1. 처분개요

가.청구법인[1990.6.5. ‘OOO 주식회사’라는 상호로 설립(사업자등록일 : 1990.7.1.)된 후 2010.7.26. 구「농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의하여 농업회사법인으로 전환]은 원원종(原原種, 신품종 또는 기존 품종 계통의 유전적 특성이 유지되는 종자)을 연구․파종하여 소량의 원종[原種, 원원종의 유전적 특성이 유지되도록 증식되어 나종자의 생산에 사용되는 종자(종자 증식의 근원)]을 생산한 다음, 이를 집단파종․증식하여 생산한 나종자(裸種子)를 가공․포장한 상품종자를 판매하는 사업을 영위하고 있다.

한편 청구법인은 아래 <표1> 기재와 같이 2011～2015사업연도 법인세를 신고할 때 계약에 따라 국내의 농가 및 국외의 현지법인․종자생산업체․농가 등(이하 “채종농가 등”이라 한다)으로 하여금 원종(청구법인이 제공한 것)을 대량 생산하도록 하고 수확된 나종자를 매입한 후 가공․판매함에 따라 발생한 소득 합계 OOO원(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제68조에 의한 감면대상소득(농업소득, 농업회사법인의 ‘작물재배업에서 발생하는 것’)으로 하여 법인세 합계 OOO원의 납부를 면제받았다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)이 2016.6.7.～2016.7.12. 기간 중 청구법인에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과 쟁점소득이 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해당되지 아니한다는 이유로 조특법 제68조에 의한 감면대상소득이 아닌 것으로 하여 과세자료를 통보하자, 처분청은 쟁점소득에 대한 법인세의 면제를 부인하여 2016.11.11. 및 2017.3.9. 청구법인에게 법인세 합계 OOO을 각각 경정․고지(2011사업연도분은 2016.11.11., 2012～2015사업연도분은 2017.3.9.)하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2017.2.6. 및 2017.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  쟁점소득은청구법인이 한작물재배업(한국표준산업분류표상주된 산업활동은 종자ㆍ묘목 생산업)에서 발생한 것이므로 조특법 제68조에 의한 감면대상소득에 해당한다.

첫째, 법적․경제적 실질에 따라 청구법인이 영위하는 사업을 작물재배업(종자 및 묘목 생산업)으로 보아야 한다.

농업회사법인의 농업소득 등에 대한 법인세를 면제하는 조특법 제68조는 기업적인 농업경영을 세제측면에서 지원하여 농업분야의 경쟁력을 강화(대법원 2015.10.29. 선고 2015두44424 판결)하는 것인바, 농업회사법인인 청구법인은 단순히 농산물을 재배․판매하는 기업이 아니라 새로운 종자를 연구개발하여 상품종자를 농민들에게 공급함으로써 국내 농업분야의 경쟁력 강화를 위한 중요한 역할을 하고 있는 것OOO을 볼 때 청구법인이 새로운 종자를 연구개발하여 상품화하는데 반드시 필요한 나종자의 위탁채종활동을 한다 하여 이를 가공․판매한 소득에 대하여 조특법 제68조에 의한 감면을 배제하는 것은 국내 농업분야의 경쟁력 강화라는 입법취지에 반하는 점, 농림축산식품부OOO는 청구법인이「종자산업법」제2조에 의한 종자업자에 해당하는지에 관한 질의에 대하여 그러하다고 답변하였고, OOO도 청구법인의 종자생산활동이 같은 법의 종자생산활동에 해당된다는 의견을 제시한 점, 「농지법」제6조 제1항에서 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 농지를 소유하지 못하도록 규정하고 있으나 청구법인은 농림축산식품부로부터 농지취득자격증명을 발급받아 다수의 농지를 취득하여 종자 및 묘목 생산에 사용하고 있는 점, 청구법인이 위 감면에서 배제될 경우 우리나라의 식량안보가 저해될 뿐만 아니라 국제경쟁력이 저하될 우려가 있는 점OOO 등을 볼 때 청구법인이 종자 및 묘목 생산업을 영위하는 것으로 보아야 한다.

또한 채종농가 등으로부터 매입한 나종자(그대로 판매불가)를 가공[제품검정(발아, 병리, 순도 등), 소독, 우량종자 선별 등]․포장하여 판매하는 것으로 볼 때 단순히 나종자를 매입하여 판매하는 도매업으로 분류하는 것은 부당하다 할 것이다.

  한편 처분청은 통계청장의 회신문OOO을 근거로 청구법인이 한 나종자의 재배활동을 도매업 등으로 보아야 한다는 의견이나 위 회신문은 조사청이 제시한 질의내용에 대하여 답변한 것으로 핵심사실(청구법인이 채종농가 등에게 원종을 제공하면서 나종자를 재배할 것을 위탁하였다는 것)이 제외되어 있어 이 건에 그대로 적용할 수는 없다.

  또한 처분청은 청구법인이 위와 같은 기업적인 농업경영을 하는 측면을 간과한 채 국내농업의 생산성 향상에 기여하지 못한다는 의견이나, 우루과이 라운드의 타결(1993년 12월)로 국내농업의 국제경쟁력을 제고할 필요성이 제기되어 농업의 경영혁신․규모확대 및 국제경쟁력을 확보한다는 차원에서 기존의 위탁영농회사(농업경영이나 농작업의 전부 또는 일부 대행)에서 농업회사법인(시장경쟁원리에 따라 생산, 가공, 유통체계를 갖춤)이 도입(1994.12.22. 법률 제4796호로 개정되어 1995.6.23. 시행된「농어촌발전특별조치법」에 근거)된 점 등을 볼 때 처분청의 의견은 부당하다.

  둘째, 청구법인이 한 나종자의 위탁채종은 일련의 종자생산체계상 필요한 것이었다.

  청구법인은 제3자가 연구개발ㆍ생산한 종자를 매입 후 재판매하는 것이 아니라 독자적으로 연구개발한 원종을 나종자로 증식하여 상품종자로 판매[유전자원의 수집ㆍ개발(소요기간 : 2～7년) → 원원종ㆍ원종의 생산(3년) → 나종자 위탁생산(6개월) → 상품종자로 가공․포장(6개월)]하는 일련의 유기적인 종자생산체계로 사업을 하는 점, 청구법인이 나종자를 위탁채종한 것은 이러한 종자산체계상 필수적인 과정으로 원원종ㆍ원종(유전적 순도유지를 위하여 시설하우스에서 생산가능)과 다르게 나종자의 대량 생산을 위하여 넓은 면적의 농지가 필요함과 더불어 다른 품종과의 혼화 방지(품종의 교잡이 가능한 곳으로부터 최소 2km 이상 격리 필요), 보안성(원종 유출가능성이 낮아야 함), 내병성(발병률이 낮아야 함), 기후(우리나라의 경우 개화기ㆍ수확기에 장마철이 겹쳐 이를 회피하도록 OOO 등의 국외에 채종위탁), 수확량(일반적으로 밭작물의 경우 연간 3～4회 정도 생산할 수 있으나 나종자의 생산은 통상 1개 지역에서 연간 1회 정도로 제한되어 계절의 변화가 다른 남ㆍ북반구에 별도의 채종지역을 둠으로써 재배기간의 공백을 최소화하여 최대한 수확량을 늘릴 수 있으며 이처럼 별도의 채종지역을 두는 것은 생산라인을 달리하는 것과 같음) 등의 불가피성을 감안하여 국내ㆍ외의 채종농가 등에게 위탁채종하도록 하는 것이며OOO 우리나라 뿐만 아니라 세계적으로 종자기업들이 채택하는 채종방식인 점OOO 등을 볼 때 이러한 종자생산체계상 나종자를 위탁채종한 것을 불가피한 것으로 보아야 한다.

한편 처분청은 나종자가 상품종자의 유일한 원재료이고 연구개발업이 주된 산업활동이 아닌 이상 원원종․원종의 연구개발비를 상품종자의 원가로 볼 수 없다는 의견이나, 상품종자의 원재료가 나종자인 것은 맞으나 나종자의 원재료는 원종, 원종의 원재료는 원원종인 것으로 볼 때 처분청의 의견은 종자생산체계의 실질을 간과한 것이어서 부당하다(예컨대 자동차제조사가 연구개발로 주요 부품을 생산한 후 조립만 하청을 주었다 하여 연구개발활동을 단절하여 도매업을 영위한다고 할 수는 없을 것임).

  또한 처분청은 원종의 연구개발․판매가 연구개발업의 소득, 그 공급이 기술제공, 그 생산이 나종자의 생산․판매를 위한 것이어서 이러한 일련의 활동이 농업회사법인의 부대사업에 해당하고 청구법인이 원종의 판매소득을 기술사용료로 분류한다고 하면서 채종농가 등에게 원종을 무상으로 제공한 사실이 작물재배업의 영위와 무관하다는 의견이나 청구법인이 채종농가 등에게 원종을 제공하는 것(판매가 아니라 반출임)은 종자생산체계(상품종자의 생산과정)의 하나로 분리할 수 없는 점, 원종(중요한 영업비밀에 해당)은 제3자에게 판매할 대상이 아닌 점(도매상의 역할을 하는 계열회사에게만 판매) 등을 볼 때 처분청의 의견은 사실관계에 부합하지 아니한 것이어서 부당하다.

  셋째, 청구법인은 자기의 계산과 책임을 위임받은 채종농가 등으로부터 민법상 도급계약에 해당하는 용역을 제공받은 것으로 보아야 한다.

  나종자의 위탁채종은 청구법인이 연구개발한 원종을 채종농가 등에게 무상으로 제공하면 채종농가 등이 청구법인으로부터 제시받은 조건을 준수하면서 나종자를 재배하여 청구법인에게 공급한 후 대가(채종농가 등이 사용한 농약 등 농자재의 비용, 인건비 등을 반영하여 산정한 것)를 받는 것으로 그 법적 성격은 민법상 도급계약이고, 청구법인이 지급하는 대가는 ‘농작물 재배’라는 일의 완성에 대한 용역대가에 해당하고(채종농가 등이 청구법인의 지시ㆍ감독을 받아 원종으로 나종자를 채종하는 것이므로 스스로 원료를 구매하여 생산한 제품을 독점적으로 판매하는 계약재배에 해당하지 아니함), 이러한 사실은 예컨대 2014년 청구법인이 OOO와 체결한 채종계약서에 기재된 채종농가 등의 의무(제공받은 원종을 지정된 면적에 파종하고 재식비율ㆍ수확방식ㆍ최소발아율 및 순도 등 제시된 조건을 준수하여야 하며 청구법인에게 수시로 작물의 상황보고를 하고 청구법인이 언제든지 방문하여 기술적인 의견제시를 할 수 있으며 생산중지의 요구 가능 등)로 뒷받침된다.

  설사 채종계약서의 일부에 청구법인이 국외의 채종농가 등으로부터 나종자의 수거를 거부할 수 있다는 조항이 포함되어 있다 하더라도 이는 농작물의 특성상 국내 검역체계에 의하여 반입이 금지될 경우를 기재한 것에 불과한 점, 설사 낮은 품질, 질병 등의 사유로 생산 중이거나 생산된 나종자를 매입․폐기OOO하더라도 채종농가 등에게 관련된 비용을 보전하는 점(채종농가 등의 과실이 없는 질병, 원종의 불량 등에 기인한 품질저하의 경우에도 생산대가를 그대로 지급하였고 청구법인측의 생산취소 등으로 발생한 비용을 전액 보전한 사례들도 있음), 청구법인이 채종농가의 비용(인건비, 농약 등 농자재 구입비 등 채종활동에 투입되는 것)을 반영(특히 매년 비용상승분도 감안)하여 나종자의 대가를 결정하는 점 등을 볼 때 채종농가 등이 부담하는 위험부담을 실질적으로 보전(채종농가 등이 청구법인과 위탁채종단가를 협상할 때 채종활동에 투입되는 비용내역을 제시하면서 인상을 요구하고 있고 이러한 사실은 청구법인에게 보낸 수익산정, 단가인상요구 등의 내역, 생산비용의 보장에 관한 국외종산생산업체의 지침 등으로 뒷받침됨)하고 있다 할 것이라 나종자의 생산에 대한 위험을 자신(청구법인)의 계산과 책임으로 부담하고 있는 것으로 인정하여야 한다(채종농가 등의 계산과 책임으로 생산된 나종자를 매입하는 것이 아니고 위 수거거부조항을 이유로 청구법인의 계산과 책임으로 나종자를 생산하지 아니하는 것이라 하기는 곤란함).

한편 처분청은 청구법인의 나종자 폐기손실에 과실이 발견되어 반품된 것, 도매상의 미판매분을 회수한 것 등이 포함되어 있고 계약당사자로서 과실 없이 생산된 나종자를 매입하는 것이 당연하며 품질기준에 미달한 나종자의 매입을 거부할 수 있는 계약내용이 있다는 등의 이유로 청구법인의 나종자 생산에 대한 자기 계산과 책임을 부인하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 폐기손실을 발생사유별(원종, 나종자, 상품해체, 종자포장․상토포장재 등)로 구분하여 관리하고 있는 점, 나종자의 품질이 낮은 경우에도 손해배상금 또는 위약금을 청구하거나 손해배상금을 수취하고 있지 아니하는 점, 채종계약에 일정한 품질 이상의 나종자만 수확한다는 내용이 포함되어 있지 아니한 점(그러한 내용이 포함된 경우라도 상관행상 행사되지 아니하고 채종농가 등에게 과실이 있음을 입증하는 것도 어려움), 품질이 낮은 나종자의 매입을 거부하는 것은 채종농가 등의 성실한 생산을 담보할 목적으로 하는 것이라 당연하고 실제로 거부한 사례도 거의 없는 점OOO 등을 볼 때 처분청의 의견은 사실이 아니거나 부당하다 할 것이다.

넷째, 한국표준산업분류의 산업분류 적용원칙상 자기(청구법인)의 계정과 책임으로 위탁생산하는 활동(나종자의 위탁채종)은 직접 생산시 적용되는 산업(종자 및 묘목 생산업)과 동일하게 분류하여야 한다.

  위 적용원칙에 의하면 ‘수수료․계약에 의하여 활동하는 단위’를 ‘자기의 계정과 자기책임으로 생산하는 단위’와 같은 항목으로 분류하고 ‘자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 아니하고 다른 계약당사자에게 의뢰하여 자기의 계정으로 재화․서비스를 생산하도록 한 후 자기의 명의와 책임으로 판매하는 단위’를 ‘직접 생산하는 단위’와 동일한 산업으로 분류하는 점, 국세청(국세청 부가46015-1408, 2000.6.19.)도 생산하고자 하는 제품의 기획을 하고 자기계정으로 필요한 자재를 계약상대방(공장)에게 제공하여 자기명의로 제조하도록 한 제품(생산단위당 제조수수료만 제공)을 인수하여 자기책임으로 판매하는 생산방식을 위탁생산(제조업)으로 판단한 점, 대법원(2013.1.16. 선고 2011두12856 판결)도 한국표준산업분류의 적용시 산출물(재화 또는 서비스)과 더불어 투입물, 생산공정 등을 함께 고려하여 각 생산단위의 산업활동을 가장 정확하게 설명하고 있는 항목으로 분류하여야 하고 위 적용원칙으로 산업을 분류하는 것이 원칙임을 명백히 한 점, 농림축산식품부(농어업경영체의 관련 법령에 대한 주무부서로서 농업활동의 특성을 잘 이해하고 있음, 종자생명산업과-3350, 2016.10.17.)는 이 건과 동일한 방식의 위탁채종활동(직접 농지에 종자를 재배하지 아니하고 종자에 대한 권리가 있는 원종을 재배농가에게 공급한 후 전량 매입을 조건으로 채종계약을 체결한 다음 파종시부터 종자 매입시까지 위탁방식으로 나종자를 생산하고, 종자기업이 소비자와의 문제발생시 모든 책임을 전담하는 것)을「종자산업법」제2조 제8호에 의한 종자생산활동으로 보고 있는 점, OOO도 OOO의 OOO가 이 건의 위탁채종과 같은 방식(국가로부터 연구개발비를 지원받아 고추 등의 품종개발연구과제를 수행한 다음 외주업체로 하여금 개량한 종자를 대량 생산하도록 한 후 생산된 종자를 출하받아 OOO 등에 판매)인 사업을 종묘생산업으로 판단한 점 등을 볼 때 이 건의 나종자 위탁채종(청구법인이 계약에 의하여 채종농가 등에게 원종의 제공하여 구체적인 지시․감독으로 나종자를 생산하도록 한 후 생산된 수확물을 매입․가공하여 상품종자를 소비자에게 판매)은 직접 나종자를 생산하는 단위의 산업활동(한국표준산업분류상 종자 및 묘목 생산업)과 동일한 것으로 보아야 한다.

  다섯째, 종자생산체계 및 각 단계별 부가가치로 볼 때 청구법인의 주된 사업활동은 작물재배업(종자 및 묘목 생산업)으로 보아야 한다.

  설사 처분청의 의견과 같이 청구법인이 하는 종자생산체계(특히 위탁채종활동)에 종자 및 묘목 도매업이 포함되어 있다고 하더라도 위탁채종시 제공되는 원종이 ‘종자 및 묘목 생산업’의 영위로 재배된 것이 분명한 점, 한국표준산업분류표(총설)에 의하면 복합적인 산업활동으로 생산된 재화․서비스 중에서 부가가치(액)가 가장 큰 활동을 주된 산업활동(이외의 산업활동은 부차적 것)으로 하고 이는 최종 산출물에 대한 부가가치(액)의 크기에 따라 결정[그 측정이 어려운 경우에는 ‘산출액’, ‘해당 활동의 종업원수, 노동시간, 임금․급여액 또는 설비의 정도’의 순으로 결정]하는 것인바, 종자업체의 종자생산체계상 부가가치의 핵심은 원원종․원종의 연구개발이라는 것은 명백하다 할 것인 점, 청구법인의 종자생산체계로 생산된 상품종자를 구성하는 부가가치(액)를 보면 나종자의 생산단계가 아니라 연구개발된 원종의 특수성․로열티(결국 원원종․원종의 연구개발)에 대부분의 부가가치(액)가 있음을 알 수 있는 점(예컨대 대표적으로 무․고추의 나종자에 대한 위탁채종대가가 상품종자 판매가격의 6.2%～30.3%에 불과한 것을 볼 때 위탁채종활동의 부가가치가 연구개발 등 활동의 그곳에 비하여 적다는 사실이 입증됨), 다른 산업활동의 결정기준을 적용하더라도 종업원수OOO및 설비의 정도[같은 사업연도의 전체 건축물 연면적(23,618.9㎡) 중 연구개발에 사용되는 것(위 연구소 등)의 연면적이 18,907.3㎡로 80.1%, 종업원수와 더불어 2015사업연도의 경우에도 유사하였음]에서 청구법인이 하는 주된 산업활동이 ‘연구개발’인 사실이 뒷받침되는 점(2008년～2012년 기간 중 매출액 대비 연구개발투자의 비중이 14.8%으로 꾸준하였음) 등을 볼 때 청구법인이 하는 주된 산업활동은 ‘종자 및 묘목 도매업’이 아니라 ‘종자 및 묘목 생산업’(원원종․원종의 연구개발 등의 종자생산체계로 하는 사업)으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

  쟁점소득은 청구법인이 한 작물재배업에서 발생한 것이 아니므로 조특법 제68조에 의한 감면대상소득에 해당하지 아니한다.

첫째, 조특법 제68조에 의한 법인세의 면제대상은 농업회사의 ‘작물재배소득’이지 전반적인 종자산업이 아니다.

  위 조항은 고가의 농작물(특용작물 등)에 대한 감면을 축소하기 위하여 여러 번의 개정을 거쳐 농업회사법인의 ‘곡물 및 기타 작물재배업’에서 발생하는 소득을 법인세의 면제대상으로 하면서 이외의 소득(농산물의 유통·가공·판매소득)을 ‘농업 외 소득’(창업중소기업감면에 준용하여 법인세의 50% 감면)으로 규정하기에 이르렀고 농업을 기업화․규모화하여 국내농업의 생산성을 향상시키는 것이 취지이다.

또한 조특법 제2조 제3항에서 업종의 분류는 같은 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 한국표준산업분류에 따르도록 하고 있고 같은 법 제68조에 의한 작물재배업에 해당하는지는 통계청장이 유권해석하는 것인바, 한국표준산업분류의 작물재배업[분류기호 ‘011’, 농업(01)의 하위 항목으로 ‘노지 또는 특정시설 내에서 작물 및 종자를 재배・생산하는 산업활동’]의 정의에 의하면 전반적인 종자산업이 아니라 ‘작물을 재배하는 경우’만이 해당하며, 통계청장OOO은 주된 산업활동이 ‘노지 또는 시설에서 농산물의 종자, 버섯종균, 묘목을 생산하는 것’은 ‘종자․묘목 생산업(01123)’으로, ‘종자를 도매하는 것’과 국외 종자생산업체 등과의 계약으로 생산한 종자를 수매하여 국내에 판매하는 것을 모두 ‘종자 및 묘목 도매업(46202)’으로 분류하고, ‘수확한 종자를 시장출하 목적으로 가공하여 종자의 품질 개선을 위한 활동을 수행하는 것’을 ‘작물재배 지원 서비스업(01411)’으로 분류하는 것으로 유권해석하였으며, 국세청장(법령해석과-3615, 2016.11.9., 조사청이 한 ‘청구법인이 한 거래가 작물재배업에 해당하는지’에 대한 질의의 회신)도 국내 농가의 계산과 책임으로 생산된 종자를 매입하여 판매한 소득은 농업소득에 해당하지 아니하고 해당 업종이 어디에 해당하는지는 계약내용, 생산․관리의 주체, 대금결제 방법, 원종의 개발․무상제공 및 종자를 매입하는 일련의 과정 등을 종합적으로 고려하여 판단할 사항이고 농업회사법인이 국외 현지법인․종자생산업체에게 원종을 무상제공하여 생산된 종자를 매입하여 도매상 등에게 판매한 소득은 조특법 제68조에 따른 농업소득에 해당하지 아니하는 것으로 유권해석한 점, 「소득세법 기본통칙」19-0…1 및 판례(서울지방법원 2014.2.6. 선고 2013구합833 판결)에 의하면 농지에서 재배한 작물이라도 판매장을 특설하여 발생한 소득을 도소매업의 소득, 제조장을 특설하여 농산물을 가공 판매하여 발생한 소득을 제조업의 소득으로 각각 구분하는 점 등을 볼 때 청구법인이 채농농가의 계산과 책임으로 생산된 나종자를 수매하여 가공․포장한 상품종자를 판매하여 얻은 쟁점소득은 청구법인의 작물재배업으로 발생한 것이 아니라 종자의 유통․가공(제조)업(또는 위와 같이 도매업, 종자 관련 서비스업 등)의 소득(조특법 제68조에 의한 ‘농업소득 외 소득’)으로 구분하는 것이 타당하다.

  한편 청구법인은 상품종자의 원재료로 나종자가 유일하다고 보는 것이 일련의 종자생산체계를 임의로 단절시키는 것이어서 부당하다고 주장하나 이는 관련 법령 등에 배치되는 점, 청구법인의 사업보고서에 상품종자의 원재료로 나종자(유일한 항목)가 전체 원재료비의 전부(상토원재료비 7% 상당액 제외시)인 것으로 나타나는 점, 나종자의 재배과정(밭갈기 등)만이 조특법 제68조에 의한 법인세의 면제요건인 ‘작물재배’에 해당하는 점 등을 볼 때 이유 없다 할 것이고, 청구법인이 제시한 농림축산식품부의 확인내역(청구법인이 종자업자에 해당한다는 것)은 「종자산업법」제2조 제8호에서 종자업의 범위에 종자를 생산․가공 또는 다시 포장하여 판매하는 것도 포함하고 있으므로 이를 통하여 종자업자가 하는 모든 산업활동을 작물재배업으로 단정할 수는 없다 할 것이다.

  또한 청구법인은 기업적인 농업경영을 하는 측면에서 조특법 제68조의 감면 취지에 부합하다고 주장하나, 전체 나종자의 수매금액 중 대부분(매년 96〜98%)을 차지하는 국외 수입분에도 감면을 적용할 경우 ‘국내농업’의 생산성을 향상한다는 입법취지에 부합하지 아니하고 납세의무자들 사이의 공평을 해할 뿐만 아니라 국내에 생산기반을 둔 동종 업체와의 경쟁에서 유리한 지위를 갖도록 하는 점[대법원 2009.1.15. 선고 2008두19451 판결, 국심 2007서1127, 2007.7.11. 등]을 볼 때 위 감면은 국내에서 작물재배가 이루어지는 경우에만 적용하는 것이 타당하다 할 것이다

  둘째, 청구법인은 종자의 유통․가공(제조)업을 영위하는 것으로 보아야 한다.

  청구법인이 원원종․원종을 연구개발하는 것은 우수한 상품종자(나종자를 가공한 것)를 생산하여 고가에 판매하기 위한 것인 점(제약회사 등이 신약 등을 개발하는 이유와 같음), 청구법인의 수익(부가가치) 중 대부분은 원종이 아니라 상품종자의 판매로 발생[손익계산서 등에 의하면 2011～2015사업연도 중 나종자의 수매비용의 매출액 대비 비중(30.2%)이 원종 생산비용의 그것(2.3%)보다 훨씬 큼]하는데 상품종자의 원재료로 채종농가 등으로부터 수매한 나종자가 유일한 점, 채종농가 등으로부터 수매한 나종자를 그대로 판매하는 것이 불가능하여 일정한 가공(품질검정, 소독, 코팅 등)을 거쳐 판매하는 점, 한국표준산업분류에 의하면 구입한 농ㆍ임ㆍ수산물을 가공하여 특정 제품을 제조하는 단위를 제조업으로 보는 점,「농어업경영체법 시행령」제19조에서 ‘종자생산’을 농업회사법인의 부대사업(영농에 필요한 종자생산 및 종균배양산업)으로 규정하고 있고 조특법 제68조에 의하면 이를 농업소득 외의 소득으로 규정하는 점 등을 볼 때 청구법인이 영위하는 주된 산업활동을 종자의 유통․가공(제조)업으로 보아야 한다.

한편 청구법인은 작물재배업을 영위하였다는 근거로 원원종․원종의 연구개발․생산시 농지를 사용한 것을 제시하였으나 조특법 제68조에 의한 감면요건이 ‘농업회사법인에게 작물재배업의 소득이 발생하였는지 여부’인 이상, 원원종․원종의 연구개발․생산은 ‘청구법인이 가공․판매한 나종자를 직접 재배하였는지 여부’와 무관하다(원원종․원종은 나종자의 원료일 뿐이므로 그 생산활동은 나종자의 재배와 무관한 농업회사법인의 부대사업에 해당함).

셋째, 청구법인은 자기의 계산과 책임으로 나종자를 생산하지 아니하였다.

  통계청장(통계기준팀-1048, 2011.5.20.)은 주된 산업활동이 ‘농지를 소유하거나 임차한 후 노동인력을 채용하여 노지에서 작물을 재배하는 것’을 작물재배업으로 분류하고 있고,「농지법」제2조 제4호에서 ‘농업인이나 농업법인이 자기의 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것’을 ‘농업경영’으로 하며, 같은 조 제6호에서 ‘농지 소유자가 타인에게 일정한 보수를 지급하기로 약정하고 농작업의 전부 또는 일부를 위탁하여 농업경영을 하는 것’을 ‘위탁경영’으로 규정하고 있는 것을 볼 때 농업을 영위하기 위해서는 농지의 소유 또는 임차를 전제로 자기의 계산과 책임[‘자기의 계산’이란 작물재배에 투입되는 비용(비료․농약 등의 매입비, 인건비, 농기계 사용료 등)의 부담 및 경작에 따른 수입이 자기에게 귀속되는 것이고, ‘자기 책임’이란 농업영위시 발생하는 손익, 분쟁 등의 책임을 자기가 부담하는 것을 의미함]으로 하는 것을 의미한다 할 것인바, 청구법인은 채종농가 등이 재배한 나종자를 수매하였을 뿐 나종자의 재배시 농지를 소유 또는 임차하거나 인력을 고용하지 아니하였고 나종자의 재배 과정에 투입되는 비용도 부담한 사실이 없는 점, 설사 농지를 직접 소유하지 아니하고 타인의 농지를 임차하거나 대리경작을 하게 하는 경우도 ‘자기의 계산과 책임’이 적용된다 할 수는 있겠으나「농지법」제9조 및 제23조에서 일정한 경우에만 농지의 위탁경영(병역의 징집 등의 경우) 또는 임대․사용대(使用貸, 농지의 상속취득 등의 경우)가 가능하나 청구법인의 나종자 수매는 이에도 해당되지 아니하는 점(그러한 계약도 체결하지 아니함) 등을 볼 때 청구법인이 ‘자기의 계산과 책임’으로 나종자를 생산하였다고 볼 수 없다.

  특히 청구법인이 자신의 계산과 책임으로 나종자를 생산하였다면 불량이 발생하거나 품질기준을 충족하지 아니한 것도 전량 수거할 책임을 부담하였을 것이나 채종농가 등과 체결한 계약서를 보면 나종자의 생산(재배)시 투입되는 비용을 청구법인이 아니라 채종농가 등이 부담하고 청구법인이 하자있는 나종자에 대한 수매를 거부할 수 있으며 수매할 당시가 아니라 그 후 품종검정이 종료되면 나종자의 소유권을 이전받는 것으로 나타나는 점(자기책임으로 나종자를 생산하였다면 생산시 관련비용을 부담하고 하자있는 나종자도 수매하며 수매 즉시 그 소유권을 이전받았을 것임), 회계처리시 나종자의 생산에 투입된 비용을 포함한 생산 중인 나종자를 재고자산으로 계상하지 아니한 점 등을 볼 때 청구법인이 자기계산과 책임으로 나종자를 생산한 것으로 볼 수는 없다.

  한편 청구법인은 자신의 계산과 책임을 위임받은 채종농가 등으로부터 「민법」상 도급계약에 해당하는 용역을 제공받아 나종자를 생산하였다고 주장하나, 도급 또는 위임의 경우 각각의 목적(일의 완성 또는 사무처리) 달성으로 대가를 수수하는 것이지 생산된 재화를 금전적 가치로 수수하는 것이 아니어서(재화의 대가를 수수할 경우 매매에 해당, 예컨대 아파트공사의 도급의 경우 수급인인 시공사가 공사대금을 받는 것이지 아파트의 가치인 분양가액 상당액을 받는 것이 아니고 소송대리의 경우에도 소송가액을 수임료로 받는 것이 아님) 나종자의 대가로 보수상당액이 아니라 그 가치상당액을 받은 것을 도급 또는 위임으로 볼 수는 없다 할 것이고, 설사 도급이라 하더라도 도급자가 수급자의 업종을 그대로 영위한다고 할 수도 없다[예컨대 토지 소유자인 건축주가 설계사, 건설업자 등에 도급을 주었다고 하여 건축주 자신이 직접 설계사업․건설업을 영위한다 할 수는 없음(서울행정법원 2008.5.22. 선고 2008구합1931 판결)].

또한 청구법인이 채종농가 등이 부담한 비용을 수매가격에 반영하였다 하여 나종자의 생산시 비용을 부담한 주체(채종농가 등)가 달라지지 아니하므로(수매가격에 비용상승분이 감안하여 반영한 것에 불과) 청구법인의 계산이 있었다 할 수 없고, 일반적인 법률관계의 경우 명의자가 권리의무자가 되나 나종자의 생산주체는 채종농가 등(명의자)이므로 청구법인의 책임으로 나종자를 생산한 것으로도 볼 수 없는 점, 청구법인 소속의 연구개발인력이 많다고 하나 나종자의 생산에 종사하는 직원은 없고OOO 국외OOO에서 수매하는 나종자의 경우 국외현지법인을 통하여 수입하는데 대부분의 물량이 동 법인이 아니라 다른 채종농가 등이 생산한 것을 수매한 것이어서 청구법인이 생산과정을 관리할 수도 없는 점, 채종농가 등에게 과실이 있는 불량 나종자는 처음부터 수매하지 아니하거나 반품처리하므로 이로 인한 폐기손실이 발생할 수 없고 청구법인이 폐기한 나종자의 물량에는 도매상으로부터 미판매분을 회수한 것(작물재배와 무관) 등이 포함되어 있으며 나종자의 폐기손실도 상품종자로 가공하는 과정에서 발생한 것이어서 작물재배와 무관한 점 등을 볼 때 청구법인이 제시한 정황 등으로는 자기의 계산과 책임으로 나종자를 생산한 것으로 인정할 수는 없다 할 것이다.

넷째, 청구법인이 한 행위[종자(원종)의 보급, 재배과정의 관리 등]는 작물재배업을 결정하는 요건에 해당되지 아니한다.

청구법인은 채종농가 등에게 종자의 제공, 나종자의 재배와 관련한 기술지도 등을 하고 있어 직접 작물재배를 하는 것과 동일하다고 주장하나, 계약재배의 경우에도 사업자가 사전에 생산자와 계약으로 장래에 생산될 농작물에 대한 계약(가격, 수량, 생산방법, 인도․결제방법 등)을 정한 후 일정한 시점에 생산자로부터 수확물을 인도받아 생산자에게 그 대가를 지급하고, 표준계약서에 의하면 사업자의 기술지도로 생산자가 농작물을 재배하고 일정한 품종을 구입한 농가(생산자)에만 계약을 적용하는 것이라 위탁자(사업자)가 종자의 선택, 기술지도 등 농작물의 생산과정에 관여하고 있음OOO에도 위탁자를 농민으로 보지는 아니하는바, 청구법인도 나종자의 안정적인 확보를 위하여 농민에게 원종을 공급한 후 일부 재배관리를 한다는 측면에서 계약재배와 다르지 아니하다(청구주장대로라면 농산물의 안정적인 수급을 위하여 계약재배를 활성화하고 있는 대형마트 등 유통업체 등도 작물재배업을 영위하는 것으로 보게 되나 이들을 농작물 또는 종자를 직접 생산하는 주체로 보지 아니하는 것은 종자의 공급, 일부 재배관리 등이 작물재배업을 구성하는 결정적인 요건에 해당되지 아니하기 때문임).

  한편 청구법인은 작물재배업을 영위하였다는 근거로 채농농가에게 원종을 제공한 사실을 제시하나 3개의 연구소OOO에서 원종․원원종을 연구개발하면서 지출한 비용OOO을 나종자의 원가가 아닌 판매관리비로 계상하면서 연구인력개발비세액공제(조특법 제10조)를 적용받고 개발된 원종의 공급으로 얻는 소득OOO을 기술제공에 따른 사용료소득으로 인식하였으며(세금계산서의 발급 후 부가가치세 신고), 청구법인의 사업보고서에 의하면 상품종자의 원재료로 채종농가 등으로부터 수매한 나종자가 유일한 것을 볼 때 원종은 소비자들에게 판매하기 위한 종자(상품종자)가 아님과 더불어 청구법인이 원종 등을 연구개발하는 것은 연구개발활동에 해당하는 점, 상품종자의 원재료로 채종농가 등으로부터 수매한 나종자가 유일하므로 원재료인 나종자를 직접 재배하였는지가 법인세 면제여부를 판단하는 기준이 되는 점 등을 볼 때 청구주장은 이유 없다 할 것이다.

  다섯째, 농업(작물재배업)은 제조업 등(종자의 유통․가공업) 다른 사업과 형태․분류가 다르므로 그 자체활동만을 기준으로 해당 여부를 판정하여야 한다.

청구법인은 한국표준산업분류의 산업분류 적용원칙 등을 제시하면서 나종자를 채종농가 등으로 하여금 생산하도록 한 것도 작물재배업으로 볼 수 있다고 주장하나, 농업은 제조업 등 다른 산업과 비교하여 형태 및 분류가 완전히 다르고 농지법 등 법률상의 제한이 따르므로 다른 산업의 산업분류 방법을 그대로 따를 수는 없으며, 더욱이 조특법 제68조에 의한 농업회사법인에 대한 법인세 면제가 작물재배소득에 적용되는 것이어서 청구법인이 종자의 생산과정(원종개발, 나종자의 재배․수매 및 가공․판매 등) 중 면제요건에 해당하는 나종자의 재배과정(밭갈기, 작물식재, 농약살포, 가지치기, 작물수확 등)의 전부를 수행하지 아니한 이상 해당 면제의 적용대상으로 볼 수 없다 할 것인 점, 청구법인이 제시한 여러 산업이 복합된 제조업의 경우에도 국외에서 위탁제조하는 활동을 제조업으로 분류할 수는 없고[조심 2010중2154, 2011.12.6., 대법원 2009.1.15. 선고 2008두19451 판결 등] 국외 종자생산업체 등과의 계약으로 생산한 종자를 수매하여 국내에 판매하는 경우에는 작물재배업이 아니라 종자 등의 도매업으로 구분하는 것인 점(통계기준과-2618호, 2016.10.11.), 등을 볼 때 그 판매소득을 작물재배업이 아니라 농작물의 유통․가공(제조)업으로 발생한 소득으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 국내․외 농가와의 채종계약으로 생산한 종자를 매입․판매한 소득이 법인세가 면제되는 조특법 제68조에 의한 감면대상인지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1)처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 2011～2015사업연도 법인세를 신고할 때 계약에 따라 채종농가 등으로 하여금 원종(청구법인이 제공한 것)을 대량 생산하도록 하고 수확된 나종자를 매입한 후 가공․판매함에 따라 발생한 쟁점소득을 조특법 제68조에 의한 감면대상소득(농업회사법인의 농업소득인 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’)으로 하여 법인세의 면제를 받았으나, 조사청이 조사한 결과 쟁점소득이 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해당되지 아니한다는 이유로 위 감면대상소득이 아닌 것으로 하여 과세자료를 통보하자, 처분청이 쟁점소득에 대한 법인세의 면제를 부인하여 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

 (2) 처분청 및 조사청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다.

  (가)청구법인OOO은 2015사업연도의 전체 매출액 중 종자(고추, 무, 배추 등) 매출액의 비중이 대부분(95%, 나머지는 상토사업과 관련된 것)이었고, 2014사업연도(2013.10.1.～2014.9.30.) 중 종자의 거래흐름 및 매입․매출액 내역을 보면 아래 <그림>과 같이 계약에 따른 채종으로 국내OOO 및 국외OOO에서 매입한 나종자를 가공․포장하여 국내OOO 및 국외OOO에 매출OOO하였으며, 관련된 소득(쟁점소득)에 대하여 2010년 농업회사법인으로 전환한 후인 2011사업연도부터 2015사업연도까지의 법인세 납부를 면제받았다(조특법 제68조).

  한편 주로 국내연구소에서 연구개발⋅생산(일부 국외 소재의 현지법인으로부터 매입)한 원종의 대부분을 채종농가 등에게 무상으로 제공하고, 나머지를 다른 업체에게 유상으로 판매한 소득을 사용료소득으로 인식하면서 부가가치세를 납부하고 있으며, 원종의 연구개발․생산을 위하여 지출한 비용OOO을 연구개발비로 계상하여 연구인력개발비세액공제를 적용받았다(조특법 제10조).

  (나)청구법인은 2011～2015사업연도 중 주주들에게 연평균 OOO의 배당을 지급하였다OOO.

  (다) 청구법인의 2014사업연도 사업보고서에 의하면 아래 <표4> 기재와 같이 상품종자의 원재료인 나종자가 유일한 원재료인 것으로 나타난다.

  (라) 청구법인이 채종농가 등과 체결한 채종 등의 계약서를 보면,

   1) 국내 농가와 체결(2014년 1월)한 것에는 채종농가가 청구법인으로부터 제공받은 원종을 위탁채종 이외의 목적으로 사용할 경우 원종의 육성․생산에 소요된 연구비 등의 10배를 배상하고, 청구법인으로부터 위탁채종과 관련한 지도를 따라야 하며(그러하지 아니할 경우 계약해지 가능), 청구법인이 아닌 다른 사람으로부터 위탁채종을 받거나 자기채종을 할 수 없고, 교잡의 우려가 있는 잡종을 책임지고 제거하여야 하며(환경관리), 생산된 종자를 지정된 일시 및 장소(청구법인 지정)에 전량 운반․납품하고(청구법인은 전량 수거할 의무가 있으나 생산된 종자에 교잡․혼종의 우려가 우려되거나 변색․변질 또는 불충분한 종자의 수거 거부 가능), 생산비 보상금(청구법인이 사정하는 등급에 따라 1등급은 100%, 2등급은 90%, 3등급은 50%)은 수거 후 10일 이내에 50%, 순도검정 후 나머지(잔금)를 각각 지급하며(이형율 2% 이상, 발아율 90% 미만일 경우 잔금지급 거절), 생산된 종자의 소유권이 청구법인에게 귀속되므로 그 전부 또는 일부를 타인에게 임의로 처분하는 것이 금지(위반시 처분량의 배량에 해당하는 금액 배상)되는 것으로 나타난다.

   2) 국외의 현지법인과 체결(2014년 4월)한 것에는 청구법인은 관리, 감독, 기술지도 등이 가능한 인원을 파견하여 채종․시험사업에 필요한 기술지도․감독을 하고, 현지법인은 이에 필요한 노동력, 토지․부대시설 등을 제공하면서 청구법인의 감독에 따라야 하며(파견자에 대한 제반경비 부담)하고 채종과 관련된 제반 정보․변동상황을 청구법인에게 통보하여야 하며, 이를 위반하거나 고의․과실로 계약품종 이외의 다른 품종을 혼합․출하할 경우 원종에 대한 배상과 더불어 생산된 종자를 매입․재배한 농가에 대한 손해를 배상하여야 하고, 계약이 완료[채종비․로열티(시험․신품종 생산비용)의 지급 이후]되면 모든 품종(수매품종, 시험사업․연구결과로 생산된 신품종)의 소유권과 원종 개발로 취득한 무체재산권이 청구법인에게 귀속되므로 청구법인 이외의 누구에게도 해당 품종의 재배기술․연구 결과를 임의로 유출, 매매, 교환, 증여할 수 없는 것으로 나타난다.

   3) 국외의 생산업체OOO와 체결(2014년)한 것에는 청구법인은 생산업체에게 파종기의 한 달 전에 무상으로 원종을 제공하고, 작물재배기간 중 자신의 비용으로 OOO에 소속 직원을 파견하여 종자생산의 점검 및 기술적인 의견을 교환하며, 생산업체는 제공받은 원종을 나종자 생산 이외의 목적으로 사용할 수 없고, 일반적․정상적인 상황에서 계약수량을 생산하도록 노력하되 본인의 통제를 벗어난 환경으로 부분적 또는 전체적으로 작물생산에 실패할 경우 청구법인에게 수확된 수량을 발송해야 하고, 종자생산 중에 청구법인으로부터 제공받은 품종정보로 원종 또는 양친의 균일성을 확인하되 생산포장에서 이형의 구분이 가능할 경우 가능한 빨리 제거하며 원종의 이형률이 20% 이상일 경우 청구법인으로부터 이형도태비용 및 재배비용을 보상받으며, 작물재배 중 청구법인에게 부분적 또는 전체적인 종자생산의 중지를 요구하여 경제적 손실에 대한 보상을 받고, 수확 후 청구법인에게 최종 수량을 청구법인에게 고지하며 청구법인의 발아검정을 위한 모든 Lot(단위 또는 품종으로 보임)의 종자를 발송하되 종자 Lot들이 품질기준을 충족하지 아니할 경우 청구법인으로부터 인수 거부되어 생산업체의 처분을 받는 것으로 나타난다.

  (마) 종자산업의 개요OOO에 의하면 종자산업은 4개의 주요한 요소[작물의 유전적 소질의 개량(육종)하는 것 → 개량된 우수한 품종의 종자를 경제적으로 재배⋅생산하는 것(작물재배) → 생산된 종자의 부가가치를 획기적으로 높이는 종자처리(검사, 건열, 코팅, 포장 등) → 소비자인 농민에게 유통]로 구성된다.

  (바)계약재배는 생산물을 일정한 조건으로 인수하는 계약으로 농산물을 재배하는 것[제사업자(製絲嶪者)의 위탁을 받아 양잠(養蠶)하는 것, 한국담배인삼공사의 위탁을 받아 담배, 인삼 재배 등을 생산하는 것, 토마토케첩 제조사(식품회사)의 위탁을 받아 토마토를 생산하는 것, 단지(團地) 또는 소비자 단체와 제휴하여 채소를 재배하는 것 등]으로서 ‘채소계약재배 활성화방안’ 제하의 문헌OOO에 의하면 계약형태에 따라 일반적으로 생산계약적이거나 판매계약적인 특성이 있고[생산자가 사전에 지정된 생산조건에 따라 재배하고 생산과정에서 계약사업자의 관리를 일부 받는 것은 전자, 일정한 수확물을 지정된 시기까지 인도하는 것은 후자에 가깝고 사실상 종자․농자재를 공급하거나 품종 등을 지정하는 생산계약형태가 있으며 생활(소비자)협동조합과 같이 농산물의 생산, 품질 기준이 뚜렷한 경우에는 생산자의 재배과정에 대한 관리가 엄격하여 생산관리계약에 해당], 관련된 표준계약[2015년산 양파 계약재배기준(OOO이 정한 것으로 보이는 것) 등]을 보면 매수인OOO이 매도인(농작물의 생산자)에게 기술지도를 하고 매도인이 되기 위한 일정한 요건(계약재배로 지정된 품종 중 매수인으로부터 종자를 구입한 농가)이 있으며 초과물량을 수매하지 아니하는 것(필요시 비계약 수매)으로 나타난다.

  (사) 한국표준산업분류표(통계단위의 산업결정)에 의하면 생산단위의 산업활동은 해당 단위가 수행하는 주된 산업활동(판매 또는 제공되는 재화 및 서비스)의 종류에 따라 결정되고, 주된 산업 활동은 산출물(재화 또는 서비스)에 대한 부가가치(액)의 크기에 따라 결정되며 그 측정이 어려운 경우에는 ‘산출액’, ‘해당 활동의 종업원수, 노동시간, 임금․급여액 또는 설비의 정도’의 순으로 결정된다.

  (아)통계청장이 조사청에게 보낸 공문OOO을 보면 조사청의 질의(각각 국내의 농가 및 국외의 종자생산업체와의 계약을 통하여 종자를 생산하도록 하고 계약조건에 충족하는 종자를 수매하여 본인 명의로 판매하는 활동의 업종구분)에 대하여 주된 산업활동이 ‘노지 또는 시설에서 각종 농산물의 종자, 버섯종균 및 묘목을 생산하는 것’은 ‘종자 및 묘목 생산업(분류기호 : 01123)’, ‘종자를 도매하는 것’은 ‘종자 및 묘목 도매업(46202)’(‘국외의 종자생산업체 등과의 계약을 통하여 종자를 생산하고 이를 수매하여 국내에 판매하는 것’도 동일), ‘수확한 종자를 시장출하의 목적으로 가공하여 종자의 품질 개선을 하는 것’은 ‘작물재배 지원 서비스업(01411)’으로 각각 구분한다고 회신한 것으로 나타난다.

 (3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

  (가)2011～2015사업연도 중 채농농가 등별 나종자의 위탁생산내역을 보면 청구법인이 채종농가 등으로부터 OOO원 상당의 나종자를 위탁채종OOO한 것으로 나타난다.

  (나)농림축산식품부장관이 청구법인에게 보낸 공문OOO을 보면 같은 조 제8호에서 ‘종자를 생산․가공 또는 다시 포장하여 판매하는 행위를 업으로 하는 것’을 ‘종자업’으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제13조에 의한 시설․인적기준을 갖추어 관할 지방자치단체에 등록하여야 종자업에 해당하며, 같은 법에 따른 종자업의 행위는 다양한 활동(원원종의 생산 → 원종의 생산 → 나종자의 생산 → 상품종자로 가공․포장 → 판매)이 복합적으로 이루어져 있는바, 청구법인이 종자업의 등록자격요건을 갖추어 관할 지방자치단체에 등록하고 위 종자업의 행위(활동)를 하고 있으므로 종자업에 해당하며, 종자업을 경영하고 있으므로 같은 법 제2조 제9에 의한 종자업자로 인정된다고 회신한 것으로 나타난다.

  (다)나종자(청구법인이 채종농가 등으로부터 수매한 것)의 가공절차를 보면 청구법인이 나종자에 대한 일련의 가공절차(종자의 소독 → 발아품질이 높은 우량종자의 선별 → 상품성 증진을 위한 성상의 균일화 → 성장가능성의 증진을 위한 종자의 코팅 → 기계파종 등을 위한 성상의 2차 균일화)를 거쳐 상품종자를 생산하는 것으로 나타난다[동 가공절차 전에 종자검정(발아율, 병리, 순도 등)절차를 거침].

  (라)1994.12.22.「농어촌발전특별조치법」개정 당시의 국회 농림수산위원회의 심사보고서를 보면 농업회사법인의 신설과 관련한 개정안에 대하여 농업인이 아닌 자도 제한된 범위 내에서 그 출자를 허용하여 국제화․개방화 시대에 국제경쟁력을 갖춘 농업경영체의 설립을 위하여 민간자본을 참여하도록 하고 농업회사법인의 업무영역의 확대 및 비농민의 자본출자 허용으로 우리 농업경영체를 기업화․규모화하는데 기여하리라 본 것으로 나타나고, 언론기사OOO를 보면 정부가 기업농을 허용하기로 한 것은 우루과이라운드의 타결로 외국의 값싼 농산물이 대량 유입될 경우 현재의 가족농만으로는 경쟁력을 갖추는데 한계가 있다는 인식에 기인한다고 본 것으로 나타난다.

  (마)청구법인은 국내 종자업체의 해외위탁채종 비중이 높다(2005년 73.3%, 2009년 78%) 하면서 관련된 문헌(한국농촌경제연구원이 2010년 6월 발간한 ‘종자산업의 동향과 국내 종자기업 육성 방안’ 제하의 것), OOO에서 OOO 또는 채종농가에 원종을 배포하여 종자를 위탁생산한 후 소매점 등을 통하여 종자를 판매하는 것이 일반적이고 해외위탁채종 이후 다시 국내로 반입되는 수량이 상당하다 하면서 관련된 문헌OOO, OOO의 종자기업OOO이 종자생산농가OOO와의 종자위탁생산계약을 체결하며 종자기업과 별도로 전문판매상OOO이 운영되고 있다 하면서 관련된 문헌OOO, 국내․외의 종자기업들이 채종농가에 나종자의 채종위탁을 하더라도 종자생산의 필요한 기술과 관리 책임은 원종을 제공하는 종자기업이 부담한다 하면서 관련된 문헌OOO가 발간한 ‘종자생산 업무 가이드OOO을 각각 제출하였다.

  (바) 청구법인이 채종농가 등에 대한 생산비의 보전, 수매한 나종자의 폐기 등(자기계산․책임)에 대한 주장과 관련하여 제출한 증빙자료를 보면,

   1)계약당사자(청구법인, 채종농가 등) 간 나종자의 채종대가로 생산비 보상기준을 정할 때 채종농가 등이 부담한 비용(농약 등 농자재비, 인건비 등)을 반영하였다 하면서 제출한 ‘농작물(열무)의 국외조수익․경비산정내역(번역본)’에는 채종농가 등이 지출한 비용에 농자재(비료 등)의 매입비, 경작비(파종, 관개, 조류제어, 이랑 제작 등) 등이 포함된 것으로 나타난다.

   2) 채종농가에게 귀책이 없는 경우(질병감염, 불량 등 하자가 있거나 청구법인의 요청으로 계약이 취소된 것 등) 채종대가 또는 생산비를 지급함으로써 계약상의 책임을 부담한다 하면서 관련된 4건의 사례OOO 및 관련된 증빙자료(위 채종농가 등이 청구법인에게 보낸 송장, 청구법인의 기안문서, OOO, 외화송금증빙 등)를 제출하였다.

   3)나종자(불량 등이 있는 것)의 폐기비용을 부담한다 하면서 제시한 나종자의 폐기비용내역에는 2011～2015사업연도 중 OOO 상당의 폐기로 OOO원 상당의 손실이 있었던 것으로 나타난다.

   4)채종대가(생산비 보상)를 정할 때 채종농가 등으로부터 계약 당시 구체적인 생산비의 산정내역을 받거나 계약 이후 매년 생산비 증가분의 반영(인상) 요청을 받는 등 나종자의 생산에 대한 위험을 자신의 계산과 책임으로 부담한다 하면서 OOO 소재의 채종농가로부터 받은 이메일 사본(물가상승률 6.5%, 전기료 상승률 8%, 경유 상승률 16%, 화학약품․비료상승률 8～12%, 인건비상승 등을 제시하면서 채종단가의 4% 인상 요구 취지), OOO 소재의 채종농가OOO가 작성한 종자생산지침[청구법인이 동 채종농가의 연간 생산비(토지 임대비용, 운송비용, 설치비용 등)를 보전하기 위하여 OOO를 보장한다는 취지] 등을 제출하였다.

  (사)한국표준산업분류의 총설 중 ‘산업분류의 적용원칙’에는 수수료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위의 경우 자기의 계정 및 책임 하에서 생산하는 단위와 동일한 항목에 분류되어야 하고, 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 아니하고 다른 계약업자에게 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하도록 하여 이를 자기의 명의 및 책임 하에서 판매하는 단위의 경우 해당 재화 또는 서비스를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류(제조업의 경우에는 그 제품의 고안에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 함)하는 것으로 규정되어 있다.

  (아)청구법인은 농림축산식품부장관으로부터 농지취득자격증명을 발급받고 다수의 농지를 취득하여 종자 및 묘목 생산에 사용한다 하면서 위 자격증명을 제출하였다.

 (4) 조특법 제68조의 신설․개정 이력 및 취지(법제처 ‘국가법령정보센터’ 홈페이지의 제정․개정이유)를 보면 1989.12.30. 법률 제4165호로 일부개정된구「조세감면규제법」제40조의7(1993.12.31.전부개정시 제53조로 이동)에서위탁영농회사[구「농어촌발전특별조치법」제7조로설립(농업노동력의 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농자의 영농 편의 및 농업생산성의 향상 도모)된 것]가 하는 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득에 대한 법인세를 감면[창업종소기업에 대한 것(창업 후 3년간 전액, 다음 2년간 50%)에 준함]하는 제도가 도입되었고(농업생산성 향상을 위하여 설립되는 위탁영농회사 지원의 취지),

 1995.12.29. 법률 제5038호로 일부개정시 농업회사법인[구「농어촌발전특별조치법」제7조로 설립(위 위탁영농회사의 설립 취지와 더불어 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통․가공․판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위함)된 것]의 농지소득[구「지방세법」제198조 제1항에 의한 소득(농지에서 농작물을 재배하거나 농작물을 재배하게 함으로 인하여 얻은 것)]에 대한 법인세를 면제하고 이외의 소득에 대한 법인세를 감면[창업중소기업에 대한 것(창업 후 5년간 50%)에 준함]하는 것으로 개정되었으며(농지소득에 대한 법인세의 면제로 농업회사법인의 활성화 지원의 취지),

 1998.12.28. 법률 제5584호로 전부개정시(법률명이 조특법으로 개정) 제68조로 이동(작구수정 외에 내용의 변경은 없음)된 후, 2002.12.11. 법률 제6762호로 일부개정{농지소득 → 농업소득[「지방세법」제197조에 의한 소득(한국표준산업분류표상의 농업 중 작물재배업의 분류에 속하는 작물의 재배로 발생하는 것)]}, 2008.12.26. 법률 제9272호로 일부개정(직전 개정시 농업소득의 정의 → 작물재배업에서 발생하는 소득) 및 2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정[작물재배업에서 발생하는 소득 → 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(식량작물재배업소득, 전액) 및 이외의 작물재배업에서 발생하는 소득(해당 소득 중 OOO원 한도, 2015.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용)]시 각각 감면대상소득의 정의가 개정되었다.

 (5)한편 농림식품축산부장관은 2016.12.5. 기획재정부장관에게 이 건 과세처분이 종자업체 전체로 확대될 경우 종자산업의 육성을 통한 종자주권의 확보, 농업의 신성장동력 육성 등을 하려는 정책의 기조 및 종자산업의 기반이 흔들릴 우려가 있다 하여 ‘농업회사법인인 종자업체의 종자생산활동이 조특법 제68조 제1항에 따른 작물재배업에 해당되는지 여부’를 질의하였고, 기획재정부장관은 OOO에서 ‘농업회사법인이 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내․외에 위탁하여 채종한 나종자를 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제68조에 따른 농업소득에 해당하는 것’으로 해석하였다.

 (6) 우리 원이 2017.9.1. 양측과 더불어 현장확인조사를 실시한 결과, 청구법인은 OOO 내의 연구동, 시설(비닐하우스), 노지 등에서 원원종(종자육성재료) 및 원종을 연구개발․생산(재배)한 후 원종증식센터OOO에서 후자를 증식하고, 농가(1년 단위로 계약 체결)로 하여금 원종(청구법인이 증식․제공한 것)을 파종하여 대량 생산하도록 한 후 수확한 나종자를 매입한 다음, 검정(발아율, 병리, 순도 등)을 거쳐 불량종자(폐기)를 제외한 나머지를 가공(소독, 우량종자 선별, 균일화, 코팅 등)하여 상품종자를 생산하는 것으로 확인되었고, 채종농가OOO의 농민OOO은 청구법인에게 매년 11월～다음 연도 6월 기간 중 무․배추의 원종을 파종하여 생산한 나종자를 제공하고 대가를 받으며 동 법인의 소속 직원이 2～3일마다 방문하여 본인의 경작현황(파종, 이식, 농작물관리 등)을 지도․점검한 것으로 진술하였다.

 (7)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 계약에 따라 채종농가 등(국내의 농가 및 국외의 현지법인, 종자생산업체, 농가 등)으로 하여금 생산(재배)하도록 한 나종자를 수매한 후 검정․가공을 거쳐 생산한 상품종자를 판매하여 발생한 쟁점소득이 나종자의 생산과정에서 소요된 비용의 부담주체(채종농가 등), 계약조건(하자있는 나종자의 수매거부 가능 등) 등을 볼 때 자신이 아니라 채종농가 등의 계산과 책임으로 작물(나종자)을 생산한데 따른 것(나종자의 경작에 필요한 농지를 보유 또는 임차하지 아니하여 자신의 농작물 재배라는 사무의 위탁, 용역의 도급․위임 등에도 해당하지 아니함)이어서 작물(종자)의 유통․가공업(제조업)의 영위로 발생한 소득이라 할 것인 점(원원종․원종의 연구개발․생산활동은 관련된 비용이 상품종자의 원가에서 차지하는 비중이 미미하여 나종자를 고가로 판매하기 위한 수단에 불과함), 특히 나종자의 대부분(95%)이 국외의 채종농가 등으로부터 수입(현지법인 수입분의 경우 다른 농가로부터 매입한 나종자도 포함)한 것이어서 국내의 농업경쟁력 강화와 무관한 점 등을 감안할 때 쟁점소득을 조특법 제68조의 감면대상소득인 작물재배업에서 발생하는 소득이라 할 수는 없다는 의견이나,

 동 감면의 신설․개정 이력 및 취지에 의하면 1989.12.30.(법률 제4165호로 구「조세감면규제법」의 개정시) 농업생산성의 향상을 위하여 위탁영농회사에 대한 법인세의 감면제도(3년간 전액, 다음 2년간 50%)가 신설(도입)된 후, 1995.12.29.(법률 제5038호로 같은 법의 개정시) 동 제도가 기업적 농업경영을 통하여 농업생산성의 향상과 더불어 생산된 농산물을 유통․가공․판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위하여 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 또는 감면[농지소득(농지에서 농작물을 재배하거나 농작물을 재배하게 함으로써 얻는 것)은 전액, 이외의 소득은 5년간 50% 감면]을 하는 것으로 개정되었고, 2002.12.11.[법률 제6762호로 조특법(1998.12.28. 법률 제5584호로 법률명 변경)의 개정시] 감면대상소득이 농지소득에서 작물재배업에서 발생하는 소득(법인세의 면제)과 이외의 소득(일부 감면)으로 개정되었으며, 한국표준산업분류에서 노지 또는 특정시설 내에서 작물 및 종자를 재배․생산하는 산업활동을 작물재배업으로 규정하고 있는바,

 청구법인과 채종농가 등 간에 체결된 계약서, 생산비․폐기된 나종자의 부담사례 등의 증빙자료에 의하면 채종농가 등이 하는 나종자의 생산활동이 청구법인의 지도․감독에 의하여 이루어지고, 청구법인이 채종농가 등에게 나종자의 생산비용과 더불어 원종(나종자 생산의 원재료에 해당)의 불량 등으로 생산중단시 발생한 비용, 채종농가 등의 귀책이 없이 발생(검역에 따른 발병 등)한 하자있는 나종자의 수매대가 등을 부담한 것을 볼 때 청구법인의 책임과 계산으로 나종자를 생산한 것이 아니라 단정할 수는 없는 점(위 계약서에 채종농가 등의 귀책으로 발생한 하자있는 나종자를 수거하지 아니할 수 있다고 기재한 것은 나종자의 생산시 신의성실의 담보 등 계약거래에 필요한 것이라 할 것임), 채종농가 등 중 국외에 소재한 농가, 현지법인, 종자생산업체 등으로 하여금 생산하도록 한 나종자를 수입한 것은 나종자의 재배에 필요한 농지의 특성(넓은 면적, 다른 품종과의 교잡방지를 위한 2km 이상의 격리, 원종의 유출방지, 장마의 회피 등 기후, 다량의 수확 등)상 국내에서 수급에 필요한 나종자를 확보할 만큼의 해당 농지가 부족하여 불가피한 것으로 보이는 점[이는 2014사업연도 중 나종자의 국내매입액 비중이 OOO인 반면 상품종자의 국내매출액 비중이 OOO인 것으로 뒷받침됨], 청구법인이 채종농가 등에 제공한 원종은 오랜 기간(유전자원의 수집․개발에 2～7년, 원원종․원종의 생산에 3년) 동안 연구개발․생산된 것(나종자의 생산기간은 6개월)임을 볼 때 그 활동이 나종자의 생산 및 상품종자의 생산․판매와 더불어 일련의 종자생산활동을 구성하고 이는 한국표준산업분류에서 규정한 작물재배업(종자를 재배․생산하는 산업활동, 분류기호 : 011)에 해당한다 할 것인 점, 농림축산식품부장관(농업회사법인의 설립에 관한 근거법률인「농어업체 육성 및 지원에 관한 법률」의 주무부처)도 종자산업의 육성을 통한 종자주권의 확보, 농업의 신성장동력 육성 등을 하려는 정책의 기조 및 종자산업의 기반과 관련이 있다 하여 기획재정부장관에게 ‘농업회사법인인 종자업체의 종자생산활동이 조특법 제68조 제1항에 따른 작물재배업에 해당되는지 여부’를 질의한 것을 볼 때 농업회사법인인 청구법인이 일련의 종자생산활동으로 발생한 소득에 대하여 해당 감면을 적용하는 것이 기업적인 농업경영을 세제측면에서 지원하여 농업분야의 경쟁력을 강화하는 것이라 할 것인 점 등에 비추어 농업회사법인인 청구법인이 원원종을 연구개발․재배하여 원종을 생산한 후 계약에 따라 이를 국내․외의 채종농가 등에게 제공하여 생산하도록 한 나종자를 매입․가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 쟁점소득은 조특법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것) 제68조에 의한 감면대상소득(농업소득, 작물재배업에서 발생하는 것)에 해당한다 하겠다.

 따라서 쟁점소득이 조특법 제68조에 의한 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.