1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.9.15. 설립되어 매출처의 발주에 따라 소모성 자재를 매입하여 공급하는 OOO사업(구매대행업)을 영위하는 사업자로 2013년 제1기부터 2016년 제2기까지 과세기간 동안 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점1매입세금계산서”라 한다)를, 2016년 제2기에 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 하고, OOO와 함께 이하 “쟁점매입처들”이라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점2매입세금계산서”라 하고, 쟁점1매입세금계산서와 함께 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 각 수취한 후, 각 과세기간별 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.3.8.부터 2017. 6.20.까지 청구법인에 대한 거래질서 관련 조사를 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 다른 적출사항과 함께 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.7.7. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원(2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 2014년 제1기분 OOO원, 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원, 2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) OOO사업의 거래 구조는 아래와 같다.

 (2) 청구법인과 쟁점매입처들 간의 거래 경위 등

  (가) OOO와의 거래 경위 등

   1) 거래경위

     청구법인은 2012년 하반기 OOO로부터 청구법인이 구매하는 포장재 물량과 OOO가 구매하는 OOO원에서 OOO원 정도의 포장재 물량을 OOO에 통합시키는 내용의 제안을 받았다.

     OOO가 공급처로부터 포장재를 구매하여 청구법인에 공급할 경우 청구법인은 대량구매로 인하여 구매 단가를 낮출 수 있는 점, 매입처 관리 비용을 절감할 수 있는 점, OOO는 청구법인보다 시장에서 신뢰도가 높아 공급처에 대한 선 결제 대금 부담을 해소할 수 있는 점, 고객사(청구법인의 매출처)에 공급물품에 대해 검사 및 시운전에 대한 책임을 OOO에 부담시킬 수 있는 점, 청구법인이 OOO에 공급하는 OOO 제작품에 대한 지속적인 물량확대가 가능한 점 등의 경영상 이점을 기대할 수 있었고,

     OOO는 청구법인의 공급처(청구법인의 매입처)OOO을 흡수하여 영업력을 강화할 수 있는 점, 매입 물량을 확대하여 단가를 낮출 수 있는 점, 청구법인에 대한 매출을 확보한 만큼 매출총액이 증가되므로 구매대행업체로서 대외적 신용을 높일 수 있는 점, 구매대행업종 선두주자인 청구법인의 노하우를 습득할 수 있는 점 등의 경영상 이점을 기대할 수 있었다.

   청구법인과 OOO는 이와 같은 경영상 판단 과정을 각자 거치고 상호 협의를 한 후 기대되는 이점을 취하기 위해 2012.12.26. ‘물품공급약정’을 체결하게 되었다.

     처분청은 이러한 협의 과정에서 청구법인이 작성한 협의안인 「매출/수익 OOO관련 OOO 구매대행 이슈 해결방안」등을 과세근거로 삼고 있으나 동 협의자료는 안에 불과하고 최종적인 결과물은 위 물품공급약정이 전부이다.

   2) 거래내역 등

     청구법인은 OOO와 위와 같이 물품공급약정을 체결한 이후인 2013년 2월부터 2017년 5월까지 기간 동안 OOO로부터 OOO건의 매입이 있었고, 이러한 매입이 OOO를 통하여 이루어진 사실이 청구법인의 OOO시스템에서 OOO에 발주한 화면, OOO가 청구법인의 OOO에 접속하여 발주 내용을 확인하는 화면, OOO가 청구법인으로부터 발주받은 내역을 자신의 전산시스템에서 공급처에 발주한 화면 등에 의하여 확인된다.

※ OOO

     앞서 설명한 바와 같이 청구법인은 포장재 관련 공급처들을 OOO에 이관해주는 대가로 OOO에 엔지니어링OOO 물량을 추가로 공급할 수 있게 되었고, 실제 OOO와 이 건 거래를 시작한 2013년 이후 OOO그룹에 대한 매출이 증가OOO하였으며, 같은 기간 동안 청구법인이 OOO로부터 구입하는 포장재 단가의 인상은 사실상 없었으므로 청구법인이 OOO와의 거래를 통해 기대했던 경영상 이점을 실현한 것이다.

<표1> 청구법인과 OOO가 이 건 거래로 얻는 이익

  (나) OOO의 설립 및 거래 경위 등

     OOO은 관계회사의 각 사별로 구매부서를 운영함에 따른 업무의 비효율성을 해소하고자 구매부문의 통합을 추진하고 있었고, 청구법인은 특정 카테고리 전문 OOO 구매대행회사의 분사를 추진하고 있었는데 OOO이 반도체 등 IT관련 핵심 소재를 생산하고 있어 화공약품 분야의 구매물량이 상당하여 청구법인이 OOO과 합작회사를 설립할 경우 장래에 이 부분 특화가 가능할 것으로 판단하였다.

     이러한 양 당사자의 이해관계가 맞아 청구법인과 OOO은 OOO사업을 공동으로 영위하기 위해 2016.4.1. 합작법인 설립을 위한 양해각서를 체결하고, 청구법인은 30%의 지분을, OOO은 70%의 지분을 각각 출자하여 2016년 6월 OOO를 설립(자본금 OOO원, 임직원 OOO명)하였다.

     청구법인은 신생회사인 OOO가 구매대행시장에서 빨리 자리를 잡을 수 있도록 하기 위하여 청구법인이 직접 개발한 OOO을 OOO원에 OOO에 공급하고, 2년간 OOO, 주문접수․견적접수 및 납품․고객관리 전반에 대한 운영) 운영대행계약 및 OOO, 고객사에 대한 견적제출․공급사 발주․납기관리․공급사 관리) 운영대행계약을 체결하여 OOO사업의 노하우를 알려주는 한편, 청구법인이 당초 공동사업의 목적 중에 하나인 화공약품 분야 등 특정 품목을 공급받기 위해 OOO와 물품공급계약을 체결하였고 이에 따라 2016년에 OOO로부터 OOO원 상당의 물품을 공급받은 것이다.

     그 결과, 청구법인은 화공약품 분야 등을 특화시켜 시장에 성공적으로 진출할 수 있었고, OOO은 각 계열사별 구매업무를 통합하여 업무의 비효율성을 해소할 수 있었다.

 (3) 청구법인과 쟁점매입처 등을 포함한 구매대행업무의 흐름

<표2> 업무의 흐름도

   청구법인이 ① 고객사(청구법인의 매출처)로부터 주문(품명, 수량, 단가, 납기 등)을 받으면 ② 당사는 해당 마진을 공제하여 쟁점매입처들에게 발주를 하고, ③ 쟁점매입처들은 주문받은 품목을 공급하는 공급처(제조 또는 도매상)를 선정하여 발주를 함과 동시에 주문물량의 배송 및 검수통과 여부까지 확인하며, ④ 쟁점매입처들부터 주문을 받은 공급처는 이들과 공급처 간에 체결된 계약조건대로 고객사에게 직접 배송을 하게 된다.

   각 거래당사자들은 1개월 단위로 거래를 마감하고, 이중으로 체크하여 정산하며, 각 거래단계별로 세금계산서의 수수와 계약상의 지급조건대로 대금결제를 하게 된다.

   거래당사자가 공유하는 OOO에 의해서 모든 거래내용이 공유되며, 주문, 배송, 정산, 세금계산서발행, 대금결제 등 모든 거래내용이 OOO에 의해서 관리되고 통제되므로 내부통제는 물론 거래처간의 모든 거래내용이 투명하게 공유된다.

   즉, 각 거래단계별 거래당사자는 계약내용에 따라 재화의 소유권 이전, 권리의무 및 채권채무의 발생 및 소멸 등에 대하여 상당하는 법적 책임과 권한을 갖게 되는 것이다.

   특히, OOO의 경우에는 청구법인에게 공급하는 것(쟁점2매입세금계산서 관련) 이외에 ① 공급사 → OOO → OOO 관계사, ② 공급사 → OOO → 일반 고객사의 사업구조로 이루어지는 것도 있는데 청구법인에 대한 공급에 대해서만 가장거래로 보는 것은 합리적인 이유를 찾기 어려울 뿐만 아니라 이에 대한 과세근거도 제시하지 못하고 있다.

 (4) 쟁점매입처들은 스스로 단가협상 권한을 가지고 있고, 공급한 물품에 대해 위험을 부담하며, 계약 및 법률에 따른 하자담보책임을 지고 있다.

  (가) OOO

    OOO가 단가를 관리해온 결과, 매년 물가와 인건비가 상승하였음에도 불구하고 자재가격의 인상이 억제될 수 있었고, 청구법인은 경영상 이유로 단가 동향을 지속적으로 파악했을 뿐 위와 같은 단가 결정에 일체 관여한 바가 없다.

    또한, 청구법인과 OOO 사이에 2012.12.26. 체결된 ‘물품공급약정서’에서 OOO가 청구법인에 공급한 물품이 지정된 검사방법에 합격되지 못한 경우에는 즉시 OOO의 책임 및 비용으로 재제조 또는 교체하도록 규정(제5조 제1항)하고 있고, OOO가 공급한 물품의 사용 중 물품 자체의 결함이 있거나 정해진 방법에 따라 사용하였음에도 교체를 해야 하는 경우에 모든 교체 비용의 책임은 OOO가 부담하도록 규정(제5조 제2항)하고 있는바, OOO는 매도인으로서 청구법인에 하자담보책임을 직접 부담하고 있음이 법률상 명백하다.

  (나) OOO

    청구법인과 OOO 사이에 2016.6.20. 체결된 ‘물품공급계약서’ 제8조에서 단가는 ‘공급 제품 내역서’에 기재되어 있는 것을 기본으로 하되, 청구법인과 OOO가 서로 합의하여 단가와 단가의 유효기간을 정할 수 있도록 하고 있고, 이후 가격 변동요인이 있을 경우 다시 상호 합의를 할 수 있도록 되어 있는바, 청구법인은 단가의 기준을 제시하고 OOO와 가격협상을 할 수 있을 뿐, 공급처에 대한 단가협상 권한은 OOO가 가지고 있다.

    또한, 제4조에서 청구법인 또는 청구법인의 고객은 검품 결과에 이상이 있을 경우 납품접수를 거부할 수 있고(제3항), 검수 후 최종적으로 접수 확인일에 물품을 공급받는 것으로 하고(제4항), 납품완료일 이후로도 수량의 부족, 훼손, 멸실 등의 사유가 있는 경우 OOO는 청구법인의 보전 요청에 즉시 응하여야 하고(제5항), 하자로 인하여 반품되는 경우에는 청구법인이 지정한 기간 내에 반품된 물품을 OOO가 인수하여야 한다고(제6항) 규정하고 있으며, 제6조는 물품의 납품이 완료되기 이전까지 제품의 멸실, 훼손 도난, 가치감소 등 일체의 손해에 대하여 OOO가 전적으로 이를 부담하도록 하고 있는바, OOO는 청구법인에 물품 공급 의무가 있는 채무자로서 위험을 부담하고 있으며, 제10조와 제12조에 따라 물품의 매도인으로서 하자담보책임과 제조물책임까지 부담하고 있음이 명백하다.

 (5) 이 건 거래는 계약상 원인에 의하여 소유권을 이전하고(법률상 원인), 그에 따라 관련 책임과 위험도 이전한 것(경제적 이행)으로, 「부가가치세법」에 부합하는 재화의 공급이다.

   ‘재화의 공급’이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하는 것으로서 부가가치세의 성질에 비추어 보면 그 인도 또는 양도는 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것(대법원 2006.10.13. 선고 2005두2926 판결)이고, 물권적 합의와 인도만으로 법률상 소유권이 이전되는 동산의 경우에는 거래 당사자 간 계약에 따라 소유권을 이전하였다면 이는 「부가가치세법」상 적법한 재화의 공급으로 보아야 할 것이다.

   쟁점매입처들이 공급처로부터 물품을 매입하여 청구법인에 공급하기로 하는 계약을 체결한 사실은 청구법인과 쟁점매입처들 사이에 체결된 물품공급약정서에 의해 객관적으로 확인되는 것이고, 실제 물품의 소유권이 이전되었는지 여부에 대해 살펴보면, 쟁점매입처들과 공급처 그리고 청구법인과 쟁점매입처들 간에 구매대행업종의 특성상 물품의 현실인도는 없었지만, 공급처는 쟁점매입처들을 위하여 물품을 점유한다는 의사표시(「민법」제189조의 점유개정 방식의 인도)를 함으로써 물품의 소유권을 쟁점매입처들에게 이전하였고, 쟁점매입처들은 다시 공급처에 대한 물품반환청구권을 청구법인에게 양도(「민법」제190조의 목적물반환청구권 양도 방식의 인도)함으로써 청구법인에게 물품의 소유권을 이전한 것이다.

   재화의 공급시기에 대하여 「부가가치세법」제15조 제1항에서 ‘재화가 인도되는 때’로 규정하고 있는바, 「민법」에서 규정하고 있는 인도 방식에 따라 물품이 공급처에서 쟁점매입처들로 인도된 다음 다시 청구법인으로 인도되었으므로, 각 인도시마다 상대방에 대하여 세금계산서를 발행한 이 건 거래를 위장거래로 볼 수 없는 것이다.

   같은 취지에서 조세심판원(조심2012부1266, 2013.4.24. 외 다수)도 이 건과 같이 ‘재화의 현실이동이 없었음에도 매출․매입세금계산서를 수수한 사안’에서 “상거래관행상 필요에 따라 그 거래유형은 변경될 수 있는 것으로 매출·매입세금계산서의 실물이 존재하는 점, 사적자치원칙에서 거래당사자 간에 소유권이전의 의사합치가 있었고 「민법」제189조와 제190조에 따른 점유개정 및 목적물반환청구권의 양도에 의하여 소유권이 이전된 것으로, 소유권이전에 따른 손익이 각 거래당사자에게 귀속된 점 등을 이유로 사안의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다”고 일관되게 결정하고 있다.

 (6) 대법원은 사적자치의 원칙하에 납세의무자는 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청은 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다고 판시(대법원 2014.1.23. 선고 2013두17343 판결)하고 있고, 이런 맥락에서 당사자 사이의 거래가 위장거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다고 하면서, 명목상거래에 해당하여 재화를 실제로 공급한 주체와 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 다르다는 점에 대한 입증책임은 과세관청이 부담한다고 판단(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결)하고 있는바, 처분청이 쟁점매입세금계산서가 위장세금계산서임을 증명하기 위하여 제출한 증거자료는 청구법인이 OOO와의 거래를 시작하기 이전에 작성한 협의(안)자료, OOO에게 세금계산서를 요청하기 위해 발송한 이메일, 청구법인이 변환하였을 것으로 예상하는 청구법인의 OOO 화면 등이 전부이고, OOO와의 거래 경우에 대해서는 청구법인이 OOO에 공급한 OOO과 관련하여 내부적으로 직원들이 주고 받은 이메일이 전부인바, 이러한 증거자료만으로 청구법인과 쟁점매입처들 간의 거래를 가장거래로 판단하기에는 그 근거가 미약하다 할 것인 반면, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인과 쟁점매입처들은 각자의 경제적 이해관계가 일치하여 거래를 시작하게 되었고(쟁점매입처들은 청구법인으로부터 이관받은 공급OOO을 통해 청구법인 외에도 새로운 신규 매출처를 개척하였고, 청구법인은 OOO에 대한 매출증대 및 매입단가 유지 등의 이익을 얻을 수 있었음), 그 거래과정에서도 청구법인과 쟁점매입처들은 합법적이고 실존하는 경제주체로서 상관행상 통상적인 거래방식에 의거 구속력 있는 ‘물품공급계약’을 체결하였으며, 이에 따라 쟁점매입처들은 청구법인에게 재화를 공급한 후 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발행하였고, 이와 관련한 대금수수도 금융계좌를 통하여 결제하여 거래 전 과정이 투명하고 합법적으로 진행되었으므로, 청구법인과 쟁점매입처들 간의 거래에 있어서 쟁점매입처들을 배척하고 청구법인이 쟁점매입처들에게 이관된 공급처들로부터 제품을 직접 공급받은 것으로 보는 것은 부당하다.

   설령, 처분청의 주장대로 “끼워 넣기” 거래라고 가정해도 이로 인해 발생한 조세회피가 전혀 없고 회피가능성도 없으며, 그 행위가 사회적으로 비난받을 만한 것도 아닌데도 불구하고, 순자산가액 OOO원 규모의 청구법인에게 약 OOO원이 넘는 부가가치세를 과세하는 것은 헌법의 가치인 비례의 원칙과 과잉금지의 원칙에 반한다 할 것이다.

나.처분청 의견

 (1) 청구법인의 거래형태 변경

  (가) 청구법인이 쟁점매입처들과 거래를 하기 이전, 청구법인의 거래형태는 아래와 같았다.

<그림1>

    위와 같은 거래형태는 정상적인 거래형태로서 청구법인의 매입에 대한 OOO에는 공급처가 입력되고, 청구법인은 공급처에 물품을 주문하고 세금계산서 역시 공급처로부터 발행받았다. 그러나 2013년도 청구법인과 OOO 사이에 스왑거래에 관한 계약이 체결된 후 일부 매입에 대한 거래형태가 아래와 같이 변경되었다.

<그림2>

    위와 같이 변경된 거래형태에서 청구법인은 고객사(매출처)로부터 주문을 받은 후 쟁점매입처들에게 발주하는 것이 아니라 여전히 기존 공급처에 매입물품의 단가 및 수량을 직접 발주한 사실이 조사청이 청구법인에 대한 예치 당시 확보한 증거자료에 의해 확인되는데 청구법인이 쟁점매입처들과 스왑거래를 협의한 내용 및 이후 스왑처리 내용을 도식화 하면 아래와 같다.

   1) 청구법인과 쟁점매입처들 간 스왑거래 협의 내용

     청구법인과 OOO가 스왑거래를 협의한 내용이 담긴 파일(청구법인과 OOO 간「매출/수익 OOO관련 OOO 구매대행 이슈 해결방안」 및 「매출 OOO 관련 세부실행 협의안」)에 의하면 OOO가 실제 업무수행 없이 매출을 보장받을 수 있도록 하는 스왑거래 협의를 하였음을 확인할 수 있다.

     또한, ‘세부실행 협의안’을 보면 청구법인이 여전히 공급처에 물건을 발주하면, 공급처에서 물건 공급에 대한 정산요청을 청구법인에게 하고, OOO는 “청구법인에서 OOO 지급요청시 업체별 매입총액 전달”만을 하고 있는 것으로 나타나며, 이 결과 OOO는 매입총액을 전달받아 세금계산서를 발급받고 발급함으로써 운영인력 및 추가인력 없이 매출을 증대할 수 있다고 본 것이다.

    OOO의 경우에도 OOO와 같은 형태로 거래가 이루어진 사실이 청구법인의 직원들 간의 이메일에 의해 확인된다.

   2) 스왑거래에 참여할 공급처 확보

     청구법인은 동 스왑거래에 참여할 공급처들을 확보하였는데 이와 관련하여 청구법인의 직원들 간의 이메일의 내용을 보면 모든 업무는 청구법인의 담당자와 동일하게 수행하고, 마감이 완료된 후 업체명만을 OOO로 바꾸고 있음이 확인된다.

     또한, 청구법인은 OOO에 자신의 포장재 관련 공급처를 이관하였다고 주장하나 해당 공급처들의 거래품목을 보면 포장재 이외에 다른 품목을 취급하는 업체가 다수 발견되는바, 포장재 물량 통합을 위하여 청구법인과 OOO가 스왑거래를 하였다는 청구주장은 신빙성이 없다.

   3) 스왑거래와 관련하여 전산시스템 수정

     청구법인은 스왑거래를 위해 OOO을 수정하였는데 이와 관련하여 청구법인의 직원들 간의 이메일의 내용을 보면 청구법인에서 이관대상 공급사 마감 후 OOO로 이관한다는 내용이 나타나고, 청구법인의 전산시스템상 다른 매입처들과는 달리 쟁점매입처들의 경우 ‘매입회사명’에는 쟁점매입처들의 상호가, ‘OOO 매입회사명’에는 공급처들의 상호가 기재된 것으로 나타나는데 이와 같은 증빙으로 청구법인이 공급처에 직접 물품을 발주한 사실이 확인된다 할 것이다.

   4) 스왑할 매입거래 취합 및 쟁점매입처들에 세금계산서 역발행 통지

     청구법인의 직원들 간의 이메일 및 청구법인의 직원이 OOO에 발송한 이메일 등에 의하면 청구법인의 직원들은 공급처에 직접 발주한 내용 중 스왑할 사항을 청구법인의 OOO사업부 OOO지역 팀장인 OOO 팀장에게 보내고, OOO은 이러한 스왑자료를 취합하여 청구법인의 OOO 팀장인 OOO에게 전달하면, OOO은 이를 OOO에 마감내역을 통보하여 OOO가 공급처들에게 세금계산서를 역발행하게 하였고, 그리고 OOO는 공급처들로부터 수취한 세금계산서의 총매입가액에 월 OOO원의 고정금액을 가산하여 청구법인에게 세금계산서를 발행하였다.

  (나) 청구법인과 쟁점매입처들 간의 거래형태는 정상적인 거래에서 절대 일어날 수 없다. 청구법인이 쟁점매입처들에 주문을 하는 것이라면 역으로 쟁점매입처들이 이러한 메일을 청구법인에 보내야 하는 것은 너무도 상식적이고 보편적인 것이다. 청구법인이 모든 공급처들과 매입물량, 금액 등을 모두 정한 후 결과 값만 쟁점매입처들에게 보내는 것은 스왑거래에 대한 완벽한 입증인 것이다. 즉, 청구법인의 행위는 서로의 이해관계에 따라 오로지 세금계산서만을 수수하고 세금납부만을 한 것이지 ‘거래’가 있다고 할 수 없는 것이다.

 (2) 청구법인은 과세관청이 제출한 입증자료가 부실하다고 주장하고 있으나, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대하여 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하는 납세자로서는 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있다는 점을 감안할 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다 할 것(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조)인바, 조사청은 관련 이메일 내역, 전산시스템 기록, 구매대행 업무의 특성 등 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 청구법인과 쟁점매입처들 간 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 거래의 허위성에 관해 합리적 수긍이 가능한 정도의 입증을 하고 있는 반면, 청구법인은 사후작성이 가능한 계약서 이외에 그 세금계산서가 허위가 아니라는 객관적이고 구체적인 입증 자료는 전혀 제시하지 못한 채 ‘거래 관행상 일반적’이라는 주장만을 하고 있거나 명확한 수치 없이 ‘거래에 따른 이익이 있다’고 주장할 뿐이다.

 (3) 결국, 위와 같은 사정을 종합하여 볼 때, 쟁점매입처들이 청구법인에 재화를 실제 공급하였다고 보기는 어렵다.

   이 건의 경우, 청구법인이 공급처에 직접 발주하고, 하자 발생 시 청구법인이 공급처에게 직접 하자보상을 하도록 거래가 이루어졌으며 거래 전반에 관한 관리가 청구법인에 의해 이루어졌다. 즉 재화 공급에 관한 거래의 당사자는 청구법인과 공급처로서 재화의 공급은 ‘공급처→청구법인’으로 봄이 실질에 부합한다.

   쟁점매입처들은 거래주체로서 거래단가에 대한 협상 또는 공급처의 관리 등에 전혀 개입한 바 없고, 오히려 세금계산서의 발행 역시 청구법인의 지시에 따라 수동적으로 이행하였을 뿐이다.

   결국, 쟁점매입처들은 거래전반에 있어 전혀 기능적인 역할을 하지 않았으며, 공급처들에 대한 세금계산서와 대금의 이동만이 형식적으로 공급처→쟁점매입처들→청구법인으로 갖추어져 있을 뿐이다.

   즉, 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워 넣기’ 거래로서 쟁점매입처들로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

   이러한 방법으로 OOO는 2013년 제1기부터 매년 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하여 매출을 부풀릴 수 있었고, 청구법인은 OOO를 포함한 OOO 계열사에 대한 매출을 유지할 수 있었으며 OOO 역시 동일한 방법으로 수익률 2.3%가 보장된 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① OOO로부터 교부받은 쟁점1매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

 ② OOO로부터 교부받은 쟁점2매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 부가가치세법 제9조[재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 매출 및 매입현황 등은 다음과 같다.

<표3> 청구법인의 매출 및 매입

<표4> 청구법인의 OOO에 대한 매출 및 매입

<표5> 청구법인의 OOO에 대한 매입

 (2) 처분청의 과세근거는 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 ① 쟁점매입처들과 스왑거래를 협의한 후 ② 스왑거래에 참여할 공급처들(supplier)을 확보하였고 ③ 청구법인의 OOO을 스왑거래에 맞추어 변경하였으며 ④ 이후 스왑거래와 관련된 공급처들의 공급가액을 취합하여 이를 쟁점매입처들에게 통보해주면 ⑤ 쟁점매입처들이 공급처들에게 매출세금계산서를 역발행한 사실이 다음의 증빙에 의해 확인되는바, 사실상 청구법인이 공급처들로부터 직접 재화의 공급을 받은 것으로 보는 것이 타당하므로 청구법인이 쟁점매입처들로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다는 의견이다.

   ① 청구법인과 쟁점매입처들 사이의 스왑거래 협의 내용

    1)청구법인과 OOO 간「매출/수익 OOO관련 OOO 구매대행 이슈 해결방안」파일에 의하면, OOO는 동 스왑거래를 통해 운영인력 및 추가 행정업무 없이 매출을 보장받을 수 있다는 내용이 나타난다.

    2) OOO와「매출 OOO 관련 세부실행 협의안」파일의 ‘OOO 업무프로세서’를 보면, 청구법인이 공급처에 물건을 발주하면 공급처에서 물건 공급에 대한 정산을 청구법인에 요청한다는 내용과, “청구법인에서 OOO 지급 요청시 업체별 매입총액 전달”한다는 내용이 나타나고, ‘세부실행 방안 협의안’을 보면, ‘발주’는 청구법인이 공급처에게로, ‘정산 및 대금결제’는 OOO와 공급사, 청구법인과 OOO 2단계로 이루어지는 것으로 나타난다.

    3) 청구법인의 직원들 간의 이메일(제목 : ‘청구법인 이관물량 OOO 계산서 처리방안 공유’, 작성일자 2016.8.12.)을 보면, 청구법인이 OOO와 협의를 통해 OOO 이관물량에 대한 계산서 발행방법에 관한 내용이 나타나는데, 조사청은 위 이메일이 청구법인과 OOO 간의 스왑거래와 유사한 내용이라는 의견이다.

   ② 청구법인의 스왑거래에 참여할 공급처 확보

    1) 청구법인의 직원들 간의 이메일(제목 : ‘OOO 관련 업무 협조 요청’, 작성일자 2016.8.30.)은 청구법인의 직원들이 공급처에 새로이 설립된 OOO로 변경하도록 안내하는 이메일로, 그 배경에서 “OOO는 청구법인과 동일한 구매대행 업무를 목적으로 만들어졌고, 청구법인의 공급사 관련 매입정보 전달 및 교육을 위해 이관 대상 공급사를 정해서 매달 마감 후 정산만 별도를 해주며, 예전과 다름없이 청구법인 담당자와 동일하게 업무 수행하고 청구법인의 담당자와 마감완료 후 업체명만 OOO로 바꿔서 마감하게 된다”는 내용이 나타난다.

    2) 청구법인의 직원들 간의 이메일(제목 : ‘OOO 이관 공급사 경유’, 작성일자 2016.8.31.)을 보면, 청구법인의 소싱사업부에서 직원들에게 OOO로 이관되는 공급처 정보를 공유하는 내용이 나타난다.

    3) OOO가 청구법인으로부터 이관받은 공급처들의 세금계산서상 거래품목은 아래와 같고, 처분청은 일부 공급처들의 거래품목이 포장재 이외의 것들이 확인되어 포장재 물량 통합을 위하여 청구법인과 OOO가 스왑거래를 하였다는 청구주장은 신빙성이 없다는 의견인 반면, 청구법인은 아래 업체들의 상호를 보더라도 포장재를 취급하는 업체로 확인할 수 있고, 포장재라 함은 공장에서 제품을 출하하기 전 사용하는 자재를 통칭하는 것으로 위 물품이 모두 포장재에 해당한다고 주장하며 제품이미지 사진 등을 제출하였다.

<표6>

   ③ 스왑거래 관련 청구법인의 전산시스템 수정

     청구법인의 직원들 간의 이메일(제목 : ‘OOO 매출이관 관련 시스템 보완사항’, 작성일자 2016.8.9.)을 보면, 담당자 계산서 발행시 이관 대상 공급처를 제외하고 나머지 공급처만 계산서 처리 되도록 개발, 이관 전 공급처가 시스템상 표기되고 검색될 수 있도록 개발하는 내용 등이 나타난다. 처분청은 동 이메일의 내용으로 청구법인의 공급처들이 쟁점매입처들에게 이관된 이후에도 청구법인이 쟁점매입처들을 거치지지 않고 직접 공급처들에게 발주할 수 있는 기능을 반영한 것으로 볼 수 있다는 의견인 반면, 청구법인은 해당 이메일에 대하여 청구법인이 2016.8.9. OOO에 공급한 OOO 및 운영대행에 따른 시스템 개선요청사항이라고 주장하고 있고, 그 내용에 있어서도 OOO에 물량 이관시 공급업체 단위로 이관했기 때문에 기존 공급처가 시스템에 보이도록 요청한 것이고, 업무 효율성을 위해 OOO로 발주할 품목구분을 기존 공급처로 필터링하여 선택발주 할 수 있게 보완해 달라는 것이라고 주장한다.

   ④ 스왑거래와 관련된 공급처들의 공급가액을 취합

     청구법인의 직원들은 공급처에 직접 발주한 내용 중 스왑거래를 할 사항을 청구법인의 OOO사업부 OOO지역 팀장인 OOO에게 보내고, OOO은 이러한 스왑자료를 취합하여 OOO 팀장에게 전달하였으며, OOO은 이를 OOO에 송부한 사실이 아래의 증빙에 의해 확인된다는 것이 처분청의 의견이다.

    1) 청구법인의 OOO 팀장 및 OOO 팀장이 직원들에게 보낸 메일에 따르면, OOO 스왑 자료가 언제쯤 마무리될 지 알려달라는 내용과 OOO의 매입목록에 공급처 상호를 그대로 사용하라는 내용 등이 확인된다.

    2) 청구법인의 직원 OOO의 스왑파일(구매내역 샘플)은 ㈜OOO으로부터의 2014년 일부(1․3․4․6․7․10․11․12월) 매입관련 파일로 당해 총 합계액은 OOO원으로 나타난다. 국세청통합전산망에 의하면 청구법인이 같은 기간 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서의 합계액은 OOO원으로 확인되는데, 처분청은 동 증거자료가 청구법인이 직접 구매 및 취급을 담당하였음에도 해당 세금계산서를 수취하지 않고 OOO가 수취하였음을 입증하고 있다는 의견인 반면, 청구법인은 위 스왑파일에 대하여 청구법인의 직원이 OOO에 발주한 것을 관리하고 있는 것이 아니라 고객사인 OOO(청구법인의 매출처)에서 청구법인에게 거래마감과 관련하여 알려준 OOO으로부터의 입고내역을 정리한 것에 불과하고, 청구법인은 위 거래와 관련하여 OOO로부터 OOO원 상당의 세금계산서를 수취하였으며, 처분청에서 이의를 제기한 청구법인이 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서의 합계액 OOO원은 이 건과 관련이 없는 다른 고객사OOO에 공급한 물품에 대한 것이라고 주장하며 매입세금계산서 수취내역을 제출하였다.

    3) 청구법인의 OOO상 2016년도 거래내역을 보면, 쟁점매입처들 이외의 매입처들은 ‘OOO 매입회사명’과 ‘매입회사명’이 일치한 것으로 나타난 반면, 쟁점매입처들은 아래 <그림3>과 같이 상이한 것으로 나타난다.

<그림3>

      그러나 청구법인은 ‘매입회사명’의 상호와 ‘OOO 매입회사명’의 상호가 다른 이유에 대하여 청구법인과 고객사(매출처) 사이의 거래정산의 내용과 OOO와 청구법인 사이의 거래정산의 내용이 다를 경우 그 차이를 용이하게 찾기 위하여 2016년 1월 전산시스템을 개선하여 ‘OOO 매입회사명’에 이관된 공급처들을 내부적 기재한 것으로 불과하고, 그 이전에는 ‘매입회사명’과 ‘OOO 매입회사명’이 다르지 않았다고 주장하고 있고, 2013년 2월부터 2017년 5월까지 OOO와 거래한 OOO건 중 ‘매입회사명’과 ‘OOO 매입회사명’이 일치한 경우는 OOO, 일치하지 않는 경우는 OOO인 사실에 대해서는 청구법인과 조사청 사이에 다툼이 없다.

   ⑤ 쟁점매입처들이 공급처들에게 매출세금계산서 역발행

     청구법인의 OOO 차장이 OOO에 보낸 이메일OOO 및 첨부파일은 청구법인의 직원 OOO이 OOO에 보낸 2016년 2월 스왑자료 파일로, 해당 파일을 보면 OOO가 공급처에 역발행할 매출세금계산서 내역이 나타난다.

     그러나 청구법인은 OOO에 위 이메일을 보내게 된 이유에 대하여 이관된 공급처들의 대금결제조건(15일, 30일, 45일, 55일, 60일)에 맞추어 OOO에 대금을 결제하는 것이 자금유동성 측면에서 유리하여서 기존 공급처들의 결제조건대로 구분하여 지급하기로 OOO와 협의를 하였는데, 구매대행업의 특성상 고객사(청구법인의 매출처)에서 입고내역을 기준으로 청구법인에게 마감내역을 제시하고, 매출마감 후 매입마감이 이루어지므로 이 과정에서 청구법인은 공급처별 고객사 납품내역(물품은 청구법인 및 OOO를 거치지 않고 공급처에서 고객사로 직접 납품됨)을 확인할 수 있었고, 이렇게 관리된 ‘공급처별 월별 마감내역’을 OOO에 알려주어서 세금계산서를 한 장이 아닌 결제조건별로 묶어서 세금계산서(5장)를 발행해 줄 것을 요청하기 위하여 OOO에 이메일을 보낸 것이라고 주장한다. 그리고 위 엑셀파일에 “역발행”이라고 기재되어 있으나 전자세금계산서의 발행 구조상 공급처들이 OOO에게 발행해야 할 매출세금계산서를 OOO가 발행하게 할 수는 없는 것이고, 단지, OOO가 자사의 전산시스템상 등록한 공급처별 마감내역을 공급처가 확인하여 승인한다는 의미를 “역발행”으로 기재한 것에 불과하다고 주장한다.

  (나) 청구법인이 쟁점매입처들과의 스왑거래 등을 통해 얻고자 한 이익은 청구법인의 매출처 유지 및 확대OOO와 특수관계자에 대한 일감몰아주기 및 매출을 증대시켜 상장OOO을 통해 이익을 얻으려고 한 것에 불과하다는 것이 처분청의 의견이다.

   1) 청구법인의 스왑거래 관련 내부자료를 보면, 청구법인은 OOO에 매출 확대(매월 약 OOO원)를 요청할 것이라는 내용이 나타난다.

   2) 청구법인의 OOO에 대한 매출 및 매입현황(<표4>참조)으로 보면 청구법인이 OOO로부터 매입을 받기 시작한 이후부터 매출이 증가하는 추세로 나타난다.

   3) OOO 설립 당시 작성된 OOO 파일에 의하면, 청구법인은 자신의 고객사 매출(약 OOO)을 OOO에 이관하고, 관련 시스템을 제공하는 것으로 기재되어 있고, 지분구성은 “청구법인 30%, OOO 오너아들 70%”로, 그리고 2～3년 내 우회상장 예정인 것으로 나타난다.

 (3) 청구법인 주장 및 증빙은 다음과 같다.

 <OOO 관련>

  (가) 청구법인은 OOO와의 스왑거래를 통해서 OOO그룹에 대한 매출이 2013년 이후부터 증가하였고, 같은 기간 동안 청구법인이 OOO로부터 구입하는 포장재 단가의 인상은 사실상 없었으므로 청구법인이 OOO와 스왑거래를 할 경제적 당위성이 있었다고 주장한다.

<표7> OOO그룹에 대한 청구법인의 매출 현황

    또한, OOO의 연간 매출액에서 청구법인에 대한 매출이 차지하는 비율이 약 2%정도OOO로 청구법인과 특수관계가 없는 OOO가 단순히 매출부풀리기를 위하여 청구법인과 이 건 거래를 한 것으로 보기에는 그 물량이 미미하다고 주장한다.

<표8> OOO의 매출 현황 등(감사보고서 내용 발췌)

  (나) 청구법인은 OOO그룹에서 스왑거래에 대해 먼저 제안을 하자 OOO그룹 실무자에게 ‘매출/수익 OOO관련 OOO 구매대행 이슈 해결방안’을 제시는 하였으나 동 제시안대로 행해지지 않았고, 동 제안 내용 중에는 “OOO는 운영인력 및 추가 행정업무 없이 매출 보장을 받을 수 있다”는 내용이 있었으나 실무검토 과정에서 어렵다고 판단하여 OOO에서 행정업무를 담당하는 직원의 인건비 차원에서 OOO의 총매입가액에 매월 OOO원을 보전해주는 것으로 변경하였으며, 최종적인 OOO와의 물품공급약정은 2012.12.26. 아래 ‘물품공급약정서’와 같이 이루어졌다고 주장한다.

  (다) 청구법인은 OOO가 청구법인들로부터 이관받은 공급처들과 단가 협상을 한다고 주장하며 OOO와 이관된 공급처들 사이에 2013.1.1. 합의되었다는 ‘물품공급 계약서’ 31건을 제출하였는데, 그 중 하나인 OOO와 주식회사 OOO 사이에 작성된 ‘물품공급 계약서’의 주요내용은 아래와 같다.

  (라) 청구법인 및 OOO의 전산시스템 발주내역 화면 자료

   1) 청구법인이 자사의 OOO을 통해 OOO에 발주하는 화면 캡처를 보면, 청구법인의 발주내역에 공급처가 OOO로 기재되어 있고, 원공급처는 기재되지 않은 것으로 나타난다.

   2) OOO가 청구법인의 전산시스템에서 발주내용을 확인하는 화면 캡처를 보면, 청구법인의 발주내역에 발주품목, 구매사(청구법인의 매출처) 등은 확인되나 공급처는 나타나지 않는다.

   3) OOO가 자신의 전산시스템을 통해 청구법인의 발주내용을 업로드하여 공급처들에 발주하는 화면 캡처를 보면, OOO의 전산시스템에는 공급처가 나타나고, 매입단가와 매출단가는 동일한 것으로 나타난다.

  (마) OOO의 OOO 사원이 이관된 공급처 중 하나인 OOO와 세금계산서 마감 당시 주고 받은 2016.3.9. OOO 메시지 내용을 보면, OOO의 OOO 사원이 공급가액OOO을 OOO에 알려주면서 이메일OOO로 전자세금계산서를 발행해 줄 것을 요청하고 있는 것으로 나타난다.

    우리원 사건담당자가 2018.2.22. 위 OOO 메시지에 기재된 전화번호OOO로 연락한 바에 의하면, OOO이라고 하며 OOO의 내용과 같이 OOO에 소모성 부자재를 공급하였고, OOO에 공급하기 이전에는 청구법인에 공급을 하였으며, OOO와 거래를 하게 된 동기는 청구법인과 달리 OOO그룹의 규모를 염두해 두고 향후 매출이 증대할 것을 기대하였기 때문에 거래를 하였던 것이나, 현재는 OOO와는 거래를 하지 않고 타 업체와 거래를 하고 있다고 진술하였다.

  (바) OOO가 청구법인으로부터 이관받은 공급처들 중 하나인 OOO으로부터 매입한 부자재 등을 자신의 거래처인 OOO에 공급하였다고 주장하며 2013년부터 2016년까지 사이의 OOO으로부터의 품목별 매입내역, OOO에 공급하였다는 품목별 매출내역을 제출하였다.

<표9> OOO의 OOO으로부터의 매입금액

<표10> OOO의 OOO에 대한 매출금액

 <OOO 관련>

  (사) OOO의 조직도(2016.6.1. 현재)에 의하면 OOO 설립 당시 임직원은 OOO명, 청구법인 출신은 OOO명, OOO 출신은 OOO명, 신규채용은 OOO명이었던 것으로 나타난다.

  (아) OOO(“갑”)와 청구법인(“을”) 사이에 2016.4.1. 체결되었다는 공동사업 관련 양해각서의 주요 내용은 아래와 같고, 양 당사자가 OOO 구매대행 사업을 공동으로 영위하기 위하여 합작법인을 설립한다는 내용이다.

  (자) 청구법인은 자사의 OOO을 OOO원에 OOO에 판매하였고, OOO 운영대행수수료(인력지원 및 시스템 사용법 등 노하우 전수)로 각 매월 OOO원, OOO원을 지급받고 있다고 주장하며 청구법인과 OOO 사이에 2016.6.9. 체결된 OOO 공급계약서, OOO의 2016.8.9.자 OOO 검수내역서, 청구법인과 OOO 사이에 2016.9.26. 체결된 OOO 운영대행 계약서 및 OOO 운영대행 계약서를 제출하였다.

  (차) 청구법인과 OOO 사이에 2016.6.20. 작성되었다는 ‘물품 공급계약서’상 주요 내용은 아래와 같다. 청구법인은 OOO의 소싱능력 배양을 위해 자사의 일부 카테고리 품목 소싱을 이관(이관된 공급처들을 말함)을 시킨 것이고, OOO는 청구법인이 제공한 OOO을 이용하여 업무를 수행하였으며 청구법인에게는 이관된 OOO 품목에 인건비 보전차원의 OOO%를 가산하여 공급한 것이라고 주장한다.

  (카) OOO 부자재구매팀 OOO이 OOO의 OOO 팀장에 발송한 이메일OOO 및 OOO의 OOO에 발송한 이메일OOO 견적 문의건’, 작성일자 2016.7.21. 9:13)을 보면, OOO팀 직원OOO이 OOO 부자재구매팀으로부터 연구기자재OOO 납품의뢰를 받고 청구법인으로부터 이관받은 공급처들 중 하나인 OOO에 견적을 문의한 것으로 나타난다. 청구법인은 위와 같은 증빙으로 OOO가 청구법인으로부터 이관받은 공급처들과 독립적으로 거래를 하였다는 것이 입증된다고 주장한다.

  (타) 2016년 7월 거래분에 대하여 청구법인이 OOO에 지급한 대금결제 내역과 OOO가 공급처들에 지급한 대금결제 내역 및 금융거래증빙을 보면, 청구법인은 OOO에게 2016년 7월 총대금 OOO원을 2016.8.31.(20% 결제) 및 2016.9.20.(80% 결제) 2회에 걸쳐 지급한 것으로, OOO는 2016.8.31.부터 2016.9.30.까지 5회에 걸쳐 공급처들(32개 업체)에게 지급한 것으로 나타난다. 청구법인은 동 증빙에 의해 OOO가 대금결제 관련 리스크(OOO가 청구법인으로부터 수령한 자금뿐만 아니라 자신의 자금으로 공급처에 매입대금을 직접 치르고 있다는 주장)를 부담하고 있다는 것을 입증한다고 주장한다.

<대금결제 내역 : 청구법인 → OOO>

<대금결제 내역 : OOO → 공급처들(32개 업체)>

 (4) 기타 조사내용은 다음과 같다.

  (가) OOO국세청장이 OOO에 대한 세무조사를 실시할 당시 조사공무원이 2017.5.17. OOO의 구매영업팀장 OOO을 상대로 작성한 심문조서의 주요 내용은 아래와 같고, 그 내용을 보면 OOO는 공급OOO확대 및 향후 매입가격 인하를 통한 이윤창출을 위하여 청구법인의 포장재 물량을 인수한 후 청구법인의 원공급처로부터 포장재 등을 기존 매입단가로 구입하여 같은 가격에 청구법인에게 공급한 것으로, 청구법인과의 최초거래부터 심문조서 작성일 현재까지 OOO가 공급처로부터 구입하는 매입단가와 청구법인이 OOO에 공급하는 매출단가가 변하지 않은 것으로, OOO가 매월 OOO원의 마진을 총매출가격에 포함하여 청구법인으로부터 수령한 이유는 해당 거래와 관련하여 발생하는 인건비에 충당하고자 했던 것으로, OOO가 청구법인으로부터 이관받은 공급처들과 그 당시 물품공급계약을 별도로 체결한 것으로, OOO가 자신의 OOO을 통해 청구법인에 납품할 자재를 공급처에 발주하였다고 진술한 것으로 나타난다.

  (나) 조사청의 조사공무원이 청구법인의 전 대표이사 OOO(2001년 7월～2006년 12월, 2014년 1월～2017년 1월 대표이사로 재직)를 상대로 작성한 심문조서의 주요 내용은 아래와 같다.

  (다) OOO가 청구법인으로 공급대금을 송금받고, 동 자금으로 공급처에 매입대금을 지급한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

  (라) 조사청은 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인이 공급처에 직접 물품을 발주하였는지 여부 등에 대하여 공급처들을 상대로 탐문조사를 실시한 사실은 없는 것으로 확인된다.

  (마) 조사청은 2017년 9월 청구법인에 대하여 「조세범처벌법」위반 등을 사유로 고발하였고, 서울강남경찰서는 동 사건을 ‘혐의없음’을 의견으로 하여 OOO검찰청에 송치한 사실이 ‘사건처리결과통지’(제2018-1164호, 2018.2.28.)에 의해 확인된다.

  (바) OOO검찰청의 OOO에 대한 불기소이유통지서(2018.1.31.)에 의하면, OOO국세청장이 조세범처벌법위반을 사유로 OOO를 고발한 형사사건(2017형제41793호)에 대하여 증거 불충분을 이유로 2018.1.31. 불기소 결정한 것으로 확인된다.

   조사청의 세무공무원은 2018.3.8. 우리원 조세심판관회의에 참석하여 “OOO국세청장이 위 불기소 결정에 대하여 검찰에 항소를 하였다”고 진술하였다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2014.1.23. 선고 2013두17343 판결, 조심 2015전2294, 2016.3.11. 같은 뜻임). 또한, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정거래가 「부가가치세법」에서 정한 재화 또는 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하고, 그 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결, 같은 뜻임).

  (나) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO로부터 매입거래를 시작한 이후에도 그 전과 동일하게 청구법인이 OOO에 이관하였다고 주장하는 공급처(매입처)에 대한 발주, 입고․출고관리, 세금계산서 수수, 대금결제 등을 전반적으로 관리하였고, 청구법인과 OOO 간의 거래를 통해 매출실적을 부풀리는 것 이외에 다른 경제적 이익을 찾기 어렵다는 이유 등으로 청구법인이 OOO로부터 수취한 쟁점1매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다는 의견이나,

    청구법인과 OOO 간 「매출/수익 OOO 관련 OOO 구매대행이슈 해결방안」 및 「매출 OOO 관련 세부실행 협의안」, 조사청이 청구법인의 전 대표이사 OOO를 상대로 작성한 심문조서, OOO국세청장이 2017.5.17. OOO의 구매영업팀장 OOO을 상대로 작성한 심문조서, 청구법인과 OOO 간의 매출․매입내역 등 심리자료를 종합하여 보면, 청구법인은 포장재 관련 공급처(처분청은 이관된 공급처가 포장재업체라고 단정할 수 없다는 의견이나, 동 공급처의 상호 및 세금계산서상 품목의 명칭, 해당 품목의 사진 등을 감안할 때 이관된 업체의 대부분이 포장재업체라는 청구주장이 신빙성이 있어 보임)를 OOO에 이관해주는 대가로 OOO에 OOO물품을 추가로 공급할 수 있게 된 것으로 나타나고, 실제 OOO로부터 물품을 구입하기 시작한 2013년 제1기 과세기간 이후 OOO그룹에 대한 매출이 증가OOO하였으며, 같은 기간 동안 청구법인이 OOO로부터 구입하는 포장재 의 단가인상은 사실상 없었던 것으로 나타나는바, 청구법인의 입장에서는 OOO와의 거래의 목적이 조세회피 또는 조세탈루의 의도라기보다는 기업 자체의 경쟁력 향상 및 기업경영의 계속성과 생존성 보장을 위한 것으로 보이고(조심 2011서719, 2012.1.30. 같은 뜻임), 실제 해당 거래로 인하여 부가가치세 및 법인세 등이 탈루된 사실이 없는 점(처분청은 청구법인과 OOO 간의 거래가 단순한 매출부풀리기라는 의견이나, 이러한 매출부풀리기를 통해 청구법인 또는 OOO가 직접적으로 향유한 이익에 대하여 입증하지 못하고 있음), OOO는 물적․인적시설을 갖추고 OOO그룹 내에서 OOO사업을 영위하는 청구법인과 특수관계가 없는 법인으로 그 실체에 대해서는 처분청에서도 이견이 없는바, 그렇다면 OOO는 합법적이고 실재하는 경제주체로서 자신의 계산과 책임 하에 청구법인 및 청구법인으로부터 이관받은 공급처와 각 ‘물품공급약정’을 체결한 이상 이로 인한 법률효과는 청구법인, OOO, 공급처 각자에게 직접 귀속되는 것으로 보는 것이 타당한 점, 처분청에서 청구법인이 OOO로부터 매입거래를 한 이후에도 종전과 동일하게 기존 공급처(매입처)에 대한 발주, 입고․출고관리, 세금계산서 수수, 대금결제 등을 전반적으로 관리한 것으로 추정한 근거는 청구법인의 직원들 간의 업무 이메일 및 청구법인과 OOO 간의 스왑거래 관련 협의자료 등인데 동 증거자료만으로는 청구법인과 OOO 간의 거래를 가장거래로 단정하기 어려워 보이고, 오히려 청구법인이 제출한 청구법인 및 OOO의 전산시스템상 화면, 청구법인의 전 대표이사 OOO 및 OOO의 구매팀장 OOO의 심문조서 등을 종합하여 보면 청구법인 및 OOO 각자가 자신들의 전산시스템을 통하여 발주, 입고․출고관리를 하였던 것으로 보이고, 설령 청구법인이 OOO로부터 물품을 공급받는 과정에 있어서 관여한 부분[청구법인이 공급처(OOO로 이관된 업체)별 고객사 납품내역을 관리하고 이렇게 관리된 ‘공급처별 월별 마감내역’을 OOO에 알려주어서 세금계산서를 한 장이 아닌 결제조건별로 묶어서 세금계산서(5장)를 발행해 줄 것으로 요청한 것 등]이 있다 하더라도 이는 물품이 OOO업체를 거치지 않고 공급처에서 고객사로 직접 납품되는 특성상 청구법인과 고객사(청구법인의 매출처)와의 거래정산 및 청구법인과 OOO(매입처)와의 거래정산을 확인하기 위해서 반드시 필요하다는 청구주장이 수긍이 가는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 OOO에게 이관된 공급처로부터 물품을 직접 공급받았으나 세금계산서는 OOO로부터 수취한 것으로 보아 쟁점1매입세금계산서상 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

  (다) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 앞서 살펴본 바와 같이 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담함이 원칙이라 할 것인데, 처분청이 과세근거로 제시한 청구법인의 내부메일인 ‘OOO 매출이관 관련 시스템 보완사항’ 및 ‘이관물량에 대한 계산서 발행방법’만으로는 청구법인과 OOO 간의 거래를 가장거래로 단정하기 어렵고, 처분청에서 청구법인이 OOO로부터 매입거래를 시작한 이후에도 그 전과 동일하게 공급처에 대한 발주, 입고․출고관리, 세금계산서 수수, 대금결제 등을 전반적으로 관리한 것으로 볼 수 있는 객관적이고 명백한 증빙을 제시하지 못하는 점, 청구법인이 관계회사인 OOO의 OOO사업 초기에 운영노하우(이에 대한 별도의 수수료를 수취하고 있음)를 알려준 것을 두고 청구법인이 해당 거래 전부를 관리한 것으로 보기 어려운 점, OOO는 청구법인과 OOO그룹이 화공약품 분야의 OOO사업을 영위하고자 공동으로 투자하여 설립한 법인으로 그 실체에 대해서는 처분청에서도 이견이 없는바, 그렇다면 OOO는 합법적이고 실재하는 경제주체로서 자신의 계산과 책임 하에 청구법인과 ‘물품공급약정’을 체결한 이상 이로 인한 법률효과는 청구법인, OOO 각자에게 직접 귀속되는 것으로 보는 것이 타당하고 실제로 해당 거래로 인한 손익(OOO는 해당 거래로 2.3%의 마진을 얻음)이 OOO에게 귀속된 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 OOO에게 이관된 공급처로부터 물품을 직접 공급받았으나 세금계산서는 OOO로부터 수취한 것으로 보아 쟁점2매입세금계산서상 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.