주 문

 1. 청구법인의 2015년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분에 대한 청구부분은 이를 각하한다.

 2. OOO세무서장이 2017.11.20. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원(2013사업연도 법인세 세액공제 이월분 OOO원)과 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분¹⁾은 청구법인이 2013∼2015사업연도에 OOO에서 근무하는 직원들에 대한 국민연금보험료 사용자부담금으로 지출한 금액 합계 OOO원(2013년 OOO원, 2014년 OOO, 2015년 OOO원)을 「조세특례제한법」 제10조의 세액공제 대상 연구․인력개발비로 반영하고, OOO 주식회사에 대한 미수금채권 OOO원을 대손금으로 인정하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 석유 및 가스 연소기기 제조․판매업 등을 영위하는 청구법인은 1994.11.26. OOO(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 설치하여 현재까지 운영하면서 매년 OOO 전담요원의 인건비 등에 대하여 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적용받고 있다.

나. 청구법인은 2017.9.29. 처분청에 다음과 같은 사유로 2014사업연도 법인세 OOO원(2013사업연도 법인세 세액공제 이월분 OOO원 및 2014사업연도 법인세 OOO원)과 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구²⁾를 하였다.

 (1) 청구법인은 2013 내지 2015사업연도에 쟁점연구소에서 근무하는 직원들에 대한 국민연금보험료 사용자부담금으로 2013년 OOO원, 2014년 OOO원, 2015년 OOO원, 합계 OOO원(이하 “쟁점 국민연금보험료 사용자부담금”이라 한다)을 각 지출하였다.

 2013∼2015사업연도 법인세 신고 당시 누락한 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금을 구 「조세특례제한법」 제10조 제1항이 규정한 세액공제 대상 연구․인력개발비로 반영하여야 한다.

 (2) 청구법인은 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 2010년 5월 OOO원 및 2010년 6월 OOO원 상당의 OOO 등을 납품하고 세금계산서를 발행하였으나, OOO은 2012.4.25.까지 OOO원만을 지급하고 2013.4.30. 최종 폐업하였다.

 OOO에 대한 미수금채권 OOO원은 최종 회수일인 2012.4.25.부터 3년이 경과한 2015년 소멸시효가 완성되었으므로 이를 대손금으로 손금산입하여야 한다.

 (3) OOO 소재 OOO에 대한 2010년도 수출대금 중 회수하지 못한 잔금 OOO원에 대하여 최종 회수일인 2011.9.27.부터 3년이 경과한 2014년에 소멸시효가 완성되었으므로 이를 대손금으로 손금산입하여야 한다.

다. 처분청은 2017.11.20. 청구법인의 경정청구 중 위 (3)항의 OOO에 대한 매출채권 중 OOO원만을 대손금으로 손금 산입하여 청구법인의 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하고, 나머지 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분 중 위 (1)항의 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금 및 (2)항의 OOO에 대한 대손금 부분에 대한 경정청구 거부처분에 불복하여 2018.1.4. 심판청구를 제기³⁾하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당한다.

 (가) 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하고, 국세청에서 「소득세법」 제12조 제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당한다고 회신하였으므로 국민연금을 포함한 4대 공적보험의 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되어야 한다.

 (나) 국민연금보험료 사용자부담금은 「국민연금법」의 규정에 따라 납부하는 공과금으로 「법인세법」 제21조에 따라 해당 사업연도 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입되며, 근로의 제공과 관련하여 해당 근로자에게 지급하는 급여액에 비례하여 납입하는 것으로, 해당 연도에 지급의무가 확정되어 연구ㆍ인력개발에 직접 투입된 금액에 해당하므로 당연히 인건비에 해당된다.

 (다) 2013.1.1. 「소득세법」 개정으로 국민연금보험료 사용자부담금이 근로자의 소득세 비과세 대상에서 제외되었을 뿐 해당 부담금의 소득 구분이 달라진 것이 아니고, 부담금을 납부하는 사용자의 입장에서는 근로자가 근로를 제공함에 따라 지출해야 하는 비용임에 변함이 없으므로 계속하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 포함되어야 한다.

 (2) OOO에 대한 미수금채권 OOO원은 2015년에 소멸시효가 완성되었으므로 대손금으로 손금산입되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 않는다.

 (가) 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]에서 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비를 규정하면서, 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금을 제외하고 있다.

 (나) 「소득세법」 제20조의3에서 2002.1.1. 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002.1.1. 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받는 공적연금은 연금소득으로, 같은 법 제22조에서 2002.1.1. 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002.1.1. 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금은 퇴직소득으로 규정하고 있다. 따라서 근로자가 국민연금보험료 사용자부담금을 기초로 하여 수령하는 소득은 근로자의 선택에 따라 연금 형태로 수령하면 연금소득, 일시금으로 수령하면 퇴직소득으로 과세된다.

 (다) 기획재정부는 2013.1.1. 「소득세법」을 일부개정하여 근로ㆍ퇴직소득의 비과세 규정을 정비하면서, 「국민연금법」, 「공무원연금법」 등에 따라 사용자가 부담하는 연금 성격의 보험료는 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하므로 이를 근로소득의 비과세 규정에서 제외하였다. 국민연금보험료 사용자부담금 지급을 위한 비용은 현재 시점에 발생되지만, 근로자에게는 퇴직시 또는 연금 수령시에 지급되기 때문에 사용자가 부담한 보험료에 대하여 근로소득으로 과세될 여지가 없기 때문이다.

 (라) 따라서, 국민연금보험료 사용자부담금은 납입 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없고 퇴직(연금)소득에 해당하므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외하여야 한다.

 (2) OOO에 대한 외상매출 잔액은 2015년에 3년의 시효기간 도과로 소멸하였으므로, 대손금 손금산입 주장은 정당한 것으로 판단되어 향후 직권으로 경정할 예정이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① OOO의 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

② OOO에 대한 미수금채권 OOO원이 2015년에 소멸시효가 완성되었으므로 대손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 등

 (1) 조세특례제한법

 제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

 ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

 ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.(후단 생략)

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액(단서 생략)

 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 생략)

 (2) 조세특례제한법 시행령

 제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

[별표6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

 (3) 조세특례제한법 시행규칙

 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

 1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 OOO 또는 연구개발전담부서

 2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

 ③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. (각 호 생략)

 (4) 조세특례제한법 집행기준

 9-8-1[연구 및 인력개발비의 범위]

 3) 인건비 : 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다.

 (5) 소득세법

 제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료

 (6) 소득세법 (2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전)

 제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」, 「국민연금법」, 「공무원연금법」, 「사립학교교직원 연금법」, 「군인연금법」, 「근로자퇴직급여 보장법」, 「과학기술인공제회법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가·지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금

다. 사실관계 및 판단

 (1) 경정청구서, 경정청구 검토보고서 등 심리자료에 따르면, 청구법인은 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금 합계 OOO원(2013년 OOO원, 2014년 OOO원, 2015년 OOO원)을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비의 범위에 포함하여 2014․2015사업연도 법인세를 환급하여 줄 것을 청구하였고, 처분청은 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금이 「소득세법」 제12조 제3호 너목의 비과세소득에 해당되지 않고, 납입당시 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없으므로 공제대상에서 제외하여야 하는 것으로 보았다.

 (2) 국세청은 유권해석에서 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비로 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로, 「국민건강보험법」에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등은 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것으로 일관되게 해석하여 왔다(법인세과-1956, 2008.8.11., 서면법규과-752, 2014.7.17., 법인-2106, 2016.5.3. 등).

 (3) 「소득세법」(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제12조 제3호 너목에서 근로소득과 퇴직소득 중 「국민연금법」에 따라 사용자가 부담하는 부담금에 대해서는 소득세를 과세하지 않도록 규정하고 있었으나, 2013.1.1. 법률 제11611호로 「소득세법」을 일부개정하면서 국민연금보험료 사용자부담금을 포함한 연금 성격의 사용자부담금은 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하다는 이유로 이를 비과세소득에서 제외하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

 (가) 먼저, 이 건 심판청구 중 부적법한 부분이 있어 살펴본다.

 청구법인의 2015년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 청구부분은 2017.9.29. 제출된 경정청구서에 기재되지 아니한 것으로 나타나는바, 이와 관련된 경정청구가 있었다고 보기 어려우므로, 이 부분 심판청구는 부적법하다 할 것이다.

 (나) 다음으로, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법」 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하는바, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당하고, 「조세특례제한법」상 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 국민연금보험료 사용자부담금을 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점,

 국민연금보험료 사용자부담금은 각 사업연도에 사외의 국민연금공단에 실제로 지출되고 그 지출시마다 그 지출분 상당액이 회사의 비용으로 회계처리 되며 과세연도별 및 대상 근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있는 점,

 2013.1.1. 「소득세법」 개정은 근로소득에 대한 ‘비과세’ 규정을 정비한 것으로, 국민연금보험료 사용자부담금의 수혜자인 근로자의 입장에서 소득세 비과세 대상이던 것이 과세제외 대상으로 변경된 것일 뿐 이를 부담하는 사용자의 입장에서 달라지는 사항은 없는 것인 점,

「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 「소득세법」에 따른 퇴직소득을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나, 국민연금을 연금으로 수령할 경우에는 연금소득으로 과세되므로 이를 인건비의 범위에서 제외할 근거가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금을 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아, 이와 관련된 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (나) 마지막으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

 OOO은 2012.4.25.까지 청구법인에 대한 채무 중 OOO원만을 지급한 채 2013.4.30. 최종 폐업하였고, 잔여자산이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 대표이사에게도 연락이 되지 않는 등 채권의 확보가 곤란한 상황인 것으로 나타나므로, 청구법인의 OOO에 대한 미수금채권은 최종 회수일인 2012.4.25.부터 3년이 경과한 2015년 소멸시효가 완성된 것으로 보인다. 이에 대하여 처분청도 달리 다투고 있지 아니한 바, 2015사업연도 대손금에 이를 포함하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.