바, 조사청은 청구인과 회사가 처음 쟁점토지 임대를 준 시점의 개발 전 적정임대료를 산정하여 쟁점회사가 지출한 투자비(유익비)를 초과하는지 여부를 검토한 후에야 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다.

  따라서, 임차인인 쟁점회사가 자기의 비용과 노력으로 골프연습장으로 조성된 쟁점토지의 적정 임대료는 개발되기 전 원래의 상태를 기준으로 한 시가에 의하여 산정하는 것이 타당하다. 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’ 또는 ‘적정 임대료’에 대한 주장ㆍ입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있는 것(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 참조)인바, 조사청은 골프연습장으로 개발된 이후의 상태를 기준으로 한 피담보채무액이 쟁점토지의 ‘시가’라는 주장만을 할 뿐 개발되기 전 원래의 상태를 기준으로 한 ‘시가’와 ‘적정 임대료’에 관하여는 아무런 주장ㆍ입증을 하지 못하고 있다.

  (다) 결론적으로, 조사청이 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 ‘시가’에 대한 적정한 입증자료가 있어야 하나, 조사청이 사용한 방법은 골프연습장의 적정한 ‘시가’ 산정 방법이 아닐 뿐만 아니라 청구인이 임대한 임대차목적물인 ‘토지개발사업전 토지’의 ‘시가’도 아니다. 조사청은 임대차목적물의 적정임대료와 임차인이 지출한 투자비용(유익비)에 대한 검토조차 없이 이 건 부과처분을 한바 근거과세원칙을 위반하였고, 과세요건사실에 대한 증명도 다하지 못한 위법이 있다.

 (4) 처분청 의견에 대한 반박

  (가) 조사청은 청구인이 쟁점토지를 담보로 제공하고 그에 대한 대가를 수취하지 아니한 점, 청구인이 직접 골프연습장 개발사업에 참여할 수 있음에도 그러하지 아니한 점 등에 대하여 경제적 합리성이 결여된 것이라고 보았다.

  그러나, 소득세법 기본통칙 41-98…3에서 보증으로 인하여 손실이 발생한 경우가 아니라면 특수관계 있는 자의 채무에 대한 보증을 한 때는 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니하는 경우의 예시’로 열거되어 있는 점, 개발행위의 주체를 청구인으로 하든지 아니면 쟁점회사로 하든지에 대하여는 각 경제주체의 선택에 따르는 것이고, 개인인 청구인이 대규모 개발사업을 직접 시행하는 것은 현실적으로 어려워 법인을 설립하여 개발사업을 하는 것이 보다 효율적인 점 등을 감안하면, 처분청이 제시한 사유들은 이 건 거래의 경제적 합리성 유무의 판단과 무관한 것이다.

  (나) 조사청은 청구인의 무상임대 개시일을 2012.9.12.로 보았으나, 실제 무상임대는 청구인이 쟁점회사에게 최초로 사용승낙서를 교부한 2005년 6월이므로 그 당시를 기준으로 임대용역의 시가를 산정하여야 한다.

 쟁점회사는 2005년 6월 쟁점토지 일대에 골프연습장을 개발하기로 하는 도시계획시설사업 인가신청을 하였다. 그 당시 인가신청을 위해서는 그 사업지 일부의 토지를 소유한 청구인의 동의가 필수적이었고, 이에 따라 청구인은 토지사용승낙서를 쟁점회사에게 교부하였다. 이후 쟁점토지의 전소유자인 종중이 지속적으로 민원을 제기하는 등의 문제로 인하여 위 사업의 인가가 지연되다가 2007.12.26. 도시계획시설(골프연습장, 도로)사업 실시계획 인가를 받았고, 동 인가는 2007.12.21. 고시OOO되었다. 2007년 12월에 착수된 동 사업은 한 차례의 변경인가 고시를 통해 준공예정일을 당초의 2009.12.31.에서 2011.12.31.로 연기하였고, 실제 준공은 2012년 8월이며 사용승인은 2012.9.11.에야 이루어졌다.

  따라서, 실제 청구인의 쟁점토지 무상임대는 2005년 6월부터 이루어졌으므로 그 당시의 임대료 시가를 산정함이 타당하나, 처분청은 골프연습장 시설 사용승인일의 다음날인 2012.9.12.을 무상임대 개시일로 보아 그 때를 기준으로 쟁점토지의 무상임대 시가를 산정하였으므로 이는 부당하다.

  (다) 처분청이 쟁점토지의 임대료 시가산정에 사용한 2011.3.31.자 피담보채무액 OOO은 쟁점회사의 기여에 따라 이미 골프연습장부지로서의 가치가 반영된 가액이므로 이를 기초로 청구인의 임대용역 시가를 산정한 것은 부당하다.

  쟁점회사는 건설비를 조달하기 위해 2011.3.31. OOO으로부터 쟁점토지와 자기 소유토지를 담보로 제공하여 OOO을 차입하였다. 그 당시 담보가치 평가목적으로 작성된 감정평가서에는 ‘쟁점토지가 일단의 골프연습장 예정부지로서 OOO으로부터 도시계획시설(골프연습장, 도로)사업 실시계획인가(도시계획과-13036)를 받은 점을 고려하여 평가하였다’고 명확하게 기재되어 있고, 유사용도 토지의 평가전례 자료에도 골프연습장부지가 포함되어 있다. 또한, 그 감정평가 당시 약 9개월 후인 2011.12.31. 준공이 예정되어 있었다는 사정을 감안하면 그 대출 당시에 평가된 가액은 골프연습장 개발로 인한 지가상승 효과가 이미 반영된 것이다. 따라서, 개발된 후의 토지가 아닌 임야상태의 토지를 무상임대한 청구인에게 조사청과 같이 개발 후의 재산가치를 이용해 임대료의 시가를 산정한 것은 잘못이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점토지를 쟁점회사를 위해 담보로 제공하고 그에 따른 대가를 수취하지 아니하였고, 당초 청구인 자신이 직접 쟁점토지를 담보로 대출을 실행한 후 개발사업에 참여하여 골프연습장 사업 관련 지분을 행사할 수 있었음에도 그러하지 아니하였을 뿐만 아니라 쟁점토지를 쟁점회사에 무상으로 제공하였다. 이는 합리적인 경제인이라면 채택하지 않았으리라 인정되는 거래로서 경제적 합리성이 결여된 것이다.

 청구인은 경제적 합리성이 결여된 거래에 해당한다 해도 개발 전 토지에 대한 적정임대료와 회사가 지출한 투자비용(유익비)을 비교하여 투자비용을 초과하는 부분에 대해서만 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점회사가 지출한 투자비용은 대부분 토지에 대한 자본적 지출 및 건물․구축물에 대한 것으로, 청구인이 부담하였어야 할 부분까지 쟁점회사 소유의 자산으로 장부에 계상하였으므로 추후 쟁점회사가 골프연습장 사업양도시 양도가액 안분과정에서 반영되어 회수되는 투자비용을 임대료와 비교(상계)해야 한다는 청구인의 주장은 불합리하며, 임대료와 투자비용간에 대가관계가 있는지도 불분명하다.

 따라서, 청구인이 특수관계법인인 쟁점회사에 쟁점토지를 무상으로 제공한 것은 부동산임대 사업소득을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한다.

 (2) 특수관계인과의 거래가 부당한 행위에 해당하는지는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격, 즉 시가를 기준으로 하여야 하고, 이때 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르며 시가가 불분명한 경우 감정가액, 「상속세 및 증여세법」 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산하되, 저당권 등이 설정된 재산은 평가기준일 현재의 시가 또는 보충적 평가방법에 의한 평가액과 해당 자산이 담보하는 채권액 등 중 큰 금액을 그 재산의 평가액으로 한다. 또한, 자산 또는 용역을 제공하거나 제공받는 경우로서 위의 시가계산방법을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로 한다.

  청구인은 2011.3.31. 쟁점회사의 채무 OOO을 담보하기 위하여 쟁점토지를 OOO에 공동담보로 제공하였다. 이후 쟁점회사는 2012년 8월 개발사업을 완료하고 골프연습장 사업을 개시하였으며, 조사청은 사용승인일의 다음날인 2012.9.12.부터 무상임대를 개시한 것으로 보았다.

 청구인 및 쟁점회사 소유 토지의 연도별 개별공시지가를 살펴보면 아래 <표1>과 같고, 그 가격추이를 보면 골프연습장 개발사업이 완료(2012년 8월)된 후인 2013년에 전체 개별공시지가가 직전연도의 금액인 OOO에서 OOO으로 급격히 상승하여 2011년 근저당설정 채무액 OOO을 초과한 것으로 나타난다.

<표1> 청구인과 쟁점회사 소유토지의 개별공시지가 내역

(

  조사청은 쟁점회사의 기여에 따른 지가 상승효과를 제거하기 위해 개발사업 완료전 당초 근저당설정 채무액 OOO을 연도별 쟁점토지와 쟁점회사 소유 토지의 개별공시지가비율로 안분하여 아래 <표2>와 같이 쟁점토지의 평가액을 산정하였고, 그 평가액에 100분의 50을 곱한 금액에 정기예금이자율을 적용해 임대료 시가를 산정한바, 이는 세법상 인정되는 적정한 임대료 시가이다.

<표2> 연도별 쟁점토지의 평가액

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 특수관계법인인 쟁점회사에게 쟁점토지를 무상임대한 것에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 2002년 및 2003년 중 OOO 소재 전(田)과 임야 79,038㎡를 취득한 후 2004년 6월 쟁점토지 일대에서 골프연습장업을 영위할 목적으로 쟁점회사를 설립하였다.

 (2) 쟁점회사는 2007.12.21. OOO 일원 111,011㎡에 체육시설(골프연습장)을 건설하는 것으로 도시계획시설사업 실시계획인가를 받은 후 2012.9.11. 골프연습장 관련 시설물의 사용승인을 받아 영업을 개시하였고, 이 건 과세기간 중 청구인과 쟁점회사간에 쟁점토지의 임대와 관련된 대가를 수수하지 아니한 것으로 나타난다.

 (3) 처분청은 골프연습장 관련 토지 112,445㎡ 중 청구인이 쟁점토지 59,712㎡를 특수관계법인인 쟁점회사에게 무상임대한 것은 「소득세법」 제41조에 따른 부당행위계산부인 규정의 적용대상이라고 보고,

  아래 <표3>과 같이 쟁점토지와 쟁점회사 소유의 토지를 공동담보로 한 2011.3.31.자 피담보 채무액 ⁴⁾OOO을 각 연도별 개별공시지가에 따라 각 소유자별로 안분한 금액을 토지의 평가액으로 산정한 다음, 그 가액에 100분의 50을 곱한 금액에 정기예금이자율을 적용하여 아래 <표4>와 같이 각 과세기간별 임대료 수입금액을 산정한 것으로 나타난다.

<표3> 2012년 쟁점토지 평가액 산정내역

<표4> 처분청의 각 과세기간별 임대료 산정내역

 (4) 청구인이 제시한 자료에는 아래의 내용이 나타난다.

  (가) 아래 <표5>의 개별공시지가 공시자료에 따르면, 청구인의 쟁점토지 취득 당시인 2002․2003년도에 1㎡ 당 OOO대였던 개별공시지가가 점진적으로 상승하다가 골프연습장 개장 다음 연도인 2013년에 OOO으로 급격히 높아진 것으로 나타난다.

<표5> 임대토지의 개별공시지가 변동내역

  (나) 2011.3.10. 작성된 감정평가서에 따르면, 쟁점회사를 채무자로 하여 OOO이 평가의뢰한 데 대해 OOO은 2011.3.8.을 가격시점으로 하여 골프연습장 예정부지 114,234㎡(청구인 소유토지 61,213㎡)를 총 OOO으로 평가한 것으로 나타나고, 그 평가 관련 주요내용은 아래와 같다.

  (다) 2005년 6월 청구인이 작성한 토지사용승낙서에는 청구인이 소유토지 6필지 76,516㎡ 중 57,968㎡를 쟁점회사의 OOO 골프연습장 조성사업지로 사용하도록 토지사용을 승낙한 사실이 기재되어 있다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  청구인이 특수관계 있는 쟁점회사에게 쟁점토지를 사용하게 하고 그 대가를 받지 아니한 것은 「소득세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제98조에 따라 용역을 무상으로 제공한 경우로서 부당행위계산부인 규정의 적용대상에 해당한다 할 것이다.

 다만, 임차인인 쟁점회사가 자기의 비용과 노력으로 골프연습장으로 조성한 쟁점토지 임대료의 시가는 골프연습장 부지로 개발되기 전 원래의 상태를 기준으로 산정하여야 하고, 부당행위계산부인 규정의 적용기준이 되는 시가에 대한 입증책임은 이를 주장하는 과세관청에게 있다 할 것(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결, 같은 뜻임)이다.

  이 건에서 처분청은 임대용역의 시가를 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 따라 쟁점토지 시가의 50%에 정기예금이자율을 곱하여 산정하면서 쟁점토지 시가산정의 기초가액으로 골프연습장 부지의 2011.3.31.자 피담보채무액OOO을 사용하였으나, 이는 2011.1.1. 기준 개별공시지가 합계액OOO의 약 2.27배에 달하고, 감정평가서에 따르면 담보재산은 골프연습장 예정부지로서 평가된 것으로 나타나 그 금액은 골프연습장 개발에 따른 상당액의 가치상승분이 반영된 것으로서 개발 전 원래상태(밭과 임야)를 기준으로 한 쟁점토지의 시가산정 자료로 사용하기에 부적정해 보이는 점,

  또한, 처분청은 쟁점토지의 무상임대 개시일을 골프연습장 시설물 사용승인일의 다음날인 2012.9.12.로 보았으나, 쟁점토지 임대료 시가산정의 기준이 되는 무상임대 개시시기는 사실상 쟁점회사가 쟁점토지를 사용하기 시작한 때로서 늦어도 쟁점회사의 골프연습장 착공시기라고 봄이 타당한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 산정한 쟁점토지 무상임대의 시가는 「법인세법 시행령」 제89조에 따른 시가에 부합하지 아니한다 할 것이다.

  따라서, 처분청이 골프연습장 개발사업 전의 상태를 기준으로 한 쟁점토지의 임대료 시가를 재조사하여 그에 따라 해당 과세기간의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

 가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

 나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

 다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

(2) 국세기본법 시행령 제1조의2[특수관계인의 범위] ③ 법 제2조 제20호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

 가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

 가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

(3) 소득세법 제41조[부당행위계산] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법 시행령 제98조[부당행위계산의 부인] ② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

(5) 법인세법 시행령 제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(6) 상속세 및 증여세법 제66조[저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권, 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산

(7) 상속세 및 증여세법 시행령 제63조[저당권등이 설정된 재산의 평가] ① 법 제66조에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

2. 공동저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액을 공동저당된 재산의 평가기준일 현재의 가액으로 안분하여 계산한 가액

(8) 민법 제626조[임차인의 상환청구권] ② 임차인이 유익비를 지출한 경우에는 임대인은 임대차종료시에 그 가액의 증가가 현존한 때에 한하여 임차인이 지출한 금액이나 그 증가액을 상환하여야 한다. 이 경우에 법원은 임대인의 청구에 의하여 상당한 상환기간을 허여할 수 있다.